1I3AA

Rnase hii from archaeoglobus fulgidus with cobalt hexammine chloride
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
200
structure length
200
Chain Sequence
MKAGIDEAGKGCVIGPLVVAGVACSDEDRLRKLGVKDSKKLSQGRREELAEEIRKICRTEVLKVSPENLDERMAAKTINEILKECYAEIILRLKPEIAYVDSPDVIPERLSRELEEITGLRVVAEHKADEKYPLVAAASIIAKVEREREIERLKEKFGDFGSGYASDPRTREVLKEWIASGRIPSCVRMRWKTVSNLRQK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
publication title Structural biochemistry of a type 2 RNase H: RNA primer recognition and removal during DNA replication.
pubmed doi rcsb
source organism Archaeoglobus fulgidus
total genus 70
structure length 200
sequence length 200
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1i3aA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1i3aA01
3NF8A 5HBMA 3NH0A 3ZT4A 4CJTA 4DSFA 4CF1A 1N5YA 4KB1A 3VQ4A 3K57A 3NFAA 3SV3A 1DTTA 1WN7A 2G8VA 4FJGA 3ZSWA 1Y97A 2KFNA 2D0AA 2YNHA 3AO1A 1RCHA 4OVLA 4CK1A 3HP6A 1ZBLA 2OYQA 4DSLA 1JLQA 4CIGA 5J2QA 2QK9A 3NF7A 1NKCA 1RTHA 3SUOA 1WSFA 1A5VA 4CJ5A 3KJVA 4Z4IA 4CFDA 1RNHA 1RT6A 1BIUA 2FBTA 5C25A 3CYMA 4CEEA 4DF8A 1J53A 2ZQBA 4CF0A 4DTUA 3QEVA 1Z26A 3QO9A 3CM5A 1RT7A 4HCBA 1BHLA 3LZIA 3ZT1A 4M3UA 5FRNA 2RF2A 2FBYA 4OKJA 3V1QA 2KFZA 4CGHA 3JSMA 1VSIA 3G0ZA 1Q9YA 3C94A 1RT2A 3P1GA 4Y1CA 4ZTJA 1QSLA 1F21A 3LP3A 4E0DA 4ZTFA 4KHNA 1IKYA 4FLVA 1KRPA 4CIEA 3O4QA 2P5OA 5SZTA 4BDZA 4N47A 4FJIA 3U3GA 3VQ9A 4M3ZA 3OYLA 2YV0X 1UA1A 4Q0BA 2HHSA 1SKSA 3EZ5A 4PUOA 1WNSA 1O1WA 3F9KA 1FXXA 4M3RA 4CJ3A 2F8SA 3CM6A 4ZHRA 2ZE2A 1NKEA 2YKNA 3DYAA 4FJKA 1TK8A 1KVAA 1D9DA 2I5JA 4OLAA 3V4IA 1RTDA 4BE0A 3JYTA 4QOZB 2HMIA 3VQ7A 3V1OA 4DTMA 1GOAA 3EYZA 4FJ7A 3ZSXA 1SUQA 2ITGA 3ASMA 4CGGA 4BDYA 1HPZA 4CEZA 3KLEA 1X9SA 4CJPA 3QETA 1WSIA 4B3OA 3C6UA 2Z1JA 1B92A 4W5TA 4PA1A 2E4LA 2PZSA 1KVCA 2YNFA 