The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
29
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GKK K; 1IBM K; 1N36 K; 4DUZ K; 4DR2 K; 2UUB K; 1IBL K; 4DV4 K; 1HNZ K; 2UUC K; 4JI7 K; 4LF4 K; 4B3T K; 4JI6 K; 4LF9 K; 1N34 K; 4LF6 K; 2UXB K; 2VQF K; 4GKJ K; 4JI2 K; 1XNR K; 2E5L K; 5LMN K; 4NXN K; 4OX9 K; 4YY3 K; 2UU9 K; 4DV1 K; 4DV5 K; 4DV3 K; 3T1Y K; 4AQY K; 2UXC K; 4DR3 K; 4JI5 K; 4X65 K; 3T1H K; 1FJG K; 5LMU K; 4DR5 K; 2VQE K; 4LF5 K; 4NXM K; 4B3M K; 4LF7 K; 4X66 K; 1N33 K; 2ZM6 K; 4JYA K; 4KHP K; 2UUA K; 4DR6 K; 5FLX O; 5AJ3 K; 5LL6 Z; 4V19 S; 1J5E K; 1XNQ K; 4DR7 K; 1HNW K; 3J7Y P; 4CW7 B; 4LF8 K; 4LFA K; 1I94 K; 4X62 K; 1HNX K; 2HHH K; 3OTO K; 4LFB K; 2UXD K; 3J7A P; 4JI0 K; 4DUY K; 1XMO K; 1N32 K; 4YHH K; 5BR8 K; 5IT9 O; 4JI3 K; 4CVN E; 4DV7 K; 4JI8 K; 3J81 O; 1XMQ K; 5A2Q O; 4K0K K; 4DV0 K; 4DR4 K; 4DV2 K; 1IBK K; 4B3R K; 4LFC K; 5IWA K; 4JI4 K; 4DV6 K; 4DR1 K; 4X64 K; 4JV5 K; 3J80 O; 3JAM O; 4JI1 K; 1HR0 K; 4B3S K; 2F4V K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CEC A; 2O8B A; 4JS4 A; 3IAY A; 4WFA L; 4DR2 K; 1O13 A; 1VSE A; 3EL2 A; 3KK3 A; 3VEY A; 3L2R A; 4LF9 K; 1BCM A; 3TAN A; 4WFB L; 1L3S A; 4BRQ A; 4GKJ K; 1XNR K; 1S9G A; 3SI6 A; 2P9S B; 3AA2 A; 4H0P A; 4IO8 A; 1ASV A; 3ZEU A; 1NLV A; 4DV5 K; 4QS7 A; 1SV5 A; 3P5J A; 4KH5 A; 4FJL A; 1SZ2 A; 3KKS A; 4Y1D A; 1TV6 A; 3GOI A; 2KFN A; 1S6P A; 3E9O A; 4BG8 A; 4CFA A; 1VSF A; 4RCH A; 4ID1 A; 2RE2 A; 2ZM6 K; 1IJJ A; 3M5R A; 4DTN A; 1SL1 A; 4PQU A; 1Z05 A; 1LAV A; 4CEZ A; 3AO1 A; 5E41 A; 1X9M A; 4CF2 A; 3AVJ A; 4OPK A; 4FM0 A; 5HP1 A; 3TAE A; 4BRI A; 3TSU A; 1WBB A; 3VMF B; 3C6H A; 3ZT2 A; 1ILY A; 5M1F A; 4FSV A; 3O4N A; 3CJ1 A; 3J7Y P; 2ATQ A; 4ZTF A; 3RR7 A; 4DSJ A; 4CCH A; 2GX9 A; 1NBW A; 5E26 A; 3SBG A; 2W40 A; 3CJ7 A; 1NGJ A; 1C0M A; 1OH6 A; 1NK0 A; 3N4Q A; 5KGW A; 3UKR B; 4FZZ A; 4KRE A; 3NF9 A; 1U2V B; 3AVG A; 1U47 A; 