1GPFA

Chitinase b from serratia marcescens in complex with inhibitor psammaplin
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHITINASE B
publication title Psammaplin A, a Chitinase Inhibitor Isolated from the Fijian Marine Sponge Aplysinella Rhax
pubmed doi rcsb
source organism Serratia marcescens
total genus 163
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2001-11-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1gpfA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1gpfA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gpfA01
4WKAA 2TAAA 5CSUA 1QNSA 1JF5A 4ZE5A 3TTYA 3GDBA 4PMXA 2WC3A 4AC1X 3L4YA 5JBDA 3CZ8A 4AMCA 5CJ5A 1V0NA 2VCBA 1JGIA 1NQ6A 3W24A 5A8NA 4KH2A 5A1AA 1O7AA 4WLCA 3VVGA 2VT0A 4ZXLA 1ODUA 2J7BA 3LMYA 3WH6A 1JDAA 3PZNA 4D6GA 3OGVA 3QR3A 1FH9A 5D4YA 1KWKA 2J74A 3HMCA 1JFXA 4PUDA 2ZUNA 2O9RA 3KL0A 4UZUA 1VAHA 1JYXA 2D3LA 2UY2A 4PYSA 1JZ7A 4AW7A 1OIFA 8CGTA 5CPTA 3CZLA 2W62A 4W8AA 2YIHA 3AFBA 1XH1A 4FLRA 3NUKA 1DP0A 4FF5A 2DSVA 5HXMA 4AIOA 4GO9A 2WANA 2YA2A 4U2ZA 3K4AA 1H3GA 2WW5A 1C93A 4NI3A 2VOTA 4JKMA 3GXIA 2XVLA 5LA2A 1KWGA 2ZX9A 4IM4A 4XV0A 3GH7A 1XH0A 4GZIA 2PWHA 1GHSA 4TVDA 3OZOA 3EDKA 2BNJA 1E4LA 1E4NA 4CD6A 1R7AA 1BLIA 1G0CA 2VZTA 5JUVA 1FOBA 2CBVA 1JYVA 2GDUA 2YOCA 1EDQA 1I75A 2Y24A 1PX4A 1B3YA 3VIGA 3DHPA 3PZUA 2BHZA 5ABEA 2ESCA 1BPLB 4DUVA 1MWOA 4MTVA 4MNLA 2VL4A 3FNDA 4KWUA 7A3HA 1X6LA 3NYDA 5IHRA 1VRXA 1ITXA 4HZ8A 5EFFA 5F7UA 3OLGA 2PWDA 4PMYA 2BHYA 3GM8A 3OBAA 5CLTA 1TZ7A 2ZX6A 1NOUA 3WL1A 1CDGA 4LX4A 1IT0A 1UD4A 1VJSA 3WKZA 4MNMA 3MKKA 2GJPA 2E0PA 1QW9A 4ZXOA 3AHVA 1QW8A 1UR8A 2WBGA 1XD0A 3W4RA 1LWHA 2WSPA 1E5NA 1HKKA 1W2PA 4QLLA 1US2A 3MMUA 2VUYA 1J18A 2VR5A 1OINA 2VO5A 1GQKA 1QI3A 3PZGA 3WF0A 1WP6A 4PMZA 2YLLA 6CGTA 1AQHA 1OBAA 3FAXA 3CHDA 4ML4A 1HJUA 3VTRA 1BYCA 4PTVA 2QMKA 2DT0A 4S3JA 1KCKA 3WFZA 4Z2HA 1MW1A 3NDYA 1UH4A 3A4AA 1MQPA 3WMBA 2PC8A 1MQRA 1KXQA 3WL0A 1DEDA 1UWIA 1JFHA 4Z2IA 2CBJA 3MMDA 3WH7A 1MW0A 3W6MA 1JDDA 