1K8YA

Crystal structure of the tryptophan synthase beta-ser178pro mutant complexed with d,l-alpha-glycerol-3-phosphate
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
268
structure length
255
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
publication title Crystal structure of the beta Ser178--> Pro mutant of tryptophan synthase. A "knock-out" allosteric enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 95
structure length 255
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2001-10-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1k8yA00
2V2HA 1GZGA 2DORA 4LT9A 3LI0A 4K36A 1G7UA 1Q3NA 5I3KA 4JTFA 4MVAA 3DFNA 3STEA 4DPPA 3BW3A 4GUIA 1OYAA 4C1KA 3T78A 1EP2A 3IEBA 4X2RA 1BTMA 2ATMA 2X2GA 3W86A 1KM3A 3LHWA 3G8EA 3S5NA 1ME8A 4PCFA 4YWIA 3BLEA 1W5QA 3EXSA 5FF3A 3IIOA 3K30A 4LU0A 2DZWA 4MKNA 3CEUA 2J24A 4NX5A 1T96A 4FNTA 3KVLA 2QCCA 5EKYA 1XL9A 2ISSA 2Y61A 1X6UA 1WXJA 1ME7A 1K02A 4UNKA 2DP3A 2AAMA 2QUUA 4O54A 5F4SA 2VFEA 5HJLA 2F7FA 3R13A 2V2DA 4QJ1A 1Q6QA 1Q45A 3PULA 1KFEA 1OX6A 4GWEA 2QCDB 3UWUA 1WYIA 2EHHA 1KFBA 3W6YA 3ABSA 3W70A 1W8SA 4RV8A 5U4NA 4AHQA 1VH7A 3N19B 3W2LA 4Z1AA 4DELA 3WK2A 2EAWA 4O14A 1P4CA 4MYAA 4ADSA 3IGSA 1KW1A 1OFOA 3NM1A 2KZHA 5LHFA 3UY8A 4U4MA 1I8JA 4XTDA 1VHNA 3DH7A 3LERA 3SGUA 3RF9A 5AOUA 4MOZA 1YDVA 1LBMA 3HB9A 5H2ZA 5FESA 1U83A 3ANYA 2CLEA 2WO5A 2FDSA 4MY8A 2QCMA 1SW7A 4GE8A 3M0ZA 4NU7A 1LYXA 2Y6ZA 2ZCGA 1JCXA 2J9YA 3H53A 5D37A 1K7FA 2Y7DA 4NZFA 3S42A 1FCUA 1XBYA 3KAOA 1VYPX 5G1YA 3PG8A 4LC8A 2FQIA 5H91A 3FKKA 2ZRZA 1W5PA 4JTLA 4QISA 2YXGA 1EB3A 3LTSA 4NNAA 3MHUA 1TTQA 3MWAA 2LLEA 3M5XA 1FDZA 2C16A 3CB8A 3N2XA 4PL1A 3TIMA 5LKYA 4WZHA 3IIPA 1TTPA 2ZRUA 2NXIA 4IWWA 3NQGA 1SQ7A 5EL1A 2CW6A 5FEWA 3DFOA 3DZ1A 5F1UA 1R2RA 3DENA 4Y96A 2FB2A 3O05A 1G7VA 1G4EA 3SGZA 5KINA 4FEZA 1TPH1 3A5VA 3W7LA 1YADA 4QSHA 4KFPA 2QR6A 2PRLA 1GVFA 3KRZA 1GT8A 3BV4A 5K9DA 4UTKA 3NQ6A 2X1UA 3W1AA 3C2RA 1W5MA 3EWZA 3TV8A 4E38A 3NQ8A 2X30A 5U7SA 1KA9F 1KM4A 3FOKA 3M44A 4QNEA 