The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
The structural basis for the action of the antibiotics tetracycline, pactamycin, and hygromycin B on the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2000-12-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR2 K; 4LF9 K; 4DUY K; 4JI4 K; 2UXC K; 2VQF K; 1N36 K; 4LF5 K; 4LFC K; 5IWA K; 4CVN E; 1IBL K; 4GKK K; 1I94 K; 4DV3 K; 1XMO K; 2UUB K; 4JV5 K; 4DR7 K; 4JI6 K; 4DUZ K; 4B3M K; 4YHH K; 4KHP K; 4B3T K; 2UXD K; 4V19 S; 3J80 O; 4DV1 K; 4JI5 K; 4K0K K; 4JI3 K; 4GKJ K; 2E5L K; 4DV5 K; 4NXN K; 5LMN K; 4DV6 K; 4LFB K; 4LF4 K; 5LL6 Z; 3OTO K; 5LMU K; 4DR3 K; 1N33 K; 4JI7 K; 3JAM O; 4LFA K; 4CW7 B; 1FJG K; 4DV7 K; 1XNQ K; 2HHH K; 3J7Y P; 4X62 K; 4JI0 K; 1XNR K; 1XMQ K; 2UXB K; 1HNW K; 4B3R K; 5BR8 K; 4DR5 K; 4DV2 K; 3J7A P; 4LF7 K; 2ZM6 K; 4YY3 K; 4JI1 K; 4JYA K; 4NXM K; 1IBK K; 4DR1 K; 2UU9 K; 5IT9 O; 3T1Y K; 4JI2 K; 5AJ3 K; 2UUC K; 4LF6 K; 4DR4 K; 1N32 K; 1HNX K; 4LF8 K; 4JI8 K; 1HNZ K; 5FLX O; 1HR0 K; 1IBM K; 2VQE K; 4AQY K; 4OX9 K; 1J5E K; 2F4V K; 4X65 K; 3J81 O; 4X66 K; 1N34 K; 4X64 K; 4DV4 K; 4B3S K; 4DV0 K; 2UUA K; 5A2Q O; 4DR6 K; 3T1H K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XY6 A; 3FGU A; 3VEN A; 1EX4 A; 3DLR A; 3ENB A; 5ELZ A; 3VQ9 A; 5AQM A; 3NE6 A; 4BE1 A; 4DLG A; 3HSC A; 4HHT A; 4Z4E A; 2YNI A; 1ZC6 A; 3ISN C; 4Z0U A; 3P39 A; 3ID6 A; 1ASV A; 2P5G A; 4CZF A; 1LW2 A; 2I5J A; 4OPK A; 1QTM A; 3I0S A; 1RTH A; 3RMC A; 3DOL A; 4BG8 A; 5C2D A; 3UKU A; 2IDO A; 3HZ6 A; 3QML A; 3KTQ A; 4JI6 K; 1L3T A; 3P4I A; 2LSN A; 5CYM A; 4Z4I A; 2NRV A; 3EZW A; 4EIA A; 3RR7 A; 3GBT A; 1NKB A; 5CE3 A; 3AA2 A; 3SAF A; 4W5R A; 1ESV A; 5HRO A; 5BRH A; 3E01 A; 3H08 A; 4OJR A; 1WBB A; 4H03 B; 4J2B A; 1RDW X; 1HKB A; 4WQ5 C; 4CK3 A; 3KJV A; 3OA9 A; 3CM6 A; 1RGI A; 2HBL A; 4PL8 A; 1KQS M; 3WQT A; 1X9W A; 4DCH A; 3WNE A; 4Z94 A; 3FZL A; 2Y1J A; 1QZ5 A; 4DF4 A; 3QEP A; 4BR2 A; 3T1Y