1IO2A

Crystal structure of type 2 ribonuclease h from hyperthermophilic archaeon, thermococcus kodakaraensis kod1
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
MKIAGIDEAGRGPVIGPMVIAAVVVDENSLPKLEELKVRDSKKLTPKRREKLFNEILGVLDDYVILELPPDVIGSREGTLNEFEVENFAKALNSLKVKPDVIYADAADVDEERFARELGERLNFEAEVVAKHKADDIFPVVSAASILAKVTRDRAVEKLKEEYGEIGSGYPSDPRTRAFLENYYREHGEFPPIVRKGWKTLKKIAEKVESEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords RIBONUCLEASE HII
publication title Catalytic center of an archaeal type 2 ribonuclease H as revealed by X-ray crystallographic and mutational analyses.
pubmed doi rcsb
source organism Thermococcus kodakarensis
total genus 69
structure length 213
sequence length 213
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2000-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01351 RNase_HII Ribonuclease HII
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.460 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Ribonuclease hii. Domain 2 1io2A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1io2A01
4RW8A 1A5VA 2G8WA 2FBYA 2YV0X 3K57A 4ICLA 4DU1A 1TL3A 4F3OA 1RT5A 1X1PA 4TSXA 3OYMA 1D8YA 4DTOA 1L3VA 4RW7A 3KD5E 1WSGA 2FBVA 3K5NA 3L8BA 5HRNA 1Q9XA 4DTPA 1ZYQA 4FLZA 1NK5A 4OGEA 1NKBA 2LSNA 4FW2A 5HBMA 3V9ZA 4IKFA 2DFHA 4N41A 3AO1A 4Z4IA 4FLTA 4DTNA 4C8MA 1VSIA 4W5QA 4DS5A 4C8NA 4M3XA 3O3HA 1O1WA 5J2MA 3QO9A 4L8RB 2F96A 5KRSA 3L2UA 4E7HA 5C25A 5HRSA 1QSSA 3OYDA 3M8SA 3KLGA 3RWUA 4HCCA 4I9QA 2ITGA 3TARA 4NCAA 3B6OA 3T19A 3NH2A 3PV8A 3SJJA 4B9VA 2GBZA 3VQCA 3D0PA 1RTHA 1HYSA 4F4KA 3ZSRA 3WNHA 3OJSA 2KW4A 1BISA 4B9NA 2IGIA 4FJXA 1ZBFA 2PY5A 1XWLA 2X6SA 4KTZA 4CJLA 2B6AA 4BWJA 4IFVA 3SNNA 4M3YA 3V9SA 4FK4A 1RBRA 4UQGA 1U45A 1RDBA 4FJIA 1BIZA 1L5UA 4FCYA 3QETA 3ALYA 4B8CA 5CZ2A 2Z1IA 4CJ4A 1C1BA 1TL1A 4CEOA 