1HO1A

Crystal structure of pyridoxine 5'-phosphate synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
242
structure length
235
Chain Sequence
AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
publication title Structural basis for the function of pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 235
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2000-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ho1A00
1ZAJA 2GUUA 4JTSA 4PTNA 1SSDA 4UTWC 4X9SA 5D38A 5F4WA 4Z1BA 3L5AA 4DF1A 4CNOA 3GAKA 1ICSA 4MZ8A 4PODA 1GVOA 4IGHA 2ZBTA 4ML9A 2ZCGA 3QM3A 1ME8A 3W7LA 3P8IA 4UTMA 2DJLA 3EWBX 8TIMA 2A7PA 2PURA 1IXOA 3LLFA 4PEKA 5T26A 5AHMA 1GPWA 2JKAA 4ZZ9A 4RZ5A 1P1XA 3QYQA 2A6NA 2V81A 4XZ9A 4NT0A 4E0CA 1GG1A 1LM1A 1X1ZA 1HO1A 2JKPA 3PSWA 4GC4A 1IF2A 1I45A 1U83A 3I65A 3W7JA 3CT7A 4Q32A 3V75A 4UIOA 3MYPA 2CZEA 1TPFA 1F5ZA 3TXZA 3W72A 4UTTA 1ZFJA 3W7IA 3JR2A 1H7WA 4QAIA 1NVMA 1P0KA 4K36A 3HB9A 4LY8A 2A5HA 4IX0A 3CC1A 1PCWA 3G24A 4NU7A 3W7GA 2ZA2A 1VHNA 3GDMA 3HG5A 1TO3A 3G1YA 3AJXA 1RQEA 1VYPX 1F73A 4JTLA 4XBKA 3HGSA 1I2QA 4DBDA 4CCEA 1KFKA 1G4SA 4N9CA 3KVLA 1OFOA 1GTHA 3E12A 2BSLA 1FCBA 3O8AA 1T99A 3NL3A 4WY0B 3DXIA 1K8YA 2Q8ZA 3IVSA 1WQ5A 2BLEA 2E77A 4RX0A 2QR6A 3TCEA 3DH7A 1KW1A 4I7WA 3YPIA 3CLMA 2ZFAA 3GVGA 3Q37A 3ATZA 4NXSA 4O11A 3LXAA 4PFMA 4O50A 1NF0A 4O52A 5D2TA 2FFCA 3PG9A 3UWZA 3DI1A 1AG1O 1X7FA 3KHJA 3A5FA 3S1XA 4JX4A 3UD6A 1FUYA 4BWLA 3GYEA 1XBZA 3C0JA 1OF6A 1YPIA 1ZENA 3MHUA 3PBUA 3LCFA 2W79A 3QPZA 2WNZA 5LNVA 3GB6A 3EWYA 3DFPA 4FNPA 4GBUA 4MJZA 2A4AA 1LORA 4H6KA 2NV2A 4HN4A 3TJLA 1W8SA 3PSVA 4JYDA 4UMCA 2Y61A 4FIRA 4UTUA 2QJIA 2Y7GA 1ZNNA 2Y62A 1I2OA 1B4KA 2WSYA 1RPXA 3W22A 4B5NA 2RDWA 3TAKA 3TE9A 4R7JA 2B7QA 5CPLA 2OT1A 3KXQA 5AB3A 1SSGA 1J5TA 4S2BA 1O94A 3NQVA 