The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
RADEQAFLVALYKYMKERKTPIERIPYLGFKQINLWTMFQAAQKLGGYETITARRQWKHIYDELGGNPGSTSAATCTRRHYERLILPYERFIKGEEDKPLPPIKPRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Dna binding protein
|
| molecule keywords |
MODULATOR RECOGNITION FACTOR 2
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| publication title |
HUMAN MRF-2 DOMAIN, NMR, 11 STRUCTURES
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
33
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01388 | ARID | ARID/BRIGHT DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2RQ5 A; 1KQQ A; 2CXY A; 2JXJ A; 5K4L A; 1KKX A; 1IG6 A; 2EH9 A; 1RYU A; 2YQE A; 4LJX A; 2OEH A; 1C20 A; 1KN5 A; 2EQY A; 2JRZ A; 5CEH A; 2LI6 A; 2KK0 A; 2LM1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2A1J A; 4KX3 A; 9ICA A; 2RRD A; 4F91 B; 2J6T A; 2F1I A; 2JEG A; 4I27 A; 1J97 A; 2KEY A; 4B9N A; 3FAH A; 2FPM A; 5KFE A; 3PW0 A; 5ALO A; 3UM9 A; 5ALR A; 3CYM A; 3C2K A; 1ZQG A; 1B4F A; 3BZK A; 4IQU A; 2GWS A; 2IBK A; 2EAP A; 1NK4 A; 5CB1 A; 2BZF A; 5KFS A; 2G07 A; 2K8C B; 2XI9 A; 4Y2Y A; 3G6X A; 4F4X A; 2N1R A; 1QCK A; 4KLH A; 4MEY A; 2BQU A; 2Y9U A; 4MFF A; 4GC7 A; 1NK5 A; 1LV5 A; 3JPP A; 4YXJ A; 4I2B A; 3C23 A; 1SXD A; 5KFR A; 2W9C A; 1P7D A; 4DQI A; 1ZQA A; 2XCA A; 1DGS A; 4B9M A; 5KFA A; 3RF9 A; 3QEB Z; 3GZF A; 4F4W A; 2K8A A; 1MN8 A; 2BCS A; 4F4Y A; 9ICK A; 4RUA A; 2D8C A; 2W54 A; 2I5H A; 3PX4 A; 2OYY A; 5KFP A; 1X2I A; 1C20 A; 1BGX T; 5AIB A; 1TAU A; 1HUO A; 3F5E A; 1L8O A; 3RBE A; 2Y9T A; 4NM2 A; 4C4T A; 7ICR A; 1FIQ A; 3PVX A; 3NVZ A; 2I9G A; 1T3Q A; 5B66 U; 2JXJ A; 2W55 A; 2KZ3 A; 3TAP A; 3RJI A; 1COK A; 1YZ6 A; 4QZB A; 2ZIV B; 5KL8 B; 1FO4 A; 1V38 A; 3EUB 2; 3D6J A; 3TAC B; 4EYI B; 1BPY A; 5KT2 A; 9ICG A; 1ZQL A; 1UQV A; 2W7P A; 2MAX A; 3ETR A; 2R8K A; 2IHN A; 3MFH A; 1BPZ A; 3G6Y A; 2PFO A; 4O3Q A; 3TFS A; 3D2N A; 1L8L A; 2AGQ A; 3NVY A; 2W8L A; 3RRH A; 3HIL A; 7ICI A; 3MBY A; 2KIW A; 3QU9 A; 1WWV