1KM5A

Crystal structure of odcase mutant d75n complexed with 6-azaump
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVANIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
publication title Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 82
structure length 212
sequence length 212
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2001-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1km5A00
2A85A 3NPXA 2CLLA 3RMJA 3N2XA 2QAPA 1T8XA 3QRHA 1TO3A 2XN1A 3S42A 4JICA 3STFA 5HNRA 3QEZA 3CIWA 3P60A 5CPNA 4BWLC 5I3JA 4EVZA 1PS9A 4O12A 4LTSA 4QM1A 3HIJA 3HPZA 1RQHA 1AW5A 4XZ9A 4NNCA 5AC6A 1EWEA 4N2YA 3THAA 1W37A 1LCOA 1LTDA 3NQEA 4QITA 4IXXA 3NQ6A 3MI6A 1H7PA 1PHQA 3ANYA 4BF9A 1S5TA 4K6AA 4YXGA 3NL5A 4JIPA 1DL3A 4QIUA 1X7FA 3QSTA 3CPRA 2QCMA 1TSIA 4JY8A 5D09A 4UFLA 3W1MA 3JS3A 4O50A 2NXIA 2E5BA 3LX9A 2P0OA 1FBAA 3O16A 2TMDA 4JTGA 1AW2A 3CM4A 3GXPA 5FEZA 4PC8A 3ATZA 2ABBA 3T78A 5FEWA 2FDSA 3IIVA 3SIZA 2PRHA 1G4SA 5AHIA 2YW4A 4MLJA 3M1ZA 1GTEA 4M6VA 5DY2A 1JJKA 4WY0B 1P0KA 3KOFA 3QFEA 3O8AA 1NF0A 3BVJA 3LV6A 1XDMA 3DZ1A 2GQ8A 2JGQA 2QDHA 3O63A 1QDSA 1ICPA 5L6UA 2C18A 1RD5A 2J88A 2J27A 3PB0A 5D2TA 1GG1A 1QR7A 2CLMA 1FCQA 1VYRA 2RDWA 1OX6A 3Q2DA 3WK1A 4LOCA 3KRZA 2RDTA 3L21A 3BW3A 5D2WA 4LC6A 1H1ZA 2CLKA 2FPTA 3W1LA 2F7FA 3QQ0A 4NUWA 1J4EA 1DQXA 1KTNA 4MZ1A 4JTTA 3TV8A 3W07A 4MJMA 2B4GA 3MYPA 4NJKA 2H3DA 2QCGA 2R94A 1V5XA 1TTPA 5HUPA 1OF6A 3NL3A 1WQ5A 4LVFA 3EKLA 2ZRVA 4GE8A 5EY5A 4CQ8A 4ICNA 1L9WA 3G1DA 3NA8A 3L65A 1YDOA 3EB2A 3LERA 3TK7A 1GJPA 1ME8A 1EP1A 3OA3A 1C29A 3W1QA 4JN6A 3NQGA 2A0NA 1EPXA 5AB3A 3A5FA 1F6PA 2NV1A 3DENA 3M41A 4GUFA 3NYZA 1OFRA 2QKFA 3PY2A 4E2DA 3NL6A 5LZLA 3H55A 3BG3A 2G96A 1XBZA 3C52A 4XTIA 4ZMGA 2I1OA 1SSDA 5HJLA 1K7FA 3W7KA 4LRTA 3GX9A 2YFOA 4JNMA 2CZ5A 3PG8A 4GFSA 3W84A 1KM1A 3G1AA 2CLOA 3KRSA 4M5PA 4AF0B 3DFQA 5H2ZA 5D04C 1VPXA 5F4WA 1DBTA 2V5LA 4N6EA 2NWSA 3LRMA 3LLFA 1BKSA 2FTPA 3C2RA 3NQ2A 4IWWA 3W7JA 3SJ3A 1M5WA 2QCNA 1FUYA 