1J9AA

Oligoribonuclease
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
184
structure length
184
Chain Sequence
SHMSFDKQNLIWIDLEMTGLDPEKERIIEIATIVTDKNLNILAEGPVLAVHQSDELLNKMNDWCQKTHSENGLIERIKASKLTERAAELQTLDFLKKWVPKGASPICGNSIAQDKRFLVKYMPDLADYFHYRHLDVSTLKELAARWKPEILEGFKKENTHLALDDIRESIKELAYYREHFMKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords OLIGORIBONUCLEASE
publication title The Crystal Structure of Haemophilus Influenzae HI1715, an Oligoribonuclease
rcsb
total genus 61
structure length 184
sequence length 184
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2001-05-24
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1j9aA00
2ITGA 3VQCA 3QNOA 1Y97A 3AO5A 1UA1A 2OZMA 2HHWA 4FCYA 3NAEA 2WOMA 3NH1A 1TV6A 1C1BA 2Z1GA 4M3RA 4H8KA 3HO1A 3KIOA 4YFUA 3ZSWA 1HYSA 4MFBA 2HB5A 4DTSA 4DQQA 2G8WA 3PY8A 1ASUA 1HPZA 3FFIA 4CEZA 3TANA 5HLFA 3F73A 2R7YA 3RTVA 3RRHA 3KKSA 5DMRA 4FLVA 1D5AA 4DS5A 1U48A 2OA8A 4CJUA 4FLXA 3MEGA 4CIFA 3SUNA 1T8EA 1VRUA 4O44A 4AHTA 3S3OA 2XRIA 1RTIA 2HVIA 4W5QA 4DTUA 1I39A 4IDKA 4N5SA 2KTQA 3U3YA 3TI0A 2I5JA 1ASVA 4FJMA 1NKEA 4RW8A 4OLBA 4QOZB 2RN2A 3B6OA 1HYZA 3TARA 1R0AA 1NK8A 5FDLA 4NCBA 1QSYA 4FZXC 2FBXA 4K8ZA 3DI6A 4W5OA 4CGGA 3OYAA 4W5RA 3RMDA 4FJ7A 1U45A 4CHYA 4Z4HA 4CIGA 3DRRA 3OJUA 2XHBA 3KLGA 3L3VA 4IG0A 3CFOA 1EETA 4DTOA 4J2DA 3DOLA 4B9NA 3AVKA 4O55A 3ZT2A 3PO5A 4FXDA 4IBNA 2IC3A 4CIEA 1T05A 2XY8A 4C8NA 5C24A 3VA3A 1YTUA 1UAXA 4HUEA 3LP3A 4LSNA 5J2NA 3DYAA 2XY7A 3AVMA 2YKNA 3DLHA 3TAMA 1D9DA 4Z4FA 4FW1A 5EU7A 5HRSA 1ZBIA 1FXXA 1XI1A 1GOAA 2OPSA 4KTZA 2E6MA 1WN7A 2X6SA 3AO2A 3O3FA 3PX0A 2HHQA 4H4OA 3KLIA 3NHGA 4FLZA 2O4GA 4AHRA 1L3VA 2P5GA 3V81A 3IAYA 1LWEA 4F3TA 5CYQA 3OS0A 3HVRA 1N5YA 1XHZA 3NGYA 2OYQA 1IKVA 