1J53A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 8.5
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 58
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j53A00
3JYTA 1D9FA 1B9FA 4ID1A 1U4BA 2NUBA 3CYMA 2QKBA 2BANA 1A5VA 2OA8A 4FW1A 4KHNA 3OYLA 5J2MA 1O1WA 2YV0X 3M8RA 4FLXA 3TAPA 2IC3A 3PY8A 4F3OA 3LAKA 3LWMA 4FLWA 2G8WA 4QOZB 4FM0A 3IRXA 5DK5A 3OYCA 2W42A 1QHTA 4GVMA 1Y97A 4OKJA 1DLOA 4B8CA 1KRPA 2Z1GA 2ZQBA 2AJQA 1NKEA 4H4MA 2G8UA 1C1AA 1LAVA 3AVNA 2P5OA 4DU1A 4QAGA 4M3RA 4DFJA 1RTIA 4CFBA 4DLEA 4M42A 1IKXA 3OYJA 3QEXA 2OPPA 5J2QA 4KRFA 3U3YA 4KO0A 2X6NA 1RT3A 3L2UA 4CF8A 4KHYA 1RNHA 1S5JA 1WSHA 4IFVA 3DLRA 4FLZA 3ASMA 2KQ2A 3LPUA 5J2NA 4DSEA 1RBTA 1IKYA 1B92A 5E41A 3SYZA 3TAGA 3TARA 4M3UA 4DG1A 4CGFA 3HP9A 3K5OA 3M8PA 1N6QA 4F2RA 1HNIA 2YHAA 4C8MA 3AO5A 1LWFA 3HJFA 4CJKA 3AO3A 3CM5A 1NOZA 3V9UA 3E01A 4CIEA 4IKFA 2RN2A 3SUQA 3RR8A 3QLHA 4DTNA 4FZXC 3SQ1A 4LH5A 1NOYA 2OYQA 4FJ8A 1CXQA 2ZE2A 2YHBA 1FXXA 4FLVA 4I2PA 4J2AA 3V6DA 4RG8A 1RDCA 1XC9A 2ETJA 3F73A 2E6MA 4KKOA 3OYKA 1RDAA 3AVBA 4FZYA 1S1TA 4CECA 1TKZA 1WSFA 4AILC 1BI4A 2BGGA 1T05A 4NCBA 4RW9A 4C8NA 1L3UA 1HMVA 4FJIA 1K6YA 4CEAA 5HRPA 4M3ZA 2FC0A 3KKSA 3PUFA 3SV4A 3OS0A 4FLUA 5HRRA 3MXIA 1VSDA 3K5NA 1QQCA 4M45A 2D0CA 5C42A 1TKDA 4QCLA 1L3VA 4M41A 3SUOA 4CJSA 3EZ5A 3HM9A 3DRSA 2PZSA 2LSNA 4KI6A 3CFOA 4IG3A 4AHRA 3MAQA 4DQQA 4LD0A 3ZSVA 2O4GA 1HYSA 4CHNA 4ID5A 4B3OA 1EP4A 1EKEA 3PX4A 3T3FA 3EYZA 4N41A 4FVMA 1VSEA 4Z4CA 2PYJA 3L2VA 1TKXA 1QS4A 3C95A 4CCHA 3TAMA 4EZ9A 4KHQA 3AVJA 2FBVA 5J1EA 3SI6A 3U6FA 2KFNA 4YNQA 3HPHA 3ZSWA 4FJ7A 1JL1A 1RT4A 3I8DA 4FZZA 1U49A 4KB1A 1RDDA 1UWBA 1KVCA 3PO4A 2BE2A 3DYAA 4O55A 3OS1A 4IDKA 1TVRA 3MECA 3VQBA 2OPQA 3K59A 2Y1JA 1HNVA 4EZ6A 4HCCA 4BDYA 3L2RA 5HRNA 4HTUA 1RT1A 1RBRA 2P51A 3ZT4A 4IG0A 3TAQA 1R0AA 3QO9A 1KTQA 1L3SA 3V4IA 3QETA 5I42A 2OZSA 3OYMA 4FLYA 4KI4A 3ITHA 4FJKA 1BCMA 1S6QA 3C6UA 3OY9A 4CJPA 4DSKA 4XIUA 4DSLA 2B5JA 5CY4A 2D0BA 4CHZA 5HLFA 1X9WA 1NJWA 4DQPA 1A5XA 1L3TA 4FM1A 4RW4A 3HPGA 4CGGA 1WN7A 1S6PA 2IGIA 3LALA 3NF6A 4IBNA 1D5AA 