1K8AO

Co-crystal structure of carbomycin a bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8aO00
2ZJPL 3CCVN 1YITN 2ZJQL 1VQ8N 1VQNN 1K73O 3DLLL 2OTJN 3G4SN 5MLCQ 3CCJN 1YIJN 3CC7N 1YJNN 1VQKN 1YJWN 1QVGM 5GAEP 3CCRN 3I56N 4IOCL 1M90O 3PIPL 3CC2N 5H1SQ 1N8RO 1KC8O 5DM7L 1Q81O 1VQLN 2QEXN 1Q82O 1Q7YO 1K9MO 1VQMN 1ILYA 3CD6N 1KQSM 1JJ2M 1NJIO 1W2BM 3CCMN 1VQ7N 3CCLN 1OVYA 3CCSN 3CC4N 1YJ9N 5GAHP 1VQ9N 1YHQN 3J7ZO 4WFAL 1YI2N 3CCQN 3CXCM 1KD1O 4WFBL 3I55N 4IO9L 1VQON 1QVFM 5HL7L 1S72N 4UY8O 3G6EN 3CMAN 5JVGL 3CMEN 4WF9L 3CF5L 2ZJRL 5GADP 2OTLN 5GAGP 3CCEN 3OW2M 3G71N 5JVHL 4WCEL 3CCUN 4WFNL 1VQ6N 4U67L 5DM6L 2QA4N 3CPWM 1VQPN 1K8AO 3PIOL 1VQ4N 1Q86O 1VQ5N 1M1KO 4IOAL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KAZA 4N41A 4LFAK 1VQNN 3SBGA 1Z26A 3CJBA 1N34K 3WNFA 1MU2A 1NGBA 2X6NA 3L6QA 1FJGK 3NGIA 2P9KB 5F1XA 2VG5A 3CM6A 4FOEA 4QS8A 2CGLA 3O8MA 3A5NC 3HT3A 3OYEA 1BGXT 3VQCA 4G1QA 3SMPA 1Q9YA 3PX0A 2E4LA 5FLXO 3VMFB 4GW6A 3BF1A 5A2QO 3WNGA 1Q81O 4J2BA 3MN5A 3KK2A 4E1MA 1Q7YO 4DF8A 1XQSC 2RKIA 3DLBA 5KQDA 4FLUA 4H0PA 3U3YA 2IGIA 3K5NA 3OYFA 1TUYA 4B1UB 2O4GA 1MDUB 4H5TA 3V1RA 3VEOA 2P51A 3VEYA 4BRGA 4BE1A 4NLCA 1XMQK 4DV4K 2IVOA 3QEWA 3I0RA 4FWNA 3UKRB 3OY9A 2Z1IA 3OTOK 1RILA 3SQ2A 2KLAA 4PL7A 3WXJA 2BDPA 2PY5A 1KFSA 4DSLA 1U2VA 4AM6A 2HHSA 5FROA 4E7LA 2ZWHA 4FJLA 1REVA 1IO2A 4E19A 2IS3A 4BR4A 4DLGA 1TV6A 4BVPA 3SQ0A 3QETA 2V52B 1BQNA 4U7BA 2BANA 3FE1A 3WNHA 2OANA 4N76A 4DSIA 1KVAA 5JVHL 3K9KA 3MCPA 3VQ9A 1K8KA 2HHWA 4E0DA 2QXFA 1W9HA 4J8FA 4OX9K 4FJNA 5C42A 2UXBK 2G8UA 3UKRA 2W42A 1T6DA 2GV9A 3SNNA 1Z05A 3BEXA 4N47A 3TAPA 4GKKK 1RBRA 1LWFA 2D4WA 4B3SK 4H0YB 4WE1A 1T05A 4BGAA 3VETA 3AVGA 3PUFA 4I9QA 3M5RA 3PX6A 1SQKA 5AZIB 1G15A 1HYSA 3HOSA 4BR7A 2E6MA 1ZC6A 3LAMA 5AQFA 4DTJA 3CC7N 4B1YB 4KTZA 4HHTA 1YJWN 5E26A 4YOTA 2XO7A 2OZMA 3S41A 