1K9MO

Co-crystal structure of tylosin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 52
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1k9mO00
3G71N 3CMAN 3CMEN 3PIPL 1QVGM 5JVGL 1VQ4N 5JVHL 3CCJN 3I56N 3CCSN 3I55N 4IO9L 2OTJN 2OTLN 4WFNL 4UY8O 1K9MO 1VQ5N 1N8RO 5GAHP 1VQ8N 1QVFM 2ZJQL 3CCUN 3G4SN 3OW2M 1YI2N 1M90O 1YHQN 3DLLL 1OVYA 1YJ9N 1YIJN 4IOCL 4U67L 3CCVN 4WF9L 5MLCQ 1ILYA 1VQPN 3PIOL 1NJIO 1M1KO 4WCEL 3CCMN 1Q81O 1YJNN 3G6EN 5GAEP 1VQ6N 1YITN 2ZJPL 3J7ZO 1KQSM 1VQMN 3CCEN 3CF5L 3CC4N 1VQNN 1Q7YO 1S72N 1KD1O 2QEXN 3CXCM 3CC2N 2QA4N 1K8AO 1YJWN 3CC7N 5DM7L 1KC8O 5GADP 1VQ7N 1W2BM 3CCQN 2ZJRL 3CCRN 5HL7L 4WFAL 3CD6N 1JJ2M 1VQKN 5DM6L 4WFBL 1VQLN 1Q82O 1K73O 5GAGP 3CCLN 1VQ9N 3CPWM 1Q86O 1VQON 4IOAL 5H1SQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WBNA 1BISA 1Q9YA 4LF6K 5AZIA 3OYDA 1MU2A 5KRTA 1B92A 1XWLA 4AQYK 2O4GA 3IFRA 1RGIA 4MLHA 3I56N 1CLQA 3AA2A 4B9VA 4AILC 3BP8A 4C1NK 2E1ZA 2ZQBA 4LF4K 4ICLA 1IKYA 4RW8A 4BRDA 4YOWA 1NGJA 3D2EA 4LFBK 5BRHA 1O1WA 4FJ7A 4JKCA 1IKXA 4HVJA 2HMIA 1C1CA 3ENOA 3MWPA 4CHQA 3U6FA 4O55A 3OYEA 1CZBA 4ID5A 1X3MA 1GOBA 2P9IB 4LY7A 3OYGA 4OLAA 2P9UB 5JLFA 1NJIO 3NGYA 1SS6A 5FROA 2VG6A 4A5BA 4OKKA 4BC2A 4BQLA 4O8KA 2F7TA 2PYLA 4F2RA 4DR5K 2PBDA 3EZ5A 4WQ5A 1N34K 4BRHA 4JKDA 3LP3A 4KHWA 2HF3A 2PZSA 3CC4N 1Q18A 1FKPA 3FZFA 4W5RA 1KVBA 4DFJA 2I7NA 4DFPA 1NJXA 3U9DA 4YORA 4A57A 1WAFA 5AQIA 1KLMA 1HUXA 4B9SA 4CGJA 3SQ1A 3KLEA 5HRSA 3ISNC 1IBMK 1F21A 1DLOA 3NCIA 4BRMA 1WAJA 4JI4K 2KHOA 4K42A 1DGKN 2BTFA 4CD3A 4CZKA 3V1OA 4DV3K 3PX0A 3E9PA 4M3RA 3QFUA 4CI6A 2YKNA 3THXA 4BR4A 2VG7A 4BRGA 1X9MA 4B1UB 1EKEA 4M63C 4DU4A 4IEIA 3NF9A 4AHVA 3TAEA 4OPAA 2P9KB 5LJVA 4DSJA 4F3OA 1VAZA 4O5FA 3LM9A 4FZYA 2KW4A 3LP0A 2E4LA 1RT4A 3H45C 3C6TA 4BC3A 2O8FB 2FBTA 3AVLA 3TANA 3CETA 1VQ5N 1BU6O 4IFEA 2HSTA 4FOEA 4CJ4A 3TABA 5C42A 1QSLA 1JXEA 3Q7CA 1HRHA 1NGAA 4JKGA 1NGDA 2D1KA 2ZJQL 3GDQA 4GW6A 2OPQA 1C0GA 1GLCG 3ENHA 4CJTA 5J2NA 2FF6A 2I7PA 2VWJA 2A5XA 3VESA 1YHQN 5AQUA 3DAWA 1YIJN 1HKGA 4JI7K 2FLOA 3ZETB 