1ITGA

Crystal structure of the catalytic domain of hiv-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
155
structure length
142
Chain Sequence
DCSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEFGMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna integration
molecule keywords HIV-1 INTEGRASE
publication title Crystal structure of the catalytic domain of HIV-1 integrase: similarity to other polynucleotidyl transferases.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 142
sequence length 155
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1itgA00
4FZYA 4OVLA 2O4GA 3UIQA 1WSEA 2E4LA 3TWHA 5J2PA 1LAWA 4JRQA 1RTJA 3K5LA 3E01A 2GBZA 4CJUA 4EZ9A 4FJNA 2HVIA 3D45A 3P5JA 4NCBA 1BI4A 4KFBA 3SZ2A 3SPYA 2VWJA 2DY4A 5SWMA 1RT3A 3VQ4A 4I9QA 4BE0A 1TL3A 4KTWA 3OYMA 2VWKA 3T3FA 4Z4EA 2HHXA 1NKBA 3TR8A 3LP2A 4N41A 5JS1A 4FYDA 2LSNA 2FC0A 3BDPA 4XIUA 3SPZA 4CJQA 4DFPA 3WNGA 1VSDA 1CZ9A 4N56A 1KCFA 2HNYA 1TGOA 3L2RA 3B6OA 1Q8IA 3D0PA 1S6PA 4CFBA 4AILC 3RR8A 1EX4A 2NUBA 3AO1A 3NF9A 2BDPA 4KPYA 2IOCA 3TAFA 4JS4A 1UA1A 3OVNA 3EZ5A 4NYNA 1HPZA 2EHGA 4LD0A 3NCIA 3I0SA 4N76A 4EP5A 4CHPA 1KLNA 4CE9A 4DS5A 1T03A 1JL1A 1Q9XA 5KRSA 1ZYQA 4FLZA 4FJKA 1REVA 2ETJA 4H4MA 3K5NA 4OPJA 1LW2A 1TL1A 4YNQA 3K58A 1QSSA 3ZSOA 2Y1IA 1DTQA 3KLGA 3HPGA 4BACA 1YTUA 3VQ7A 3AVBA 4E19A 5C25A 3LWLA 3VQQA 3C6UA 3DLGA 4IDKA 4CGHA 3KD5E 1S1WA 1BIUA 4JLHA 1X9WA 3M8PA 3K59A 4CERA 4CJ4A 3QINA 5FRNA 4M3TA 2HW3A 1BGXT 3AA3A 2A1RA 4DU1A 1RTDA 4FJ5A 1IG9A 2D0AA 4DQPA 4FLWA 4CJFA 3PUFA 1UWBA 4FVMA 3EY1A 1X9MA 2ATQA 4J2DA 3DOLA 3NDKA 4CECA 1IH7A 1WLJA 4OGCA 3MECA 3ULDA 3PO5A 3AO5A 4OKKA 4DU3A 4KB1A 3IG1A 1S9EA 4W5NA 2DFHA 1C0MA 2RPIA 5HROA 3C94A 1VSEA 3RMAA 3P1GA 1C1AA 2G8UA 