1HRHA

Crystal structure of the ribonuclease h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
130
structure length
125
Chain Sequence
YQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPGGNEQVDKLVSAGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase(endoribonuclease)
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Crystal structure of the ribonuclease H domain of HIV-1 reverse transcriptase.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 37
structure length 125
sequence length 130
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-03-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hrhA00
3CFPA 1WSEA 1HYVA 3ZT4A 4DLEA 3E01A 2XY8A 3OYCA 1ASVA 3HPGA 1BGXT 4MQ3A 2D0AA 1VRUA 3K5MA 4CGHA 3D0PA 4DU4A 3RMAA 3KTQA 4L8RB 4Z4FA 2O4IA 3HVTA 4Z0UA 1IO2A 3VQBA 4CIFA 4FZXC 4CHNA 5HROA 1T05A 1SL1A 1RBRA 2HHUA 1NK7A 3QEXA 3AVNA 3MEGA 4JLHA 2X74A 1JLEA 2ITGA 2IGIA 3MAQA 1KLMA 4FW2A 2PYLA 3M8SA 4I9QA 3C94A 3ZSOA 5KTQA 1VSEA 1U48A 5KRSA 4FJ5A 2WONA 3T19A 3M8QA 1FXXA 4FCYA 4E3SA 3NF7A 1XHXA 1Q9XA 4DS4A 4J2DA 4AHCA 4CFCA 1RT2A 3TAPA 1NOYA 2HHWA 4FM1A 3OYBA 2F8TA 1QSSA 3SQ4A 2KW4A 4DFKA 3VQ7A 2DFEA 1RTJA 4FXDA 1RDBA 3MEDA 3HPOA 4BWMA 4ZHRA 3OYHA 1NJYA 1S1XA 3HP9A 2Z1HA 3OYLA 2QXFA 4FJMA 3RRHA 3SQ2A 2B6AA 1SKRA 3ZT2A 3HL8A 3V9WA 3B6PA 4DSEA 3NF6A 2IAJA 4DSKA 3C6UA 4FZZA 4CFAA 4DQIA 1HQUA 1QS4A 3WNFA 3V1RA 4Z4EA 3ITHA 1S1TA 2VWKA 2ZD1A 2G8KA 2PY5A 4FJNA 4B08A 5J2NA 4KI4A 2KZMA 4BWJA 1BI4A 3T1AA 4DTXA 1Z26A 1JL1A 4DTSA 3S9HA 1TK5A 3SV3A 1SKWA 4KAZA 4M42A 4CF8A 5HP1A 1W0HA 1JXEA 1BCOA 3MEEA 4OKJA 4DF8A 3F9KA 1NKCA 4C8LA 2GBZA 4OPKA 3KLIA 3SNNA 1C6VA 3LWMA 2JGUA 2XY5A 5J1EA 1QQCA 2Q3SA 4E7IA 1KLNA 3HO1A 1SL2A 1VSHA 4ID5A 4BE2A 2OYQA 3KK2A 5K14A 