The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4V19 S; 2HHH K; 4YY3 K; 4JYA K; 4CVN E; 4DV2 K; 2UUB K; 4LF9 K; 4LFC K; 4GKK K; 4B3M K; 4DV3 K; 4JI6 K; 4YHH K; 4OX9 K; 4DV4 K; 4DUY K; 3T1Y K; 4DV1 K; 4LFA K; 4DR1 K; 4B3R K; 1IBK K; 2F4V K; 1IBM K; 4JI1 K; 4DR5 K; 2UUC K; 4LF8 K; 1IBL K; 1N33 K; 4LFB K; 4B3S K; 1FJG K; 4X65 K; 4KHP K; 4DR6 K; 4JI3 K; 3JAM O; 4LF6 K; 4DR7 K; 2E5L K; 4LF5 K; 1HNX K; 3J81 O; 2UUA K; 3J7Y P; 1N34 K; 4AQY K; 3T1H K; 4JI5 K; 4DR2 K; 1XNR K; 3OTO K; 5FLX O; 4LF7 K; 1N32 K; 3J80 O; 4LF4 K; 4NXN K; 4GKJ K; 2UU9 K; 4DR4 K; 4K0K K; 2UXD K; 4JI8 K; 2ZM6 K; 2UXC K; 4NXM K; 4DV6 K; 4JI0 K; 2UXB K; 1HNZ K; 3J7A P; 5IT9 O; 5A2Q O; 1XMQ K; 1I94 K; 4DUZ K; 4B3T K; 2VQF K; 1HR0 K; 4DV0 K; 4X62 K; 1N36 K; 4DV5 K; 5LL6 Z; 1HNW K; 5BR8 K; 5LMN K; 4JI7 K; 1XNQ K; 4JI4 K; 1J5E K; 2VQE K; 5IWA K; 4X66 K; 4JV5 K; 4DV7 K; 5LMU K; 4DR3 K; 5AJ3 K; 4JI2 K; 1XMO K; 4X64 K; 4CW7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BRC A; 3E1Y A; 3ENB A; 4LF9 K; 3P5J A; 3G25 A; 3CQY A; 4GMJ B; 1BGX T; 3DOL A; 4KHW A; 3CCM N; 5JVG L; 1YTU A; 2O4G A; 4J2D A; 2IIR A; 3MEC A; 5KTQ A; 5AQQ A; 4BRN A; 4FLY A; 3SV4 A; 3TTD A; 4JI1 K; 4JNE A; 2YHY A; 1WOQ A; 1DLO A; 3VF4 A; 2QTD A; 2HNY A; 1X9W A; 1IKV A; 3V9X A; 4KRF A; 3SAF A; 2X74 A; 1W9H A; 1IKY A; 2WFB A; 3O4W A; 5C2F A; 1Q81 O; 2OTL N; 4M3Y A; 3H6E A; 4DU4 A; 1JJ2 M; 4LC9 B; 2BE2 A; 4E1M A; 1YXQ A; 2CH6 A; 3TSP A; 5GAH P; 1TUU A; 4FJI A; 4LF5 K; 4HWI A; 5J2P A; 2ZE2 A; 2OPP A; 3MN6 A; 3WXJ A; 3BF3 A; 3KTQ A; 5AQU A; 1Y97 A; 4CF2 A; 3HRG A; 3F9K A; 3HOS A; 1BCO A; 5FPD A; 4LF7 K; 3VQE A; 3P39 A; 2NRZ A; 4KHY A; 1Q9Y A; 3RRH A; 3PX4 A; 3HPG A; 4LF4 K; 5AQH A; 2AP1 A; 5JLH A; 3FE1 A; 5EY4 A; 4CFC A; 4YDU C; 3HTV A; 1GLD G; 1GLL O; 3J8A A; 4BRP A; 1ZBI A; 1KCF A; 4CJL A; 3S41 A; 1CZB A; 5BRH A; 1NGC A; 4CF8 A; 4JI0 K; 3FZH A; 1MWM A; 4JN4 