K; 4ELV A; 2KHO A; 3FFI A; 5AZI A; 1YHQ N; 1RBS A; 4JKH A; 4FWM A; 3QFP A; 1ZBU A; 3T1A A; 3F9M A; 5AFU H; 3HPG A; 3DLB A; 3HL8 A; 2PFU A; 1D9F A; 4UY8 O; 4E0D A; 4BRH A; 3CCM N; 2G8F A; 2B4J A; 2NRX A; 4WQ4 A; 4DSK A; 2BE2 A; 3MK6 A; 1VQ4 N; 1HJR A; 2ATQ A; 3ENH A; 3TAR A; 4BVO A; 2Z1H A; 4X65 K; 1VQM N; 2A5X A; 2E8A A; 5EOY A; 3O3F A; 5JMV A; 4JK7 A; 5KQD A; 1VHX A; 1T7P A; 3TSU A; 2D0O A; 1TYQ A; 1Q18 A; 4DKW A; 1EXQ A; 5AQZ A; 1F21 A; 3ZSZ A; 5KQ8 A; 3ZET B; 5GIO A; 2RHK A; 1Z05 A; 3HP6 A; 3CD6 N; 1XHZ A; 4DTS A; 4DQR A; 4B3O A; 4CF0 A; 3W3D A; 4IFE A; 1VSE A; 3IUC A; 3O9U A; 1RT1 A; 3RMA A; 4E7I A; 1NK4 A; 3VN5 A; 4XEI A; 3AAQ A; 4RW6 A; 2UXD K; 5AFU A; 4V19 S; 1T8E A; 1Y64 A; 3C6H A; 3L4Q A; 2HVH A; 2GTD A; 3HOT A; 3D0P A; 2HBM A; 1UAX A; 2I7N A; 1WSI A; 3OYM A; 2QXF A; 1L5U A; 4B9M A; 3MEG A; 4RW9 A; 4NXN K; 1NJW A; 3M6G A; 3KLI A; 3AVJ A; 2HVI A; 1JLQ A; 4DWI A; 4YOU A; 1EQY A; 2ZGZ A; 3QIP A; 4IEI A; 4PA1 A; 3SZ2 A; 2P9L B; 3CPE A; 3ZSQ A; 3O9T A; 1QQM A; 2V52 B; 4CIE A; 1VSF A; 1JXE A; 4RW7 A; 1C0F A; 2Q3S A; 5AQR A; 4E7H A; 5AQY A; 1C0M A; 3C6T A; 1HNI A; 4BRG A; 3J7A P; 1MWK A; 2A3Z A; 3LAL A; 4TSX A; 4FWK A; 4C8N A; 2UU9 K; 1SV5 A; 4ILH A; 4KTZ A; 5IT9 O; 4NCG A; 4FW1 A; 5AQG A; 1IKW A; 1RDD A; 4CJ5 A; 3AVK A; 3FLC O; 4YFU A; 4BRI A; 1TGO A; 2FBT A; 1E4F T; 1S6Q A; 1HR0 K; 3UKU B; 3LDS A; 2ITG A; 4K8X A; 4B9U A; 4FOI A; 3MCA B; 1RTI A; 3K58 A; 3SUP A; 3H3O B; 1VSK A; 3WXK A; 3CHW A; 4R5P A; 2HF3 A; 1U4B A; 2QTD A; 4FJ7 A; 3E1Y A; 4DV4 K; 3IFR A; 2YI1 A; 1NJI O; 2KQ2 A; 4DQP A; 3N4P A; 2XY5 A; 3FZM A; 4FLY A; 3SJH A; 2OZM A; 4CIG A; 4Z4F A; 3VQ6 A; 1VQ9 N; 3OBY A; 4DLE A; 2YNG A; 4N56 A; 2WUS A; 1QSY A; 4YOT A; 3ZT4 A; 3NGZ A; 5FRO A; 4QS7 A; 3VES A; 1B9D A; 3AVC A; 3PIO L; 2P9N A; 3NH1 A; 1ZXO A; 2JGU A; 4CFB A; 1HX1 A; 4FOE A; 3A5O C; 4BE2 A; 3K57 A; 5CYQ A; 2ZQB A; 4IJA A; 1NGF A; 4IOC L; 3AO1 A; 3ZCM A; 1Q8I A; 1SL2 A; 