1K8KB

Crystal structure of arp2/3 complex
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
190
structure length
190
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN-LIKE PROTEIN 3
publication title Crystal Structure of Arp2/3 Complex
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 190
sequence length 190
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k8kB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1k8kB02
1HKCA 2FF6A 5AQZA 2D0PA 2QWMA 4H0YB 3P4IA 2OANA 3ZETB 3FGUA 1QZ5A 1GLLO 2DPNA 3CJ9A 4L3QA 3OHRA 2P9NA 4PL8A 5KQDA 3A0IX 2E2OA 4B1VA 2YHYA 3ZETA 1TUYA 1D4XA 3LDOA 2E20A 3D7EO 1LOTB 4FWSA 4BR5A 1Z6RA 5ADXH 2FSNA 3BEXA 4A61A 1T6CA 1NGFA 5E26A 5CE3A 1HPMA 1Q18A 4CZLA 3GBTA 4FOIA 4ISGA 1KAZA 3A5MC 1RFQA 1S3XA 1GLCG 2CGLA 1DGKN 4DB3A 2CH5A 4B1YB 1KAYA 4FO0A 3D2EA 4BR7A 4BRLA 5AQQA 1LCUA 1NGJA 3WEEB 4H5RA 2IVOA 1HUXA 4QS9A 3DJCA 4FWNA 4BR9A 5ELZA 1QHAA 3L4IA 4BROA 4JNEA 2H3GX 2FSKA 3MDQA 4MO4A 1E4FT 4A2BA 3ENOA 5E84A 3WEEA 3QMLA 4CZIA 5BPNA 5EXWA 3GG4A 4FWMA 1SZ2A 3VPZA 1ATNA 3U9DA 2VWBA 3HI0A 4A2AA 4H5TA 1SQKA 3H3OB 4DHYA 4RTFD 2F9WA 2Q31A 5FPEA 2P9LB 4H0PA 4BC3A 1YVNA 4AM7A 4IXCA 2FXUA 1P8ZA 3JXUA 4B9QA 4H5WA 3CETA 2I7NA 3LDPA 3CJAA 1X3NA 1HJOA 2ZWHA 3C7NB 3BF1A 5AQKA 2IVNA 5BREA 4I6MB 4XEIA 2P9LA 1EQYA 5LJVA 1U2VA 4CD3A 1KAXA 2ASMA 4BVPA 2P9KB 1WOQA 4XH5A 3HBTA 3C7NA 2A5XA 2QM1A 1RDWX 3IFRA 1HKBA 3ENHA 5EY4A 4BQLA 2P9KA 4KBOA 3TU5A 4GY2B 1TYQB 2CH6A 3MMVA 4FPBA 1GLFO 2E1YA 2J4RA 3W0LA 1NWKA 4EFHA 1HLUA 2W40A 5AQUA 5AQOA 3TPQA 3H45C 1TYQA 1BA0A 4NB4A 5AQJA 4EHUA 2E1ZA 1QZ6A 2BTFA 1ATSA 2QW9A 4FSVA 4BRFA 2IIRA 4FL9A 1YXQA 5AQFA 2VYPA 1GLDG 1S22A 1K8KB 3VGMA 2FF3B 2ASOA 5TKYA 4PL7A 4QS8A 3I33A 4H0TB 3ULEB 3EL2A 1G99A 3H46O 3KVGA 3MN6A 4E1JA 5BR9A 3O6WA 3QICA 5AZIA 4BG8A 1K8KA 3RSEB 3ULEA 4ISFA 5LY3A 1QQNA 2P9IB 3VF6A 3F9MA 5JICA 5AQXA 1HX1A 3ZX2A 3U4LA 4CZKA 3LDNA 3ZX3A 2CGJA 2Q97A 3FFKB 3L6QA 2P9UB 2A41A 2NRHA 1MDUB 2YHWA 3RSEA 4BRQA 1H1VA 3A5OC 5AQSA 5AQVA 