The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
88
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structure length |
88
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Chain Sequence |
PITKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGIRG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Structure of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
31
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| structure length |
88
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| sequence length |
88
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| O | PF00312 | Ribosomal_S15 | Ribosomal protein S15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NS1 A; 5BY1 A; 1FJG O; 3O65 A; 4DR4 O; 4LFB O; 4LFC O; 3J80 N; 4LFA O; 5FLX N; 2UUC O; 4JI4 O; 3J81 N; 4B3R O; 4OX9 O; 4DV3 O; 4LF4 O; 2ZM6 O; 4YY3 O; 4B3M O; 4JI6 O; 1N33 O; 4JYA O; 3OTO O; 4NXM O; 4OPA A; 2E5L O; 1A32 A; 5LMU O; 1N34 O; 1IBM O; 1N32 O; 4X64 O; 1XMQ O; 4JI1 O; 1FYJ A; 2UUA O; 1G1X B; 3R66 A; 4DR2 O; 1HNZ O; 4JI5 O; 4DV0 O; 4DV7 O; 1F7Y A; 4X65 O; 4GKK O; 1I94 O; 1J5E O; 2N74 A; 5IWA O; 3SDL A; 5A2Q N; 1FKA O; 3M8A A; 4JI2 O; 4LF8 O; 4X66 O; 2VQE O; 4KHP O; 2UXC O; 1X59 A; 1AIL A; 2JRI A; 5BXZ A; 2LW7 A; 4DR5 O; 1IBL O; 4OPH A; 1HNW O; 1YZB A; 4B3S O; 1AB3 A; 3RT3 C; 3T1Y O; 1HNX O; 1KUQ A; 4DUY O; 1HR0 O; 2F4V O; 4DR7 O; 4X62 O; 2AGA A; 4DV4 O; 1XMO O; 2FKX A; 4DV1 O; 4B3T O; 4DV6 O; 4DR1 O; 4K0K O; 5LL6 Y; 2HHH O; 2VQF O; 2DJV A; 1XEQ A; 4DV5 O; 1R6T A; 1XNQ O; 4JI8 O; 4JV5 O; 4DUZ O; 3T1H O; 4DR3 O; 2UUB O; 4NXN O; 3F5T A; 2UXD O; 1N36 O; 4GKJ O; 5H5N A; 1XNR O; 1DK1 A; 2ZKO A; 4JI0 O; 4LF7 O; 2UU9 O; 4LF6 O; 1IBK O; 4JI3 O; 4JI7 O; 2Z0A A; 1R1B A; 4AQY O; 2UXB O; 2DOS A; 4DR6 O; 4YHH O; 4DV2 O; 5IT9 N; 3J7A U; 4LF5 O; 4LF9 O; 3JAM N; 4A5U B; 5BR8 O; 5LMN O; 1D2D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BY1 A; 5L3E A; 3AG2 B; 4LFC O; 1WJZ A; 1HWY A; 4MW8 A; 2RMK B; 1YJN V; 1XDC A; 3P32 A; 5IYC O; 1KQS