3B8SA 1UQYA 3AMKA 1OGGA 1J0IA 4FK9A 4QAWA 1HP4A 3AZSA 1F4HA 1E6RA 1B3ZA 4URIA 3CUFA 3JUGA 1PZ2A 4WSKA 4JAWA 2QMJA 4TX6A 1EOMA 4AD3A 2OWXA 3BCDA 2J8GA 4MDOA 4BQ4A 2OWCA 2V3FA 3APGA 2WBKA 2G3JA 4UTFA 1EHAA 4HMEA 4GIAA 1KR0A 3ZT6A 5A6BD 4AZCB 4NRSA 4EAMA 3POHA 4MB3A 6TAAA 1C8XA 3SUTA 4J3SA 4P8UA 5A8QA 5HNNA 3RILA 1NWSA 2ZUTA 3VILA 2V5CA 5JBFA 1QHPA 3ARVA 2NT1A 3VM7A 1JYWA 1JIBA 5I79A 1G9HA 1JL8A 4GQQA 1JAKA 3QGVA 3MV01 4L4PA 1JZ5A 5HDRA 2OYLA 2XSBA 4M1RA 1R7OA 2XFFA 1GQLA 1B90A 2GDVA 5C8BB 5A6AA 3GBEA 5A8OA 3NIYA 3WH8A 2XG9A 1B31A 3SCOA 3PN8A 2D23A 3K8MA 1WAWA 1ISZA 2OYMA 1VEMA 2X09A 4HA4A 4EANA 3CUIA 2HISA 2FDMA 4H41A 5A6LA 1KB3A 1XGZA 4HP5A 4U3AA 5E9AA 1E3ZA 3VDCA 1HKMA 4WKFA 1ESWA 1MXDA 4J3TA 4BQ5A 3ZSTA 5M3WA 3WNLA 5M5DA 4TX8A 4QCFA 2J77A 3MV11 4U3CA 1ISXA 2XFYA 3PZ9A 3WD4A 5E6YA 3RPMA 4P7LA 2EQDA 1IZJA 4WKHA 1DWJM 3L4VA 3WEMA 1G94A 2BFGA 3AYSA 1BVZA 5E0CA 1J0YA 5E09A 2Y8VA 1L0PA 2OSXA 1C8YA 5ECUA 1TVNA 4QLJA 2D49A 2WCAA 4FLQA 1KR1A 5CG0A 1ISWA 3GXFA 5D9NA 4A4AA 3HJEA 1ZB5A 1UKSA 5M03A 4GZEA 3VD3A 3ZT5A 3L4UA 2W91A 2WHLA 2VX7A 3EMZA 3PTKA 1FFRA 4DWSB 3MUY1 1WZKA 5DEZA 3VIHA 4UFMA 3ZR5A 5IHSA 2DSUA 1UH2A 4GPNA 1B3VA 2WVVB 4S3KA 2VMFA 3BSHA 3VIJA 1V0MA 3AHTA 3B9DA 1SYTA 3WBEA 3U57A 1W1PA 5TD4A 3VIMA 2V5DA 1DWFM 3U7BA 4C7GA 4KGJA 4GINA 2CNCA 4W85A 1HJXA 1QNPA 1QBAA 2Y5EA 2OWWA 4MB1A 3ARZA 2GSJA 4H8UA 5LA1A 1E3XA 3VMPA 2VX5A 3T2PA 1KCLA 2YBUA 1KGWA 3SUVA 1HXJA 1GUVA 4OKDA 1Y7VA 2FGZA 5FOOA 3EDJA 4FLOA 2ZX7A 1E6XM 1LQ0A 1NH6A 4DM1A 5HPOA 3KEHA 4C7FA 1JG9A 3AIRA 4K68A 4P7RA 3WEOA 2YL5A 4UOJA 2ZOXA 3WNOA 1CGVA 1J9YA 2BVTA 4AZBA 5E0FA 1O6IA 3T2QA 1FA2A 2PWGA 1JDCA 1W9XA 9CGTA 2VNCA 2VCAA 3N15A 3RJXA 4F66A 3ZJ6A 1V3IA 1Q6CA 4E2OA 3DYPA 1UR9A 1H4PA 4PRWA 3GH4A 3A6OA 3IAPA 1JI2A 1L8NA 3WNMA 3ARRA 1V6VA 4MADA 1NOFA 2G41A 1GOKA 3BXWA 4AD0A 3IANA 2GJRA 1VFOA 2E3ZA 1MW2A 5BXPA 4XZWA 3GH5A 1UZ1A 1ZBKA 1CGUA 1CZ1A 2WLYA 3WSUA 1W9UA 3BC9A 3LPGA 1J12A 2ZUVA 1VJZA 2J7EA 5ABGA 1NARA 1WZAA 2D20A 