The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF K; 1XMQ K; 4DV4 K; 4B3S K; 3T1H K; 4X65 K; 4V19 S; 4LFB K; 5IT9 O; 4B3T K; 4LF9 K; 4B3R K; 5IWA K; 1I94 K; 4JI3 K; 5LMN K; 4JI6 K; 5LL6 Z; 4JI4 K; 4B3M K; 4LF7 K; 3J80 O; 1XNQ K; 4LFA K; 1HR0 K; 4LF8 K; 2UXC K; 4DV7 K; 2UUA K; 2UXB K; 5A2Q O; 1HNZ K; 1IBL K; 2UXD K; 1XMO K; 3J7A P; 4JYA K; 1HNW K; 4CW7 B; 4DUY K; 2HHH K; 1N33 K; 4CVN E; 4JV5 K; 1FJG K; 4JI2 K; 4DUZ K; 4AQY K; 2F4V K; 1J5E K; 4X66 K; 4DR3 K; 4YHH K; 4JI8 K; 5AJ3 K; 4DV2 K; 4GKJ K; 5LMU K; 4LF6 K; 1HNX K; 4DR2 K; 4LF5 K; 4DV0 K; 4LFC K; 4DV3 K; 4NXN K; 4GKK K; 4OX9 K; 2VQE K; 1IBM K; 1XNR K; 4JI1 K; 5FLX O; 4DR7 K; 4X64 K; 4DR1 K; 4JI7 K; 4LF4 K; 4YY3 K; 2ZM6 K; 2E5L K; 4K0K K; 3J7Y P; 2UUC K; 1N32 K; 4NXM K; 4DV5 K; 3OTO K; 4DR4 K; 4JI5 K; 4X62 K; 4DV1 K; 1IBK K; 4DR5 K; 4KHP K; 2UUB K; 3JAM O; 3J81 O; 1N36 K; 4JI0 K; 2UU9 K; 1N34 K; 5BR8 K; 4DR6 K; 3T1Y K; 4DV6 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W6K A; 4NLB A; 1S6P A; 2ZJR L; 3BZC A; 2VG5 A; 2YHX A; 1TGO A; 3DXM B; 4CF1 A; 4K8Z A; 5KRS A; 2RN2 A; 3P83 D; 1BO5 O; 1ATR A; 4CF0 A; 1XHX A; 1WSJ A; 4JI3 K; 2A1R A; 1NJY A; 4JI6 K; 1BA0 A; 3D2F A; 2WON A; 3MN7 A; 2YHY A; 1XC9 A; 3CCM N; 1Z26 A; 5FPE A; 3SUN A; 1RDB A; 3T3F A; 4NYF A; 3LDN A; 5GIN A; 3PIP L; 1N6Q A; 3WXJ A; 5I3U A; 1SAZ A; 2DY4 A; 1W7A A; 2QM1 A; 4WF9 L; 2R7Y A; 3D2F B; 1IBL K; 1L5U A; 1J5O A; 5AQP A; 5KI6 A; 3CET A; 5GAD P; 3ZSY A; 1VQO N; 1DT9 A; 3RSE B; 3EY1 A; 4H0T B; 1EWQ A; 4CGG A; 3KTQ A; 4PHT X; 4CJQ A; 3H1V X; 1W97 L; 3ZT1 A; 4FZX C; 4BE1 A; 4B1V A; 4BRE A; 2YHB A; 4E7J A; 3L2V A; 2HHX A; 2F4V K; 3S3M A; 3SZ2 A; 4CJS A; 3L2Q A; 3K5M A; 2HHV A; 4F3T A; 2G8V A; 2KFZ A; 5AFU H; 2D1K A; 2VG7 A; 4Z94 A; 4DV0 K; 4BDZ A; 4AHS A; 4NXN K; 1RGI A; 1I39 A; 4HCC A; 2P9S B; 4B1Y B; 3ASM A; 2VWJ A; 4DR7 K; 3VMF B; 1VHX A; 3KKR A; 5DK5 A; 4FLU A; 