1V5XA 2RFGA 1XBZA 3B05A 5K9XA 3QSTA 1W0MA 4UR7A 1GG0A 3L9CA 1H63A 3FJLA 1KM2A 3O16A 3R5EA 3TCEA 1TRIA 2C14A 3LCIA 3V75A 2TYSA 1SR9A 1W54A 3CC1A 3P81A 4M6QA 4FIRA 2C3ZA 4JX5A 4HNVA 4A22A 3EKZA 1H50A 4GJ1A 1VHCA 3A9IA 3MI2A 2WQPA 1YDNA 5HULA 2J6XA 4XKYB 1NVMA 4IGHA 3QEZA 4ZQCA 1OF6A 4UC5A 1LOSA 3LX9A 3LHUA 3C6CA 4AH7A 4N6EA 1H62A 3NL5A 2GPTA 1R30A 2Y85A 2ZRYA 4YCOA 1LORA 3TK7A 1W5NA 2Z1BA 4DXVA 4IQLA 3S6DA 1JCNA 3W72A 2NZLA 5CPLA 3W7GA 1CI1A 8TIMA 4NUWA 4RZ6A 3UWVA 2BSLA 4NXSA 3SZ8A 4RXFA 1FBAA 2CLKA 3ABQA 4Z0SA 2V0TA 3N14A 3W1LA 2JGQA 1YDOA 4MFEA 2A7RA 3BVJA 1RD5A 2DZTA 2XFWA 3C3NA 3G18A 1MEWA 2F84A 1LBLA 3HG2A 5LNWA 3NQDA 1F05A 3WK1A 3QW4B 3C52A 1LCOA 2YZRA 4DO5A 3EKLA 3F4NA 3TMQA 3I68A 2Y62A 3GDTA 1WAUA 4O1DA 3MI6A 3PSVA 1GVQA 2I14A 3CIWA 2A5HA 4UCGA 4NVTA 4O1BA 4UTTA 2V9DA 3KFTA 2QAPA 2VC6A 1JRBA 5HINA 1L2UA 1IXPA 4M19A 2CLLA 3S5OA 2VKZG 4IMCA 4JR5A 3WJWA 5J5DA 5LNSA 3I7QA 3G22A 4IMGA 1OF8A 2B7PA 5AB3A 4RJEA 1OX4A 3I6RA 4K8HA 4XBSA 2B4GA 4RK8A 1DJQA 3GNDA 5DLCA 3GDKA 1I2OA 3LCXA 1YLVA 1DVJA 3BARA 2ABBA 1RR2A 2IQTA 3M1ZA 1JR1A 1BKSA 1OFDA 2TSYA 3IVTA 2QDHA 5DCBA 4NZJA 5FI8A 1QR7A 2PCQA 3B03A 4GUJA 4JTGA 4BWLA 1ICQA 3QF0A 2VFIA 4X22A 3EWUA 1VQTA 3GLCA 5GVJA 1OK6A 1L9WA 3EX6A 2B7OA 4X9SA 3RK8A 3E96A 1AW2A 1OFRA 2Q3OA 3LCLA 4LVBA 2NV2A 4UFHA 1ZHAA 2NUWA 3NEVA 3A21A 1KM1A 5DCEA 4HSOA 2YYTA 4N9EA 2A21A 2VFDA 3QH2A 1KM5A 4ONVA 4IPIA 4HNTA 1B9BA 4UFJA 4Y9AA 1TJPA 3MMTA 4WJEA 3LCFA 4UFIA 4CQ9A 2YR1A 3G0XA 1DORA 5A8GA 3TFXA 1H7NA 5D04C 5DBUA 4MLJA 4N9BA 4UMAA 1O5XA 3C2OA 1JCJA 1NF7A 1LLWA 4NJGA 3DFTA 1VJIA 4BR1A 4O10A 3KRSA 3RLVA 4UFMA 4A2RA 3W1QA 3MBDA 2A4AA 1SPQA 4H3DA 4N9DA 3W73A 3SW6A 1FCBA 1WDWA 2HS8A 1LDCA 1VLWA 2O7QA 5HUOA 3W7CA 4DQWA 2GUUA 3NPVA 3SJ3A 2OT0A 4BK9A 5KZMA 1EP1A 4H4IA 2QCGA 5L6UA 2W0UA 3S1VA 3P8JA 5C55A 2H90A 1GEQA 1SO6A 1GWJA 1O95A 3DFQA 2R14A 3TU9A 1YPIA 3UWYA 3FIGA 3VE7A 5E1QA 3UWZA 3STGA 3DHFA 3LXAA 4ZQPA 2ZDRA 2JKPA 4CCDA 4JEQA 1MEIA 5FF2A 4TU1A 2V5BA 1EIXA 1F7BA 4UTIA 2E09A 2E6AA 