1JCXA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
255
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
publication title Structures of Aquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P and PEP, and with a bisubstrate inhibitor: role of active site water in catalysis.
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 89
structure length 255
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2001-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jcxA00
3CQ0A 2Y89A 1YTEA 1FCQA 4QSHA 3W7OA 5I3FA 1OFBA 1TPDA 3CU2A 4HIBA 1OX5A 2ZZ5A 3LERA 3W7GA 5TIMA 4UIOA 4WD0A 2WKJA 1SZGA 1ZFJA 4POCA 4O52A 2NXGA 3EWBX 1W37A 3IIVA 5J5RA 1VCGA 1NAL1 1YPIA 2CLKA 1JCMP 1MEHA 2OT0A 2VFDA 1HO4A 1GVRA 1KM2A 4GBUA 3TAKA 3TSMA 3GKAA 3HGOA 1VYSX 3U2OA 3QZEA 4RZ4A 5BNKA 4K8EA 3W1RA 3EXRA 1W8SA 4XWUA 1IXOA 1A5SA 3LOTA 3O15A 4NXSA 5DBUA 4WJEA 1JQXA 4QNWA 3OA3A 4HN4A 2P0OA 3G3DA 4LU0A 2QCLA 2Y70A 2ZRUA 2RDUA 4C1LA 1KM3A 3BK0A 3MMTA 4M19A 4GUJA 2WNZA 2ZZ2A 2P1FA 3RLUA 3TW6A 2CW6A 1GJPA 2EPHA 5L6UA 4FNQA 1QO2A 3QPYA 1KA9F 3STCA 4UTLA 2VENA 4JTLA 2P10A 2I14A 2ALDA 2VELA 3G1XA 3CPRA 2B4GA 2ZRVA 1K8YA 4PL1A 3T40A 4LS2A 2E6YA 2GQ9A 4N2YA 4LS1A 5F2IA 1H61A 1V7YA 4JICA 4IMGA 1PL9A 1JQVA 5KTLA 1OF8A 1OFOA 1T8XA 4ZQCA 5F1VA 5KZDA 1CI1A 2PRLA 3LCIA 3LCFA 3MI3A 3UY8A 2NV2A 2VFFA 1U83A 2GUUA 3BVJA 1RQHA 3GDMA 1J4EA 4M6VA 3ABQA 4AXKA 3MO7A 3LRKA 2JGQA 2NXIA 5AYXA 5KSWA 3M9YA 2ABBA 3G1AA 4EIVA 2IQTA 4RJEA 2A7PA 1G7UA 4RR4A 4XZ9A 2VEPA 2QCGA 2YR1A 3N14A 4E38A 4O4VA 3W2UA 4LVDA 3W7NA 3HGSA 2DP3A 4ORIA 3M5ZA 1K7EA 1W5MA 5E0KA 4YCPA 1B3OA 3N34A 2A4AA 4NQ1A 4ZQOA 2WNNA 5FF7A 1R30A 3CB8A 3WFAA 3R8RA 2AQWA 1OFQA 5AHFA 1SSGA 2CU0A 1NFBA 1XXXA 1XDMA 3W7PA 3GR7A 1QAPA 4NJGA 4RXFA 3SSJA 2A5HA 2J24A 5D37A 4HNTA 4I7UA 2DZXA 1GVOA 1GVFA 4FEZA 1IIGA 1O94A 1VJIA 4UC5A 4DO6A 3HG4A 5D32A 4IXHA 1XBYA 2E6DA 4HT3A 4LNYA 3DFPA 3MUXA 3P84A 5AYZA 2WSYA 3UXAA 4O28A 4RZ6A 3T55A 1THFD 2ZZ4A 5LGXA 4MYXA 