4E7L A; 3DLR A; 3IMX A; 3C65 A; 3NF7 A; 5TKW A; 2UUC K; 3CM5 A; 1JKH A; 5C2F A; 4FO0 A; 1QHA A; 5JMV A; 1RDU A; 1NU0 A; 1QE1 A; 3ZCM A; 3LP0 A; 3WNH A; 3D0P A; 4ILJ A; 3K5O A; 5DM6 L; 3QES A; 3VQQ A; 2G8U A; 5BRH A; 4JAX A; 3GBT A; 1VSF A; 2YV0 X; 4KAZ A; 3TR8 A; 4BC2 A; 3THW B; 4UY8 O; 4F8R A; 4DSL A; 1TAQ A; 5KTQ A; 3OYE A; 4EAH D; 3CME N; 3SCX A; 1WSH A; 2CH5 A; 1SZ2 A; 3G0Z A; 3JSM A; 1YJN N; 1WAF A; 3E9P A; 1Y97 A; 4GVE A; 3MN5 A; 3M1F A; 2IVO A; 2KKZ A; 3L6Q A; 4FM2 A; 3TPQ A; 4DTM A; 3ZEU A; 2HOE A; 3PO4 A; 3OYN A; 3K5N A; 2ZD1 A; 3A5M C; 3IG1 A; 3NGZ A; 5AQT A; 4DWI A; 3DI6 A; 4QS7 A; 1YT3 A; 1VRU A; 2NRZ A; 3HJF A; 1JCG A; 2V7Y A; 4M3X A; 3MEE A; 4H4M A; 3U3Y A; 2GEM A; 1C0T A; 3UKR B; 3ZEU B; 4BRL A; 4F4K A; 3HXM A; 3RTV A; 3QNN A; 1RBT A; 3BY5 A; 4BQZ A; 3OVN A; 4OPH A; 3MCA B; 3HL8 A; 1EET A; 4IEE A; 3ISN C; 5KPR A; 4YNQ A; 3CJA A; 1A5X A; 3NBP A; 3KD1 E; 3O5B A; 2ZGZ A; 2W41 A; 2DPN A; 1TKX A; 4FJH A; 2E20 A; 1HNX K; 1TK5 A; 3HOS A; 3TTF A; 1G99 A; 3FE1 A; 1FW6 A; 3ENB A; 1GLF O; 5HP1 A; 1GOB A; 3WXI A; 1YF5 L; 4C1N K; 1CZA N; 2NRV A; 3QDK A; 4DS4 A; 4B9L A; 3VPZ A; 3CMA N; 4FSV A; 5JIC A; 2BDP A; 2O4I A; 4JNE A; 3K58 A; 4YOV A; 3CJ9 A; 4H5R A; 4JD2 A; 3TU5 A; 1DTT A; 2P9U A; 3NGI A; 4DLG A; 5AQJ A; 3CCV N; 4EZ9 A; 3QIO A; 3U9Z A; 1C0U A; 5EOY A; 5FRM A; 4FLT A; 4CFC A; 4B1X B; 4CJ5 A; 2F8S A; 3CI5 A; 4KI6 A; 4CHQ A; 1XHZ A; 3LDO A; 2VQF K; 2IS3 A; 3ALY A; 5CY4 A; 2V7Z A; 4JD2 B; 3HBT A; 2O8C A; 2P9U B; 4DTU A; 2DFF A; 1B92 A; 1ZBS A; 4N56 A; 2E8A A; 3TSU A; 3MEG A; 3OYH A; 5AQN A; 1JCF A; 4IWV A; 3SI6 A; 3CQY A; 3O8M A; 1RT6 A; 5BPM A; 1O13 A; 1RDW X; 2O8C B; 3AA5 X; 3ULE B; 1ESV A; 2P9N A; 1S1T A; 1ZBF A; 4DQR A; 5I9E B; 3ZSR A; 4DTO A; 1KQS M; 3OYD A; 1T05 A; 3ZX0 A; 1XMO K; 5AZJ A; 2E2Q A; 4KB1 A; 1HNW K; 2P9N B; 4CJT A; 2HHH K; 5C2D A; 3I33 A; 4M3R A; 3KK7 A; 5AR0 A; 3OJS