1KBJA

Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of baker's yeast flavocytochrome b2: comparison with the intact wild-type enzyme
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
412
structure length
393
Chain Sequence
GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTLASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords CYTOCHROME B2
publication title Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of Baker's yeast flavocytochrome b(2): comparison with the intact wild-type enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 141
structure length 393
sequence length 412
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date 2001-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kbjA01
1OK4A 1OFEA 1K03A 1XKYA 4RZ6A 3IGUA 3FLUA 4ZMGA 3NL2A 3W1XA 3H55A 2E5DA 3PULA 3TX9A 3OEXA 1ZCOA 3RF9A 3IVTA 3T44A 1KM0A 3W23A 2W79A 4N6EA 4YLWA 5LSMA 3SY5A 4ALDA 5HR7A 2A0NA 4MJZA 3W86A 2DZUA 3P62A 1J2WA 3S1XA 1YDNA 5CSSA 1BEUA 1O95A 2YXGA 3F1QA 3G8EA 1UUOA 5DY3A 4NJIA 4FX8A 5I3HA 1YDOA 3A21A 1A5BA 2WO5A 3NL5A 4CCCA 4BWLC 1LCOA 1Q45A 5D32A 2Y7DA 3NL3A 4O1AA 3P80A 2V2CA 3S5NA 4HNNA 3L0GA 1F73A 3TUUA 2PC4A 3FS2A 1LROA 1IXOA 1F6KA 2TPSA 2DZPA 4MPQA 5E1QA 1Q6LA 2Q3OA 5LNWA 1SZEA 4B5NA 3PB2A 5D2YA 1C9DA 4JDYA 4TX9A 2H3BA 3M7WA 1EP3A 2B7PA 1DKWA 1DQXA 3BK0A 4R7JA 3JS3A 2C1HA 3QSTA 3B03A 2YSWA 3M5ZA 3NM3A 2CFFA 5H2ZA 2VFDA 1YXDA 4OU1A 5A8GA 2QUTA 4RXGA 2E68A 3DU0A 4A29A 3QQ0A 3RMJA 3GAYA 1S5VA 3CHVA 5EPDA 3W73A 3L65A 1R2TA 3LHWA 1OHLA 1ML1A 4U4MA 2Y88A 3DKLA 3ZWTA 3GDMA 3CC1A 1R47A 4DPPA 4WXZA 3T55A 4XQ6A 4GBUA 1MEIA 5TQLA 3B0VC 3WJSA 1AW1A 2ZTKA 3IV3A 2YZRA 5ABTA 1FWRA 3M6YA 1HUVA 2DZWA 1S5TA 3N9SA 4TO8A 4JIQA 2ZYFA 3UY7A 1SO4A 1W5OA 1R46A 2VEPA 5MHBA 4O54A 4AH7A 3LTSA 2YYTA 3TA6A 3W7RA 3BLIA 4Z1AA 1KFCA 4H3DA 4O4WA 1ZAJA 1MEWA 2AGKA 3P8IA 3QW4B 5F2LA 5D02A 1TTIA 3TQKA 3E0IA 2ZRWA 2ZZ2A 2I14A 1K02A 3TSMA 1TPDA 1OK6A 5IM51 4GUJA 1KFKA 2GVGA 3BO9A 4LWWA 4Y96A 1WOBA 5FF7A 2CLOA 4BK9A 1DOSA 3KOFA 1U5JA 3CEUA 