1HYVA

Hiv integrase core domain complexed with tetraphenyl arsonium
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
154
structure length
142
Chain Sequence
SPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords INTEGRASE
publication title Identification of a small-molecule binding site at the dimer interface of the HIV integrase catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 142
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1hyvA00
2HVHA 3VQ4A 4J2DA 3V9SA 2YKNA 4E1MA 1VRUA 3HP6A 4DTUA 3V4IA 1TKDA 3KD5E 5CZ1A 1WSEA 4DTPA 1S1WA 1LWCA 3K57A 2Z1GA 1NK6A 3EYZA 3DRPA 3MEGA 1ASUA 3DLEA 1NK8A 3OYEA 4Z4FA 2HNDA 2PY5A 1J9AA 4FM2A 1BI4B 3AVJA 4KHQA 2PYLA 3TAMA 2KZMA 3HT3A 4ZTFA 4IG3A 4AHCA 1NJWA 3M8PA 3TWHA 3QNNA 3U3YA 4IFVA 3TAGA 2HW3A 3UIQA 4KREA 1S5JA 2Z1IA 1TAQA 3FFIA 1RT4A 4DFPA 1VSEA 3RMDA 5HLFA 1HYVA 4QOZB 1HNVA 1MU2A 4NYNA 3KIOA 4FJGA 4FK4A 4F3OA 3THVA 4CFDA 2O4IA 1VSIA 3VQBA 1CZ9A 2X74A 5EU7A 3I8DA 3SV4A 3QO9A 4ZTJA 2OYQA 5HBMA 3LPUA 2HMIA 3TI0A 3S3OA 3LP0A 3V81A 3VA3A 2XRIA 1S6PA 1W0HA 2YKMA 4NCGA 4GMJB 3OYAA 4C8LA 2EX3A 2PZSA 3B6PA 3LZJA 4AH9A 3V1OA 3PUFA 3ZSZA 4CF0A 3ZSVA 4CIFA 3L8BA 4FM1A 3S3NA 3AVBA 3LPTA 4OKKA 4TSXA 4CJQA 2Y1JA 1N5YA 2EHGA 4W5QA 4J2EA 2KZZA 3V1RA 4FM0A 3U6FA 4KI6A 1BGXT 2ITGA 3K5MA 4BE0A 3MECA 1RBTA 3QEXA 3VQ7A 2ATQA 4FLTA 4F2SA 3NF6A 4J2BA 5T7BA 3HPHA 4RW7A 1S1UA 3DOKA 4E7KA 3HXMA 1TK8A 2E6LA 3KK2A 1HRHA 3OYBA 2Q3SA 1J5OA 1IKXA 2ZE2A 3D45A 4JRQA 3CFPA 1JLCA 4FVMA 3SQ4A 2YHAA 4DQIA 3TAEA 1T8EA 4B9TA 4CHYA 3ZSYA 1WSGA 4C8MA 3HJFA 3SUNA 4LH4A 3K59A 3M8RA 4H4OA 4FJ9A 4CFCA 1WNSA 4DTSA 4M41A 4K8ZA 3AO1A 4CGIA 1NK7A 4G1QA 3KLIA 3ZSOA 1JL1A 3LAMA 3MAQA 4LSLA 4CEBA 3RWUA 1TV6A 