3U3G A; 4J8F A; 3AAP A; 3TU5 A; 5AZI B; 4CJT A; 3HT3 A; 3DLL L; 1RBT A; 1S1V A; 5BPN A; 5AQU A; 2ZJQ L; 2RF2 A; 5EY4 A; 3IKM A; 4E7H A; 4B3O A; 1QSL A; 4Y0W A; 4DV7 K; 3WNH A; 1YHQ N; 3CPE A; 1MWK A; 4B3R K; 3MAQ A; 2JGU A; 2HVH A; 5CZ1 A; 2FBY A; 3HM8 A; 3CJA A; 4A62 A; 4KFB A; 3K9K A; 1JCG A; 2P9I A; 4FWN A; 4KHW A; 3VQA A; 5AZJ A; 3TAF A; 4JI7 K; 1EXQ A; 3L2U A; 1QQO A; 2LSN A; 2KZZ A; 4JI6 K; 4M7Y A; 1N34 K; 2UXB K; 3I8D A; 2YX6 A; 2XY7 A; 4FJN A; 3WNF A; 4JD2 B; 4DMN A; 4FJX A; 4B9N A; 1QS4 A; 3MX5 A; 1D9D A; 4PA1 A; 4DLG A; 4CGI A; 5AQJ A; 3BUZ B; 3W3D A; 3VQB A; 2NRT A; 1F21 A; 5KPR A; 1Q82 O; 1EWQ A; 2YCH A; 4Z4F A; 4M3W A; 1D9F A; 1D4X A; 3HPO A; 3DM2 A; 5ADX A; 4NXM K; 3TAP A; 1MA9 B; 3PO4 A; 3NH2 A; 4LC9 B; 1W9H A; 1SKR A; 4YNQ A; 4CJR A; 1I39 A; 1S1T A; 3G71 N; 2ETJ A; 1W7A A; 4K8X A; 2WBN A; 3FZM A; 3CC2 N; 4YOR A; 1UAX A; 4GVE A; 5JMV A; 1NWK A; 4KHN A; 1YJ9 N; 1OH5 A; 1QHT A; 4CIE A; 2BGG A; 1U48 A; 1YVU A; 3WNE A; 3H1Q A; 4ISG A; 4GV3 A; 5HRN A; 4KHU A; 1RBU A; 2UXD K; 5K14 A; 5M1Q A; 3KLF A; 3HI0 A; 3VQQ A; 4AHU A; 4CJE A; 3AGR A; 3WEE A; 3RRH A; 1N32 K; 3SPY A; 1BOT O; 1RDU A; 4CEB A; 2O8E B; 4FWL A; 3P39 A; 1IH7 A; 1ZYQ A; 5GAE P; 2HF4 A; 3SUN A; 4CEF A; 3QO9 A; 3ZSQ A; 3OYF A; 3VQ9 A; 3D7E O; 3IDH A; 2E2N A; 3VA3 A; 4FZY A; 1NKE A; 4AM7 A; 3FFI A; 4BRM A; 4CHN A; 5M1P A; 2RKI A; 2P1J A; 1NKB A; 4B3S K; 2HW3 A; 3OYI A; 1UA1 A; 3I0S A; 1XUP O; 3CM5 A; 4EZ6 A; 2DPN A; 4DUZ K; 2P9K B; 1TUY A; 3OS0 A; 3JSM A; 1VQN N; 3M8S A; 3P31 A; 2UYT A; 2OTL N; 4N41 A; 2KLA A; 3HTV A; 3L2W A; 1TL1 A; 2Y1I A; 3CCS N; 1K9M O; 3UKU A; 1UA0 A; 3VQP A; 4DFM A; 3HRG A; 4FWO A; 4B1V A; 1SUQ A; 3H1V X; 1L5U A; 4FYD A; 1WSF A; 4NB4 A; 3OA9 A; 4FWR A; 4N47 A; 2HBK A; 1NGF A; 4M42 A; 1DTT A; 3CM6 A; 4CER A; 3WXK A; 3OYB A; 2ZJR L; 1X3N A; 1TKZ A; 1RT2 A; 3SUO A; 1VHX A; 3SMP A; 3QIP A; 4BGA A; 4HCB A; 4LF7 K; 