4DQPA 1YT3A 3K2PA 3OS2A 3RTVA 2XY5A 2GV9A 5I42A 3RR7A 4M41A 1UA0A 3ISNC 1ASUA 1KSPA 3LWMA 1Q9YA 5FDLA 4CEFA 3OYFA 4FLVA 4J2AA 4DSLA 2BANA 4Z4FA 2VWJA 4CJQA 1XHZA 3DYAA 2Y1IA 4C8KA 2G8KA 3K5LA 1HQUA 1LWCA 1UOCA 2HHSA 1CZ9A 1FKOA 4CERA 3L2QA 3NE6A 4BE1A 3V9WA 2G8HA 4B9LA 2HVIA 1FXXA 2B4JA 2NUBA 3NF6A 4NYNA 4O44A 1TKDA 3AVIA 3LP2A 2X74A 4HUEA 4ZTFA 1RBTA 1LWFA 1XI1A 4N76A 3SYZA 2YKNA 4AHRA 1RNHA 3F73A 2ETJA 3C6TA 4W5TA 5E41A 3AVFA 3SPYA 2WOMA 3AO2A 1KTQA 3NF8A 2BE2A 4I2PA 3HPHA 4I7FA 4F8RA 3KK2A 4Z0UA 2QXFA 3OS0A 2ZD1A 3HO1A 1RCHA 5D3GA 4CGJA 4DF4A 5DK5A 1LAVA 4N47A 2QKKA 4CJSA 4BE0A 1KLNA 1KFSA 2YHBA 1BQNA 1UAXA 4IDKA 3HM9A 3HVRA 3CM5A 2KQ2A 4FZYA 1NK9A 2G8VA 4PUOA 4CCHA 4QAGA 1NOZA 4YNQA 4OKEA 2Z1GA 3DMJA 1RT2A 3TAQA 1BGXT 5CZ1A 4LH5A 3VQ5A 3HXMA 4J2EA 3PY8A 3MXMA 4KKOA 2IOCA 4CF0A 4E3SA 1JLGA 5EU7A 1T8EA 3F9KA 1TGOA 3K5OA 3NGYA 3LPUA 2W42A 4RG8A 3TANA 3P5JA 1WSFA 4BWMA 3OYJA 2E6LA 4FK0A 1SL0A 3SUNA 4CJUA 4CJKA 2IDOA 1XHXA 4J2DA 4PQUA 2HVHA 2KTQA 2KFZA 1HYVA 1HJRA 1X9WA 1TV6A 2X78A 3DI6A 4KHQA 1DTQA 1N5YA 3WNFA 2G8UA 1S6QA 4JRPA 2Q3SA 1BL3A 2FBXA 4O55A 3DOLA 4DTMA 4OVLA 4BE2A 3ZSXA 3KLFA 1TK5A 1JLFA 3NCIA 4B9TA 4FJ8A 3HPGA 3S3OA 4ID5A 4DQRA 1IKXA 2ZQBA 3OYIA 1S1VA 3ZSOA 3VQAA 3V9UA 4DQIA 2QKBA 2Z1HA 2HW3A 3AVNA 2OZSA 1SKWA 3THVA 3IAYA 2XY7A 3ZSVA 3IRXA 4CJ5A 4CK2A 4B3OA 1C1CA 1VSDA 2QK9A 3VQ8A 1D9FA 3M8PA 2HNYA 2R7YA 4FJ9A 3VQ4A 1U4BA 4BDPA 1B92A 4HUGA 4FZZA 3NGIA 1VRUA 3SUOA 3NH0A 3QNNA 3FFIA 4CHZA 3ZT0A 3ZSZA 2F8SA 1JLBA 1RTJA 1C6VA 4FLXA 3QIPA 3RMAA 1NJXA 4M3TA 4KFBA 4KTWA 4ZTJA 3V4IA 4CK1A 3OYGA 2BGGA 3OVNA 2Y1JA 1TAQA 4W5RA 4K8XA 4BACA 5T7BA 3DRPA 3VQQA 5J2QA 4CGFA 4O0JA 3KLEA 4NYFA 4HUFA 1F21A 2RF2A 5CYMA 3HK2A 3NBPA 1HMVA 1Q8IA 3G0ZA 2VG6A 4IG3A 3QEWA 3UIQA 4CGGA 1RBUA 3HP9A 4KPYA 3SQ1A 3HL8A 1KVAA 4FJLA 1EXQA 1JKHA 3WNGA 2HHWA 