3AVLA 1HNIA 2HB5A 1K6YA 3V9XA 1D9FA 4HCBA 4FLTA 1RTDA 4DTRA 4JS4A 1LV5A 2YNFA 3SV4A 3VQQA 1D8YA 2A1SA 3AVJA 2B4JA 3OYKA 3L8BA 3TARA 3PV8A 4CGIA 4OGEA 1UOCA 1EKEA 4FJIA 2YHBA 1RILA 4FLWA 1NOZA 4FJ9A 3LAMA 1BI4B 4EP5A 3NH2A 1BISA 3HM9A 1U4BA 1NKEA 1BIUA 3TAGA 4FK2A 4OVLA 3WNHA 3V9ZA 1VSIA 3NE6A 4CJSA 4E0DA 3V9SA 3KLGA 1CLQA 2DFFA 2FBVA 4W5RA 3NDKA 3ULDA 2HHTA 4CEFA 4CHPA 2PYJA 3VQDA 1L3UA 1TAUA 3OY9A 3HYFA 1C0UA 4DQQA 4FJ7A 2FC0A 4LD0A 5FRNA 1HNVA 4W5NA 3AVCA 1QTMA 4OKKA 3DLEA 1SL0A 4TSXA 3QEWA 4M3YA 4DTJA 3B6OA 2OZSA 3LPUA 4O0JA 4CEAA 2P51A 1A5WA 4OJRA 4AHRA 4E7KA 3S3MA 3DLBA 5FDLA 4F2SA 1YTUA 3ZSQA 2FBXA 1O1WA 3VQCA 2YNIA 4YFUA 3G0ZA 4AHSA 5SWMA 4CEOA 4FK4A 3ASMA 1RTHA 3CFRA 4DTNA 2XHBA 4H8KA 4KHQA 4H4OA 3SUOA 1CZ9A 2HNZA 3A2FA 1DTTA 1RT6A 1X1PA 3JSMA 3PX4A 2OZMA 4QCLA 4RW8A 1S9GA 4CEZA 4Q5VA 4J2AA 3DYAA 1UA1A 1GOBA 3TAQA 2OA8A 3U3YA 4KHUA 4C8KA 4M3UA 1JLBA 4KI6A 4NCGA 4YNQA 3CFOA 3S3OA 5FRMA 3HXMA 1BIZA 1RTIA 1KRPA 4BACA 3PX6A 4B8AB 4KV8A 3OYEA 1U47A 1ASUA 1C0MA 4CHYA 2G8UA 5HRNA 2QKKA 2FBYA 1WSHA 3ZSYA 1B9DA 1HQEA 4DLGA 4DTUA 3AVFA 4FJHA 4IDKA 3QLHA 2YKMA 3SUQA 4FYDA 3MXMA 4FLYA 3L2QA 3TI0A 3KLHA 4GVMA 1DTQA 5KGXA 4F3OA 1QSLA 3AVIA 4CK2A 4BDZA 1ZBIA 3TWHA 3HT3A 3KLFA 4G1QA 5CY4A 1RDDA 4M3ZA 3UIQA 3LZIA 4FM2A 1KFDA 4ZTJA 3ZSVA 3IRXA 4B9VA 3IS9A 4ID1A 3THVA 4I7FA 2QKBA 4CF0A 5I42A 4CE9A 4CIGA 2BGGA 1JXBA 4M3TA 4EP4A 4DQPA 4DF4A 3VA3A 3VQ5A 4IG0A 4FLVA 3SQ1A 4FW1A 3K5LA 1NK9A 1W9HA 2LSNA 3PX0A 1TAQA 3NF9A 1KVCA 4HCCA 4DG1A 4PUOA 1RT1A 2ATQA 5FROA 4RW7A 1FKOA 4CFBA 5D3GA 1S5JA 2KTQA 3L2RA 4J2EA 4KHWA 1JLGA 4CHOA 4CK3A 3DLHA 3SYZA 1F21A 3QNOA 1KTQA 1TKTA 2XY7A 1QE1A 4B9MA 4QOZB 3HVRA 1JLCA 1LWFA 3WNGA 3HJFA 4HVJA 4B9NA 4XIUA 3DRRA 4M41A 4CJWA 4B3OA 2VWJA 