A; 4JK8 A; 1XQS C; 3AVJ A; 1RT5 A; 3MAQ A; 2YNG A; 2HVH A; 1BIZ A; 1ATR A; 3WEE A; 2HMP A; 3JYT A; 3I56 N; 3QIO A; 2E8A A; 4JKG B; 1V4S A; 5J2M A; 2PAV A; 1HNW K; 2YNI A; 1EQY A; 2G8K A; 1RDW X; 3D7E O; 5C24 A; 1XNQ K; 1RNH A; 1CLQ A; 4CZG A; 2FF6 A; 3QIC A; 2HBM A; 4M3Z A; 2KZZ A; 1C0F A; 4JAX A; 4LFC K; 1UOC A; 3CQ8 A; 4E7K A; 4WFN L; 2Q3S A; 3MEE A; 1TAU A; 1HKC A; 3SBG A; 3B6O A; 3JXU A; 4IEE A; 3VES A; 5LJW A; 4FJH A; 3ENH A; 3AO3 A; 3T3F A; 4JHD A; 4M45 A; 4BRD A; 3LAL A; 4BRK A; 5I3U A; 1IBM K; 3QEI A; 1NNE A; 3HT3 A; 4Q0B A; 3RR8 A; 1HQU A; 1VRU A; 3SAH A; 2EX3 A; 3FZM A; 3DOK A; 4FLZ A; 2A42 A; 4FM0 A; 2HHX A; 3A5O C; 1VQ9 N; 1TAQ A; 4OVL A; 1KQS M; 1U48 A; 4UY8 O; 4PWD A; 3OY9 A; 4OPJ A; 4HTL A; 3C94 A; 4CGH A; 3VEW A; 1Y64 A; 3L2R A; 1KFD A; 3DLE A; 1MU2 A; 4GY2 B; 5FPN A; 2YHA A; 3ISN C; 2WON A; 4DTU A; 3S9H A; 3SJJ A; 1NGD A; 3TAR A; 2HHW A; 3VEV A; 4K8X A; 1WB9 A; 2D5R A; 4WQ5 C; 1KVB A; 3R6M A; 4LH5 A; 3WXL A; 1KLN A; 4GV3 A; 3U9D A; 2HHQ A; 1ITG A; 1NKE A; 3AVC A; 3HPH A; 1LOT B; 4NB4 A; 3S3M A; 4K0K K; 3T19 A; 4CER A; 4XH5 A; 1ATS A; 4CED A; 4CK3 A; 2IVN A; 3BZC A; 3EE9 A; 2Z1J A; 4KI6 A; 5A2Q O; 1TYQ A; 3M8R A; 3DJC A; 4F9O A; 4RTF D; 3HVR A; 3L2W A; 1IH7 A; 2OAN A; 3UKU A; 3CJC A; 4B8C A; 2XY8 A; 4DU3 A; 1JXB A; 1RDA A; 3H3O B; 3SLC A; 3DLG A; 3IRX A; 3MX5 A; 3DM2 A; 3VQB A; 4LD0 A; 4E1N A; 1VHX A; 2Z1G A; 1JCE A; 4EHT A; 1J5O A; 3LDP A; 2O8B A; 5AJ3 K; 4DTX A; 4AHS A; 4CEB A; 3EZW A; 3ZSZ A; 3NAE A; 4B8A B; 2QA4 N; 3G6E N; 4BE1 A; 4EIA A; 2YNF A; 2W6K A; 1GOB A; 2ASM A; 3CCL N; 5DMR A; 1NJX A; 3THX B; 4DFM A; 3THY B; 4A57 A; 2ZQB A; 3MCP A; 3LDL A; 5F2R A; 3NF9 A; 3SUO A; 5JS2 A; 2PFU A; 3WNF A; 3D2F B; 2YKM A; 3VA0 A; 3RRG A; 2P9S A; 1U04 A; 1JLG A; 2UYT A; 2O8D B; 3ZSQ A; 4HUG A; 1S72 N; 3QBX A; 3RR7 A; 4C8L A; 4B1W B; 4DSJ A; 1DTT A; 2F9W A; 4FW2 A; 4FWM A; 3C6U A; 