1JL2A

Crystal structure of tceo rnase h-a chimera combining the folding core from t. thermophilus rnase h and the remaining region of e. coli rnase h
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
KQVEIFTDGSALGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELKAAIEGLKALKEPAEVDLYTDSHYLKKAFTEGWLEGWRKRGWRTAEGKPVKNRDLWEALLLAMAPHRVRFHFVKGHAGHPENERADELARAAAMNPTLEDTGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Chimera of Ribonuclease HI, Ribonuclease H
publication title Contributions of folding cores to the thermostabilities of two ribonucleases H.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 42
structure length 150
sequence length 150
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2001-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1jl2A00
4N41A 4FM0A 1U49A 3PX4A 1L3SA 4FJLA 1EP4A 4ELTA 3DMJA 1VSMA 1Y97A 5KI6A 3NGIA 2GUIA 4I2PA 4HCCA 1QQCA 5CZ1A 4DQIA 3FFIA 1QS4A 4CHPA 2PYLA 3HPHA 1WSGA 3DYAA 3ZT0A 1Q9XA 2X78A 3TI0A 1TK0A 3SQ4A 1BL3A 1GOCA 2OPQA 1L3TA 4FK4A 1LAVA 1U04A 2BE2A 3QINA 3BGRA 1TL3A 3WNEA 3HL8A 4KPYA 4DTOA 3C95A 1KVAA 3KK2A 2FBXA 2G8HA 3VQ7A 4AHTA 4Z4CA 2G8FA 4CF1A 3KD1E 5HBMA 1XWLA 4C8NA 1NJZA 1S6PA 3TWHA 1GOBA 5HROA 3ZSOA 1YTAA 1ASUA 4JLHA 1JLFA 4CEBA 5KRTA 3L2WA 3JSMA 3VA0A 3TAFA 2IGIA 1NK6A 3OS2A 4HHTA 1WNSA 3VQCA 1UAXA 4DF8A 3S9HA 4OLBA 4Z4EA 1JL2A 3OJSA 1NKBA 4M3WA 1B9DA 4M3RA 4BACA 4F4KA 3L8BA 4KI4A 3CM6A 3F73A 3SZ2A 4DLEA 1KCFA 4FJJA 4FJKA 1J9AA 3KD5E 1U45A 4KTWA 3AA3A 4Z0UA 4DWIA 4FJHA 3KK3A 2Y1IA 1LWFA 3V4IA 3S3NA 2OZSA 3NAEA 2QKBA 3CM5A 4CFAA 3RTVA 4FJ8A 2DFFA 1T05A 4CF2A 4GMJB 4KFBA 4CGIA 1C1CA 4DLGA 3OYBA 2OA8A 3IG1A 4DU3A 1N5YA 4LD0A 4CEZA 3DLHA 3TABA 3SI6A 4CHYA 3U3YA 3DI6A 3IRXA 2XRIA 2HNZA 1NKEA 1C0TA 3VQAA 4M3TA 3DOLA 