1GZG | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	NRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQNGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRVMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQLRR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title	Structure of porphobilinogen synthase from Pseudomonas aeruginosa in complex with 5-fluorolevulinic acid suggests a double Schiff base mechanism. pubmed doi rcsb
source organism	Pseudomonas aeruginosa
total genus	126
structure length	329
sequence length	329
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2002-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1gzgA00

1GG0A 4Q4KA 1IGSA 5D2VA 3WK1A 2GVJA 2Y62A 3F4WA 4TU1A 2YX0A 5I3FA 1FX6A 1B4EA 3Q58A 4EVZA 2CLFA 3P8IA 1JUKA 1H61A 2OT1A 4HSNA 5EYWA 4XTIA 4JNMA 5I3HA 3G0UA 3PG9A 1YTEA 2PRHA 4LS1A 3TXVA 2OT0A 2EAWA 1K8XA 4UMCA 1OX4B 2BZNA 2DZUA 5AOUA 1OYCA 4BFAA 3TAOA 3LGEA 3NZRA 4O1BA 4NX0A 4EWND 1UUOA 3N2XA 4Y9AA 1T99A 4WOZA 5D2XA 1QMLA 4GUJA 4YLWA 2A21A 4Z0SA 2QCGA 2B7OA 2ZA2A 4RLIA 3VE7A 3NNTA 3IVTA 3G22A 1SZGA 1GPWA 4I7UA 4UNLA 2VC6A 1O4UA 4JY9A 4JD4A 3M1ZA 3UXAA 2JKAA 1GG1A 2Z1BA 2E1DA 3MWAA 1VHCA 1AG1O 3S0CA 3C0JA 5D05A 4A2RA 1TIMA 3W2LA 2V9DA 5D32A 3OHIA 4UFKA 3FJ6A 4JTSA 1J5TA 1XFBA 5FF2A 5D33A 3S5ZA 3M5ZA 3MP5A 5T26A 2P1FA 2JKPA 2ATMA 3C61A 3FEMA 2YW4A 1FQ0A 3EWXA 1K7EA 2EHHA 4IPIA 3NZ1A 3TA6A 1I2PA 2E6YA 3I6RA 4RZ4A 1GEQA 4BWLA 2E09A 3S5YA 3NVTA 1LM1A 1VCFA 4HPXA 1C8VA 2I1OA 2DZXA 3IIPA 3CEUA 4TO8A 3WJWA 1GVFA 4DQWA 3OVRA 3L0GA 2YR1A 4Z0JA 3NL6A 1H50A 5AC8A 3PG8A 4GUHA 3HGSA 2P0OA 4FEZA 2CLKA 1OF6A 1X1ZA 4EF9A 1FCVA 1RPXA 4OWGA 1G69A 1TJRA 2C0AA 1W5MA 2TSYA 4O1CA 3OG3A 1JQXA 4YCOA 2H8ZA 3Q37A 2ISWA 3HGOA 4JX5A 3UPBA 5CG7A 1W3IA 1MEWA 1UBSA 3W1PA 3CWOX 2YXGA 4LNYA 1HUVA 4JDYA 4EF8A 1OFOA 4BWLC 4MYXA 3O07A 4DO6A 1EPXA 1GJPA 5HJLA 3AO0A 5C2XA 3NQAA 4JXCA 4MLRA 4D2JA 4UTMA 2VEIA 1NAL1 4K7YA 1EX5A 4OV4A 3FLUA 3IIOA 3BVJA 1JCNA 4UTWC 3IVSA 4AWTA 3E49A 1F74A 