5M1O A; 1LWF A; 4K42 A; 4I2Q A; 4E89 A; 1ZBS A; 3G25 A; 1RDC A; 3ZT1 A; 4B3T K; 1LWE A; 4N41 A; 5AZI B; 1DLO A; 3CJA A; 5E84 A; 4IJN A; 1TKX A; 1BIS A; 3F9K A; 1KAX A; 1RBV A; 1C0T A; 3NF8 A; 4BRL A; 2Q0R A; 3MN6 A; 4A5B A; 2P9K A; 4DF8 A; 3JAM O; 1KCF A; 2V51 B; 4N5S A; 4YOW A; 2OTL N; 4DV7 K; 1J53 A; 1GOB A; 4BVP A; 2HHH K; 3WXL A; 3HBT A; 3L4I A; 4CEF A; 4CK1 A; 1HNW K; 1LAV A; 5HL7 L; 1NWK A; 2V7Z A; 4O55 A; 3PUF A; 3DXK A; 1TYQ B; 2O8E A; 4QCL A; 4EAH D; 1NG9 A; 4OPA A; 3NF7 A; 4CEA A; 3CC7 N; 3EZ5 A; 3LZJ A; 4Y0W A; 3IG1 A; 1BQM A; 2YNH A; 4KRF A; 4EZ9 A; 1TK8 A; 3LAM A; 4B9N A; 4HTL A; 4CZI A; 4WQ5 A; 5DK5 A; 4QOZ B; 3I8D A; 3WXI A; 4NYN A; 3KVG A; 2HST A; 4FWQ A; 1TK0 A; 2YNF A; 4CFA A; 4RCH A; 2IVN A; 3DLL L; 2RN2 A; 2P5O A; 2QK9 A; 5C10 A; 2J4R A; 4WE1 A; 3TAQ A; 4X66 K; 1S1W A; 3V4I A; 1XC9 A; 1I39 A; 3AO2 A; 4MQ3 A; 3CC2 N; 2O8B B; 4F8R A; 1TL3 A; 5LJW A; 4LF9 K; 1NKE A; 4O8U A; 1UA1 A; 4JI4 K; 3HPO A; 4GY2 B; 4F3O A; 1P8Z A; 1QVF M; 1NOZ A; 1ZBL A; 1UWB A; 5K14 A; 1GLB G; 3IDH A; 3VQA A; 4FJ5 A; 3K5M A; 2D4W A; 3BZK A; 1IBL K; 2HHW A; 4PHT X; 4B1W B; 4JV5 K; 1CLQ A; 3SBT A; 3L6Q A; 5FPM A; 3C6U A; 4YHH K; 2HNY A; 4H5N A; 3WUH A; 1WUA A; 3CCL N; 1L3V A; 1HJO A; 2CGL A; 1VRT A; 1RTJ A; 3I0R A; 2KZZ A; 1VQN N; 3GOI A; 3A5M C; 1KXP A; 4DFJ A; 5B8H A; 3MMV A; 3LL3 A; 1I3A A; 3KIO A; 2G8K A; 2E1Y A; 1QE1 A; 1D4X A; 5M1P A; 1HQE A; 4E7L A; 1XMQ K; 4CJL A; 3HOS A; 1CZ9 A; 2BAN A; 3IS9 A; 1NMD A; 2KTQ A; 4FYD A; 3LZI A; 2ZM6 K; 1JLB A; 1NM1 A; 4FZY A; 3KK2 A; 1SZ2 A; 2KKZ A; 1ILY A; 2YHX A; 3WNH A; 3CCU N; 1OH6 A; 3SV4 A; 2CGK A; 4FW2 A; 4FPA A; 3DXM A; 4FWN A; 3V6D A; 4CGI A; 1YJW N; 4DTM A; 1TV6 A; 4CJK A; 3QIC A; 1YXQ A; 3G71 N; 1CZB A; 1QQO A; 4GMJ B; 2D0C A; 2IOC A; 3THW A; 4EZ6 A; 3PSF A; 4KKO A; 3AA5 X; 4CJW A; 4KHS A; 4CBW A; 1Q9Y A; 4JKF A; 3K59 A; 1K8K A; 4DTN A; 2GX9 A; 2BTF A; 4FWO A; 4ICL A; 4DU3 A; 4BGB A; 4JRP A; 