1J54A

Structure of the n-terminal exonuclease domain of the epsilon subunit of e.coli dna polymerase iii at ph 5.8
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
RQIVLDTETTGMNQIGAHYEGHKIIEIGAVEVVNRRLTGNNFHVYLKPDRLVDPEAFGVHGIADEFLLDKPTFAEVADEFMDYIRGAELVIHNAAFDIGFMDYEFSLLKRDIPKTNTFCKVTDSLAVARKMFPGKRNSLDALCARYEIDNSKRTLHGALLDAQILAEVYLAMTG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords DNA polymerase III, epsilon chain
publication title Structural Basis for Proofreading during Replication of the Escherichia coli Chromosome
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 57
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-01-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j54A00
1BHLA 1VSIA 2IOCA 4E0DA 5J1EA 4M3WA 1TK0A 1ASUA 4FYDA 4RW8A 3VA0A 1C1BA 4I9LA 2B4JA 3JSMA 1BI4A 3L8BA 5HROA 1C0UA 1RTJA 3S3NA 3CQ8A 4H4MA 3ZT4A 2VG5A 1LWCA 3KK2A 4DSFA 3PX6A 2HVHA 1QSSA 1EETA 1XHZA 1X1PA 4B08A 4CEEA 2BDPA 4J2AA 5EU7A 3QEIA 1NOYA 1C1CA 5SZTA 2D0CA 3MECA 3KK1A 2G8KA 3SUNA 1CZBA 4DWIA 4E1NA 3IRXA 4N47A 1S9GA 1ZBLA 2G8HA 3TAQA 1RDDA 3OJSA 1NJXA 2ZE2A 1VSFA 4B9VA 4C8KA 4OKKA 3OY9A 2PZSA 1L5UA 4L8RB 3MEDA 3VQBA 3DLEA 4KO0A 3EY1A 3PO5A 4M3RA 3V81A 3MXMA 4FLVA 4CEFA 3RMBA 3ZCMA 3HXMA 3E01A 4W5NA 2HHSA 1C0TA 1B9FA 1JKHA 2FBVA 1SV5A 5DK5A 4JRQA 3MXJA 4DFMA 4AHSA 3U3GA 2GBZA 3C94A 1I39A 4CJPA 1LWEA 1K6YA 1RDBA 4CHYA 5KRTA 3OYMA 4KFBA 3NCIA 1U48A 1DLOA 1J53A 4CF0A 3OYEA 3NH1A 1T8EA 3DI6A 4C8LA 4C8OA 3KLFA 4DU4A 5HRSA 2HMIA 1SL2A 1BCOA 2HNYA 1HYVA 1RT7A 4GW6A 3KK3A 3TR8A 5HRPA 3L2QA 4R5PA 1HNVA 3AVMA 4CESA 5KRSA 4Z4FA 1ZBIA 1IO2A 3B6PA 3ITHA 4KTWA 2VWJA 4BE0A 1NKEA 1J54A 2KW4A 5DMRA 4N5SA 3QNOA 3DLBA 2F96A 4CJWA 3HPHA 1KLNA 3SV3A 1KCFA 1UWBA 4DTUA 4KHUA 1TL1A 4AHRA 