3THVA 3IG1A 5KRSA 4HUEA 3BDPA 1RT5A 1TAUA 1TGOA 4H4OA 1UAXA 3K5LA 3TAEA 2X6NA 4AHVA 4CHOA 1WSEA 5HRNA 2HW3A 3M8QA 3NE6A 1C6VA 3D45A 4ID1A 2Z1HA 3T19A 2VG7A 3OYKA 5HLFA 3MECA 3AA5X 3NDKA 3ULDA 4FVMA 3VA3A 4DU3A 1NK4A 5DK5A 1L5UA 4W5OA 4CIFA 3QESA 4IG3A 3F73A 2E6LA 2P51A 1C0UA 5HP1A 4OLBA 4B8CA 2FBVA 4CHQA 1NK7A 2QKKA 4CJFA 4FW1A 1RT4A 4N56A 4FCYA 1VSKA 4RW8A 1D5AA 1ASVA 1RBSA 1KFSA 3HYFA 1A5XA 2YHAA 3OYAA 3QEIA 4OJRA 4Z4EA 3QIOA 1FK9A 4DS4A 2E6MA 4IFVA 4FJ8A 4KHUA 4QCLA 1CLQA 4CJKA 1TL3A 1U04A 1IKVA 3K5OA 5KTQA 3TARA 1EX4A 1L3VA 3WNEA 1NJZA 4DSIA 1LW2A 2G8IA 2QXFA 3LALA 3CQ8A 4C8KA 3ZSOA 3OS2A 2VWJA 3OS1A 3V81A 1D9FA 2HHQA 1Q9XA 4B8AB 4Z0UA 5CY4A 1TKXA 4KTWA 4CHZA 1U4BA 4Z4GA 3U3YA 4OPJA 3LAMA 2YKMA 4J2BA 4M42A 3AVGA 4DTXA 2IC3A 3AA2A 4NYNA 3FFIA 3OYHA 3L2VA 4KHSA 1JXBA 4HTUA 1YT3A 3SUQA 3VQAA 5CYQA 3OJUA 2DTUA 4FJ9A 5DMRA 1HYZA 5E41A 1HQEA 1RBVA 1BQNA 4CJQA 4O0IA 2PY5A 3V9ZA 4DSJA 2GV9A 1TV6A 3QEPA 3NF9A 3WNGA 5D3GA 2ATQA 3L3VA 4ID5A 5J1EA 3DLEA 3AO5A 1QTMA 4R5PA 1LV5A 1HQUA 1J54A 1HRHA 3O3HA 1U45A 1UOCA 4AHTA 3VQCA 2Y1JA 2X78A 1IG9A 3D0PA 5EU7A 3PUFA 1IH7A 4CK2A 2YHBA 1R0AA 2BDPA 1CZBA 4K8ZA 4DFKA 2XY6A 4KKOA 4ICLA 3G10A 4DQPA 3AO2A 1IKXA 4LY7A 5FDLA 1TK5A 4CEFA 1CXUA 4GW6A 1MU2A 3NHGA 2HHTA 4DFMA 1NK0A 4LD0A 4M45A 3S3OA 4I2PA 1NK9A 2EHGA 3WNHA 4QAGA 4CECA 1X9WA 1LWCA 3KKRA 3QERA 1FKPA 3KLHA 4F3TA 4IBNA 4CEQA 4F8RA 4FJHA 4M3YA 4FM0A 1LW0A 3P83D 2O4GA 2LSNA 1Q8IA 2X6SA 3TR8A 3DRPA 2HB5A 4UQGA 3HT3A 4J2AA 3OY9A 4FZZA 1BIZA 3A2FA 3ZT0A 3MAQA 3B6PA 2XO7A 2KZZA 4FJNA 1QS4A 1NOZA 4CFBA 4DG1A 3RMDA 5C24A 1L3TA 2Z1IA 2KTQA 1SL1A 4CJEA 4E7KA 3RMCA 3SNNA 2HHVA 2OZSA 4RW7A 4KREA 3VQ6A 1X1PA 3TABA 2G8KA 1K6YA 5SWMA 1S9GA 5I42A 4PQUA 4Y1DA 2XY7A 3HJFA 4FJ5A 1WAJA 4FJMA 4N76A 4C8LA 4KHYA 3DLKA 1XWLA 1RBTA 3ZSYA 1S5JA 4TSXA 4FLUA 1ITGA 