3ULDA 2G8FA 2HVIA 3ZSQA 1B9DA 4DTSA 5CZ1A 3AVHA 3A2FA 4E1MA 1W9HA 3V1OA 2HW3A 3ZSXA 3KTQA 1A5WA 5C25A 1DTTA 4E7JA 1RT5A 3QESA 4N76A 3ZCMA 1S1WA 4FM2A 3V81A 5HP1A 5FRNA 2HNZA 4BE2A 2X6SA 3CM6A 4B9MA 4OLAA 4GMJB 5KGXA 5DMRA 4W5RA 2VG7A 1HYZA 3C94A 1WSGA 4CJWA 3NCIA 3SNNA 1NK6A 3IS9A 1ZBLA 4OJRA 3FFIA 4CF9A 3V9XA 3SV3A 1QSSA 4O5BA 5KTQA 2R7YA 4CK1A 3TAEA 3HPOA 1TL1A 3B6PA 4DLGA 4DFPA 1VK0A 2Y1IA 4DU3A 3AA5X 2A1RA 3DLHA 3MEEA 3RMAA 2O4IA 1TL3A 1TK8A 1BGXT 3HO1A 1SV5A 1KCFA 3G0ZA 2VG5A 3AVAA 1NJZA 2VWJA 3NDKA 2IAJA 5JS2A 4AHCA 2XY6A 3VQAA 4O0JA 1S1UA 1FK9A 4HHTA 1S9EA 2YKNA 2KZZA 4DTOA 3HT3A 1IH7A 3NE6A 4B9VA 4KTWA 3PV8A 2FBXA 3MXMA 3I0RA 4BWMA 4HUGA 1D8YA 4PWDA 2X74A 1YT3A 1TAUA 1J53A 3DOKA 1F21A 4MFBA 3NAEA 3VQ4A 4B9LA 4KB0A 3NGZA 3MXJA 3VQEA 4AHTA 4DTJA 1Q9YA 1TGOA 2GBZA 4N5SA 3NHGA 1BIUA 1RT2A 1W0HA 3VQCA 4C8OA 4KAZA 3RMCA 2IOCA 2WONA 3L2QA 1VSLA 4J2DA 3VQ9A 2QXFA 5EU7A 4KFBA 3QINA 1Q9XA 1RTDA 4WE1A 1VSIA 4CEDA 3VQDA 3NBPA 2XO7A 1C6VA 1JKHA 3T1AA 1U48A 3NH0A 1LW2A 1IKWA 3QIPA 3ZT1A 4JRQA 3PO5A 1VSHA 3VQ8A 3HVRA 4CJTA 4RW6A 4AH9A 1VRTA 2YNFA 4CHOA 3WNHA 4HUFA 3KJVA 3M8QA 3OYHA 3G10A 1CXUA 2D0AA 2G8HA 1J9AA 3P1GA 4B8AB 4E89A 4NCAA 4DTRA 3RTVA 4NCGA 4FYDA 2HHTA 3AVFA 3LPTA 1XWLA 4DTMA 2FBTA 2JLEA 4PUOA 2HMIA 4CEQA 3SQ4A 4DFKA 1SL0A 3L3VA 1NK8A 3PX6A 4Q5VA 1NK5A 4C8LA 3VQQA 4CGIA 4DS5A 2XHBA 3VA3A 2E6LA 5KI6A 4DU4A 3S3NA 2IDOA 3RR7A 3AVKA 3NF9A 5KGWA 4CGDA 4OVLA 4CJ3A 4FCYA 1C0TA 3THVA 1XI1A 1NK9A 4DSJA 2KTQA 3LP1A 3QNOA 1BCOA 1EETA 3U3GA 4NYFA 5JS1A 3F9KA 1VSKA 3SPYA 1QTMA 4LY7A 2EX3A 4W5NA 3EY1A 3OYAA 3DOLA 4DQSA 4OKEA 4FLTA 3TR8A 2G8KA 4FJLA 4OGEA 3V1QA 3NGYA 4DF8A 4B9NA 1ZBFA 4H8KA 3LWLA 3TABA 4FJNA 1RBSA 4CGHA 4E0DA 2YNHA 1HQUA 2JGUA 4FW2A 2RKIA 3DI6A 3H08A 2Z1JA 2ITGA 3DRRA 3D0PA 1HJRA 1JLFA 1ASVA 2GUIA 3LP0A 1JLAA 4CFCA 4CF2A 2XY7A 2F8TA 3I0SA 4DWIA 3CFRA 4Y1DA 4CE9A 4OPJA 1BHLA 3WNFA 4M3YA 2XY5A 2HHXA 3BGRA 3SJJA 4JS5A 3D45A 3NGIA 4DS4A 3S3OA 2Z1HA 1G15A 1KVBA 1ASWA 2DY4A 4FJGA 3NF7A 1X9MA 1WSEA 3SUNA 1I3AA 1RDBA 1ZBIA 5HROA 4YFUA 3C6TA 3CG7A 3OYEA 3HXMA 