1IXCA

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
294
structure length
289
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLEIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSAKD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Dna binding protein
molecule keywords LysR-type regulatory protein
publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
source organism Cupriavidus necator
total genus 91
structure length 289
sequence length 294
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1ixcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1ixcA02
4WCGA 1F1ZA 5LRRA 2DSFA 1R5GA 4MQVA 3KJ7A 4I7HA 4EM1A 4RPOA 2PMHA 1BI3A 2O1LA 5L3DA 2LSOA 3KEQA 1ZARA 3M9AA 5CBSA 3RLFE 1UFMA 3VXBA 4ZZDA 1KYZA 3LBSA 3I58A 3IWFA 2P6TA 3J81K 1AIVA 2XXWA 5EEHA 1XSVA 3JAMZ 1USTA 2P7VB 2XHKA 5A2QK 5BS6A 2IP2A 3I59B 4MQ9F 4L0YB 4BDMA 2O6GE 2UYFA 1MXVA 1UIVA 1H76A 2EB7A 1WDNA 1IXRC 1EH8A 5CM6A 3I5UA 2MH9A 1HSJA 4FX0A 5LOMA 3ISPA 1D3KA 2UVIA 5DD4A 2HDCA 2EFPA 3WTVC 2ZKZA 1R23A 1OIBA 3UGWA 5L3GA 4IRIA 1RUOA 1Y3NA 4EQ9A 2A5YB 5K1YA 2Z23A 3DM0A 4Q30B 5L9OA 4RB3C 3EPEA 3Q26A 3S9LC 5ELVA 4KCCA 3FVKA 3PMWA 1EH6A 3CFZA 4U23A 3BDDA 1MDMA 4H65A 4YICA 4N9IA 1YS7A 4ISUA 4CGZA 1Q1HA 5DEQA 5L9MA 3HTUA 3E97A 1RNLA 4POWA 2QQAA 1WWXA 1Y0UA 2XKOA 2IA4A 4S04A 5HDNA 1LB8A 2FU4A 2BV6A 2CSOA 3H06B 1FBUA 1US4A 2H6BA 1O7TA 1P1QA 3IOVA 2RC7A 3HHHA 5DV5A 1TFDA 2STWA 4IO3A 1LCFA 1P4WA 3EF7A 4M9XA 3WE3A 2EA2A 2RINA 2ACJA 3JYRA 1T38A 2P1SA 3KN7A 4WF2A 2BYVE 3CO6C 3BOQA 3GZ5A 3C4MA 2QZ8A 1OYWA 5AA2B 3C35A 2B3FA 3GFMA 3SFZA 3FX3A 3HSFA 2XAJA 1YS6A 4NEDA 2XAGA 1H9TA 1SYHA 4YU0A 5L9SA 3C36A 2ZMEB 1XSXA 3MQ0A 4H67A 2NNYA 4HOBA 4YKKA 3VFZA 2HYFA 4F19A 2KIUA 3FV2A 5ILUA 4F1VA 1V4RA 4O3BA 2H9BA 3IOUA 3PD9A 4GRKA 4HX7A 3RTWB 4RAZA 1N04A 5B70A 2VOPA 5DVJA 2ZNYA 2XRNA 1WQ2A 2QL3A 1TTYA 1IN7A 1U5TB 3MPLA 2RQPA 1PUEE 5JVTA 2J5PA 4LFUA 2EJRA 4BHCA 5JR3A 2YJPA 4RB1A 2QM3A 4WXCA 3MZ9A 3HRUA 2GXGA 3K02A 3IKTA 1TXFA 2NXOA 