A; 5KFD A; 2PFP A; 5A0L A; 2GH1 A; 2VIX A; 4YMO A; 3N28 A; 4CDG A; 2MA1 A; 2RDI A; 3QU4 A; 5KG6 A; 3KKA C; 1Y88 A; 4ED8 A; 5IIK A; 5L1K A; 5L1L A; 3KZX A; 4EEY A; 2UVR A; 1KL9 A; 1FFU A; 3TAD A; 3K4G A; 3RB3 A; 1ZQK A; 4KN4 A; 3V7J A; 3H8W A; 5ALJ A; 4EBC A; 1X9M A; 5D4B A; 3GV7 B; 2HCF A; 1T3N A; 4NLC A; 8ICV A; 1N62 A; 5EE9 A; 1N5W A; 3RTV A; 1X40 A; 4Z6C A; 9ICS A; 2K4E A; 2DPJ A; 3MGH A; 1RZT A; 1KQQ A; 4LZG A; 4DL7 A; 2C2R A; 3EPG A; 5EWG A; 3UXP A; 1PK1 A; 1OW5 A; 4UAU A; 2HOF A; 4J9S A; 3PR4 A; 5ALH A; 5KFZ A; 5AM2 A; 2ESE A; 1XO0 A; 2HSZ A; 1SWW A; 4QIW F; 2FJ6 A; 3SR6 A; 5H2F U; 5KNI A; 3ZDE A; 4RQ4 A; 9ICO A; 3BQ2 A; 5KTQ A; 5KG0 A; 3QZ8 A; 3V6J A; 2JMG A; 1A76 A; 2L5Y A; 3VC8 A; 4OJL A; 2LKY A; 4B9L A; 3LK9 A; 2IA6 A; 4NLK A; 2WB1 C; 4DF4 A; 1ZQE A; 1NJW A; 4ED3 A; 4F2S A; 3KTQ A; 3N4M B; 5AK6 A; 3GV8 B; 5KFU A; 2AJQ A; 1QQ5 A; 4FO6 A; 3GDX A; 2Y1I A; 2PKE A; 3JPN A; 4DFJ A; 4UB4 A; 4PZO A; 3ISB A; 2JHD A; 4DQP A; 5GTH U; 5J2C A; 4Q44 A; 4UAV A; 9ICP A; 1TK5 A; 1N48 A; 2BR0 A; 1DXS A; 3ICX A; 1H38 A; 4KLE A; 4X5V A; 1N63 A; 4Y2P A; 1SXE A; 4RQ0 A; 1PVP A; 2HMX A; 1BNP A; 1X9S A; 5C0Y A; 3L5K A; 4KMO B; 2ES6 A; 3FYH A; 5TIS U; 1YT3 A; 4DEZ A; 3JPO A; 1S0N A; 2LM4 A; 3IRU A; 3THV A; 2NRT A; 4CE6 A; 8ICI A; 2K4H A; 3F2D A; 1UCV A; 4YR0 A; 2C28 A; 2CRX A; 2BDU A; 2DF4 B; 2O6K A; 3VCB A; 4LVS A; 9ICW A; 4RPX A; 5III A; 2E8P A; 1LKY B; 3PX0 A; 1ZQH A; 1B0X A; 1ZQM A; 2KKV A; 3GIK A; 5HML A; 3U26 A; 1PK3 A; 2VJ5 A; 7ICO A; 3UXO A; 3GIJ A; 9ICT A; 4CCH A; 3DEE A; 7ICN A; 7ICV A; 2Y0S F; 4UBB A; 1SZH A; 4DL4 A; 5ALN A; 4QWD A; 3QUC A; 4I2E A; 1VJ5 A; 1Z1V A; 1QQ7 A; 3RAX A; 1ZQY A; 4GFJ A; 1NI3 A; 2PFQ A; 4UAW A; 2R18 A; 3WK4 A; 3SAF A; 2CN1 A; 3CP8 A; 2W8K A; 3WK7 A; 1J2N A; 4YMM A; 4I2H A; 2RQ5 A; 2JZB A; 2PFN A; 3RJH A; 1DK2 A; 4RPY A; 4I2I A; 2GLE A; 4ACO A; 1ZQU A; 7ICJ A; 1Z3E B; 2DKX A; 4FFD A; 5AM4 A; 3Q8R B; 3C2L A; 3NRW A; 3G6V A; 7ICS A; 1D9F A; 1KN5 A; 4F2R A; 5L1I A; 2EQY A; 3F2B