3OYBA 2DTUA 1ASWA 2D0BA 3PX4A 1D5AA 3S3NA 3ITHA 2OPQA 3QNOA 4CHPA 3AVBA 3WNEA 4B9MA 4H8KA 4AILC 4M3RA 4B9SA 2YNFA 5FRMA 1S1XA 3C6UA 2HB5A 1W9HA 3L2RA 3QIOA 4FLUA 4FJHA 3VA3A 1Z26A 4OKKA 4CJVA 1HNIA 4Z4CA 3LP1A 4DU4A 4E7LA 4H4OA 2OZMA 3OYNA 1SV5A 1VSEA 1LAWA 2XRIA 2AJQA 4F3TA 4CF8A 4AHCA 1EKEA 4CJEA 4CJFA 1TKTA 2YKMA 4DQSA 4KI4A 4DTRA 2RPIA 1HNVA 3DLKA 4KO0A 3PX0A 3DOKA 4XIUA 3CFRA 3SQ0A 4FJ5A 3O3GA 2JGUA 1RDDA 3HPOA 3U3YA 4C8OA 1W0HA 2HNZA 3MXJA 1IKVA 5C42A 3KJVA 4ELUA 4O0IA 2DY4A 3IG1A 3OYLA 3HP6A 4E89A 2OA8A 1Y97A 3BGRA 4HHTA 2OPPA 3NAEA 4EP4A 1VSMA 3SUPA 4KAZA 4KV8A 4PA1A 2KZMA 4GMJB 3L3VA 4CJWA 5SZTA 3LAKA 4DQQA 4EZ9A 4CGIA 2FC0A 5KGWA 5I3UA 1SUQA 4I9LA 1FKPA 4F2RA 5HROA 4CECA 5J2PA 1RT1A 4HTUA 3ASMA 4M3UA 1ZBUA 3P83D 1BHLA 3LPTA 1RBVA 2G8FA 3KK3A 4FJKA 4KB1A 2WONA 4KHSA 4IFYA 3MEDA 3I0SA 3V9XA 1KVBA 3HSTB 4G1QA 3V81A 1RT4A 1U47A 4IBNA 4BDZA 1L3SA 3AO4A 3V1QA 2XY8A 2IC3A 3RMDA 3OYAA 2KZZA 4RW9A 2BDPA 1QQCA 4KHUA 4CIEA 1DLOA 3OYEA 4OKJA 4E0DA 1RT3A 3AVJA 4CF2A 1I3AA 3KIOA 1IKYA 4AH9A 3K59A 3QEVA 4ELVA 1S1WA 1LW2A 4WE1A 4DSEA 4FW1A 2KFNA 1NJWA 3VQPA 3O4NA 3MEGA 3TAMA 4DFMA 1LV5A 4FVMA 3DM2A 4I2QA 5JS2A 1R0AA 1WSIA 3DRSA 1RDCA 4LSLA 3NFAA 2Z1JA 1NK7A 3O4QA 4CE9A 5SWMA 2F8TA 1VK0A 5KI6A 2PZSA 4FYDA 1NK4A 3M8RA 4B9UA 3TR8A 2HNDA 4CHOA 3RRGA 4AHTA 4FM1A 2D5RA 2YHAA 5CY4A 3VQ6A 4CK3A 1SKSA 3SPZA 2PYLA 4C8LA 3ZT2A 4DFPA 3AVGA 2XY6A 4DFJA 4CEZA 1NKEA 1B9FA 4EZ6A 2DFEA 3VQ7A 4Z4HA 2ZE2A 4AHVA 1REVA 3AV9A 3QLHA 4YFUA 3NGZA 3RMCA 4DSIA 1IO2A 1EETA 1QTMA 3C94A 2B5JA 2YNHA 4Q0BA 1T05A 4CJTA 1WSEA 2YNIA 4FM2A 2I5JA 1UA1A 3A2FA 4AHSA 5DMRA 3DRRA 1EP4A 3OYHA 1C0UA 1FK9A 3ZSQA 1IH7A 3L2VA 2ATQA 1GOBA 2GUIA 3K5MA 1S9EA 1TVRA 3KKSA 4MFBA 4NCGA 3KTQA 1K6YA 3L3UA 2A1SA 1NK8A 4CHNA 4W5NA 3P1GA 1S9GA 2EX3A 4OJRA 3AVAA 1HPZA 3DLBA 1J9AA 3TABA 4KI6A 2P5OA 