1I39A

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i39A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i39A01
1LWCA 4H4OA 4RW7A 4Y1DA 4RW6A 3KK1A 1BIUA 2X78A 1C0UA 4FM2A 4FJKA 4Q0BA 3OS0A 4FLZA 3AVCA 4M41A 1SKRA 2PYLA 1Y97A 4FYDA 3PO4A 2G8WA 4YFUA 3DLHA 3KTQA 3UIQA 5HBMA 3TAGA 3LALA 4CFCA 4DTNA 3T19A 3BDPA 2HNDA 4KPYA 3SUQA 4E3SA 3ZT1A 1NK5A 4FW2A 4ICLA 2QK9A 4OPKA 5FRNA 4KREA 1A5WA 2IS3A 4PWDA 3VQ5A 3CG7A 2QXFA 4OKJA 2AJQA 4MQ3A 4J2EA 3OYHA 4E19A 2OPQA 2LSNA 1BQMA 3M8QA 4CGHA 3CQ8A 3TAPA 1NK6A 4JS4A 4PY5A 2FC0A 3OYCA 4C8KA 1KTQA 3KKSA 2O4GA 3OJUA 4B8AB 2OPPA 1WAJA 3QETA 4RW8A 3L2QA 4FJ8A 1NK4A 2HB5A 1JXEA 3OYFA 1BI4A 3PV8A 1JXBA 3V6DA 2JLEA 1J5OA 1WSGA 4Z4GA 1HPZA 2D0CA 1UWBA 4HCCA 1VSLA 2KZMA 3L3UA 4DSKA 1IKXA 3ITHA 2Y1JA 3MEDA 1DTTA 2P1JA 4H8KA 4OPJA 1ZYQA 3VQ9A 2X74A 3C6UA 3CFPA 1IG9A 3DYAA 2YHBA 5HP1A 4DLGA 4KHYA 2OZMA 3EZ5A 4FJ7A 4CHYA 1RT5A 4E7LA 1HRHA 2GV9A 4CJWA 2Z1JA 4CJEA 3VQ6A 2PYJA 1TK0A 1EKEA 4DSEA 2HHVA 3DLBA 5D3GA 2XO7A 3MEEA 4DFMA 2P5GA 4DLEA 3V1RA 4DSFA 4Z4FA 3AO4A 3DI6A 3HJFA 3AV9A 4DF4A 1WSHA 4J2AA 1HYSA 4KB1A 1J9AA 4EZ6A 4CF1A 3THVA 1BHLA 4BACA 4KRFA 3HVTA 4ELVA 5HLFA 4FJNA 4LH5A 4DMNA 3SYZA 4QAGA 3LANA 1TK5A 4N47A 4PQUA 1CLQA 4Z4HA 4DTRA 4KI4A 1QHTA 4CEAA 5CZ2A 4CEEA 3NGIA 3RMDA 4FVMA 4O44A 4CEOA 3TAQA 1SL0A 1C0TA 3AVLA 1L3TA 1MU2A 2O4IA 4LD0A 3HYFA 3AVGA 1Q9YA 1GOAA 5C24A 2VG6A 4E7KA 4DS4A 2VWKA 3ZSWA 4GW6A 3V9XA 4JS5A 4DTPA 4L8RB 5FRMA 4AHSA 5KRSA 1QTMA 4CCHA 4N76A 4BE1A 4CJTA 4LSNA 1ASWA 3OY9A 2EHGA 1L3VA 3LP0A 3ZT4A 1IO2A 3TANA 3V1QA 2G8UA 3MEGA 1IH7A 5J2PA 3QERA 4Y1CA 3E01A 1NKCA 1Q8IA 3ZSZA 2GBZA 3LDSA 3SUPA 4E7HA 4E1NA 1FXXA 4ELTA 5CYQA 4FK0A 4CJUA 1JL1A 3VQPA 1IKWA 2RKIA 1LW0A 1BI4B 4CJ5A 3VA3A 1A5XA 3K5MA 1Z26A 1TGOA 4IG0A 2F8TA 3SV4A 1NJXA 2YKMA 2OPSA 3ZSRA 2OPRA 4CJKA 4B3OA 3HVRA 4CEBA 4FJ9A 4O0JA 1G15A 4Q5VA 3TAFA 2HHUA 3DRPA 1FKOA 3M8PA 3DRSA 1S6PA 1VSHA 3AVJA 1UA0A 1WSJA 3QEPA 1S6QA 1WSFA 2VWJA 5I42A 3KLEA 1ZBUA 1XWLA 3ZT2A 3F73A 1T03A 1J53A 3IAYA 2YHAA 4HCBA 4CJSA 3NAEA 3SUOA 3SV3A 4J2BA 