The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
67
|
structure length |
67
|
Chain Sequence |
HHAMEEVTIKANLIFANGSTQTAEFKGTFEKATSEAYAYADTLKKDNGEWTVDVADKGYTLNIKFAG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
PROTEIN L
|
| publication title |
Structures of the B1 domain of protein L from Peptostreptococcus magnus with a tyrosine to tryptophan substitution.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Finegoldia magna
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| total genus |
17
|
| structure length |
67
|
| sequence length |
67
|
| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-01-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YMH E; 2ZW0 A; 1PGB A; 1IGD A; 2JSV X; 2I38 A; 2LHD A; 2KN4 A; 4OZB A; 2IGH A; 4KGR A; 2I2Y A; 1MHX A; 1FCC C; 2ONQ A; 1FD6 A; 2ZW1 A; 2RMM A; 4OZA A; 1K51 A; 1QKZ A; 5HFY A; 1FCL A; 3GB1 A; 1F2R I; 2RPV A; 4MAC A; 1HZ5 A; 2PW9 A; 1IBX A; 4OZC A; 2JZP A; 1KH0 A; 1PGA A; 2N9L A; 4KGS A; 1JML A; 1Q10 A; 2PLP A; 2KDM A; 1D4B A; 2LHE A; 5HHD G; 4GLS C; 3MP9 A; 2EEL A; 2K0P A; 2N9K A; 2ON8 A; 1K50 A; 2J52 A; 4D2K A; 1K53 A; 2KWD A; 4WH4 A; 4KGT A; 2KQ4 X; 1YNT E; 2JWU A; 1IBX B; 2J53 A; 5BMG A; 2OED A; 2JU6 X; 1P7F A; 2QSD A; 3FIL A; 2JXT A; 2GI9 A; 2NMQ A; 1K52 A; 1UWX A; 4HJG E; 4IKG A; 5HI1 A; 1GB4 A; 1MVK A; 3UI3 A; 1IGC A; 1GB1 A; 5HG2 A; 1MPE A; 5BMH A; 2LUM A; 4HKZ E; 2N7J A; 1C9F A; 1P7E A; 1MHH E; 2PTL A; 1ZXH A; 1MI0 A; 1HZ6 A; 2LGI A; 1XF5 L; 2GB1 A; 2QMT A; 3FIL B; 2IGG A; 3V3X A; 5JXV A; 1F2R C; 2IGD A; 1EM7 A; 1XCT L; 1HEZ E; 2KAC A; 5BMI A; 1PGX A; 4IOI E; 1XCQ L; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MGK E; 1SF0 A; 4DDG D; 3GE8 C; 4ITK A; 3CSF A; 5JHB A; 2JF5 A; 4MM3 B; 2K1F A; 1KM7 A; 3T3O A; 2BYT A; 1J7A A; 3QK0 A; 2ACZ B; 3UGB B; 4HRO A; 3MC9 A; 3I57 A; 4BFR A; 2WDQ B; 1FM0 D; 2NTS A; 4UDU C; 3ZLZ A; 2ZNV B; 5AZH A; 3DVN V; 4PT5 A; 3H8H A; 1N61 A; 2AWT A; 3ZJU A; 3T3N A; 2N9K A; 3DCG A; 3EA6 A; 1QLB B; 1K50 A; 4ANU A; 