1IKVA 3VF4A 4BRAA 4H5WA 3ZYYX 1IG9A 1JL2A 3V4IA 4O44A 4CEBA 4RWTA 3R8EA 4C8MA 4IBNA 2HHTA 3MXJA 2HNZA 1EO1A 3LP1A 2ETJA 1J5EK 4CGIA 4BE2A 3WXJA 2YV0X 5TKYA 3TSPA 3SMSA 5AQNA 3WEEA 4ELVA 4YFUA 1J6ZA 4N5SA 1KQSM 3CJBA 2P9LB 4JAXA 1RTDA 2P51A 1HYVA 2JWLA 4E0DA 3F9KA 3THVA 3OYNA 1IKWA 1HR0K 1ESVA 2RN2A 1NK0A 4CHNA 4O0JA 3CXCM 3DRRA 5J2MA 3EN9A 1HNIA 1EETA 1QHTA 3HP9A 4FOIA 3VOVA 2YHXA 4DQIA 3CHWA 1KTQA 1V4SA 3A5LC 4KPYA 4LH5A 3MDQA 3GG4A 4EZ6A 5HRRA 4WQ4C 3VQ4A 4BY9C 2OZMA 1K73O 4XEIA 3RMBA 4QAGA 3RR7A 5EY4A 5GAGP 4FJLA 5FPMA 2UXDK 3UKUB 3CFPA 1Q86O 5BPMA 2FSNA 4Z4EA 4RCHA 4YOXA 1J54A 3DXKA 1P8ZA 4JKFA 1N32K 2XHBA 1NK7A 2G8KA 1VSLA 4CEOA 4IG0A 1KFDA 3ITHA 2UXCK 2UU9K 4B1YB 2D0BA 1LAWA 3KKSA 3OHRA 4YHHK 4OGCA 4JV5K 5KPZA 4DTMA 3KK1A 3SLCA 2Z1IA 1M90O 1ZXOA 2X78A 5LL6Z 5FPDA 1YJ9N 1VSFA 5HOOA 1GLBG 4CCHA 2PFUA 1BI4B 3AA5X 3PIOL 3ZT4A 3L0QA 2HBLA 3CJ1A 4E7LA 1U49A 2NRVA 4YDUC 3TR8A 1SL1A 1ASWA 3O8MA 3WQUA 1S1TA 3LM2A 4CD1A 3C65A 5BPNA 5BN9A 4U7BA 1KRPA 2FSJA 1VQMN 1VSDA 1D4XA 1LW0A 3VEVA 4FK2A 1KD1O 3KD1E 3J80O 3EL2A 2ZD1A 4ISFA 1KVAA 3AVFA 3L2RA 3HT3A 4DV0K 3SV3A 3HOSA 4FWPA 5CR4A 4PWDA 3TAPA 4BWJA 4C8LA 4KFBA 2IS3A 4DQSA 4NCBA 3TTCA 2GELA 4H5TA 1VQKN 2HVIA 4KH6A 4N56A 1VQLN 3C6UA 3T1AA 3I33A 1U4BA 3VGMA 4CESA 3O9RA 2Q1NA 3JS6A 3OYFA 3PV8A 2KLAA 1TVRA 1UA1A 4GY2B 5C0YA 5BRFA 2B5JA 4CF1A 2GEMA 4K25A 4JS4A 4J2BA 1HNWK 2E6MA 3OYAA 4FM2A 4AM7A 2QI2A 4E19A 3JYTA 4DHYA 4H0YB 4ILGB 3O5BA 1SZ2A 1UAXA 4ID1A 5FRNA 1ATRA 1C0UA 3U3YA 2QKBA 4W5QA 4Y0WA 4JYAK 2X6NA 3QICA 3THWB 4RW4A 2QW9A 3ZSVA 4J2DA 1BGXT 3P38A 4E7IA 2E20A 5FLXO 2DY4A 3NH1A 2ZE2A 3V1RA 1N33K 3EE9A 4BC4A 1YVNA 3EZWA 3OS1A 3R3LA 3RSEA 3DMJA 1YI2N 2W42A 3MXIA 3EE8A 4JD2B 1NOZA 3AVCA 3IKMA 4W5OA 5KPRA 3OJUA 4FO0A 1M1KO 2OCEA 4WCEL 4FJIA 3DLEA 3VEYA 1VSHA 3DI6A 2QWQA 4KHNA 4NLBA 1B9DA 4FJJA 3C95A 3NMUA 2O8DB 1BQMA 3ZX0A 4X66K 2DPNA 5AQOA 4BACA 1ASVA 3I8BA 4HUGA 3KTQA 1N5YA 4CK3A 4HUFA 3PLAA 3CF5L 1ZBLA 1V4TA 3V81A 3QIOA 3HP6A 3LWLA 4DQ8A 3LWMA 2RF2A 1WBDA 3FZLA 1MA9B 3D45A 2Y1IA 1SKWA 