3TIMA 2ZTJA 3GDTA 1TPVA 5K9CA 4JTEA 3W07A 2TRSA 3IV3A 3R12A 4OU1A 5AFDA 2HTMA 4MKNA 4YL2A 4Y8FA 4FX7A 1Z42A 3NDOA 3O1NA 3STFA 2HS6A 1KTNA 5J5RA 4M7SA 4MY9A 4O53A 5CPNA 4A29A 4JTKA 3MYOA 5AHIA 3BGJA 3W7HA 3TW7A 5EA9A 1EIXA 3V1PA 2R8WA 1JQVA 2X1UA 2YPIA 1O95A 1YXDA 3CTLA 3GB6A 2V5BA 4IMGA 3UWYA 2CWNA 3I65A 2JGYA 5CZ0A 2WQPA 3VNDA 3I7QA 4FNTA 1RZMA 4Y6GA 4R7JA 2G5WA 5FF0A 1TMHA 4A3UA 2RDUA 3LX9A 1TV7A 1FWTA 3W23A 2FQIA 4S2CA 3TH6A 4C1LA 4LRSA 1W0MA 2AGKA 3HJZA 1ME9A 3G8RA 2G97A 4M7TA 1K8YA 1QFEA 1SO4A 3UY7A 2V82A 1G7UA 4QISA 1PIIA 3NQGA 3NEVA 5C55A 1ICSA 4TMBA 3KHJA 1MSSA 1ZY9A 1W8SA 1G7VA 3NL2A 2ZTKA 1Q3NA 4WQ6A 5K2ZA 1H62A 2WOQA 3GDRA 3ELFA 4QM1A 3TQ0A 1DJQA 3NQVA 3ZWTA 5F1VA 1VR6A 2J9YA 2A7NA 5AB3A 1I4NA 4OGZA 5EPDA 2ZRXA 4DEFA 3S1VA 4K8EA 4PFMA 2RFGA 2WNQA 3L67A 1S5TA 3IEBA 1V7YA 1O60A 1TV8A 2NX9A 1XI3A 6TIMA 3ZWSA 4N6FA 3LB0A 3SJ3A 4UTJA 4YXGA 3T78A 3NM1A 4MY8A 1LRTA 4IJBA 3NQ2A 1SW7A 2CZ5A 3C4UA 4LVBA 3W87A 4IMFA 4OE7A 5F2IA 4BR1A 3T55A 3TR2A 4YMZA 3TSDA 1JULA 4ZQOA 1UCWA 2ABBA 4QAIA 1SPQA 4QNWA 4LVDA 4U4MA 1H5YA 2Y85A 2CLOA 4M6QA 1FCBA 2DZSA 4UMAA 3R2GA 3HB9A 3P60A 1CX9A 4DPQA 5K9XA 4JTJA 1F73A 3U8GA 4GUGA 2ABAA 4UTKA 3O15A 2QUVA 1KLZA 2OJPA 1GVSA 1OFRA 3VFLA 3PC0A 5KZDA 4M6PA 1ZHAA 1SSGA 2LLEA 3A5FA 3B8DA 3FKRA 3L9CA 5DY2A 3M41A 1R46A 3W1LA 1DL3A 5HUOA 2PC4A 3I7RA 3RMJA 3LV5A 3LHTA 3G8EA 3MP3A 1OFBA 3B05A 4N4QA 1KLYA 2X1TA 1VH7A 3L2IA 4N9BA 5G4WA 3GAKA 4FXRA 2OMAA 1U5JA 3W76A 4IMCA 3UWWA 4UTTA 2QKFA 3P81A 3S8HA 4UR8A 1XUZA 1M7OA 3L0KA 1R2SA 4LVFA 5LNRA 1DJNA 1Z41A 3B03A 1K3UA 1R30A 1XCFA 5CZSA 3E02A 4FIRA 3P61A 4AWUA 3GX9A 3DXIA 3W7OA 4JR5A 3GNDA 3B0PA 1VC4A 2C6QA 3H55A 3HGJA 3W7EA 4JYFA 1WA3A 3CIXA 1DBTA 1LRNA 1V5XA 3W6YA 3EKLA 1SW3A 4FX8A 2QCNA 1JVNA 3W83A 1HFBA 3G3DA 1YLVA 3CPRA 1SUXA 1VLIA 1X6UA 3ATZA 4RKAA 4U28A 2GVGA 2VOMA 1UJPA 1XBYA 2WO5A 3G1AA 3S5OA 4FXSA 3GK0A 4BI5A 4O16A 4XQ6A 1B57A 3M47A 4XBKA 2JKEA 1NF0A 3RFAA 1AW2A 3DFSA 1XL9A 3LERA 3HGRA 2QAFA 3EXRA 3PUEA 4FNPA 1Q6QA 2A4AA 3E9AA 5BMXA 