3DWLA 3WXIA 4BRDA 5AQIA 3MN9A 5JMVA 4C23A 3VEOA 2E2PA 2A40A 5BN9A 3BP8A 4CBUA 3VESA 5AQLA 4A62A 4BR2A 3DXKB 1HKGA 2KHOA 3UE5A 4CBXA 1J6ZA 4B1WB 3EKSA 4MO5A 5AQYA 3A5LC 4BC5A 1JCEA 3CJ1A 3FZFA 4F9OA 3O5BA 3QB0A 4K43A 3DXKA 3WQTA 3EN9A 4M7XA 2Q0RA 3GE1A 1YUWA 5AQNA 1C0FA 3VEWA 3H3NO 4FWLA 3VETA 3BF3A 4BRHA 1V4TA 1BOTO 3FLCO 1C0GA 4JHDB 1GLEG 4M63C 3FR0A 4MLHA 4AM6A 2Q36A 4CBWA 2PBDA 5F1XA 3WUHA 2CGKA 3I8BA 2AA4A 2NLXA 3D2FB 3O8MA 4K41A 4WQ4A 2ZGZA 3WXJA 1DKGD 4YDUA 3VOVA 3R8EA 5EX5A 3AARA 4H0XB 4BRGA 2QWPA 5BN8A 1ESVA 3EKUA 3CI5A 4FWPA 2GELA 4HWIA 1T44A 3AY9A 3CQYA 4IO8A 2YJFA 2ITMA 4FWQA 5AFUH 1ZBSA 1Z05A 4H0VB 3MN7A 4K25A 2QWNA 4BRIA 4BQZA 2ZF5O 3KHYA 1NGGA 4PKGA 3KZBA 1Y64A 1TUUA 1NGHA 3U8XA 1U6ZA 4HTLA 2D1KA 2PAVA 3IDHA 4CJ7A 4CZMA 5FPNA 4RWTA 4FWOA 2D4WA 4XH4A 5ADXA 3GOIA 4BC4A 1QQOA 5AQWA 4EHTA 3FZLA 3O1WA 5I9EB 4I6MA 3EO3A 1NM1A 1KXPA 2GUPA 3QFUA 4MLEA 2V7ZA 1SAZA 2QWQA 3WXKA 2QWOA 4WQ5A 3SJHA 1T6DA 1OKJA 1BU6O 1XC3A 4CZHA 2QXLA 3HSCA 4BRNA 4JD2B 4BGAA 4H5VA 2FLOA 4RCHA 5AQRA 1NGDA 3A5NC 4K42A 4CZGA 3CJBA 2D0OA 4CI6A 4BG9A 2HOEA 3LDQA 3H6EA 1NLVA 1YAGA 2YCHA 3CHWA 3B8AX 5F0XA 5LJWA 2P9PB 3VF4A 3QBWA 4Y0WA 2ZGYA 3FZMA 4JD2A 3O1BA 4QS7A 3G25A 3SLCA 1NBWA 4BVOA 2AP1A 4IJAA 1DEJA 5AQHA 1BDGA 2Q0UA 3CJ7A 1QQMA 2A6AA 3HZ6A 1ZC6A 5KQ8A 1V4SA 2IVPA 2I7PA 2P9PA 3DXMB 3J8AA 3ZX0A 2WUSA 5JLHA 1IG8A 2QWRA 3HM8A 4Z94A 4FPAA 4BGBA 3CIPA 1IJJA 3SMSA 3WXLA 4BC2A 2UYTA 3DXMA 2E2NA 2E8AA 3BUZB 3SK3A 4BRMA 1NGBA 5KPTA 2QWLA 5BRFA 4M7YA 4NO7A 3CQXA 3HTVA 1GLAG 3JS6A 3GL1A 5KPZA 4PKHA 4BRKA 2P9IA 3R9PA 1JCFA 3FZKA 3IMXA 2YI1A 4WQ4C 4YDUC 2P9UA 1RGIA 3AAQA 4GNIA 1X3MA 4DQ8A 5KPRA 4B1XB 1E4GT 2W41A 1BUPA 3AAPA 1NMDA 4WYBA 3VGLA 3VEXA 5AZJB 4IWVA 4JAXA 1MWMA 2ASPA 3D2EB 2NZTA 1BWFO 5BPMA 5AR0A 3GDQA 1NGCA 1NGIA 5AQTA 2A3ZA 3ATVA 3S41A 3CERA 5AZJA 3H1QA 4BRCA 1BG3A 3QFPA 4FWRA 4JHDA 4CD1A 1R59O 3EZWA 5BRHA 2GWKA 3VENA 4WQ5C 4J8FA 2GTDA 4BRAA 2P9SB 5EVZA 5AQPA 3D2FA 3ATUA 3IUCA 3O4WA 1CZAN 4ISEA 3LM9A 