4DTRA 4FLXA 1DTQA 1QSSA 3A2FA 3AO2A 5KGXA 2D0BA 2IS3A 4GW6A 4CJRA 4E7LA 4CEEA 4FJ8A 5DMRA 1K6YA 2OPQA 1TKTA 2D0AA 3C94A 5K14A 4AHTA 3HVRA 1SL1A 2VWKA 3DRSA 1KFSA 4O4GA 2BDPA 1B9FA 4CHNA 1NK9A 1KLMA 3PX4A 4LSNA 1BHLA 3IAYA 1VSKA 1WSIA 3RR8A 4C8NA 3RRGA 1FK9A 1LAVA 2YNHA 2D0CA 1JXEA 3OYMA 3JYTA 4K8XA 4EP4A 3NFAA 1LAWA 4F8RA 2OA8A 2G8WA 3PX6A 4FLWA 2HHQA 3ALYA 4E1NA 1WN7A 5C25A 4ELTA 1BCMA 3HPGA 3AO4A 3ULDA 3HK2A 2F96A 2O4GA 1CXUA 3QIPA 2YHBA 1RT5A 4KV8A 4CHZA 4CJKA 3OYKA 1B9DA 2B4JA 4CJ3A 3KJVA 3QERA 1BISA 3KKSA 4OGCA 4KKOA 3VQ5A 4B9MA 1SKSA 4OLAA 2F8SA 2HHWA 2JGUA 3NF9A 3VQPA 3OYDA 1SL2A 2AJQA 3OY9A 4BE2A 2X78A 1ASVA 3S3MA 1RCHA 3HL8A 1NOYA 3PO4A 4FK2A 4HUFA 5JS2A 4LD0A 3QNOA 4E7JA 2OZSA 4KTQA 5KI6A 1SUQA 4CK2A 4CK3A 4KTWA 1VSFA 1NKEA 4ELVA 1LWFA 3ASMA 1UA1A 5HRSA 3KK1A 4BACA 2PYJA 1IG9A 1NKBA 3HYFA 4CF1A 3OYHA 2HNZA 4FK0A 3O3GA 3PO5A 2ETJA 1SKRA 1DLOA 1J53A 1RDBA 4N47A 3NCIA 1RT1A 1VK0A 3AO5A 1L3UA 1HNIA 3VQDA 2XO7A 2QKKA 1EX4A 3AA5X 4CESA 2KFZA 4CGGA 4ELUA 1NJYA 2HHVA 5D3GA 3HSTB 1TAUA 4N76A 1RTIA 1N6QA 4CGJA 4F2RA 3OYJA 3WNHA 4CJPA 1RTJA 3DLKA 4O44A 4ID1A 3QESA 5FROA 3TAFA 2G8VA 1TK0A 1C1CA 1QHTA 1KVCA 1BQMA 3AVAA 4MFBA 4CJEA 3K5OA 1I39A 4KAZA 3LP2A 1NJXA 2P51A 5HROA 4FJIA 1RILA 2DFHA 4CJ5A 3OJSA 3V9ZA 4E0DA 2RF2A 3NHGA 4JLHA 4CK1A 4FCYA 4KPYA 2FC0A 4RW4A 3NH0A 3WNFA 2VWJA 3ZT2A 3F9KA 5FDLA 3TAPA 3L2RA 2RN2A 5CYMA 1JLEA 4OPJA 4FYDA 1QS4A 1YTAA 1HQUA 4N56A 3I0RA 3RTVA 3V9WA 2KTQA 4IDKA 1TL3A 4CEFA 4IFYA 1NK4A 3O4NA 4EP5A 4DS4A 4ICLA 5KRTA 1Z25A 3OYCA 1CLQA 1GOCA 1XC9A 4GVMA 3T1AA 4E7IA 3RRHA 4CGFA 1EKEA 1GOBA 2P1JA 3AO3A 4CF2A 4Q5VA 4DFMA 3TABA 3RR7A 4FW1A 1C1AA 1RDCA 1QTMA 4FZXC 4CHQA 3SYZA 2B5JA 1C6VA 1RDAA 5I3UA 5KRSA 