1W0HA 1X9MA 2OZMA 2YV0X 3HP6A 3TAGA 3AA2A 4CHOA 1U4BA 2X6SA 4CJ5A 1KVCA 4RW9A 1TGOA 3VQBA 4DTPA 4B08A 3AVCA 3KKRA 1REVA 4IFVA 3ZT1A 5CZ2A 1L3UA 1BGXT 2Z1HA 1ASVA 4IFYA 4G1QA 4YFUA 1S1VA 3AVKA 3A2FA 1BI4A 4J2AA 1YT3A 3VQ9A 5SWMA 3G10A 4I7FA 1WSEA 4HUGA 2G8WA 1TAQA 2VG7A 3AVMA 3G0ZA 3NH1A 1T03A 4HVJA 3VQEA 1NJXA 2HHQA 2DTUA 2YNGA 1S9EA 4FJIA 4PY5A 4CEDA 3WNGA 3NCIA 5HRRA 2EX3A 3DRSA 3MEGA 2ZD1A 1KTQA 4CHQA 3OYLA 1BIZA 4FLYA 4E7IA 4DQRA 2R7YA 4FJ7A 2HNYA 4FK2A 1FKPA 1HJRA 1WLJA 4AHUA 5J2NA 1CXQA 4F2RA 1S1XA 5KGWA 1SUQA 4DQSA 1N6QA 3RRHA 3AVNA 4CF0A 3I0SA 3CYMA 4FZZA 2DY4A 4BE1A 4B9TA 1LW2A 3LP0A 3SNNA 5CYQA 1KLMA 1QHTA 4IDKA 2QK9A 4M42A 4TSXA 2P5GA 1VSEA 4CF9A 1L5UA 4Z4FA 3MXJA 3HT3A 3K2PA 1JL1A 4CFDA 2G8IA 2HHTA 1RBVA 3SUQA 1TL1A 3TAPA 4CEFA 2ATQA 2X74A 4NCGA 5CY4A 2YHAA 4BWJA 4I9LA 1TV6A 1Z26A 2E6LA 3HPOA 4CGJA 3HVRA 3SYZA 4E7LA 3KLFA 3OYEA 2KW4A 4FLTA 4FK0A 1WSHA 3LAMA 1DTTA 4CJQA 3D45A 3ZSWA 2VWJA 3V9WA 4KI6A 5J2MA 4CGFA 3OJUA 2Y1JA 2Z1JA 4FZYA 4B9NA 1TKDA 3QEIA 2ZE2A 2HMIA 4N76A 5KRSA 4CECA 1IKVA 1B9FA 4XIUA 2YKMA 1RT1A 3LP2A 1ITGA 4FJMA 3LWMA 3V1OA 1JLBA 1WSFA 1C1AA 1CXUA 3K5NA 3MAQA 4B9VA 4CEAA 3O4QA 2Z1GA 3V9UA 4E1NA 1ZBUA 4OPJA 1EX4A 3VN5A 4KTQA 3K5OA 1UA0A 3MXMA 5I42A 1C6VA 2F8TA 4KO0A 2BDPA 3KIOA 3OS1A 2LSNA 3B6PA 1KVBA 2FBTA 4I2QA 4HUFA 4PQUA 3AO2A 5J2PA 1XHXA 4CGHA 3HP9A 3KLEA 1S1WA 4BE2A 2PYJA 2BANA 1IH7A 3KKSA 4Q5VA 1BQMA 3OY9A 3RWUA 4CF8A 1I39A 4O0JA 4K8ZA 3AVAA 4ZTFA 4AHVA 3DLEA 4CHNA 4ELUA 1RT2A 3KLGA 4KHYA 3RMBA 4QOZB 3SPYA 3OS0A 3L2QA 3QEWA 4DU1A 2WONA 3SUPA 3AVJA 2HHXA 3TAQA 3VQ5A 2EHGA 4RW6A 5HP1A 2G8KA 4DG1A 4MQ3A 4KAZA 4HCBA 4FW1A 4B3OA 1RBUA 2DFEA 3L3UA 1SKWA 4CEEA 1SKRA 3NGYA 1KFDA 1NK0A 1DTQA 4JRQA 4N56A 3NH2A 3NE6A 2F8SA 3SUOA 1I3AA 1S5JA 4IG3A 4C8OA 4EP5A 3OYJA 