5AQVA 4DV7K 2YX6A 4DTUA 4DCHA 3F2KA 3OYJA 2A42A 3D6RA 1L3UA 1GLDG 4OO1J 5KI6A 3AVJA 1X9MA 1QSSA 2YCHA 3O1WA 1ZBUA 4DS4A 1VSLA 5CYMA 1HYZA 1VRTA 4DUZK 4OKKA 4CK3A 5LMNK 3ITHA 4CZMA 3O5BA 1VSFA 3C6HA 2GELA 4JN4A 2FBTA 3KLFA 2E8AA 3SCXA 4DTOA 1OH8A 3NF7A 5LJVA 2P9SB 3NVKA 4Q5VA 4FLVA 2E2NA 3DMJA 4FVMA 3OS0A 2FBVA 1VQON 5JS1A 1TKDA 3G6EN 1IG8A 1IV0A 1UAXA 4BRKA 4FLYA 2RPIA 2KKZA 5BRFA 4DTPA 2YNHA 2I7NA 3TANA 4YFUA 3CJ1A 4CJEA 4FJIA 1A5VA 2HHTA 4JI0K 3IMXA 4PWDA 2ZF5O 1DTQA 1ITGA 5LL6Z 2R7YA 2IIRA 1T03A 3ULEB 3ID8A 1BDGA 1ZBSA 1QZ5A 3SLCA 4FLTA 2E5LK 2E1YA 4LF7K 5GINA 4OKJA 1ESVA 4CJTA 4CHZA 3CCVN 2ZJQL 2W6KA 4BDYA 5CHIA 2QKKA 3QNOA 2QI2A 4QS7A 3CPEA 3MX2A 2O8CB 2Q2RA 2WBNA 3L0QA 3M6GA 3O9SA 3ZSWA 1YIJN 5IWAK 2QWRA 4NXMK 3NF8A 3ID6A 1NK9A 4A5BA 4CEZA 1M90O 1IBMK 5BPMA 5H1SQ 5AQYA 4B8AB 3E1YA 5AQZA 3U6FA 2HMIA 3CQ8A 2ETJA 4E3SA 1DEJA 3E9OA 3AA4A 4PY5A 1K9MO 2Q3SA 4BR2A 2FSKA 1W2BM 3K58A 4KAZA 1CXUA 4FK4A 2YNFA 1A5WA 2ZGYA 3C6AA 3GL1A 1YHQN 3IS9A 3TAFA 4DR5K 2ASPA 3CCQN 3AVLA 3NHGA 4UQGA 3I55N 4W5QA 4B9LA 1QVFM 4BRFA 1HMVA 2D0BA 2OPRA 2HMPA 2PAVA 1DKGD 3O9RA 1D9DA 3EZ5A 3NF9A 4YY3K 4BRMA 1NGJA 3QEXA 3G0ZA 5M1QA 3LDNA 3KD5E 1LWCA 1D4XA 1W0HA 3LWLA 3VQEA 1CZ9A 1XNQK 3OYDA 1BWFO 3AVAA 4H03B 4RW9A 5D3GA 4ZTJA 3ZSVA 2NRVA 4NXNK 4EAHD 3FFKB 3R6MA 5EY4A 3VERA 1S3XA 3ASMA 4KV8A 1N36K 1NGEA 4LF9K 5AQIA 1C6VA 1N5YA 2UXCK 1N32K 4K43A 2ZM6K 3RMBA 2YHBA 4DB3A 2GEMA 2ZGZA 1P90A 4FWPA 4BRDA 1WLJA 4C8KA 5BPLA 1U48A 4FJGA 5JLHA 3NF6A 3THYB 4CFCA 3CCJN 4DS5A 3NFAA 5FRMA 3L2UA 1QVGM 3VQ8A 4M3UA 5AQPA 2G8HA 1QZ6A 5E84A 2HF3A 2F4VK 2FF3B 4CFBA 4DTMA 2O8FB 3T1HK 2O8EB 3TPQA 3VQDA 4J2EA 3U9ZA 4B9QA 1R0AA 4X64K 4CVNE 4OKEA 3TSQA 1TGOA 3RTVA 3S3OA 3AGKA 4KHSA 2HSTA 3NCIA 4BDPA 1HLUA 2RN2A 3C95A 4KHPK 3OYKA 2D0OA 3HYFA 3HTVA 1XC3A 5C25A 3H08A 4LFCK 3CD6N 1W7AA 2P9PB 3MWPA 