1F21A 4KRFA 3CYMA 1RDDA 3S9HA 3RRGA 4HHTA 1TVRA 1D8YA 4CK2A 3V9WA 4CHNA 1QS4A 1T7PA 1SUQA 1ZBLA 4B9NA 2E6MA 3KKRA 3T19A 4PA1A 4JS5A 3AVIA 3LWMA 3KK2A 1A5VA 4KO0A 2OPQA 3MEEA 4N5SA 3HT3A 4DTUA 2P5GA 4KTZA 4QAGA 3NFAA 1NOZA 1HQUA 1IKWA 1CLQA 3V9ZA 4AHVA 3LDSA 4LSLA 4DF4A 2G8VA 3QO9A 1RNHA 5C42A 1KFSA 4FJJA 3C95A 3LALA 1SKWA 4HCBA 1ASWA 1TV6A 4KTQA 4O4GA 4OPKA 3RTVA 1LWEA 2RKIA 4OLBA 1QTMA 1S1VA 2PY5A 3HO1A 1U45A 2HNDA 4CGFA 1Z26A 3RRHA 4KHSA 4NYFA 3OJSA 1JXBA 4CJWA 1WSJA 5I42A 4CJVA 2QKBA 3VQAA 1RILA 3ZT2A 1VSMA 4FM2A 2OA8A 4CEDA 4Z0UA 3V6DA 3TAEA 4OJRA 4OKJA 2P5OA 3F9KA 1WAJA 1FK9A 3K5MA 2X74A 3VQ8A 2G8IA 3SYZA 1JXEA 3AVGA 3PX4A 2X78A 2D0CA 4CIGA 4RW7A 3V9UA 3QESA 4C8NA 3SUNA 4ZTFA 2G8HA 2QK9A 4DTOA 1RDCA 1LWFA 4LH4A 4FCYA 4E7KA 3LAMA 2A1SA 4MQ3A 3I8DA 1U4BA 1ZBHA 1CXUA 3K5OA 3L3UA 4I9LA 1WSHA 2ZQBA 1Y97A 4I2PA 3QEVA 1VSHA 1RTIA 5KGWA 3KLHA 4E7HA 2KZMA 1QSLA 3ZCMA 5J2MA 1S5JA 4B08A 2PYLA 4FJ8A 3S3OA 2AJQA 4E7LA 1G15A 1FXXA 4O0IA 2OPPA 1NKCA 4UQGA 2W42A 3AVAA 3QEPA 1NOYA 4HCCA 4FJHA 2BANA 4FLTA 4C8KA 4KHUA 4CGDA 3QIOA 3ASMA 2HB5A 3TAQA 3OY9A 2BGGA 3KJVA 1HYVA 2FBXA 1NK0A 2KFZA 1NK9A 3CM6A 3VQEA 3SUOA 5HRSA 3RMBA 3NF8A 1EP4A 3HM9A 4FJIA 1IKYA 2XO7A 4H4OA 3KTQA 3CM5A 1JLGA 4IFYA 3AV9A 4MFBA 4AH9A 2VG6A 4DG1A 1CZBA 4G1QA 3AA4A 1C0UA 4CEEA 1HJRA 3V1OA 4KAZA 4FK2A 3RWUA 4CEQA 1HNVA 3OS1A 3OJUA 4KHNA 1SL1A 4M3ZA 3AO3A 1LAVA 2E6LA 2Z1IA 1A5XA 1W0HA 3AVLA 4Z4CA 2Q3SA 4CJRA 4BDZA 1L3VA 1RBTA 3PV8A 1RT7A 4FK4A 4FLUA 3IRXA 4IBNA 3AO2A 2PYJA 4ID1A 3ZSVA 1W9HA 3HSTB 3AVCA 2WONA 3CFPA 3L2VA 1O1WA 4E0DA 3C6TA 3QNNA 1NJZA 1VRUA 3PX0A 2O4IA 3CFOA 2OYQA 4Q5VA 3HL8A 3SUQA 4CEZA 4AHCA 4CJTA 1UAXA 1JLCA 2ZD1A 1Z25A 2X6SA 2OPSA 4AHTA 4DSIA 4OLAA 4KKOA 4CIFA 1TAUA 