1KC8O

Co-crystal structure of blasticidin s bound to the 50s ribosomal subunit
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title Structures of Five Antibiotics Bound at the Peptidyl Transferase Center of the Large Ribosomal Subunit
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1kc8O00
1ILYA 3DLLL 3CCMN 4U67L 1W2BM 1QVGM 1KD1O 1K73O 1YJNN 5DM6L 2OTJN 5GAGP 1YITN 1YIJN 4IOAL 1S72N 4WFAL 4UY8O 2OTLN 5H1SQ 3CD6N 2ZJPL 3CC7N 3CCQN 3CCEN 5GAEP 1VQKN 5JVHL 1K9MO 5DM7L 1VQ9N 1M90O 1YJ9N 1Q86O 1Q82O 3CCJN 3CCUN 1NJIO 1VQPN 4WFNL 1VQ4N 3I55N 1Q81O 1OVYA 3G71N 1VQMN 2ZJQL 2QEXN 3CC2N 4WCEL 3CXCM 1VQNN 1YI2N 1N8RO 5HL7L 1M1KO 1VQLN 3CCLN 5GAHP 3CF5L 2ZJRL 3PIPL 1YJWN 5GADP 1VQ8N 1VQON 1YHQN 1VQ7N 4IOCL 1VQ6N 3CCRN 3PIOL 1Q7YO 3CMAN 3CMEN 1KQSM 3CCSN 1K8AO 3OW2M 4WF9L 3J7ZO 3CC4N 5JVGL 5MLCQ 1KC8O 3CPWM 2QA4N 1JJ2M 1VQ5N 4WFBL 3G6EN 3I56N 4IO9L 1QVFM 3CCVN 3G4SN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CQYA 4R79A 1HQUA 1XC9A 3V9ZA 4J8FA 4AQYK 2FBVA 3P1GA 3PSFA 3LZIA 4DV7K 5JS1A 2V7YA 1TAUA 3KD5E 3T69A 4Z4HA 5FRMA 4KH5A 3L2VA 2E5LK 3UB5A 3V6DA 3ZSXA 4XH1A 1IG8A 5FPNA 2QTDA 3QFPA 1WOQA 5I9EB 4WQ4C 3QLHA 5I3UA 4JK8A 4AH9A 4I6MB 5GIPA 2Q36A 3AV9A 1VK0A 1Y97A 2E88A 3MN7A 3SJJA 1Q86O 1MWKA 1B92A 1T8EA 3NH1A 4WYBA 3LP3A 3HBTA 3HVTA 5EVZA 3ZEUA 4M3ZA 1NJWA 3G71N 2KFZA 3PV8A 3K57A 3KK7A 5E84A 4RG8A 3M8PA 1JLGA 3EZ5A 3HXMA 4H8KA 5BRFA 1Q9YA 2BUPA 3V9XA 2G8VA 1MU2A 4DR7K 3MXMA 2Q3SA 3VQAA 4LD0A 2X6NA 3J81O 5BR8K 4DV1K 2FF3B 1J5EK 1JXEA 1JLCA 4NYFA 1RDWX 4M7XA 2FSKA 4PKHA 4A5BA 1JLFA 5DMRA 4TSXA 2XRIA 3TSQA 3CMAN 3AVKA 2XY6A 4CERA 1DT9A 2BE2A 3NDKA 1U2VA 3PX6A 3HPOA 4BDYA 3T3FA 1C1BA 4FYDA 1N6QA 1IBKK 4BR5A 3F5TA 2ASMA 4N76A 3QBWA 2QWRA 5M1PA 3AVHA 2QWQA 3ZSVA 4WFBL 1BWFO 1QVFM 2UXCK 4CESA 3D2FA 1I94K 1LAWA 1VRUA 1U49A 4CZHA 3DRSA 1QVGM 2YCHA 1VSFA 4DR3K 3I0SA 3H1VX 4GVEA 2NRZA 4IXCA 4FZZA 2F8SA 4Z4EA 1TK5A 1R59O 4JRPA 4DV5K 4IEIA 2FC0A 2X78A 2YKMA 2DPNA 3CI5A 3KWGA 3VEVA 3VF4A 3KLHA 3TSPA 3SQ0A 2A6AA 3S9HA 2O8BB 2D0PA 4GMJB 2W42A 4KI4A 2FSNA 3RSEB 1D8YA 3OYHA 2IVNA 