1WSFA 3LP0A 2HNYA 4AHVA 1JLQA 1I39A 1D5AA 5DMRA 4CJVA 1JLFA 4AILC 1U45A 1ZBFA 1TKDA 4DSLA 1N5YA 4CJ3A 2PZSA 1KSPA 1VK0A 3QEIA 3TANA 1T8EA 3RWUA 2X78A 3AVAA 4O4GA 4DSJA 2XO7A 3NFAA 4E7LA 1FKPA 2YHAA 4CF2A 4Z4GA 3VQ6A 5CYQA 1CZBA 4CJKA 3WNEA 4FJGA 3ALYA 1TL1A 3NAEA 4FLUA 4UQGA 3KKRA 3KD1E 2E6MA 2Z1IA 2KFNA 4IFVA 1REVA 3AVBA 1HRHA 1DLOA 1BL3A 2ETJA 3L3UA 1S9EA 3TR8A 1TKZA 2GV9A 1RT4A 2D0CA 4DSFA 1NK8A 5HRRA 4MFBA 1RBSA 3LP2A 1FK9A 4ELUA 4IKFA 2DY4A 1XHZA 1XWLA 3OVNA 4CJQA 4IBNA 4DU1A 1ITGA 5CZ1A 4Y1DA 3LAKA 4K8ZA 3AVMA 1TKXA 4IG3A 3KJVA 3AO2A 4B9LA 3DMJA 3ZSXA 4CEEA 1RBVA 1LAWA 2ZQBA 2KQ2A 2RKIA 3O4NA 3OYNA 3DI6A 4HUEA 4FM0A 4CCHA 5J2QA 1S6QA 3K5OA 1QSYA 3QO9A 3L2WA 4DFMA 3QEVA 5JS1A 4JRQA 3VQAA 3AA3A 4PA1A 4N41A 1VSFA 1WAJA 4CEQA 3OYJA 1U04A 1WN7A 4FZYA 3VQ8A 3AVGA 1XC9A 3JYTA 4CESA 2OPSA 3OYDA 1TVRA 5HRSA 3SQ0A 1ZBUA 4N56A 4C8OA 1HYSA 1CXQA 4CERA 2RPIA 2YV0X 2VG7A 1LW0A 3QESA 1C1AA 2G8VA 1I3AA 5EU7A 1VSKA 3KK1A 3AA5X 3ZT1A 3ZT0A 1EP4A 2E4LA 4CHQA 3KLEA 1NJXA 4Z4HA 4CF1A 1WSIA 4O55A 2D0BA 1UA0A 2IOCA 3QEPA 3AA2A 5C25A 1WLJA 2HNDA 1U49A 4KTZA 1J54A 2XY6A 2NUBA 2OPRA 3ZT3A 5C42A 3LZJA 3OS1A 1IG9A 2F8SA 1X9WA 3PY8A 3NCIA 1VSJA 2Z1GA 3O4QA 4LSLA 5CYMA 2HW3A 2ZE2A 3CM6A 4O44A 2YNHA 4FJXA 4GMJB 3KD5E 3MECA 3M8RA 1BQNA 4Q0BA 1CXUA 3BGRA 3OYFA 4DQRA 1Z25A 4BDPA 1SKSA 2Y1JA 1LWCA 4W5QA 3VA0A 3SUNA 4NCBA 4R5PA 1L3VA 3NF8A 2P1JA 2X6NA 3L2UA 3SJJA 1Y97A 3NHGA 3NGYA 1X9SA 2HMIA 1HPZA 1LW2A 3ZSWA 4Z4CA 4DQSA 4DS5A 3OJUA 3QETA 4ELTA 2HHSA 2G8WA 1KVBA 1S1VA 3DOLA 4DFPA 1C0TA 4ELVA 1Q8IA 4DWIA 1NK5A 1WNSA 3SPZA 3S3NA 3NBPA 2XRIA 1RDAA 4DTPA 1QHTA 3RTVA 1NKBA 1B92A 3NH1A 4HUFA 3VQ4A 1G15A 2HVHA 3PUFA 2IS3A 3LDSA 4DTMA 3SZ2A 3SUPA 1ZBLA 2OPPA 4LSNA 4OPJA 4CIEA 1IKVA 1JLAA 3C95A 