1KFBA 3QFEA 1EB3A 3JRKA 4IUOA 4QJ1A 4FF7A 4UTTC 1XBYA 1DJQA 3DHDA 5DCEA 3LRLA 2VEMA 1JVNA 4LC8A 3SSJA 1K8ZA 5EMUA 1TPWA 1VZWA 1XI3A 4TR9A 4XKYA 5I3KA 3ZFHA 4YL2A 5D04C 5FESA 3W1NA 3MHUA 2LLEA 1K7FA 4A21A 4YCPA 4WD0A 3DH7A 1DVJA 4UFIA 4FO4A 1GG0A 3N73A 3MP4A 1KM3A 3EWUA 3ZWSA 4AF0A 4IX0A 2B0MA 3FA5A 4UTWC 3S5ZA 3IGXA 3HO8A 3DFSA 1TV5A 3MWAA 1H1ZA 1O4UA 2ZA1A 1N7KA 2E5CA 1W0MA 1OVDA 1HL2A 3M16A 2VEIA 3W6YA 4D2JA 4ZVJA 5KMYA 2A7PA 2BZNA 5CPLA 3Q58A 3BG5A 2GVJA 3GB6A 4O15A 4Z1BA 4ONVA 4BF9A 2ZA3A 4IQLA 3S1UA 3TW6A 2X30A 5CPNA 5AYXA 1ZENA 3IIVA 5HMSA 4GUFA 5F4XA 5IBXC 4RR4A 1U83A 1KLZA 1A50A 2B7QA 4Z1CA 3L0KA 3QW3A 1HFBA 3IRDA 4UTIA 2A4AA 4PODA 1AW5A 1SUXA 3ABOA 5A5WA 4MLRA 2NXHA 3NQCA 2VEKA 1Q6QA 3UXAA 1GTEA 4MFDA 7TIMA 5KZMA 1ME9A 2C0AA 4UC5A 1QCWA 2ZDRA 4K6AA 5AHFA 4RX0A 2QCDA 4JTLA 3N19B 5BRBA 1GYLA 1W8SA 3CTLA 3MI3A 4ORMA 1I2RA 1TPB1 4WUIA 1FXQA 1G4PA 1W5QA 3DBPA 4A2RA 1ZALA 3T40A 2ZZ6A 3SI9A 3RK8A 2JBMA 1VLWA 2CZ5A 1SZNA 4O12A 3F4NA 3PSVA 1LLWA 3L9CA 3T4CA 1W5PA 2CLEA 3C52A 4J9JA 3S5YA 3W7EA 3QMRA 1VYSX 1Z48A 4IMDA 1GG1A 1G4TA 4RZ4A 3L66A 4JX5A 4UFHA 3MHGA 1F2JA 1IGSA 2QF7A 5F2MA 2WJZA 2DJXA 4JGDA 5HR6A 1F7BA 2HS8A 3H54A 5D33A 1IXQA 3LI0A 5F2GA 3LLDA 1PL9A 1TPEA 2PRLA 2C16A 3OVRA 1F5ZA 1XBZA 3GIYA 5DBTA 4XUGA 3BW4A 2RH9A 3LCIA 3VKJA 1FQ0A 3LHUA 1KFJA 3HGRA 3L21A 3S6DA 3U2OA 3NZ1A 4M19A 3WK1A 3LOTA 4GJ1A 3W1PA 1LTDA 1KTNA 4NT0A 2RDTA 4XWUA 1SW3A 4JIPA 3TQ0A 1M5WA 1LRQA 3P60A 3PVFA 5AB3A 5LKYA 4DEFA 2ALDA 1X8FA 2QAPA 1AG1O 3STEA 2FLIA 2QDHA 3UWQA 5D2VA 1XC4A 2OZ0A 2NXGA 2CLHA 1QOPA 2OT0A 3M5VA 4BR1A 2TRSA 1QO2A 4TIMA 1MZHA 2NV1A 1L6YA 3PBVA 1Z42A 3IIOA 4H6KA 2C19A 1VYRA 1AW2A 5CGQA 2AAMA 4QAIA 1Q3NA 3G0UA 1H1YA 1GVFA 1NF0A 4CCDA 4N02A 3G3DA 1SW7A 3O15A 2FB3A 3QSRA 3UNDA 4WX2A 1O5XA 6TIMA 3KVKA 4I9AA 5FF2A 3TJLA 1THFD 4UFMA 5C55A 1RR2A 3LV5A 1LBMA 1TPUA 2P10A 3W7DA 2EAWA 5DN1A 2V5LA 3E12A 3PG8A 3G1AA 4O11A 3GR7A 1NFBA 4JYDA 3MI2A 5FEXA 1XBVA 1GWJA 1VS1A 2V9DA 2Y85A 1I2QA 4X9SA 3HGJA 4ZQPA 3EXRA 2YX0A 3IIXA 4ZQOA 3P67A 