3K5M A; 4KO0 A; 4CBX A; 4FK0 A; 1HLU A; 1HKG A; 2P9S A; 1S6Q A; 4KHP K; 4DTR A; 2ZWH A; 1RT5 A; 1XHZ A; 3C6A A; 1J5E K; 1EQY A; 1WAJ A; 2VG5 A; 4IO9 L; 3MWP A; 4WYB A; 1LAW A; 4FWQ A; 4NCG A; 5JIC A; 4JK7 A; 4B1U B; 3SBT A; 3ZX3 A; 3UIQ A; 1JLC A; 3AVK A; 1HNX K; 3U3Y A; 3THV A; 3OTO K; 3MK6 A; 4HTU A; 4UQG A; 2HOE A; 3DOL A; 4HCC A; 2FBT A; 3HOT A; 4CEQ A; 1RTJ A; 4ELU A; 3I33 A; 1NJZ A; 3LDP A; 1GOA A; 3NVM A; 4JI3 K; 4MDB A; 5AQN A; 4CZE A; 5BRE A; 3CIP A; 5BN8 A; 3HOS A; 2IDO A; 2P9P B; 3FE1 A; 1NGH A; 4WQ4 C; 4W5T A; 2HB5 A; 1IO2 A; 3ZSV A; 1WN7 A; 4IDH A; 3QIO A; 3UKR A; 4DCH A; 3O9S A; 3NH1 A; 1U2V A; 3CCJ N; 4OO1 J; 1LWE A; 1NJY A; 5AZI A; 4KBO A; 4CJQ A; 3VTH A; 3LL3 A; 3LM2 A; 3K57 A; 3A5M C; 3T69 A; 4YOW A; 3MDQ A; 4ISF A; 4IFY A; 3VTI A; 3O5B A; 2HHS A; 1V4S A; 4DTM A; 1P90 A; 4O8K A; 5J2M A; 5LMN K; 5GAD P; 3GDQ A; 2NRH A; 3ZSR A; 3O3F A; 4FK2 A; 4E1J A; 5C10 A; 2PFU A; 4E7K A; 3VEW A; 4IEI A; 4JI5 K; 4IJN A; 4I2Q A; 2Q2R A; 5KGX A; 3ZT1 A; 1OH8 A; 1HYS A; 4LH5 A; 3VGL A; 3NBP A; 4EFH A; 2D0O A; 4FLU A; 5AQW A; 3HPG A; 2IVN A; 1S1X A; 2E20 A; 3R3L A; 2P5G A; 1T44 A; 1NK5 A; 3KIO A; 4GMJ B; 3ASM A; 4JD2 A; 1T3V A; 3BEX A; 2BDP A; 3AAR A; 2QKB A; 1QZ5 A; 3KK1 A; 3V1R A; 3O4Q A; 1XI1 A; 4BR4 A; 3LWL A; 1KAY A; 3DLR A; 3S3M A; 1FW6 A; 3O08 A; 4R79 A; 2Z1I A; 3KK2 A; 3MEC A; 1VSJ A; 3DI6 A; 4MLE A; 4CGH A; 3L8B A; 3J7Z O; 1TAQ A; 1KXP A; 2A40 A; 4FZX C; 3ISN C; 4CK1 A; 4E7I A; 3HP9 A; 2G8I A; 3EN9 A; 3VQ5 A; 4K8Z A; 1MDU B; 5AQY A; 2ZF5 O; 1BL3 A; 1T05 A; 3VQ7 A; 3KLI A; 3M8Q A; 2G8F A; 2QWR A; 3VF4 A; 4H5N A; 2P5O A; 3EKU A; 1M90 O; 3WXL A; 4KHY A; 4I2P A; 2I7P A; 3KWI A; 2YHW A; 2NRW A; 2A41 A; 1Q7Y O; 3AVA A; 4BR2 A; 1HPM A; 1NMD A; 4B1W B; 1RT6 A; 2V51 B; 4F3O A; 5LY3 A; 1BU6 O; 2P9L B; 3B6P A; 1I3A A; 1X3M A; 2BE2 A; 3RMB A; 1RDB A; 1EWR A; 4A59 A; 4LD0 A; 1MU2 A; 3R9P A; 2X6S A; 4O8U A; 