1VK0A 3ISNC 4I2QA 3PX0A 2BE2A 3NH2A 1VSIA 1LWFA 3I0RA 3QEVA 1D8YA 5K14A 3AVNA 4OKKA 3KIOA 4DF8A 1RDAA 1RTIA 4CGIA 1EETA 4BDPA 4C8MA 3QNNA 3VN5A 4F3OA 3VQ7A 2Z1HA 5C25A 1X9SA 3KD1E 1T7PA 1KFDA 2RPIA 2W42A 4IBNA 5DMRA 4CESA 1S1XA 4FLYA 4ELUA 4M3YA 5JS1A 4B9UA 4CIEA 4NCBA 3MXJA 3VA0A 4LY7A 1RCHA 1WLJA 2ZE2A 3T1AA 2QKBA 2JGUA 2I5JA 4DU4A 1L3SA 1REVA 1SUQA 4B9NA 4E89A 1SL2A 4RG8A 3AVMA 5CZ1A 2HVIA 2HHXA 4DFKA 1HMVA 1WSIA 1C1BA 1TVRA 4FJMA 1HYVA 4DQSA 4FJ5A 3TWHA 4I9LA 4B8CA 1NJZA 2D0AA 4CE9A 1TAQA 4E7IA 3RMAA 3BGRA 1BCMA 4YNQA 1YVUA 4O4GA 1C1AA 1VSFA 2E4LA 1NK8A 3S3NA 4FXDA 4KHSA 3NDKA 4E0DA 3TI0A 2RF2A 4CF0A 3IRXA 4HVJA 1VRTA 5HRNA 4DS5A 4CECA 2B5JA 1X1PA 3OYEA 5J2QA 3NH1A 3QNOA 3JSMA 1WAFA 4IFVA 3HO1A 1UAXA 3HP9A 2DY4A 1D9FA 4E1MA 1HQEA 3HPOA 3G10A 3AO3A 3HP6A 4FZZA 3HL8A 3ZCMA 1NOYA 1NK7A 4KV8A 1ZBIA 1JLBA 5KI6A 3ZSXA 4DTJA 3RWUA 4ID1A 2HHWA 1NOZA 4CGFA 3DLEA 4OJRA 3PX4A 1XI1A 4RW4A 3MXMA 2BGGA 3ZT0A 3QLHA 1KLNA 1QSLA 4CK2A 3KLHA 1BL3A 1RDDA 5HRSA 4XIUA 3VQCA 1W9HA 3NF9A 3SPYA 4NYNA 1GOBA 5KGXA 4DSJA 1CZ9A 4IDKA 2ZD1A 1U4BA 4DFPA 4WE1A 4KKOA 4C8LA 3V1OA 4B08A 3SQ1A 1CXUA 3KK3A 4DTXA 3SPZA 4F4KA 1K6YA 1LAWA 5DK5A 1F21A 3K57A 1L3UA 1RTDA 4FJGA 5SZTA 5KTQA 3KLFA 1U48A 4DQPA 1KVAA 4FJIA 4NYFA 4CJQA 3U6FA 3SCXA 1ITGA 2Z1IA 3V9SA 2OYQA 3LAMA 4N5SA 4OGEA 3V9ZA 3NE6A 4JRPA 3K58A 1Q9XA 3A2FA 4OLBA 3OYGA 3AO1A 2KFZA 1TV6A 4BDZA 4BWMA 3ZSYA 2X6SA 1RDBA 4F2RA 2DFFA 1TKXA 2HNZA 4KAZA 3DMJA 4LH4A 3S3MA 3OYIA 2YKNA 3WNHA 3LWMA 3B6PA 4HUGA 3NGYA 2ETJA 4CK3A 4KHQA 3T3FA 3KLIA 4KHNA 1GOCA 1QE1A 3I0SA 2Q3SA 1JLCA 4C8NA 3VQ8A 1IKYA 2R7YA 3QESA 2HMIA 4FJJA 3VQQA 3K5LA 4DU3A 4AHTA 1T8EA 3OYDA 3DOLA 3DM2A 4OKEA 1RBUA 3AVBA 3LP2A 4FJHA 3AA2A 3B6OA 2WOMA 4IG3A 2F96A 3KK2A 3RMBA 1TKDA 4B9TA 1WN7A 2KZZA 4M3TA 3RTVA 3EYZA 1TL1A 3NFAA 3SI6A 2OZSA 1U45A 3V9WA 4CJVA 4KO0A 4EP4A 4HHTA 4E7JA 2KQ2A 4DQRA 1S9GA 1QSSA 4CF9A 5SWMA 4J2DA 2HVHA 3O3HA 3C95A 3ULDA 4GMJB 1L5UA 3KJVA 3OJSA 3SQ2A 4MFBA 3F9KA 3WNFA 4FLVA 1X9WA 4FK2A 3LZIA 3WNEA 3NGZA 2OA8A 3MXIA 4CHZA 4QCLA 4C8OA 4M3UA 