1CXQA 3TAGA 4DTRA 3K59A 2ZD1A 4HUGA 4CFCA 3KK2A 3VQEA 4DQQA 1VK0A 1B9FA 3V1RA 3OYNA 2IDOA 4DS5A 4C8OA 1S1XA 4MQ3A 5K14A 3HM9A 3LZJA 4CK3A 1XHZA 4MFBA 1BGXT 3AVBA 4CE9A 3HO1A 3V9XA 1LAVA 1NK5A 1I39A 2DY4A 4HHTA 4ELVA 4PWDA 4DTJA 1KCFA 4IDKA 2OPPA 3M8RA 1HNIA 3VQDA 2W42A 3QEXA 1LWFA 1NJXA 3T3FA 3AVIA 3VQBA 1C1BA 2FC0A 3OVNA 1Z25A 4H8KA 4JS5A 3PX0A 4EP5A 1QSYA 4N41A 3O4NA 1VRTA 3AVLA 1HMVA 3LANA 4DTNA 3OYCA 1BISA 2HNYA 4O0JA 2B5JA 3NH1A 3L2RA 4KI6A 2VWKA 1C0TA 3OYGA 4FZXC 5CZ2A 3K2PA 3NGIA 1VSMA 1B9DA 2ETJA 4OKEA 2HNDA 2DFEA 2GBZA 3NF6A 1I3AA 4OPKA 4FLXA 3L2QA 2AJQA 4DTPA 3VQQA 4RW4A 2G8WA 4LH4A 3PV8A 4LH5A 4CJUA 2X74A 4O4GA 1T03A 1T05A 4CGIA 1T7PA 1BCMA 4GVMA 4OKKA 4FM2A 3SZ2A 4FJJA 1NK6A 4OGCA 3AVHA 3M8PA 4CF2A 3O3GA 1U47A 1D8YA 1JLBA 3AVCA 4B9VA 4BE2A 3RMAA 1KLMA 1XHXA 3QIPA 2RN2A 1QE1A 1RBUA 4HVJA 1REVA 3TI0A 3KIOA 2HVIA 3PO5A 1NKBA 1NOYA 1RILA 1U48A 3AVJA 3DRRA 3ISNC 5CZ1A 1NK8A 4KO0A 3KTQA 1UWBA 3S9HA 4FLTA 4DSEA 1HNVA 4XIUA 3ZT3A 2Z1GA 2WOMA 2XY8A 3HXMA 3SPZA 4C8MA 4DU1A 3L3UA 4Q5VA 3VA0A 1NJYA 3VQPA 3DLRA 3OYBA 1RDBA 2P5GA 4F2RA 4FK2A 4NCBA 4KHQA 4CJRA 4B9SA 3MEGA 3RR7A 3I0SA 1GOCA 3HVTA 4JRQA 1BI4A 4E7IA 4AHUA 2OPQA 4O55A 3SI6A 3LWLA 4L8RB 2XY5A 1TKDA 4RG8A 3CFRA 3AA3A 1JLCA 1SKRA 1QHTA 3AVKA 3MXIA 4DQRA 2HHUA 4CJ4A 4DFPA 5JS1A 4CEOA 3KD5E 3K5MA 4CGJA 1BCOA 4I7FA 2B6AA 3CFPA 1JLEA 3AV9A 4IFYA 3RRHA 3S3MA 2KW4A 1C0MA 1WSJA 4CGFA 4CJWA 4E1NA 3HSTB 2IGIA 4AHSA 5KGXA 2OPRA 2JGUA 1YTAA 3KKSA 3LP2A 1WSGA 3VQ8A 4F3OA 4NCGA 4EZ9A 1SL2A 1RT1A 2RPIA 3LP1A 3OS0A 3EY1A 4B9TA 2PYJA 3RTVA 3RMBA 3TAQA 1QSSA 3SUPA 2HHXA 4G1QA 1RT3A 4OGEA 3MXMA 1DTQA 3P5JA 2DFHA 4M41A 4EZ6A 3QLHA 3UIQA 1EP4A 3DOLA 4M3TA 3HPOA 1S6PA 1VSLA 3O3FA 4FJLA 1ZBIA 1BI4B 1HYVA 3ALYA 3T1AA 2Y1IA 2XRIA 4M3XA 1TKTA 4EP4A 1T8EA 3C6TA 3NGYA 3OYDA 2F96A 3V9WA 3PX6A 