1IZ1A

Crystal structure of cbnr, a lysr family transcriptional regulator
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
MEFRQLKYFIAVAEAGNMAAAAKRLHVSQPPITRQMQALEADLGVVLLERSHRGIELTAAGHAFLEDARRILELAGRSGDRSRAAARGDVGELSVAYFGTPIYRSLPLLLRAFLTSTPTATVSLTHMTKDEQVEGLLAGTIHVGFSRFFPRHPGIEIVNIAQEDLYLAVHRSQSGKFGKTCKLADLRAVELTLFPRGGRPSFADEVIGLFKHAGIEPRIARVVEDATAALALTMAGAASSIVPASVAAIRWPDIAFARIVGTRVKVPISCIFRKEKQPPILARFVEHVRRSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Dna binding protein
molecule keywords LysR-type regulatory protein
publication title Crystal Structure of a Full-length LysR-type Transcriptional Regulator, CbnR: Unusual Combination of Two Subunit Forms and Molecular Bases for Causing and Changing DNA Bend
pubmed doi rcsb
source organism Cupriavidus necator
total genus 92
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, P, Q
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 1iz1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 1iz1A02
1E2XA 4HF1A 4R72A 1YIOA 3V89B 2FSWA 3B6WA 4A0YA 1R58A 4G68A 4ZYEA 4UNOA 3LSWA 1B2HA 3LUYA 2QMXA 2YPNA 3T9VA 2IA2A 1F1ZA 1OPCA 1QKBA 1Z6TA 3HV1A 1WVJA 1MQIA 3IJOB 3HRUA 3ZP5A 2HAVA 1DPRA 4GFRA 1TNTA 4BDQA 3EDPA 2ANJA 5EEGA 1A8FA 4YIIA 5HS9A 1S7AA 2ONKE 3C18A 2ACJA 2VODA 5H8SA 3L00A 2XX9A 2DXRA 3MBPA 2VN2A 4KNYA 4S05A 1O3TA 4P9UA 2O61A 1Y4CA 3AAFA 3O2PE 1R23A 3SZPA 1FWZA 2HTSA 3BOQA 3M3KA 2ZMEA 3KP7A 1YYVA 4UHTA 1B3LA 2H4IA 4BDRA 1T6SA 1B59A 4BDOA 1AWCA 5LEKA 1W7PA 4FX4A 1SBPA 4Y15A 5BPIA 4HOBA 3F6VA 4RS8A 5LEJA 4HX7A 5TRDA 3FM3A 4Q5TA 3V83A 2NOOA 1FQFA 4HCWA 2CQKA 5D4SA 3ERED 4BHCA 3TO6A 1IEJA 1LFGA 2FQ3A 2QBYA 4ZYGA 1USYE 1PP7U 5E17F 2A61A 4H6DA 5LOMA 4MEXF 4M73A 2R7FA 2NNYA 1U6GA 3R0JA 3E13X 1S7YA 4YU0A 2ZNTA 4CGZA 1B4AA 1USSA 3J80Z 1AOYA 2VT2A 2EA2A 4L5IA 4X1BA 3PPOA 1FBQA 5A5XA 3DQVC 2Q8JA 1KQ9A 1REPC 4UV9A 2DSFA 1MM7A 3WTYC 5I59A 1Z9CA 3EYYA 1A40A 1DMBA 4S04A 3LQQA 3FIRA 2XROA 3UIFA 3V8LA 1SAXA 2FNAA 3KP6A 3ZMDA 2F78A 2PT1A 1QGPA 2IW5A 1YS7A 3GWZA 1FQEA 3GYHX 1NFTA 1JEVA 3CG3A 4ZZLA 4C1TA 2OK2A 5A2QZ 5FLXK 1B3EA 2EFWA 