The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| publication title |
Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI0 K; 4X66 K; 4DV7 K; 4YY3 K; 4LFC K; 4DR3 K; 4JI2 K; 4LFB K; 4LF7 K; 4JI4 K; 4DV6 K; 4DR2 K; 4LF8 K; 4DV0 K; 1HR0 K; 2E5L K; 1XNQ K; 4JV5 K; 1IBK K; 4JI1 K; 4CVN E; 4YHH K; 4JI5 K; 4JI6 K; 4LFA K; 2F4V K; 4B3R K; 4KHP K; 4JI7 K; 4DR6 K; 4DR1 K; 4CW7 B; 4JYA K; 1XMO K; 4X62 K; 4DUZ K; 4NXM K; 1HNW K; 4X64 K; 4LF6 K; 4V19 S; 3JAM O; 4DR4 K; 5LMU K; 1N34 K; 4B3S K; 5A2Q O; 3J81 O; 5LL6 Z; 2UUA K; 1IBL K; 1HNZ K; 4LF9 K; 4DV2 K; 2HHH K; 2UUC K; 1N36 K; 4JI3 K; 5IWA K; 1HNX K; 5BR8 K; 4DV3 K; 4DR7 K; 3J80 O; 4NXN K; 4GKJ K; 4GKK K; 5FLX O; 4AQY K; 3J7A P; 3J7Y P; 3T1H K; 4LF4 K; 1I94 K; 4DV1 K; 4DR5 K; 4B3M K; 3T1Y K; 4LF5 K; 4DV4 K; 5LMN K; 2UXC K; 4OX9 K; 1N33 K; 2VQE K; 1FJG K; 2UU9 K; 4B3T K; 5AJ3 K; 5IT9 O; 1XNR K; 4DUY K; 2UUB K; 1N32 K; 1J5E K; 2UXB K; 2ZM6 K; 3OTO K; 4DV5 K; 2VQF K; 4JI8 K; 1IBM K; 4X65 K; 2UXD K; 1XMQ K; 4K0K K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4Z4H A; 4FZX C; 4H4M A; 3QBW A; 3P4I A; 5CY4 A; 3OYC A; 1C1B A; 3ZT2 A; 3NGI A; 4LF7 K; 4IEI A; 2PYL A; 1ZBH A; 2P9U B; 1YHQ N; 2IS3 A; 3D2F B; 3RSE B; 4FJ5 A; 3ASM A; 4BWM A; 4JI6 K; 3G6E N; 1QTM A; 3Q7C A; 1GLB G; 3CQ8 A; 5KPR A; 3SPY A; 4KRF A; 3CJ1 A; 3DOL A; 1TL3 A; 3EZW A; 5AQQ A; 1RDW X; 1K73 O; 3E9P A; 3ZLJ A; 1W2B M; 3OYF A; 1FXX A; 3CMA N; 3P31 A; 1DEJ A; 3RTV A; 3C94 A; 1RBV A; 1S22 A; 3HOT A; 3FE1 A; 1Q81 O; 1XMO K; 4CHZ A; 2JLE A; 1EWQ A; 3KD1 E; 3VQQ A; 5AQH A; 2ETJ A; 1YIJ N; 3AAR A; 3FZL A; 4DU1 A; 4CJU A; 2A3Z A; 4W5Q A; 4Z4C A; 4CIE A; 5LL6 Z; 4EAH D; 3RRH A; 1NWK A; 1C0U A; 1O1W A; 5J2M A; 2GTD A; 1WUA A; 2P9N A; 1BHL A; 1SKR A; 3Q7B A; 4W5R A; 3D0P A; 2IOC A; 1L3T A; 1HUX A; 2CGK A; 4KTQ A; 1MWK A; 1YJ9 N; 4AHS A; 3T19 A; 5GAE P; 3O3F A; 4BR0 A; 4B9U A; 5M1P A; 1D8Y A; 5SWM A; 