A; 4O55 A; 4DR3 K; 5AZJ B; 4YHH K; 4FWK A; 3FZF A; 1NK8 A; 3NFA A; 3GE1 A; 3S9H A; 4RCH A; 5HLF A; 1ITG A; 4G9Z A; 3D6R A; 3QB0 A; 3U8X A; 4M41 A; 2LSN A; 2XY8 A; 2Z1G A; 3M5R A; 5FRO A; 1S1V A; 1T8E A; 5HL7 L; 4BWJ A; 2E2N A; 4BE0 A; 1U2V A; 2GEL A; 3SQ2 A; 3THV A; 3PV8 A; 4BY9 C; 4J2D A; 3ZET A; 3QEV A; 2QWL A; 4GNI A; 4BRA A; 3NGY A; 1HPZ A; 3DLB A; 2JWK A; 2NRR A; 4FPB A; 1NK9 A; 3J7Z O; 1KFD A; 4BDY A; 4FOI A; 2P9K A; 3DLG A; 2E88 A; 4CEA A; 1HLU A; 3AY9 A; 1U2V B; 3TAB A; 3CC4 N; 4Q0B A; 2B4J A; 4GY2 B; 4M3Z A; 1VQ5 N; 4CGF A; 3CER A; 4IOA L; 3ZX2 A; 4W5Q A; 4I7F A; 4KHU A; 3B6P A; 1OVQ A; 1QSY A; 3L4Q A; 4XH4 A; 4HTL A; 3FGU A; 1NKE A; 3VF6 A; 2RPI A; 1Z25 A; 1M1K O; 5SWM A; 3O9Q A; 4B3M K; 3V1Q A; 2Y1J A; 1ZXO A; 1BQN A; 2E1Y A; 4NCB A; 3AVA A; 1SL2 A; 5AQR A; 2A41 A; 3ITH A; 1KVC A; 3THY B; 3AO3 A; 1U45 A; 2GBZ A; 1HR0 K; 4JN4 A; 4MLE A; 4LF8 K; 2FF3 B; 1H1V A; 3PLA A; 3R6M A; 3SPZ A; 4DQI A; 3PSF A; 1E4F T; 1UOC A; 2QA4 N; 3E66 A; 1U4B A; 4E19 A; 4DSI A; 1NGG A; 5KRT A; 3FZK A; 3TTD A; 3DLH A; 4JLH A; 1R59 O; 1SKR A; 5AQW A; 2RE2 A; 5MLC Q; 4E7H A; 4JHD A; 2HND A; 4GV6 A; 1RTI A; 4CJL A; 5ADX H; 3CFP A; 1J54 A; 4FWL A; 4CED A; 4CE9 A; 1UWB A; 4OKJ A; 3WXL A; 3F73 A; 4A5B A; 4KRE A; 2E4L A; 4LH5 A; 1K73 O; 4ELT A; 4FJI A; 1VSD A; 4CIF A; 1JXB A; 3EYZ A; 4DLE A; 5EVZ A; 1T3V A; 3VQ6 A; 1YXQ A; 3WUH A; 1U49 A; 2D5R A; 3NH2 A; 4GKK K; 3NDK A; 1FK9 A; 1IH7 A; 4K41 A; 2VQE K; 2QK9 A; 3P39 A; 5M1Q A; 4DU3 A; 4CI6 A; 1VQ4 N; 3KLH A; 3ZT4 A; 3UE5 A; 2QI2 A; 3BF1 A; 3VET A; 1RIL A; 4PY5 A; 1SKS A; 5BRF A; 2XRI A; 1TL3 A; 1S3X A; 4OJR A; 5KGX A; 4C8K A; 2ITM A; 1ZC6 A; 1L3T A; 4DR5 K; 3I56 N; 1KVA A; 4FWR A; 4JRQ A; 4FJL A; 4DHY A; 3SBG A; 1CZ9 A; 1C6V A; 4FCY A; 1SS6 A; 1RDC A; 4CK3 A; 4DR6 K; 3IS9 A; 4AHV A; 2O8D A; 2I7N A; 2YKN A; 4OO1 J; 1YVU A; 1YVN A; 2JLE A; 4RG8 A; 3P38 A; 4I9L A; 