1SW7A 4RXFA 5DLCA 1WAUA 2OT1A 4Q4KA 5HULA 3BG5A 1G4PA 1QOQA 3HO8A 3T44A 5IBXA 4PL2A 3TXZA 1N55A 1TREA 3UQNA 1XL9A 2EGZA 4CCCA 1W5NA 3U6WA 2C14A 4K8HA 1XCFA 1EP3A 1P4CA 2YCEA 1BWLA 1VZWA 2C13A 5C6MA 1XM3A 1WBJA 1L6WA 3C61A 3LBCA 1KTCA 5TBOA 1Q6LA 3GKFA 4ADUA 4FNQA 4CNNA 4GNJA 3GR8A 4L4LA 2DZPA 3L5MA 4NNBA 4N6FA 2RH9A 1SQ7A 4AMAA 3RK8A 4LV9A 3I7RA 3CT7A 2QDGA 2YDAA 1KM2A 1JRCA 1KV8A 2VOMA 5F4XA 1JVNA 2ZZ7A 3MHGA 1Z48A 5AC7A 4UTMA 5J5RA 5DCEA 1GTHA 3PVFA 1H1YA 5D32A 1F74A 5G1YA 1FQ0A 1TIMA 1AL8A 1IF2A 3BPWA 3LHUA 4CLMA 5BOOA 2DZTA 1XI3A 1Q6OA 2VEIA 4UTTC 1HG3A 4R33A 2VKZG 2UV8G 5E93A 3EXSA 3G0XA 4DXVA 3WK3A 3FKKA 3W2NA 2O7SA 4WUIA 4TR9A 4QJ1A 1TPFA 1ZY9A 2QUVA 2TPSA 5D2YA 2E5DA 3R13A 4LW7A 2J9XA 5HR7A 4LS0A 4GUIA 1CI1A 2Y70A 1QMLA 2VFHA 4CCEA 4ZQOA 3W85A 2FLIA 3AJXA 3DH7A 3OHIA 4AHOA 4OGZA 1AMKA 1SO4A 3HGRA 3LXAA 4FNUA 2YYTA 3NM3A 5BMWA 2YSWA 4MZ8A 1UUMA 1TTQA 1VYPX 3KAOA 4IOTA 2CLHA 1A50A 4JTEA 4K39A 4UTWC 2WO5A 1N7KA 2WJZA 1GVFA 1TCDA 2ZA1A 5DBUA 1VCVA 1IXPA 3H54A 3L5LA 3EX1A 1L6SA 2VEMA 4UNKA 3U8GA 4AVFA 4OV4A 2EF9A 1TJRA 2ZCGA 4EOUA 2JKPA 1TQXA 3LTPA 4MPQA 3QW3A 4FEZA 1O4UA 5KITA 5HWJA 2LLEA 2QCDB 3LB0A 3BW4A 4QNWA 3LCIA 2B0MA 5FF3A 2FPYA 3T40A 1VS1A 2WNNA 3TX9A 4MY1A 1LBLA 5K7JA 3QQ1A 3D0CA 1Q6RA 1KM4A 3T55A 1OFQA 3W2JA 4IXHA 4M6PA 2A6LA 3LRKA 3VE7A 5I3GA 1QPNA 5CSSA 2NUWA 4N9BA 3PC0A 1JUEA 4WD0A 1LM1A 2ZZ6A 3W1AA 4NU7A 4I7WA 2WSRA 1IXOA 3N3MA 4S2BA 1Q6QA 2X1UA 2C3ZA 4C1LA 2VEPA 4RLIA 3UWQA 3N14A 1O5KA 1C9DA 4M6QA 1IIHA 2NUXA 4OWGA 3TQVA 5A8GA 3EX4A 2HSAA 5HMSA 4UTWA 2V8ZA 5K9CA 3E12A 3P8IA 2YPIA 1SFJA 2WPBA 1H60A 1KM0A 3MYOA 1S3HA 3I65A 2YFNA 3NPWA 1G7UA 4UIOA 2ZTJA 3G22A 3UWWA 1TTJA 2Z6JA 4RV8A 2AGKA 5GVJA 4A3UA 1ZENA 1W5OA 1PVNA 4NJJA 1M6JA 1OX4A 3M7WA 8TIMA 4AAJA 1I8JA 3LXCA 3MUXA 1SSGA 3MP5A 1F2JA 1HTIA 3BK0A 3ABSA 3W3OA 1SFLA 4ALDA 5MHBA 2G97A 1H63A 3FYPA 4DPPA 3G1SA 3TFXA 4HNTA 2X1RA 3B0VC 2RDUA 3NAVA 4FIQA 4YL2A 1NAL1 3QMRA 4OQVA 3NR0A 4ONVA 4N4QA 4FO4A 