2YHBA 2VWKA 4CHQA 4LD0A 1TKDA 4CCHA 4FJHA 5CZ2A 1WSJA 1RT4A 3NF7A 4DTMA 1VSEA 4B3OA 1CXUA 2YHAA 2G8VA 3SUOA 3ASMA 1S1TA 4BE1A 1VSMA 2HHWA 3HVTA 1RT6A 1RCHA 3THVA 4CFBA 1XWLA 4FW1A 4E19A 3SQ1A 2G8UA 4I9QA 3KJVA 5KI6A 3P1GA 4F3OA 4RG8A 4JRPA 4FLZA 1JXEA 4DQSA 3TAGA 3LDSA 2F8TA 1BQNA 5FRMA 1FKOA 1HNIA 1KLMA 1RILA 4CFDA 3PO4A 1NJZA 4FJLA 4CJKA 3P83D 2G8IA 2YNIA 3VQCA 1KFDA 4KHNA 3DLRA 1C0MA 3AVLA 3D45A 4M3XA 1WN7A 2EHGA 5CZ1A 1HYZA 4CJLA 3NE6A 3CFPA 3QERA 3PX0A 4BDYA 4CGIA 1U47A 1LAVA 3QESA 4MFBA 3OYNA 1WLJA 1BGXT 2OA8A 3HO1A 1UAXA 4KV8A 4DFKA 4CHPA 4N41A 3NF6A 4ZTJA 1UA0A 1S1UA 3SQ4A 3CG7A 4DF8A 4DQRA 1QTMA 1KVBA 5J2NA 3KKSA 4CIGA 3WNHA 3L2VA 4E7LA 4B9NA 3VQ6A 4KRFA 3I0RA 3M8PA 2IS3A 1ZBUA 4NYFA 2A1SA 2P51A 4DMNA 1BI4B 3SV4A 1JLGA 3QINA 3RR8A 3PUFA 1HMVA 4M3UA 3AVFA 4RW9A 4DS5A 1IKXA 5J2MA 3HP9A 4KTZA 1XC9A 4Z4IA 2KZMA 3K5LA 1GOCA 4K8ZA 3OS1A 4DSEA 1SUQA 4LY7A 2R7YA 2XY5A 3HT3A 2RF2A 4OGEA 3HYFA 4J2BA 1S1VA 2O4IA 3OYGA 3LP3A 3G10A 3LP0A 3NHGA 3K5MA 1NK4A 4DSJA 3DLHA 2Z1GA 2Q3SA 4CERA 4CIFA 1VSHA 1D9DA 4CGGA 1HQEA 4FLTA 1SKRA 3RWUA 1L3SA 3V9SA 3V9XA 3DYAA 2YNGA 1KFSA 4DG1A 4K8XA 1QSYA 1S9EA 1SL0A 1EP4A 2XY6A 1JLBA 4W5TA 1LW0A 4KKOA 4J2EA 4FJMA 4CGDA 3VQDA 1D5AA 4OPKA 4FJIA 3OYDA 4Y1DA 3O3HA 5KTQA 2I5JA 3QEWA 5HRNA 1N6QA 2NUBA 1Q9XA 1WAJA 2P5GA 3MXIA 2YKMA 1ASWA 3K58A 2O4GA 3IG1A 1VSDA 3AA2A 3U3YA 3PX4A 1T05A 1TVRA 3P5JA 2KZZA 1NK8A 4E89A 2YNHA 3RR7A 3O4QA 3QIOA 3VQ5A 2XRIA 3V6DA 1DTQA 2X6NA 3D0PA 4OVLA 4ZHRA 2ITGA 2EX3A 3WNGA 5CY4A 3LALA 5HP1A 1WSFA 1QE1A 4Y1CA 3RMAA 3DM2A 1S1WA 3VQQA 2E6LA 2Z1IA 4CEDA 3O4NA 4CF1A 3QNNA 1NK0A 3JYTA 2P1JA 1IKVA 4DTPA 4H4OA 3G0ZA 3M8RA 4EP4A 4W5QA 2Z1JA 4FK2A 3VQ9A 3T1AA 3VA3A 3NGZA 3AV9A 1RT2A 1RBRA 4E7HA 2WOMA 1U45A 3KLGA 2OYQA 1T7PA 2IAJA 