4C8NA 3KK3A 3IS9A 3IRXA 1HJRA 3AVMA 3MEEA 5KGWA 4AILC 3V6DA 2D5RA 1KLNA 4E7HA 1DLOA 4FXDA 1WAFA 4B9MA 5J2NA 1C1CA 4W5NA 1JLGA 3SQ2A 1ASUA 3TAMA 4FK4A 1TL1A 3AVNA 1FKOA 5T7BA 4ELUA 1BQMA 3SQ1A 4I9LA 1IKWA 3RR8A 2Q3SA 3BGRA 3L8BA 4K8XA 2RKIA 4NYFA 3ZSZA 4DQIA 4PY5A 2VG5A 5FROA 4DF4A 1J9AA 1U49A 1G15A 3QINA 3E01A 4E1MA 3CFOA 3DLBA 4LSNA 1IO2A 1ASWA 2VG6A 1VRUA 3KLIA 1J5OA 4CHPA 3K5NA 5JS2A 3V9UA 3SUNA 3OYJA 5C42A 1LWEA 2KQ2A 3OJSA 1WLJA 5CYMA 1SKWA 2BGGA 4CFAA 1TAQA 3KLGA 4DWIA 1S6QA 2OA8A 3VN5A 1VSFA 4JLHA 3AO3A 3LPTA 3AO4A 2OZMA 3QNOA 1JLFA 4BWMA 4E7JA 5HRSA 4DQSA 4DU4A 1JXEA 3KD1E 1JL1A 2F8TA 4CJLA 1X9MA 2B4JA 3HP9A 3I8DA 1VSHA 4JS4A 1JL2A 1L3SA 4JRPA 3VQ5A 4DLGA 3OYMA 2OPSA 1L3UA 4M3WA 3CG7A 2JLEA 3HL8A 4O44A 3WNFA 3NBPA 4FM1A 1RDDA 1VSEA 3U6FA 3LPUA 4KTZA 3NH2A 1XC9A 3V9SA 4RW9A 4Z4CA 2EX3A 3DI6A 3DMJA 2BE2A 4KV8A 1WSHA 4CESA 3ITHA 4CEBA 4CHNA 3HVRA 3DLHA 4I9QA 3DLGA 4FYDA 1TVRA 3HPHA 4CGDA 4W5RA 4FLZA 3QEWA 3S3NA 5I3UA 5FRMA 4W5QA 5KI6A 2XHBA 3AVFA 3PY8A 4GMJB 4KPYA 3ZSRA 2IAJA 3OYFA 3RRGA 4AHRA 3MEDA 2WONA 4BWJA 5HRPA 4CJSA 3M8SA 1N6QA 1ZBHA 1BL3A 3B6OA 3SCXA 1VSDA 4E7LA 2HVHA 1JLAA 3LAKA 3L2WA 5J2PA 3PO4A 4YFUA 4J2DA 4WE1A 1KSPA 4DLEA 4KI4A 2DFFA 3C95A 5KRTA 3SYZA 4N5SA 2R7YA 1SL0A 1C1AA 4HUFA 1TK0A 3MXJA 3NGZA 3TWHA 3NAEA 2HNZA 3ZSQA 2YNIA 4AHCA 3NCIA 4DMNA 1NJWA 4NCAA 4DFJA 2O4IA 4B08A 1UA0A 1RDAA 4CERA 3TANA 1EKEA 4CCHA 4KB0A 2HHWA 2P1JA 3LWMA 2G8FA 4IG0A 4AH9A 4CF9A 4FZYA 4DTOA 4CEDA 1HYSA 4Z4FA 3AVAA 4FJXA 2KZMA 1ZBUA 4J2EA 1VSJA 4FLYA 4DSKA 3KK1A 3TAFA 3TAPA 1ZBFA 3RWUA 1YVUA 4FW2A 1KTQA 4F2SA 1XI1A 1KVBA 4HCCA 1CZ9A 4Z4HA 2NUBA 1TKZA 4O5BA 3H08A 3OYIA 3HPGA 4DTSA 2A1RA 1KFDA 1W0HA 3PX4A 4E3SA 3ZT2A 2BANA 4KAZA 1A5WA 2G8UA 4IKFA 4I2QA 4CEAA 4CF8A 3DRSA 2IOCA 4E19A 3L2UA 4LSLA 3SPYA 2D0BA 3I0RA 4B9NA 4B9LA 4ELTA 