The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
58
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structure length |
58
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Chain Sequence |
GKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVNDRQGYVPAAYVKKLD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cytoskeleton
|
| molecule keywords |
SPECTRIN ALPHA CHAIN
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| publication title |
Unspecific Hydrophobic Stabilization of Folding Transition States
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
11
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| structure length |
58
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| sequence length |
58
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-11-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1B07 A; 2F2V A; 4HXJ A; 2DRM A; 4HCK A; 1XOV A; 2A37 A; 4E6R A; 2HCK A; 1YWP A; 3NHN A; 1GFC A; 2KRS A; 2RNA A; 2PNI A; 1PRL C; 2BZX A; 2JT4 A; 2J6O A; 2J7I A; 3UAT A; 2BTT A; 1SSH A; 2DX1 A; 3JV3 A; 3ZL7 C; 3ULR B; 1FMK A; 1YP5 A; 4OMM A; 1RUW A; 5EC7 A; 1JXO A; 2MIO A; 2KT1 A; 2LJ0 A; 1SRL A; 1YNZ A; 1QKX A; 1QWF A; 5FWB A; 1K9A A; 1GL5 A; 2JM9 A; 1GCQ A; 1ZBJ A; 1K1Z A; 1NLO C; 1EFN A; 1VYV A; 3UF4 A; 3I5R A; 2KYM A; 1X2K A; 1JQQ A; 1HSQ A; 1I07 A; 4R0K A; 2DL4 A; 3EHR A; 3UA6 A; 2JS0 A; 2DBK A; 2CT3 A; 2AKK A; 2K79 A; 1T0H A; 4AG1 C; 2AZV A; 2LMJ A; 1UJY A; 2D8J A; 1M27 C; 1TG0 A; 4J9H A; 2AK5 A; 2YUQ A; 1WYX A; 4HVU A; 2KRN A; 4LE9 A; 1BU1 A; 2K3B A; 1TUC A; 3TSZ A; 5I11 A; 1GRI A; 1K0S A; 1RI9 A; 2EYY A; 3A98 A; 1ZX6 A; 3VS7 A; 2M51 A; 2JM8 A; 2KXD A; 4F16 A; 2DLP A; 2F2X A; 2HEQ A; 2GQI A; 4GBQ A; 2JMC A; 2V1R A; 1H3H A; 4AFQ C; 2ABL A; 4M4Z A; 1J3T A; 2L0A A; 1U06 A; 2RN8 A; 3VS3 A; 4HVV A; 2KGT A; 1E6G A; 1ARK A; 2XMF A; 2DL7 A; 2RQV A; 1ZSG A; 1QLY A; 4D8D A; 2EW3 A; 4Z88 A; 4EIK A; 4JZ3 A; 1K76 A; 2RQR A; 1UG1 A; 1G83 A; 1UFF A; 2FG0 A; 3M0S A; 3RNJ A; 3QWY A; 2FPD A; 1KJW A; 3PVQ A; 2DL5 A; 1UGV A; 2EYW