1ZLJA 1FYLA 3ZMVA 3B73A 2P5KA 4ASNA 1H76A 3FMQA 4RB1A 1BI1A 2GHBA 1SFUA 1L3LA 4I09A 3VVDA 2IVMA 4OERA 5ICQA 4R73A 2W85A 4AD9A 2XXUA 3JSOA 4GL0A 5AA1A 1EH3A 4ENNA 4H8JA 4ZEDA 4E0WA 1P1UA 3BZ6A 3TQNA 2BE5F 3IJXB 2G29A 5TPAA 2Z3YA 1N7XA 3F8CA 3EYIA 4G7ZF 1SW5A 3IO6A 4IGRA 1ZRDA 2FEZA 2NWJA 3Q26A 3OOPA 4F39A 1MZBA 3PMWA 1FY7A 4UVBA 1KGSA 2O03A 1T38A 3CUQA 3Q27A 3QOPA 4NWDA 2V1UA 3CFLA 5D8KB 4HDUA 4F2QA 2XAJA 4QFNA 1KQ0A 4WKMA 3HUGA 4IO2A 2H6CA 2WWYA 2FNPA 2ZMBA 3VV5A 5LGTA 4LQ5A 2H6BA 2NS0A 1KU7A 4GQOA 5CBRA 1WODA 2JSCA 3WGIA 1I27A 1S50A 2A6HF 2VBYA 2OLBA 4ZH4F 1GTKA 3DLNA 4WK8F 4L17A 2FBIA 4I98B 3V7CA 4I1DA 3U9GA 5FGMA 4IRIA 5BPDA 1ZG5A 1Y3QA 4R2BA 1T0FA 1K79A 4U4XA 3SESA 1R1NA 2UVGA 5FHNA 1RYOA 5ED4A 4ENMA 2P5LC 3U2RA 1RKMA 1B5HA 1DP7P 2GHAA 3A09A 1J5YA 1XC1A 3F72A 3SEXA 1TFAA 2KRFA 5JHUA 2OZ6A 4MNUA 1UIUA 2F5DA 5I2NB 3CFZA 2ONSA 5L8DA 4Z2YA 2R6GE 3K1PA 1B7ZA 4PZJA 4Q8RA 1RZ4A 2GH9A 1GVCA 1R1UA 4G77A 2CWEA 1Y0UA 2V84A 3JAMK 2STTA 2IA1A 1UHWA 3MAJA 1AH5A 4XKQA 1O57A 3RT8A 2GA1A 1NMUA 5F6FA 1B32A 3MWBA 2HXWA 1B6AA 4QFKA 2FF4A 5JVTA 3HSFA 3D4GA 4QHQA 3GFJA 3U72A 4OWDA 4LLNA 5DD8A 3DEUA 3LBSA 3BP8A 3Q5FA 1HBXG 1SW1A 1O7TA 3PPRA 2Y75A 2RDPA 5LHIA 3UGWA 1B9NA 3BJ6A 3I53A 2DE4A 2XAFA 4O3CA 2W25A 3ODBA 3TELA 3OENA 4HAMA 4QLCU 3O6GA 5HM4B 4MBPA 4WXJA 1XOCA 5EEHA 1OVTA 3U1OA 1B4ZA 4F2OA 3JYRA 3PMXA 4FECA 5HLGA 2ZJ2A 3OELA 2FMYA 3BDDA 3RY3A 4U23A 3EUHA 1EZOA 3VEPA 4L0YB 3MZYA 4AVPA 1BC8C 5FHOA 3N4MA 2BYVE 4IY6A 5ILVA 4MHGA 1ZHFA 2OBPA 4L0ZB 5CVRA 2FMLA 5J1DA 3QPTA 4Y13A 3OSQA 1MY3A 2VHAA 2DLLA 1J0RA 1Q1HA 5ILSA 4MTDA 3G3HA 4QFPA 2MH2A 1VSOA 1D3YA 1F9NA 1BBYA 3RLFE 4WWCA 4HF0A 1M5FA 1UTHA 4L9TA 1B4HA 3C36A 2DT5A 3H6VA 4FEDA 2DPDA 2RC9A 1I6BA 5ICGA 3WODF 3GX4X 1PEBA 1N3WA 1T98A 4NE4A 4M72A 2GZWA 3FJMA 1PC3A 2FBKA 2DWIA 5H8HA 1TNSA 2JPBA 4M1VA 2DOJA 3WE2A 4DZ1A 5FFZA 3LA7A 1LAXA 2K7LA 1MPBA 4OIPF 1NL5A 1K6OA 3OEKA 4IF4A 4E0XA 1FX7A 1BIBA 4F22A 1MXUA 3ZMTA 1HSEA 2QLZA 4ECFA 4OESA 3FJGA 2GFEA 5FTIA 2Y7WA 4TV7A 1OYYA 4RGXA 4YB6A 1OYWA 2X4HA 5JFRA 3UK4A 3ZKKA 2XXPA 3KLOA 5LLQA 1JW5A 4TOZA 2PFBA 