4OQVA 2X16A 2DZSA 4K8HA 4LVDA 2V0TA 4ZL1A 3TSMA 1FBAA 1I2NA 4IWWA 2TSYA 3R89A 5KMYA 2J27A 2G97A 3JRKA 1GYLA 1TJRA 5CPOA 2C16A 4AWSA 4NQ1A 2NX3A 4ADUA 2GQ8A 1OFDA 3EB2A 4OGZA 3L67A 4M5PA 3NYZA 3P80A 2NWSA 3ABQA 1KTCA 2CZ5A 3SY5A 4O4WA 3NNTA 4FO4A 5AHEA 4PA8A 2V82A 4FIQA 2FQIA 2RHGA 4MZ1A 1AW5A 2HSAA 2EF9A 4N9DA 4IMEA 4M6QA 1Z42A 4ORMA 3IIXA 2B0MA 3O07A 3TSDA 3Q58A 5LNSA 3BW4A 2J9XA 4NJIA 3PVFA 4TR9A 1DHPA 2GQ9A 5LSMA 3EXSA 5I3IA 1XBXA 4FF7A 3NEVA 4CQ8A 1XUUA 1LBFA 1W37A 4EF8A 3EWXA 4C1LA 1G69A 1KM0A 3W86A 3ABOA 4N9EA 1WDWA 4Y9AA 5LGXA 4K37A 1G67A 3W2JA 1H7PA 4PL2A 4EF9A 1YDVA 1KV8A 3A21A 4XWUA 4S1FA 2ZYFA 3KX6A 2B4GA 1VYRA 3P5YA 5KZDA 3R13A 1K7EA 3FKRA 5HMSA 4IMDA 3WK3A 3OA3A 3F4WA 3G8EA 4IMFA 4FNRA 3CM4A 1XI3A 3B0PA 4R33A 2BTMA 3NL2A 4R53A 2OMAA 4JS3A 1SFJA 4HSNA 1RR2A 2QCDB 1GG0A 4ONVA 2GJLA 1G6CA 4OBTA 1EPXA 5K9CA 1GWJA 3UPWA 4BI7A 5HINA 3TIMA 3NQMA 2BX7A 4Q33A 4MJMA 4NNBA 3P84A 2EPHA 1QAPA 4LTSA 3HG3A 4JD4A 5AFDA 5D2XA 4KKXA 2ZZ6A 3HF3A 3T7VA 3M47A 1UASA 5EPDA 3O16A 5AHNA 2H90A 1KFLA 1EIXA 1SQ7A 4YWIA 2VC6A 2YFOA 4BFAA 3TC6A 5D2VA 4G1KA 3HGOA 3K30A 3KVJA 1H7NA 1QOPA 1UUMA 1EX5A 4AHOA 1DV7A 3A22A 1TQXA 2PRLA 1UJPA 4RXFA 4NX0A 3QQ1A 2A1YA 4O1DA 3THQA 5DBUA 1LP6A 3LHZA 4LT9A 3NVTA 5F2MA 3W9ZA 3CEUA 2J88A 1EWEA 1OVDA 3DU0A 5AYYA 2J6XA 3MP4A 3PBYA 1JVNA 3BG9A 1XDMA 4IOTA 1ALDA 2C0AA 2X30A 3IGXA 4QSHA 4YXGA 2VEIA 1AL8A 1G7UA 1KFBA 4JTEA 3KRSA 3W1NA 3O6CA 4RLIA 3HMJG 3S5ZA 3ZFHA 4MKNA 3CPRA 4JGDA 4OU1A 2ABBA 3C61A 3B06A 2VXNA 5DCDA 4FNQA 3FEMA 3HPZA 1VR6A 4UTWA 3C2RA 3DFOA 4K7VA 1PCKA 5IM51 1XC4A 1SUXA 1TV7A 1GVRA 4KWWA 3CIXA 5C54A 1WV2A 2VOMA 3V1PA 5AYZA 2I1OA 4DO6A 4JDBA 5D2YA 5ABTA 4X22A 2YZRA 4PL1A 2CLLA 4KFOA 3NQFA 4LC6A 4LS1A 3E0IA 5I3JA 1JCJA 1R47A 4P61A 5AHLA 1R2RA 4Q4KA 3UXDA 