2H90A 5AYXA 3Q37A 2E1DA 2OT0A 4OV9A 4HT3A 4UFHA 3ABRA 4UXDA 4HKPA 5K4ZA 1ICSA 4UTLA 3HPSA 1TPEA 1W0MA 2JKAA 1E51A 2X30A 1DOSA 4E0CA 1WOBA 1SPQA 3O6DA 4GUGA 1OHLA 4X3ZA 4Y90A 4FXRA 1QOPA 3N2MA 2O7QA 2W0UA 3F4NA 3VE9A 1W56A 2WSQA 4WQ6A 1AL7A 2FPVA 2GVGA 3W9ZA 2QF7A 3DFSA 3DFOA 4IMGA 1KTBA 1UJPA 3LBMA 2W6RA 1VC4A 2P1FA 1LBMA 4LV4A 3QF0A 1DVJA 2CFFA 1MZHA 3NM1A 2RHGA 1ZCOA 5C55A 1YADA 1K8YA 5G2WA 1VCGA 1YXCA 3MI3A 3PSWA 4RJEA 2CLIA 1RR2A 3S5YA 2P10A 1Z42A 3DU0A 1B9BA 1KFBA 1F05A 1HFBA 2OCZA 3SW6A 4MY9A 5KZMA 4ADSA 2DORA 2V5BA 4RK8A 3LI1A 5AOUA 1P5BA 1K8XA 2X1TA 5D2XA 1MO0A 1PIIA 3EXTA 4PCFA 3PWAA 1FDJA 5HINA 5F1VA 1IIGA 1UB3A 2BLEA 3GB6A 5LGXA 3GNNA 5HQEA 3WJYA 4OHQA 3MMTA 3G1HA 1KFEA 4BFAA 1XUZA 1H7WA 3S5ZA 2I14A 5EL1A 3OG3A 3KVLA 1WA3A 3P82A 5K2ZA 3ABQA 4JTJA 1W3IA 4OBTA 1R2SA 4LU0A 2QAFA 3CLMA 3IIZA 1R47A 1OG0A 3FJ6A 1F73A 3L66A 4UMCA 1OFPA 2WSYA 3GAYA 3R5EA 4TMBA 6TIMA 4UFKA 4WJEA 3ZFHA 1ME9A 4DQWA 3TKFA 3G8RA 3M5XA 2E6FA 1UASA 1LLZA 3G0UA 3P5ZA 3QYQA 2CU0A 2ZRZA 4BI5A 2DZXA 3KFTA 5DN1A 3S9YA 4KKXA 3UWVA 1OFDA 2ZTKA 1SW3A 4EWND 3W23A 2H6RA 1KFLA 1B4KA 1H7OA 3FKRA 2ZRYA 3IGSA 3O07A 2OZ0A 3I68A 3HG5A 2XFWA 4JS3A 4JX6A 1OFOA 4LRSA 5EBUA 2VELA 2HTMA 3LHTA 3QW4B 1OVDA 1QFEA 4O8RA 3NL2A 3S1VA 1I4NA 1IGSA 4XUGA 5CZ0A 3W7MA 1SZEA 3P7YA 3W7GA 2E6YA 1X6UA 4LVBA 2ZBTA 5KMYA 3VFLA 3A24A 2NXGA 3KXQA 3PUEA 1XKYA 2ZYFA 5G5IA 1NF7A 3PBYA 3GKAA 5CSRA 1J2WA 2Y85A 3DHDA 1PCWA 4JTHA 1J5TA 3FYOA 4PA8A 2J9ZA 4B5NA 5F2MA 4LT9A 5BW6A 3IGUA 3NQ8A 1QWGA 3TDFA 3TROA 3MJYA 4FNRA 3PUOA 2E68A 1TV8A 2F84A 5D30A 2E6AA 5CZJA 3KRUA 4BWLA 4IPJA 1FWSA 4LC8A 3UPBA 3USBA 5LHFA 1FXPA 3GDMA 4JX4A 3NQ7A 3HJZA 3C2EA 1FDYA 1FCBA 4UFJA 2HS8A 4UCGA 3NDOA 3BLEA 4O16A 3TSMA 5C54A 1D3HA 3G3DA 2ZRWA 4RZ5A 3S1UA 1O60A 3TIMA 3B0UX 3GDKA 1KFJA 4O1BA 5D02A 3LGEA 1JCJA 4XKYA 4O28A 4NXKA 4JTKA 4WZHA 3PM6A 3RFAA 3ABOA 6ALDA 5CPOA 4AHQA 3C3NA 3MWAA 3UXDA 4DF2A 4JYFA 2OX1A 5FF4A 1JCXA 3W87A 3UWYA 3W7DA 2YR1A 4O4VA 3W2MA 3CHVA 