5C10 A; 3VQ9 A; 3LAK A; 4NO7 A; 1QVF M; 1MWK A; 2OPQ A; 3M1F A; 2QK9 A; 2HMI A; 4ZTF A; 1ZYQ A; 3OTO K; 4CJW A; 4GVM A; 2ITM A; 4E7I A; 4CGF A; 1QSL A; 4M3T A; 3VTI A; 4CHO A; 3QDK A; 4B9N A; 3SUN A; 4BVP A; 3OYJ A; 5AQG A; 3CJ7 A; 1JL2 A; 5AR0 A; 2UU9 K; 4BRI A; 1WSH A; 3SQ2 A; 4CD1 A; 2HHV A; 4CJP A; 5JLF A; 2BGG A; 4Q5V A; 3VET A; 4W5N A; 2GEL A; 4AHT A; 4FWP A; 1JXE A; 4I6M A; 3KIO A; 1VSM A; 4JKH A; 4FOI A; 2NLX A; 3G0Z A; 4L8R B; 4RW9 A; 1X3M A; 1RT4 A; 4FLU A; 4U7B A; 2D0B A; 5AQZ A; 2P9U A; 3OYH A; 1D5A A; 2I7P A; 1N6Q A; 3MEG A; 2VQE K; 5BPM A; 1C0U A; 4J2E A; 1SV5 A; 3VQQ A; 4FW1 A; 3QES A; 4CF0 A; 3NGZ A; 3SCX A; 4V19 S; 1GLF O; 1EP4 A; 3OVN A; 3KK7 A; 1QSY A; 5CZ1 A; 1IKW A; 2HOE A; 4MO4 A; 4GKK K; 5CE3 A; 4YHH K; 4FJ5 A; 3ZT1 A; 4Z0U A; 2VYP A; 4CIF A; 4LFA K; 4AM7 A; 3EKU A; 3F5T A; 4CZM A; 1W7A A; 4MFB A; 2ATQ A; 1S1T A; 3RTV A; 4CFA A; 3CET A; 3UE5 A; 3HL8 A; 1QQC A; 5AQL A; 3NGY A; 2BDP A; 1YF5 L; 2I5J A; 3L2Q A; 3KLG A; 4ISE A; 1DT9 A; 4BR4 A; 3DXM B; 3L4Q A; 3H46 O; 1L3U A; 3HP9 A; 4GVE A; 3ZX2 A; 4BG8 A; 3LDQ A; 4CES A; 1D9F A; 3HSC A; 2O8F A; 2ZJR L; 5F0X A; 4CIE A; 1VSK A; 5KGW A; 4B9V A; 1LWE A; 4JKA A; 1HNX K; 4EFH A; 4HCC A; 1NGF A; 1N34 K; 5M1Q A; 3AO2 A; 2A1S A; 2YHW A; 4CJQ A; 1T6C A; 4DR2 K; 3CJA A; 4AF1 A; 1XNR K; 3OYL A; 4IBN A; 2NRH A; 4IOX A; 4C8K A; 3CM5 A; 3Q7C A; 4I7F A; 3NVK A; 1RDB A; 1JLA A; 4O5F A; 4QOZ B; 1U2V B; 4DTS A; 1NMD A; 3NFA A; 4HUF A; 4DR4 K; 3D2E B; 2IS3 A; 4EAH D; 2BUP A; 1RT6 A; 5K14 A; 3VQ5 A; 3CXC M; 2UXC K; 3ZLJ A; 1VQN N; 4DV6 K; 3TTC A; 4OKK A; 4XH4 A; 1J6Z A; 2P1J A; 4CFB A; 1C0T A; 1YAG A; 3LL3 A; 1HUX A; 1NU0 A; 3SMP A; 3ZSX A; 4CFD A; 2FF3 B; 4OGE A; 3KKR A; 3UKR B; 1S1U A; 4O0J A; 3LWM A; 1RGI A; 2JGU A; 2RN2 A; 4MDB A; 3SPY A; 3L3U A; 4JI7 K; 4M3W A; 5IWA K; 4X66 K; 3N4Q A; 1BQM A; 4CHN A; 1HYS A; 3ULE A; 4JKD A; 5JIC A; 5LMU K; 