1E3M A; 1OH7 A; 4FJG A; 4B9Q A; 1BI4 A; 3PSI A; 2FC0 A; 5IWA K; 3EE9 A; 2Q1N A; 2Z1I A; 1TUU A; 1WSI A; 4OPJ A; 1C0M A; 4E1N A; 2D0C A; 5JVG L; 4JI4 K; 1UA1 A; 1YTU A; 3SLC A; 2PZS A; 3E9O A; 1BG3 A; 4O8U A; 4CZE A; 4LC9 B; 3DRR A; 4EHU A; 4QS8 A; 4O4G A; 3ZSW A; 3KWI A; 4CF9 A; 4DCH A; 2E1Z A; 3WT0 A; 4BRM A; 3MAQ A; 2WBN A; 5M1P A; 2G8H A; 5KQD A; 4CD3 A; 4MO4 A; 4Y1D A; 2OTJ N; 5E84 A; 1SQK A; 4FLZ A; 1BCM A; 1JL1 A; 5AQU A; 2QXL A; 1KD1 O; 2HHS A; 4DF4 A; 1ASW A; 2FF6 A; 2HVI A; 1HJR A; 1HYV A; 2QKB A; 4MDA A; 1VSK A; 3CG7 A; 3MDQ A; 3ZSV A; 4X66 K; 1TK0 A; 3R3L A; 4XH5 A; 2D0P A; 5AJ3 K; 4LF6 K; 1X9S A; 5HRR A; 2KZZ A; 1Z05 A; 4FJX A; 1EQY A; 2OPR A; 1HQE A; 2WFB A; 3VQP A; 5KPZ A; 1D4X A; 4PL8 A; 3T7Z A; 3NF8 A; 2YHW A; 5BRD A; 1ATN A; 4Q5V A; 1NJW A; 4JI1 K; 3VEY A; 1NKC A; 1XNR K; 4IFE A; 4FWP A; 4WFB L; 2ZM6 K; 2E5L K; 4JS5 A; 2HBL A; 4CJ7 A; 5HBM A; 3TTC A; 1RTH A; 1VRT A; 3L8B A; 4WYB A; 4DSE A; 4JI5 K; 3O1W A; 4OKK A; 5F2R A; 1KAY A; 2HW3 A; 4JKA A; 3FLC O; 4W5O A; 3O4Q A; 4M45 A; 4BC3 A; 2UYT A; 1N8R O; 4CEZ A; 3JAM O; 3V9X A; 5CZ1 A; 1ZBL A; 4JI0 K; 1EX4 A; 4DF8 A; 1CXU A; 2ZWH A; 3C6H A; 3F9M A; 2A40 A; 1TVR A; 1U04 A; 4CZK A; 1JLF A; 4WE1 A; 3CJ1 A; 3NH1 A; 4IG0 A; 3OS0 A; 3L2W A; 3AO2 A; 3LWL A; 3QEP A; 3RRH A; 4C23 A; 1BHL A; 1QQM A; 1EO1 A; 2ZGY A; 4X65 K; 3QNO A; 5AQQ A; 3EKU A; 2EX3 A; 3QFP A; 4IFV A; 5H1S Q; 5LJW A; 1JXE A; 1K9M O; 2A6A A; 5J2Q A; 1EKE A; 3VEZ A; 4HWI A; 2GX9 A; 1HUX A; 4M3W A; 4M3T A; 4J2B A; 2VG6 A; 4E89 A; 1K8K A; 1T6D A; 1NGD A; 4AM7 A; 4CFB A; 3DLE A; 1M90 O; 3OYC A; 3M8R A; 2B5J A; 3FZM A; 4LSN A; 2BH1 A; 3MXM A; 3OYG A; 5JS2 A; 3HST B; 4IFY A; 3AVL A; 3RMB A; 5C24 A; 4JYA K; 3MN9 A; 1TKZ A; 2A5X A; 2Z1H A; 4KTW A; 2F8T A; 3C95 A; 3O3F A; 3TSP A; 1K8K B; 4IBN A; 1L3V A; 4W5N A; 2OZM A; 3RSE A; 5AQG A; 5BPL A; 1T44 A; 1LWE A; 5T7B A; 1ZBH A; 1S9G