1EXQA 3AVGA 3LALA 4HUEA 3GBTA 4L3QA 3FFIA 3AVMA 1JLBA 5E84A 4WFAL 3KIOA 4WQ5C 4DFMA 3RR8A 4KHSA 1LWEA 4CGDA 3ASMA 2ASMA 4E1MA 4WQ4A 3C6HA 2YNFA 4FW1A 4F4KA 2X6SA 3LAMA 3VETA 3FZHA 3CPWM 1XHXA 3K0SA 3CJCA 3HPGA 3DOKA 2NRWA 3ZSYA 4CJVA 4B3OA 3CMAN 5LMNK 3GL1A 4DSIA 3ZSRA 2P9NB 1CXQA 2FF3B 3CCJN 1RBUA 4B9TA 2Y1JA 5SWMA 4JRQA 4M7XA 3RVCA 4DSEA 1BO5O 3C6AA 2OTLN 1NWKA 1KAYA 4BG9A 1EWRA 3TSUA 3P5JA 1XMQK 4A5AA 1U2VA 1YUWA 1ZBUA 3ULEB 4AH9A 5GAHP 4H5NA 4FJ5A 4B9NA 4DQPA 3LP2A 1C1BA 4DUYK 4E89A 2P9KA 4DTJA 4DG1A 1XHZA 3V9XA 2HMPA 3BF3A 3MN9A 4CJLA 3CPEA 1YTAA 5M1OA 3AVIA 5C12A 3K5LA 2FSKA 3ZSZA 1SL0A 2YJFA 1R59O 2Q0UA 3L2UA 3K59A 3O3FA 3MK6A 3LDOA 4GNIA 4FYDA 1IH7A 2HHSA 4K8XA 1SKSA 3VQ8A 3TAGA 3BZKA 5C15A 3J7ZO 3O80A 1TYQA 3CI5A 1JXBA 2IGIA 3F9MA 3LPTA 5BR8K 4DTRA 4K0KK 1Q7YO 4M42A 3K58A 3NBPA 4KB1A 5I42A 4CFAA 4JI6K 4CGGA 4I6MA 3WNEA 1FXXA 1K8AO 4IDHA 2VQEK 4FJGA 3MCPA 1W2BM 1Z25A 5C25A 3DRSA 2XY8A 3T3FA 4CHOA 1HKBA 4CW7B 2BGGA 4M3ZA 2YCHA 5E41A 1DTQA 1NM1A 2P9LA 2W6KA 1QSSA 3U8XA 2G8UA 2A3ZA 1EWQA 1LWCA 1GLJO 5JICA 2NRHA 4LF9K 3NH0A 3LPUA 2E2PA 1NKCA 4NYFA 1JLCA 3KWGA 3FZMA 4FWOA 2VWKA 3RMAA 5JVGL 2O8BA 2VCPA 4Z0UA 1QE1A 2A40A 1IJJA 3VQQA 3VA3A 1W0HA 3AO2A 1D5AA 4B08A 4AM6A 4FLXA 3SQ0A 4GV9A 4XH1A 2H3GX 3T19A 2NRTA 3R9PA 5SZTA 4PKHA 5BRDA 4HHTA 3QERA 2IAJA 1QSYA 4H4MA 4FLUA 4DLGA 3CIPA 3OYBA 4JK8A 4CFBA 4DU3A 5GIPA 3DLLL 2YHBA 2IOCA 3SYZA 2OYQA 3LL3A 2E6LA 3F2KA 4CIFA 1IV0A 3U4LA 1HJRA 2QWLA 3PO5A 4FL9A 4JI0K 2P5GA 3E9LA 4M7YA 4R5PA 5TKWA 3N4PA 2DFFA 3QIPA 3TARA 3QDKA 4FVUA 3IS9A 3G6EN 3AVKA 5AR0A 2IC3A 5E26A 1IO2A 3B6PA 2P9SA 4DTUA 1TKXA 1NJYA 3DLKA 1T05A 2OZSA 2CH6A 3I0SA 4PUOA 3ATUA 2BDPA 3QBWA 1BHLA 1BI4A 4FWMA 1S72N 1HNZK 2HOEA 4LF7K 2QEXN 3L3UA 4PA1A 3AY9A 1HQUA 4IFYA 3VEWA 1L5UA 3EY1A 3QLHA 3BY5A 3ZT3A 5AQGA 3LDSA 2F4VK 1JCEA 3D2FA 3K9KA 3SBTA 4H0PA 2HVHA 4CZJA 4C1NI 4EAHD 1IBLK 3ZT0A 2W6LA 5EXWA 1KSPA 3NH2A 3NGZA 2KZMA 3H46O 3J7YP 3E1YA 3CCLN 1T7PA 1W97L 2E8AA 4NCGA 4PKGA 3ATVA 1W9HA 2NNWA 4CJEA 1C0FA 2JGUA 1WOQA 3BZCA 4CFDA 3VQBA 