4FIRA 1OX6A 2FTPA 4O54A 3S0CA 1KV8A 2Q3RA 1XUZA 2NUWA 2YDAA 1ZNNA 1OHLA 4UMCA 3VI2A 1JUKA 2V81A 3TKFA 5HNRA 1SFJA 3TR2A 4GRSA 2QUTA 3S1UA 4JEQA 5FF4A 1TTIA 4ADUA 3W71A 1SZFA 3C3NA 1KTNA 2VKZG 1GTHA 4S1FA 2QCHA 1TV7A 1FXQA 2ISWA 3JS3A 5A8GA 4AF0A 3U6WA 3TV8A 3PBUA 1B4EA 1R47A 5DY3A 1HL2A 5LSMA 4O18A 4BFAA 3C56A 4GC4A 5K2ZA 2TMDA 1YTDA 4WOQA 1EWDA 1ZY9A 2FDSA 1VR6A 1VLWA 1AL7A 1H7WA 2A6NA 3LX9A 4LVBA 4X2RA 3TFCA 3W1QA 3TSDA 4P61A 1AG1O 3SIZA 3DFTA 2RH9A 3QW4B 2B7OA 1NF0A 1VYPX 4PTNA 4CQAA 3HPZA 3DFOA 3TQ0A 3P8JA 3AO0A 4JY8A 5K4ZA 3KOFA 4NVTA 2V0TA 3MP3A 1S5WA 1W5OA 3FFSA 4TU1A 3EX3A 4AEOA 4UTWC 2NV1A 3GXTA 4XBKA 3HPXA 1KM1A 3E96A 3PVFA 1SW7A 1PS9A 1HO1A 3MHUA 3F03K 1ADOA 3W70A 2CLEA 3QM3A 3G0SA 3VFLA 5CPNA 1A53A 1SW0A 3WK0A 3L2IA 1VRDA 1DQXA 5T26A 1KTCA 1K8XA 2ISSA 3LXBA 3ATZA 3NZ1A 5K7JA 3NPXA 3ATYA 3CHVA 3KVJA 1QDSA 1GVQA 3H53A 4GUHA 4TR9A 5FEPA 4O1AA 1VZWA 2CZ5A 4XUGA 4TMCA 3LGEA 2RDTA 3LV6A 4MZYA 2YYUA 4FIQA 3TFXA 4ZQRA 3P5ZA 4N9CA 4GNJA 3NVTA 3UQNA 4AMAA 3A22A 3MJYA 4GFSA 5HR6A 2Q3OA 8TIMA 1OYAA 5LNRA 3HG3A 1FXPA 1D3HA 1N7KA 2WOQA 3HB9A 4UFKA 4QISA 2W0UA 1F76A 3BW3A 3EX4A 3QMTA 4IMCA 2YPIA 5TBOA 2QCCA 3BG9A 4JTSA 4MLJA 3GB6A 4HPJA 5F2LA 2QDGA 2BLEA 5D38A 1GTEA 4K8HA 4MYAA 4YXGA 3W72A 3P62A 3S1WA 1R2SA 5HUOA 3ZWTA 3G1SA 5C2XA 2BX7A 3ELFA 1ZALA 2Z2UA 2ZA3A 4PH6A 4LRTA 1WYIA 2ZFAA 3FYPA 2G95A 4NZJA 4Z1DA 3STGA 1KFBA 5IBXA 2CLLA 1EP2A 3FJLA 3P80A 1TPC1 3KHJA 3IEBA 2C19A 3NPUA 4MKNA 4OHQA 3UZJA 4XKYA 1H62A 1QFEA 3W7IA 2DU2A 2PRHA 3W7EA 2VEKA 1YADA 2FPYA 2NUYA 2YW4A 1NF7A 3CEUA 1R2RA 2ZRXA 4DPQA 1I4NA 1GYNA 4ADTA 5LNUA 1H60A 3QSTA 4WUIA 5HWJA 4JDBA 2AGKA 2VFHA 2V30A 5F4XA 2B0MA 5G2IA 1X8FA 1SFLA 2VOMA 1SO6A 3L0KA 4BK9A 5LGZA 1HTIA 5D05A 1XUUA 1VHNA 2QEZA 1K03A 4FHAA 5G4WA 3RFAA 2C13A 3N19B 4RK8A 3DZ1A 3LTPA 5HWNA 3M5YA 2YGYA 3A5VA 3UWQA 1VCFA 4Q4KA 3C8FA 3QW3A 2C3ZA 2VFGA 4YMZA 4K6AA 4BWLC 1YDNA 3B8DA 1EX5A 3UY7A 3RF9A 5KZMA 1F73A 5D04C 4IQLA 1DQWA 1TIMA 4NUWA 