4M3YA 1EKEA 4O0JA 1LW0A 4GVMA 2ITGA 3DMJA 3KD1E 2YNGA 4DTSA 2GUIA 3KLIA 2VG7A 3WNHA 4HTUA 1RT4A 4B8AB 4DWIA 1JKHA 3OYAA 1KLMA 4B9MA 4DSLA 3OYIA 1C1CA 1S1XA 3TAPA 1ZBFA 4CHYA 4BE1A 1BISA 5T7BA 3NE6A 2HHUA 2DFFA 3ZSWA 2YNHA 2QKKA 4I7FA 3AVHA 1RDBA 2IAJA 1RBSA 1XHZA 3TI0A 3DLRA 3DLHA 1TKZA 4EZ6A 3ISNC 4LY7A 4WE1A 4KHWA 3OYCA 3MEDA 4CJ5A 5C24A 3OYKA 4F3TA 4QCLA 4CJ3A 4LSNA 3OYHA 4CHZA 3QLHA 4YFUA 3OYJA 4DLEA 3QEXA 3L8BA 2HMIA 2YHAA 4J2EA 3NGIA 3VA0A 4LH5A 1TK5A 4CJSA 1I39A 1VSJA 2YNIA 4HUEA 4PUOA 1CXQA 2QXFA 5J2QA 3SUPA 3ZSYA 2D0BA 1L3TA 3SNNA 3ZT1A 2FBYA 2KZZA 3U3GA 5HBMA 4B8CA 4QOZB 4DQIA 1B92A 4DF8A 3V9XA 1IKXA 2BE2A 4KI4A 2IGIA 3M8SA 5SZTA 1VSKA 3MEGA 4FJ9A 3JYTA 1BQNA 1U47A 4C8LA 4CF8A 2IDOA 4CFAA 1TK0A 4DSKA 5J1EA 4W5QA 1RCHA 2G8FA 4DFKA 3U3YA 1QQCA 1TKXA 2YKNA 5E41A 1TK8A 4Z4FA 5KRTA 1RBUA 3OYFA 1D9DA 3HK2A 4OGEA 3VQ5A 4B9TA 3G0ZA 1BQMA 2B4JA 3DLEA 4CF9A 4B9VA 3RMCA 1XHXA 2B5JA 1D5AA 3AVJA 1JL2A 3DRSA 4Y1DA 4JRPA 3QEWA 4CCHA 3HJFA 2HHQA 3ITHA 1BCOA 1S9GA 1ZBUA 1NK7A 4M45A 4FM0A 1BCMA 5CZ2A 2GV9A 3G10A 3I0RA 3LAKA 5KI6A 3KK3A 3MXJA 5JS2A 3OYNA 4E7JA 4E3SA 1U49A 2JGUA 4CEBA 4CK3A 4J2AA 3DRPA 3DLKA 4GW6A 3DRRA 4Z4HA 4HUFA 4BE2A 4ZTJA 4PWDA 3QEIA 3AVFA 4CIEA 3DM2A 4IFVA 3OS2A 4FJXA 3O4QA 3PY8A 1GOCA 3B6PA 3ZSQA 1HNIA 3OYLA 4F3OA 2KTQA 4O44A 4RW8A 5K14A 3OYDA 4RW9A 3DOKA 3NH1A 3MAQA 4FJLA 1SKRA 4CEOA 3AO4A 4ELVA 3KK1A 4DTJA 2YKMA 3QETA 1RT2A 3DYAA 1BI4B 1J5OA 4TSXA 1VK0A 3DI6A 5FRMA 1K6YA 2HHVA 5CZ1A 1JLBA 1U04A 3F73A 1KSPA 3VQ6A 3L2WA 3SV3A 3TABA 4C8OA 4FXDA 3LZJA 4HUGA 1L5UA 4DTRA 1L3SA 3NH2A 5FROA 4CEAA 1ITGA 2WOMA 3IS9A 1XI1A 4Z4GA 3LP1A 4CHOA 4O55A 1NKEA 1WSGA 1DTTA 1HYZA 4DFJA 2XY8A 3V81A 3V1QA 1YTAA 1NJYA 3LP0A 3K2PA 2XY5A 4E1NA 4FZZA 4N47A 