4CF9A 2RN2A 5HLFA 2VG6A 3V1OA 4LH4A 1A5XA 3TAFA 2OPPA 1HQUA 3BDPA 3QLHA 4AH9A 1X9MA 3ALYA 2WONA 5C25A 4QCLA 2XHBA 3ZSQA 2XY7A 1U49A 1L3VA 2HB5A 3SPYA 1BIZA 3AVNA 4DTXA 4CHNA 3TABA 4FXDA 2YV0X 4KB1A 3ZT2A 4FJNA 3VQ8A 4FJXA 3V9UA 1VRUA 3VQ7A 4DLGA 3LANA 1GOAA 5C42A 3C6UA 4NCGA 1X9WA 4M3TA 5E41A 3EYZA 1BCMA 1SKWA 2E6MA 5JS1A 4M3ZA 3OYAA 3AA5X 4F2RA 2FBTA 4CGFA 3LZJA 4BE2A 4FLWA 4M3YA 4FCYA 4CJSA 3AVGA 4CK1A 1JLFA 4TSXA 3LAMA 4E1MA 2G8FA 3M8QA 1EX4A 2XO7A 4ZTFA 4N76A 5HRRA 2HHUA 3K2PA 4GVMA 1IKYA 1QS4A 4OGCA 1TKZA 2E4LA 2D5RA 4CGHA 3NGYA 4CK2A 4KAZA 4IFVA 2W42A 1ZBHA 1VSJA 1HRHA 1XHXA 1YTAA 3QIPA 4FK0A 1S1XA 4FLUA 1VRTA 4KHSA 4E3SA 3SQ2A 4FK4A 1W0HA 2ZD1A 4DQIA 1HYSA 5KGWA 1J9AA 1Q8IA 3PV8A 4CF2A 4W5OA 3S9HA 1G15A 3KTQA 1JL1A 4XIUA 5JS2A 1BIUA 1ITGA 3HJFA 4BDPA 4CHZA 3VQAA 4AHVA 3DRRA 3KIOA 4YFUA 2GV9A 2HHVA 3L2UA 1RDAA 4FLYA 3LWLA 2FC0A 1KVAA 4KB0A 4ELTA 4Q0BA 3ULDA 4CJRA 4FJGA 1YTUA 3HK2A 3C95A 4NCAA 4O0JA 1U04A 4BDZA 4CJUA 2ATQA 3HVRA 1S5JA 2XY8A 4ICLA 1HJRA 3AO2A 1NK5A 1RTIA 1CXQA 2DFHA 3NGIA 4CJ5A 4OPJA 3SZ2A 3OJUA 4PQUA 5SWMA 1YVUA 1JLEA 3RMCA 2Y1IA 3OYBA 1KTQA 2OPRA 1FXXA 2QXFA 3K5OA 2ETJA 3L2WA 3PY8A 4OKEA 4CJEA 2B5JA 2Y1JA 3ZSVA 4CEZA 2KFZA 3I0SA 1WNSA 3NF9A 3AVCA 1NKCA 3VQEA 4DFJA 3DLKA 4B9MA 2JLEA 1BQMA 3ZSWA 4AILC 1O1WA 4RW4A 3MEGA 3H08A 5I3UA 2X6SA 4CJQA 1B92A 3AVJA 2PY5A 4NYNA 3HM9A 3LP1A 4AHCA 2QKBA 5J2QA 1RT1A 1CLQA 4Z4CA 4MQ3A 1TGOA 4M41A 1TAUA 1JLQA 3CM5A 2PYJA 1QQCA 4DTSA 3UIQA 3L3VA 4DTOA 3KLIA 4FZYA 1Y97A 3AO5A 1JLCA 3OYCA 3U6FA 2DTUA 1RBTA 5K14A 4ID1A 1RTDA 1IH7A 2HVIA 1HPZA 4KHYA 2OZSA 3DRPA 4CJFA 4IG0A 3K59A 1RT5A 4AHTA 1UA1A 3LPTA 4FJ7A 4J2DA 1TAQA 2DFFA 2YNFA 3NBPA 4FJKA 1WAFA 4O4GA 3TARA 3TAEA 1NJYA 4O5BA 4Z4EA 3BGRA 4DSIA 4CJ3A 4FM0A 2BGGA 3AVBA 