1HYV A; 3I56 N; 3QIN A; 2O8D B; 5I9E B; 3AAQ A; 4FJJ A; 4DV3 K; 4N56 A; 3T1Y K; 3C6T A; 3O1W A; 5KQD A; 3C94 A; 1FJG K; 2P9K A; 3LPU A; 5LMU K; 1UOC A; 2D0A A; 2VQE K; 4WQ4 A; 4DQR A; 4ID5 A; 4BG9 A; 1BGX T; 1KVB A; 2HBJ A; 3AVF A; 3ZSO A; 4M3Y A; 3E9L A; 1REV A; 4QS8 A; 1HRH A; 2OPR A; 3O4W A; 2HHW A; 1H1V A; 1Q18 A; 1BQM A; 1HJR A; 5KTQ A; 4XIU A; 3O1B A; 1NK7 A; 2YJE A; 1VSL A; 4HTL A; 3OYN A; 3MN5 A; 4CJU A; 1FXX A; 1VSK A; 4KRF A; 3O3G A; 3RMA A; 5AQO A; 1WSG A; 4ISE A; 3EY1 A; 4FWK A; 4CHQ A; 2YNG A; 3QEP A; 2FSJ A; 4CJ5 A; 4H0O A; 1TGO A; 3F9K A; 2EWS A; 1W97 L; 3AO5 A; 4M3T A; 4ZHR A; 3ZT3 A; 5FPM A; 4W5Q A; 3VQ4 A; 4CBU A; 2KW4 A; 4AHS A; 3HP6 A; 1FK9 A; 2GEM A; 3N4P A; 1NGA A; 3EZ5 A; 4DTP A; 4YHH K; 1SQK A; 2HF3 A; 2NRR A; 4BRG A; 4A61 A; 1GLF O; 1A5X A; 1DT9 A; 3FZH A; 3AVB A; 1GLL O; 2CGJ A; 1YVN A; 1KFD A; 2IAJ A; 1VSM A; 4H5R A; 2D5R A; 3HZ6 A; 1E3M A; 4BRF A; 4CED A; 4FWP A; 1GLB G; 1NMN A; 5MLC Q; 1HQU A; 1RT7 A; 3CCR N; 4CES A; 4B8C A; 3C7N B; 4CK2 A; 1N8R O; 1HKB A; 4DFP A; 1GLA G; 2E6M A; 3QB0 A; 3OYG A; 4CJK A; 2P9P A; 3L6Q A; 2A42 A; 4R5P A; 1FKP A; 3OS2 A; 3SUP A; 3AO4 A; 1WSE A; 3SAH A; 2OZS A; 3K5L A; 2QW9 A; 4OPJ A; 2GWJ A; 5LJV A; 3K59 A; 3RSE B; 4DHY A; 4DQQ A; 4BQZ A; 4O0J A; 2F8S A; 2NLX A; 5H1S Q; 3NF8 A; 3O3H A; 1Z25 A; 5FPN A; 1JXE A; 5CYM A; 3V6D A; 3RRG A; 4E3S A; 1S5J A; 3LDQ A; 4IOC L; 1HMV A; 3KTQ A; 4DTU A; 1NK9 A; 1KLM A; 3TR8 A; 5FRO A; 3SLC A; 2IOC A; 1IKW A; 1ITG A; 1JCE A; 3DLH A; 4DKW A; 1CZB A; 3SJJ A; 5AQS A; 1C1C A; 4AIL C; 4RTF D; 3JYT A; 4M3U A; 3QNN A; 5EU7 A; 4IG0 A; 1XWL A; 4JNE A; 1HNW K; 3MN9 A; 3SJH A; 3DLG A; 2Q3S A; 1R0A A; 1OVQ A; 1TYQ B; 3IUC A; 3CFR A; 1YUW A; 4U67 L; 2DFE A; 3V9W A; 1RT4 A; 2D4W A; 3QML A; 3IG1 A; 3KD1 E; 3SPZ A; 4HUF A; 1KAX A; 1VQ6 N; 3QEI A; 3E1Y A; 4NLC A; 4FJ9 A; 2QXL A; 4BC2 A; 3LZJ A; 2F9W A; 1NGG A; 4DSI A; 1KVC A; 