U; 2IJJ A; 1TA8 A; 3I56 V; 3VBB A; 5LBQ A; 4LCU C; 1US6 A; 2XAF A; 1QQC A; 1N34 O; 1KP3 A; 3D8C A; 4WFB V; 1TVK B; 2Y4U A; 1G1X B; 3A0H Z; 3K9S A; 5KLV H; 4AHC A; 3UQ8 A; 4DV7 O; 5EIB D; 4U7O A; 4X65 O; 2XAJ A; 3L70 H; 3MHH C; 2QKS A; 4J41 A; 4B3M B; 1F4N A; 2B5U A; 2GHY A; 3ZMZ A; 3WG7 B; 1AJN A; 3SYQ A; 5BXZ A; 2PI4 A; 2ZE8 A; 1IVS A; 4O4I A; 3IGA C; 1JMK C; 3O9O A; 4J10 A; 3RT3 C; 2A9H A; 2FTK A; 5EBM C; 1SQF A; 2AZ2 A; 5LYJ A; 2WLJ A; 2ARH A; 4TV9 B; 3IAY A; 3H1I H; 2VS0 A; 3ZMS A; 4X66 B; 4DK0 A; 4DRX B; 1EM1 A; 3RYF A; 4TV8 B; 1V55 C; 1XOU A; 2QKA A; 1NT2 B; 2BE3 A; 3LSQ A; 2YI9 A; 3AG3 C; 4MTG A; 4J9Y B; 1K92 A; 4ICG A; 2WA3 A; 2BCC H; 4B3T B; 3HKE B; 5C8Y B; 1N4C A; 1NTM H; 3OR6 C; 2YXY A; 1EN4 A; 1D5A A; 2LP7 A; 1ZL8 A; 1L0N H; 3WB0 A; 3T1H B; 4UCR A; 4UV8 A; 4O4H A; 5EC1 C; 4GX1 A; 4X88 A; 2GV9 A; 1K97 A; 1FXV A; 2OIG A; 2R9R B; 3CRM A; 2UU9 B; 3N2G A; 1V54 B; 1J95 A; 5KAI Z; 2P4V A; 5J9P C; 4BAY A; 4DR4 O; 1AP5 A; 1I08 A; 2X6B A; 3FAV A; 4I50 B; 3BRC A; 3SYA A; 4FJC C; 1NQT A; 4OX9 O; 1VF6 A; 1SF9 A; 1HP8 A; 2YS8 A; 2IJI A; 4MVQ A; 4PV1 B; 3QVN A; 1Q90 D; 2WA4 A; 3R66 A; 4PHZ A; 1PPJ H; 3K08 A; 2GTA A; 1VQP V; 3B40 A; 2E74 B; 4IIJ A; 2IH3 C; 5K1X A; 4IL6 Z; 4ZOL B; 5JH7 B; 2JGD B; 3K59 A; 3OTO B; 1Y76 A; 2GUZ A; 4UCO A; 4F6R A; 2CUG A; 1M5I A; 4IYI A; 1ZX3 A; 4NR1 A; 3ZRW A; 3ABL C; 1JVM A; 4NVP A; 5ITZ B; 3APO A; 3RFR A; 1M57 C; 3SPJ A; 5GW7 A; 2YUA A; 5CB4 B; 3T1Y O; 1FJG B; 4GKK B; 4JPR A; 3D3I A; 1H8H G; 3KZI Z; 4MTO A; 1WP8 A; 2AGA A; 4IHJ B; 1WP7 A; 4DV6 O; 1P4R A; 4I9W A; 4FLW A; 2JS3 A; 1R6T A; 1SZX A; 1FFT B; 4DK1 A; 2F4V B; 4JZG A; 3L73 H; 4YJ2 A; 1FFX A; 4X1I B; 5LGN A; 3W7U A; 2B9Z A; 4L8J A; 2YXH A; 3HKC A; 2V7Q G; 5H5N A; 1YHQ V; 3CC7 V; 3EVK A; 5J2U B; 3LDD A; 4FPP A; 1PL0 A; 3F7V C; 2PF4 E; 4DV5 B; 4G28 B; 4R6Z A; 3RBZ A; 3ETE A; 4FMT A; 4AQY O; 3OR7 C; 4RAI A; 2YIA A; 1H2S B; 3K0D A; 4TQD A; 1I7F A; 3ML0 A; 2PI5 A; 1JR9 A; 4GT1 A; 1FXK C; 1N8R W; 4MTF A; 3CHX A; 3ZBH A; 5LXT B; 1OCZ C; 