4F4KA 4CHYA 5HROA 3HK2A 4KFBA 4RW6A 3IAYA 3DM2A 1RDCA 1LAWA 1S9EA 4H4MA 4KRFA 1EXQA 1JKHA 4BE1A 3ZCMA 3SQ4A 4KTQA 2QKBA 1EETA 4FLWA 5HRRA 3ZSVA 4FK0A 3K58A 1QQCA 1S1VA 3OYEA 4BACA 2PYLA 4CJVA 3DOKA 3SV4A 3SQ0A 1ZYQA 4B9UA 1RTIA 5J2MA 4KHWA 1GOBA 1S1TA 1S1UA 2D0CA 2FBXA 2YNGA 3AA4A 3LP0A 4YNQA 3LDSA 3SJJA 1RBRA 1RTJA 4E89A 2G8HA 1YTUA 1SV5A 3KLFA 1W9HA 4BDPA 2A1SA 2IS3A 2GUIA 3QNNA 1S1WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CF1A 3SV3A 4HLYA 2D0AA 1ZBLA 4W1UA 1EQYA 4E7SA 5J40A 4CEEA 3VYRB 3QO9A 3F0CA 3ZT1A 1R58A 1GLEG 5F2RA 3HOUJ 4X66K 4ZTJA 5SZTA 4H0YB 1VQ4N 2QI2A 1FXXA 3J80O 4CJ3A 5FGMA 4MDAA 1D9DA 4CYCA 4AM6A 1EWRA 3SMPA 2E8AA 2OUMA 3VEVA 5M1NA 1N33K 4B3OA 4B1UB 2JA8J 3DWLE 2ZNYA 3A5NC 5TGTA 1MJAA 5ED4A 4A6DA 5M1OA 5BPLA 1IRFA 2BEOA 3HYIA 3H35A 3M8QA 2F7TA 2VG7A 5M3MJ 3TSQA 4HF1A 1ZRFA 5FLXZ 4A5BA 3LSMA 4BRIA 3OL4A 1S8NA 2FXAA 5F64A 4R8HA 1YITN 3I64A 3CPWM 1TL3A 3CCVI 2UZKA 1V5EA 4IHWA 1I6HJ 4ILGB 1S7OA 1T38A 2HSTA 4Z4GA 5AR0A 1U4BA 1IN8A 4BC5A 4J2BA 3RI4A 3ENBA 1MZBA 1IRZA 2BHYA 2R5ZA 5J8FA 2R7QA 1RBVA 3H9QA 4ID5A 4XLEA 3AO5A 1I1SA 4LLNA 5DDGA 3E97A 3PIPF 3MN7A 3HM5A 1RC9A 4IRGA 5FDLA 2A07F 1UCRA 2KLAA 5CQEA 2Z1DA 5DYMA 4KISA 2LSNA 3OY9A 5IPAA 2KZGA 4CFBA 3J81O 3WTTC 4CCMA 4N9HA 4Y1DA 5HL7L 4N76A 4C8LA 5HS8A 3IC7A 4WQ4C 1ITGA 1XGNA 2KIUA 3V1RA 4DGWB 1MH4A 2E71A 3F21A 4AIDA 1KCFA 3M8RA 3QPHA 1S9HA 1FSEA 3P39A 2QW9A 1ZREA 3KP2A 1JCEA 2HQNA 3GTMJ 1TTYA 3R60A 2GBZA 1AOYA 3NF6A 3WEEA 3BLYA 2AJQA 2KHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1TKZ A;  4O5B A;  3H08 A;  3OYI A;  3HPG A;  4DTS A;  2A1R A;  1KFD A;  1W0H A;  3PX4 A;  4E3S A;  3ZT2 A;  2BAN A;  4KAZ A;  1A5W A;  2G8U A;  4IKF A;  4I2Q A;  4CEA A;  4CF8 A;  3DRS A;  2IOC A;  4E19 A;  3L2U A;  4LSL A;  3SPY A;  2D0B A;  3I0R A;  4B9N A;  4B9L