4BDZ A; 4BE1 A; 4LY7 A; 1TL3 A; 3WXI A; 3ZET B; 2YHX A; 4JI8 K; 4C1N K; 1Q81 O; 3TAB A; 3HM9 A; 2FF6 A; 4ICL A; 3SMS A; 2B5J A; 4KHQ A; 1C6V A; 1L3T A; 4FJ8 A; 2HNZ A; 4I7F A; 3SCX A; 4HVJ A; 1NNE A; 4CHY A; 3JXU A; 1QE1 A; 5AQX A; 4CZG A; 4LF6 K; 5C12 A; 4L8R B; 2IVP A; 3KHY A; 3KK7 A; 1IBM K; 1N36 K; 4FM2 A; 2DTU A; 4H0Y B; 2VGN A; 4CJL A; 1JLG A; 4DU3 A; 1QTM A; 3HJF A; 2P51 A; 4JK9 A; 1JCF A; 3OVN A; 2A1R A; 3QLH A; 2A5X A; 4EZ9 A; 2O8C A; 3CF5 L; 4K25 A; 4BRN A; 3LP3 A; 4IKF A; 4BR0 A; 4JKD A; 1BCO A; 2JWK A; 2P9L A; 5AQK A; 5KRS A; 1RCH A; 4AQY K; 1ZBL A; 1M1K O; 2V52 B; 3NGY A; 1LV5 A; 1QVF M; 1TVR A; 1R59 O; 3RTV A; 5BN9 A; 3S3O A; 3U8X A; 1WNS A; 5AR0 A; 1VQ9 N; 1BO5 O; 2VCP A; 4FW2 A; 5JS2 A; 4JKC A; 4B3M K; 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2FBV A; 3V4I A; 4WCE L; 3TI0 A; 4YOX A; 3NF6 A; 4M3Z A; 3IS9 A; 3ENB A; 3CC4 N; 3QET A; 1VSI A; 2HND A; 1X9S A; 3DMJ A; 4CF1 A; 4CD1 A; 2EX3 A; 4BRC A; 4BAC A; 3HVR A; 2Q0U A; 2NRV A; 4JKG A; 3RSE A; 3NAE A; 2QWP A; 2BTF A; 4I9L A; 4M63 C; 3PLA A; 2GUP A; 3PUF A; 4RG8 A; 4QS9 A; 2YHB A; 4HUG A; 4B8A B; 1VQ4 N; 2DFF A; 4C23 A; 3IFR A; 4CF8 A; 1SS6 A; 5AQI A; 3CXC M; 4DQP A; 4K42 A; 1YJN N; 5DM7 L; 2W6L A; 3AV9 A; 5AQR A; 2QWM A; 3NE6 A; 2PZS A; 3O80 A; 4DTS A; 3A2F A; 3ZT0 A; 3MN6 A; 2YI1 A; 2G8U A; 5BR8 K; 3F5T A; 4AM6 A; 1TAU A; 4JHD A; 1NKC A; 3A5O C; 3F9M A; 1ZBU A; 4DTO A; 3OYD A; 1X1P A; 1TYQ A; 4M3X A; 1Q9Y A; 1NK4 A; 4JEP A; 3HST B; 2HMP A; 3L4I A; 3BY5 A; 2X78 A; 4EP5 A; 1RT1 A; 4O0I A; 3PX0 A; 5LJW A; 4H8K A; 4FW1 A; 1Q8I A; 3K2P A; 3OYL A; 3J80 O; 3O9Q A; 1E4F T; 4CGJ A; 2F4V K; 3VQD A; 4GKK K; 1VAZ A; 1RGI A; 5JS1 A; 4ILH A; 3ZET A; 4CF9 A; 2KHO A; 2F96 A; 4B08 A; 3OYJ A; 4DV4 K; 2UUC K; 3AVL A; 3TTC A; 2P9U B; 3E66 A; 5TKW A; 5C42 A; 3ATV A; 3AA4 A; 3Q7C A; 1K6Y A; 2YHA A; 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