1RBT A; 4E7J A; 3EL2 A; 4FWP A; 3QFU A; 3VET A; 1EO1 A; 3OW2 M; 4DG1 A; 1KD1 O; 3CJ9 A; 3DXK B; 3NF9 A; 3QES A; 3PX4 A; 5AQT A; 3RMD A; 4HUF A; 4DV3 K; 2HHV A; 3THV A; 4KHN A; 3O08 A; 2IVP A; 3EKU A; 1TK5 A; 1SUQ A; 2R7Y A; 1R0A A; 2QWL A; 4AM7 A; 3EE8 A; 4OPH A; 1QS4 A; 3CET A; 3J80 O; 4EP5 A; 2PAV A; 4FM0 A; 4K0K K; 5GAH P; 1XC3 A; 5AQH A; 3ZLJ A; 2KW4 A; 3NH0 A; 3V9X A; 5AQN A; 1S3X A; 5LL6 Z; 4B08 A; 1L3S A; 1XI1 A; 3CMA N; 1V4T A; 2W6K A; 1KVA A; 3ASM A; 3VQC A; 2IS3 A; 1X9M A; 5T7B A; 1XUP O; 3BDP A; 2Q1N A; 1JL2 A; 3IKM A; 3MXI A; 3OJS A; 3O4W A; 3DRS A; 1WN7 A; 4CEC A; 3K5N A; 3HVT A; 3LDQ A; 3W0L A; 3ZX3 A; 3ULD A; 1FKP A; 4WFN L; 1CZA N; 1S1X A; 4BRC A; 5CZ2 A; 4FJL A; 1NGJ A; 2F8T A; 1C1C A; 3VEZ A; 3KK7 A; 1X3N A; 4DR1 K; 4DSL A; 1M1K O; 3MED A; 4M3Y A; 5ADX A; 2Q97 A; 4BDZ A; 4KTW A; 3C94 A; 3VGM A; 1KAZ A; 4AHC A; 1XWL A; 3WNF A; 3M8R A; 1IH7 A; 4PY5 A; 2OTJ N; 3ZET A; 4CF8 A; 1KVC A; 2A42 A; 3BY5 A; 3T19 A; 4FLV A; 1NGG A; 3OHR A; 3AVG A; 5J1E A; 4DTR A; 3WXM B; 1Z6R A; 1YIT N; 3A5N C; 3M3Z A; 1NK8 A; 4FJN A; 4CED A; 3CF5 L; 2JLE A; 3LAN A; 4CJT A; 3K0S A; 5JVH L; 2HHQ A; 4DS5 A; 1CXQ A; 4FJI A; 1NBW A; 5BRF A; 3BF3 A; 4FVM A; 1QVG M; 4EHT A; 4MDB A; 5KGX A; 2ZE2 A; 4FSV A; 3EY1 A; 4BR5 A; 2NUB A; 4RW8 A; 3TTF A; 4LFC K; 3CCV N; 3AV9 A; 4HVJ A; 3O80 A; 2NZT A; 4FZZ A; 3I8B A; 3PO5 A; 4JRQ A; 3A5L C; 2NRW A; 3E9O A; 3M1F A; 4BQZ A; 2HMI A; 3AGR A; 3VTI A; 1B92 A; 2YKM A; 3OYE A; 4JS5 A; 3QEI A; 2DFE A; 2RKI A; 4N76 A; 2EX3 A; 3M8P A; 1NU0 A; 1OVY A; 3QB0 A; 4QAG A; 3DXM B; 1BG3 A; 2OPP A; 4H0Y B; 4CGG A; 4HTU A; 4NCB A; 1U49 A; 2RE2 A; 1HMV A; 5F1X A; 1RT2 A; 2WC9 A; 1KRP A; 3A8Y A; 3OYI A; 2QWP A; 3B8A X; 3I56 N; 3BEX A; 5KRT A; 4EFH A; 3THW B; 2YX6 A; 2NNW A; 1N8R O; 4BC3 A; 3HI0 A; 2YJE A; 4Z4H A; 3LDP A; 2KFZ A; 4ILG B; 4H8K A; 4FLT A; 3NH2 A; 3BZC A; 2YHY A; 4H5W A; 4O0J A; 1NGI A; 2O4G A; 4AH9 A; 4CHZ A; 3MEC A; 