3AG1 C; 5EBW C; 3E89 A; 4RUF A; 1BQZ A; 1VQ9 V; 2LFR A; 2ZE5 A; 4X1Y B; 4X1K B; 1Z5V A; 1GKF A; 4JI1 O; 3TGU H; 3K58 A; 3SJQ C; 4MVU A; 5FNV A; 4R7C A; 4UCS A; 5B3S B; 1FAF A; 4JAU A; 1Q82 W; 3W7W A; 4B08 A; 2K1E A; 2P67 A; 3HB3 B; 5LOV A; 1BL8 A; 2MK3 A; 4FM2 A; 2WLI A; 1N34 B; 3KKY A; 1CXZ B; 1EBO A; 4DR5 O; 2X0L A; 2ODM A; 1YZB A; 3QTC A; 2ZR3 A; 2NR5 A; 4CS3 A; 3CB2 A; 3CRA A; 4JAV A; 2R72 A; 4O2A A; 2M6Y A; 4X62 O; 4J80 A; 4X8A A; 1LR1 A; 3FFQ A; 2Q0A A; 4O4L A; 1WB8 A; 2E5L B; 2ETN A; 3ZS8 C; 2QM7 A; 4QNH B; 4QPK A; 2N04 A; 4GCZ A; 3ZHQ A; 4DUZ O; 4DR3 O; 2XT9 A; 3E8H A; 4GKJ O; 1MOF A; 4X20 B; 2ZIO A; 3ZHS A; 1G6U A; 3BPZ A; 3ZRS A; 4EEQ A; 2KB1 A; 3BA8 A; 1R1B A; 5H2F Z; 1OZ0 A; 2ZE6 A; 2XUM A; 2HVK C; 1TVK A; 1XQ8 A; 1HDJ A; 4DV2 O; 2RN9 A; 3B77 A; 1D2D A; 5B1N A; 3WFV A; 3ABM B; 1VQ8 V; 3VQY A; 1VQ6 V; 3C3S A; 2PYL A; 2ATK C; 3SGI A; 1JX9 A; 3B4S A; 3BEH A; 3EXA A; 1I0H A; 3LNM B; 2XTA A; 1KD1 W; 1YF2 A; 5B1B B; 4TV9 A; 2PYJ A; 3AEI A; 3D36 A; 3JAK B; 3OUF A; 1FYJ A; 4DR4 B; 3OT7 A; 1VF5 B; 2P22 C; 4JI5 O; 4DRX A; 3TK1 A; 2Y69 C; 4TQF A; 2XAQ A; 4TV8 A; 2BTQ B; 3AK1 A; 2B1G A; 3BHP A; 3CP1 A; 2RDC A; 2JEX A; 3OFN G; 1BHB A; 2W0X A; 3K04 A; 3HKE A; 5C8Y A; 1R73 A; 1P84 F; 4LWS B; 3DTU B; 1FD9 A; 4LP8 A; 3I55 V; 5LHI A; 5IJ0 B; 4GX2 A; 3CD6 V; 1YEW A; 4WFF A; 4J11 A; 2D3O W; 1QR8 A; 2ZNI A; 3OMN B; 3JD2 A; 1ZSP A; 3OD4 A; 2HHH O; 4BIO A; 3A8T A; 4KL1 A; 3T1Y B; 2H94 A; 3BAA A; 1SES A; 4CH5 A; 1XNQ O; 3DC5 A; 1SA0 B; 2EBO A; 1DF4 A; 4I50 A; 4DV6 B; 5LP6 B; 3ZCC A; 4AIL C; 4JF3 A; 4FM1 A; 4P30 A; 5HFM A; 1GN6 A; 3LDC A; 3ZIA G; 1IXM A; 1TUE B; 5H6R A; 3RW0 A; 2QEX V; 3IC7 A; 5L3C A; 3J7A U; 1S5L Z; 2Z3Y A; 2ZQM A; 1IDS A; 4QJF B; 5JH7 A; 2JGD A; 3STL C; 4AQY B; 2NLJ C; 1EN6 A; 3BCC H; 5LHH A; 5ITZ A; 2X6A A; 2F1M A; 1QU7 A; 2E75 B; 1RM1 C; 4MVS A; 5CB4 A; 3THO A; 1LNQ A; 1N32 O; 1QVG U; 5J2T B; 3B8M A; 4IHJ A; 2UUA O; 2EJ7 A; 3CE2 A; 2PTM A; 1S76 D; 4I9Q A; 1ARO P; 1LUW A; 1Y66 A; 1I94 O; 4FK5 C; 3OGC C; 2FML