A; 4CEQ A; 1QSL A; 1REV A; 1LAV A; 4JI8 K; 3BGR A; 4JK9 A; 4CEC A; 1C1B A; 3TAE A; 2P5G A; 4EP4 A; 3AVB A; 4WQ4 A; 1Q9Y A; 4BC5 A; 3OHR A; 3LP2 A; 1RTJ A; 1VSH A; 5FLX O; 4XEI A; 3ID6 A; 2OCE A; 2FXU A; 4A59 A; 4NXM K; 2P9S A; 5AQV A; 3VGL A; 4BR9 A; 3R1X A; 3SMS A; 4WFA L; 4U67 L; 1NGC A; 1WBD A; 4W5R A; 3LPT A; 2D0B A; 2DTU A; 3QET A; 4PWD A; 1GLD G; 3QML A; 4L3Q A; 2IAJ A; 2KFN A; 1KTQ A; 4KHY A; 1WN7 A; 4CF2 A; 1P8Z A; 2QW9 A; 4CHZ A; 2YKM A; 3KJV A; 2F96 A; 4E1J A; 1KSP A; 2QWQ A; 2ZE2 A; 4KV8 A; 1J53 A; 1ZBI A; 2HST A; 3VQB A; 3THW A; 2F7T A; 2CGL A; 3VA3 A; 1VQ9 N; 4B3T K; 1BWF O; 3QBW A; 3SUQ A; 4CHP A; 3AGK A; 4NYN A; 3T19 A; 1NBW A; 4CJP A; 2Q0U A; 2YNH A; 2PYJ A; 4CJ4 A; 3OBW A; 3VTI A; 5C12 A; 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1QTM A; 2NZT A; 3OYF A; 4OGC A; 4RTF D; 1K8A O; 3SV3 A; 3CPE A; 2UXC K; 3D2E A; 4W5T A; 3VEN A; 1NLV A; 4ZTF A; 3ULE A; 3HOT A; 3AGR A; 3ZT3 A; 4CZH A; 4FJK A; 1ASU A; 3CFO A; 5HRS A; 3OYA A; 5HOO A; 2Q31 A; 1YJW N; 2A42 A; 2XY5 A; 4FW1 A; 5KQ8 A; 4B8A B; 4FZY A; 1Q18 A; 4YOX A; 3AVK A; 4DQS A; 3D2E B; 1LW2 A; 3LDP A; 4B9U A; 3OW2 M; 4DTN A; 1S72 N; 2YCH A; 1TUY A; 2F9T A; 3NHG A; 3OS1 A; 3B6O A; 3EZW A; 3JXU A; 4GKJ K; 1A5W A; 3LZI A; 1J6Z A; 3SMP A; 3DMJ A; 5CZ2 A; 1NK6 A; 1TV6 A; 5TKY A; 3L3U A; 4Z4H A; 3NCI A; 3MED A; 1IKY A; 2ATQ A; 3I0S A; 3C94 A; 3UB5 A; 2E2O A; 4FWS A; 3OBY A; 1GLL O; 3F5T A; 4N5S A; 4LF4 K; 3K0S A; 3DRP A; 1NGI A; 4I2Q A; 3CCE N; 3SYZ A; 2ZJQ L; 1W0H A; 1NGH A; 4EHT A; 3AO5 A; 4CJV A; 4AHU A; 1S1W A; 1W9H A; 1Q81 O; 1XQS C; 3RMA A; 3BUZ B; 2NRX A; 4RW9 A; 3VQE A; 3D45 A; 4CF8 A; 4B9S A; 3OJU A; 2Q97 A; 4A2B A; 1QQO A; 4FLX A; 2PFU A; 1BIZ A; 3MWP A; 4IEI A; 3SAF A; 3LDQ A; 4CJW A; 3NMU A; 2O8B A; 4PKI A; 1I94 K; 3KVG A; 3SQ1 A; 4XH1 A; 3RWU A; 5LL6 Z; 2EWS A; 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