4M3WA 3KJVA 3AVFA 1C6VA 1W9HA 3OS0A 1KVBA 3VQCA 4B9QA 3ULEB 4BRKA 2B4JA 3EEQA 1ATRA 3C0BA 4IO8A 1HQEA 3IG1A 4CJLA 2AP1A 1YVNA 1SL0A 2J4RA 4CF1A 1HNZK 1JCFA 4H5NA 1QSSA 1NGHA 1WNSA 3O6WA 1IKXA 4YORA 5JLFA 2JWKA 2P9SA 1C1AA 1QSLA 1QHAA 2QXFA 2NRVA 4K41A 3H46O 4IBNA 4CEAA 4O0IA 4LH4A 3PIPL 4K43A 1J53A 2FBTA 4BRCA 4HCBA 3QESA 5AQNA 2ZF5O 4FJXA 1BL3A 3H08A 3KVGA 4FVUA 4JK7A 5E41A 2GV9A 3VQ4A 1D9DA 1BGXT 2V7ZA 2WONA 4B1XB 4YOWA 2QKKA 1T6DA 3IUCA 3MCAB 4Y1DA 5HBMA 1K8AO 2O4IA 1C1CA 4CIGA 2P5GA 3UIQA 4OPJA 1Y64A 4ISEA 3DLGA 3K59A 4B3SK 3VQEA 4K42A 4C8NA 3HSTB 3OVNA 1JCGA 1N34K 2OA8A 4CEEA 3KK2A 1MA9B 2PAVA 1NGCA 1ATNA 4YHHK 3OYMA 4B1UB 1BCOA 3TABA 1K73O 4B9NA 2PBDA 4KFBA 3WEEA 4LFBK 3VQ8A 4BGBA 4DTPA 1TL1A 5IWAK 4Z4GA 3O80A 4JEPA 1L3VA 3K5LA 1VSLA 2I5JA 1BI4B 1S1VA 4JYAK 4H03B 3TPQA 3HP9A 4Z4CA 3SUNA 4KREA 4X64K 3VMFB 1P90A 1VQKN 1QQOA 1EETA 5AQZA 3SK3A 4DHYA 2JGUA 3EE8A 2D4WA 2Z1IA 4JKEA 4NYNA 4CK3A 2HHWA 2BANA 3W3DA 1V4TA 1XUPO 3U6FA 1NG9A 4LF8K 2W40A 3J7YP 3VENA 1T3VA 2P9LB 3MEGA 4X65K 1VQ4N 4CZMA 3O1WA 3M8SA 2ZWHA 2DFHA 3R9PA 3S3OA 4RW9A 1H1VA 1HYVA 4FJ8A 1CXQA 1E3MA 3WXKA 3AVLA 3SV3A 1SL1A 4MFBA 4BRDA 3CCLN 5F1XA 1Q8IA 3U4LA 5GAHP 1DTTA 5M1OA 4C8OA 1YJWN 2EHGA 3DOLA 4CHPA 1ZYQA 3AVAA 1HUXA 4E7JA 4DUZK 4CHQA 3J8AA 4XIUA 3PIOL 3L2UA 4GVMA 3AO1A 1BUPA 3NGYA 4OLBA 1Q7YO 4NCAA 1LWCA 3MAQA 2E2OA 5BPNA 1T05A 5AZJB 3U8XA 3SUOA 3QIOA 2FLOA 4H0VB 5KGXA 3KLFA 1ASVA 2OCEA 1NK8A 2A1SA 4W5QA 3W0LA 3VN5A 4K8XA 1S9GA 2CGJA 2BTFA 1VQ5N 5C2FA 2GWJA 1TV6A 3CCVN 1BDGA 4RW6A 3DJCA 1VRTA 5EOYA 2YHXA 4DLGA 5AQOA 1KD1O 4O4GA 4XH4A 3VQ9A 2HMIA 3KK1A 3VGLA 4RCHA 4KTZA 1JLAA 4O44A 1EX4A 2OTLN 2Q0UA 4CJQA 3KK3A 4MLHA 4JN4A 3CD6N 1RTIA 1X1PA 3AO4A 3FLCO 1OKJA 4CZKA 3M6GA 3DXMB 3ZSOA 4DKWA 4DV4K 5BN8A 5KPRA 2WC9A 3JYTA 4JNEA 3E1YA 1UA0A 1BOTO 1WLJA 4OX9K 1Q82O 2HSTA 3THXA 1KLMA 3SJHA 2YHBA 2NRTA 1NK0A 1IG9A 4RW7A 4FOEA 3IKMA 4YOXA 2HHSA 4DG1A 4FWKA 4JRQA 4DV3K 4OPKA 2XY5A 4J2BA 3CQXA 4CGGA 4CCHA 1K8KA 3Q7CA 1VSHA 3FFIA 3LPUA 3N4PA 5C10A 1NKEA 4IJNA 4Z94A 2RF2A 4KRFA 3WT0A 4GV6A 4FCYA 3MWPA 3D0PA 