A; 2IM9 A; 4PDM A; 3DC6 A; 4X1I A; 1T5E A; 4JI1 B; 2UXC O; 3E8G A; 5LGT A; 1GO3 F; 4J7Z A; 3ZMT A; 1F4M A; 2EX3 A; 2QTO A; 5J2U A; 4BIU A; 4W4L A; 4MVZ A; 5B5E Z; 1HR0 O; 5CBG A; 2P6J A; 3ABT A; 3ZJZ A; 1EN5 A; 2A06 H; 3N2K B; 1FXH A; 2YIC A; 3L72 H; 4DR1 O; 3BAB A; 4DR5 B; 4W4K A; 4J7J A; 4DO2 A; 4X62 B; 5EC2 C; 2UUB O; 2WLH A; 4JYC A; 4JTD B; 4KP4 A; 1XNR O; 5LXT A; 4B7E A; 1MZF A; 3GWO A; 1E79 G; 2DN9 A; 3P3P A; 4GYC B; 3P30 A; 3OUS A; 4X1Y A; 4X1K A; 2EIK C; 3E2E A; 1L8D A; 1VF6 C; 4DUZ B; 4DR3 B; 4J7K A; 3CRC A; 1H38 A; 4GKJ B; 3SPC A; 2JIZ G; 2Q6A A; 2QTS A; 4LF5 O; 3ZX6 A; 3ASO B; 1XIL A; 4XDJ A; 1WN7 A; 3CCE V; 1ZTE A; 4LFA O; 4B3R O; 3OTF A; 2OCC B; 5EBL C; 3GWK C; 4J9Z B; 2EIN C; 4FZ0 A; 1Q6U A; 3U0Z A; 1MA1 A; 2PUS A; 5IYZ B; 5KHG A; 4DR2 O; 4WF9 V; 1I5Y A; 1K4C C; 3OEH G; 4GLX A; 3NXS A; 5C93 A; 5DN6 G; 1SQP H; 1V9P A; 1J5E O; 1Q6H A; 2Y0I A; 1FKA O; 1NI8 A; 4I55 B; 4FIP C; 5L3B A; 3X2Q C; 3CRR A; 2QSA A; 4JI5 B; 1HNW O; 3QF7 A; 4X20 A; 4B3S O; 2LW1 A; 1OCR C; 1M56 B; 5D5P A; 4UB6 Z; 2UUC B; 1IXB A; 2X7R B; 1OHH G; 3E86 A; 4DV1 O; 1VAR A; 4CS4 A; 3FKS G; 1U96 A; 3TXQ A; 2CGO A; 2DJV A; 1SC5 B; 2ZD9 A; 5LHG A; 5LGU A; 2HVJ C; 2CTR A; 4CH6 A; 3F5T A; 4TWK A; 2IBZ H; 4U3J B; 3ZHT A; 3CCJ V; 3ASN C; 2HHH B; 4PD4 F; 3CRQ A; 1M9N A; 4I7Z B; 4JI7 O; 1XNQ B; 2QE7 G; 2K9P A; 4ASU G; 1R3K C; 4FFK A; 3JAK A; 2DOS A; 3DXR B; 3OGI B; 2EIM C; 2DMX A; 4JYB A; 2BTQ A; 4RUE A; 3CCL V; 4K0K B; 2DQ3 A; 4PA7 A; 3CX5 F; 3OMI B; 1WA8 B; 4TT3 G; 2ZE7 A; 1EZJ A; 1E1R G; 4LWS A; 4DV3 O; 1K4D C; 4MVR A; 5IJ0 A; 4WFG A; 1QBZ A; 2LQT A; 3SJB C; 5L3G A; 2DYS C; 1BS3 A; 1MSD A; 3RYC B; 2HJF C; 2ZXW C; 4CC6 A; 4JI3 B; 4DV0 O; 3OM3 B; 3G6E V; 1BCC H; 1YDX A; 5JCO A; 3CCR V; 1XL4 A; 2Q8V A; 4PJ0 Z; 1SA0 A; 1N32 B; 1ZLZ A; 4UCV A; 2ZIN A; 2UUA B; 3S3X A; 5LP6 A; 2W6J G; 5IY5 B; 1M4U A; 3AG2 C; 4TUY B; 1VQL V; 5K1P A; 2UXX A; 1I94 B; 4BR6 A; 1PKX A; 2P90 A; 4NB5 A; 3JD4 A; 1XMO O; 1DTO A; 2HLD G; 3K5M A; 1IX9 A; 1SER A; 2RJZ A; 3OW2 U; 1H8E