1I3AA 4HHTA 3CM5A 3T19A 4ZTFA 3A2FA 4J2AA 4N47A 1L3TA 1RBSA 3JYTA 3LZIA 5D3GA 3EZ5A 2HHVA 3SJJA 3OYNA 1A5VA 1JXBA 2G8HA 3K2PA 3AVFA 1BHLA 1WAFA 4Z4CA 3V9SA 1TK0A 1SV5A 3IS9A 2RKIA 4CJLA 1X9SA 2F96A 3RR8A 3PX6A 2DY4A 3WNFA 4FJHA 1DTQA 1TVRA 4Z4EA 5J2QA 4UQGA 4CF2A 4LSLA 4CESA 1KRPA 1NK9A 1IKYA 3AA3A 1WAJA 4CJTA 4FLTA 1KFSA 3IG1A 1KFDA 3HPOA 1VSHA 3LDSA 4FM1A 1NJXA 3RMCA 4E1NA 2VWJA 4AHSA 1XC9A 4E1MA 2RPIA 1RTHA 5HRPA 2ZQBA 3L3UA 4E89A 3TWHA 4QAGA 2F8SA 2GBZA 4N41A 3AVAA 3ZSOA 3AVCA 3HM9A 3SYZA 3K5MA 4CFAA 1FK9A 1IKWA 4BDYA 1C0UA 5J1EA 2DFHA 2W42A 1LWFA 3OS1A 3QERA 1TL3A 4LD0A 4M41A 5SWMA 4DQSA 5CZ1A 3TAGA 3LP2A 4CEFA 4FJ5A 4ZHRA 2QXFA 3HT3A 1QQCA 3OYDA 3L2UA 3AVLA 5DK5A 2ATQA 4NCAA 2OPPA 3MXJA 4F3OA 3O3HA 1L3UA 5HRRA 2KZMA 1VSDA 4FLYA 4OGCA 4E7HA 5C42A 4DU1A 3S3MA 1HJRA 3RMAA 1RT3A 1HNVA 1S1XA 4FJ8A 3K59A 3K57A 1X9MA 3L2RA 1BCMA 3TABA 3QIPA 1KLMA 1S1WA 2D0CA 3AA4A 4IFYA 4NYNA 1NK6A 2OZSA 4CJKA 1VK0A 3I0SA 4HTUA 1F21A 1JL1A 4LH4A 3NE6A 2YNGA 2Q3SA 5JS2A 4CFDA 4CFBA 4DG1A 3QINA 1YT3A 4DLEA 3QEPA 1KLNA 3SPYA 4ELTA 2QKBA 4KRFA 3OYEA 5KI6A 2X74A 1LAWA 1ZBLA 1VSJA 1SUQA 1A5WA 5FROA 3OYCA 3OYLA 4DTPA 3QESA 3OVNA 3SQ1A 2A1SA 3CG7A 3HYFA 1B92A 3S3NA 4C8MA 1RTDA 1KSPA 2YKMA 4OKEA 5K14A 1NK0A 3PV8A 1TL1A 1UA0A 1TK5A 2G8VA 4M3WA 3V9WA 1JXEA 5KRSA 4GMJB 3VQ7A 1N6QA 1RT5A 3O4QA 4FYDA 1C1AA 4CEQA 1S5JA 1CXUA 5KGXA 4FZZA 4FJ9A 2D0BA 3AO1A 4RW6A 4XIUA 3ZSZA 4ELUA 4J2BA 3WNGA 2XY6A 2IGIA 4FJJA 1HMVA 3TAEA 4CEOA 1RNHA 2HNZA 2G8FA 1BI4A 3AVNA 4CJ4A 1BQMA 1RBRA 2ETJA 1O1WA 4FJGA 3CFPA 2XO7A 2O4IA 4CJSA 4I9QA 1RT2A 3BGRA 4JRPA 4M3TA 2DTUA 1JLQA 4O4GA 4BE0A 2E6LA 3SQ4A 1NKBA 2VG7A 4CEEA 4CF0A 3KJVA 1SL2A 4KTWA 4RW7A 2Z1IA 3V1QA 4F2SA 3QETA 1BISA 2BANA 3VQ5A 4KHYA 4L8RB 1VSEA 2BGGA 