1K8K B; 5CHI A; 4JI1 K; 4FM2 A; 4E7K A; 2DY4 A; 4L8R B; 3DLK A; 2FBX A; 1KFD A; 4Y1D A; 4E1N A; 4BR7 A; 3U8X A; 3SQ1 A; 2HBJ A; 3RWU A; 2ASP A; 4XH4 A; 4W5Q A; 3MN9 A; 4F3T A; 4CK2 A; 2WFB A; 3LWL A; 2HMP A; 4IOA L; 5AQJ A; 3ZSR A; 1WAJ A; 4FJ9 A; 2VGN A; 2H3G X; 1LOT B; 3C0B A; 1JLC A; 3MWT A; 4H4M A; 4O5B A; 3QEW A; 4DS4 A; 3TAP A; 1QSS A; 3OYF A; 2ZJR L; 4C8M A; 4CJP A; 2OCE A; 4LC9 B; 1S1V A; 1VRU A; 1VSH A; 2GBZ A; 3KLF A; 1NGB A; 4HUG A; 4A2B A; 2D5R A; 2G8U A; 3AVN A; 2QWO A; 3V81 A; 4JKC A; 4PQU A; 1TAQ A; 3P1G A; 1RDB A; 5E41 A; 2YV0 X; 4B8C A; 3AVL A; 4KH4 A; 4CEB A; 4A57 A; 3TAF A; 3F2K A; 3O1B A; 1Y97 A; 3NF6 A; 4F2S A; 2W6L A; 4AHU A; 4O44 A; 4B3M K; 3ZT0 A; 4AHS A; 3AVI A; 4JI3 K; 3C7N B; 4AHR A; 2E5L K; 3FFK B; 2E1Z A; 1S22 A; 2I7P A; 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1LW0 A; 4FJ8 A; 4E3S A; 3FE1 A; 4DV1 K; 4FK2 A; 2W42 A; 4KRE A; 3SI6 A; 1S1T A; 3SV3 A; 3ZSO A; 1X9S A; 4DQQ A; 4G1Q A; 2ASM A; 2XY8 A; 1M90 O; 2NRR A; 3KKS A; 1N33 K; 4JI7 K; 4W5N A; 3D2E B; 1HYS A; 4LFA K; 4FJJ A; 4DFK A; 1RFQ A; 3BP8 A; 2OA8 A; 4LSL A; 4CJV A; 4G9Z A; 4ID5 A; 1OH7 A; 4DV2 K; 1T05 A; 4GNI A; 5M1Q A; 1VAZ A; 4JK9 A; 4BC5 A; 1DT9 A; 2QI2 A; 1MU2 A; 4BC2 A; 4JD2 B; 2YCH A; 5AQP A; 2HOE A; 3L3U A; 1SS6 A; 3GE1 A; 3S3M A; 4ELT A; 1VQK N; 1VSI A; 5C42 A; 3VOV A; 4B1X B; 1U6Z A; 4BRD A; 3LAK A; 4U7B A; 1TAU A; 4FZX C; 4A61 A; 3TSP A; 1T6C A; 3O8M A; 4LSN A; 4NO7 A; 1HNZ K; 2YJF A; 4OX9 K; 5LY3 A; 4I9Q A; 2D1K A; 4M42 A; 3L2Q A; 4H5T A; 3A2F A; 5AQK A; 1A5X A; 5EX5 A; 3TAB A; 2IIR A; 3FZF A; 3MX2 A; 2ZGY A; 4CER A; 1JLF A; 2JWL A; 4IO9 L; 3NVM A; 3ZSY A; 2XRI A; 4L3Q A; 3T1H K; 3ZT3 A; 3NBP A; 3G6E N; 2B6A A; 4AHV A; 2QWQ A; 1DTT A; 3CPW M; 4OLB A; 4JAX A; 2QKB A; 4B9L A; 2P9S B; 4M3T A; 4JKB A; 2Y1I A; 2O8C A; 1OH8 A; 1KSP A; 1FK9 A; 4CI6 A; 4IDK A; 1XMO K; 2UUB K; 1MA9 B; 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