2E6FA 4N2YA 3LRMA 1VCGA 4NZJA 2C13A 1WAUA 3MHGA 4UIOA 5LKYA 2ZRVA 3UZJA 2GOUA 2HSAA 4H4IA 3NQFA 3HMJG 2NLIA 3HOJA 2YZRA 1TV5A 4AVFA 2VEKA 3A9IA 5HQEA 4K8HA 5CKSA 2EKCA 3FA5A 1JRCA 5G2WA 3W2NA 3L68A 4NT0A 3C52A 1I2OA 2NX1A 3GDLA 4JX4A 1SR9A 2GVLA 5TQLA 4NJIA 1OFEA 4GC4A 2F7FA 4RZ5A 2WSRA 3L0NA 4WY0F 3UWUA 4TMCA 5HWJA 3W86A 4K6AA 1FWSA 3LHUA 3R13A 3QH2A 1UUMA 3QSTA 3B4UA 3KFTA 3B0UX 2QDGA 5K3VA 4IXHA 3B06A 3R89A 5H2ZA 2X2GA 4I7WA 3G1SA 4O0ZA 4HSOA 3NQ7A 3M0ZA 1VYPX 5FEXA 2RDTA 3G0XA 3NO5A 4PL2A 3SR7A 1SU5A 4MZYA 4O4VA 4JYEA 3BW3A 2X16A 2NWSA 4PC8A 3W70A 4UC5A 3PULA 4FNSA 1ZCOA 3HO8A 3LXCA 2QAPA 3UPWA 5HR6A 1YDVA 2V2HA 2DZWA 3TMQA 3TFCA 2KZHA 3STEA 2E5DA 4XBSA 1KM5A 3N73A 1LDCA 2A85A 1KFLA 4GJ1A 3GYEA 1G4PA 3QPYA 2B7PA 4OT7A 3QEZA 3UNDA 1OFQA 2DU2A 3N14A 1XBXA 2QF7A 3DZ1A 1IF2A 3BG3A 1J2WA 3F1QA 1LP6A 5L6UA 3W9ZA 3MI6A 3PBWA 3DAQA 3PBVA 5C6MA 5EY5A 4JIPA 4O13A 1TPFA 3W2KA 4LU0A 1W5PA 3VE9A 2C14A 3PUDA 2GJLA 4H3DA 4IUOA 1W56A 3SFKA 2GQ8A 4HNNA 5EKYA 4O57A 1H7NA 3DENA 2E5CA 3RLUA 4CCEA 2J6XA 3TUUA 1L9WA 1A53A 3BO9A 5SWUA 2HMCA 3LCGA 1K7XA 2FPVA 1OYAA 1SO5A 3PB2A 3OVPA 3DKLA 3P5ZA 1E51A 2BX7A 3NPWA 1OF8A 1XDMA 4LC6A 3THAA 2BXVA 2V81A 2C1HA 3C2VA 4N9EA 3G18A 4FNQA 1LOLA 4ICNA 3QF0A 1O94A 2VXNA 3TXZA 3O05A 4UTIA 2VFDA 3S1UA 3W22A 3M9YA 3BGGA 4LV4A 4JTTA 1ONRA 1ZJIA 1LOQA 2H90A 3N9SA 4CQ9A 2R94A 3OEXA 3WK0A 4XWUA 3LLDA 1T8XA 1WX0A 4RK8A 2FB3A 5A8GA 2WNNA 2YGYA 4ADUA 2H3BA 3UWVA 3NGJA 3T40A 4OHQA 3A21A 2GQ9A 2X30A 3TSMA 4PODA 3SY5A 3GVGA 4TX9A 1OX5A 3UD6A 1EEPA 5D2YA 1GWJA 1NSJA 3TC7A 2DZPA 3UZ5A 1N55A 4UFHA 1EB3A 1P5BA 1TSIA 5FESA 3IIZA 3L5LA 2ZZ5A 5F2LA 4O11A 3C2FA 2I14A 2V30A 1LZOA 5KSWA 2QEZA 4O54A 4BF9A 5C5YA 4OV9A 4R33A 1JCMP 2O7SA 5EBUA 3GXNA 4LUJA 1QO2A 3GR7A 3QQ0A 1TRDA 3TJXA 3TX9A 4JIQA 4ALDA 3P8JA 4N4PA 5F1UA 2PRMA 3MP4A 2PCQA 4X2RA 3RK8A 4LTSA 2Q3RA 4DPPA 3FKKA 3FYPA 5K4XA 1G4SA 3BPWA 3IGXA 4YWIA 4OQVA 3W2UA 4FX6M 2GJNA 4RR4A 3EX1A 1ME7A 4Q32A 3WK3A 2W79A 3QMSA 4NU7A 1FBAA 1EWEA 5DLCA 4P61A 4LS2A 3A23A 