1VSLA 1RT3A 4W5QA 3P1GA 4M3UA 3ZSRA 2NUBA 4F2SA 1DLOA 4Z4HA 4CIFA 1IO2A 3OYHA 1KLNA 4J2EA 4CJRA 4W5OA 2KQ2A 2OPPA 1FK9A 4H4OA 3LWLA 4DFJA 1C0MA 2G8VA 2D0BA 1JKHA 4NYFA 4O55A 4RG8A 4RW8A 4N47A 4M45A 5DK5A 1T8EA 4CJUA 1O1WA 1HQUA 1WN7A 3NF6A 4BDYA 1R0AA 4BE0A 4K8XA 1A5WA 4OKKA 2FC0A 4DS4A 3MXIA 3HK2A 2YKNA 3QLHA 1NK8A 1TK8A 2OPRA 3I0RA 4B9MA 3OVNA 2KZMA 1B92A 1TK5A 2YNFA 3H08A 3QIPA 4FJ5A 4M3XA 3V9ZA 3TARA 4DFPA 1WAFA 2FBVA 3OYDA 4DTNA 2HHWA 3AA5X 2QKKA 1NOZA 3AVBA 2HVIA 2JLEA 4CESA 1S1UA 1BIUA 3OYGA 2XO7A 4KHSA 1RDDA 3ZT2A 3V9XA 4OKJA 3VQQA 4R5PA 4CJ3A 3HM9A 3VQ4A 1QSLA 2B4JA 4ELVA 1HYSA 3ZSQA 4AILC 1IKYA 4O4GA 1X1PA 4KKOA 4OVLA 3LAKA 3OYMA 3ZSZA 4FW2A 3DLKA 2I5JA 3VQPA 3SUNA 4OJRA 4FLVA 3RMDA 3THVA 4PWDA 4KHQA 1J5OA 5D3GA 1CZBA 1RDAA 4JS5A 2HVHA 2OYQA 2RKIA 2P1JA 2A1RA 3P83D 4E7JA 1QE1A 1VRUA 1RBSA 4DTSA 5DMRA 3ZT3A 4AHSA 3OYNA 4LH4A 2HB5A 2HNDA 3AO4A 4AH9A 4B9UA 4ZTJA 2VG5A 3TAMA 1ASWA 1RTHA 1YTUA 4FVMA 3SQ2A 1WSJA 2IC3A 4DTUA 1D9FA 3JYTA 3ULDA 2O4IA 4CK2A 1LWCA 3P5JA 1D8YA 3T19A 1JXBA 2O4GA 5CYMA 1RDBA 1J54A 5C24A 2VG6A 3L2RA 5C25A 3RR7A 3TAEA 3ZSVA 3NGZA 4DF4A 3CG7A 3ISNC 4B8CA 5C42A 2RN2A 3OYCA 5E41A 4UQGA 3OYFA 3EY1A 4J2DA 1MU2A 4W5RA 3UIQA 1ZBHA 3ASMA 4DTXA 1SV5A 3QEVA 3ITHA 4O0IA 4HTUA 3F9KA 1LAWA 4ID1A 4KREA 1NK5A 1C1BA 4Z4GA 2D5RA 1J53A 1WSIA 4GW6A 5FROA 3PV8A 1LV5A 3SCXA 3K57A 4FJNA 4LSNA 2AJQA 3M8RA 4CGDA 4OKEA 4F3OA 1TKXA 4AHCA 4YNQA 3S3MA 3RMAA 1NK4A 4O44A 1XI1A 3PO4A 4C8KA 3DLBA 1NJWA 1RTJA 3VQ8A 4W5TA 3LPTA 4HUEA 3U6FA 1HYVA 1SKSA 1SL2A 4B9SA 5FDLA 1HYZA 4H4MA 5HRPA 2RPIA 1NK7A 4DSLA 2BGGA 4W5NA 3OYIA 1BHLA 3KK1A 3U3GA 1RT5A 3DOKA 4EZ6A 4DSFA 3QEXA 3DRPA 3AV9A 3SV4A 3SQ0A 4I9QA 3RR8A 2KTQA 1KFSA 3C6TA 1LW0A 3VA3A 2P51A 2GBZA 3RMCA 1RTIA 1BQNA 3M8PA 3IAYA 4OPKA 2D0AA 