1NJZA 3DLGA 3VA0A 1CZBA 3DLHA 3B6PA 5KGXA 3E01A 3EYZA 1QE1A 4H4MA 4CF1A 3CG7A 4CFAA 3O3FA 4DU3A 5KRTA 4FK2A 3D45A 1X9MA 4ZHRA 1EX4A 3OYKA 1WLJA 4CGDA 5J2NA 1TKXA 4M3ZA 4FM0A 4HCBA 5K14A 3TAPA 1D9DA 3V1RA 4JS4A 4BDYA 4M45A 4DTJA 2E4LA 4E1MA 1C1AA 1YTAA 3LALA 4E7JA 3ZT1A 3SV4A 3SQ4A 4CESA 2VG7A 3LP0A 1NJYA 5HLFA 4FJNA 2EHGA 1J5OA 4J2BA 4QOZB 4KREA 1GOAA 1U04A 3ZT4A 3SZ2A 1WAJA 4GW6A 3VN5A 3SCXA 2FBTA 1RTDA 2G8IA 4MQ3A 1KVCA 3LWLA 3AVHA 4DS4A 2D0CA 3ULDA 1WN7A 1ASVA 4KRFA 4FJ7A 2YNGA 4CHYA 1JLQA 1KFDA 1NOYA 3SV3A 2IS3A 1RBSA 1VSHA 3VQ9A 3CFPA 1B9DA 1QSLA 4JS5A 5HRPA 1T7PA 3ZSWA 3AVLA 2RN2A 3AO3A 4N56A 4JRQA 2PYJA 3U3GA 3MEEA 4DTSA 1CXUA 3NF7A 4E7KA 3HYFA 3JYTA 4M42A 1ZBHA 4O5BA 4FLYA 3VQEA 3QESA 2X6NA 4FLWA 1ITGA 4KHNA 4O4GA 4CGHA 1I39A 1WNSA 3KLIA 3NDKA 3AO5A 3AVMA 3KKRA 1U49A 4FJMA 5FROA 4DLGA 4CHQA 1RT7A 4CEEA 3EZ5A 3LZJA 1CXQA 4CJPA 1ZBLA 1S1TA 1C0MA 1RT6A 1RTIA 1WSJA 1YVUA 5HP1A 3S9HA 4OLAA 2HHQA 4DTUA 1XC9A 4KHYA 1Z25A 3I0RA 1QSYA 4KB0A 4AHUA 3TAGA 3VQDA 3VQBA 3L2WA 1NK6A 1L3TA 2IAJA 3QEIA 2HHVA 3NH1A 2A1RA 3T3FA 4DWIA 4CFBA 4LY7A 3KK1A 2DFFA 1JXEA 4Y1CA 1HYZA 4ID1A 1BCOA 1S5JA 3PX6A 1U48A 4OLBA 4CIFA 4DG1A 3TWHA 3S3MA 1IG9A 1KRPA 3BDPA 4DF8A 1HRHA 1RDAA 1VSLA 3EY1A 4QCLA 1JLEA 1WAFA 3PO5A 1L3UA 1BCMA 5JS1A 2OPSA 2XHBA 1LW0A 1LWEA 1VSKA 4LD0A 2O4IA 4EP5A 3ZSYA 2XO7A 1J54A 1JXBA 2VWKA 2JLEA 3NF9A 3OS1A 3U6FA 2OPRA 4CEQA 3DLRA 1KLMA 4Q5VA 1SL1A 1TKZA 3SI6A 3OY9A 2E6MA 4F2SA 1J53A 1N6QA 3AVCA 4W5OA 1NKCA 4DSKA 2P51A 3ZCMA 2OYQA 1WSHA 3I8DA 1KCFA 2D0AA 4CEBA 3RMBA 1UWBA 1T03A 1JLCA 4R5PA 1BI4B 3HJFA 4DSFA 2RKIA 1DTTA 5HRRA 5C24A 4CEAA 3CYMA 3K58A 1GOCA 4M3WA 3MECA 4HVJA 3RR8A 3MAQA 3AA2A 3MXIA 4CEDA 3RRHA 4CJRA 3H08A 4LSNA 1G15A 3TAEA 2HHUA 1A5XA 1VRTA 3HT3A 3LDSA 1ZBIA 3V1OA 4FJJA 3AA5X 1X9SA 3CM6A 4RW6A 3AA3A 1TK8A 3TAFA 1S1UA 1S6PA 