3PG9A 3T55A 3S1UA 3UWQA 4OT7A 4K37A 4K8EA 3LRLA 5KZEA 3IIVA 1B4KA 1VCFA 1RZMA 3W75A 3TSDA 3CWOX 3EX2A 4S1FA 5F4WA 1NEYA 3T44A 2R8WA 1H7WA 2VXNA 3C61A 2VEPA 1WX0A 3IVSA 1ICPA 1Q6OA 4Q4KA 3EWXA 4X3ZA 3LCGA 3GXTA 4G1KA 1ADOA 1W5OA 1QNVA 3KVJA 3LDVA 2I1OA 1VZWA 3GVGA 4O15A 1SU5A 3R8RA 3H55A 4W9TA 3QPYA 1NAL1 1ICSA 3S5YA 3KHJA 2Z6IA 1EUAA 1UJPA 4TX9A 5K3VA 5LGZA 4LS2A 3PBUA 5F2MA 4JTHA 3EEGA 3W7NA 3E49A 1SUXA 1RQBA 4Y6GA 4JY9A 4MUZA 1EUNA 3M43A 3EX1A 4GFSA 1FUYA 3A22A 5I3HA 3VCRA 5KMYA 3W1PA 4LC6A 3S5ZA 3L67A 2V5LA 4DBDA 3LM7A 4UTMA 1F76A 3TE9A 1YTKA 1IXOA 1AL8A 3TA6A 3L68A 4IMFA 3EXRA 4Z1BA 1I45A 2Q8ZA 3TSMA 2ZQ0A 1KTBA 5TBOA 2G5WA 1TYGA 1VC4A 4IPJA 3DI0A 1ZCOA 2H3DA 2DZXA 2BTMA 4BF9A 3LV5A 3NNTA 1MO0A 3B0PA 2EGZA 3LV6A 1VCGA 3W7PA 1QFEA 4OQVA 4LNYA 3HJZA 5TIMA 3JR2A 1M7OA 3EWWA 4A2SA 3KXQA 3G1SA 4FIQA 3TH6A 1TB3A 4O12A 1P1XA 2RHGA 4UMBA 4GRSA 3B8DA 3I7SA 4IX2A 1KFJA 4UTLA 1ALDA 1JQXA 3QFEA 3GDMA 3W76A 1TV5A 4ALDA 4ZL1A 4FXRA 3TW7A 1F6KA 4R34A 2GQAA 3EX3A 2C19A 2Y7EA 1W1ZA 4BFAA 1SZNA 4A21A 2PRMA 3S9YA 1AW1A 1HTIA 3R12A 1H61A 1PE1A 5L9FA 1GQNA 3G1AA 3F1QA 1DJNA 3EX4A 1M5WA 3O15A 1XDMA 2A2IA 3CHVA 1KFKA 3GXPA 3QMRA 4LRTA 4LOCA 2FFCA 3O63A 2C18A 3TMLA 3W1RA 2BWGA 4AB4A 3PSWA 5DCDA 1W37A 4M5PA 4HHPA 3TDFA 3C4UA 4RXGA 1AW5A 4IXXA 3W7EA 4RZ5A 4WUIA 4HT3A 3P5ZA 3W7HA 3O1NA 2NX3A 3BPWA 2JKAA 1OFBA 1EP3A 2J9ZA 2AQWA 2CLFA 2VFHA 1TPB1 2WPBA 3IRDA 4GUFA 3UD6A 2ZTJA 3FYPA 3FEMA 3O6YX 3T4CA 2CLOA 3KVKA 1MXSA 4YMZA 3S0CA 1JQVA 1OK4A 1GPWA 2ZA1A 5AHIA 4WOQA 3MO7A 1KTCA 4WOZA 2FIQA 1OG0A 1DOSA 2W6RA 3NZRA 3RU6A 2P10A 1FQ0A 2OX1A 4JDYA 1TJRA 2BXVA 4FNQA 4ZQRA 1W31A 4NQ1A 1UB3A 3HMJG 2WV8A 3AO0A 3MJYA 4UMCA 1H51A 3TAOA 1F73A 4XQ6A 4MFDA 3L2IA 2DZPA 1EWDA 1P0NA 3FS2A 1G6CA 1KV5A 1SO5A 1O94A 3LTPA 1P0KA 3M9YA 5KZDA 4CNOA 1TCDA 3IIXA 1X1ZA 1BWKA 3GAYA 1QPQA 2GJLA 3G0SA 3G1XA 3W2NA 3VFLA 1SZGA 2TRSA 3UPWA 3E02A 5T26A 3U8GA 1JVNA 1H1YA 2YFOA 1K8ZA 4JTIA 3W9ZA 4BI7A 5D05A 4GUHA 1BEUA 4CNPA 3L66A 2A6NA 3LXCA 3HGRA 4WY0B 