2QK9A 4ZTJA 2KZMA 2DTUA 3LZJA 3RMBA 1SKSA 4FJ9A 3M8SA 3S3MA 2E4LA 3AVIA 4CIFA 3OYIA 4F3TA 4PY5A 4NYNA 4RW7A 1JLCA 4Z0UA 2HHWA 1QE1A 1JL2A 4BE0A 1JLBA 4OPKA 3KD1E 4CJVA 3UIQA 4Z4EA 2IS3A 4FJJA 4IFYA 1L5UA 3LDSA 3DMJA 4KTZA 3KLGA 3OYBA 3K5LA 3O3HA 4E3SA 1REVA 4KTQA 1MU2A 4CEOA 4CJQA 3QEWA 2PYLA 3K2PA 3QEVA 3ZT0A 4CJEA 2DFFA 4E7KA 2OPRA 3O4NA 1IG9A 4FJMA 1C1BA 4CJ4A 3JSMA 2VWKA 3NFAA 4CESA 4CEBA 5SWMA 4CJUA 4W5QA 1BQMA 4AHSA 1N5YA 1RT7A 4B08A 2F96A 1C0UA 1HRHA 1SL2A 1JXEA 4RW8A 2D5RA 4R5PA 1YVUA 1NJYA 1NKBA 1ZBHA 1KLNA 5D3GA 5HRSA 1S1XA 3P5JA 2QKKA 1TK5A 4FK0A 1UOCA 1DTQA 3HP6A 2VG6A 4I2QA 3ZT2A 1SKRA 2HNYA 4AHUA 3SQ2A 3ZT3A 3RMDA 1TAQA 3V1RA 2B4JA 3AV9A 5K14A 1SL1A 4C8KA 5I3UA 1T7PA 1XHXA 1UA0A 5CZ2A 1HYVA 3L3UA 4N56A 3AO4A 1WAJA 3VQ6A 3LZIA 1CZ9A 2B6AA 3DRPA 1U04A 4ELUA 1HQEA 1UA1A 3DLEA 4CJLA 2PY5A 1C1CA 4B9TA 2KW4A 1CZBA 4PQUA 2Z1IA 3IAYA 4K8ZA 1TKTA 1J54A 4AHVA 3B6OA 4CJFA 1ZBUA 4LSNA 4DQRA 3OYGA 3KLIA 3V9WA 2YKMA 3AVMA 2GV9A 1SUQA 3SUPA 4CEZA 4CGJA 4FJ5A 2HHVA 3AVCA 4KHUA 3ISNC 4DTXA 1VSFA 2HHUA 2XRIA 3MEGA 3V9ZA 1RTHA 3DLBA 2DFEA 2HNDA 1BL3A 1KSPA 1RILA 1LAWA 3O3GA 1BISA 2FBYA 4E7IA 3WNEA 4DFMA 1QSLA 4Z4FA 1CLQA 4DSFA 1BQNA 3VQ5A 4BE1A 1GOAA 4M3WA 3RWUA 4DF4A 1XHZA 1S9GA 3OVNA 4E19A 4W5OA 1U45A 1IKVA 3SCXA 4CEEA 4KPYA 1X1PA 1S1VA 1GOCA 4HVJA 2BDPA 1FKPA 4CHQA 3TI0A 4M3TA 4ELVA 3HK2A 1WLJA 4CHPA 4N47A 4O4GA 2YNIA 3KKRA 1Q8IA 1C0MA 3ZSYA 2I5JA 3VQPA 3CFPA 3QEPA 4JS4A 4EP4A 2G8VA 1RCHA 3LP2A 2HHSA 2YNGA 4FXDA 3KK2A 5FDLA 5J2PA 3S9HA 1ITGA 4OGCA 2OPSA 4B9SA 4CFAA 1KLMA 4TSXA 1U47A 2OZMA 1SKWA 1FKOA 4E7HA 4OKKA 4OLBA 3QERA 4LSLA 4I9QA 4CFDA 4Z4HA 2Q3SA 1WNSA 4DTPA 1KFDA 1JLEA 5T7BA 1EX4A 1WSIA 3HSTB 3NF8A 3SPZA 4B9UA 4L8RB 3KK1A 1KVAA 4I7FA 5SZTA 1GOBA 3KK3A 1TV6A 1LV5A 4ELTA 1RBUA 1NJXA 4BDPA 1JLQA 2ZD1A 1VRUA 3AO2A 3KLFA 3QEIA 4O44A 4M3XA 3K57A 2DFHA 3O4QA 4I9LA 4CK3A 4JRPA 3HL8A 3LANA 1LW0A 4W5TA 4BDZA 1WSJA 3BDPA 1YTAA 4Z4IA 3V9SA 3ZSOA 3IG1A 3RRGA 2RF2A 3DM2A 4CERA 2P5GA 4LH4A 1T8EA 3NH2A 5HBMA 3ZSRA 3KIOA 4GW6A 3SQ0A 3TANA 4F8RA 2HVHA 3LP3A 4J2BA 