3ZT1A 4ID5A 4H8KA 2RPIA 3AVIA 5J2PA 1BL3A 1TV6A 3I8DA 3S3MA 4I2QA 3NDKA 3OVNA 2KTQA 4I7FA 3QETA 3SYZA 1LWFA 1BISA 4KI4A 4DQPA 1X9SA 3T19A 5FRNA 3DLGA 4QAGA 1C6VA 3KD5E 1WSGA 2X74A 4IBNA 3AO1A 4C8NA 1WSHA 4DF4A 2B6AA 2IGIA 3QEVA 1QSLA 3VQ4A 4HHTA 3CM6A 1C1AA 1QHTA 4CHOA 3AO4A 1LW2A 4IDKA 1NK9A 1RNHA 1D9FA 4OJRA 4B8AB 2RKIA 1XI1A 1KVCA 3OYIA 1U4BA 4IG3A 4FZXC 3F9KA 4DTRA 1TKTA 3SPZA 3TAMA 3NFAA 3QO9A 3SNNA 1IG9A 4FVMA 4EZ9A 3DOKA 1SL1A 4IKFA 4HVJA 4HCBA 4KREA 3DOLA 3DMJA 3ZSOA 1T03A 1REVA 1WSIA 2FBYA 2GUIA 1SKSA 3L2RA 2DY4A 3O3FA 3A2FA 4BACA 4RW7A 4B8CA 1VSKA 3CFOA 4G1QA 2YKNA 4YNQA 4W5RA 4CEOA 3QEXA 1EKEA 4O44A 1TK5A 4KPYA 1UOCA 4B9UA 4M45A 4HUGA 4RW6A 2OPSA 4CJVA 1DTTA 1L3TA 4F3TA 4EZ6A 4KI6A 2KQ2A 2ZQBA 4CJTA 1TK8A 4CK3A 3AVHA 2BE2A 3OYJA 1W9HA 1NK7A 4CGJA 2HW3A 4FW2A 4CJ4A 1Z26A 2HHTA 3HPOA 3HSTB 3LWMA 1D8YA 2HHQA 1YT3A 1S6QA 4HUEA 3MEEA 3TANA 1FK9A 2VG7A 3OS0A 3SCXA 4Z4GA 3AVKA 4DQQA 3NH0A 3SI6A 4CEAA 1RBUA 1VSLA 4HUFA 4FM2A 3KLEA 1RDCA 3C6TA 3ZSYA 4DTNA 4AHUA 3ZSZA 2OPQA 3DRSA 4Z4HA 3AO3A 3L3UA 1IKWA 1JL2A 5I42A 2QKKA 4DLEA 2BANA 4O55A 1NKBA 4OLAA 3FFIA 4DU1A 1L3UA 4B9TA 2F8SA 1I3AA 2IDOA 4OKJA 3SUQA 1ASVA 2QK9A 3CFRA 2Z1HA 3OYLA 1KSPA 4E7KA 3TAPA 4N56A 3B6OA 1GOBA 2D0BA 3ISNC 4CEQA 4E7JA 1RBSA 4UQGA 1R0AA 3RRGA 3LAKA 3NAEA 3VQPA 3T3FA 1JLAA 4LSLA 3AA3A 3HL8A 5CYQA 3V4IA 4PUOA 1RTHA 4DU3A 2D0AA 3IS9A 3K57A 5FDLA 3LZIA 3LPUA 1FKPA 4PY5A 2X78A 5FROA 1TKXA 2HHXA 3LP2A 3OYFA 3SQ0A 3NF8A 4FLXA 4EP5A 5T7BA 4QOZB 3V1QA 4NCBA 3KD1E 1RBVA 1J5OA 3HPGA 1Z25A 3VN5A 4PA1A 1B9DA 1A5WA 4CEBA 4CF8A 3RRHA 1LV5A 3ZSRA 4FJ8A 4KHQA 1MU2A 3V9ZA 2HNDA 3K5NA 4CFCA 3ZT0A 2LSNA 3WNFA 3OYKA 4DFPA 1F21A 5CYMA 4Q5VA 4FM1A 4IFYA 4C8MA 4F8RA 3O3GA 3QEPA 2P5OA 1CZ9A 1TL3A 1NK6A 2HNZA 3EZ5A 4PWDA 