5CYQA 3LP3A 3LAMA 1JL2A 4E19A 1YTUA 2HHXA 3QINA 3CFOA 4FJGA 1BIUA 4IG0A 3KLHA 1HQEA 1A5WA 1TK0A 1VSJA 3DLEA 4DFKA 4DLEA 1CLQA 3G10A 4KHWA 1SL2A 4OPJA 3SUQA 3PUFA 4E7IA 3HVTA 1JLAA 1VSFA 3IS9A 1QHTA 4CFDA 1BI4A 3TI0A 4E1NA 1SKRA 4DMNA 2P5GA 4K8ZA 5FRNA 4FZXC 4PY5A 4FXDA 3QERA 1BQMA 4Z4EA 4ELTA 3OJUA 4CF9A 3LANA 2HHTA 3M8QA 2O4GA 4PWDA 4NCBA 3PO4A 3SQ2A 3NHGA 4Y1DA 3CQ8A 1QS4A 4DTXA 1C0TA 4OPKA 4CJ3A 3C95A 1IKWA 4GVMA 4OGCA 3JSMA 4JLHA 4RW4A 2P1JA 3QEPA 3KD1E 3V6DA 3T1AA 2VG5A 1JL1A 4CFCA 5J1EA 1TAUA 2HMIA 4Z4GA 4B8AB 4B08A 4CIGA 3AVKA 4KTQA 1MU2A 3LZIA 3QEXA 3OYCA 5KTQA 4DSJA 1NK0A 3ZT3A 3AA4A 1RILA 4N5SA 4LH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RE2A 2ADUA 1E2XA 3SMPA 2FXUA 4RMNA 3IL2A 4DTPA 1NK5A 1K6OA 4N41A 4HSRA 4W5QA 4IOAF 1XS9A 5J1UA 1HSTA 4OO1J 2KIMA 2WV0A 2DT7B 1WBBA 1BISA 1ZBFA 2L5QA 2DT5A 3QFPA 3JAMK 1RR7A 1BA1A 1TL1A 3W6KB 4DV2K 3MN6A 1Q9YA 4J2AA 1JUMA 5HLGA 2ITMA 4G8XA 1QBJA 3CCVN 2B4JA 2X74A 2NRRA 1ETYA 3MDQA 5LGNA 3C6TA 1SD6A 2IA0A 1WOQA 2HOTA 2VBZA 4M3GA 3WGGA 1UAXA 1NK9A 4JK7A 3O1BA 4X62K 1Z6RA 3HRGA 3CC2I 2Z1GA 4DV6K 1HA8A 2WC2A 2R93J 1BI2A 1BJZA 3F9KA 4B44A 1TV6A 3CUQB 4HDUA 2H3GX 3MWTA 2P9LA 3B8AX 2MYSA 5E1ZB 1IXRC 2HU9A 1YG2A 5EYRA 3NCIA 2DMTA 1AOYA 1OCZH 3H0DA 4CBUA 2O8FB 1WHUA 3IRXA 1VSDA 2K86A 4BDPA 1SVMA 3K10A 3NGIA 5FD5A 2E2NA 4A3BJ 4HNUA 3RMAA 4MNUA 2QQ9A 4KTWA 3OVNA 1HQCA 3ZMZA 3NEUA 3HP9A 5E3NA 2VBYA 3ERED 1JT6A 1OKJA 5FRMA 3CF5F 4NHJA 3L2RA 3EN9A 5EGOB 4E7ZA 2XRIA 3C2BA 4QS7A 5EJCA 2HVRA 3K70C 1Z91A 5LL6Z 3BTIA 2BXYA 2JGUA 4L5IA 1R36A 3F8NA 2VC1A 3NAEA 4KAZA 2M2EA 5BNGA 4CJWA 1FW6A 1R4MB 2VKDA 5KGWA 3CZ6A 3WXIA 2NOGA 1JGGA 1RT1A 1ZBSA 2FF6A 2KIFA 3GFJA 3MEDA 4UY8I 3V81A 4BDZA 2QI2A 4RS8A 4CF2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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