A; 3H0I A; 5GJW B; 1H92 A; 1K0X A; 4F14 A; 2BZY A; 1M3C A; 1QCF A; 2EPD A; 1S1N A; 1UE9 A; 3CQT A; 2JMA A; 2JS2 A; 2GBQ A; 1RLQ C; 3NPF A; 1UEC A; 4AFS C; 1BK2 A; 2ECZ A; 2VWF A; 1VA7 A; 2C0O A; 2LQN A; 2ENM A; 5FW9 A; 4QT7 A; 4Z89 A; 1GCP A; 1GFD A; 3VS1 A; 3EHQ A; 1AOJ A; 2HSP A; 2CSI A; 2RPN A; 1X2Q A; 3THK A; 2K7A A; 2LX7 A; 4JJB A; 5FWC A; 2CRE A; 1I1J A; 2VKN A; 1JXM A; 4CC7 A; 1IO6 A; 1PWT A; 3VS0 A; 2O2O A; 3VS2 A; 1NLP C; 2JTE A; 1SRM A; 2KEA A; 4K11 A; 2EYX A; 4FSS A; 1ABQ A; 1V1C A; 2ED0 A; 1PHT A; 1UUE A; 2KRM A; 3REB B; 1OV3 A; 4RTT A; 1U3O A; 1GBQ A; 2L3P A; 1X27 A; 2YSQ A; 1N5Z A; 2AZS A; 2D0N A; 2O88 A; 2KNB B; 2W0Z A; 4J9B A; 4OMO A; 4DEY A; 1WA7 A; 2FPE A; 1X43 A; 2ESW A; 4WCI A; 1NG2 A; 3IQL A; 2A08 A; 2CUD A; 3LH5 A; 3H0F A; 4ESR A; 2PTK A; 1YCS B; 4JJC A; 1M30 A; 1E7O A; 5IHI A; 3REA B; 2F2W A; 5I22 A; 2KXC A; 2V1Q A; 1AVZ C; 2A36 A; 2EQI A; 5IXB A; 4RTU A; 2K6D A; 2AKL A; 1A0N B; 1OPL A; 1M3B A; 2EGE A; 1W70 A; 1HJD A; 2FRW A; 2MCN A; 4LNP A; 1U5S A; 1CKA A; 4J9G A; 2DJQ A; 4JZ4 A; 1JU5 C; 4F17 A; 2DL3 A; 3PE0 A; 3PVL A; 2GGR A; 1RLP C; 3O5Z A; 2DRK A; 2CSQ A; 2OI3 A; 4KRT A; 2YDL A; 2RMO A; 3SHW A; 1MV3 A; 1JEG A; 3VRY A; 3C0C A; 4CC2 A; 5IHN A; 1H8K A; 2GTO A; 2PZ1 A; 2RQW A; 3R6N A; 3VS4 A; 2HBW A; 1G2B A; 2RQU A; 3VS6 A; 2W10 A; 2M0Y A; 2FRY A; 1W1F A; 4J9D A; 1Z9Q A; 5IHK A; 1KSW A; 4JJD A; 2FO0 A; 3SEM A; 4RUG A; 2SEM A; 1WDX A; 1NYF A; 2K2M A; 1HD3 A; 2H8H A; 4OMQ A; 2CH4 W; 3EG3 A; 2LJ3 A; 1WLP B; 2IIM A; 4DEX A; 1OEB A; 2KYB A; 2YUN A; 1BBZ A; 1YWO A; 1B3Q A; 3NMZ C; 2DIL A; 2E5K A; 2P4R A; 3I35 A; 2X3W D; 3GBQ A; 4AFZ C; 1AEY A; 2GNC A; 2O9V A; 3I5S A; 1ZUU A; 2DF6 A; 1ABO A; 1NEB A; 2L3Q A; 2QDL A; 4RTZ A; 1UHF A; 4LN2 A; 3FJ5 A; 5ECA A; 1SHF A; 2C0T A; 1AZE A; 3M0R A; 1LCK A; 1UTI A; 1SPK A; 2GTJ A; 3EGU A; 3M0T A; 2JXB A; 1AWO A; 1KIK A; 2YT6 A; 2J6K A; 2KT8 A; 3RBB B; 2LJ1 A; 1WI7 A; 1M3A A; 1Z9Z A; 1JO8 A; 4D8K A; 1AWX A; 3H0H A; 2BZ8 A; 2D8H A; 2NWM A; 1CKB A; 2FPF A; 4JPB W; 4OMN A; 2DE0 X; 1SEM A; 5GJV B; 