3HVZ A; 1FFV A; 1WF9 A; 3KVF B; 3QX1 A; 3A4R A; 4ZDV A; 3W1Y A; 3OJ3 A; 4DBG A; 3VH4 B; 4AQ7 A; 1D5X C; 4FXC A; 1CJE A; 1WSP A; 1YJ1 A; 2AL3 A; 2N9E B; 4BKS A; 2R2Q A; 2JXT A; 5BYS A; 1WE6 A; 2JZZ A; 1T0Q C; 1I4R A; 2YVC A; 2BWF A; 3AEF B; 2G4D B; 2LFI A; 2O2V B; 2MA9 B; 4XWT A; 5LXI B; 2EMT A; 2KTF A; 1WX7 A; 1QOB A; 4MJS A; 2ZVO A; 1V80 A; 2KTR B; 1DOY A; 2RPQ A; 3QIJ A; 5H8Y E; 3Q3N C; 4MT5 A; 3TEY A; 2WXO A; 3BII D; 5D3I B; 3BVG A; 3TCA A; 1OGW A; 1TIF A; 1HXY D; 1BT0 A; 3ETR A; 1JRU A; 3CST A; 2KN4 A; 4BVU C; 1JQ4 A; 1OEY A; 1WMH A; 2GBN A; 4OVZ A; 3AI5 A; 4A55 A; 3IVF A; 3TJP A; 5HFY A; 1CMX B; 2CKH B; 2M4N A; 4C7Z A; 3NVW A; 2XBB C; 3GB1 A; 3A9J B; 4KDI C; 1TKE A; 1WM3 A; 5BYQ A; 1ZP0 B; 1QZE A; 1RWS A; 1IBX A; 4QAY A; 1V81 A; 4ZRJ A; 2I1K A; 3K9O B; 1HTQ A; 4TMA B; 5IN7 A; 1TGZ B; 5D94 A; 1IP9 A; 3IHP C; 2LI5 A; 4A90 A; 2FIF A; 3MFG A; 1TBE A; 4YTN B; 3HK0 A; 1E8W A; 1MG8 A; 2MJE A; 3QAQ A; 2W55 A; 3SFE B; 2DZK A; 2RGF A; 4KZC A; 1H8C A; 1AN8 A; 4XGA B; 1RRB A; 1NEK B; 4CHK A; 2LJ5 A; 1KLV A; 4RM9 A; 2ZCC A; 2XEW A; 1MVK A; 1V9J A; 3I63 C; 3RUL A; 2FCN A; 1GB1 A; 2LGY A; 3SD5 A; 1ZXH A; 2GOW A; 1L6V A; 2X8X X; 1PQS A; 2LEK A; 2VZK D; 2CJN A; 2IGG A; 3NS8 A; 4HRS A; 2INP E; 1KLG D; 3R3M A; 2BYV E; 4IM3 A; 3RNB C; 3AE8 B; 2GRI A; 1U4A A; 2WXP A; 3KYC D; 4XC2 A; 3AV8 A; 3UQB A; 2KO3 A; 1EWY C; 2L76 A; 3JSV B; 2Y5C A; 3N3K B; 5CX3 A; 4M00 A; 1GC6 A; 2LWP A; 4IDI A; 4XX5 A; 1SIJ A; 3NOB A; 4ICV A; 3ZJT A; 4IC7 B; 2KLC A; 3Q8E A; 4HKQ A; 2WS3 B; 2XK5 A; 2WU2 B; 1OQY A; 1J7C A; 4DDI D; 4S0R A; 1KLU D; 4LNK A; 1OQR A; 1LXD A; 3TMP B; 1VRA B; 1P3Q U; 1SE3 A; 4R3D A; 3W9C B; 3I3T B; 4EEW A; 4ZHP A; 3BVZ A; 4KDL B; 2MW5 A; 1Z2M A; 4IWQ A; 1IBX B; 3ABV B; 5LNK 1; 2MP2 B; 3O13 A; 1SIF A; 4AS1 A; 2VH2 A; 4RNA A; 4YSX B; 2Q5W D; 1C77 A; 2DBY A; 1NI3 A; 4G0N B; 2OHF A; 2C7M B; 4KZ0 A; 4LJP B; 4G3X B; 4L23 A; 3AEA B; 3NVZ A; 2KFK A; 4N59 A; 3C19 A; 2NBW B; 2TSS A; 4ASW C; 1MHH E; 2KQS A; 2RR9 A; 1L4D B; 1N6Z A; 1WXV A; 1Y8R