1B0LA 2ZNZA 1TW3A 1MY1A 3BPXA 3MEXA 3C33A 5K5OA 1YTYA 3G3ZA 3R0AA 3ILUB 4QFPA 2FA5A 3FM5A 4D0PA 1BI0A 2I48A 2IRFG 1A40A 1S7YA 3VLUA 3SEXA 2EFNA 2I58A 4MEYF 4HF0A 1W5TA 2ZYMA 3ERED 4JQFA 3SETA 5FFXA 1QPMA 1HSEA 2Q9TA 1Z91A 2PFBA 3F72A 2YX7A 1JEVA 5K5QA 3MAMA 5L3EA 4U7DA 4AB5A 2HEOA 4XKQA 2NVUB 2Y7WA 1ZTYA 3K2DA 2EV0A 4NE4A 4YB6A 3TELA 3RQTA 2XIGA 2GHAA 3EDPA 2UYEA 1MKMA 4UVBA 1R9LA 3MZ1A 4O3CA 4AIKA 4GGGA 3HOSA 1HBXG 4ELRA 3O6HA 4PE5B 2NUVA 3WODF 4X1DA 5HS7A 2QWWA 2ZBKA 3IJOB 1JW4A 4F3BA 2D1VA 3U1DA 2MBFA 4BYYA 3N6TA 2QENA 2K86A 1YQAA 3BJAA 4YZZA 3V7RA 2UVJA 4ZS9A 4OENA 2ZCWA 1PB8A 1B7ZA 2OWSA 3KEIA 3M8FA 3BY6A 4N9HA 4JBZA 4GXAA 3SEWA 5KCJA 2FOKA 5E1WA 3R60A 4Y13A 2JT1A 1DPUA 2A3SA 1MM6A 2VOZA 1QKAA 5HLGA 2Z9OA 3V8JA 4MH5A 3F8CA 2YX4A 3GLBA 1MPBA 3MVWA 1EZPA 5DCMB 1QJMA 4NB5A 2Q2EA 3FUZA 4N07A 1PBQA 1MY2A 4IGRA 2W84A 1W7PB 2J5OA 3PQJA 1FLIA 4GVOA 4YB5A 1B58A 3RN8A 2DPUA 3PQKA 1JW1A 1B4HA 3PUZE 1RYOA 1ZJLA 3HO7A 3EQLF 3KETA 4PCQA 1Z6RA 3K6VA 1BBYA 4ELPA 3RJPA 4BDNA 4F1YA 1R58A 4A5MA 2ZMBA 2G7HA 2ETHA 3OO9A 3PUVE 1NL5A 4E0XA 3E6CC 4MFIA 5DCMA 5KVRA 4RK2A 1UQWA 1LB2A 4RK9A 2V1DA 3EYIA 4YAHX 5FD6A 2EFWA 2D1HA 2YPRA 3E3KA 4R79A 3CG1A 3LSWA 5DD8A 5CYVA 1MZBA 3M3FA 3OSQA 2A5TA 3V83A 2HZLA 3MP1A 2UVGA 3MVXA 1M5FA 3TTNA 5ICTA 1MQJA 2K4JA 1FP1D 2BE5F 1UTHB 3Q28A 4P9UA 1JHHA 3O2AA 5L8DA 3SQNA 2R9JA 3LAPA 1JHFA 4RJZA 2EWNA 2NAZA 3KG2A 4M1VA 1VFEA 2QBYB 4HS7A 1B3FA 4YKPA 3VEPA 3LAJA 1SMYF 3QOPA 2VOOA 5TJJA 4IVNA 3DXJF 1AH5A 1EH3A 2OD5A 4GFRA 1DPEA 2PX1A 4CYDA 5I2NB 3CLOA 3ECRA 1ZG5A 2XXQA 2RCAA 3IB1A 3Q29A 3TTMA 1DTZA 3QP6A 2BBYA 2I3WA 2HGCA 1ZLKA 3V5AA 1PB9A 4Y17A 2GXBA 1DPRA 4GYIA 5H8HA 3E9XA 4QFLA 2OQGA 4EUOA 3EQ1A 1U5TC 1B51A 5D5VB 3GVAA 1QUJA 5ICGA 3O3KA 1GVJA 1TQMA 1JEUA 1OQGA 2DP8A 3QU3A 3GXAA 3SDFA 3FIRA 2QSXA 5CVRA 2DPDA 1W4MA 5ITPA 3H3GA 2XXHA 3THIA 1J59A 1XGOA 2RDPA 5EYFA 3H6UA 4A6DA 3KZYA 3IO4A 5CMBA 3VLVA 3TQLA 1BLFA 1Z7NE 3TTKA 2XX8A 3GF2A 2HKXA 2ZNTA 2PMSA 5KDTA 2V25A 1LSTA 1POTA 3GW2A 