1Z41A 3PWAA 3CWOX 2XN1A 2V2HA 4AF0B 4UR7A 3CIWA 2ATSA 2QUVA 4D2JA 1YTEA 5DXYA 5G4WA 3TR2A 4GUJA 3UPBA 3W2UA 5G2IA 4RV8A 5D05A 2YGYA 5KTLA 4P2VA 3OG3A 1XUZA 2X2GA 2FPYA 1MEWA 4R34A 1DJQA 4K38A 3CQ0A 4O53A 3O06A 1SZFA 3ZR4A 4IUOA 1N8FA 1W3NA 1MEIA 4FNUA 1C9DA 1ZY9A 4X3ZA 3LI1A 4LVFA 1JCYA 3B0VC 3FYPA 1W31A 3MP5A 1PV8A 3ZWTA 3D0CA 1GEQA 1L6WA 3UY7A 4OWGA 4O28A 2CLEA 2WSRA 3NL5A 5FF7A 2GJNA 3OBKA 4HHPA 2ZZ2A 3CU2A 3TUUA 3QSRA 1WA3A 2V5LA 2I9EA 1Q6OA 1HO4A 3CTLA 2X1TA 4Z08A 3BGJA 1IXNA 3S42A 3LBCA 4A3UA 1OX5A 3E49A 5MHBA 1OYAA 3A5VA 3ABRA 1LRTA 3NQGA 1LZOA 4Z1CA 5J5DA 3TV8A 5AN7A 3IIPA 5CPMA 1TPH1 3QW4B 4MPQA 3W7KA 3BK0A 1EWDA 4UFMA 3MBDA 3UWWA 4QITA 4WUIA 3P60A 3TXVA 4OV9A 1VCVA 3KOFA 2H6RA 1MO0A 5HR6A 5DY2A 1KTBA 4I9AA 3SGZA 4AF0A 4ZQCA 3LERA 2VENA 5EY5A 2NXIA 3LV6A 4HKPA 4FB7A 1V5XA 4PC8A 3RMJA 4YLWA 5CZJA 5C5YA 1SO5A 5DCEA 4IMCA 4AB4A 1MSSA 2JKEA 1OX6A 2Y7EA 1LTDA 3L0KA 4XBSA 4K6AA 3KFTA 1HUVA 2EGZA 5DBTA 2ZZ7A 3BLFA 3QF0A 3N14A 2CLFA 3EKZA 3DBPA 4BR1A 1W56A 1M7PA 3RF9A 3W23A 1PE1A 3DHFA 4DBEA 2YW3A 1UUOA 1TIMA 3LM7A 3PY2A 5TQLA 3W7NA 3GAYA 2Q3RA 1W54A 3NPWA 2G96A 3TQKA 3TC7A 4X2RA 4ADSA 2YXGA 3S1WA 1ZJIA 1RV8A 3GKFA 3LCXA 4ALDA 3VCRA 5EBUA 2Q3OA 1IIGA 1JULA 1XFBA 2TRSA 3S1UA 2QCGA 1DJNA 3O63A 2RDUA 1M7OA 1YXYA 3HQ1A 3OVQA 4O54A 3G18A 3G0UA 1W1ZA 1A5SA 1M5WA 4DQWA 3MBFA 2V5BA 1K3UA 1H5YA 2F7FA 3BLIA 3BGGA 3DGRA 2QKFA 3DENA 1O95A 4L4LA 4M19A 1FDJA 3EWUA 3M5XA 2ALDA 3USBA 4JX5A 3NQ7A 4LV9A 5FEPA 1YPFA 2QEZA 5FEZA 1LCOA 1DOSA 5D2WA 3OEXA 2CLMA 3PM6A 2VFFA 1OFRA 4QJ1A 3EX4A 1H7XA 3W7DA 1HTIA 4NNCA 3O6DA 1K8XA 3OHIA 3LTSA 5IBXC 3I7RA 3W2LA 3PR2A 3TFXA 3W83A 3L21A 4O1BA 3B05A 1DQWA 1TPEA 1TQJA 4K8EA 2O7QA 3W7HA 1H61A 4QM1A 1XBVA 4UNLA 3R2GA 2WKJA 1WX0A 1NEYA 4JTGA 3W1AA 4JDYA 2ZRVA 1TTQA 4JNMA 