3BGRA 4PY5A 3ALYA 1NK6A 2KFNA 3OS0A 3HXMA 3NF7A 1X9SA 1Q9YA 1BHLA 3WNFA 1D9FA 4M3WA 2IS3A 1J53A 1N5YA 1ZBIA 3CG7A 4DTNA 3HPOA 1JLFA 5HLFA 2OPRA 5HRPA 3ZSXA 4CJPA 2I5JA 3RMDA 1YVUA 1B9FA 3HVTA 3VQ9A 4C8MA 4W5TA 4Q0BA 1WNSA 3LP3A 4CJEA 1QE1A 1WSIA 5HRRA 5CYMA 2VG5A 4AHRA 2F96A 4ZHRA 3SQ1A 3AVNA 1NK5A 2F8TA 1LWCA 1RBRA 3QNOA 4FJMA 2XRIA 1GOAA 2PZSA 1S1UA 3SQ2A 3SJJA 5DMRA 2X6NA 3SV4A 4ICLA 3LANA 4CEFA 4CF1A 1IO2A 4E1MA 4CF0A 3O3FA 1SL2A 3ZT0A 3OYGA 1C0TA 2B6AA 3WNEA 2FBVA 3PO4A 3AVKA 4DSJA 1NJXA 1MU2A 1HMVA 4H8KA 4DS4A 4DFMA 1S1TA 1VSIA 3U6FA 4K8ZA 2YV0X 4OKEA 3KKSA 4CF2A 3EYZA 4NCAA 1RBVA 4CJLA 4DTXA 3CQ8A 4B9SA 1C6VA 1J54A 1EETA 2ZE2A 1ASUA 3VA3A 4DTMA 5FDLA 3S3MA 3M8QA 1EXQA 3SCXA 4BWJA 4FZXC 2IC3A 3NBPA 4DQQA 1GOBA 3ZT4A 3PX6A 3O3GA 3KLFA 4K8XA 3TANA 1B9DA 3L2QA 2HNZA 4KV8A 5KGXA 3TAMA 3HVRA 1A5WA 1SV5A 3H08A 1XC9A 3IAYA 4Z4IA 4FLXA 3OYEA 4ID5A 1QHTA 3TAGA 4I2QA 4CGIA 1RT5A 5HP1A 4KI6A 3AVMA 1TKTA 2DTUA 4ELUA 2P51A 4KREA 3KLEA 2XY6A 2KW4A 1T8EA 5DK5A 3HYFA 2F8SA 3V1RA 2G8KA 3NGYA 1KVCA 5J2NA 3ZSZA 1WAFA 3MXMA 3AA5X 1RDAA 3MXIA 3VN5A 4DSEA 4BDPA 4M42A 1S6QA 1BL3A 4B3OA 4B9LA 4ELTA 3L3VA 1C1BA 4F2RA 4DU4A 3FFIA 3P83D 3VQDA 4Y1CA 1HYSA 3NHGA 5KTQA 4FW1A 3THVA 3HP9A 1KTQA 4J2BA 2OZSA 2R7YA 3JSMA 2FBTA 2YNFA 3AA2A 3T1AA 4DQRA 1YT3A 4DQSA 1ASVA 2YHBA 1N6QA 3LZIA 3L2UA 4B9UA 4M3RA 4DSFA 4KHYA 4CGJA 3RR7A 3SQ4A 1LV5A 3LPTA 3S3NA 1RT1A 4RW6A 4M3UA 1KFDA 4DLGA 4PQUA 1SKSA 3NAEA 1U48A 1FKOA 4IKFA 3ZT3A 1RT6A 4DTPA 3V4IA 4F8RA 3NH0A 3VQCA 3M8RA 4RG8A 1JLEA 3K57A 3SQ0A 4FM1A 3O3HA 1UA0A 3OYBA 3TARA 4NCGA 4HVJA 3O4NA 2RN2A 3ZSRA 4F4KA 3HPHA 4FLYA 1NK8A 3DLBA 3VQBA 1SL0A 4L8RB 3HP6A 1IKVA 3CFRA 4W5RA 1TAQA 3KIOA 4GMJB 1BIZA 1HQEA 4AHUA 2DFEA 3VQPA 4EP4A 