C; 3CMM B; 4HPM B; 4P6V F; 2VRR B; 4FJV B; 2CU3 A; 4RM8 A; 3T9L A; 2B76 B; 3A33 B; 4A6Q A; 2IGD A; 5BMI A; 3PRE A; 3NG0 A; 1PGX A; 2QIL A; 1VR9 A; 2OJR A; 1FMA D; 1GNU A; 2M0X A; 1VD2 A; 3V60 A; 4A9A A; 4XDC A; 1JW9 D; 1WRI A; 4OW0 A; 3ZNZ B; 3RI7 C; 4DHZ B; 1R4N B; 4HCP B; 3BK1 A; 2MX2 A; 3ZNH B; 1K51 A; 4JQW C; 4BAX A; 1LM8 B; 3GP7 A; 1WIA A; 4JIO U; 2L7R A; 2FCS A; 4FBJ B; 4NJC A; 3V61 A; 2D11 A; 3L16 A; 2N9L A; 2KHW B; 5CHF A; 1VZ8 A; 2MCN B; 1E8Z A; 1JWM D; 3B1L X; 4A20 A; 2KDM A; 1QIL A; 3BWU D; 4NAM A; 2JRI B; 5HHD G; 3EUB 2; 2KQ7 A; 2WXJ A; 1OFF A; 4D2K A; 1K53 A; 2RDH A; 2JYE A; 3NZU A; 3WCQ A; 1VZ7 A; 5LLI A; 4PS7 A; 3ZJV A; 2Z59 B; 2CHW A; 2FUH B; 2XK5 B; 2IO3 B; 3NS1 A; 1TZ1 A; 2SEB D; 3WAO A; 5G5G A; 4P7I A; 1C4C A; 3TSS A; 2WU5 B; 2BB6 A; 2KWC A; 1UGJ A; 3AE4 B; 2AX5 A; 3IAS 1; 4EFO A; 3TEX A; 4E3C A; 3PO0 A; 2J0J A; 3AE9 B; 2KZR A; 2YLM A; 3AE1 B; 1WX9 A; 1V5T A; 4E74 A; 4NAW B; 3H7S A; 2K8C A; 1R4N I; 4DHJ B; 5D3D A; 2GBJ A; 1A70 A; 1ROE A; 1XCT L; 4C80 A; 1M94 A; 4RMA A; 5DCN A; 3ML9 A; 4RGN A; 2FBW B; 2KFK B; 2QEJ C; 4TSS A; 3ZDT A; 1V5O A; 3IBE A; 4AUQ C; 1VDV A; 1P1A A; 2EKE C; 1PUT A; 1V1O A; 4ZOH C; 1IYF A; 4URK A; 2BVC A; 2J4X A; 2ZW1 A; 2V0G A; 1QKZ A; 3PZ8 A; 2N9P C; 3AU5 A; 4BOS C; 3ZW3 A; 5AEK B; 2E3T A; 1I35 A; 4LLG M; 4ZRK A; 2JPH A; 1KH0 A; 2ZEQ A; 4M02 A; 1JML A; 2BWE S; 1PFD A; 2MBQ A; 1WFY A; 3L4P A; 4BZA A; 3DHH C; 1T0R C; 1D4B A; 2LHE A; 4G11 A; 3HRD D; 1OQQ A; 2DZJ A; 1P0R A; 4E71 A; 2HE7 A; 2N7D A; 3ZO5 B; 2QIE B; 3RCZ A; 1WI0 A; 2KN5 A; 2O6V D; 1WXQ A; 1WGG A; 3PRP B; 5J2R A; 2X38 A; 1F52 A; 3P4S B; 3SFD B; 1WE7 A; 2MBH A; 2QSD A; 5IA7 A; 4IWP A; 4WJP A; 2IJ0 A; 1TKG A; 2FCQ A; 3RZW C; 3AE2 B; 3RNA C; 3AM9 A; 4GB9 A; 4ZRI A; 2NCN A; 4M8N A; 2D2Q A; 1MPE A; 3AU4 A; 3N20 C; 4DHZ E; 2MSE D; 2LUM A; 2LVO A; 1ET6 A; 2WQY B; 2N7J A; 2D3C A; 1F9J A; 3U52 E; 4KSL C; 2G4S A; 5HKH A; 1WZ3 A; 3L17 A; 3CIR B; 3ZKJ C; 2KKC A; 4MSQ B; 4CO7 A; 3WA0 A; 4JWS C; 4M8M A; 1ZXI A; 2W3S A; 3RNF