2FC0A 3CCMN 1SL2A 5AQNA 2IDOA 2HOEA 4FK2A 4PKHA 4FXDA 5GAHP 1BUPA 4CZIA 1GLBG 1L3VA 1XUPO 3THXB 4FL9A 4KB1A 2FBYA 2Q31A 3AO4A 5HRSA 2YNIA 3AO3A 3CXCM 1J53A 1EKEA 1K6YA 3TU5A 3S9HA 4Z0UA 3DAWA 3R1XA 2O8EA 2F7TA 2BTFA 4DQRA 4X62K 1BIUA 3QINA 4ZHRA 3VEXA 4MFBA 3H46O 4CHYA 3JS6A 1UA0A 3A5LC 3WUHA 4F2RA 4DWIA 4JKHA 1GLJO 1FKPA 4CF9A 3H1VX 4BVOA 4JD2B 3VQ6A 3HK2A 1U4BA 4OGCA 3MECA 3O3FA 4IDKA 4MLHA 4BC5A 2WC9A 1WSGA 3SK3A 2GX9A 3EY1A 3ZETB 5T7BA 1RTHA 1QQMA 2ZQBA 3KK3A 1RDCA 2HB5A 4ILGB 4C8MA 3PIOL 5TKWA 3TARA 3QEIA 1RDAA 3L8BA 4KH4A 4DV3K 4FJ8A 2O8BA 3V9ZA 3VEZA 1LAWA 3T69A 1HRHA 3PY8A 1VQ8N 4M42A 4K25A 3SAFA 3W3DA 2O8DA 2E2OA 2UUCK 2OTJN 3RWUA 5ELZA 5KPZA 2CGJA 1WOQA 3LP0A 4LC9B 2BUPA 1QQNA 2YHWA 3ZSRA 4HWIA 3ALYA 3ZLJA 3HSCA 3PLAA 1NU0A 4CGFA 2J4RA 1JLGA 1TKZA 1NOYA 3EN9A 3L3UA 4GV3A 4GV9A 3A5MC 4OVLA 3ZETA 3CYMA 3N4QA 4F3OA 3KLGA 2FSJA 1NJYA 4YOXA 4FWRA 4O0JA 4FJMA 1JLFA 1W97L 4CEEA 4JRPA 2QEXN 4C8OA 4DV5K 3V81A 4DSEA 4DTRA 4Y1DA 4HUGA 4IFYA 1Z25A 3LP3A 4YOUA 1JJ2M 2HW3A 1XWLA 2VWBA 3DRPA 3C94A 3UKUA 2KHOA 3A0IX 3R8EA 3SZ2A 2GBZA 3J81O 3D2EA 3U8XA 4DR1K 2W6LA 4FZZA 4B3RK 3OYHA 4DSKA 3AO2A 2P1JA 4AHTA 1KLNA 3VEVA 3QDKA 1RNHA 4R5PA 4TSXA 4Z4HA 4CEBA 1WUAA 5EVZA 4I6MB 5F0XA 4CGDA 4FM0A 3NGZA 3OYBA 4CJ5A 1D8YA 2WUSA 3HPHA 5FPEA 1WSFA 2AA4A 2JWKA 1FK9A 5HROA 4CHOA 3AVMA 3GE1A 4CZEA 1V4TA 2PBDA 2IAJA 4WQ5C 3FR0A 3FZFA 3Q7BA 2VWKA 4NLBA 5AQJA 3OW2M 5AQTA 3O9QA 3I8BA 1VQ6N 4N56A 5KPTA 2XY5A 3JAMO 3V4IA 1K8AO 1JCGA 4CJFA 4IG0A 1VQ4N 3WEEB 4IZ9A 3FZMA 4MO4A 2A1RA 2UUBK 5C2FA 4O8KA 5HRPA 4RG8A 1VK0A 2ITMA 5KGXA 4JK8A 1V4SA 1QQOA 4DKWA 3RSEB 1YUWA 4XH5A 1RT5A 2GTDA 1NOZA 4I9LA 3OBWA 1YJNN 1VHXA 1E3MA 4M7XA 4LSNA 4CW7B 2YJEA 3D45A 4RW7A 3I56N 1C1AA 3K5MA 3NH1A 1B9FA 5KGWA 3P5JA 2FLOA 1IJJA 2Z1JA 3T3FA 1VSHA 4JHDB 1TK8A 3SMSA 1EP4A 3THVA 3JYTA 4KFBA 3BDPA 