3KLGA 2NUBA 1C6VA 4EP5A 1ZBHA 1NJWA 1FKPA 2FBYA 3DLKA 5FDLA 3QO9A 4BE0A 1DTQA 4CEQA 4DSIA 4NCAA 4BE2A 2HHSA 1HNIA 3K59A 1SKSA 4K8ZA 2XY6A 1IKVA 1RT2A 5HROA 3ZSOA 3KD5E 2IC3A 4UQGA 3H08A 4KI6A 3CM6A 2XY5A 3P83D 2RN2A 4CJPA 4CHOA 4IKFA 3C6TA 3HPGA 3NH0A 3HSTB 1B9FA 1VSJA 3NF8A 1N6QA 1NJYA 1NKEA 3CM5A 2D0BA 3DLGA 2Z1GA 1KVBA 3V4IA 1JKHA 1TKZA 3QINA 2HHQA 5EU7A 4O55A 4CEDA 4KHUA 5HRPA 4M42A 1XHXA 4RW9A 3SQ4A 1S1UA 4OGCA 3AA4A 3HK2A 1TKTA 3L2WA 5JS2A 4CJFA 1YTAA 1Z25A 3PO5A 4FJXA 2GUIA 3PUFA 1EP4A 3VQ4A 2DTUA 3SJJA 1SV5A 1W0HA 1S1WA 2G8HA 1VSDA 1BQNA 3S9HA 4Z0UA 2YNHA 3PY8A 4PUOA 3VQAA 4DQQA 4FZXC 1U04A 4CGJA 2F8SA 1BGXT 1RBRA 4CIGA 4CJ4A 5J1EA 4DTMA 3CFOA 3OYBA 3AVIA 3AVFA 5KGWA 2P51A 1HNVA 1HQUA 3NHGA 1NK0A 1D9DA 1D5AA 1WNSA 4CHQA 3RR8A 2HW3A 3VQBA 4DFJA 5I3UA 4CK1A 2G8KA 1RT4A 4JRQA 4AHCA 3OYJA 4FK4A 3AA3A 3O4NA 1VSKA 1HYZA 2KFNA 1JLFA 4W5NA 2E6MA 1JL2A 2KW4A 3JYTA 4FJLA 4DTUA 4CJLA 1ZBFA 1R0AA 4DG1A 1A5VA 3U3GA 4F3TA 4B9SA 3ZT3A 3RRHA 1ASUA 3P1GA 3I8DA 4AHUA 1YT3A 2YNFA 4AHRA 3V9UA 3QIPA 1BISA 3CFRA 1SL1A 1KFSA 4DWIA 2DFEA 1RT7A 3RRGA 2VG7A 4I7FA 1KLMA 3L8BA 4HTUA 1CXQA 4ZTFA 1JLQA 1LAVA 2G8IA 4JLHA 3DOKA 4DTSA 1X9MA 1I39A 4FCYA 3LAKA 1RTJA 4ZHRA 2XHBA 1VSEA 3M8SA 1JLAA 2ITGA 3M8RA 3HXMA 4DQIA 1KVCA 4BWJA 1QS4A 4LSLA 3VQDA 4CHPA 3CYMA 3SZ2A 5J2NA 4IFYA 4CHNA 1VSMA 3L3VA 3O3GA 1LW2A 3AVHA 3O3FA 4O5BA 1RT6A 3HT3A 3DRRA 3TAEA 2BDPA 1S1TA 4I9QA 4AH9A 1LWEA 4CFAA 3SNNA 4F8RA 4W5OA 1RT1A 4CFBA 3PX6A 4FLTA 3K2PA 1N5YA 2P5OA 1U47A 1U49A 4CEFA 1QSYA 3DLRA 4CIFA 4QOZB 4KB0A 4ID5A 3U3YA 2WONA 3QEWA 1LV5A 3G0ZA 3IG1A 2G8FA 2ZQBA 3VQEA 3KKRA 2QKKA 4FLWA 3K5NA 4B9LA 2X6NA 2FBVA 4W5QA 2HNYA 3ALYA 4W5TA 1SKWA 4M3WA 4HUFA 3AVAA 1EX4A 1KRPA 1EXQA 2FBTA 3NF6A 3WNGA 3L2UA 3OS2A 3SQ0A 2YNIA 1QQCA 1ASVA 4AHVA 4B9VA 4OVLA 4R5PA 4EZ9A 4K8XA 3QEIA 4DU1A 1O1WA 3AA5X 2DFHA 1NKBA 2D5RA 4KTZA 1CZBA 4M3XA 3ZSVA 1RT3A 5HRRA 4KHWA 3L2RA 1T05A 3LPTA 5CY4A 3MECA 4CJRA 3TR8A 3QEXA 1HJRA 2B6AA 4CFDA 1TK8A 1B92A 4FW1A 1JLGA 1YTUA 4KTQA 3OVNA 2B4JA 1RDCA 5CYMA 4CEZA 1RTHA 3HPHA 3OYNA 