4W5TA 4DSLA 2DTUA 4B9LA 2OPSA 1VSDA 1QSLA 4HHTA 4CJSA 1KCFA 2ZD1A 4DS5A 1BCOA 3V9XA 3L2WA 5KGWA 3OJUA 4BWJA 1BL3A 1Q9XA 1IH7A 4FJLA 2G8IA 2IC3A 3IG1A 5C42A 4KHNA 1TK5A 3NGZA 4M3TA 1R0AA 4Z4IA 3DLGA 1KVBA 1T05A 3LANA 1WAFA 4JS4A 3TANA 4HUGA 1D9DA 3P5JA 4KB1A 1CZBA 3AA4A 1EXQA 4CFAA 1A5VA 1VSJA 3SQ1A 1C0MA 1L3SA 1SKWA 3V9UA 1NK0A 5E41A 1HYSA 3AVIA 3ISNC 3H08A 3AVHA 3ZT4A 4PA1A 3JSMA 1LWEA 1UAXA 2XY6A 3C6TA 4CIEA 4IKFA 3HP9A 4Z4CA 5J2NA 4B3OA 3OS1A 4DFJA 3PV8A 4KHUA 4C8OA 1X9SA 3DYAA 4HCCA 2YNIA 4EZ6A 2YNFA 2G8FA 3DI6A 4M3ZA 1G15A 4O0IA 1C0UA 1U45A 4CCHA 4I9QA 3E01A 4FZYA 1RTDA 4OJRA 3KK3A 4M3YA 4O55A 1EETA 2RPIA 1VSMA 2YV0X 3LWMA 4DSEA 4BDYA 3ZSXA 1WAJA 3DRRA 4M3UA 3EZ5A 1HMVA 1XHZA 3O4QA 1S6QA 4PUOA 1RNHA 4E7HA 4NCAA 1S1XA 4CEAA 3SQ0A 1S1TA 1JXBA 4IG0A 3U3GA 1ASWA 4DLEA 4NCBA 1ZYQA 2FBVA 3SUPA 4I9LA 4YNQA 4DTMA 3SCXA 3MXMA 1ZBLA 2OPPA 4OLBA 5J2MA 1C1BA 4B9UA 4DG1A 3HO1A 3NE6A 1UA0A 3SQ2A 4KRFA 1UOCA 4RW6A 2D5RA 2HHUA 4QAGA 4M45A 3P1GA 3OYLA 4Z0UA 1D5AA 4OKEA 4DTNA 3L3VA 1X1PA 1WSJA 4DU3A 4IBNA 2A1RA 3NF7A 3VQQA 3KLEA 1JLQA 4DQRA 3QEWA 5CZ2A 4FJ5A 3G10A 4E89A 3QEPA 1A5WA 3ZCMA 1X9MA 1SL0A 5J2QA 3AVMA 2BGGA 4FW2A 3WNEA 3VQ8A 5JS1A 1BQNA 3K5NA 3O3FA 4BDZA 4DTJA 2P5GA 1LW2A 4FJHA 4B8CA 3VQAA 5I42A 4DF4A 4E3SA 3IS9A 3DOLA 1REVA 1Y97A 2VG5A 2XY8A 3EY1A 4CIGA 4JS5A 5J2PA 1KRPA 2RKIA 4OKJA 4N5SA 2X6SA 4PWDA 3T3FA 4OGEA 4DSIA 1S1VA 4DU1A 3AV9A 3AVCA 1KSPA 4HCBA 3NH2A 3QEIA 1QSYA 3M8QA 3G0ZA 3KLGA 4C8KA 3LP1A 3L2UA 4Y1DA 3SJJA 3SNNA 3K2PA 3AVLA 3M8SA 1RT6A 2XY5A 3NH1A 3ZSQA 4CJWA 4DTOA 3DLRA 3KLFA 1JLGA 1RBUA 2WONA 3K58A 4F3TA 1NOZA 1FXXA 2ZQBA 1BIZA 4CF9A 3CFRA 1VSLA 4UQGA 4M42A 3RMBA 3DM2A 4CECA 4FLUA 1ZBFA 4PY5A 5CY4A 5HRNA 