G; 5EIB C; 1HR0 B; 4TSF G; 2Q9L A; 4NXN O; 4U3F H; 3UO2 A; 2CTW A; 3H9V A; 5B1A B; 1XBL A; 2FB5 A; 4LF7 O; 3LSU A; 3WG7 C; 4CBC A; 1R3L C; 3CJH B; 2OT5 A; 5J2T A; 2X6C A; 2UUB B; 2A0L A; 3D36 C; 3L75 H; 4MVO A; 3ETQ A; 5BR8 O; 5D5Q A; 4C7U A; 2AXT Z; 5CA0 B; 1THZ A; 3O65 A; 4PDL A; 2VQF B; 5CA3 A; 4UB8 Z; 5DM6 V; 3ZED A; 4LF5 B; 1TUB B; 4ABM A; 2WSS G; 3E35 A; 4O4J B; 2R9A A; 4LNU B; 1QLE B; 3N2K A; 3RGB A; 2VRZ A; 1Y74 B; 4UVB A; 1HNZ O; 1NR7 A; 2V4D A; 4LFA B; 3ETG A; 4B3R B; 2KG7 B; 4NTY A; 1I5X A; 4NTW A; 2XOK G; 4XBF A; 4K8Z A; 1BT8 A; 2OCH A; 2P7T C; 2AHZ A; 1OCO B; 3LNN A; 1NKD A; 1V54 C; 3W7S A; 3AG4 B; 4DR2 B; 1AI4 A; 1WB7 A; 2OTJ V; 3VQV A; 1KEC A; 1IUR A; 4MSW C; 2EIL B; 4LFC B; 1J5E B; 3H01 A; 2WLL B; 5CBF A; 2F66 C; 5KHK A; 4PA3 A; 3QO5 A; 1S3J A; 1HNW B; 3BVO A; 3A2F A; 4B3S B; 5FPR A; 2WLM A; 2XAS A; 3HKB B; 1CEZ A; 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1VQO V; 5JQG B; 1QLN A; 3RYI B; 3C90 A; 4LR3 A; 5EZY B; 3RYC A; 1JFF A; 1UPG A; 3M99 B; 2HJD A; 4F4L A; 3BFR A; 4NXN B; 2NNU A; 1K5S A; 1SS3 A; 1G8M A; 4NKG B; 4LF9 O; 3ZHV A; 1UJW B; 3OE7 G; 1SQQ H; 4PA4 A; 1AJP A; 2ZCE A; 3JYC A; 3CC2 V; 4GX5 A; 4RO2 A; 2W0F C; 2ZT9 B; 3JAS B; 3G6B A; 1BHA A; 1E1Q G; 1B6Q A; 1Y4M A; 3H1H H; 3SJA C; 2BTO A; 4TUY A; 4BIZ A; 4LF4 O; 2ZM6 O; 5BR8 B; 4FLZ A; 1PNL A; 2IU0 A; 1A32 A; 2QM8 A; 4X64 O; 4MW3 A; 3SPH A; 5JVD B; 2CK3 G; 1VMG A; 3WB1 A; 4DW1 A; 3JCZ A; 1Z2G A; 3JAR B; 5L3F A; 1NH2 B; 1CPY A; 2QR4 A; 3IFX A; 3AK3 A; 4JAA A; 1KKD A; 3LDE A; 5A2Q N; 3H1L H; 3M7M X; 3F7Y C; 1KP2 A; 3FX7 A; 2IJH A; 2LW7 A; 1HNZ B; 1Z5W A; 3K57 A; 4F6E A; 2BOC C; 3ABM C; 2DQ0 A; 2QWP B; 2AW9 A; 3QO7 A; 2VWJ A; 3UT5 B; 1ZWI C; 3CJH A; 1XUQ A; 4IGG A; 2DYR C; 3TJT A; 3ABK B; 5B1B C; 4WBN B; 2Q7E A; 2DWE C; 2OTL V; 2QKC A; 1RP3 B; 1Q7Y W; 2L35 A; 1W0J G; 3OAA G; 1AJQ A; 3C3T A; 2QDO A; 5CA0 A; 3T2M A; 3K9A A; 1NU1 H; 5CMU A; 1SQX H; 2LGW A; 2YIB D; 5HFL A; 1QVF U; 4EFB A; 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