1K73O

Co-crystal structure of anisomycin bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k73O00
1Q81O 1KC8O 5GAHP 1K8AO 1W2BM 3CC4N 3CMEN 1VQNN 1Q82O 5GAGP 3CCRN 3CPWM 1JJ2M 5JVHL 2OTJN 3J7ZO 2QEXN 2QA4N 1KD1O 4WCEL 3PIPL 1M90O 5JVGL 1VQON 5GADP 3CMAN 1VQKN 1ILYA 3G4SN 1VQ8N 2ZJQL 1S72N 4UY8O 2ZJPL 1QVGM 4WFNL 3CCLN 1VQ6N 5H1SQ 1VQ5N 5MLCQ 1K73O 1Q86O 1NJIO 1Q7YO 1OVYA 1YJ9N 1VQPN 1M1KO 1K9MO 4WF9L 3CF5L 3G6EN 3CCSN 5HL7L 3CC7N 3CCVN 3PIOL 3OW2M 3CXCM 1YJNN 2ZJRL 1YITN 4WFAL 3I55N 1VQLN 1YHQN 2OTLN 3G71N 1VQ9N 4U67L 1KQSM 1VQ7N 1YJWN 4IOAL 1VQMN 3CCMN 3CCJN 3I56N 1VQ4N 5DM6L 3CC2N 3CCEN 3CCQN 1YI2N 1N8RO 4IO9L 1QVFM 3CCUN 3DLLL 4WFBL 1YIJN 5DM7L 3CD6N 5GAEP 4IOCL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SPYA 3MN6A 3Q7CA 4A2AA 1TKXA 2P9IB 4PL7A 1K8AO 4FL9A 3IG1A 1K8KA 4KHNA 3VETA 3LDNA 4JD2B 1EXQA 1SKSA 3JAMO 3IFRA 5AJ3K 4KB1A 4CJ7A 2UXDK 3FLCO 4FJ9A 1WBBA 4I6MA 4KTQA 1RTJA 4J2BA 1BI4B 5GIPA 4CJTA 2QA4N 1TK0A 1KD1O 3K5MA 1JKHA 5J2NA 2HMIA 4FJXA 4DKWA 2ZM6K 1TAUA 3HOSA 4OKKA 1ILYA 3C6AA 5TKYA 4CZKA 2O8DB 2ZJQL 2Z1HA 3OYKA 3OA9A 4HUEA 1SQKA 3P5JA 4ELUA 3M8QA 3H45C 3EYZA 4E7LA 2ITGA 5CYQA 4CK1A 4JS5A 3SUOA 3V6DA 1RT7A 1Z25A 1IG8A 3AARA 3D45A 4B3TK 1RT2A 4CK2A 3DLBA 3VQEA 3ULEA 3MECA 4JS4A 1S6PA 3I55N 5BPNA 2E2QA 1MWKA 4FJ5A 2HHTA 5C25A 4AHSA 3C6TA 3K5OA 2RKIA 3G71N 1CLQA 4CF8A 4GVMA 4FJMA 4DQ8A 3DJCA 1KAXA 3BF3A 3VGLA 2A1RA 5A2QO 4O0IA 1NGGA 4YDUA 4HUGA 4BGBA 3K5LA 1U49A 2ASPA 4FVUA 2UXCK 3S3MA 2R7YA 1GLLO 4BR2A 4FJ7A 4B9MA 2IGIA 4E89A 3VENA 1JCEA 2GELA 2FF6A 2XY7A 1YTUA 1C6VA 2X78A 3W0LA 1OVQA 2O8CA 5EY4A 5IWAK 1YVNA 2BGGA 4R5PA 4CGIA 4FSVA 4DU1A 4IJNA 3DMJA 3HI0A 5GAHP 1XI1A 1VSKA 1IO2A 1HNXK 4B9VA 2UXBK 2E2OA 1QE1A 3TAQA 2P9LB 3CC4N 1N6QA 2AA4A 4CFBA 1J54A 2UUBK 4LFBK 1D9DA 1CXQA 2E6MA 3K5NA 3BZKA 