2YV0X 3AV9A 4H4MA 1RILA 1TKZA 4AILC 1J5OA 2EX3A 1L5UA 3VQQA 4B9SA 4CJVA 1LW2A 4KB1A 3VQ8A 3VQDA 1SKSA 4E19A 3KLHA 4EZ6A 1WSIA 2PYLA 4CJPA 3HP6A 1WLJA 4BE1A 4DTRA 2HVHA 3LWLA 3RRGA 1S1UA 3KD5E 2Y1JA 3T3FA 4O0IA 4CECA 1EP4A 4DMNA 3THVA 3MXMA 4FLWA 1BCOA 3CYMA 4J2EA 4CCHA 3AA5X 1D9FA 4CJRA 2VG6A 3NCIA 4CJ5A 4DSFA 1JLCA 1S6QA 4BWMA 1RDBA 1KVBA 4N56A 3NF9A 3D0PA 3QNNA 4OGEA 4RG8A 3KK1A 4E7JA 4DTJA 3MAQA 2KW4A 3VQAA 3LAMA 3TAPA 4FK2A 2LSNA 4BDPA 2HHXA 2HHUA 3MXIA 4MQ3A 5KGWA 4CGHA 1TAQA 2JLEA 4JS4A 1VSKA 4HUFA 1WSGA 1QS4A 5HRNA 1Z25A 2XY5A 1VSIA 1VSFA 5I3UA 3LANA 4FLUA 3LALA 1QSSA 4FM0A 3VQ4A 3SZ2A 3L2VA 1WNSA 3I0RA 3HSTB 1FKPA 1U47A 2KZZA 1KTQA 1RBTA 4CK1A 3P83D 2YNHA 1JLAA 3OJSA 4ID5A 3HPHA 2G8KA 3RWUA 5JS1A 4KPYA 1TKTA 3VQ6A 4FJIA 4JRQA 3NF6A 3OYKA 4KTQA 1G15A 1WSHA 3DMJA 3V1RA 1Q8IA 3KK2A 3OY9A 1RBUA 3EY1A 4PQUA 1T03A 3DLEA 2D5RA 1SKWA 4OKKA 2IDOA 2NUBA 3ZT3A 3SUQA 4CHPA 4DSKA 2YHBA 2VG5A 3HPGA 3SNNA 2IAJA 4CHOA 1ASWA 4RW4A 1MU2A 3M8SA 1VSLA 3DLBA 4KV8A 2EHGA 1ZBHA 4KKOA 4FZYA 1BIZA 1LW0A 4CF8A 4FM2A 1X1PA 4IG3A 3AA2A 3KLEA 4KHSA 4DTNA 1NK4A 1ZYQA 3OYIA 2F8TA 1DLOA 1B9DA 4K8XA 4DU3A 1RTJA 3K5OA 4B8AB 1WSEA 4CGJA 4E7LA 3SQ0A 5J2MA 1SL1A 1C0MA 1QTMA 4E7IA 3KKRA 1BGXT 3EYZA 1TGOA 3C6UA 3O3GA 3CQ8A 3VA0A 3RR7A 4Q0BA 3C95A 2KFZA 4M42A 4NCGA 4DTXA 3PO4A 4ELVA 5CY4A 1CZ9A 3OYHA 2P5OA 4CHNA 2WONA 2B6AA 3DLKA 3BDPA 1NKCA 4E7KA 4ICLA 3AO3A 3KK3A 3DM2A 3L2QA 3QEWA 1NJYA 3WNHA 1J53A 3LPUA 4CEAA 3OYBA 3AVHA 4OPJA 2AJQA 2GV9A 4Y1CA 4DSLA 1QSLA 1C0TA 1U04A 3ALYA 3NGZA 4E3SA 4HCCA 1FKOA 3HK2A 4M3UA 1ZBUA 1CXQA 3HL8A 3C94A 3DLGA 4CEDA 5KTQA 4B9MA 3ZSYA 4Z4GA 1TAUA 1A5XA 1LV5A 3IRXA 1SKRA 3LAKA 3HJFA 2HNYA 1S1VA 4CF1A 4E0DA 1QHTA 1Q9XA 4M45A 3T1AA 4CF9A 3KLFA 3RMBA 3AO4A 3DLRA 