2FB3A 4DEFA 1DKWA 5AHMA 1R46A 3QM3A 1C9DA 1PL9A 3GNNA 3OBKA 5F4XA 4O11A 4OGZA 5AC6A 2V82A 4BI5A 3CQ0A 4UR8A 2WNNA 2X1SA 2Q8LA 2RDTA 1L6SA 1A5BA 3G1HA 2ZZ1A 1TMHA 3UPBA 2O7SA 4HSNA 3W88A 4FNUA 3W2JA 1TQXA 2B0MA 3TW6A 1VGAA 1GYLA 3W7RA 4N2YA 4UUIA 5ABTA 1F2JA 3DKLA 3HF3A 2GQ8A 4K7YA 4A3UA 3P62A 4JTUA 1TO3A 4AF0A 3FA5A 1TPEA 3DBPA 2WNQA 4KWVA 1RQEA 3NQAA 5D2VA 1FXQA 1TRDA 2FLIA 3GIYA 3TQVA 4N6FA 3RFAA 1H7XA 3EXTA 3W7MA 5D32A 2QJGA 3MI3A 2B7QA 3NQMA 3PWAA 4LY8A 3PR2A 4HIBA 1WBJA 3VNDA 5I3GA 3SR7A 3CPRA 2FPVA 3W23A 3ZS4A 3PUOA 3TXVA 4ICNA 3NYZA 2NWSA 5D30A 3IVUA 4AWUA 3L21A 4RR4A 5F2GA 1QAPA 4AAJA 1MEHA 2ABAA 1TTJA 2E5BA 4LV9A 1Y0EA 3M5VA 1A5CA 3GDRA 3LHYA 1K8XA 1WA3A 2NX1A 3DKJA 3GR7A 1HO1A 1LBFA 3A5FA 1A5AA 2V81A 5CSSA 3USBA 4O4WA 1EA0A 3PBYA 4K7VA 4KFNA 2Q3RA 3HPZA 3CM4A 3M6YA 5K2ZA 1GTHA 2ZA3A 3PB0A 4LVDA 3HOJA 3UYCA 4IOTA 1TV7A 1AG1O 1JCYA 3LLFA 3BLIA 3NQEA 3PVFA 3HG4A 3W7IA 4AXKA 5DY2A 1K03A 3G3MA 3GDLA 3W2UA 1K7EA 2QUTA 4QITA 5DXXA 4EVZA 2OZ0A 1I2NA 1JRCA 5AC7A 2Y7GA 2HS6A 4NNCA 1E51A 3NVTA 1VPXA 1PCWA 2WJZA 3BO9A 3CLMA 3VKJA 2OJPA 4XTIA 1GOXA 4O18A 3IV3A 4LUJA 4LVAA 4LUIA 1DQXA 5FEZA 3W7DA 3M5ZA 4FB7A 1ZY9A 3P61A 3VE9A 3NPWA 5E93A 3W1XA 1QMLA 3W7OA 3V1PA 2NLIA 3M7WA 5DELA 4R33A 3NL6A 4RLIA 3D0CA 5K4ZA 2V2CA 4UTJA 2E5CA 1TPWA 4K39A 3ZWSA 2RDWA 3Q58A 3LTYA 5AYZA 3B4UA 1I2RA 4O17A 1A53A 3MUXA 3LLDA 1LOLA 1B4EA 4B5NA 1B57A 5D33A 2X16A 4MPQA 5BW6A 2QKFA 3MBFA 3SECA 2D73A 3NPUA 1X8FA 4CQAA 5CKSA 1W3IA 1SFJA 2NUYA 2A6LA 4GXMA 3TQ0A 2ZTKA 3NL2A 5HR6A 1VR6A 4XBKA 1H7OA 3MYOA 4ORIA 1GJPA 1QWGA 2JBMA 3NG3A 1N8FA 3ELFA 2A85A 3E0IA 4JX6A 1DQWA 1YYAA 2WKJA 2B7NA 5G1TA 3L5LA 3W1UA 3NQ2A 4JTTA 2RDUA 1FCQA 2J9XA 4O4VA 1D9EA 1G4TA 3N9SA 1OHLA 2FPYA 3E9AA 3W85A 1G67A 1OVDA 2J88A 1QOPA 5C6MA 3BG9A 3FKRA 2PE4A 1WOAA 1UASA 3HGSA 3AJXA 1ZAIA 3GYEA 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 5LNR A;  3RLU A;  1J5T A;  3SY5 A;  1GVO A;  3WK0 A;  4POD A;  2YW3 A;  3TQK A;  3G24 A;  4POC A;  4PC8 A;  3IGX A;  1OYB