4ZQNA 1H51A 2G96A 4NJGA 4I7VA 3G8RA 4NJJA 4KFPA 5CZSA 2Z6JA 1XUZA 2CLIA 4O1DA 1VHNA 5LNUA 1UB3A 3W7JA 4MLJA 1YDVA 4GRSA 3SIZA 1YLVA 3O1NA 5HUPA 3IVUA 3PAJA 3BG9A 1YPIA 1IXNA 3Q37A 1C8VA 3M9YA 4M6PA 4NU7A 2OCZA 3W2NA 2GOUA 2V8ZA 3MJYA 3LLFA 1TSIA 2CLMA 2Y7EA 3NQEA 2YYUA 3ATYA 4GUHA 5C2XA 5EA9A 3LCGA 2X1SA 2C18A 2GQ8A 1NEYA 1XXXA 3UPWA 4O0ZA 1WA3A 2VELA 1NF7A 4EIVA 1XL9A 4NJKA 4RCXA 3TAOA 2ZCGA 3G3MA 3UPBA 1IXPA 3LHTA 4Z08A 2C14A 3GR8A 3UY8A 1B3OA 5K9CA 4H4IA 1FBAA 4KKXA 3TROA 3STCA 2B7OA 3LTPA 3VNDA 2H8ZA 3CQ0A 1NSJA 1QO5A 3NL6A 1OFQA 4NNBA 2ZFAA 4DPQA 1TPFA 2J9ZA 5DXYA 2A6LA 4S2BA 3QRHA 2DJLA 2CU0A 3PS7A 3TQVA 2W0UA 1SZGA 4HIBA 3OIXA 3MBFA 2EGZA 3TMQA 1JJKA 4O14A 5I3IA 4AEOA 4BI6A 1XFBA 4GUGA 4YCOA 3RFAA 2FPTA 3SJ3A 3W7KA 1XDLA 4LVGA 3C56A 4ADSA 4E2DA 3VE9A 3PR2A 1ME7A 4CNOA 1VCVA 1W5NA 2G95A 2HS6A 4RV8A 2TMDA 3NPWA 2BSLA 1LRNA 3LCXA 3NR0A 1FX6A 3CIWA 1W56A 1WX0A 2QCGA 4JD4A 4LVBA 3STFA 5FI8A 2DU2A 1BWLA 4AHPA 2PURA 3TH6A 3B4UA 2FIQA 1KM6A 5HWNA 4HKPA 3DI1A 3I7RA 3UZJA 4FHAA 5DCBA 3PUEA 3FIGA 1SFLA 3VI2A 4YMZA 1WDWA 1XUUA 1LBLA 3CPRA 2JKPA 5L9FA 3KVJA 1K7EA 3JR2A 4CNPA 5GVJA 1TQXA 4QISA 2YR1A 3PBYA 4UNKA 4NXSA 2Z0IA 3MBDA 4Q33A 2I1OA 3PF3A 4JY9A 1H7XA 3FJLA 1JRCA 3A5FA 1RPXA 2W6RA 5F2IA 3P8JA 5AYYA 2KZHA 4DO6A 4UTUA 3S1WA 4KFNA 1K3UA 3DKJA 2X1RA 5HQEA 5AC8A 3NQGA 3P5YA 3MP5A 4K36A 1ME8A 1ZJIA 3LX9A 2YPIA 2E1DA 3W9ZA 5AC7A 2FPYA 2QCMA 4PL1A 4CCEA 3KHJA 4UFJA 1KFEA 1VC4A 1M7PA 3NA8A 4EF9A 3HPSA 1LZOA 2C3ZA 4N4PA 1OF8A 2RHGA 2WKJA 5HJLA 1YXCA 3G0XA 1SSGA 3EXSA 2DP3A 3A5VA 4S1FA 1RQEA 1JUKA 2PCQA 3DI0A 2I9EA 1W37A 3C2VA 3WJZA 3CWNA 1VLIA 1T96A 5D2XA 1HTIA 2ZZ7A 3EWZA 3NDOA 4K7VA 1KLYA 4MIMA 2VFEA 4C1LA 2Y89A 4IMEA 3OA3A 4NUWA 2WSRA 1RVGA 2VOMA 1YTEA 3TXZA 4O18A 3P5ZA 3TFXA 3HBLA 3L0NA 3NO5A 2DZTA 1O5KA 3CT7A 3M41A 1JCJA 1F6PA 1HO1A 2GPTA 4AXKA 3WK2A 3L67A 5AOUA 2Z2UA 3S0CA 4M5PA 4CNNA 4Y6GA 3HGSA 1LRTA 3M0ZA 3GKFA 2YGYA 5AYZA 1CW2A 2V30A 3C2OA 2J6XA 1LM1A 1GVRA 2E5BA 2GUUA 5CPOA 3B04A 1LOQA 3KVLA 2VFHA 2JKEA 3OBKA 2H6RA 1F74A 