2E6LA 4KPYA 3OS2A 3AO3A 3QIPA 1L3SA 2HHQA 2G8FA 3AA4A 3DLKA 3DOKA 3LALA 4I2QA 4CJ4A 3MXIA 3I0SA 4DSIA 4J2BA 4KTQA 4KO0A 3EY1A 3ZSZA 1NJZA 3VN5A 1ZYQA 2GUIA 4FK0A 3KIOA 4NYNA 4CGJA 4OGCA 4E1MA 4KKOA 1TK0A 3BDPA 1RNHA 5KRTA 1D9DA 3QINA 4KB1A 4M3XA 1ZBHA 4LH4A 1JKHA 4DMNA 4KHNA 4PY5A 3VQPA 1KVAA 4BDYA 1A5XA 5C24A 3TAFA 2VG6A 3AVKA 1EXQA 1R0AA 5KI6A 3U6FA 2KFZA 1YT3A 1T03A 1BQMA 4C8NA 4CGFA 4E7JA 3PO4A 4I9LA 3NGZA 1VRTA 4M3WA 1WAFA 4E7HA 5KGWA 3M8PA 3OJSA 3I8DA 1L5UA 4HHTA 4BE1A 4OKEA 1N6QA 3L2VA 3AO1A 1SUQA 3KK3A 2B5JA 3AO4A 3HP6A 1RBUA 3SCXA 3IG1A 2DFHA 1VSDA 3VQEA 3OYIA 1L3TA 3K58A 2D5RA 4FVMA 3DRPA 4O0IA 4B9SA 4FLZA 5CZ2A 3RMDA 4O5BA 4CJTA 4CGDA 3SPYA 1SV5A 4CHZA 4CJEA 2BE2A 4CF9A 2I5JA 3CYMA 2VG5A 2Z1JA 1RBTA 5JS2A 4M45A 4AHUA 1NJWA 2BANA 4DTOA 3LP1A 2F96A 1RCHA 2P5GA 3CG7A 4JS5A 4EZ6A 4KHYA 1RT7A 4E19A 2A1RA 2QK9A 3V1QA 1TL3A 4BE0A 1KFSA 4I2PA 2FBTA 4CEDA 2IC3A 4KFBA 4E89A 2EX3A 5J2PA 4FJJA 3EZ5A 5J2MA 1UWBA 4CJPA 4F3TA 1S1WA 1IKXA 1YTAA 1HMVA 3MXJA 3AVHA 3TAEA 3V9UA 2RN2A 4PWDA 4W5OA 4FJKA 4FJLA 3DLGA 2JLEA 5HLFA 4N76A 4FJ8A 1UAXA 4F4KA 1GOCA 1LAVA 3DM2A 4CFDA 2WOMA 3O3HA 1Q9YA 1GOAA 4ICLA 2HHXA 5I3UA 3EYZA 4W5TA 3QERA 3OYMA 1IKYA 2IDOA 3FFIA 4FLXA 4WE1A 4CJRA 3P83D 3KKSA 4CJFA 4N5SA 3LP3A 4AHTA 1JL2A 5HRPA 1VSLA 3DLRA 4HTUA 5DK5A 1BHLA 2W42A 1HJRA 2YKNA 3VQ9A 1VSMA 1YVUA 4N47A 2Y1IA 2P5OA 1S1UA 4F2RA 4Z4IA 5T7BA 3ZSRA 4AH9A 3O3FA 4JRPA 1X9MA 1IH7A 4K8XA 1RT3A 1TV6A 4B9TA 2AJQA 4KREA 4C8MA 2HVIA 4EZ9A 1J53A 2O4GA 4CJLA 1WSJA 1TK8A 2G8HA 3RMBA 3RR8A 2RF2A 3K5NA 3QNNA 1RDCA 1WSGA 4CJ5A 4B9UA 2OPQA 3QIOA 3OS0A 3F73A 4KB0A 3IAYA 2YNGA 3P1GA 4CJUA 4H4MA 3H08A 3PO5A 3AV9A 3HSTB 2HHVA 3K59A 4RW9A 4LY7A 1B9FA 1TGOA 3CM5A 3P5JA 1LWEA 3AO5A 3OYGA 4DFJA 3V6DA 