4GJ1A 3WK2A 1LZOA 5DXYA 3W76A 2FQIA 2A6NA 1JCLA 4JTSA 2QR6A 2NWRA 3I7SA 4MY8A 4ZQRA 3FJLA 5DELA 4Y9AA 5G4EA 2Q8ZA 1PHWA 1EWDA 2ISWA 3W7IA 4O15A 5FF2A 3IVTA 4O57A 1UUOA 3P61A 2IQTA 3NGJA 4HNNA 1I2PA 3THQA 3W71A 3YPIA 5KZEA 5CKSA 2TRSA 3NEVA 4JDBA 4WXZA 4C1KA 5KTLA 4BI6A 1QO5A 3WJSA 3V1PA 1DQWA 1H51A 4UMAA 1FY6A 5L9FA 5E1QA 4MIMA 2JBMA 1L2UA 1OK4A 2Y61A 3V75A 4HSOA 4I7UA 4HIBA 4LUIA 2ATMA 2ZZ1A 5AHNA 1LROA 4JTFA 4CQAA 4P2VA 3TR2A 1T99A 3WJWA 3G1XA 2NZLA 1C8VA 3ATYA 4HNUA 1VHCA 4MZYA 4PODA 2Z0IA 1G69A 5EMUA 4JX5A 3UPWA 3RLUA 3F4WA 2QJHA 2J6XA 2Z2UA 2ZQ0A 4M19A 1JUBA 2QEZA 1BTMA 1EX5A 4N9CA 3NQVA 1AK5A 1H5YA 3S0CA 4AF0A 1GYLA 1SO6A 5K9XA 2E6DA 4O13A 1NFBA 3TC7A 1OYAA 1S5VA 5U7SA 1PL9A 1VYSX 3LHZA 3B06A 1W8SA 3LHWA 1KM5A 4IPIA 1AG1O 1VGAA 3B03A 5KINA 1A53A 2ZZ2A 2ATSA 4AWUA 3S1WA 3FOKA 3GAKA 1SZFA 2TSYA 3K30A 1ZJIA 2DZUA 3RLVA 1TYGA 4O14A 2PURA 3CQ0A 4Z1AA 1JCNA 1W3NA 4Q32A 3W75A 5LSMA 2XN0A 3KX6A 1HL2A 4A2RA 3QZEA 3F1QA 3UWUA 2QCLA 4JXCA 1I45A 1UBSA 4JD4A 4NX0A 3W88A 4RCXA 1GG0A 2WQPA 1JR1A 3C4UA 2BX7A 3TW6A 1GVSA 3UWZA 2Y7DA 3GK0A 4O1AA 3W1XA 3HG2A 1R46A 4KWWA 1MEWA 1X1OA 4GRSA 4IJBA 2Y7EA 1ONRA 3IRDA 3TSBA 1YTDA 4UR7A 4AH7A 3L9CA 3M43A 4Z1BA 2A21A 3G0SA 3KVKA 3W2KA 3TU9A 2CZDA 2DZSA 5D03A 4O53A 3TA6A 1OF8A 1DORA 3P5YA 1WYIA 1Z44A 1KLYA 4GUJA 2GJNA 3ZWSA 2E09A 1I2QA 4J9JA 3C0JA 3EWWA 4KFNA 4WOZA 3T7VA 3P84A 1VLIA 2QCCA 1R30A 3GDTA 1Q45A 4O11A 2GQ9A 4GC4A 2BZNA 4QQ3A 4ZQCA 1PCKA 3M6YA 1WDWA 5A5WA 4FX6M 3P67A 1TPDA 1ALDA 3NNTA 1ZAJA 2ISSA 3STCA 3VKJA 3UD6A 4UTTA 3RU6A 4E2BA 2NXHA 1GZGA 3O05A 1JQXA 1U83A 2PCQA 1SU5A 3PSVA 4KWVA 5BMXA 4ZVJA 4FHAA 2VXNA 1FXQA 1ME7A 3HG3A 1XBVA 4O1CA 3IEBA 1QNVA 3SI9A 3M9YA 5I3FA 3NQDA 4NJGA 1VH7A 3GVGA 1GYNA 2H3BA 3TAOA 1ZHAA 4YMZA 2VFGA 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 1M7O A;  3NQM A;  4PH6 A;  3DGR A;  1JRB A;  3TW7 A;  1EEP A;  3LI0 A;  4FXS A;  3TJL A;  1MEI A;  2ZZ3 A;  3BGJ A;  3LV5 A;  5FF7 A;  4IMF A;  1O5X