1RT3A 4O0IA 4B08A 1VQ7N 3KWIA 5AQKA 1GLAG 4DV0K 3AVKA 4PQUA 2YNGA 3P4IA 5AZJA 2P9IA 3LZJA 4CEOA 4DFPA 5IT9O 2QWNA 3TTFA 3I33A 3QB0A 3B6OA 1VSKA 2I7PA 1YVUA 5SZTA 4ILHA 2Q0UA 3L2WA 3SV3A 2ZE2A 5HL7L 1ZXOA 3VF4A 2NRXA 4KHUA 3TAGA 4FJKA 3BGRA 1HKBA 4JI2K 3OS1A 3KKRA 3ZX0A 3NVMA 4E7JA 4Y1CA 3KK7A 4WF9L 1O13A 4MLEA 1YTAA 1BHLA 4B9VA 2P9KA 2QTDA 4DFJA 3V6DA 2YV0X 3QBWA 3AVIA 1NJXA 4E7IA 2NRZA 3QESA 5BN8A 2Y1IA 3O9TA 3V9UA 2V7ZA 4NB4A 1KAYA 2GUIA 4BC2A 3CFOA 1JL2A 3NAEA 4FJJA 4IOAL 1JL1A 1NGCA 4DQ8A 3VTHA 1HJRA 4RWTA 4CE9A 4C8LA 4BY9C 4M3XA 4IO8A 4AILC 2NRHA 2RHKA 5MLCQ 2G8IA 4MQ3A 4FWMA 3C0BA 1NNEA 1XC9A 3N4PA 1VQKN 3DLHA 3TABA 1JCFA 1ZBFA 1TVRA 4C8NA 1NK6A 1A5XA 1KSPA 4IOCL 3LDQA 4XEIA 3I8DA 5BN9A 1YF5L 3KD1E 3LZIA 5AQQA 1EO1A 1N8RO 3IKMA 2VQEK 4JKFA 4BREA 5CYQA 4X65K 2GWJA 4CJQA 1OVQA 2QKBA 3PX4A 4PHTX 1XI1A 1HUXA 2NNWA 5BRHA 4CZLA 4ELUA 1IBKK 4HCBA 1BA0A 4CFDA 4BRNA 1IKWA 3ATUA 3O4QA 4K8ZA 1OVYA 3CC4N 3P1GA 3LDPA 4J2AA 1B92A 3QIOA 4A59A 5BR9A 4DR4K 3AARA 4FZXC 4JV5K 5AR0A 2FXUA 2KFZA 1QS4A 4JKGB 3CIPA 3CM5A 1F21A 4CK2A 3J7AP 4WFBL 5JICA 3AO1A 2DTUA 4FLWA 3R9PA 4A61A 5KRTA 3O1BA 4CJVA 3AGRA 3THWB 1OH6A 1QHAA 3AA5X 1BG3A 1S22A 4KO0A 5AZIA 3CJAA 3CMEN 2X6SA 1JLAA 3AAPA 4CERA 5TKYA 3ZSQA 1YT3A 2HBLA 2FSNA 2HHXA 4PKGA 1S6QA 4A62A 1E4FT 5E41A 3O4NA 1ASUA 3KLEA 4DV1K 3AAQA 3ZEUB 2F8SA 1YVNA 4CJLA 4F3TA 4BR5A 4Z4IA 2IVPA 1KAXA 4LH4A 4IWVA 4O4GA 3ZT4A 2HNZA 5AQXA 1LCUA 3HP9A 3DLKA 4JKAA 4DQIA 4KHYA 1T44A 2B6AA 1NWKA 5M1OA 3WXLA 1OH7A 4CEQA 1XHXA 4FWSA 3UB5A 3OYLA 4DV6K 2OZSA 2CH6A 1L3TA 2P9SA 1GOCA 4YDUC 4BDZA 3ZX3A 4O8UA 4CIGA 4KHNA 3ZT0A 5BPNA 3E01A 1BIZA 4NYNA 4AHUA 1XNRK 2BE2A 3T7ZA 2WOMA 3ENBA 1VQLN 1VSMA 3AV9A 1ATRA 4JI4K 1SV5A 1RT6A 1J5EK 4B1WB 3DRSA 3CCSN 3HPOA 2F8TA 3AVHA 5KQ8A 1VQ9N 1YAGA 4B3OA 1ZBIA 3KZBA 4JLHA 4A2BA 3ULEA 4V19S 4CBWA 5AQLA 1VSIA 