4DQQA 3NFAA 1RNHA 3WNHA 1RCHA 4NCBA 1FKOA 4FLUA 5I3UA 2A1SA 2GV9A 3O3HA 4FM1A 3PUFA 4CJKA 1CLQA 4KTZA 4PUOA 3RRGA 4BDPA 4B8AB 3L2UA 5J2QA 3V1QA 3L3VA 3HPGA 3KLHA 4E7KA 5HLFA 3AO1A 1HNIA 4E89A 2ZQBA 1SL1A 4EZ9A 3EZ5A 1RT4A 3HYFA 4DU4A 2B5JA 3QETA 3CFRA 3CFPA 3NF8A 1X9SA 4CK1A 2KFZA 1TKZA 4CFBA 3C94A 4FZXC 3QERA 4KV8A 1HPZA 1SL0A 5KGXA 1UOCA 3M8QA 2G8UA 1S9GA 4M3YA 1D5AA 1QSYA 4F8RA 4H8KA 2HHVA 1F21A 1VSHA 4DTMA 1U47A 1X9WA 1ZBIA 4CEQA 2ETJA 3K59A 1VSIA 5HRNA 3VQ6A 3CQ8A 2QXFA 4LH5A 1VSJA 4NYNA 3D0PA 3MEEA 4DTRA 4CK3A 3K5LA 1A5XA 1RILA 1XC9A 2OPSA 5KTQA 4DSIA 1UWBA 3DRRA 4M41A 3SJJA 3QESA 1JLGA 1VK0A 1BCMA 3NF7A 1S1TA 4E19A 2XY7A 2YHBA 3SPZA 2IOCA 1HMVA 4CCHA 4DQPA 1RDCA 1JLAA 1IKXA 2XY8A 4WE1A 4LSLA 1VSKA 3MEDA 3TR8A 4B9LA 1D9DA 4J2BA 5FRNA 4O5BA 1HRHA 1VSFA 3K58A 1ZYQA 3VQDA 4FM2A 4JS4A 4FLZA 4CJLA 4L8RB 3M8SA 3LANA 2X6NA 2D0CA 1UA1A 4Q0BA 2HHUA 3NHGA 2VWKA 2FBYA 4RW7A 2B6AA 2ITGA 1FXXA 3HSTB 3O3FA 4N5SA 3ZCMA 3KTQA 4OGCA 3HJFA 4CJTA 3QNNA 1NK9A 1EKEA 4NCAA 5JS1A 5HRSA 3V6DA 3WNFA 4JRPA 3PX6A 3V81A 2IS3A 1XHZA 3C6UA 1KRPA 4DTJA 2XY6A 3OYAA 3AVFA 4E7HA 4KHWA 4F3TA 1YVUA 4ZHRA 3OYKA 4DFKA 1RT6A 4KHNA 4C8LA 1C0UA 3K5MA 1NOYA 2HW3A 4IG0A 3ZSYA 1EXQA 2HHSA 4OGEA 3ZSXA 4PA1A 3DLGA 4AHRA 4CIGA 3I8DA 1VRTA 4GVMA 1GOAA 2XHBA 3O4NA 3QEPA 2Z1IA 4ICLA 4FJXA 3HXMA 3IS9A 1EETA 3PO5A 3NDKA 2E6MA 4CJPA 3NH0A 2JGUA 4LY7A 3CFOA 2F96A 3AVLA 4CERA 4CFCA 3ALYA 1CZ9A 1KSPA 1T7PA 4Y1CA 4CJFA 1BISA 4CJSA 3B6OA 1W9HA 3TANA 3O3GA 4CEOA 4IKFA 1RBTA 4E3SA 1WAJA 1JLQA 2E4LA 5EU7A 4Z4IA 4KB1A 4QCLA 4DSEA 2Q3SA 3PY8A 4FJ9A 2IDOA 1TVRA 1JLCA 3LP3A 1JXEA 4M3ZA 1IG9A 1Q9YA 4CJEA 4CJ4A 3MECA 4KHUA 4CJWA 3HVTA 3NF9A 3S3OA 3HO1A 4FXDA 3KJVA 1BCOA 3DM2A 4CE9A 3LPUA 1Z25A 1G15A 1RT7A 4CIEA 1A5VA 3QIOA 3EYZA 4ID5A 3V1RA 