1Q18 A; 4XIU A; 3F73 A; 1GLB G; 5TKY A; 4BRF A; 2CGK A; 4NCG A; 4AIL C; 3QLH A; 3KD1 E; 1HPM A; 2QWM A; 4H0O A; 4WCE L; 3V81 A; 3E01 A; 3AAR A; 4CK2 A; 1J9A A; 2IC3 A; 3DI6 A; 1RT1 A; 4DSF A; 1ZBU A; 3HJF A; 3AO5 A; 5AQO A; 1TYQ B; 4CJ5 A; 1NOZ A; 3JS6 A; 3VTH A; 4F3O A; 1JLB A; 2E1Z A; 5AQT A; 3AAQ A; 3CC7 N; 1NK9 A; 4IJA A; 3U8X A; 1HKG A; 3CD6 N; 4ILG B; 4BRH A; 3BUZ B; 1V4T A; 3M8P A; 2XO7 A; 5HL7 L; 4M3X A; 2OZS A; 3DXK B; 1CZ9 A; 5H1S Q; 2QM1 A; 4I9L A; 3VN5 A; 4R5P A; 1S1X A; 2B5J A; 4LF6 K; 1TUY A; 3J81 O; 3GG4 A; 3WXM B; 2OYQ A; 3ALY A; 1EX4 A; 3ZSY A; 4A59 A; 4OPH A; 1QVG M; 1HMV A; 3HVT A; 1VQ5 N; 2HBJ A; 3CCE N; 2V7Z A; 1M90 O; 3IDH A; 3IMX A; 4YOV A; 4NCB A; 2GUI A; 4WYB A; 1NGI A; 1QHA A; 4CZJ A; 1VQK N; 4YDU A; 3RSE B; 3HM9 A; 1NGG A; 3AA2 A; 3WQU A; 3WT0 A; 4H5R A; 3O1B A; 5M1N A; 1Q86 O; 2QXL A; 4PA1 A; 4BC3 A; 2DY4 A; 3IFR A; 3WUH A; 2UXB K; 2HF3 A; 1GLJ O; 4QS8 A; 5HRN A; 4KHU A; 1ZBH A; 1CZA N; 4DS4 A; 3A0I X; 4FM2 A; 2AA4 A; 3O4Q A; 4O55 A; 2P9L B; 4X62 K; 2HNZ A; 2A6A A; 3V4I A; 2O8C A; 3VQC A; 4B1Z A; 1TV6 A; 4FLX A; 4E89 A; 3AA4 A; 1S5J A; 4CJV A; 5FPE A; 4CJS A; 3ITH A; 4DV7 K; 4JD2 B; 3W0L A; 4CHQ A; 1KTQ A; 4M63 C; 3CER A; 4E19 A; 4Y1D A; 4E3S A; 3VEZ A; 1YJW N; 3O3H A; 4FK4 A; 2O8E A; 3A5N C; 3A2F A; 3WXI A; 3M8S A; 5HBM A; 5HRR A; 1HNV A; 3AVM A; 3GBT A; 3VQP A; 4DU1 A; 4CK1 A; 4JEP A; 4CBU A; 5AQK A; 4CGI A; 3RWU A; 1VQ8 N; 5I9E B; 4BRO A; 4KPY A; 1VQM N; 4H5T A; 3E66 A; 2BTF A; 5FDL A; 2AJQ A; 2P9U B; 4DSE A; 3OYD A; 3NBP A; 5AQF A; 1FJG K; 3FZF A; 4DWI A; 4CGD A; 4KHP K; 3L2V A; 1IKX A; 2NRT A; 4GV9 A; 4BRM A; 4M41 A; 4FLW A; 1REV A; 4ZTJ A; 3Q7B A; 3SYZ A; 3CJ1 A; 2IVO A; 5KPZ A; 1ILY A; 2FC0 A; 1RBR A; 3M8Q A; 4NYF A; 4Z4I A; 4FWR A; 3NE6 A; 1GOC A; 3QEP A; 4IDK A; 4BWJ A; 3K5O A; 1RBT A; 4WQ5 A; 1B9D A; 3H3N O; 2P5G A; 3ID6 A; 4NYN A; 2YCH A; 1KVC A; 1VSF