3W3DA 2E2QA 3WT0A 4FOEA 1GLJO 2P9SA 3VEZA 3FZHA 3FE1A 4EIAA 4H5NA 4B1UB 1JCGA 3LL3A 4H03B 3LM2A 4BR4A 1GLBG 3M6GA 2VCPA 5FPMA 1ATRA 4JN4A 1WUAA 4O8KA 1XQSC 4DCHA 1NGEA 1NGAA 2HF3A 3CJCA 1U2VB 2BUPA 2GEMA 2YJEA 4PKIA 5EOYA 4H0OA 3U9ZA 5BRDA 3MK6A 4B1ZA 4FWKA 3M3ZA 3ID8A 3UKRB 3WQUA 5FPDA 3SMPA 2HF4A 2V52B 3UKUB 3O80A 2YHXA 4XH1A 3O08A 2Q1NA 4BRPA 3VERA 2GWJA 3VEVA 3UKRA 3MN5A 2EWSA 1BO5O 3DAWA 3UKUA 2Q2RA 2F9TA 3QBXA 5F2RA 3R6MA 3VF2A 5B8HA 1X9JA 3LDLA 2V7YA 2HMPA 1XUPO 3L0QA 1MWKA 4BREA 3ZEUB 3M1FA 2A42A 2E88A 5BPLA 1BA1A 3QDKA 4LC9B 5AQGA 3A8YA 4O5FA 4CZEA 1MA9B 1ZXOA 4CZFA 5AQMA 3ZEUA 5AFUA 5AZIB 3MCPA 4IJNA 3VEYA 5JLFA 4IZ9A 2P9NB 4CZJA 2FSJA 2V51B 4BR0A 3H1VX 4EAHD 3C0BA 3VGKA 3UB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LZIA 1SL1A 2OPQA 3ZETB 3P4IA 3FGUA 1GLLO 2QTDA 4DR4K 4CJLA 3MAQA 2RF2A 2P9NA 2UUCK 3AVFA 4B1VA 2YHYA 1TUYA 4LF8K 3LDOA 2QKBA 3I0SA 4FJGA 1Z6RA 4W5QA 1RTHA 1KD1O 3AVJA 1OVQA 1NGFA 4Z4FA 5CE3A 4IDHA 3RRGA 3K59A 3GBTA 4FOIA 4ISGA 4NLCA 1RFQA 4DB3A 3HK2A 1DGKN 3PX6A 4JI4K 3O4NA 1VSFA 4FO0A 4CK2A 1ITGA 2YHBA 5HROA 5A2QO 1VQNN 3L2WA 4QS9A 4CHQA 4JRPA 3KTQA 2HHVA 2G8KA 5ELZA 3IS9A 3M8RA 2X6SA 5GAHP 4BROA 2H3GX 4JI6K 1E4FT 3DRSA 4JK9A 4E0DA 3MWTA 3WEEA 2O8DA 1B92A 3QMLA 4CHZA 2WTUA 1WSIA 4CJ3A 4CZIA 5BPNA 3RR8A 5EXWA 1OVYA 1SZ2A 4CJQA 1ATNA 3DLRA 4Y1DA 5CY4A 3H3OB 3NF6A 3TARA 4W5OA 5HRNA 3VQQA 4KHQA 4DF8A 4HTUA 2Q31A 4HUFA 2P9LB 4H0PA 1RCHA 4I7FA 2PZSA 4K0KK 3DRRA 1P8ZA 1EETA 3CETA 3CJAA 1X3NA 5HOOA 3KLEA 2IVNA 4KB1A 4I6MB 5KRSA 4XEIA 4DV2K 1OH7A 1E3MA 2P51A 1BIZA 1QHTA 2O8CA 4YOVA 3C7NA 3LPUA 1RTIA 1SV5A 4CFAA 3KK1A 1U04A 1RDCA 3OBWA 3TU5A 4GY2B 4KI4A 3DMJA 4F8RA 3N4PA 3Q7CA 3C65A 3OA9A 3W0LA 4OKJA 1NWKA 4DMNA 4UY8O 4AHTA 2W40A 4KHYA 1TYQA 4NB4A 1IO2A 3T1AA 4EHUA 2ZD1A 3DLLL 4CEBA 4X65K 1KVBA 5DM7L 1NMNA 4NLBA 1YXQA 2PYLA 1GLDG 4JKEA 3V4IA 1KTQA 5TKYA 2ASOA 4CGGA 1ZBIA 4CECA 3ZSYA 5GAGP 5BR9A 4E1JA 3QICA 3HP9A 4BECA 4DTUA 5C2FA 3V9SA 4IG3A 3I0RA 1S1TA 3QLHA 3OY9A 