A;  4FX7 A;  4HPX A;  2ZDR A;  1RQE A;  5EA9 A;  5C5Y A;  3FS2 A;  2H8X A;  3TQ0 A;  3L68 A;  5KSW A;  5K4X A;  1QPO A;  1RVG A;  3GDL A;  4K36 A;  4JIQ A;  3L5A A;  2EKC A;  1F7B A;  1K7E A;  1NVM A;  5D37 A;  5LNW A;  1TRI A;  4NVT A;  2CZE A;  2YW3 A;  3STE A;  3G3M A;  1QCW A;  3W6Y A;  4DBE A;  4WXY A;  3LCX A;  4O4W A;  4HHP A;  3O6Y X;  4UUI A;  4IQL A;  4GWE A;  1XBX A;  3W1N A;  1SO5 A;  1Y0E A;  4FNS A;  3DI1 A;  2JK2 A;  3EKZ A;  3PS7 A;  3H53 A;  3EWB X;  4FIR A;  3LDV A;  3NXF A;  1LRQ A;  3MW7 A;  4ZQM A;  3PUL A;  2Y63 A;  1EIX A;  1ZAL A;  3A5V A;  4M7T A;  4RZ6 A;  5FES A;  4LNY A;  2V30 A;  3N34 A;  3BV4 A;  3HGO A;  4OT7 A;  2C19 A;  1VRD A;  1CW2 A;  4MVA A;  4NJI A;  1YPF A;  2ZRX A;  5DCD A;  3FLU A;  1FWT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NPX A;  2CLL A;  1T8X A;  3S42 A;  4JIC A;  5A69 A;  2YOC A;  3V0U A;  4BWL C;  4LUS A;  4EVZ A;  2F2H A;  1TA3 A;  4B90 A;  4LTS A;  4CGT A;  3SJN A;  4XZ9 A;  3WDQ A;  2E0P A;  1EWE A;  4N2Y A;  1HKM A;  1XIE A;  1V79 A;  5EBA A;  4CN1 A;  1RJP A;  1TE6 A;  3ZT5 A;  3NL5 A;  1AZ2 A;  3KOX A;  1M7X A;  4O50 A;  2NXI A;  2E5B A;  4PSP A;  1B3Z A;  3AFB A;  1E1E A;  5JH2 A;  3T78 A;  2YDR A;  2QYG A;  4C6P A;  1G4S A;  5AHI A;  1KNW A;  3MC5 A;  1GTE A;  1JJK A;  2VVS A;  2G37 A;  1HIZ A;  3BVJ A;  3LV6 A;  4M0X A;  3FGC A;  4LEF A;  1W9P A;  1WDP A;  1W3L A;  3O63 A;  1R3Q A;  4E3T A;  1NOU A;  1QDS A;  5FKY A;  3NYD A;  5CLW A;  1QI2 A;  3O2L A;  1OWQ A;  2YZ5 A;  5C7V A;  1QHO A;  3FN9 A;  1GG1 A;  2QLY A;  1E6P A;  1FCQ A;  1OX6 A;  3GHR A;  4LOC A;  2RDT A;  3L21 A;  2QT3 A;  1TZ9 A;  1IWB A;  4RE3 A;  2R82 A;  4A3H A;  1ISW A;  3BLP X;  3CPU A;  1EIB A;  3G1R A;  3MSD A;  3V0T A;  4NUW A;  1KTN A;  4B4H A;  4MZ1 A;  3MYP A;  2PWU A;  2R94 A;  5GPR A;  4XO7 A;  1TTP A;  5CPQ A;  5GJP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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