C; 2W3R A; 4ZHO A; 2KC1 A; 4LNI A; 2M1M A; 4MSM B; 3RNC C; 3SEB A; 3WIM A; 2NBU A; 3SHQ A; 2WXF A; 1I42 A; 1GG3 A; 1NVI D; 4M01 A; 3UQA A; 1WGR A; 3ZTC A; 2ZJD A; 1XQQ A; 4K7W A; 4REZ A; 2D5G A; 1MJD A; 2V4I B; 2KDE B; 2WDV B; 2PIA A; 5G5H A; 4Q2J A; 1WGH A; 2DHZ A; 2AQ1 B; 2WXH A; 2WXI A; 3N1X C; 4YTM B; 3PLV A; 1XLO A; 3RUI B; 4GU2 A; 2ZPY A; 1WGK A; 3DVG Y; 1WXM A; 1ZPS A; 1WWT A; 4ICU A; 2KOX A; 1F77 A; 4NQK E; 4LDT B; 3ZNG C; 1J0G A; 2IY1 B; 3Q69 A; 2LJI A; 2KJ6 A; 3Q8B A; 4A3O A; 5E6J A; 3QJZ A; 2K39 A; 1TJE A; 3B0A A; 3B2G A; 4MGI E; 2ZVN A; 1EO6 A; 2K5P A; 3UIN B; 1R4M I; 1AW7 A; 5EE3 A; 2N9X A; 2D3G A; 3EFC A; 4DXG A; 3E56 A; 3H1U A; 2HJ1 A; 2INN E; 1YX6 B; 1PDX A; 3P1M A; 2BKF A; 2IPK D; 2L83 A; 4FUL A; 1WGY A; 3RNE C; 3MJW A; 1QOF A; 1V97 A; 3ECI A; 3BIN A; 2KX0 A; 4GDL A; 1TS2 A; 1XCQ L; 2JXX A; 2GMI C; 1LGR A; 5IOI A; 3N30 A; 1SB3 C; 1IGD A; 3PRZ A; 3URY A; 2DEN B; 5E6P A; 1YIW A; 2BS4 B; 2L8J A; 3JSV A; 3PGE A; 2BPS A; 3CF6 E; 2VZK B; 3D32 A; 3NZ3 A; 4P1B C; 3VTW A; 4MAC A; 2RDB C; 1HZ5 A; 3ZRF A; 1L4Z B; 3AE5 B; 1UNS A; 1E7U A; 1PGA A; 5E6O A; 2QJL A; 3P42 A; 4EE2 A; 2WDT B; 2MRP A; 2GBK A; 4YT0 B; 2CS4 A; 4H2A A; 5D2M B; 3VXW A; 1QOA A; 4B0E A; 1E5W A; 4DQO C; 3P63 A; 2KDI A; 3RNG C; 1NYR A; 4MEM A; 3APD A; 2QHO A; 1T5X D; 3UF8 A; 1I4Q A; 2C9W B; 5FK9 C; 2W9N A; 1UH6 A; 3ALB A; 5IP4 D; 3KUZ A; 4FJY A; 1LQB A; 1L0Y B; 2H88 B; 3FC4 A; 3H9D A; 2MP2 A; 4YXD B; 4RCO A; 4GOC A; 1TS3 A; 4NPN A; 2K8B A; 4US8 A; 3U2S C; 5DPR A; 1YJI A; 1AYF A; 1HA5 A; 2N1V A; 3TEZ A; 5IO9 A; 4PS8 A; 4DXF A; 3ZGZ A; 2GBR A; 2IZV B; 3P4Q B; 1FXI A; 2BTE A; 4YSY B; 1BUI C; 1SXT A; 2GBM A; 1D6E C; 2WXR A; 2JVC A; 1SEB D; 4B6W A; 4A3P A; 5EE0 A; 3PLU A; 2WP9 B; 1ENF A; 1TY0 A; 1JRO A; 1HZ6 A; 1A5R A; 4PYZ A; 4NNJ B; 4W9C A; 4K1R B; 2KMC A; 2J7Q B; 4XDD A; 1YOV B; 3PZ7 A; 1F2R C; 3R7R A; 2Y5P A; 3B9J A; 4KIK B; 1TTN A; 4K81 A; 4F7Z A; 3PRM B; 4C4V B; 4O1N A; 3TL5 A; 3VUX A; 3A1Q B; 4MH0 E; 1VZ6 A; 2N1W A; 1WM2 A; 2DZI A; 2IGH A; 