A; 3SAH A; 1U47 A; 5AM0 A; 4DQQ A; 3MC1 A; 4RPZ A; 1WCL A; 2AXT U; 4QNL A; 1ZQF A; 5ALY A; 2WF8 A; 1SV4 A; 3BJY A; 4C7Y A; 4FBU A; 3KHG A; 2WAQ C; 4KLS A; 5ALK A; 1SZP A; 4JUZ A; 2ASJ A; 2IHM A; 1JRP A; 2QAR B; 3H8J A; 1MQ3 A; 4GXJ A; 3RH5 A; 2FMQ A; 5KFY A; 2AU0 A; 3UQ0 A; 3PW4 A; 5CA7 A; 1XWL A; 1NKE A; 2W43 A; 3RH6 A; 8ICG A; 2KFZ A; 3T79 A; 5F9L A; 5DG7 A; 2MU2 A; 4J9Q A; 3UXN A; 1SGG A; 5DBB A; 1ZQQ A; 1MA7 A; 2I6X A; 4RT2 A; 2YTU A; 4GIB A; 3WKE A; 1RQL A; 2RLT A; 4MF8 A; 4JV2 A; 1LB2 B; 3RBD A; 4F3O A; 4R63 A; 3V72 A; 5ALM A; 1NKB A; 5KFX A; 3RFA A; 2E5S A; 4ZH4 A; 1D8Y A; 1XS9 D; 3M1Y A; 3T5L A; 2OM6 A; 2B21 A; 5AHX A; 4KLM A; 4US9 A; 2XVT A; 5J0Y A; 2FLN A; 3Q8L A; 1RXW A; 3LYS A; 2JEI A; 5KG3 A; 3J81 j; 8ICJ A; 4ELU A; 3ISD A; 4RQ7 A; 1L5U A; 3I1Y A; 4RNN A; 5EE3 A; 4C7Z A; 4B9U A; 2DWQ A; 2UVW A; 4P0P B; 4JWM A; 2F8L A; 5AI6 A; 2HW3 A; 4KX5 A; 5J0S A; 2HOQ A; 4OJO A; 3GU3 A; 4JK1 A; 4USA A; 2ZUD A; 1RDF A; 5KL1 B; 1JI7 A; 7ICT A; 3CRX A; 4WJ3 B; 4JV1 A; 2DL0 A; 2ZJ5 A; 5AKI A; 2BPG A; 3L3F X; 2AQ0 A; 4PHE A; 3PW2 A; 2QB1 A; 2F1H A; 3GIM A; 2KFN A; 4P4O A; 5DGA A; 2QLT A; 5HNK A; 5EWE A; 4F5R A; 5J2D A; 3RJE A; 2ZJA A; 5DB6 A; 5DDM A; 1Q3V A; 2VA8 A; 4QZI A; 4O3R A; 2NO4 A; 2HI0 A; 4QWB A; 5ALD A; 3I76 A; 7ICK A; 1SL2 A; 3HW8 A; 1PUZ A; 5KT4 A; 1TE2 A; 3WK8 A; 1ECW A; 5ALL A; 3LVV A; 1JN3 A; 4YD1 A; 3QE9 Y; 2P35 A; 5JTI A; 2ZUB A; 4PHP A; 1RPL A; 1QLN A; 4PL2 A; 4YFK A; 4DSL A; 4BXO B; 4KLQ A; 4YQW A; 5KFO A; 4ED7 A; 5CP2 A; 2BGW A; 2HDO A; 2BCV A; 2Y1J A; 2IOH A; 3QXG A; 2EAN A; 4Z6F A; 2KJ9 A; 5J2B A; 2UVV A; 1PVQ A; 4MEX A; 3T5H A; 3LVW A; 2W7O A; 3ORY A; 1WUD A; 4J9K A; 4CF5 A; 4CF4 A; 4NJ8 A; 3OHA A; 4F4Z A; 2ZJ8 A; 2E8M A; 4QZF A; 4BWJ A; 1S8O A; 5J0Q A; 4DQR A; 3BZC A; 1KFS A; 1Z4O A; 3ALR A; 4EX6 A; 7ICH A; 1L3V A; 1B43 A; 1X6I A; 2PXI A; 5J0P A; 9ICI A; 4FZM A; 1MQ2 A; 3EWA A; 2W9B B; 1TK0 A; 1Z4N A; 4I2D A; 4DSE A; 4R8U B; 5KFJ A; 4U6P A; 5ALI A; 5DLG A; 1Z00 B; 1NZP A; 2BPC A; 