4ZQPA 1BTMA 3BO9A 3H54A 4QISA 3FFSA 4GNJA 3T4CA 2B7PA 3W1TA 1GJPA 1SW0A 3SECA 1X8FA 3B04A 1H60A 3WK0A 4AXKA 2RDTA 2JGQA 1UB3A 2JBMA 1OX4A 3HGRA 2QCMA 1R2SA 5LNWA 1JCXA 2C3ZA 1I2RA 1ADOA 1F76A 1KFCA 4O13A 1W5PA 2WO5A 3CWNA 3AO0A 3TAOA 1XDLA 2VFIA 4QQ3A 3W7RA 1KM1A 2C18A 3S5NA 5K2ZA 3L2IA 3TSBA 3QFEA 1QPOA 3GIYA 4A2SA 4AWUA 5BRBA 1TCDA 2VKZG 4GJ1A 3A23A 4M7SA 5AC7A 3PULA 2JGYA 3MUXA 4KWVA 1R2TA 2FPTA 3LRMA 1B9BA 4IXHA 1TPVA 2E6FA 3PB0A 3PBVA 2C15A 2ZDRA 4JY8A 5I3GA 1QNVA 1QR7A 3M43A 3NQDA 3UNDA 2CWNA 4FX6M 3L5MA 3I6RA 3TFCA 3C2VA 3WK1A 5BOOA 1T0OA 3VKJA 5C55A 4LUIA 4H3DA 4LS0A 3LRKA 1TYGA 3BW2A 3C56A 2QAFA 3N9SA 3MYOA 3IGUA 4LVGA 1XCFA 1S5VA 1R30A 3SW6A 3DI0A 3PUEA 4E38A 3G1FA 2QCFA 2GOUA 3W1UA 3SSJA 4NVTA 3P8JA 4DEFA 3UQNA 4GUIA 1O5XA 5DY3A 5FF3A 5A8GA 4JICA 5DLCA 3EX6A 4JTHA 2A7RA 3A9IA 1F6KA 1O60A 4WY0A 1G4PA 2CLIA 2PRHA 2E6DA 3GZ3A 1WOBA 3NO5A 3M5ZA 3N2XA 4UUIA 1YXDA 2Z0IA 3SR7A 1QWGA 5BMXA 2UV8G 4AMAA 5LNRA 1ICQA 5G1YA 3T40A 4YMZA 4UTKA 4XTDA 1OFAA 4UR8A 2DZPA 1LRQA 3FJ6A 3N3MA 3WJYA 2NUXA 1DORA 2R14A 1HFBA 3W73A 3HBLA 1XBYA 5FF4A 2VFEA 3M0ZA 1G7VA 2BWGA 5TBOA 1K03A 4S2CA 1GYNA 3IIZA 1YDOA 3VE7A 2YX0A 5HULA 4GXMA 2CZDA 4NUWA 2FPVA 2A0NA 4DF0A 3FYOA 5K7JA 4JIPA 4BI6A 3RLUA 4MOZA 5EA9A 3DFTA 4NXKA 3HIJA 2VEKA 3LCWA 4YCOA 5E93A 2R8WA 3W1RA 2QJGA 1ZAHA 3NDOA 4FXRA 3HO8A 4UC5A 2D73A 2NLIA 1H1YA 4WXZA 5SWUA 3E9AA 1EP1A 4GE8A 3NQCA 5L9FA 1GVFA 4XQ6A 3C4UA 4HNVA 4ZQMA 2QCHA 3S9YA 4TX9A 1VJIA 4OE7A 2R91A 3VI2A 3GDTA 1D3GA 1RVGA 1DL3A 3GX9A 1CI1A 3FJLA 2CLKA 3MI2A 1H7OA 3ANYA 3FOKA 2ATMA 2P1FA 1OFEA 3W2KA 4AAJA 5H2ZA 5HJLA 3QZEA 5D09A 5CZ0A 4XKYB 1GT8A 3IGSA 2NZLA 2VELA 3N19B 3N34A 1ME9A 1VGAA 2XFWA 4IPJA 4WX2A 4HSOA 2E5CA 4CCCA 1SZEA 3M5YA 2EAWA 3EXTA 5LHFA 1EUNA 2VFDA 3VE9A 2Y70A 5F4SA 2TMDA 