1IKX A; 3ZT0 A; 1NKB A; 1I94 K; 4IO9 L; 4BC4 A; 5SZT A; 3V9Z A; 2QM1 A; 1VQ4 N; 3WXI A; 4NB4 A; 4C1N I; 4FWR A; 1NK7 A; 4F4K A; 4RW6 A; 4JAX A; 3ZEU A; 2YI1 A; 3S3M A; 1REV A; 1KSP A; 4WQ4 A; 1QSS A; 2WTU A; 4FJM A; 5KQD A; 2QK9 A; 4F2R A; 3CC2 N; 3I33 A; 2UUB K; 4KH5 A; 3CCS N; 3LWL A; 1ASW A; 1JLF A; 3R8E A; 1BWF O; 2UXD K; 1RIL A; 2VG5 A; 4J2E A; 3VGM A; 4DV7 K; 4LFC K; 1K6Y A; 3ZT4 A; 2YX6 A; 2ASM A; 2QWO A; 1KFS A; 2BUP A; 4DKW A; 3MCA B; 1NJX A; 1HKG A; 2VWB A; 3KZB A; 4CF1 A; 5AZI B; 4CBU A; 3PO4 A; 1J9A A; 1RFQ A; 1TAQ A; 2ZD1 A; 3ZSQ A; 4RW9 A; 4B9L A; 3AA3 A; 3VPZ A; 5C0Y A; 1WNS A; 3CXC M; 4R79 A; 4IO8 A; 3JYT A; 3E01 A; 1RTH A; 4U7B A; 3FZH A; 1NK4 A; 5I3U A; 4Z94 A; 4I9L A; 3VQD A; 3K5O A; 3SAG A; 2XY6 A; 1NGH A; 3AGK A; 1HJR A; 3D6R A; 1LW2 A; 5I42 A; 1LW0 A; 2DY4 A; 5AQT A; 1GLD G; 4CCH A; 4KTZ A; 3CJA A; 3THX A; 1HNW K; 1EO1 A; 1WAF A; 3FFI A; 1S1X A; 3THY A; 1OKJ A; 2P9L B; 3EZ5 A; 1GLJ O; 3S41 A; 1OH7 A; 4CF0 A; 4CEC A; 2DFE A; 4MDB A; 1M1K O; 2HNZ A; 4N5S A; 4FL9 A; 4NLB A; 4A2B A; 3ULE A; 3V9S A; 4CHN A; 4CZL A; 1JJ2 M; 5M1F A; 4N56 A; 4JEP A; 3PSF A; 2B5J A; 5M1N A; 1M90 O; 5GAD P; 1Q86 O; 2OAN A; 4K25 A; 1VSL A; 4LF4 K; 2BH1 A; 1QSY A; 3QIP A; 5LMN K; 3KVG A; 3TAF A; 1U48 A; 1BIU A; 2F7T A; 4CED A; 2KZM A; 3SCX A; 4BDY A; 1X1P A; 4FZZ A; 4CF8 A; 1IKW A; 4CFC A; 4BRN A; 3IAY A; 1W97 L; 3M5R A; 2Q97 A; 3RR8 A; 4IEE A; 1Q7Y O; 3O9R A; 2Y1J A; 2KTQ A; 3OTO K; 4OKK A; 4E19 A; 3PX0 A; 1N8R O; 4FXD A; 4FJN A; 4O55 A; 2P9K B; 3KWI A; 4KTW A; 4CHY A; 3OYJ A; 3DLL L; 3UB5 A; 3TAM A; 3TR8 A; 4JI0 K; 1A5W A; 4CJW A; 3MEE A; 5FPM A; 4OGC A; 2HVH A; 3TWH A; 1K9M O; 4C8K A; 3QET A; 3I8B A; 1YJW N; 2HBK A; 3WEE B; 4M3W A; 1Y97 A; 1QSL A; 4KFB A; 4DSL A; 1U2V A; 4NCA A; 5JS1 A; 1RBR A; 3NBP A; 4CK2 A; 3AO5 A; 2HHU A; 4WQ5 A; 1IH7 A; 5DM7 L; 4DTX A; 1W9H A; 1U6Z A; 4JYA K; 1EQY A; 4AHR A; 1JKH A; 2KW4 