3HP6A 3ZSXA 2KFNA 2G8WA 3SUPA 3SJJA 4FJJA 3V9WA 3WNEA 4Z0UA 4KTQA 4LH5A 3IAYA 4M42A 3S3OA 1N5YA 4E7IA 4ELVA 2OZMA 4CECA 4BWJA 4JLHA 4CE9A 1VK0A 5C24A 4GMJB 5KGXA 4BWMA 3M8SA 2IC3A 3KLHA 4CFAA 2FBXA 3OYHA 1NOZA 4DS4A 4ELUA 1LAWA 1Q9YA 5D3GA 1EXQA 4LSNA 3RTVA 4F4KA 4DTJA 4HCCA 1JXBA 4KHWA 3F73A 1ZBFA 3TI0A 1RT3A 4FJ9A 4CIEA 4OLBA 3AA4A 3TWHA 3MAQA 1ZYQA 1S6PA 3ZT3A 2DFEA 2JGUA 3OS2A 4JS5A 4B9SA 1NJWA 3CYMA 4F2SA 3NH2A 4B9LA 4I2PA 4HTUA 3AVAA 4JS4A 1KRPA 2PYLA 1A5VA 3KKRA 4WE1A 3V1RA 2A1RA 4FZZA 4FJ5A 2AJQA 3RMDA 4DSLA 1WSEA 5HBMA 4O0IA 4DSKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSIA 1HNZK 4RW8A 1C1BA 1OKJA 2B4JA 3JSMA 3MN9A 1NGIA 2HVHA 2P9IA 1X1PA 4B08A 3C6AA 5SZTA 4DR1K 1NOYA 2G8KA 4E1NA 3VMFB 3IRXA 5AFUA 3PSIA 3TAQA 3E66A 2FF6A 3OY9A 3HBTA 1NGGA 3EY1A 1DEJA 3EKUA 4M3RA 2V51B 4IOCL 3HXMA 4JRQA 1JKHA 4BR2A 1SV5A 3MXJA 4AHSA 4JKFA 5I9EB 4IO9L 3MK6A 1LWEA 1K6YA 5KRTA 3NCIA 1NGHA 1T8EA 4C8LA 2UUCK 3TR8A 4R5PA 2O8FA 1ZBIA 1IO2A 3ITHA 2H3GX 2ASOA 1NKEA 5DMRA 3QBWA 4WCEL 1KLNA 3SV3A 4KHUA 4BC4A 4LD0A 1TKDA 4FJHA 4B3OA 2V7ZA 3C7NA 1K8KB 3SUOA 4YORA 4BE1A 4CD1A 2D4WA 1RCHA 3THVA 4CFBA 3CCMN 2G8UA 4F3OA 4RG8A 1C0GA 1JXEA 3UKUB 1HNIA 4CFDA 1NJZA 4CJKA 3BZCA 3WUHA 4JNEA 5KPZA 4DV6K 3DLRA 3AVLA 3D45A 4U67L 1GLDG 4CJLA 4IFEA 1HYZA 3NE6A 3QERA 2OA8A 3HO1A 1UAXA 4DFKA 2Q1NA 1S1UA 2YI1A 5J2NA 1G99A 3L2VA 3WNHA 1HKCA 4BR5A 3TSPA 3M8PA 4DV1K 4IEIA 4YOYA 4DMNA 1JLGA 3QINA 4M3UA 4RW9A 4DS5A 1XC9A 4FO0A 3LM2A 2P9IB 5KPTA 3K5LA 4OPAA 2UXCK 4LY7A 3HT3A 5AZIA 1DGKN 3HYFA 4H5VA 2NRTA 4CBUA 3LP3A 2Q3SA 4CERA 4CIFA 1D9DA 1SKRA 5BR8K 1L3SA 1KXPA 2QWRA 1HKBA 2XY6A 3CXCM 3DLLL 5BPMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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