4WD0A 4UFKA 5F2IA 4HIBA 5BW6A 3QW3A 1W3IA 4ZQOA 5G2WA 1JJKA 5HR7A 3QMSA 3KRUA 2Q8LA 3WJXA 2NXGA 2KZHA 1S5TA 4LRTA 4AVFA 1W3TA 1F6PA 4WOZA 4RXGA 4XTIA 3W7MA 3QSTA 4O19A 1KM6A 2QCLA 3C6CA 1GQNA 4ICNA 4ZVJA 2A7NA 2VFGA 4ZMGA 3SJ3A 3EXRA 2HMCA 5HUPA 4JTIA 5D32A 3QRHA 3G3MA 5HWNA 2Y89A 3M5VA 3W7EA 4YCPA 1J4EA 3P67A 1FDYA 1Q45A 5D04C 5LHEA 5K4XA 5HQEA 3W84A 1UBSA 1DVJA 1SPQA 3HOJA 4LC8A 3ABSA 2PCQA 5I3FA 3MJYA 4XUGA 2QCDA 3DFQA 1S5WA 3BW3A 1JR1A 4JIQA 3F03K 3TROA 1WAUA 1RD5A 2AGKA 3S5YA 2FTPA 2WNQA 2DJXA 4N4PA 3LCIA 3MW7A 3U2OA 1SW7A 3VFLA 2E5BA 5KSWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HQN A;  2MNR A;  1SSD A;  3U3H A;  4ATL A;  2R82 A;  3L5A A;  2OWW A;  3GAK A;  4MZ8 A;  4POD A;  2ZBT A;  2HK0 A;  3W7L A;  5A8N A;  1L2Q A;  3AMK A;  2OSW A;  4BJH A;  5IOB A;  5AHM A;  4G56 A;  1GPW A;  2JKA A;  4F2B A;  3MO4 A;  4OOU A;  4HU8 A;  1E0T A;  3DX5 A;  1P7T B;  1GG1 A;  4RW5 A;  3KS6 A;  3U7V A;  3PSW A;  5GNY A;  1PWM A;  2VZU A;  3W7J A;  3CT7 A;  3V75 A;  2CZE A;  5CLT A;  1PIG A;  1J0J A;  1GVE A;  4OIF A;  1Q8J A;  3W7I A;  3TCS A;  4ZOC A;  3BWW A;  5CJ5 A;  5DO8 A;  4K36 A;  3HB9 A;  5JH1 A;  4W93 A;  2A5H A;  4IX0 A;  1PCW A;  3W7G A;  1VHN A;  3AJX A;  1UQZ A;  1VYP X;  4NZ5 A;  3HGS A;  3VD4 A;  1I2Q A;  4UQD A;  3AHY A;  1GKR A;  4HMN A;  3T05 A;  1QHP A;  1OFO A;  5CGT A;  1T99 A;  2ZE0 A;  2Q8Z A;  1DHK A;  2BLE A;  3AS0 A;  1JDD A;  3DH7 A;  4WDT A;  5GJM A;  3E3H A;  2BHU A;  6XIA A;  1GW9 A;  3WH7 A;  2RUS A;  3Q37 A;  3H22 A;  4AY1 A;  1EQC A;  4PFM A;  4O50 A;  4S39 A;  1NF0 A;  4Y7E A;  1XIM A;  1PBG A;  3MUC A;  3ZJ8 A;  5I2U A;  4IJR A;  2Z2B A;  3DI1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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