3PX0A 4ZHRA 2X78A 2HB5A 5C24A 3SZ2A 3QNNA 5CYQA 4CHYA 1JLGA 1I39A 3DLKA 3OJSA 3TWHA 3VA0A 2KFZA 4BWJA 3AVLA 3NH1A 3O3FA 1YTUA 2G8IA 4HUEA 1T03A 5CYMA 3ZSZA 4UQGA 4FK2A 4KHSA 1IO2A 3AVGA 1ZYQA 4F2SA 3KD5E 4MQ3A 4Z4GA 3WNGA 2XY8A 3AA2A 4DTUA 1RBVA 2EHGA 2HHQA 1BI4B 4KHWA 4CJ5A 3OYDA 1WAFA 1ASUA 4CIGA 5KRTA 3MEDA 4FK4A 3QIOA 3K5MA 3VQ7A 4F4KA 4KV8A 4H4OA 3KLEA 4DQIA 1NK7A 3RRHA 4CJRA 5KRSA 1X9SA 3AO1A 3CQ8A 4K8XA 1NK0A 2P1JA 1QSYA 3K58A 4JLHA 1TK0A 4J2EA 1LWEA 3VN5A 4O0IA 3HVTA 3P83D 4PA1A 4Y1CA 5FROA 4CF0A 3TAFA 4Q0BA 3KLHA 1RT6A 4CEFA 3L2WA 1LWCA 1RTJA 3LAMA 3OYFA 1BIZA 4FJHA 1EXQA 3ALYA 5FRMA 3HYFA 3AA3A 1JXBA 4DMNA 4ICLA 4E1NA 1VSJA 1D9DA 1KFSA 4KREA 1UAXA 4E7LA 3OYNA 3T19A 4DSIA 1Z25A 2RPIA 3OS2A 1HPZA 4FJXA 2F8SA 1NKCA 3AA4A 3OJUA 2WOMA 3L8BA 4HCBA 2ATQA 4G1QA 4ZTFA 2A1SA 1VSMA 4EP5A 4CF1A 4BACA 1NK4A 4CK2A 1Z26A 1J5OA 3DLGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LM2A 1U4BA 2BANA 3VEOA 1A5VA 2OA8A 2P9SB 4KHNA 3M8RA 3QFPA 2YHYA 1YVNA 3LAKA 5DK5A 1NGIA 2W42A 2HOEA 3BEXA 2QXLA 2ZQBA 3VESA 2E2OA 1NKEA 4H4MA 1LAVA 4IEIA 4DUZK 4HWIA 5CHIA 4M42A 2ZF5O 4KO0A 4CF8A 2AP1A 3MN9A 4FSVA 4F9OA 4FLZA 2KQ2A 4GY2B 4K25A 4JI2K 1IKYA 1B92A 5E41A 3CPWM 3SYZA 4BVPA 4ILJA 3M8PA 1P8ZA 2YHAA 4CJKA 3KK7A 4H0YB 2RN2A 4LFCK 3QLHA 4FZXC 4JYAK 1QQMA 3SQ1A 1NOYA 4FJ8A 3GOIA 1CXQA 1IG8A 4H5TA 3VEZA 2NZTA 4MDAA 2ETJA 4KKOA 4FZYA 4CECA 1WSFA 1ATSA 2I7NA 2BGGA 4FWKA 4DB3A 1JCFA 1HMVA 3H3NO 1M1KO 4JI0K 3CPEA 3OS0A 1DT9A 5HRRA 5C42A 1L3VA 3SUOA 4CJSA 2VGMA 3CFOA 2NLXA 4DQQA 1YHQN 2O4GA 4B3OA 1K9MO 1Q81O 3VGMA 1N32K 1QS4A 1Q18A 1BG3A 1NGJA 3A8YA 3SI6A 2DPNA 2WUSA 3ZSWA 4FJ7A 5TKYA 2F9TA 1U49A 4JI4K 1IBMK 4G9ZA 1KVCA 3VF4A 4O55A 1I94K 4IDKA 3VQBA 2OPQA 3HBTA 3K59A 4HCCA 4BDYA 3A5MC 2P51A 2QWOA 3D2FA 4JKDA 3VF2A 4H0PA 4IO9L 1QVGM 3EL2A 5I42A 1KAZA 4FJKA 1BCMA 3C6UA 2B5JA 1NJWA 4X62K 1A5XA 4FM1A 3BY5A 4RW4A 4CGGA 2HVIA 4BR9A 1OH8A 4RTFD 2HSTA 3ZSXA 1HR0K 4PHTX 3BZCA 1JJ2M 3HI0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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