4Y2J A; 4M04 A; 1QH9 A; 9ICH A; 3KHR A; 3WK9 A; 5ALZ A; 1TKD A; 7ICU A; 4QZA A; 1LKY A; 3KD3 A; 1X9W A; 4RQN A; 1UA0 A; 1TV9 A; 8ICT A; 4RQ3 A; 4YP3 A; 2XY5 A; 1SL0 A; 3I28 A; 1UT8 A; 1XSN A; 4YD2 A; 3B9J A; 5AI0 A; 2E1E A; 4DFK A; 1NOM A; 5KFB A; 4Z6D A; 2ZIW B; 1ZQB A; 4TQS A; 1UA1 A; 2IMW P; 4DWI A; 3SEI A; 2FLL A; 2EAM A; 5AKY A; 2LBO A; 4DFP A; 4C8L A; 4QZC A; 1QSY A; 3KHH A; 2P6R A; 3WKB A; 2CPR A; 5CJ7 A; 5JRT A; 4F92 B; 5AK3 A; 4C8N A; 2YMQ A; 4UAS A; 3PY8 A; 5J8Y A; 8ICX A; 3BDP A; 1ZQX A; 4DLG A; 4A8E A; 2R8I A; 4UAT A; 4UB5 A; 1NK7 A; 4TUS A; 4DQS A; 5K4L A; 5KFW A; 4K4I A; 4FZN A; 4QIW C; 4NL9 A; 4C4R A; 4TQR A; 4DLE A; 3Q8K A; 4KLO A; 2HVI A; 4MF2 A; 3AU2 A; 5CR0 A; 2ZG6 A; 1QSS A; 2ZUC A; 3L4P A; 4I2A A; 3T5J A; 2Z7J A; 2QAR A; 5AKG A; 5AIC A; 4HYK A; 1OUQ A; 4QZ9 A; 4G3I A; 1N61 A; 2CXY A; 1L7M A; 1A6S A; 4KLL A; 4YCX A; 3RJF A; 4B9V A; 4DL5 A; 4EZ6 A; 2ISP A; 3NAS A; 1D8L A; 1YZ7 A; 4J9P A; 3SAG A; 5ALU A; 4YMN A; 2DBY A; 5BOL A; 1GO3 F; 5IIJ A; 4IRC A; 3PZP A; 2DFL A; 5J2F A; 2VAN A; 1KTQ A; 3GIL A; 3D2S A; 4UB1 A; 1A77 A; 4AYB F; 4OJ6 A; 4KLD A; 5KT6 A; 1N60 A; 2E3T A; 4O5C A; 2KSO B; 3H8M A; 5AM1 A; 4IR9 A; 2RDJ A; 4RQ8 A; 2H3Z A; 1ZJM A; 1WCN A; 4F5P A; 2LHT A; 1EXN A; 1L7P A; 4QWA A; 4P0P A; 5AK5 A; 3TQ1 A; 2E8O A; 4RZR A; 4QW9 A; 5KFL A; 3NUQ A; 2ZIX B; 4M6W B; 3IN5 A; 2I1Q A; 1U49 A; 1ZQC A; 2WF5 A; 2W9M A; 5HMM A; 8ICZ A; 1ZJN A; 5J0W A; 3IG5 A; 3V7K A; 5CWR A; 2XY7 A; 2BPF A; 8ICS A; 1F44 A; 1PZN A; 2BQ3 A; 3QU5 A; 4C0Z A; 9ICE A; 1V9P A; 4ICA A; 2Y0S C; 5IIM A; 5KG5 A; 2G0A A; 2OXO A; 3S6J A; 3Q8Q B; 2NRZ A; 2KP7 A; 3WU2 U; 5J2K A; 3PSI A; 3BS7 A; 2G06 A; 4NV0 A; 5KFT A; 2VA3 A; 4M0A A; 2J6S A; 1XO1 A; 4Z6E A; 3PNC A; 1RQN A; 3IP4 B; 3KOO A; 2KMD A; 1AQ6 A; 1T4G A; 2FLP A; 3ONN A; 4M9N A; 3B0Y A; 4P0Q A; 1KRP A; 8ICU A; 2YMP A; 8ICR A; 2HOI A; 4ECQ A; 3EPI A; 4LZD A; 3SEN A; 5AKZ A; 3LWL A; 2EZZ A; 1C7Y A; 3KBB A; 5KAF U; 5KFN A; 1NK8 A; 4BDP A; 7ICP A; 4I2G A; 2KJ8 A; 