1FY7A 4HW8A 3DP7A 3LUYA 2OA4A 4R8HA 2QYOA 2P5KA 5BPDA 2H6CA 1XSDA 1MXWA 1WVJA 5CVVA 4ZYEA 3V8LA 4UNOA 2HAVA 3GFIA 2Z99A 3MAJA 1H0MA 3K6XA 3RIRA 3C31A 4UHTA 2JTVA 1RKMA 3KP4A 5LGTA 1MQDA 1XVYA 2VE8A 5A5XB 5BPIA 4WK8F 1FQFA 4RYAA 5DVIA 2UZKA 4OEUA 1MY4A 1P4AA 2Y0MA 1YO5C 3ECHA 2P5VA 1YIOA 2R7DA 1L3LA 3MWBA 3T9UA 2XX9A 1H9GA 2ZXJA 2IPQX 2F5XA 4MEXF 1FWZA 3T1BA 4HW0A 4I98B 4JWXA 5AA4B 4DIGA 3ZS6A 4O3AA 2A6EF 4BAYA 3QK6A 2C6YA 4KA4A 4G9YA 2VD2A 1QZZA 2DAOA 1MJAA 2KJCA 3M8UA 1MGTA 1OLCA 1Z7UA 4RY1A 3T66A 3M8EA 1F9NA 3MZHA 3CO7C 1OVTA 2F34A 4F2OA 1ZHFA 3P9KA 4FX4A 2F8DA 3RYRA 1YPNA 4HV5A 3D4GA 4QSCA 2PMUA 2VXZA 2DXRA 3K4UA 1NNKA 3I64A 3K1PA 2EV5A 1ZRFA 5K5RA 3COAC 3PUXE 5H20A 2CFXA 1B7HA 1DTGA 1DP7P 2WKYA 2P6SA 2W25A 3KP5A 1NH7A 1HKTA 1MH3A 4U4SA 2OQRA 3O66A 1EV7A 3BROA 3WTUC 3U72A 5D5XB 2FRHA 1YW8A 2F6PA 4QSDA 1S29A 3WAFA 1XMKA 1H44A 1B52A 4EM0B 5AA2D 5TP9B 3UP9A 4RPNA 6PAXA 4S05A 2O61A 2HYGD 4H8JA 3N6UA 4NF8A 2GQQA 3HCQA 1P4XA 3T96B 1US5A 3ZMZA 2Q88A 3IOWA 4P11A 2ZYOA 1MXZA 2H09A 4QLCU 1N0TA 4RB0A 1FP2A 1QUKA 4BHBA 3VXCA 1LVAA 1M5DA 5TP9A 3RY3A 5J1DA 3FD3A 1TQPA 4LUBA 2I4BA 5H6RA 5BUUA 1CF7B 1B40A 4X48A 1WKMA 4IGTA 5LEKA 3TPAA 4AQ4A 2UXNA 4KDPA 1B3GA 1SW2A 3F6OA 4H0EA 3V4GA 2XROA 1CE2A 3SEYA 5CMKA 1YTVA 1M5EA 3UORA 3JW4A 1USSA 3EYYA 3ZMUA 4ENMA 4MNUA 1R36A 3CG3A 4N6PA 4OHNA 2KLFA 2VBYA 4FEBA 4P55A 1JVYA 2R6GE 4HX4A 1I6QA 4GF8A 3TO6A 3G73A 4F3PA 2VODA 4G68B 3TODA 3L09A 5E1ZB 1R1TA 4LMYA 5LGUA 1O64A 1B0HA 2GWRA 1XGNA 2H25A 3QIMA 2VT3A 2Y75A 1ZKBA 3MUQA 1LDDA 2Z8FA 3MPKA 2WWYA 4AWXB 1FBQA 1PB7A 2I0CA 1R1NA 1KU9A 1SW4A 1R5HA 4O6JA 3LA2A 3LA3A 1URSA 3IL1B 1KWHA 4WX9A 3EHSA 4NHJA 3S2VA 4LK1F 2DU9A 2V84A 2L02A 1II5A 1RZ4A 2THIA 1R1VA 1YFHA 2Y84A 2CYYA 4HTGA 3FJGA 3KLOA 3VV5A 2JRTA 3VODA 4WEDA 3M3KA 2FNAA 2FBKA 4FORA 1B59A 2FEZA 4BHPA 1O3QA 1O3TA 5JTYA 2ZJ2A 2XV4S 1G3YA 4KQPA 1G3WA 3EHTA 3TDUC 5EHMA 2L4MA 3LWFA 4OFLA 4BXUA 1RUNA 2TDXA 1FT9A 4AVPA 4B8XA 1O57A 1KU2A 3GEZA 3IRQA 2GIVA 2DXYA 4GL0A 