1TVRA 1S9EA 2OPRA 3NGYA 3OS2A 3RMCA 1IKVA 4FJMA 1L5UA 4EZ9A 1A5XA 4WE1A 2NUBA 4M3RA 2W42A 3AA2A 3CG7A 1NK5A 4DSFA 2IAJA 2GBZA 4Y1CA 3F73A 1JLAA 1TKZA 4CEQA 4CERA 1RBRA 2B6AA 2HHSA 3VQEA 3LAKA 2QXFA 4O5BA 2KFNA 1XHXA 4KO0A 2F8TA 2E4LA 1L3VA 4YFUA 5FRNA 1JLFA 4B08A 4I2QA 2BE2A 4CJTA 3ZSWA 4CGDA 4DMNA 4DF8A 4Q0BA 3VQCA 4AHRA 1S9GA 2G8KA 3MEDA 4KB0A 3L2VA 1O1WA 4FZZA 1WLJA 3MXJA 4DSJA 4H8KA 3QIOA 1ITGA 4I7FA 1QE1A 1ZBUA 3SI6A 3PY8A 3KD1E 2QKBA 5C24A 4Z4EA 2QK9A 1C0TA 1JL2A 4W5NA 4CJVA 2XY7A 1L3TA 2IDOA 1YT3A 4XIUA 3L2QA 3SZ2A 3KLHA 1GOAA 4HVJA 4Z4GA 1RT3A 3AVGA 4Z4HA 3AA3A 4O0JA 4ID5A 2IGIA 3O3HA 1HYZA 1LW0A 3LZIA 2HNYA 3K5LA 2G8UA 4M3XA 4RG8A 4FLYA 4CFBA 4CGHA 3SPZA 1RTHA 5SZTA 3DLBA 1JLBA 2HHXA 4CJ4A 2Y1IA 4CEZA 2GUIA 3AVNA 3CYMA 4KFBA 3T19A 2XHBA 4HUEA 2JLEA 1RT2A 3VA0A 4FJ7A 3QEVA 1VRTA 1FKPA 4DQPA 2KQ2A 3DMJA 1TGOA 4CHPA 3TARA 3OYFA 4AHVA 4QCLA 3VN5A 4CEOA 5FRMA 4FJXA 3LWLA 1YVUA 1Z26A 4JRPA 3SUQA 3DLHA 5SWMA 4KHWA 1T7PA 4CJLA 3HM9A 1HJRA 3NBPA 2YNGA 4B9SA 2VG7A 3L3UA 1D8YA 4KI4A 3CFOA 4H4MA 3VQ9A 4FJJA 5J1EA 3LDSA 1XWLA 3OYGA 1IKWA 3BDPA 2DY4A 4CF8A 3RMAA 1U4BA 1J54A 4I2PA 4RW8A 3NAEA 4CEDA 2FBYA 1NJZA 3NGIA 1QQCA 2HB5A 1U04A 1WSFA 4NYFA 4DSKA 1JKHA 4CE9A 1I3AA 1Q9YA 5CYQA 4FJKA 2X6NA 5HRRA 3ZT1A 3TR8A 1D9FA 2OZMA 4M3WA 3B6OA 2DFFA 3NF8A 3ZT0A 3QINA 3ZSRA 4CHOA 3OVNA 2HHTA 4W5RA 1Q8IA 3V6DA 4OPKA 1KVAA 4DLGA 1U49A 2DFEA 1DTTA 1F21A 2VG6A 4MQ3A 4DFKA 4F4KA 2A1SA 2FBTA 3OS0A 2I5JA 5DK5A 4BE1A 3IRXA 4AILC 1IKYA 1XI1A 1U47A 1BIUA 4FLZA 4BDPA 4KHYA 4ZHRA 4KHSA 3AVKA 1TL1A 2WOMA 1CXQA 2LSNA 3AVFA 3LALA 1B92A 3CM6A 5KTQA 3NDKA 2R7YA 5HP1A 1KFDA 2IOCA 2HVIA 1FKOA 4BWMA 1EP4A 3KKRA 3PX0A 1U48A 1LV5A 4L8RB 4HTUA 4CJUA 1RT7A 1VSHA 