4ZZ9A 4MJZA 1OK4A 3DHFA 1MO0A 3FIGA 3KVJA 2CU0A 3W3OA 1WOAA 4IWWA 4WUIA 2ZZ6A 3PBYA 1HL2A 3G1XA 3P74A 5CPMA 3LRKA 4MPQA 4AB4A 4HIBA 5FF4A 1C9DA 1P1XA 3ZFHA 1S3HA 1MEHA 3W7PA 4O4WA 4A22A 1VHNA 1H60A 1L6SA 3OA3A 3W73A 3EB2A 2CZFA 1OABA 3C2EA 2YFNA 3L65A 3VI2A 5L9FA 1DQWA 2A1YA 4LV9A 2Y7EA 3NL5A 5CZJA 1Q6LA 1UASA 1PVNA 4LW7A 3W1QA 1H7OA 1H7WA 1TB3A 3KOFA 3QRHA 1O5XA 1Z48A 3EX2A 3DFQA 3QYQA 1ZFJA 1TCDA 3CC1A 1JUEA 5AC6A 4POCA 2ZZ3A 1NEYA 3DU0A 4RCXA 4JS3A 5K4ZA 1XXXA 3PWAA 4MUZA 3DI1A 1W5OA 4HKPA 3NPUA 1OVDA 3W1MA 2Y61A 3LXBA 3ABSA 2FB2A 1TPDA 3FYOA 4AF0A 1F2JA 2R91A 1WQ5A 2QCCA 4PEKA 1F7BA 4L4MA 2X1RA 1QOQA 2V5LA 2YDAA 2W0UA 1T96A 1CI1A 1DOSA 2ISVA 3SIZA 4UMBA 5G1YA 4TIMA 1ZENA 4JEQA 4C1KA 3G1DA 1TTQA 2QR6A 3V75A 1W5QA 4MIMA 2ZRUA 3WJSA 2UV8G 4DO5A 1BTMA 5LHEA 4NXKA 1AL7A 3MBFA 4CQ8A 3EWYA 4HT3A 3SGUA 2NX3A 4O17A 2FPTA 4UR7A 1YTDA 4X22A 2Z0IA 4PCFA 3IIVA 1C29A 1KBJA 1F6PA 1I2NA 3KRSA 4WD0A 3P67A 3O16A 2YFOA 3C2OA 5LNVA 3GDMA 1I2QA 1VGAA 1KTBA 3VCRA 4JTIA 4GWEA 2ZDRA 1ADOA 2RH9A 3BW4A 4MFDA 5DELA 4GXMA 2P10A 3A24A 3LHZA 2ZZ2A 3MHUA 1ZAIA 5F4SA 3FJLA 3SW6A 1FCUA 4JTUA 1U83A 2A6NA 2I9EA 4HHPA 3E0IA 1THFD 3M5XA 3W7LA 2VFGA 1B4KA 3KRZA 3LI0A 4KFPA 4NJGA 3OVQA 3UQNA 2Y70A 3UY8A 1T0OA 2C18A 1F05A 4FO4A 3LBCA 4RJEA 3EWBX 1FCQA 3LCXA 3LOTA 4IMDA 1O5KA 4A21A 1KM2A 3T7VA 3HQ1A 4ADTA 2NXIA 4Z08A 1JJKA 2RDWA 5A5WA 1L2UA 4IX0A 4AF0B 2OCZA 4RXGA 3STCA 4DO4A 4N6EA 3Q94A 3QJAA 3G0SA 2XN0A 4GUIA 1B9BA 3LI1A 1IIHA 1QPNA 1QPOA 4XZ9A 5AHFA 1LBMA 4GUFA 3GDKA 4AHPA 5KZEA 3O6CA 2E6AA 3LV6A 5KMYA 4CCDA 1G6CA 1QOPA 3EWUA 3W7JA 1P4CA 5D2TA 1NVMA 1KA9F 3M44A 2YYTA 4EIVA 4Y90A 3GIYA 4HN4A 5LNSA 5KINA 1OFPA 1W31A 1TQJA 3STGA 1KM1A 5BRBA 1WXJA 1R2TA 1VS1A 5HWNA 1OFDA 1R47A 1JRBA 4O50A 3C8FA 3NQDA 2ZRYA 3WJZA 4NNAA 1PL9A 3HG2A 5CSRA 1VPXA 1F5ZA 1KM0A 1FWNA 2YW3A 5G4EA 2J9ZA 3W1UA 3ZS4A 1YADA 2AAMA 2CW6A 2Y7DA 2JBMA 5CGQA 1GQNA 4MLJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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