A; 4DTP A; 3VQ8 A; 3TSU A; 1QSS A; 5KGX A; 2P5O A; 2UXD K; 2QKB A; 3CJB A; 1FXX A; 2GBZ A; 4BRG A; 1Z6R A; 4YNQ A; 3BDP A; 3OJS A; 3V6D A; 1ASV A; 1FK9 A; 1SAZ A; 3HZ6 A; 3SUP A; 1R0A A; 1X3N A; 5CYM A; 5EOY A; 4IFY A; 4PKG A; 4PL8 A; 2GWK A; 1U4B A; 4FWO A; 4DV5 K; 1RTJ A; 4Z4C A; 3U6F A; 3CIP A; 3VF6 A; 1KXP A; 3JSM A; 3C7N A; 4JI4 K; 1J5E K; 3V9U A; 4KAZ A; 3O4N A; 4DR3 K; 1ZXO A; 4IWV A; 4N47 A; 4CJ4 A; 3V1Q A; 1VSD A; 5DM6 L; 2FBV A; 5LY3 A; 2P9N B; 3SJH A; 4BGB A; 3O3G A; 4KH4 A; 2KTQ A; 1BIS A; 1FW6 A; 2NNW A; 3CMA N; 1H1V A; 5M1F A; 2FBX A; 1YI2 N; 1HQE A; 5AQM A; 3HP6 A; 1IV0 A; 2Z1H A; 1XHX A; 1SZ2 A; 2GWJ A; 3AVA A; 4BRL A; 4DR1 K; 1NKC A; 4IFV A; 4B3R K; 1D4X A; 2WBN A; 3VGK A; 4E7H A; 1NJY A; 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2W41 A; 2VGN A; 3AVG A; 3AVN A; 1IG8 A; 3K59 A; 1BU6 O; 4IO9 L; 3CCS N; 3C95 A; 3OW2 M; 2W40 A; 3SNN A; 5D3G A; 1NK7 A; 3I33 A; 2JWL A; 3N4P A; 2PYL A; 4OO1 J; 3KKS A; 3ZEU B; 5M1P A; 4DSK A; 3AVH A; 2VG5 A; 3HOT A; 4LFB K; 1K8K A; 1BQN A; 4CJ7 A; 3KZB A; 4DR6 K; 4Z4H A; 3OYI A; 3CPW M; 4AHV A; 2Q36 A; 4FWS A; 1K6Y A; 3QER A; 5HOO A; 3HK2 A; 3OYK A; 1RBU A; 2JWK A; 2FBT A; 1NGJ A; 1G15 A; 1WSG A; 5B8H A; 3NF8 A; 3C6T A; 4FL9 A; 4A62 A; 4H0V B; 3WXK A; 3J80 O; 2ZWH A; 5C2D A; 4M3R A; 4CI6 A; 4BE2 A; 1OH8 A; 4PUO A; 3O9T A; 4QS7 A; 3MED A; 4KHS A; 2HND A; 3QET A; 4MO5 A; 3K5L A; 4LSL A; 4F2R A; 1QTM A; 5HRO A; 2ITG A; 4IFE A; 4MLH A; 1C1A A; 4FPA A; 4DHY A; 4M3U A; 1WSE A; 4CEC A; 2OTJ N; 3KK2 A; 2P9K A; 4IG3 A; 3NH2 A; 4E7J A; 4BR0 A; 5CYQ A; 1VSL A; 3AVB A; 4H8K A; 1TL1 A; 4DSL A; 4CEA A; 3EL2 A; 2ZGZ A; 3KLE A; 3CM6 A; 3ZSR A; 3OS2 A; 3O5B A; 3OS0 A; 2NRR A; 2FSJ A; 2RE2 A; 2P51 A; 2XHB A; 5M1K A; 1VSI A; 3ZT0 A; 4RW8 A; 3CI5 A; 1SL1 A; 4Y0W A; 4CJ3 A; 4YY3 K; 4DTN A; 2YJE A; 3AVK A; 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