A;  4ELT A;  4F4K A;  4CHY A;  5HRO A;  3HK2 A;  4KFB A;  4RW6 A;  3IAY A;  3DM2 A;  1RDC A;  1LAW A;  1S9E A;  4H4M A;  4KRF A;  1EXQ A;  1JKH A;  4BE1 A;  3ZCM A;  3SQ4 A;  4KTQ A;  2QKB A;  1EET A;  4FLW A;  5HRR A;  3ZSV A;  4FK0 A;  3K58 A;  1QQC A;  1S1V A;  3OYE A;  4BAC A;  2PYL A;  4CJV A;  3DOK A;  3SV4 A;  3SQ0 A;  1ZYQ A;  4B9U A;  1RTI A;  5J2M A;  4KHW A;  1GOB A;  1S1T A;  1S1U A;  2D0C A;  2FBX A;  2YNG A;  3AA4 A;  3LP0 A;  4YNQ A;  3LDS A;  3SJJ A;  1RBR A;  1RTJ A;  4E89 A;  2G8H A;  1YTU A;  1SV5 A;  3KLF A;  1W9H A;  4BDP A;  2A1S A;  2IS3 A;  2GUI A;  3QNN A;  1S1W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CF1 A;  3SV3 A;  4HLY A;  2D0A A;  1ZBL A;  4W1U A;  1EQY A;  4E7S A;  5J40 A;  4CEE A;  3VYR B;  3QO9 A;  3F0C A;  3ZT1 A;  1R58 A;  1GLE G;  5F2R A;  3HOU J;  4X66 K;  4ZTJ A;  5SZT A;  4H0Y B;  1VQ4 N;  2QI2 A;  1FXX A;  3J80 O;  4CJ3 A;  5FGM A;  4MDA A;  1D9D A;  4CYC A;  4AM6 A;  1EWR A;  3SMP A;  2E8A A;  2OUM A;  3VEV A;  5M1N A;  1N33 K;  4B3O A;  4B1U B;  2JA8 J;  3DWL E;  2ZNY A;  3A5N C;  5TGT A;  1MJA A;  5ED4 A;  4A6D A;  5M1O A;  5BPL A;  1IRF A;  2BEO A;  3HYI A;  3H35 A;  3M8Q A;  2F7T A;  2VG7 A;  5M3M J;  3TSQ A;  4HF1 A;  1ZRF A;  5FLX Z;  4A5B A;  3LSM A;  4BRI A;  3OL4 A;  1S8N A;  2FXA A;  5F64 A;  4R8H A;  1YIT N;  3I64 A;  3CPW M;  1TL3 A;  3CCV I;  2UZK A;  1V5E A;  4IHW A;  1I6H J;  4ILG B;  1S7O A;  1T38 A;  2HST A;  4Z4G A;  5AR0 A;  1U4B A;  1IN8 A;  4BC5 A;  4J2B A;  3RI4 A;  3ENB A;  1MZB A;  1IRZ A;  2BHY A;  2R5Z A;  5J8F A;  2R7Q A;  1RBV A;  3H9Q A;  4ID5 A;  4XLE A;  3AO5 A;  1I1S A;  4LLN A;  5DDG A;  3E97 A;  3PIP F;  3MN7 A;  3HM5 A;  1RC9 A;  4IRG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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