4DQQA 4LY7A 3CM5A 4RW9A 4W5OA 2P5OA 3LP3A 4PQUA 1NKCA 3ZT3A 4DQSA 1KLNA 2FBXA 4DWIA 3MXIA 3WNGA 3TAQA 3SPYA 3QETA 4CJFA 1ZBHA 1IO2A 1SV5A 2BANA 1TKXA 1RDDA 4KTZA 4OVLA 4AHUA 2KW4A 4DTXA 1YTUA 1BI4A 2E6MA 4FXDA 3QLHA 1HPZA 2Z1HA 3HVTA 3BGRA 3KTQA 4E19A 5HRPA 4R5PA 1UWBA 3S9HA 4FJNA 3V1QA 3OYIA 4AHSA 3SUOA 2G8HA 1ZBIA 1HQEA 4J2AA 2GV9A 3C95A 4FLVA 1X9WA 3VQ6A 3I0SA 1T03A 3HPOA 4B9VA 4B9NA 2Z1JA 4B8AB 4N41A 3P83D 1WSHA 1RBVA 3OYNA 1KTQA 3ITHA 1W9HA 3C6UA 4LH5A 3D0PA 3CQ8A 4DU4A 3MEEA 1RBSA 3SV3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQYA 3E9OA 3V4IA 5CZ1A 1ILYA 5BREA 3DRPA 5LY3A 3QBXA 2P9NA 5A2QO 1J9AA 2W6LA 2KZMA 3TAMA 3QNNA 3J81O 4IFVA 3ZEUB 3TTCA 1S5JA 3FFIA 3VGKA 3O9TA 1HNVA 5JICA 3VMFB 4F3OA 2O4IA 2FSKA 3VQBA 3SV4A 5M1QA 1S6PA 4LF7K 4OO1J 1W0HA 4CW7B 4GMJB 4AM6A 3CCUN 4X65K 3V1OA 3PUFA 1EWQA 3HTVA 3ZSVA 3DXMB 4W5QA 2KZZA 3VEWA 5AFUA 1ATNA 3QEXA 2ATQA 3NF6A 1N36K 3HPHA 4RW7A 3VF6A 2UXCK 2E6LA 3I55N 2P9SA 1J5OA 3CMEN 2ZE2A 5EVZA 3CFPA 1NLVA 4JI1K 4LH4A 2QA4N 3M8RA 5BR8K 4AF1A 4FJ9A 5AQKA 4DKWA 4G1QA 3KLIA 2GELA 3MN9A 1TV6A 5AFUH 5BPNA 3A2FA 3WQTA 2P9IB 1HLUA 1SL1A 3CCMN 1P90A 4ILJA 5KPRA 3PX4A 3HI0A 1NGHA 1BHLA 4LSNA 3RR8A 3DWLA 4C1NK 3H3NO 3OHRA 3JYTA 4IJAA 4EP4A 4F8RA 2G8WA 3PX6A 3ALYA 4E1NA 4ILGB 1BCMA 4H0PA 2NRHA 3K9JA 3ULDA 1IBMK 2F96A 5JLHA 2YHBA 1NMDA 3FFKB 1VQ4N 3QERA 3VQ5A 4B9MA 3BF3A 1HNWK 2F8SA 3MCPA 2JGUA 3UE5A 2X78A 2NRVA 3S3MA 4J8FA 4FK2A 4HUFA 5AQIA 3QNOA 4E7JA 1SUQA 4CK3A 1N33K 2O8EA 5HRSA 5AQXA 4U7BA 1WB9A 3HYFA 3OYHA 4FOIA 4AQYK 2ASPA 2NRWA 4N47A 2FLOA 3AO5A 1X3MA 1HNIA 3AA5X 4CESA 4CGGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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