1F05A 3C2OA 2A0NA 4RV8A 1SSDA 2ZZ6A 2C16A 4O57A 4O17A 4AF0B 1OYCA 5CZSA 1TV8A 2JKPA 5I3IA 3ANYA 1OK4A 1TPEA 3B0PA 2H3BA 5HUPA 3TAOA 5CSSA 3KAOA 3W7MA 3ABOA 4O19A 5D2WA 4A2SA 2FB3A 3N2MA 3W7HA 3IIOA 2EAWA 1AK5A 5I3HA 1W1ZA 3BARA 2Z1BA 2Z6JA 4MPQA 3E12A 4CQ9A 2DZTA 4PC8A 3OHIA 2PC4A 1JCJA 2Y85A 3NQ6A 1DL3A 1TQJA 3LV5A 5BMXA 3EB2A 2OX1A 3F1QA 1SQ7A 1GG0A 2ZTJA 4ORMA 3R5EA 3DKJA 4Y6GA 2ISVA 4CNNA 4LY8A 3UYCA 3QSRA 3PWAA 4E0CA 2ZA1A 3PG9A 3TROA 3LLFA 3EXSA 1F7BA 2VEMA 1XCFA 3W3OA 2VEIA 4Q33A 1SR9A 4Z1BA 3T4CA 1TMHA 4P2VA 5AHNA 1QPNA 3TJXA 2CLFA 2X1RA 3BLIA 3HIJA 2C14A 3M5XA 1T0OA 2QCNA 5IM51 4FX8A 1TJPA 4AWUA 4WY0F 1YDVA 1GPWA 2E09A 1DORA 4FNSA 1ZAHA 4K39A 3LHZA 1O60A 1VQTA 3LHWA 4UTUA 4QITA 1Z42A 3WK2A 1PHWA 3THAA 4LV9A 3UXDA 5AYYA 2A1YA 3L67A 3DFSA 5DCDA 4PL2A 3QRHA 2XN0A 4PEKA 3I7SA 5D2TA 3GAYA 4IMFA 2GOUA 4ZQPA 3UNDA 4NX0A 5BW6A 4ZMGA 1Y0EA 3TC6A 4ZQMA 3B04A 4ONVA 3V1PA 3TW7A 1HFBA 5GVJA 2GJNA 3W7JA 4UR7A 4LUIA 4AB4A 3MYPA 1FUYA 2RKXA 1H63A 3G0XA 1JRBA 3ZWSA 3F4WA 3N2XA 5K4XA 3PB0A 1I2RA 3I7RA 3GDKA 5L9FA 4ADSA 2VXNA 3BG5A 3R12A 4OT7A 4O0ZA 4ZL1A 3G1HA 3TXVA 2YCEA 5HINA 4QM1A 1Q6OA 1TPB1 3EKLA 4UFIA 5LHEA 4JYDA 4MY8A 4X9SA 3NQFA 3MBFA 3NQVA 3ABRA 1K7XA 3LBCA 4UXDA 4MFEA 3STFA 2J27A 3KX6A 3RK8A 3T44A 2TYSA 3G1VA 3M41A 4LT9A 2B7NA 4AHPA 1VPXA 3NGJA 3W86A 4A22A 1OFDA 1TREA 4HNVA 1QR7A 1C8VA 3A5FA 1FCVA 3EWWA 4O13A 4XKYB 1GOXA 3L5AA 1YDOA 1Z44A 4FB7A 4A21A 3KXQA 3INPA 3UWWA 1D9EA 1VYRA 4JYFA 2XN2A 3Q58A 3HBLA 4N9BA 4IXXA 4JX5A 3M16A 4FF7A 1O5KA 3B0UX 1SW3A 2OZ0A 5EBUA 3WJZA 2QUUA 4BI6A 4DPPA 3CEPA 1YXYA 1H50A 4I9AA 3DFQA 5HQEA 4JDYA 1ICQA 1R2TA 4ZZ9A 4UTTC 3PR2A 2FIQA 3M0ZA 3UWUA 1WQ5A 3I65A 4FNPA 2OCZA 4TX9A 3GNNA 5SWUA 3S5NA 1XC4A 4NJKA 1G67A 2V5LA 1MZHA 4AH7A 3GXPA 4NZFA 1C9DA 3AJXA 4CLMA 3CWOX 3OG3A 3F4NA 1GG1A 3FLUA 4N02A 3MBDA 3LI1A 1EUAA 5D33A 2Q8ZA 3C2FA 1ME7A 1O5XA 3C2EA 1MSSA 5FF3A 1NEYA 3MWAA 5KITA 3C52A 1GEQA 2H8ZA 1IGSA 4M7TA 4QNEA 5FF2A 5CG7A 4Z08A 