2NRRA 3N4QA 2QWPA 3TAEA 1TK8A 4DTNA 2UXBK 2E1ZA 2P5OA 4O5FA 3OYDA 1YHQN 4OJRA 2RKIA 3VF2A 3HP6A 5AQWA 2UXDK 3RRHA 1NBWA 4CJSA 4E1NA 1U6ZA 3O1BA 2HHHK 3ULDA 5M1KA 1CZAN 3O08A 1XQSC 3EO3A 3P39A 5J2NA 3ZETB 3ZT3A 2PZSA 4YOYA 3IDHA 4CJUA 3CPEA 4O0JA 3AVCA 1HRHA 4YDUA 5FPEA 3NFAA 3D2EB 4FL9A 5K14A 2HHTA 2QK9A 4ELVA 3HVRA 1RTHA 3JSMA 3C6UA 1BIZA 1C0UA 4AHVA 3SBTA 4F4KA 2HHXA 4CI6A 2IVOA 4WQ5A 2E8AA 3LP1A 4NXMK 4UQGA 4DR4K 3HL8A 3L0QA 4CF8A 2VYPA 4F9OA 2X74A 2QI2A 1KCFA 3P38A 4UY8O 3P83D 3S3MA 5AZIA 1SKRA 3C6AA 3DM2A 4M63C 4BDZA 4IDHA 4FLYA 3L2QA 1J6ZA 4CJKA 1J54A 1NGIA 4FK2A 1HNIA 3VQ5A 3ZSRA 5AQRA 1TVRA 3I0RA 4FZYA 3A0IX 4CZIA 4JK9A 1I39A 2P9IB 4I2QA 4JI3K 3V1RA 3K5NA 4DFPA 3UE5A 4CD3A 3GOIA 3DWLA 4OGEA 5A2QO 4DSEA 4YFUA 3PUFA 3ID6A 2YNFA 3AGKA 3U9DA 3LWMA 3A5OC 1N33K 4F2RA 5BR9A 4CBUA 4FLZA 3PO5A 3MEEA 3VTHA 3C95A 3HRGA 3LAKA 4AHCA 5FLXO 1BHLA 1U45A 3CM5A 4H5TA 4WQ5C 2A3ZA 4B3MK 3FZHA 5IT9O 3MN5A 4A59A 2UUBK 3THWA 1VQ7N 3WXJA 3R3LA 3TAQA 1JKHA 3DLBA 1C0TA 2E6LA 4I2PA 1JL2A 3NCIA 4JHDA 3SV4A 3CCSN 3RMCA 3R6MA 4LSNA 4C8KA 2YKNA 2HF4A 4LFCK 4FK4A 1OH8A 3ID8A 4M3UA 3G10A 3VQDA 3KWIA 1YVUA 3CPWM 4WQ4A 1X3MA 3IFRA 3C6HA 1WSGA 2V52B 2O8DA 3V1OA 4IO9L 5C0YA 1LW0A 3D45A 5BRHA 2VGMA 3AVJA 2GBZA 3ENBA 4JKHA 2GTDA 4BRHA 3DI6A 4KHYA 4CIFA 1TKTA 5JLHA 4PL7A 4DWIA 1RT3A 1EO1A 2XY8A 4CHZA 2KTQA 1JL1A 4IJAA 4OPHA 1QS4A 3AARA 3J80O 4JKDA 1WUAA 4Z4IA 1S1WA 2W6LA 2ZJPL 2LSNA 2RPIA 5D3GA 4AHUA 4PUOA 1VHXA 1ITGA 2B6AA 5KPZA 2E1YA 1S6QA 4E1JA 3L6QA 3L4QA 4CF0A 1SKWA 4CJEA 4HUGA 3SUQA 1VSMA 2OYQA 1FKPA 3HOTA 4QOZB 4EFHA 3EKSA 4BE1A 3FGUA 1NOYA 3SQ4A 1NNEA 4NXNK 3K9JA 4BQZA 2IAJA 1OH7A 1U2VB 1WSJA 5J1EA 4ZHRA 4RW8A 1CZ9A 2QEXN 3OA9A 5M1NA 3VEYA 2E6MA 1HYZA 3Q7BA 4FSVA 2E2PA 1TKXA 3D2FB 3SQ1A 3R1XA 3RMAA 4NB4A 4BWMA 4BRAA 2CH5A 4J2AA 2QWLA 3GE1A 1HLUA 5BRDA 2NRWA 4AHSA 3ENHA 3BZCA 4CJPA 1KLNA 5C42A 3ISNC 5C24A 1GLCG 4FWSA 2KLAA 1ZBLA 4RTFD 1RTDA 1HYSA 2FSJA 3OY9A 3OYIA 2OPPA 2Z1HA 2R7YA 1S6PA 1L5UA 5JICA 3C7NA 3WUHA 5AFUA 3CC4N 2VG7A 3THVA 5CZ1A 4FVMA 5B8HA 1WSFA 4A5AA 5M1FA 2PYJA 3O9UA 1HKCA 1NGJA 