3V7SA 1YTYA 4QSEA 5CVJA 4M9XA 2Z33A 2M87A 1DDNA 2CG4A 1YAEA 3A3UA 3HCQA 4LG0A 1IQ7A 1H3DA 1ZREA 4P9FA 3N97A 1IN8A 3BFUA 3G3GA 3TZAA 1MDMB 3M9AA 2YX7A 3GUDA 1LDJA 4ZEKA 1FPQA 3TTKA 4IO5A 1XHYA 5ITOA 1B0HA 3U8QA 2RKMA 3O6BB 4OFJA 1CGPA 3TQWA 2E0SA 2PQ8A 4HQEA 3FJ7A 2GXBA 1U5TB 3V8JA 1QKAA 2W84A 2I4BA 3MZBA 1LJ9A 5CI5A 1SD3A 1AL3A 2KIFA 5HDNA 3Q9VA 1NNPA 4OXVA 4CXFA 3WGHA 3C35A 4ESWA 2Q0OA 4GYIA 3KOTA 4R6HA 5K5QA 4ENKA 2M45A 3KE2A 4OU0A 3B02A 4KIFA 3GF2A 2QENA 3FWEA 5CYVA 4WCGA 3FVKA 3DV8A 5J8FA 4A2UA 4NF4B 3F23A 3HRTA 3T1BA 1SI1A 3B6TA 4EJUA 1FCKA 1OLCA 5K2YA 1L0OC 4EGZA 4Z0IA 5BMZA 4GD5A 4U1ZA 3VFZA 1PDAA 2DQRA 1POTA 1MXVA 1UTHB 1UFMA 3HN0A 3GEZA 2GQQA 2X7QA 4DXBA 4EJOA 2EWNA 1N7WA 2XXXA 4LQ2A 3SFZA 5AIQA 4OYVA 4R74A 3C9HA 4OFLA 4A12A 3L2CA 3FX3A 1VE4A 2DS9A 3ABTA 5DCMA 1MM6A 1LDKB 4GWOA 3R7XA 2O8XA 3DP4A 4ZZDA 3QYTA 5AA3A 4RNSA 4NF6A 2HQRA 4P96A 1ZJLA 3KCCA 4O3AA 3EPEA 5AA4A 4F3SA 1J9IA 3NQOA 3QP6A 4Q4ZF 2UWMA 3KOSA 1FP2A 3R6SA 4H5GA 3ONMA 1P6RA 2VE8A 3W9WA 1U5TC 1F4KA 2Q2EA 4WXDA 1HKSA 3O6IA 2XD3A 2OD5A 1FTOA 1XB4A 4D0PA 3T9XB 2JTVA 1P1OA 4M74A 3FASA 1FBUA 1NNFA 3ABUA 3HTSB 2EV0A 4IO6A 4RXLA 3RUMA 4MGRA 2ZNSA 4F1UA 1P92A 3KETA 4LLGF 3MVZA 3OMBA 1TQIA 3H6UA 1O64A 3H3ZA 3BROA 4DQ2A 1ZARA 3P7IA 2UYEA 4IJAA 5DYMA 2Y7PA 5JEIA 1XT8A 3FD3A 4HQMA 5L9SA 1WSUA 3SETA 1C0WA 4AIKA 5I2KB 2FE3A 4QSDA 1H9GA 3E6MA 4A0ZA 3LA2A 3EQLF 1LAFE 2I4CA 2ZKZA 1WDNA 1FT9A 4IRGA 3OSRA 2UZKA 1CF7B 3L6GA 3CG1A 1BP5A 2QQ9A 4RB0A 3OEMA 4NQWA 2Y7KA 3DM0A 4POXA 4WX9A 1BTJA 2RKHA 4HV5A 2GXGA 3FMRA 2FA7A 3SXYA 1ANFA 3HRSA 3CR9A 1SQYA 4EUOA 3VFJA 3H3UA 3MQ0A 2VC0A 4XKRA 3LFKA 3T66A 2FNCA 4FT8A 4EM2A 3JTGA 4Q0CA 4EXLA 1N0TA 1IN6A 1TBXA 3T0YA 1BC7C 1IUDA 5L3CA 5FTHA 5CMKA 4N9HA 4G2ZA 2KIUA 3Q29A 3MPKA 3QK6A 2HWVA 1Q1KA 2QS2A 4GRKA 3ELKA 2PBWA 4KN4X 4LB6B 3ZMSA 1R9LA 3N6TA 3L6HA 2NYXA 1MS7A 4X48A 1LB2A 3SEWA 1WKMA 3LWFA 4RJZA 2OQRA 2A5SA 1ZRCA 1Y9UA 2O7UA 4EV0A 1S9TA 4U88A 1DSNA 4KIBA 5FFXA 2E7XA 1ZGJA 4IO7A 1LBBA 4WXHA 1M5DA 3UP9A 2M1BA 1MY2A 4ELQA 1Z91A 4HA8A 1IXSB 2DWHA 1MQHA 4CDGA 3GFMA 3TTRA 3FXQA 1MG1A 2TDXA 3BKIB 