1XCWA 4W86A 3AS0A 1HJSA 5IFTA 2ZUSA 3BH4A 1FH8A 1J11A 1C7SA 3VINA 2QPSA 2GUYA 2ZUUA 1H09A 1UKTA 5ABFB 3FY1A 1GOWA 3U5YA 3TP4A 2IUZA 4CCEA 1UHVA 1IZKA 1PJ9A 4HTYA 1FHLA 1GONA 3CMGA 1V3JA 2W67A 4WIWA 4WJXA 1NOWA 1QHOA 4OIFA 1ZU8A 1UYQA 5D8ZA 3SCNA 4X9YA 3VPLA 3AHYA 3WF1A 4XZBA 3WNPA 4JL1A 3W29A 2W61A 4X0VA 3CZGA 3FW6A 2DSKA 1KGUA 3L2LA 1BG9A 7CGTA 1PX8A 2QPUA 2PBGA 1E6NA 5AC4A 1V3LA 4UR9A 3VMNA 4AZCA 3UCQA 1ED7A 4DWSC 3WDPP 1GPFA 3VIFA 1PZ3A 1V03A 4AZ5A 1VFMA 3NJ3A 3N1AA 3WELA 2WMKA 3AIQA 3CHEA 2O9TA 1UA7A 2VRQA 3AICA 3VOCA 3THDA 2JE8A 1QNOA 3WFLA 3OIHA 1G5AA 2J7HA 1W2VA 3QHOA 5IXEA 1GOQA 1W3JA 3WUGA 4A3YA 4BCEA 3D5HA 4JFVA 4D6JA 3N12A 2XFRA 2CESA 1K9TA 2Y4SA 1QI5A 1GW1A 4PMQA 1QNRA 3OLIA 3ARUA 3M46A 2YA0A 3TTSA 2J75A 2ZUMA 3AS2A 1V6WA 4IUGA 1JAEA 4PMDA 4OOZA 3II1A 3BAYA 5BWFA 2D22A 1UWSA 4V2XA 1EH9A 1LL7A 1MYRA 3KL5A 1BFNA 2PWEA 2BV9A 1UD5A 3BAXA 2D2OA 3KZSA 5HPCA 2VRJA 4M81A 4AIEA 3ZSSA 1UOKA 1SFSA 4MJ4A 1JNDA 2W5FA 3T0AA 1KQZA 3WN6A 3K8LA 3WH9A 3T0BA 1LWJA 1WDQA 4GO8A 2VVSA 2PI6A 1JI1A 5DF0A 4MAZA 1CIUA 1JZ3A 3ARSA 5BXRA 1UH3A 5A6KA 5HOSA 3AROA 3UG5A 1JNEA 2O9PA 4W8BA 4UOQA 1S46A 3PZMA 1LL4A 3VGBA 1J01A 3BGAA 3K46A 4UQCA 1B9ZA 5AYIA 2WMIA 4RE3A 1KBBA 1OD8A 3PZQA 4WSJA 3GTNA 1XHGA 4DWSA 1HKJA 3ECQA 3U5UA 3ZIZA 5BXTA 1LL6A 1W91A 1OT2A 1JD9A 3QHMA 5D9MA 2EJ1A 3RCNA 2WVVA 1CEOA 1ZBCA 2D1ZA 2FGLA 4J7RA 3G6MA 1C3FA 3MUZ1 4E4PA 4HA3A 3MMWA 2VX4A 2DIJA 4IISA 3WEZA 2G3IA 2DT1A 2JEQA 3SCSA 3PHAA 4XUYA 2AOSA 3SUSA 1CXFA 1RP9A 1HJWA 3MS8A 2A3CA 4AISA 4BA0A 4F9JA 1UR1A 3CZJA 3J7HA 1MVYA 4Q22A 3VX1A 1B2YA 4PUEA 4H7VA 3W37A 1E6PA 2F61A 3ARYA 1K9FA 4AIUA 2OSWA 5IDIA 4U2YA 3OA5A 1V0LA 3SEPA 1CXKA 1Q6EA 3SCVA 2W66A 1PEZA 4J28A 2PB1A 1HIZA 2YLAA 1CNVA 4M56A 4W93A 4B9YA 4CU8A 1EHNA 4GI6A 1GNXA 2DDXA 3N04A 3CHCA 4Z2LA 2RTSA 1GJWA 4PCTA 3WF2A 4CD7A 3RO8A 3WQ4A 3UERA 1XD1A 1TCMA 3WQ5A 1JZ2A 3CTTA 1BAGA 2WXDM 4J3UA 2CHNA 3OGRA 4KMQA 3G6LA 5JIWA 5KZ6A 3CUGA 1E55A 2PWFA 1XC6A 1EA9C 2XIIA 3LPPA 1AIWA 