2HMIA 2PYJA 2FBTA 4DQIA 5FRMA 3KTQA 2DFEA 2FBVA 3I8DA 3M8PA 3AVGA 1CLQA 3PX4A 3K5NA 3V1OA 2KQ2A 4DSJA 1RCHA 3DRSA 2PY5A 4DF8A 1XWLA 4O5BA 3ZSVA 3KD1E 5FRNA 4B3OA 3HVTA 4CGDA 5HP1A 1C6VA 1L3SA 2YHAA 4ZTJA 3VQEA 4FJLA 4BWJA 3ISNC 3F9KA 4KFBA 4PA1A 1BIUA 1GOBA 3SI6A 1S9EA 5HBMA 4RW9A 3NDKA 4DQRA 3ZSQA 1TK8A 2E4LA 3SCXA 3DOKA 1VRTA 1RDDA 1WSFA 3ULDA 4EP5A 4ID1A 4HVJA 1IG9A 4I9LA 4R5PA 2KFNA 4DFMA 4AH9A 3V9ZA 2RF2A 3V6DA 3K58A 1J9AA 1NOZA 4CEBA 4CK2A 3UIQA 1YVUA 4N76A 1EKEA 1RDAA 4DFPA 3U3GA 1U4BA 3NH0A 4C8LA 4C8KA 4Y1DA 3SV4A 4DFJA 4Z0UA 4CFCA 1S9GA 3U6FA 1JLGA 3NF7A 4OJRA 3L2WA 2PZSA 1QE1A 2IOCA 1W9HA 2GUIA 4JS5A 4DQPA 4FVMA 5E41A 2HNDA 5T7BA 3VQPA 3PUFA 4EP4A 4CERA 1JLFA 4CHQA 4W5TA 4M3YA 4CHZA 4F4KA 3LPTA 3HP9A 4B9LA 4CGFA 2VWKA 1RDCA 3VQ9A 4HUGA 1NJZA 3LWMA 2BDPA 3ZSRA 5CZ2A 4KB0A 1S1TA 4DTMA 4DFKA 3OYJA 4CK3A 2JGUA 4QCLA 4JLHA 4DF4A 1NOYA 3G0ZA 1HRHA 1JL2A 4BE2A 4KHQA 1RT6A 3V9UA 3SV3A 3ZT1A 4KI4A 4Z4IA 1HQEA 1WSJA 3SUPA 1C1CA 4WE1A 4BACA 1JLBA 3P5JA 1IKXA 3ZT0A 2QKKA 1NK5A 2D0AA 3V9XA 4M3XA 3C6TA 3SQ2A 1J54A 2YNIA 2FBYA 1K6YA 5J2PA 4HCBA 2BE2A 3B6PA 4I7FA 4IFVA 1ITGA 1ZBFA 1IH7A 3G10A 3WNEA 3OYMA 3ZT4A 2Y1IA 3TR8A 3AVIA 1SL0A 1S6PA 3TAQA 3O4NA 1EX4A 2DFFA 3OYGA 3K5LA 3SUOA 2X78A 4CGIA 1NJWA 4KREA 2YNFA 2HHTA 3NBPA 4KI6A 4AHUA 3V4IA 1IO2A 4LH5A 4I2QA 3ZSXA 4DLGA 4FJXA 4KHWA 4FK4A 4BDZA 1LWCA 3NF8A 2HW3A 4B9UA 4B8CA 1UOCA 3MEDA 3M8RA 1BQNA 4GW6A 4PWDA 1UWBA 3M8QA 3ITHA 5KRTA 4YNQA 1HQUA 5CYMA 1KVAA 1EXQA 4CJWA 2OPQA 4AHVA 3TAFA 1JKHA 4I2PA 3QEVA 3LP1A 1T7PA 4F8RA 2IS3A 4W5NA 2Z1JA 4KAZA 4OVLA 1HYVA 4B9TA 1BL3A 1D8YA 1NK7A 3H08A 4Q5VA 1W0HA 4B9VA 3AVJA 2QK9A 3SPZA 3VQBA 1KVCA 1CZBA 4KO0A 2Z1HA 2OPRA 3NFAA 1RBVA 3MECA 4NYFA 4B08A 4O0JA 3MEEA 3P1GA 3NGIA 4CE9A 