A; 1NGB A; 4CZG A; 5EOY A; 1BG3 A; 1VHX A; 4B1Y B; 3CQY A; 4QAG A; 4FK2 A; 3LDL A; 3K2P A; 1RT5 A; 3VQB A; 3ATU A; 1KLN A; 3DAW A; 2AP1 A; 4CHQ A; 2D1K A; 5CZ2 A; 2FSK A; 1NK0 A; 1TAU A; 2XY5 A; 4DSF A; 2X78 A; 4KBO A; 4YOX A; 3PIP L; 2WON A; 2BAN A; 3SAF A; 3SBG A; 4JKG B; 3SQ4 A; 3EEQ A; 1JLG A; 1TUU A; 4NXN K; 1UAX A; 1ZXO A; 3ZSR A; 4EIA A; 4FJX A; 4W5T A; 2FSN A; 3QIN A; 2NRT A; 3DYA A; 5FLX O; 1FK9 A; 2O4G A; 4B1W B; 1KLM A; 1EET A; 4CIF A; 3VQE A; 4IKF A; 3DWL A; 4R5P A; 4DU3 A; 4CHP A; 4JLH A; 4E1J A; 3KTQ A; 3B6P A; 1GLA G; 4K41 A; 4CER A; 2PAV A; 4IXC A; 5EX5 A; 3D2E B; 3NHG A; 1N33 K; 1B9F A; 3OHR A; 4KH4 A; 4NYN A; 3F9K A; 2Z1J A; 2KQ2 A; 1LAV A; 3V1O A; 4B3T K; 1TKT A; 3QEW A; 2W42 A; 4ILG B; 2P9P A; 3M8R A; 1WBD A; 1JXB A; 1TK5 A; 3M8Q A; 4CJF A; 1S6Q A; 3AVN A; 1L3V A; 4AM7 A; 3TAB A; 3WNH A; 1TVR A; 2E1Y A; 4CJL A; 3L2V A; 4FYD A; 4DTO A; 4BDP A; 3SK3 A; 4BR4 A; 3H3N O; 3L2W A; 1XI1 A; 1RDU A; 4DV6 K; 3B8A X; 5KRS A; 3SLC A; 3RMD A; 2E5L K; 4DFM A; 4RW4 A; 3C65 A; 2VG7 A; 1EX4 A; 3CFR A; 4LFA K; 2GUP A; 4LC9 B; 5E84 A; 4YOY A; 3D7E O; 1VSF A; 5C25 A; 1EKE A; 4IDK A; 2VCP A; 3VA3 A; 5FPD A; 4KHQ A; 1RBS A; 4FJL A; 2YNG A; 3NVK A; 2P9N B; 4A5A A; 1OVQ A; 2IDO A; 4JHD A; 4E3S A; 3TAP A; 5GIP A; 3DOK A; 1CLQ A; 2KHO A; 2PBD A; 3DMJ A; 4CEF A; 4K8X A; 3QO9 A; 5GAH P; 4B3S K; 4JK8 A; 2UYT A; 3J81 O; 4B08 A; 2AJQ A; 3DI6 A; 2E1Z A; 1S6P A; 3SI6 A; 4DLE A; 1QS4 A; 2AA4 A; 2VGM A; 1SUQ A; 4F3O A; 1GLE G; 1NK6 A; 3NF8 A; 3V9W A; 1YVU A; 5J2P A; 4DFJ A; 3VES A; 4BRH A; 5AFU A; 3AVH A; 3KIO A; 4FWO A; 4E7H A; 4FK4 A; 5AQU A; 3UIQ A; 4CK3 A; 3ZEU B; 1WN7 A; 2ATQ A; 4G9Z A; 3L4Q A; 3PX4 A; 5AQP A; 3HL8 A; 3OBW A; 1HKB A; 2Q0U A; 3FZK A; 2FSJ A; 4CJQ A; 3U9Z A; 4IG3 A; 1X9J A; 4KO0 A; 5JS2 A; 2VQE K; 3HZ6 A; 1QHT A; 2GUI A; 2W6L A; 1QQM A; 1MDU B; 1BI4 A; 4H5N A; 1QQC A; 5M1K A; 2ZQB A; 1WBB A; 1X9W A; 