5DLCA 3EEGA 2CLMA 3LHTA 3C4UA 1FWNA 1EIXA 1L6YA 3O8AA 1OFPA 2WV8A 4O53A 5H91A 1WBHA 1EWEA 3DI1A 4UMBA 3G1FA 2ZCGA 1TPFA 1G4SA 3DH7A 4OV4A 1Q45A 1DBTA 1FWTA 3QEZA 4LWWA 4M6QA 3R2GA 3TSBA 3W7RA 2WNQA 4YL2A 2DZWA 3GAKA 3W2JA 1TYGA 4KWVA 4CQ8A 3NL2A 3W2MA 1ICPA 2GVLA 1KLZA 5LNWA 1W5QA 3PULA 1W54A 3TQVA 3QQ0A 4I7VA 4JX6A 3IIZA 1FDJA 5G2HA 3W84A 1YXCA 3GDRA 5DN1A 1P0KA 1W3IA 3W2LA 3IIPA 3W1XA 2V9DA 5K9CA 4I7WA 4FXSA 3LI0A 3QMRA 1WV2A 3NQGA 3BW4A 1RZMA 3N3MA 4UTIA 1F6PA 3BLEA 1PV8A 1LYXA 4K38A 3GXNA 3LCHA 5FESA 5AHLA 1L6SA 3O05A 1I2NA 4IPJA 1DVJA 4EVZA 3NQAA 3NO5A 3RLVA 5LNSA 3LHYA 2H6RA 1PHQA 1Q6LA 2Y88A 1DJNA 3K30A 5LHFA 2B7QA 1LP6A 1XBZA 1KTBA 3EWXA 3FOKA 2ZZ7A 3M47A 4XBSA 4N4PA 3CC1A 3I68A 3PUDA 3M1ZA 2E68A 5C55A 5CKSA 3W83A 1P0NA 1UUMA 1GYLA 3WJYA 5EYWA 4OU1A 5EMUA 3NQDA 1J2WA 1Z41A 5TQLA 5D02A 3W1AA 2CFFA 4L4LA 2G97A 1S3HA 3MW7A 5FEZA 2O7SA 2Z0IA 4IOTA 2NLIA 3PAJA 2WJZA 4HPXA 4MFDA 2QUVA 4R7JA 3W1UA 3L68A 2QAPA 1UASA 4DO5A 2KZHA 3MI2A 1W5PA 2C6QA 2RDWA 4OV9A 4PA8A 2BZNA 1GQNA 1D3GA 2E5DA 1IXPA 4RCXA 5FF0A 3DGRA 1W5NA 3SZ8A 1T96A 2A85A 1G6CA 4R53A 1G7VA 4MVAA 2AAMA 2JKEA 3OEXA 3A23A 2DJLA 1W3TA 3L0NA 5F2GA 2E6AA 3W7LA 1SO5A 2C18A 5FI8A 4JIPA 5H2ZA 3CLMA 4LVAA 1JCNA 5FEXA 3CM4A 3TQKA 5LZLA 3NAVA 1W56A 3C0JA 5J5DA 1A5BA 1MEIA 2PURA 1LBMA 1XBXA 2GVGA 2J9ZA 4O4WA 1FCBA 2CZDA 2V2CA 3EWUA 4FX6M 3W7DA 4O1BA 1JCXA 1SZNA 3B0VC 2QR6A 3QC3A 3W07A 2JKAA 1MEWA 3LCWA 2WQPA 4OE7A 1TPVA 1ZJIA 5C5YA 1QPRA 2J9YA 3CIWA 4LV4A 1IXQA 1S5VA 2HTMA 2PE4A 3DXIA 4IWWA 2JK2A 3NDOA 3R89A 3NL5A 4TIMA 4NJJA 4CNPA 3HG5A 3PC0A 3QF0A 3QQ1A 2R94A 3VKJA 3O1NA 1LLWA 2DZVA 1EEPA 1XKYA 5C6MA 1M7OA 2FPTA 1EUNA 3LXCA 4AHQA 2EF9A 4LOCA 3KRUA 1KM4A 3HF3A 5G4EA 4KKXA 1ZHAA 2I9EA 1TPH1 1VHCA 2A7RA 3EKZA 1FBAA 2G5WA 3B4UA 2YXGA 1SO4A 4WOZA 3TCEA 5ABTA 4BI5A 2FLIA 1PIIA 1JCLA 1YLVA 2ZZ3A 1WDWA 2RHGA 4RXGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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