1M8M A; 2YUO A; 1WX6 A; 3U23 A; 1NEG A; 2J06 A; 1PRM C; 2J6F A; 2DM1 A; 2LZ6 B; 1GCQ C; 1AWJ A; 2ED1 A; 1UHC A; 3EG1 A; 4J9F A; 2EYZ A; 3KFV A; 3EG2 A; 1UJ0 A; 4X1V A; 4Z8A A; 1ZUY A; 5L23 A; 1VYT A; 2OJ2 A; 2EGC A; 2EKH A; 2C0I A; 2DNU A; 1OPK A; 4RTW A; 2CUB A; 1AWW A; 4GLM A; 4J9I A; 4OML A; 2B86 A; 3QWX X; 1T3S A; 2DL8 A; 1VYU A; 2DVJ A; 3M0U A; 3VRZ A; 2L3S A; 1YN8 A; 1NYG A; 1T0J A; 2LCS A; 1PKS A; 5HCK A; 2HDA A; 2EVR A; 4J9E A; 1K4U S; 1NM7 A; 2JW4 A; 2SRC A; 1E6H A; 2I0N A; 4CC4 B; 3M0P A; 4HVW A; 2RF0 A; 3M0Q A; 2MOX A; 2KE9 A; 2O31 A; 2NUZ A; 2ROT A; 2YUP A; 4LUE A; 1Y57 A; 2CDT A; 3NGP A; 2ROL A; 4RTX A; 1AZG B; 3EG0 A; 2CT4 A; 2X3X D; 2KR3 A; 3VS5 A; 1PKT A; 2J05 A; 4A63 B; 1PNJ A; 2KRO A; 1OOT A; 1WXT A; 4CC3 A; 1UDL A; 4ZNX A; 4ORZ A; 1I0C A; 1TUD A; 1X69 A; 4OMP A; 1W6X A; 1QKW A; 1MV0 B; 3TVT A; 2O9S A; 4AG2 C; 1WXU A; 5IXF A; 1T3L A; 4IIM A; 1ZUK A; 3TSW A; 2DYB A; 1BB9 A; 2FEI A; 2VVK A; 3I9Q A; 2DMO A; 4RTV A; 1Y0M A; 4LUD A; 2A28 A; 1ZLM A; 4IIO A; 1QWE A; 2KBT A; 2LNH B; 1GBR A; 2DA9 A; 2G6F X; 2LP5 A; 2CH4 A; 2RQT A; 1FYN A; 1WFW A; 1WXB A; 1AD5 A; 1WIE A; 1KFZ A; 3H41 A; 2L2P A; 1X6G A; 2EBP A; 2OAW A; 4J9C A; 5IH2 A; 1SHG A; 2EGA A; 4RTY A; 1CSK A; 4Y92 A; 4AFU C; 2D1X A; 2LQW A; 1MUZ A; 1X6B A; 2K9G A; 3UA7 A; 2DBM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4HXJ A; 2DRM A; 4HCK A; 2A37 A; 2M0O A; 3V8K A; 2JOY A; 3NHN A; 3GF5 A; 1IXD A; 2PNI A; 3OYA A; 1YI2 Q; 1AHJ B; 3UAT A; 1SF9 A; 2A3L A; 3CCS Q; 1ZSZ A; 2DX1 A; 3ZL7 C; 3EH2 A; 1SKU B; 1YIJ Q; 5EC7 A; 1RUW A; 5GMK e; 1N6A A; 1SRL A; 1UGR B; 5GAO r; 2E12 A; 3LW5 E; 1GL5 A; 1GCQ A; 2WSE E; 1NLO C; 1EFN A; 2F69 A; 2QTX A; 3VU3 C; 3BW1 A; 3RKW A; 1Q7Y C; 1X2K A; 2XG8 D; 3OA6 A; 1FXX A; 1JQQ A; 4KH0 B; 3MP6 A; 3ASK A; 3UA6 A; 5KH6 A; 2H3J A; 1C0M A; 2ATC B; 2LMJ A; 2D8J A; 3CC7 A; 1VQO Q; 1I5L A; 4C5H A; 3LWI A; 1TTH B; 4Z02 A; 3I55 A; 1WYX A; 2QAS A; 2COW A; 2K3B A; 1K0S A; 1RI9 A; 4PJO A; 4C8Q A; 2QDY B; 4MZM A; 1G3S A; 2KXD A; 2DLP A; 1M1F A; 4JDS A; 5FU7 B; 2GQI A; 4A53 A; 3RR6 A; 4GBQ A; 2DEU A; 2JMC A; 2V1R A; 1H3H A; 2CP0 A; 3C4S A; 4M78 A; 2ABL A; 4DA4 A; 1KD1 U; 3OYK A; 1U06 A; 3VS3 A; 2KGT A; 1E6G A; 2DL7 A; 3JB9 F; 3X26 B; 1K76 A; 2YHT A; 1TSF A; 5GAN 7; 4M77 C; 4J7F A; 2QEX A; 3HTR A; 3PVQ A; 3MHX A; 3H0I A; 5GJW B; 6AT1 B; 1FX7 A; 2D6F A; 1M3C A; 3CCQ T; 1N27 A; 1OUL A; 1VQM Q; 2JS2 A; 2GBQ A; 2WAC A; 4DBR A; 1RLQ C; 1BK2 A; 2ECZ A; 2VWF A; 5GAM d; 2RHI A; 2LQN A; 1N8R C; 2ENM A; 5FW9 A; 4QT7 A; 4HA8 A; 4Z89 A; 2K5L A; 3MJX A; 5GAM e; 4PJO E; 3VS1 A; 3EHQ A; 3V7C A; 4C8Q E; 1WHJ A; 2HSP A; 1WZO A; 1VQN Q; 1RAG B; 4LDU A; 3FEO A; 2COY A; 4E7K A; 5FWC A; 2CRE A; 2PVD B; 1UGQ B; 3CCV Q; 4CC7 A; 3CCU A; 1PWT A; 3OYI A; 5GAM g; 3QZ5 B; 3I56 A; 2JTE A; 3EFS A; 3X25 B; 2D0Q B; 3OYD A; 1F1B B; 2XKO C; 2VAS A; 1Q86 R; 4O6J A; 2WSC E; 2LTO A; 3P8D A; 2RI5 A; 2RHU A; 3OYY A; 4BE0 A; 2HZY A; 1WHK A; 4MDW A; 1X27 A; 2YSQ A; 3NTH A; 1K8A U; 2YLB A; 5D6X A; 2AZS A; 3G4S A; 1Y96 A; 4DQ2 A; 2O88 A; 1MMA A; 5FLX E; 2W0Z A; 4J9B A; 1ZA1 B; 2JNG A; 4BY6 C; 1QQJ A; 4PLI A; 4DEY A; 2CZ1 B; 1UGS B; 1WA7 A; 4PFZ A; 2ESW A; 4WCI A; 3IQL A; 2A08 A; 2CUD A; 3LH5 A; 4FU6 A; 1D1A A; 3H0F A; 2NUP B; 4ESR A; 2PTK A; 3OYC A; 2VV5 A; 1S72 Q; 3REA B; 1OZ3 A; 4AT1 B; 3DB3 A; 2KXC A; 5KCH A; 2A36 A; 3QYH B; 2JUF A; 1A0N B; 1OPL A; 2NUT B; 4KUI A; 4ATO A; 2EGE A; 2M9U A; 1W70 A; 5M9O A; 1KQS P; 4LNP A; 3INZ A; 2XI9 A; 2DJQ A; 1C6V X; 2RJC A; 3OSS C; 4BI3 A; 3PE0 A; 3PVL A; 3JB9 D; 3S3N A; 3CPW A; 4IUV A; 3O5Z A; 4OVA A; 4RG2 A; 4ZGJ B; 5DM7 R; 3GP8 A; 4M7D F; 4A4E A; 4X9D A; 1VQ8 T; 2GTO A; 2PZ1 A; 2RQW A; 4M7A F; 2QA4 A; 3VS4 A; 1R8O B; 2X4W A; 5FRM A; 3DLL A; 4XTW A; 1Z9Q A; 2B8A A; 4JJD A; 3H8Z A; 3SEM A; 1W2B A; 5GAN 8; 4O5V A; 3LH0 A; 4FYX B; 1NYF A; 1Q81 C; 1HD3 A; 2COZ A; 3EG3 A; 2Z0W A; 3QDR B; 1WLP B; 1X75 C; 1IRX A; 1OEB A; 3QBY A; 1YWO A; 1B3Q A; 3M4Y A; 1O75 A; 3RUX A; 2E5K A; 2NUP A; 4OGE A; 3C12 A; 4MZP A; 2R57 A; 4PLL A; 3ME9 A; 1R0C B; 2GNC A; 4JS4 A; 2JVV A; 1IHW A; 1ABO A; 2XID A; 2L3Q A; 5GAN 3; 2XU8 A; 2XD0 