2FF6A 4JNEA 4EIAA 1QTMA 3SPYA 3ENHA 4BQZA 4DTSA 5C24A 5JS2A 4M45A 4DG1A 3L3VA 2O8CA 3AY9A 3IRXA 2WFBA 1J6ZA 3EL2A 2XY6A 4B3TK 3DI6A 5J2QA 3B8AX 5GADP 1VSDA 5GAGP 2OA8A 1TL3A 5KTQA 3NE6A 2UYTA 2NUBA 4IG3A 5AQRA 3HM9A 3RMAA 4BQLA 4KRFA 4RTFD 1X9JA 1T3VA 4FPBA 4U67L 3V9WA 1RDUA 1IBLK 3R3LA 1HJOA 2Q1NA 4YOWA 3S3NA 4WQ4C 1NKCA 1VQ5N 1M1KO 4KH5A 4CJ7A 5J1EA 1KLMA 1UOCA 2HF4A 4W5TA 2ZJPL 2NRRA 2Q0RA 2P9UB 3CI5A 4FYDA 1WSEA 3NDKA 4H0TB 5C2DA 1RBSA 1KCFA 4DQSA 1RBVA 2UU9K 1U04A 4KB0A 2A41A 2E2PA 3G4SN 1X9SA 2HHHK 3IAYA 2PFUA 4DV2K 2G8VA 2DPNA 5CY4A 2UUAK 2JLEA 5GAEP 4M3RA 4OPKA 3C7NB 3HJFA 4MDAA 1ATNA 4PA1A 3EO3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KAZ A;  4N41 A;  4LFA K;  1VQN N;  3SBG A;  1Z26 A;  3CJB A;  1N34 K;  3WNF A;  1MU2 A;  1NGB A;  2X6N A;  3L6Q A;  1FJG K;  3NGI A;  2P9K B;  5F1X A;  2VG5 A;  3CM6 A;  4FOE A;  4QS8 A;  2CGL A;  3O8M A;  3A5N C;  3HT3 A;  3OYE A;  1BGX T;  3VQC A;  4G1Q A;  3SMP A;  1Q9Y A;  3PX0 A;  2E4L A;  5FLX O;  3VMF B;  4GW6 A;  3BF1 A;  5A2Q O;  3WNG A;  1Q81 O;  4J2B A;  3MN5 A;  3KK2 A;  4E1M A;  1Q7Y O;  4DF8 A;  1XQS C;  2RKI A;  3DLB A;  5KQD A;  4FLU A;  4H0P A;  3U3Y A;  2IGI A;  3K5N A;  3OYF A;  1TUY A;  4B1U B;  2O4G A;  1MDU B;  4H5T A;  3V1R A;  3VEO A;  2P51 A;  3VEY A;  4BRG A;  4BE1 A;  4NLC A;  1XMQ K;  4DV4 K;  2IVO A;  3QEW A;  3I0R A;  4FWN A;  3UKR B;  3OY9 A;  2Z1I A;  3OTO K;  1RIL A;  3SQ2 A;  2KLA A;  4PL7 A;  3WXJ A;  2BDP A;  2PY5 A;  1KFS A;  4DSL A;  1U2V A;  4AM6 A;  2HHS A;  5FRO A;  4E7L A;  2ZWH A;  4FJL A;  1REV A;  1IO2 A;  4E19 A;  2IS3 A;  4BR4 A;  4DLG A;  1TV6 A;  4BVP A;  3SQ0 A;  3QET A;  2V52 B;  1BQN A;  4U7B A;  2BAN A;  3FE1 A;  3WNH A;  2OAN A;  4N76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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