4GW6A 4IFYA 3C6TA 3ISNC 1HYZA 4CGGA 1J5OA 1EETA 4RW6A 2EHGA 1KCFA 3D45A 3TABA 1C1BA 4E1NA 4M3RA 2BDPA 3SI6A 5SZTA 1BCMA 3LWLA 4F8RA 4PQUA 1EX4A 5E41A 4ZTFA 3O3GA 4QAGA 3TAMA 3I0RA 3K2PA 4KRFA 1C1CA 4KHSA 4OLAA 3NGIA 4B8CA 1A5VA 4KTWA 1IKWA 4HUGA 3HPHA 3V4IA 3RMCA 3RR7A 2X6SA 3K57A 1MU2A 2DTUA 1T7PA 1J9AA 4LH5A 4Y1CA 3HK2A 4RG8A 1NK0A 4DU3A 4CEBA 3U3GA 1ASWA 3ZCMA 4CECA 3T3FA 3V81A 1XI1A 3NH0A 4NCAA 4RW4A 3V1OA 2R7YA 3DRSA 3RRGA 4CK1A 2KZZA 2G8IA 3G10A 1RT5A 3LANA 1NK6A 4NYFA 3OYAA 1NK4A 3LPTA 3CQ8A 4OLBA 5HBMA 3L3VA 1S6PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4C1NK 3OYCA 2XY8A 1OH8A 1ASVA 1BGXT 2D0AA 1VRUA 3KTQA 4CGHA 3RMAA 3CQYA 2O8FB 3HVTA 1IO2A 1E4FT 4FZXC 1KC8O 1NK7A 3MEGA 1KAXA 4JLHA 2X74A 1YHQN 3EKUA 3WUHA 3BF3A 3M8SA 3FFKB 3C94A 3ZSOA 1VSEA 4FJ5A 4CJ7A 3M8QA 3T69A 5GAEP 1C0FA 3PSIA 4FM1A 2F8TA 3EE8A 3SQ4A 2KW4A 3QBXA 3C7NB 1RDBA 3ULEB 1NJYA 1EWQA 2V51B 4BR7A 3OYLA 3SQ2A 2B6AA 3OW2M 2ASOA 3B6PA 4DSEA 3NF6A 4EAHD 4AM6A 4FZZA 5JMVA 3U9DA 1HQUA 4JKGB 3V1RA 3ITHA 1S1TA 3CERA 4FJNA 2PY5A 4GV3A 2QA4N 1JL1A 1TK5A 3WXIA 3SV3A 1SKWA 3F9MA 2Q97A 1NKCA 4C8LA 3F9KA 3AY9A 2VGNA 4IWVA 5EVZA 2P9UB 3LWMA 5J1EA 4EIAA 3HO1A 1SL2A 4ID5A 4BE2A 3KK2A 5K14A 5DM7L 5FRNA 3ID6A 3V9XA 2KLAA 4GV6A 1RTDA 3P4IA 1LV5A 3VQQA 3N4PA 2B4JA 3TARA 1VQON 2O8BA 5MLCQ 5JLHA 4FLWA 1HX1A 1BI4B 4DV3K 1U4BA 4BRLA 2O8EA 4OVLA 2A40A 3V9ZA 3T1YK 2DFFA 3ULDA 2HHTA 4QS8A 1SQKA 4L3QA 3SMPA 4CEFA 2D1KA 4JK9A 3UKRB 1HNVA 3AVCA 4OKKA 4TSXA 3VTHA 3LPUA 2BUPA 1HNXK 3DLBA 2OZSA 3FR0A 1YTUA 4OPHA 3VQCA 4K0KK 3G0ZA 3E1YA 3CFRA 4OPAA 2WTUA 3ZX3A 3A2FA 4QCLA 3JSMA 2OZMA 4FPAA 4RW8A 4BR2A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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