2GUIA 2OPRA 4AHVA 2ZWHA 5BREA 2P9PA 1KFDA 2X6SA 3P83D 1RTDA 3OJUA 3UKUA 2BUPA 5FPMA 1C0MA 5F2RA 4FZZA 3VQQA 2FBYA 1RT1A 3NMUA 3RMBA 4DTRA 1Q18A 4BRMA 3VEYA 3HOTA 1NMDA 4CBXA 4RW8A 3A2FA 4WFNL 4M3XA 3K57A 3HPHA 2BTFA 1NGHA 3E01A 3TR8A 3R6MA 4H5TA 1VAZA 1TUUA 4CIFA 5HRNA 2FC0A 2D0OA 3K58A 2YJEA 5AQRA 4HCBA 3ZEUA 4LH4A 3D0PA 3LALA 3EE9A 1HUXA 4RW4A 4B9QA 3PIOL 4CJVA 2V51B 2A6AA 1KLNA 3NFAA 3KKRA 2W6LA 2OCEA 1S3XA 5M1FA 4AQYK 3THYB 4JHDA 4JI5K 3O1WA 4FWRA 4FJ8A 4DLGA 1LWEA 1HRHA 4ISFA 4CJSA 5E41A 4HUFA 4RTFD 3TAGA 1CZ9A 4Z4EA 4CJ4A 3THXA 5CE3A 5KPTA 3VF4A 2G8HA 4DQPA 3U9DA 1BI4A 3RMAA 4IEIA 1SUQA 3G25A 1XNRK 3CETA 2Y1JA 3V4IA 3TTFA 2VWBA 4O8KA 1V4SA 2QWNA 4E7JA 3DLLL 5EX5A 4DU4A 1QQNA 3AA5X 4OPKA 5JS2A 4FW2A 2V52B 4CZLA 2O8DA 5LJWA 1X1PA 1QQOA 4CZJA 3FZKA 3VF2A 4BDPA 3LDLA 3L2WA 4DS4A 3J7AP 4X66K 1QQCA 2P9UB 4X64K 2PFUA 1HJOA 2V7YA 5AZIB 4CHPA 3A5NC 2GWKA 3HO1A 1VSJA 1VQNN 3ZSOA 1NGAA 3ID8A 3WXMB 3TWHA 4B3OA 3V9WA 4FOEA 2GV9A 3VQCA 4DTNA 1WB9A 3N4QA 5HRPA 5KPRA 4E7HA 4AHUA 1S1TA 4BRNA 3D2FB 4DMNA 5LJVA 4AM6A 5JVGL 2KKZA 5M1OA 4JI6K 4K0KK 2E8AA 3OYDA 1NK5A 3CM5A 1FKOA 2A5XA 3EKSA 5ADXH 3OYBA 1NJZA 3Q7BA 1GLAG 5AFUH 3AVCA 4J2EA 3K9KA 5AQOA 3LZJA 4FLUA 1RBTA 5K14A 4QS7A 4YNQA 3TI0A 4Z4HA 2QM1A 3TSPA 3CQXA 1OVYA 1YJ9N 2WTUA 2XO7A 3RRHA 3VQ5A 3E9PA 4L8RB 4DSEA 4ID5A 4Q0BA 2Q36A 4W5OA 3F9MA 2NZTA 1BO5O 1LWFA 1Y64A 2VGMA 4DTJA 1TKTA 1X9JA 3DRRA 3LP3A 1T44A 5ADXA 5M1KA 4LF6K 1I94K 5AFUA 4CF2A 5KRTA 1N33K 3UB5A 2YI1A 2P9KB 3A5LC 2P9LA 4Y1CA 3V9ZA 4CJKA 1VSIA 4FK4A 1JLGA 4PKHA 1VQMN 3TANA 1ATRA 5J2QA 5C0YA 3OJSA 3PSFA 4YOTA 1VQ4N 3VTHA 3QEXA 3THVA 2FXUA 3C6HA 4N41A 3SV4A 2CGLA 2DTUA 1RBUA 1N8RO 2Y1IA 4WQ5C 1T7PA 1DKGD 4FWPA 4BE0A 1BOTO 4B9UA 3DLHA 1A5VA 1WNSA 2Z1JA 5FROA 1Y97A 4LF4K 4FLYA 3QBXA 1C1BA 3SYZA 1UOCA 2F8TA 2QWRA 2Q0UA 