4CZKA 2P9UB 2YHWA 3RSEA 2PY5A 4HUGA 5AQVA 4F3OA 3WXIA 4BRDA 4FJJA 3VQ5A 1BIUA 1HNZK 2G8WA 3VEOA 2OPRA 2A40A 4DSJA 3P38A 5C42A 2EX3A 3AVCA 5FRMA 1B9DA 1T3VA 2KHOA 3AVIA 3EKSA 3CPEA 4DTJA 4MO5A 4J2BA 1SKWA 2O8BB 1CLQA 3K5LA 1M1KO 3CJ1A 3FZFA 3NVKA 4F9OA 3O5BA 3QB0A 3EN9A 3THXB 2Q0RA 3GE1A 3VEWA 4CW7B 4FWLA 3VETA 1BOTO 1IKVA 1K6YA 3SAFA 4FM0A 3VQ9A 4GKKK 1HYSA 3CCMN 2PBDA 3OYLA 3CCQN 5F1XA 4QCLA 2NLXA 4WQ4A 1DT9A 3O8MA 4B9SA 1DKGD 5FDLA 5GIPA 1K73O 2HBKA 3K5OA 4FWPA 1KFDA 4BEBA 3AY9A 3CQYA 4BWMA 3T1YK 5AFUH 4K25A 1LW0A 2QWNA 4YHHK 5J2QA 1TKDA 3CD6N 2FBXA 3SNNA 2A1SA 4K8XA 4HUEA 2VG7A 3CXCM 3IDHA 4CEDA 2E6MA 4FWOA 3G6EN 5ADXA 4K8ZA 4LFAK 4BC4A 3RR7A 3OW2M 1S72N 1YT3A 1TAUA 5I9EB 4I6MA 4NXNK 3QFUA 3SAGA 2QWQA 2QWOA 1BISA 4WQ5A 3V9XA 3OYDA 3CFPA 1T6DA 3VTHA 4FLTA 1NU0A 1XC3A 4YOXA 5M1OA 2B5JA 4JD2B 3S3MA 2FLOA 4O44A 4RCHA 1NGDA 2GUIA 2WONA 3DLEA 2HOEA 5F0XA 2P9PB 5AJ3K 3SBGA 1J5EK 1S6QA 4IG0A 3TTFA 3G25A 1VQPN 2UUBK 3FFIA 3HZ6A 4CE9A 4KB0A 2HVIA 4FVMA 4CJSA 5KQ8A 1CZBA 3SCXA 4FW1A 1IG8A 2W6LA 3CCUN 2XY5A 4LH4A 4PA1A 1T7PA 3O9QA 4OGCA 4U67L 1HMVA 3JSMA 2KTQA 2QWLA 5CZ1A 4NO7A 1LAVA 3HTVA 1QS4A 3ZSXA 4CK1A 3WNGA 4PKHA 4OLAA 4Z4EA 4KFBA 3EYZA 3DYAA 3IMXA 2YI1A 4Q0BA 2Z1JA 3V1QA 1YI2N 5LL6Z 4JI5K 2P9UA 3NF8A 1GOAA 5HBMA 1KLMA 5KPRA 4B1XB 1NJYA 3CM5A 4RW7A 1QSYA 1NMDA 4WYBA 1JLGA 3VGLA 1RDUA 1UAXA 3QINA 3P1GA 4IWVA 3VQPA 1QVFM 5I3UA 2XY8A 3M8PA 3D2EB 2NZTA 3SQ1A 1BWFO 3BGRA 3LDSA 2Y1IA 2IOCA 2O8BA 5BR8K 1RTDA 3S41A 4KHUA 1LWCA 1EWRA 1M90O 3VQ4A 4BRCA 1BG3A 3CMAN 4JRQA 2HNYA 1R59O 2GWKA 1EKEA 1N8RO 2HBJA 1EXQA 3DRPA 4PWDA 3HPGA 1GOBA 1UWBA 3IUCA 3LM9A 3QEWA 1TKXA 3W3DA 3TANA 4FOEA 4EP5A 1NK6A 1VK0A 4GMJB 3FE1A 5C2DA 4H5NA 1W7AA 3LM2A 3M6GA 3OS0A 4JS4A 1VRUA 1D8YA 1NGAA 4CIGA 4N47A 3AVGA 3G71N 3VQ7A 5BRDA 1VQON 1FKPA 4LF5K 3THYA 4CJFA 5JVGL 3EE9A 5K14A 2V52B 4ELTA 3UKUB 4E3SA 4XH1A 1XHXA 4NCAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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