2KKZA 2Q36A 3PIPL 1T03A 1LCUA 4Y1CA 2XY7A 3ZT2A 2IIRA 3CFOA 3ENBA 4A59A 3B8AX 2ZM6K 5JVHL 3HJFA 2O8EA 3KZBA 1JLGA 2F8TA 3KK2A 2YNHA 2IVNA 2ITMA 1I39A 1SKRA 1ATNA 3WXMB 2PYJA 2GWKA 3M6GA 4ILJA 1S6QA 1VSKA 2JLEA 4CK2A 4B1WB 2NLXA 3L2WA 1N8RO 4FLWA 1NMDA 5AQJA 4BVOA 3KD5E 2KFZA 3M3ZA 3AV9A 1S6PA 3V9UA 3SQ2A 3SMPA 4DR3K 4BRIA 4IFVA 1E3MA 4DR6K 5A2QO 4JI8K 3NE6A 4U67L 4BR5A 3THWA 2G8WA 3AVHA 1P90A 1ZBFA 4M45A 1XC3A 4H0TB 4MLEA 3MEEA 2A41A 4OKJA 4JHDB 4KTWA 1XNQK 3W3DA 3KWIA 2I5JA 3ZX2A 4CBWA 4EFHA 4KHUA 2E1YA 4FPBA 3VQ6A 4B9QA 3WXLA 3C7NB 2WFBA 4EZ9A 4PL8A 3KLHA 5EX5A 4FWQA 2HBKA 4IWVA 3W0LA 1HLUA 1S5JA 4NXMK 2UXBK 4KKOA 1NG9A 5CZ2A 3OBYA 5GADP 3V1QA 1BG3A 1HMVA 2QWPA 2GX9A 3EEQA 4QS9A 2O8DA 4BG8A 4IKFA 4CF8A 3KLIA 3J8AA 4LFAK 4FM1A 4DV5K 1RCHA 2E2NA 3MN5A 3M8QA 5T7BA 1Q82O 4F8RA 3ID6A 3HXMA 4QCLA 2IVPA 1NGHA 5AQXA 5K14A 1L3SA 4E3SA 3L2QA 3QEIA 4BRFA 3AO1A 1QZ5A 5ELZA 2P9PA 1YXQA 4KBOA 5DK5A 4CIEA 1S1XA 4CZIA 5H1SQ 1OH7A 4B3RK 2D5RA 4AHRA 3DLBA 1HYSA 3L2VA 2BANA 2F9WA 4DSFA 4AHSA 1NKBA 3THYA 3FFKB 3SPYA 2GV9A 1RDWX 3QNOA 4JKBA 3V9WA 3JAMO 3K5MA 1T6CA 1Z05A 3VQPA 1GOCA 4C8NA 2RPIA 4OPJA 4OGEA 4LFCK 1RILA 4GV3A 3PUFA 3WNHA 4CIGA 3IRXA 4CHZA 2YHAA 2ZWHA 4J8FA 1TKTA 3R1XA 1RFQA 4NXNK 1OVYA 1SAZA 4WF9L 4FWKA 1NGBA 1BA0A 2J4RA 4JI2K 3SI6A 3ULEA 3H08A 4RW9A 3ZEUB 4UQGA 4H5RA 3WUHA 1VHXA 1YJNN 3JSMA 3DXMA 3VTHA 1D9FA 3CQ8A 4H5VA 5AQZA 3VQCA 3V9SA 1YITN 2O4IA 3E66A 4MFBA 4OX9K 1A5XA 2NRZA 4DR4K 3CCEN 4DV6K 4I9LA 4ELTA 4B8AB 3O9UA 3HOTA 3OYHA 4OVLA 2ATQA 3CC2N 3NFAA 5I3UA 2DFHA 4C8KA 3UKRA 4B9LA 1S9GA 3HVTA 4R79A 3M8PA 3BEXA 2P5OA 4AHCA 2Z1HA 3C0BA 4N76A 3WNFA 5EVZA 3U9ZA 1SQKA 5AQKA 4M3WA 3P4IA 3H3NO 1S1UA 3WT0A 4CJ3A 4FJXA 4DMNA 2Q31A 4I2QA 5KQ8A 3VPZA 3D6RA 5B8HA 5CE3A 3PSFA 4H8KA 4DSLA 4CF9A 5CY4A 4BE0A 3VENA 3MEGA 3OBWA 3VN5A 3I55N 3MEDA 3TI0A 4CEQA 4CEZA 4JK7A 1K9MO 2HHQA 4CJ5A 1GLAG 4CEFA 2KQ2A 1LW2A 5AQRA 1RDDA 4JNEA 3SV4A 5M1PA 4M3XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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