1LWCA 5JLHA 3SUNA 4H0XB 5AQXA 1HNWK 1RBSA 2ZQBA 1UA1A 2O8BB 4CGHA 4HTUA 1FXXA 1QTMA 2IOCA 1EX4A 3BF1A 3D2EB 3ID6A 3LP2A 3H3NO 4C1NI 4KH5A 4OJRA 5I3UA 4DQIA 5AQUA 2WC9A 4CEAA 2FF3B 3AAPA 4LSLA 3WXKA 3FZHA 1BCOA 1NGFA 4B08A 2A41A 4I2QA 2YHBA 3T1AA 1ZBSA 4JI1K 4BREA 2LSNA 3HSCA 5AQLA 4F9OA 1RFQA 2YKMA 2ASMA 4FK2A 1YTAA 1VSHA 1UAXA 3HVTA 2KW4A 3GE1A 3PX4A 3ZLJA 2BANA 2NRVA 1L3VA 4DFKA 3OY9A 1XHXA 4H5VA 4NXNK 2QXFA 2DY4A 3ZCMA 2D4WA 3CJ9A 4CZIA 3LPTA 1VQPN 4KKOA 1S5JA 3ISNC 4K43A 1JXEA 3QIPA 3D7EO 2IDOA 1BA1A 2PYJA 4FWOA 3VQ7A 3C7NB 3MX5A 4JKFA 3KVGA 2HBLA 4OPAA 4KHQA 1NJXA 2V7ZA 1DTQA 3VA0A 1NU0A 4F4KA 2P9UA 1DEJA 1D4XA 2CGKA 4RW6A 4IXCA 3U6FA 5AQPA 4FWQA 1HPMA 3QLHA 3L4IA 4KO0A 4Z0UA 4CZGA 3SQ4A 4KH6A 4CW7B 4B8CA 1EWQA 1DT9A 3VGMA 3NGZA 1D9FA 1ESVA 1WSHA 2O8EB 3V1OA 1JLBA 1IKXA 3OBYA 2EHGA 1F21A 5FPNA 2KHOA 1BWFO 4PWDA 1RT5A 3T19A 1KVCA 4CZMA 3KKSA 4G1QA 4XH4A 3CHWA 3D2FA 3J80O 1QVFM 4RG8A 4WQ4A 1BIZA 3L2RA 3IDHA 2YV0X 1ATNA 3NCIA 4FPAA 4IDKA 5I42A 2OZMA 1S1UA 4OPHA 1NNEA 4ILHA 3U8XA 4JAXA 4ZHRA 1MDUB 4YOVA 1RT6A 3AVMA 1IH7A 1Q82O 3N4PA 4KTZA 4DF8A 3AA4A 4ZTFA 2VWJA 4F3OA 2HHVA 5KPZA 4DTXA 3FFIA 2OANA 3H6EA 3RSEA 4CEZA 4Z4CA 1SV5A 4FZXC 1GLBG 3NGIA 2P9KA 1DGKN 2OPSA 3MEEA 3UIQA 4LF8K 1ZXOA 3SQ0A 3E9LA 4OVLA 4NCBA 1GOBA 1VQ5N 4KREA 1B92A 3F5TA 3O5BA 2QK9A 1LAVA 3HTVA 3ZSWA 2F96A 3NF9A 1EO1A 4AHTA 3QEWA 1B9DA 1U2VA 4YDUC 3HSTB 4LF7K 3HBTA 5AQIA 3UKRA 1ZBHA 3I8DA 2OZSA 4WFAL 3VEVA 4ID1A 1VQLN 2GUPA 2P9NA 1NJYA 1FJGK 4CHNA 4CBUA 4M3WA 3DWLA 1TK8A 4U67L 3KZBA 1L3UA 3PO5A 1WN7A 3OYGA 4EFHA 3OS1A 3L4QA 1G15A 2NRRA 2O8BA 1N32K 5HP1A 3SNNA 4CHOA 1KLMA 4KPYA 1KVBA 4MQ3A 3D2EA 1RILA 5EU7A 3VQDA 4DTSA 2FSKA 4C8LA 1T6CA 1E3MA 5SZTA 3AVKA 5J2MA 3O1BA 1S1VA 5LY3A 4FCYA 2ZGYA 1HKBA 5AQMA 1N36K 3M1FA 2JGUA 2YKNA 1TL3A 1JLCA 3QINA 