3NGZA 1L3UA 2HVHA 4W5OA 2XHBA 4O5BA 2D5RA 4KB0A 2G8WA 2Y1JA 3SI6A 3QIPA 1NJWA 2EX3A 1JLAA 1HRHA 2P1JA 1TKDA 4M41A 4IG3A 1KRPA 1J9AA 5D3GA 5CYQA 4BWMA 4FJ7A 1KVAA 2HHWA 2Z1JA 4RW4A 1T05A 4KHQA 4CESA 4AHSA 4E7IA 4CK1A 1WSFA 1XWLA 2HHTA 5CY4A 4FW2A 1DLOA 1WN7A 2RF2A 4CFDA 4E89A 4CJKA 2Z1HA 4BDYA 3V9SA 2HHSA 4DMNA 2XY7A 5HRNA 2OZMA 3LPUA 4FLVA 4FJGA 4FK0A 1VSLA 1QSYA 4CHQA 4CGGA 1KVBA 1UOCA 3QERA 1I3AA 2Z1GA 4CFCA 2KQ2A 1FKPA 4R5PA 1NK4A 5EU7A 4IG0A 4F2SA 4M3XA 1VRTA 1RTHA 5I3UA 1R0AA 1JLQA 2JLEA 1VSFA 3A2FA 1X1PA 3NF6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FZYA 4LF7K 3MWTA 2O4GA 4JHDA 2E4LA 4JRQA 1NGGA 3BEXA 3BUZB 3O5BA 4JYAK 2A40A 4YOXA 3ZLJA 3SPYA 3SZ2A 5AQLA 2DY4A 1RDUA 5FPEA 1C0GA 3O80A 4A5BA 5KQDA 2VWKA 2QWLA 4A62A 2FSKA 5LL6Z 2P9LB 4JNEA 4DFPA 3CCEN 3G71N 3D0PA 3B6OA 1Q8IA 3TTDA 4CFBA 2NUBA 2IVNA 5M1PA 4KPYA 4CI6A 3TAFA 1WBBA 3EN9A 3OVNA 3UE5A 1HPZA 3I0SA 2E2QA 4EP5A 4DS5A 1T03A 3T1HK 2UU9K 1TL1A 4GV9A 4BC2A 1HR0K 3AVBA 5C25A 3LWLA 2YJEA 3H3NO 1NWKA 3DLGA 4O8UA 3D6RA 4CGHA 3HOSA 4BRFA 3HRGA 4CJ4A 4M3TA 1BGXT 4JD2B 4BR0A 1ATNA 2BUPA 5AFUH 3PUFA 3DXKB 4J2DA 4CECA 4MLEA 1IH7A 3FFKB 4OKKA 1Z05A 3L6QA 1XMQK 4W5NA 3BF1A 4H0YB 4KRFA 3ID8A 1WB9A 3CCLN 4CK2A 2UYTA 5AQHA 3KKRA 4CZLA 3SAHA 3T19A 2YI1A 4N5SA 4DTUA 4QAGA 3BZCA 3NFAA 3RSEA 1HQUA 4FOIA 3V9ZA 3ULEB 4CZEA 3LDSA 2W41A 1RNHA 5C42A 5M1OA 3C95A 3ATUA 2CGLA 4CZHA 4OPKA 3RTVA 4K43A 4ILHA 2RKIA 4OLBA 1QTMA 3O1WA 3L4IA 3RRHA 5KQ8A 2VCPA 3THYA 4CJVA 2QKBA 1RILA 4H5RA 2OA8A 3LDOA 2A6AA 4A61A 4O8KA 2P5OA 2G8IA 1FK9A 2X74A 3PX4A 3AVGA 2X78A 4ZTFA 5CR4A 4DTOA 4BGBA 3MX5A 4FCYA 3TSUA 5EY4A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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