3LPT A; 5KTQ A; 4IOX A; 4DLG A; 4KHY A; 2O8D A; 4RW8 A; 2ZM6 K; 4BRG A; 3MMV A; 2D0P A; 3O9U A; 4X65 K; 3FLC O; 5E41 A; 3CCL N; 4DSE A; 5C15 A; 2W6K A; 3VEN A; 3SUN A; 1YXQ A; 3R3L A; 1BA1 A; 4OPH A; 4FLX A; 4JI2 K; 1VQ5 N; 4CZI A; 2EWS A; 1HKC A; 1P8Z A; 1C0T A; 4DFK A; 3CC4 N; 4UQG A; 4MLE A; 3DLB A; 3BEX A; 3R6M A; 1K8K B; 5AFU H; 4EZ6 A; 1NJY A; 1ATS A; 4JI1 K; 3DRS A; 4BC2 A; 1KAX A; 4PKH A; 3OW2 M; 3AA4 A; 5AQX A; 3I56 N; 3OYM A; 2OPS A; 1QQO A; 3AVI A; 4FW1 A; 4MO4 A; 3THY B; 1DKG D; 3KK7 A; 4E7I A; 2PY5 A; 2YNH A; 3ITH A; 3OYK A; 2XO7 A; 3OS0 A; 4DR6 K; 1B92 A; 3V6D A; 4CW7 B; 4DB3 A; 3WUH A; 3CQX A; 3U3Y A; 4H4O A; 4EHT A; 4BDZ A; 4I2P A; 4C8L A; 5AQW A; 1MWM A; 3ZET A; 3AVJ A; 3AAP A; 1WB9 A; 1JCF A; 3A5N C; 3EN9 A; 1U4B A; 2FXU A; 4CEQ A; 4CD1 A; 1N6Q A; 2XY8 A; 5AQG A; 3DLR A; 3SBT A; 3IKM A; 5EY4 A; 1BCM A; 4M3U A; 2HHH K; 2ITM A; 5GIO A; 4WCE L; 3QML A; 2VGN A; 4Q0B A; 2IVN A; 4RCH A; 3L2U A; 1QZ5 A; 3WXM B; 2X74 A; 3KLI A; 2HB5 A; 3MED A; 1S5J A; 3TU5 A; 4WFN L; 3OYG A; 1U45 A; 2OTJ N; 1T3V A; 1J53 A; 5HOO A; 1T6D A; 4WFA L; 1HLU A; 5KI6 A; 2NZT A; 4FSV A; 2F8S A; 1LAW A; 4E7L A; 3IS9 A; 3VTH A; 2D4W A; 3NF7 A; 4FJK A; 4DTJ A; 3E1Y A; 4A5B A; 3LL3 A; 2FF6 A; 3VQP A; 5F0X A; 2QW9 A; 5DK5 A; 5CR4 A; 4FW2 A; 1IJJ A; 2X6S A; 3B6O A; 3IMX A; 3SNN A; 1E4F T; 1KTQ A; 3IDH A; 3LAM A; 4IFY A; 1I3A A; 1UOC A; 5KGW A; 3CF5 L; 4KB1 A; 4KI4 A; 3MWT A; 3NF9 A; 2V7Y A; 2QWM A; 4DTS A; 3HVT A; 2Q2R A; 2NLX A; 4M3T A; 4DR2 K; 3H6E A; 4LF8 K; 1X3M A; 4WQ4 C; 3VF2 A; 4M3Z A; 3TTF A; 3LDO A; 5I9E B; 1GOA A; 2OPR A; 1RT3 A; 5AQS A; 3WNE A; 4KRE A; 3CM5 A; 2A42 A; 3E66 A; 5GIN A; 1L3S A; 4DS5 A; 2HHW A; 1YT3 A; 5LJV A; 3ZSZ A; 2RKI A; 3C7N B; 1SV5 A; 3ZT3 A; 5J1E A; 4HUE A; 1ZC6 A; 4PQU A; 2ZJP L; 4KH6 A; 1HYV A; 4KAZ A; 1TGO A; 4JRQ A; 4DQP A; 4O8U A; 1U04 A; 3QIC A; 1J54 A; 3QFP A; 4HCC A; 4JD2 B; 1QVG M; 1WAJ A; 3NAE A; 3JAM O; 3AAQ A; 3P38 A; 1Q8I A; 3E9L A; 4L8R B; 3L4I A; 4CJE A; 4CK1 A; 4CZH A; 2RN2 A; 4KB0 A; 3TAE A; 3G0Z A; 3T7Z A; 3WQT A; 4DQ8 A; 4GVM A; 1LCU A; 3O5B A; 3K5L A; 4JI3 K; 3LAL A; 2FLO A; 4IFV A; 4DV3 K; 1D9D A; 2ZJR L; 4LSL A; 2B6A A; 1A5X A; 4B9T A; 2NUB A; 3QFU A; 2P9P B; 2QKB A; 4IJN A; 1RNH A; 3H08 A; 4BRI A; 2P9S A; 1FKO A; 3QEI A; 3JXU A; 4J2B A; 4JKB A; 1W7A A; 1SKW A; 3U4L A; 1XC3 A; 5K14 A; 4C8N A; 2E2O A; 4BR2 A; 3QEP A; 3C6U A; 3CCE N; 3ID6 A; 1RT1 A; 2E6M A; 4DF8 A; 4FJG A; 4JI4 K; 4QS8 A; 2YHB A; 2A40 A; 4BR5 A; 1NGF A; 3OYL A; 2IVP A; 1XNQ K; 3T3F A; 1TUY A; 2KFN A; 3LP3 A; 4JHD B; 2E20 A; 3OBY A; 1ZBL A; 3KK3 A; 2F4V K; 4B3R K; 3HSC A; 1TL1 A; 3VMF B; 1QZ6 A; 4FLT A; 3MXM A; 4CGH A; 4HWI A; 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3ZET B; 3CCQ N; 1S1V A; 4M7X A; 5BRE A; 3TSP A; 4J2A A; 2KLA A; 4DCH A; 3NCI A; 5JIC A; 2CGJ A; 1NK9 A; 5BN8 A; 1XQS C; 2ASO A; 2RE2 A; 5M1Q A; 3EL2 A; 1ATR A; 4CGD A; 1ZBU A; 2D0O A; 5C24 A; 3F5T A; 4IG0 A; 2VG6 A; 4LF6 K; 1VSI A; 1BQN A; 4TSX A; 3HOS A; 1SAZ A; 4B1U B; 3QB0 A; 5AQF A; 3TSQ A; 4YFU A; 3P39 A; 2Q0R A; 2XRI A; 3A5L C; 1NLV A; 4H03 B; 1IBL K; 3CET A; 1IG8 A; 1Z26 A; 3W0L A; 1KAZ A; 3H1Q A; 4DTN A; 2NRZ A; 3SUO A; 4J2D A; 3EO3 A; 1HYS A; 5AQK A; 2FBT A; 3RMB A; 4XH4 A; 1GLC G; 3EKU A; 3CME N; 3TAQ A; 4ZTF A; 4OKJ A; 2YJE A; 4F8R A; 4PKI A; 4B9N A; 4FWN A; 3THV A; 3AVL A; 1SQK A; 3G4S N; 1QE1 A; 3C7N A; 3A5O C; 2YKN A; 1K8A O; 1E4G T; 3JS6 A; 2Y1I A; 3SMS A; 4OPK A; 2Q1N A; 1KCF A; 1QQN A; 5CZ1 A; 4CIG A; 2PZS A; 2YHY A; 4JD2 A; 2RF2 A; 3SJH A; 3RWU A; 1KVC A; 4RWT A; 3M8P A; 3PV8 A; 3NH0 A; 3BY5 A; 4KI6 A; 3PIO L; 4DTR A; 2QA4 N; 4DV5 K; 2VQF K; 3O6W A; 3HPO A; 5F2R A; 2HMP A; 4MLH A; 3V9X A; 3LPU A; 1NNE A; 1ILY A; 2HNY A; 4DWI A; 3F2K A; 2V51 B; 1BQM A; 1JLB A; 3OY9 A; 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