1QSSA 3AO5A 1QTMA 3L2VA 4FCYA 2RF2A 1TAUA 3QO9A 3T3FA 2W42A 4FJGA 3LALA 2DFHA 4QAGA 3T1AA 1K6YA 3NBPA 2YNIA 4BDZA 1IKWA 3LZIA 1L3VA 4OLAA 3QNOA 4EP4A 3ZT4A 2P5OA 4C8MA 3LP1A 1S6QA 1RTDA 5FRMA 3AO3A 4DSJA 5J1EA 3LDSA 3SV3A 1HQEA 4DSKA 2KFNA 3V9SA 3KLIA 1NKCA 4Y1DA 3AVGA 4KRFA 4FLWA 4IBNA 1VSDA 5T7BA 4CHZA 2WOMA 5SZTA 4CJVA 1Q8IA 1U48A 4DS5A 4RW4A 4MFBA 5JS2A 4E1MA 3PX0A 1NJYA 1RBRA 2XY5A 3AA4A 1ZBLA 3DLRA 2IAJA 1LWEA 1BI4B 4BWMA 4DFMA 3BDPA 4FYDA 1ZBFA 3SQ1A 4KB0A 1TKTA 4FLXA 1JLEA 4DMNA 3AVIA 4CGGA 2PZSA 2KZZA 3LZJA 3AVHA 4E0DA 2YNHA 2PY5A 5K14A 3E01A 1HNVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZM6K 4FM0A 5EVZA 4FJLA 3NGIA 1Y97A 1YAGA 1QQCA 5CZ1A 3IMXA 4BQLA 4CHPA 1WSGA 1OKJA 1NGAA 3TI0A 3MN9A 1GOCA 2KKZA 1U04A 1YJ9N 3JS6A 4DTOA 4EHUA 1KVAA 3KK2A 3LM2A 2G8HA 4O5FA 4CF1A 3TU5A 3TWHA 1GOBA 1YITN 3TTFA 1ASUA 4JLHA 1JLFA 4A62A 3TAFA 3OS2A 4OLBA 3BF1A 4C23A 4Z4EA 3ULEA 4BACA 2FLOA 3L8BA 4WF9L 3CM6A 5FPMA 1KCFA 4JD2B 3G4SN 5KPRA 4FJKA 1J9AA 2NZTA 3Q7BA 4U7BA 4CFAA 3RTVA 2FSJA 3M6GA 2DFFA 5AZIB 1VQPN 1T05A 2A5XA 4GY2B 3IG1A 4PKHA 3DLHA 3TABA 1NKEA 2VCPA 5BPNA 3SBGA 4M3TA 3DOLA 1X9MA 3NMUA 2QWPA 3AAPA 5LY3A 2X6SA 1KVCA 2HSTA 1REVA 5CZ2A 1L3UA 2Z1HA 1ASVA 3IUCA 5JICA 3VF4A 5SWMA 4HUGA 3ZX0A 2G8WA 1KC8O 1J5EK 3AVMA 2HHQA 3MX5A 3MWPA 5JVGL 3PIPL 4FJIA 4DV5K 4CEDA 3NCIA 3M1FA 1X3MA 4CD1A 1CXQA 1N6QA 4WQ5C 1EO1A 3I0SA 4B9TA 1RDWX 3LP0A 5CYQA 1KLMA 1QHTA 4IDKA 5M1NA 3MXJA 4YDUC 4CBWA 5F0XA 1VQ8N 3HT3A 4CFDA 1HLUA 3SUQA 2E20A 3K0SA 3SYZA 1GLFO 3CJ9A 3AGKA 4XH4A 4LFCK 3LAMA 1S72N 3D45A 2VWJA 2Z1JA 1X3NA 4JD2A 3QEIA 3HRGA 5AQPA 5KRSA 2Q97A 1IKVA 1B9FA 4XIUA 5AFUH 3LWMA 3V1OA 3MAQA 1CXUA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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