5D9PA 5GPRA 1LF1A 2X1IA 2ZICA 5AC5A 3VGEA 3FN9A 3A4XA 2YA1A 3WQ6A 1V0KA 3ARXA 3CUJA 4HOWA 4UQAA 3B9EA 4FLSA 4AZGA 3CGTA 3OGSA 1Q4NX 1UWRA 3TTQA 4B16A 4DUWA 2G4FA 2CKRA 3HU7A 3I3DA 1CXEA 1JXJA 4E8CA 4IPLA 4YPJA 5ABFA 2XTKA 5EFDA 4OUEA 1VB9A 1PIGA 1BGGA 3N9KA 2GK1B 4N42A 3M6DA 3BAJA 3ZJ7A 2C7FA 2ZWYA 2XIBA 4LPCA 2MANA 1M7XA 2E9LA 5DFAA 3ZQ9A 1GHRA 2PF0A 4ATWA 2X2YA 1OD0A 1JYNA 3GZAA 2JF6A 4EE9A 1HL9A 5EB8A 1W3KA 4HA1A 4AZHA 2DT3A 1BYBA 4UFIA 4AYSA 1C7TA 4ATLA 1A3HA 1EGZA 1CBGA 3SCUA 1BYAA 2VX6A 2WVTA 3RM4A 1NWTA 4N0RA 3AXHA 2WCSA 3ZMRA 2QLYA 4JKLA 5BYWA 1J10A 2VI0A 3RM8A 4LXFA 5FKYA 1X6NA 2VZUA 4NRRA 1VFFA 4W8LA 2OLHA 4HU0A 3N18A 3AIEA 5A8PA 3CUHA 4MB5A 1OCQA 3UG3A 1WB0A 4ZE4A 4H8HA 1UWQA 3AHZA 1NP0A 5D9OA 2FH6A 1D2KA 4PBGA 1VF8A 3A3HA 3SCQA 4B15A 4PTWA 4M29A 5M17A 3WD0A 4D6DA 2VZVA 1HKIA 1DHKA 2XUCA 1EO7A 1QHZA 1Z32X 3FHQA 4DUXA 4C7DA 4H8VA 1W1TA 2Y2WA 1FP9A 4W5UA 4W87A 1B0IA 4BQ3A 1HL8A 2ZX8A 2FHCA 3N17A 2BS9A 4GI9A 2GJXB 2EPKX 2D3NA 1XSKA 1K9DA 1TUXA 2C0HA 1OWQA 3SUUA 1XYZA 3OLEA 3EMQA 3FXYA 5I2UA 3N11A 4LGXA 2W4XA 2VCCA 2DH3A 3W82A 3MSDA 1U2YA 4CU7A 1H49A 2OSYA 2YBTA 2E8ZA 3CPUA 5EMYA 1UD2A 4D1JA 2BY0A 4AD2A 1U30A 4QFUA 3W28A 4E8DA 3VGFA 2YJQA 2WMIB 1UR4A 2ZIDA 1E4IA 1W3LA 4AZIA 1UG6A 1JXKA 3CIVA 1YQ2A 8A3HA 3WUEA 5I6SA 1E1FA 3D3AA 1E40A 4U5KA 1NWRA 3BAKA 1HX0A 1QBBA 3THCA 4U5IA 1W9VA 4HU8A 1TE1A 2VR4A 4CCCA 5CGMA 1WZLA 4CN4A 1KFWA 1HT6A 2FHBA 1CXHA 3ZJKA 1ZBWA 2FHFA 3AHXA 5JIPA 4D72A 5E70A 3AIUA 1DWHM 1VIWA 4GQRA 3SCRA 3W81A 1MXGA 1G1YA 5I78A 3KWXA 5I5RA 3GXDA 1FP8A 1VBRA 1N82A 1J0ZA 3O2LA 3VIPA 2D24A 2E40A 5FCZA 2E4TA 3PZVA 3POCA 2EXOA 3A47A 3WY1A 1LG1A 2J62A 2WZHA 3ZJ8A 5CXPA 1FFQA 6A3HA 4JHZA 4PSRA 5A6BA 1CTNA 3PZIA 5D8WA 5I0DA 1EOKA 1V6XA 1TVPA 1CXLA 1UUQA 4OOUA 2ZXDA 3VDBA 2WZEA 4UZSA 3EDFA 3NSNA 2WNWA 4RE2A 2JIEA 2XWEA 2WHMA 5FL1A 3ZM8A 4H04A 4HZ6A 5DO8A 3AIBA 2J7DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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