3W07A 4QNEA 2QEZA 2TYSA 2X2GA 1KM4A 4IPJA 4NZJA 1OFRA 5DELA 1R2SA 4XBKA 4UFKA 2PE4A 4MY9A 4Q32A 3U6WA 3NOEA 3MI6A 2DORA 1PIIA 1G67A 3OVPA 3Q94A 4Z0JA 3TMLA 3LB0A 3W7OA 1SO6A 1FCQA 4RXFA 3DFTA 1H63A 1RZMA 4FNUA 3GNNA 1FWSA 5G2WA 4NNCA 4XKYB 4JTKA 1TCDA 4HNVA 1L2UA 1J5TA 5E0KA 3W70A 2V2HA 3QM3A 4MJMA 4PCFA 1G6CA 3N9RA 4LW7A 3S42A 1OX6A 3G1XA 3NPXA 2OX1A 5K3VA 1TREA 4DF2A 4X22A 3NXFA 2WPBA 1LLZA 4NX5A 5G4EA 3NQ7A 3NGJA 4AF0B 2FTPA 3W85A 4LC6A 1VR6A 3KXQA 3LCLA 4S2CA 4RLIA 4X2RA 3T7VA 1KM1A 1D9EA 3LGEA 3TJXA 3W7CA 5I3GA 5I3FA 4U28A 3HG5A 4LU0A 2CW6A 3C6CA 4WY0A 1W31A 1HO4A 2F7FA 3S9YA 4HHPA 3HF3A 3BGGA 3M5YA 4MZYA 5D37A 1PVNA 3NPVA 1FWTA 3W87A 1WBJA 4DELA 5TIMA 3LRMA 3I7QA 3IIPA 3INPA 3QMTA 1I2PA 4HSNA 6ALDA 1JQVA 3NNTA 3EB2A 3M44A 4O52A 3C2RA 3LHZA 3E96A 1PS9A 4IMCA 5LZLA 4A22A 4MUZA 3UZ5A 3DZ1A 3QPYA 3G1FA 4POCA 1W3TA 3I68A 3PWAA 4YXGA 2EHHA 4N9BA 3LBCA 3A24A 2R91A 5J5RA 2QCDB 4E2BA 3WFAA 2WNZA 3RLUA 1A53A 1TJPA 5AHLA 3TXVA 3NZRA 4G1KA 1TJRA 3E9AA 5L6UA 1IIHA 2H3DA 4JR5A 5D05A 3MYOA 1YADA 3W2UA 3U8GA 3O8AA 2ZZ3A 4DF0A 1FCBA 3L68A 4AWUA 3W7NA 2BWGA 1F05A 3W72A 4UNLA 1DV7A 1VJIA 1DHPA 1JUEA 1X1OA 5C5YA 5G5IA 8TIMA 3NG3A 3NVTA 1V5XA 4N9DA 3QZEA 3L5AA 4TMBA 3ABSA 3QJAA 4X3ZA 3GAKA 2NX1A 5D09A 2ZRYA 3L5MA 1I8JA 3R12A 1JQXA 1TV8A 3TCEA 3KRUA 1T0OA 4GXMA 3QC3A 2NX3A 2JK2A 1A5AA 2ZZ5A 3W1UA 5EKYA 5EYWA 5LHFA 2E6YA 3WJWA 1PCWA 3SR7A 2FFCA 4CQAA 3TU9A 3SGUA 4AAJA 4O57A 2QCCA 2YW3A 1I2OA 3QPZA 2QDGA 1W1ZA 1MEHA 2QUUA 2V2DA 4FX6M 1OFDA 2G97A 2ISSA 2C13A 1KFLA 2VKZG 1KTBA 4LVFA 4WQ6A 3NQVA 1P4CA 1YTDA 4M6VA 3W22A 2B4GA 4EOUA 3W71A 3CB8A 2FPVA 4L4MA 2E6DA 5J5DA 3CEPA 3UXDA 2ATSA 4RJEA 3F03K 2DZVA 1EWDA 3OG3A 4OV4A 1T8XA 3EKZA 4I7WA 3GXNA 5K7JA 4UCGA 3TC6A 5LNSA 3LTYA 2RDUA 3R2GA 2Q8ZA 3IVSA 3L5LA 2YW4A 4PC8A 1J4EA 4DBDA 3MP3A 2WSYA 3B06A 5HINA 1KTCA 3OVQA 5EY5A 3ABQA 5EL1A 1RV8A 3LHYA 3Q2DA 3S1VA 2G5WA 5F4SA 1QAPA 3G22A 3LCWA 1Y0EA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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