3MCZA 5HDGA 2P2AA 4I62A 4PQJA 5DVIA 1BLFA 1XVYA 3E3KA 3WTSC 2CSOA 1US5A 1ON2A 2L54A 2VP1A 4U0WA 2M30A 1MJBA 2HFBA 1LEBA 2UXAA 4EJWA 3E5QA 1NHAA 4G6QA 1J2XA 3C1DA 5HLIA 2J5PA 1MY4A 3PPPA 2Z99A 3IX1A 1BM9A 4OIQF 2DWAA 3JV9A 5BWJA 4ETSA 1ZG3A 2QM3A 5BS6A 2ISZA 2O1MA 1LAHE 2RC7A 1OQHA 5ICCA 2H9BA 2LDUA 2O0YA 3WTWC 4DNCA 4LP2B 5L3BA 1WQ2A 2VOOA 2Z22A 2QYOA 3HIFA 4ENJA 5ICTA 4L5JA 5TJJA 3V5AA 3MZ1A 3FGSA 2PLYA 1EH6A 3BPVA 4HTGA 4EVIA 3VB2A 3I0TA 2RCAA 4WXCA 4EF2A 4IO3A 3T22A 4RY1A 3HHGA 3VOEA 3MVYA 4R6KA 5H6RA 1L5TA 3ZMUA 3RN8A 4IGTA 3G3IA 1LDDA 2QZ8A 5H8QA 1IZ1A 2P0SA 2ZNUA 4EQ7A 3IORA 3TCGA 1XN7A 4QFLA 3KEOA 5ERIA 2OJTA 3IWFA 2XAGA 1G3WA 2ABHA 4RPNA 3FMSA 3USDA 1URSA 3V8XB 5EHSA 3DFGA 1POY1 2XAHA 3PV0E 1BI0A 1UCRA 5ISUA 4HW0A 5L3GA 3CLOA 3I58A 2O1LA 3RTRA 4LUBA 4H1XA 3QP5A 1P4WA 4H0EA 3GZGA 4HCYA 1WI9A 4IVNA 3K9TA 4LLLA 4U7BA 3BJAA 2QSXA 1B05A 5LRSA 2G7UA 2Z9OA 4FIMA 3VVFA 4KCDA 1GV8A 4C1UA 1LCTA 4ZS9A 5FLXZ 1XVXA 4G6DA 1N84A 1US4A 5FD6A 1I1SA 5I2NA 3E4RA 1MXWA 3HOSA 1RUOA 1ZIUA 1URGA 3IKVA 2DWJA 2YJPA 3G7WA 1OQGA 2VC1A 1OMPA 3HO7A 1AOVA 5J8CA 3ZPLA 3TMGA 4M4GA 2UXXA 4F3BA 4OVJA 4IRHA 2DXYA 2HR3A 3IKTA 3PFIA 4G94A 1K7AA 3I71A 5IKBA 2UVJA 3LQRA 5KCJB 4KYDA 1ZYRF 2PMUA 3K69A 4HYEA 5DTBA 3W9VA 1FTLA 2LKPA 1U2WA 3K2DA 4M9ZA 3PQKA 1FQAA 3K1NA 4I7HA 2XX7A 1H9TA 3IAZA 1DPEA 3KN3A 4DXUA 3O97A 1OKRA 5CVIA 1JXSA 1AMFA 3I64A 4BNCA 2NNNA 4XLNF 1NNTA 2Z23A 1UB9A 4OOIA 3B7DA 2VE9A 4BYYA 5CVUA 1IXHA 1JHHA 2KIMA 5D5UB 1D9VA 2P4WA 2K02A 2HEOA 2Y7RA 4ZDMA 1P1QA 3EF7A 5D6EA 3CI8A 2A3SA 4R8HA 2VD3A 1R9QA 3KEQA 3CO7C 2HAUA 2V93A 1GXPA 2H5YA 4YIFA 3QU6A 1I6XA 3O6HA 1URDA 3IB0A 3P7NA 3C34A 3RTFB 4KYEA 3L9FA 1SYHA 3F6OA 2EJRA 1HSJA 2XIGA 4G8NA 1IW7F 2BGCA 2ZYOA 4N9IA 5LGNA 2HYFA 3V8KA 2M8CA 4XLPF 4OMYA 5H8QB 3GXOA 1A7LA 1MH4A 2O68A 2Q9TA 1R36A 4G9YA 2I0CA 3DF8A 1B52A 4NWCA 4O6JA 3K6WA 4JDFA 4M71A 1EH8A 5CMCA 2E7WA 3HSEA 2XV4S 5E1XA 2O6AA 5ICFA 5I57A 4MQVA 1TW2A 4N07A 1BN5A 2MA3A 3TOAA 2OBGA 4E70A 4UACA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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