3QEXA 4LY7A 3L8BA 4EZ9A 4M3ZA 2P51A 3AVBA 4CJQA 1B9FA 1DTTA 3OS2A 4KHUA 2G8UA 3JSMA 3CM6A 1RT7A 4DSIA 1RT1A 2HHSA 1TKDA 2ZD1A 3ZCMA 4KHNA 3D45A 4DS4A 1TKXA 3ASMA 1X9WA 1HNIA 3OYFA 4CJ3A 3DRPA 1U49A 3VN5A 4F2RA 4FK0A 2P1JA 4G1QA 3QIOA 1Q9YA 2G8IA 1XHXA 3QLHA 1BI4B 2ZE2A 4TSXA 4AHCA 3QEIA 3S9HA 4DWIA 3QO9A 2X6NA 1JLEA 1KCFA 1REVA 1Z26A 1VSMA 1RT4A 2B5JA 4CJEA 4DSEA 3LZJA 2A1RA 4FW2A 4OKJA 4OPKA 4DU4A 4PY5A 4OLAA 2B4JA 4PUOA 2FC0A 3LP0A 4C8OA 3NH2A 3E01A 1LAVA 4FJKA 3HXMA 1YTAA 4GVMA 5C25A 5SZTA 3CFRA 5I42A 4IKFA 5HROA 1GOCA 4CJFA 4FJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFAK 3I56N 3AO5A 2OZMA 5B8HA 4FCYA 2WOMA 4ISGA 4EIAA 1TV6A 3HSCA 1OVYA 3KIOA 2F7TA 4YFUA 3LM2A 4MFBA 3ATVA 4FSVA 4DQQA 3PY8A 1ASUA 2YHWA 1HNXK 4MLHA 5DMRA 2RE2A 1D5AA 3BF3A 3P4IA 4AHTA 3JXUA 4N5SA 2KTQA 2GWKA 5AZJA 4OLBA 4FOIA 3TARA 4NCBA 4FZXC 2FBXA 3BZKA 3OYAA 4CGGA 3RMDA 5DM6L 4CHYA 2P9UA 3KLGA 4IG0A 4B1ZA 3BF1A 4B9NA 1KAXA 4LF4K 5FLXO 3ZT2A 4IBNA 3M3ZA 2XY8A 3RVCA 1ILYA 2YCHA 4OX9K 5AQHA 4JHDB 4A2BA 3NVMA 4A61A 5J2NA 4IEIA 1HJOA 4NXNK 2P9SB 4FW1A 5EU7A 1FXXA 3OTOK 1I94K 5E26A 1GOAA 2P9PB 4CD3A 3PIOL 1K8KB 1WN7A 2X6SA 5KPTA 3A5OC 4FLZA 5KPRA 2GUPA 3V81A 1LWEA 5BRFA 1N5YA 1I3AA 3O4WA 4ZTFA 4N47A 5BR9A 2O8DA 4DUYK 3EZ5A 3D2EB 3AVFA 4BRQA 4CZLA 2HHHK 1Z6RA 3CC4N 2O8FB 3PX6A 4JAXA 4IJNA 1BA0A 1TVRA 5CR4A 4CZEA 3HM8A 4CF2A 1WAJA 4CZGA 4FLTA 1KFSA 3MN9A 2RPIA 2FLOA 2ZQBA 3L3UA 4IO8A 4N41A 3SAGA 3AVAA 3SYZA 4CFAA 3QBWA 3R6MA 3G71N 5J1EA 4GVEA 2W42A 4DR7K 4LD0A 4DQSA 4CEFA 3LDPA 3MN6A 4A62A 1DEJA 2E88A 4KBOA 3EKUA 4X64K 3M5RA 3PIPL 1L3UA 1HJRA 3RMAA 3OA9A 3K57A 3LDNA 3L2RA 5AQWA 4IFYA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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