3OTOK 2YHYA 4CD1A 1HNWK 4H5WA 3H1QA 3I33A 5DK5A 1ILYA 3VQQA 4EIAA 4LC9B 1JXBA 4B8CA 4CEBA 1W2BM 4JS5A 4PWDA 4E7LA 4W5RA 3PSIA 5SZTA 1RBVA 4GV3A 2OTJN 5GAGP 3D6RA 3M8RA 1S72N 4GNIA 3KD1E 1TAQA 4ID5A 2ITMA 3QEWA 4JI8K 2P9SB 5AJ3K 2H3GX 1BIUA 2D5RA 1YF5L 4IOXA 3KLIA 3K0SA 4MO4A 1WAFA 3SPYA 4JAXA 4BE0A 4LF6K 4CEFA 2YI1A 4CGJA 4CGHA 5DM7L 5ADXH 3CCJN 4DV0K 1VSEA 3NF9A 1B9FA 3A5NC 3I8BA 5FROA 2DY4A 1BISA 1NGFA 2Q31A 4BR7A 3O4WA 1HPMA 4FK0A 1Q18A 3PY8A 1EP4A 4ISGA 4CK2A 3TAFA 3NF8A 5AQLA 4FJJA 1GLFO 1KAZA 4H5VA 1C0FA 3HI0A 1MDUB 1VQLN 5BPMA 1YT3A 3M8QA 3OYBA 1V4SA 3ZT0A 3RVCA 3UKUA 3AY9A 2YNHA 3SCXA 3WEEB 4BC4A 2ZGZA 5AQXA 2D0AA 4B9MA 4DU4A 3TSUA 3ZYYX 3DXKA 4QS8A 2E4LA 2Y1JA 2BDPA 2F9TA 4CJFA 3OJUA 2VG5A 2GX9A 3WQTA 3F9MA 3O9RA 4JI6K 1QZ6A 3QERA 1X9WA 4FJHA 5AQUA 3DRPA 1LWEA 2HW3A 3FR0A 3G4SN 3DAWA 1WSHA 2FXUA 3FE1A 1WBBA 5GIOA 2QW9A 3RWUA 4DF8A 4DTJA 2P9NA 1J5OA 3EKUA 2AJQA 1YJNN 1ZBIA 2VWJA 4H4MA 4CZJA 1MWMA 3EZWA 3HK2A 2KKZA 5AQQA 1HNXK 3DLRA 4AHRA 3FZKA 2DFEA 4FWQA 3NMUA 4DU1A 2AA4A 4N47A 1NGEA 4BG8A 4PL8A 3LWLA 2HBJA 2OANA 1RGIA 3TTFA 5HROA 3PO4A 2Q97A 1CXUA 1DLOA 4PHTX 3MXIA 2VWBA 4BR9A 1NJYA 1GOAA 5AQSA 3LDNA 4DTUA 1W97L 1KXPA 1NGAA 2ZGYA 3U3YA 3NE6A 3K9KA 3O9SA 4FWOA 3OYAA 2RE2A 1T44A 4FXDA 3TTCA 3VQ6A 3AVIA 1IO2A 1OVQA 3LDOA 4YNQA 4IDKA 2I7NA 4H5RA 1RDBA 1VQNN 3HPHA 1M1KO 2NZTA 4F8RA 3L3VA 5AQMA 1RT1A 3WNHA 3RMDA 5GINA 4DTSA 4BREA 4M41A 4CHYA 1GLJO 1A5VA 1U47A 4JD2A 3OYLA 4BRNA 5AQYA 2HNDA 3ENOA 5EY4A 3D7EO 5KI6A 1KTQA 2W6KA 4JI1K 3OW2M 3CJCA 4KBOA 4E1MA 3RMBA 4KI6A 4KV8A 4CGDA 3AGRA 4B8AB 1NK9A 4KHPK 1KAXA 5HRRA 5HLFA 1RNHA 2D0BA 4GKJK 4CVNE 3ZT2A 3LPTA 3THXB 3VEXA 1NOZA 2O8FA 2IOCA 3DMJA 1RDDA 1CZBA 4KTWA 3O3FA 4U7BA 5DM6L 3S41A 3OJSA 1U4BA 4IOAL 3NGZA 1K8KB 3V9UA 4DR2K 4CGFA 4M45A 4HHTA 5LL6Z 2QWNA 3SBGA 3T1AA 4H0XB 1C0GA 3QEXA 3VQ7A 4HTUA 2W41A 3G25A 3M1FA 4HCCA 3CFOA 1REVA 3T7ZA 5HOOA 3ATVA 1TGOA 4B3TK 2P1JA 1NKBA 4BRMA 2G8HA 1I3AA 2QXLA 4KHWA 5CYQA 2VQEK 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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