3AY9A 3MWPA 1I39A 3DOLA 3LDQA 1FW6A 4F3TA 3O3HA 1NKBA 4CEOA 3FZMA 5BN9A 3NBPA 3VTIA 4QCLA 3CCRN 4DF4A 1TYQA 1KRPA 4BQZA 1KVAA 3C7NA 4IFVA 3KJVA 1IV0A 4DR1K 1VQON 4DUZK 3CFRA 4BRKA 5AQYA 4JKBA 3NF8A 4CERA 1SL1A 5E26A 4MO4A 1VQ8N 4A61A 2HMPA 3BP8A 4Z4FA 3MXJA 2O8EA 3QNOA 3EKUA 3AA3A 4DSFA 4Z94A 5H1SQ 5ELZA 2EWSA 1O13A 4DQQA 5MLCQ 4JRPA 3L2UA 4DUYK 1K73O 1U04A 2WBNA 4EZ6A 1S22A 4MDAA 4CD3A 1U47A 4NB4A 4JI2K 1M1KO 1K9MO 4MLEA 4B3SK 1YUWA 3CC7N 2KFNA 4IG3A 3HM9A 4M3RA 2VWKA 4DV7K 1GOCA 1RDDA 3M8PA 2G8KA 4PKIA 2E1ZA 4H4MA 3LAMA 5CYMA 3O4NA 5AZJA 4PY5A 2QWPA 1KQSM 2KLAA 2Q1NA 4MO5A 4CEEA 3AO4A 5AQJA 4X65K 2YHAA 3ZT4A 3NHGA 3OYJA 1JLEA 2CH5A 1J9AA 1XWLA 4GV6A 1TGOA 3EY1A 1JCFA 4LFCK 1NGEA 4PA1A 3AVLA 4M3YA 4RW7A 2WUSA 4CF9A 4W5RA 4CJWA 1RDUA 5GAEP 4DFPA 1CXUA 4B1YB 4DG1A 4J2DA 1NK9A 3BZCA 4J2AA 4GV9A 4BGAA 3R8EA 2OYQA 2O8FB 1NK7A 3WXIA 3WUHA 4IZ9A 4BR4A 1JLQA 3V81A 3THWB 1OKJA 5KGXA 3T3FA 3H3OB 1IKWA 3HK2A 2D0PA 3KLGA 3HRGA 3GOIA 2HVHA 3TTCA 1S1XA 4YOYA 4DLEA 3G0ZA 4FJLA 2HF4A 2Z1IA 3ZX3A 3KLEA 4HTLA 1DTTA 1IBKK 1Z05A 2YX6A 4KI6A 1HKGA 2HOEA 2P1JA 3MWTA 4EZ9A 2D1KA 2NUBA 5FLXO 4RCHA 3T7ZA 3EZ5A 1NK6A 3B6OA 3KLIA 2VG7A 3LAKA 4BC4A 4KI4A 2B4JA 1X3MA 3F9KA 1Q7YO 2GTDA 2HHUA 1T8EA 2FBVA 4H0VB 2G8FA 4CEBA 1SKRA 4K42A 1U6ZA 3OTOK 4DQSA 2J4RA 3VESA 1FKPA 3NVKA 3VQ6A 3RMDA 5BRFA 1BA0A 1QSSA 4OKEA 1RDWX 2OTLN 4W5TA 2XY8A 3LM2A 4LC9B 3ATVA 2HBJA 2JWKA 3AVBA 4NYFA 3CCMN 3O8MA 1RNHA 2GWJA 3WXLA 3VQ9A 3CC2N 3AAQA 4FWKA 1E4FT 3NDKA 1NOZA 3HP9A 2P9IA 3VEXA 1KFSA 4C8KA 1YIJN 4JD2A 3OYMA 3CD6N 4OPJA 4KV8A 4QS9A 1VSLA 3DLRA 3DXMB 1N34K 4Z4GA 1RBVA 4NLCA 1W2BM 4M7XA 3CJ7A 4PKGA 3OVNA 3T69A 4JI0K 3J8AA 3HVRA 3CPWM 3OYNA 3SAFA 1BISA 1QHTA 5LMUK 1NOYA 4YY3K 1NBWA 4YOUA 3TARA 1JLFA 3EEQA 4BRDA 5D3GA 1IJJA 1RGIA 2RF2A 1T6DA 3SI6A 1ATSA 1C0GA 3MK6A 