A; 1KHC A; 3OY9 A; 2QG9 B; 5ECA A; 3QPH A; 4OF1 A; 1YCY A; 2XHC A; 2JXB A; 3X28 B; 2HAX A; 3CC2 A; 4LD6 A; 4DOW A; 1MMG A; 4D8K A; 5FRO A; 1AWX A; 3KXT A; 3EG9 B; 2FPF A; 5DLO A; 3UPU A; 3CC7 T; 2DE0 X; 3G71 Q; 5IN1 A; 2LC4 A; 3I55 T; 2K2V A; 4V2S A; 1MMD A; 4IUR A; 1Q82 R; 2HD0 A; 1KG1 A; 3EG2 A; 3GNF B; 5FRN A; 4ZTF A; 4WF2 A; 1VYT A; 2ZAE A; 1IRE B; 1OPK A; 1WPY A; 3DLM A; 4RTW A; 2P0K A; 4OML A; 1T3S A; 2DZC A; 1JBM A; 3M0U A; 5LJ3 h; 3VRZ A; 5J3B A; 2E70 A; 1KD1 C; 2Y4Y A; 4PJO F; 1V76 A; 1KQ2 A; 3MEV A; 2YRV A; 1K4U S; 3QJY A; 2SRC A; 1OU8 A; 4RMO A; 2QEX T; 3CCE A; 2PQW A; 1Y7X A; 4M78 F; 2CP6 A; 4X34 A; 1WQ7 A; 4LUE A; 3CBM A; 4IUQ A; 3NGP A; 2ROL A; 1AZG B; 3EG0 A; 4RG8 A; 4A63 B; 1PNJ A; 3CBP A; 1KQ1 A; 2DXB A; 4JJN K; 4CI0 C; 4A4F A; 4M7D D; 1X69 A; 3OMG A; 1MV0 B; 3TEE A; 2VB6 A; 4M7A D; 3TSW A; 2DYB A; 4FCY A; 2FEI A; 2RM4 A; 4DBF A; 4F7U G; 3JAM E; 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1BCM A; 2Y4X A; 2F2X A; 3L2Q A; 1VQ6 Q; 2QA4 T; 4BE2 A; 2CP3 A; 2DK3 A; 4N4I A; 4AFQ C; 1RAH B; 4M4Z A; 1J3T A; 3SD4 A; 4ZGD B; 2P0P A; 3OYG A; 2XMF A; 5CKH A; 1MGQ A; 4C5E A; 4XU3 A; 4FL6 A; 1ZBX A; 2JTM A; 1BI2 A; 3OYL A; 4LDX A; 1UFF A; 3M0S A; 3RNJ A; 3S3O A; 4VUB A; 1R77 A; 2E3I A; 4M77 D; 1K73 U; 4M7A A; 4XTU A; 2EYW A; 3OYE A; 2G3R A; 4F14 A; 4AMC A; 3OYF A; 1W2B S; 1KK7 A; 1Q86 U; 3CQT A; 4OB1 B; 4EMK A; 1NJI C; 3NPF A; 1UEC A; 3CC2 T; 2DYI A; 3A1P A; 1JB0 E; 2QK0 A; 5CCA A; 4FIB A; 4N4G A; 4M75 G; 1GFD A; 1M4Z A; 1JJ2 P; 1X2Q A; 4LDV A; 3THK A; 4JJB A; 1Q81 U; 4M78 B; 1BKB A; 1QMC A; 3CEY A; 3CC4 Q; 2VKN A; 1JXM A; 2C06 A; 1IO6 A; 4BDY A; 1PG5 B; 4PFP A; 3VYH B; 4C0F A; 3ER0 A; 3VS2 A; 4C92 G; 2EYX A; 2PUO B; 1YJW Q; 1ABQ A; 1OQK A; 4KT0 E; 4M7D E; 2EAY A; 1OYX A; 3JCM X; 1BCO A; 1OV3 A; 2QXF A; 4NS5 A; 4M7A E; 4RTT A; 4FYV B; 2L3P A; 3OW2 P; 3F70 A; 1M1K R; 3CCE T; 1YHQ A; 3PFS A; 1M9S A; 3QO3 A; 1YJN Q; 4XTZ A; 3LGF A; 2E41 A; 1BI1 A; 2FPE A; 1X43 A; 1RAD B; 2NLU A; 1LPL A; 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