3QUB A; 4BGD A; 2YB1 A; 3M6K A; 4KMU A; 1NZB A; 1KSP A; 3M7D A; 4JB3 A; 3MR6 A; 5AI4 A; 4F4K A; 3PO5 A; 5L1J A; 2G5I B; 4DO9 A; 2NO5 A; 3NRZ A; 2R8H A; 2A1A A; 3KZI U; 1CI4 A; 3HP6 A; 4UB3 A; 3C5F A; 3AN1 A; 2W3S A; 2PI5 A; 3ZDB A; 4PJ0 U; 3PSF A; 1RYS A; 3V7L A; 2JGA A; 4LJX A; 4KLU A; 8ICP A; 3CNH A; 3F5A A; 8ICL A; 2W9B A; 4C8K A; 4R8U A; 2KHV A; 4YR3 A; 1Q3U A; 2Q4T A; 2P6U A; 1NJZ A; 3KKA A; 1T7P A; 4Y2U A; 2RP5 A; 2ALZ A; 2P66 A; 5F9N A; 5CHG A; 1ZQZ A; 5ALE A; 2M0N A; 1ZQW A; 3ZI4 A; 4RNO A; 2OCE A; 2PMZ F; 8ICY A; 2G08 A; 5DQI A; 2XY6 A; 3BS5 B; 1HUZ A; 1KFT A; 3AQE A; 4NLG A; 1X9X A; 2FE9 A; 4I2J A; 2ZIW A; 1ZQV A; 1S0V A; 3OJS A; 5G5H A; 3K1Z A; 1T8E A; 1N2X A; 4QZD A; 3HX0 A; 1SWV A; 2VKQ A; 4UAR A; 4YN4 A; 2BCR A; 2A1J B; 3AUO A; 4KTQ A; 5AI9 A; 5ALP A; 5F3X B; 2KK0 A; 5KFF A; 5J0O A; 2KZM A; 3MFI A; 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4OJ5 A; 2XGP A; 4UW9 A; 5CRX A; 2VJ4 A; 5G5G A; 2KZZ A; 1TAQ A; 4AP9 A; 2MUT B; 4DS4 A; 4JWN A; 4NLB A; 1IG6 A; 1HJP A; 3ZD8 A; 4Q45 A; 3ED5 A; 2BCQ A; 2NRX A; 2BDP A; 4PHA A; 4O9M A; 4ELV A; 5AKE A; 4XUS A; 1BPE A; 4IL6 U; 2C2E A; 2UVU A; 4G9B A; 2D3D A; 3Q8M A; 3RH4 A; 2YY6 A; 4RT3 A; 9ICV A; 3F2C A; 2F1J A; 1S97 A; 2YML A; 9ICF A; 4DSF A; 3D2Q A; 4NWI A; 4J03 A; 3K75 D; 2KNJ A; 5DG9 A; 3UMG A; 5J0X A; 5J8Y C; 3N97 B; 2KTQ A; 4C4S A; 2K60 A; 1SKS A; 2FPL A; 3MDA A; 3KHL A; 1RG6 A; 3C28 A; 2H3I A; 1K1S A; 2ASD A; 3AL0 B; 4K4G A; 4NL9 C; 1COO A; 1JUD A; 3HKZ F; 2MSN A; 3RJG A; 4YVZ A; 5KT7 A; 5DDY A; 2KVC A; 2ZXH A; 2DKZ A; 2LM1 A; 1XNS A; 1O03 A; 2ASL A; 3C21 A; 2AH5 A; 9ICU A; 1VDV A; 3HJE A; 3IM1 A; 3RJK A; 1TAM A; 2KIC A; 4EYH B; 4R66 A; 1LVH A; 5JU5 A; 4R64 A; 2K4I A; 4IQW A; 2EZY A; 8ICW A; 2K89 A; 4AYB C; 1UPH A; 7ICE A; 2KG5 A; 4IRK A; 2GO7 A; 2H3Q A; 3BS5 A; 5AKH A; 4KLF A; 4UB6 U; 7ICM A; 4PH5 A; 3MR3 A; 4QWE A; 2KHQ A; 5AI5 A; 5KFI A; 3WK6 A; 1XSL A; 1S0M A; 3ZDD A; 3JPR A; 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