4CJPA 2HHQA 3ZT0A 3S41A 1TKDA 3OYEA 1LAWA 1GLJO 4A59A 2W40A 4E0DA 4BG8A 5C15A 5JICA 1OH7A 4AF1A 1NGBA 3ZSRA 2WONA 1Q9XA 3ZETB 4O5BA 3SBTA 1Q86O 4DTOA 3LL3A 4LH5A 1KCFA 3P31A 3CJCA 5EVZA 2X74A 4CHQA 2W41A 2QXLA 3HXMA 3VEWA 4K8XA 4AM7A 3J7YP 4DV6K 4WQ4C 1TL1A 3TU5A 3NE6A 2VGNA 1YHQN 1S1WA 1W0HA 4DSIA 4ZTJA 1HNIA 4KRFA 3EL2A 4B1UB 2GEMA 4H5NA 4JKGB 1GLEG 1HYZA 3M6GA 4FLWA 2YCHA 3IKMA 2E6LA 3ULDA 5J2PA 3VOVA 3U3YA 3BUZB 4DV0K 4CEFA 3OYHA 2B6AA 2DFFA 4QOZB 1IKYA 2BDPA 3ZSVA 1HX1A 4I2PA 2O4IA 3CCUN 3O4WA 2VCPA 3CIPA 4H0TB 4DTPA 2E5LK 2QWQA 3QFUA 3QICA 2ZE2A 4M42A 3P4IA 3AV9A 3LDOA 1K6YA 5E84A 1KC8O 3MAQA 2QTDA 2HHXA 1NM1A 2H3GX 1MWMA 1NWKA 1NGJA 2BH1A 1HPZA 4EP4A 3ATUA 3R1XA 3M8RA 1TVRA 5HROA 2OTJN 4QAGA 1G99A 1JXBA 1D8YA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q81 O;  1KC8 O;  5GAH P;  1K8A O;  1W2B M;  3CC4 N;  3CME N;  1VQN N;  1Q82 O;  5GAG P;  3CCR N;  3CPW M;  1JJ2 M;  5JVH L;  2OTJ N;  3J7Z O;  2QEX N;  2QA4 N;  1KD1 O;  4WCE L;  3PIP L;  1M90 O;  5JVG L;  1VQO N;  5GAD P;  3CMA N;  1VQK N;  1ILY A;  3G4S N;  1VQ8 N;  2ZJQ L;  1S72 N;  4UY8 O;  2ZJP L;  1QVG M;  4WFN L;  3CCL N;  1VQ6 N;  5H1S Q;  1VQ5 N;  5MLC Q;  1K73 O;  1Q86 O;  1NJI O;  1Q7Y O;  1OVY A;  1YJ9 N;  1VQP N;  1M1K O;  1K9M O;  4WF9 L;  3CF5 L;  3G6E N;  3CCS N;  5HL7 L;  3CC7 N;  3CCV N;  3PIO L;  3OW2 M;  3CXC M;  1YJN N;  2ZJR L;  1YIT N;  4WFA L;  3I55 N;  1VQL N;  1YHQ N;  2OTL N;  3G71 N;  1VQ9 N;  4U67 L;  1KQS M;  1VQ7 N;  1YJW N;  4IOA L;  1VQM N;  3CCM N;  3CCJ N;  3I56 N;  1VQ4 N;  5DM6 L;  3CC2 N;  3CCE N;  3CCQ N;  1YI2 N;  1N8R O;  4IO9 L;  1QVF M;  3CCU N;  3DLL L;  4WFB L;  1YIJ N;  5DM7 L;  3CD6 N;  5GAE P;  4IOC L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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