3T8M A; 5L83 A; 2HTM E; 2QCZ A; 3DQV A; 2L0F A; 3AE7 B; 3VRA B; 4I6L B; 3I9V 1; 3QAR A; 1S3S G; 2Z0E B; 1T0Y A; 4B9K A; 1STE A; 3ML8 A; 2WXK A; 4GDL B; 2LAS A; 4KKI A; 5G2N A; 3C8Y A; 1SE9 A; 2NPT A; 2NS5 A; 2WDR B; 2BYF A; 1XLQ A; 4HWI B; 3M3J A; 1GPX A; 3ZQ4 A; 1E8X A; 1UD7 A; 2C7N B; 4IM0 A; 3VAW A; 4WH4 A; 4XZ4 A; 4KGT A; 3ZXV A; 5D7G A; 2KQ4 X; 2XNA C; 5DPW A; 4I6P A; 1ZE3 D; 1V49 A; 1E0Z A; 1L0V B; 3DVN U; 2EMS A; 2CHX A; 4EZK A; 4JPS A; 2KVZ A; 2NMQ A; 3N32 A; 3TIX A; 3JW0 X; 3DWM A; 1P98 A; 1VLB A; 3WAL A; 2W82 A; 3HM6 X; 4KSK C; 2LXC A; 1TT5 B; 3W5V B; 2Z0D B; 4NAW A; 1Y56 A; 4GN1 A; 1FNV A; 2A5U A; 3PPA A; 2BS2 B; 2Y5B B; 4W9L A; 3UIO B; 3QC8 B; 3V62 A; 1SE2 A; 3DBL B; 1ZDX A; 2KK8 A; 3KYD D; 1N5X A; 5J18 A; 4IOI E; 3E9S A; 2OJW A; 2ZW0 A; 1FXA A; 1PGB A; 2JSV X; 4MEL A; 2KLG A; 4C56 C; 1C78 A; 4WAA A; 1MHX A; 1FCC C; 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1V1P A; 2KFJ A; 3A9K A; 2ICI A; 3MHZ A; 2BQQ A; 4M0W B; 2FAZ A; 1RFA A; 1C4A A; 4BKT A; 3W1S A; 3J9C A; 4GXB A; 3OG5 A; 3CWI A; 3HM3 A; 4WAF A; 2L1A A; 2EEL A; 1WXA A; 2K0P A; 3ENE A; 2LRW A; 2E6X A; 3RN9 C; 5LXH A; 1SJH D; 3C0R B; 2DAJ A; 5JZE B; 2KDF B; 4HK2 A; 4ZRQ A; 3RYT A; 4LNN A; 5JHA A; 1YNT E; 3SDL C; 3V6E B; 2KVR A; 2KWU B; 3P4P B; 2MBO A; 4NY0 A; 2D07 B; 3EFU A; 4ARI A; 2LZ6 A; 2JWZ A; 4JX1 C; 2PMV A; 1P7F A; 4GDK B; 2DAF A; 3AB5 A; 3PTF C; 3ZNI D; 3AN1 A; 3X23 A; 1YQ3 B; 3HUI A; 4HPP A; 4GGQ A; 4RGT A; 2LVP A; 3U7Z A; 3GE3 C; 3LXF A; 1DOX A; 2IBI B; 3OJ4 B; 2PJH A; 3FIL B; 4LK0 M; 1DYQ A; 1RLF A; 3QWZ B; 4OZC A; 1GAQ B; 1GC7 A; 5FKA C; 1DOI A; 3KUC B; 4KVG B; 1TZO A; 1FFU A; 2KT7 A; 2DZM A; 1SE4 A; 1E90 A; 4YSZ B; 3OAW A; 1QT9 A; 3ZXR A; 2RMM A; 3IT4 B; 3VUY A; 1DGJ A; 2WXQ A; 4G50 A; 1I7H A; 1I4H A; 2REX A; 1JWA D; 3MHS D; 4AP4 C; 4WJQ A; 1D3Z A; 3HIZ A; 2V3S A; 2IDY A; 1KF6 B; 4NJ6 A; 4MH8 A; 1T0S C; 4ANV A; 2WXN A; 2BBC A; 3MC0 B; 5GXG B; 1UEL A; 3VTU A; 4XWW A; 2A4Z A; 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