A;  1ZFJ A;  3O6C A;  5LNU A;  3Q94 A;  4CNN A;  5AHF A;  5LHE A;  4AEO A;  1OJX A;  4PTN A;  3C2F A;  2FJK A;  3S1X A;  5EY5 A;  4AHO A;  3O06 A;  3W3O A;  5I3I A;  2FTP A;  4MZY A;  3H54 A;  5IM5 1;  4I7U A;  4CLM A;  5F2I A;  1LZO A;  5CPO A;  1ZNN A;  3G1Y A;  1RQH A;  3WJS A;  3TRO A;  5D02 A;  3N34 A;  1ML1 A;  4EWN D;  1LRT A;  1DBT A;  2NX9 A;  4Q32 A;  2ALD A;  3NOE A;  1F74 A;  1UUM A;  4JDB A;  3DXI A;  4UTU A;  3BK0 A;  3MP5 A;  3PUE A;  5EYW A;  4P2V A;  1H5Y A;  1IGS A;  3C0J A;  4FF7 A;  1U5J A;  4Z1D A;  3M5Y A;  1LRQ A;  3HO8 A;  3PBW A;  1NSJ A;  4DO6 A;  2Y88 A;  3KOF A;  4N4P A;  3MP4 A;  3FJ6 A;  3LCH A;  3NQ7 A;  2UV8 G;  2ZZ4 A;  4PL2 A;  4AVF A;  1N55 A;  4EF9 A;  1IIG A;  5AYX A;  3M47 A;  3NPX A;  4S2C A;  1M7P A;  1FWW A;  4NNB A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2V2H A;  3ZIZ A;  1GZG A;  3N29 A;  4LB4 A;  1Q3N A;  5I3K A;  3FVM A;  3T78 A;  1GNX A;  2OZ8 A;  2YKK A;  5HA7 A;  4PUJ A;  4CEU C;  3W86 A;  3S5N A;  4PCF A;  5FF3 A;  4U5K A;  2J24 A;  4FNT A;  3KVL A;  2QCC A;  5EKY A;  3P3B A;  4BHY A;  2Y61 A;  1Z3N A;  3C3U A;  3Q65 A;  1X6U A;  3APG A;  4LCS A;  1K02 A;  1E3Z A;  1JPH A;  4AVO A;  3FJ4 A;  3KOX A;  1KFE A;  4GWE A;  3UWU A;  1AUS L;  2DIK A;  1M41 A;  1IR1 A;  1OCJ A;  2R9R A;  5U4N A;  1AJ2 A;  3KCJ A;  1BSI A;  2OZ3 A;  2D0H A;  1E6X M;  3BCF A;  3W2L A;  4JTR A;  4ZFC A;  3WK2 A;  2OGJ A;  3NXL A;  4MPK A;  4MYA A;  5BXP A;  3H2N A;  2KX9 A;  1KW1 A;  1OFO A;  4EPK A;  2KZH A;  4XTD A;  3IK2 A;  3UZY A;  3RF9 A;  5HNT A;  4QSF A;  3GH5 A;  4MOZ A;  5H2Z A;  1HL8 A;  1U83 A;  1NAR A;  2CLE A;  4IFR A;  3IUH A;  1UQY A;  4WDX A;  3VUS A;  5EML A;  2CBU A;  2D1Z A;  4GE8 A;  4A05 A;  1LYX A;  3W01 A;  5D37 A;  1K7F A;  1V77 A;  2Y7D A;  4NZF A;  3S42 A;  3KAO A;  5GNZ A;  1VYP X;  2VVN A;  1QBB A;  2FQI A;  3DEC A;  2ZRZ A;  2BVD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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