4L9JA 4ZECA 4XRFA 1S8NA 5BQTA 3IL2A 4M71A 5J6XA 1BI1A 4FIMA 4AIJA 1PBPA 1BI2A 2O6AA 1MXXA 5AIPA 1W7PD 4GD5A 3ULQB 3LC8A 3F8BA 4ZEDA 1SFXA 1K7AA 3WE2A 4KHZE 5E8GA 5LHIA 1JW5A 2F5DA 3D0SA 3LSXA 3TMGA 4YFNF 3SKPA 1RI7A 5HLIA 1S7AA 1ZAOA 4EQ7A 5DVFA 5F64A 5JEIA 2GRVA 4XSZF 4F7ZA 4Y15A 4A12A 2OLBA 5JI6A 4F3SA 4P9FA 4GQOA 2E7WA 2LF7A 2ALUA 4PFUA 1HKSA 2E1CA 2W85A 4HYEA 1Z6TA 3IC7A 2DWAA 1FYMA 1FOKA 4E0WA 1B2HA 2HQ0A 1USYE 2GZWA 4HAMA 3JAMK 3HRMA 1NNFA 1I6AA 2I4CA 3ABUA 1O3SA 1A04A 3VVEA 2F5EA 3KZGA 3QAXA 5FO5A 5IAIA 1O3RA 3QSLA 4TLLB 3EETA 1WRJA 2M8CA 3DP4A 2FBHA 3ODBA 1W5SA 1B5IA 2I3VA 3DP8A 3N26A 2DQRA 4BDLA 1P1NA 2F78A 3FMRA 1XDSA 4EGYA 4QFNA 3OMBA 4TQUQ 4CICA 3I59A 2FXAA 4R6KA 3T9HB 4LGWA 1TWYA 3RT8A 1SQYA 3KP7A 3N94A 3U1OA 3WTYC 4F29A 3WU0A 4ASNA 2H5YA 4XBFA 2G93A 1Z9CA 2AIXA 2DOJA 3E6BA 1Y1ZA 2A69F 3JTHA 3SEVA 3FJ7A 1P99A 2RCBA 1ONVA 4H6DA 3CJNA 1Y20A 4L5JA 3TDJA 1D9VA 4F1UA 1B7UA 1L5TA 2H94A 4DZ1A 1U6GA 4WKMA 3O6BB 1D8KA 2BEOA 3KCCA 1B46A 3KJTA 3V8KA 1SMTA 2V1XA 3B6TA 1YAEA 3W6KB 4Q47A 1R7JA 2IA0A 3I3VA 4L17A 3VFJA 2A07F 2Y7RA 4GIZA 1I6BA 1F4KA 2XAQA 1UB9A 3ZKLA 3PPPA 4EM2A 3RPQA 4A5NA 2YR2A 2F36A 1QNTA 5FTHA 3WGIA 4G68C 4OQOA 2CMOA 4KCDA 4P0IA 3FVOA 3RYPA 1ZRCA 1OQHA 3F22A 1PDNC 1GXPA 1FQCA 2P7CB 4OINF 3FV1A 1WODA 2QS4A 2NOOA 1LB9A 5AA2A 3GWZA 3K6UA 3W15C 2ESHA 5FLXZ 3LQQA 5D8LB 2O68A 1DUXC 4XXUA 4U1OA 5AIQA 3TCFA 5I56B 4GLIA 4RGUA 2DWJA 2QUFA 2Z3YA 2PI0A 4R75A 2ZMEA 2REJA 2ONSA 3MQ9A 4JB7A 2Q8JA 1FSHA 1ATGA 4H1XA 2UWMA 2E7XA 5K2XA 5AONA 2FQ3A 4L18B 3TOBA 1IN6A 2I6EA 3KBRA 1SFUA 3PPRA 4ZE9A 2A61A 2XXVA 4JSOA 4R72A 4LG0B 4TLMB 4M74A 4L0ZB 3DKWA 4RB2C 1U5TA 1GHCA 4AB6A 3IWZA 3G3FA 4UVAA 1B6AA 4KYWA 1F9BA 4EXKA 3BFUA 4PGHA 1T39A 2QS2A 1BIYA 4TV7A 4FJPA 3QP5A 1DSNA 3H3ZA 3TZAA 1B4ZA 1D5VA 2F5FA 4IRGA 4NQWA 4IO7A 3HN0A 3J7AO 3ZKKA 3KGCA 4R73A 4LB6B 4KMFA 2VHAA 2QPQA 5HVQC 2Y48A 2O3FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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