3TABA 4DSLA 4CERA 1RILA 3ASMA 5J2MA 5C42A 3NCIA 1XHZA 3C94A 1KSPA 4PA1A 3L2VA 3NBPA 1S1VA 3FFIA 4CGGA 2YV0X 3D45A 3OS1A 4KTWA 1S9EA 3ZSQA 3O4QA 5E41A 4FM1A 5KRTA 1JLEA 2E6LA 4FLUA 2FBXA 2KTQA 4KFBA 1UOCA 3NF7A 3EY1A 2XRIA 4W5RA 1BIZA 4BDYA 2YNGA 4M3RA 2ATQA 4G1QA 4OLAA 4Z4CA 1C1CA 4H4MA 1NK9A 1C0MA 4HUEA 1I3AA 4O0IA 4CGDA 1DLOA 2G8VA 3RR7A 2IAJA 2XY7A 1B9DA 2IOCA 1TL3A 2XY8A 3D0PA 4N41A 4M3ZA 3V81A 4FZYA 5FROA 4TSXA 1WSEA 4FLXA 4I2PA 3LPUA 1KCFA 3HM9A 2HHTA 4FM0A 4M45A 5T7BA 3OYLA 4GVMA 3LWLA 2IDOA 4ZTJA 3QIOA 4AILC 2Y1IA 2BANA 3SUNA 1UA1A 3AO2A 3OYAA 1BCOA 3TARA 2PZSA 3S3OA 3K5OA 4NCGA 3P5JA 3AVKA 1XC9A 2PY5A 3OYKA 2IGIA 3OYMA 4Z4IA 3IS9A 1FK9A 1RBVA 4CF8A 3LP3A 3MAQA 1ZBLA 1VRUA 3LZJA 4Z4EA 2EX3A 3LP1A 1S5JA 4N56A 2A1RA 4CF2A 3RMCA 1TAUA 4DTOA 4F2SA 1RNHA 4B9MA 3AO5A 2VG5A 1RBSA 2A1SA 4CJ3A 1J54A 1RBTA 3TAMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LDUA 2ZMEB 5E84A 3CD6N 1TP4A 2RC4A 1KAYA 3M1EA 5HLIA 1QO0D 4YG2F 3F8MA 1IXRC 1K73O 2IVOA 4IQ4A 4C1NI 2IW5A 1BO5O 3KX2A 2XPUA 2UV1A 3UR3C 3GVAA 1WAJA 2HB5A 3UKUB 3ZN0A 4HCCA 4GCVA 4MFEA 1IKXA 5KAFC 1B59A 4ZC3A 1KU7A 1QQOA 1RIOH 4EV0A 3Q7CA 2J4RA 4A5BA 1VAZA 3H3ZA 3T1BA 5B66C 3AV9A 4BHCA 2E1CA 3NEUA 2WAQA 4Z4HA 3K4KA 3QU3A 4BAYA 1GOAA 2UU9K 2CGJA 2P9UA 2ZF5O 2WBNA 1R6RA 2LNBA 2P6SA 3P7NA 2EHGA 3E6DA 3QERA 3UKRA 2V6EA 1EQYA 4BU2A 4A3MJ 1RGIA 1LUJB 2XAGA 1WZ2A 2R7ZJ 1WSJA 3VWBA 1HKCA 3GEZA 5TISC 4OMYA 3GL1A 3J80Z 3D5RC 2HU9A 1NK2P 4B3RK 5JS1A 1MMSA 2AQEA 3JAMK 2LTPA 2AXTC 3B8AX 3A5NC 2BZTA 2WY7Q 4B8CA 4CE9A 4UV9A 3BGRA 2D1VA 4FXDA 3VMFB 2RF2A 5HRNA 3A02A 1D0ZA 3JRGA 4P96A 3WXMB 1X1BA 1VNDA 4IXAA 4BRGA 1F9NA 1QZ5A 1ZBIA 3FWEA 2MH2A 3QLHA 4BR5A 1MJAA 3BTCA 1P6RA 4FWSA 2BEOA 4ENNA 4F4KA 2BW3B 3K57A 2OYQA 3V9SA 4GV6A 2P9IA 2P81A 4XKWA 1BN5A 3AAPA 2VJIA 2YKNA 2DBBA 4II3A 3CP8A 1TZLA 1W7PD 1FOXA 1R7JA 4HRIA 3G25A 3HZJA 2HOEA 4CH7A 4NB5A 2F9WA 2ID3A 2AS5F 5ELZA 2VONA 2BY3A 4CJVA 4RAYA 3UE5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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