The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
161
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structure length |
161
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Chain Sequence |
MQDAITSVINSSDVQGKYLDSSAIEKLKGYFQTGELRVRAATTIAANAANIIKEAVAKSLLYSDITRPGGNMYTTRRYAACIRDLDYYLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPIGATIQAIQAMKEVTSGLVGPDAGKEMGLYFDYICSGLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Electron transport
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| molecule keywords |
Allophycocyanin
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| publication title |
Crystal structure of Allophycocyanin from red algae Porphyra yezoensis at 2.2 A resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
66
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| structure length |
161
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| sequence length |
161
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-12-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Globin-like | Phycocyanins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2BV8 B; 2BV8 A; 2UUL B; 4LM6 B; 4PO5 B; 2UUL A; 3V57 B; 2UUN D; 3BRP A; 1KTP B; 3O18 B; 5AQD A; 4PO5 A; 3V57 A; 3O18 A; 1KTP A; 1CPC B; 2C7J B; 1CPC A; 2C7J A; 3V58 B; 2UUM X; 3V58 A; 1ALL B; 1KN1 B; 4LMX B; 1ON7 B; 1ALL A; 1KN1 A; 4H0M B; 1ON7 A; 4H0M A; 4L1E B; 4L1E A; 4Z8K B; 4Z8K A; 3DBJ B; 4GY3 B; 2UUM A; 2VJH B; 3DBJ A; 4GY3 A; 4XXI A; 2VJH A; 1XG0 C; 3BRP B; 4F0U B; 2VML B; 4F0U A; 2VML A; 1HA7 B; 3O2C B; 1HA7 A; 3KVS B; 3O2C A; 3KVS A; 4N6S B; 1JBO B; 4RMP B; 4N6S A; 5FVB A; 1JBO A; 4RMP A; 4LMS B; 1I7Y B; 1I7Y A; 2UUL D; 2UUM B; 2VJT A; 1B8D B; 1B8D A; 4GXE B; 1PHN B; 2VJR B; 4GXE A; 1PHN A; 2VJR A; 2UUN B; 1QGW C; 4F0T B; 5AQD M; 2UUN A; 4F0T A; 2UUL C; 2J96 A; 5B13 A; 1GH0 B; 3L0F B; 1GH0 A; 5FVB M; 2C7K B; 1EYX B; 3L0F A; 5B13 G; 1B33 B; 1EYX A; 2C7K A; 2VJT B; 1B33 A; 4ZIZ B; 2C7L B; 4ZIZ A; 2C7L A; 2V8A B; 2UUL H; 2V8A A; 3MWN A; 4XXK A; 1XF6 C; 1F99 B; 4YJJ B; 4Q70 B; 1F99 A; 1LIA B; 4YJJ A; 4Q70 A; 1LIA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SI4 B; 1OUT B; 1DXT A; 2QFK A; 1FDH G; 4LM6 B; 1S69 A; 3BJ1 A; 1VXH A; 2R4Z A; 3ODQ B; 4N7O A; 1X9F A; 2FAM A; 3PT7 A; 1HDA A; 3UHT A; 2YSK A; 3HXN B; 2O5B X; 2OH9 A; 1BUW B; 1LFQ A; 3QJB B; 1LFV B; 1HLB A; 3OO5 B; 1I3D A; 1HAC A; 3GKV A; 1OBM A; 3DBJ B; 1J3Z A; 3TLD A; 2DXM A; 1VXC A; 3G4Q A; 3GQG A; 4ROL A; 2GTL D; 3PIA A; 3BJ2 B; 2WCQ A; 1SDL B; 4MXL A; 1YGD A; 3NG6 A; 1HLM A; 1Y8I B; 4N6S B; 1JBO B; 3UHI A; 104M A; 1DXC A; 3UBV A; 1YHE A; 2D2N C; 1J7Y A; 1B8D B; 1Y4V B; 4GXE B; 2QRW A; 1HI0 P; 2HZ1 A; 2Z85 A; 3ZJR A; 3GKT A; 3M38 A; 2VLZ A; 1MLM A; 3A59 A; 2YRS B; 3UH7 A; 3WR1 B; 5B13 A; 3PI9 A; 1WMU B; 4N7N B; 3ONZ B; 3LB3 A; 2ZFB A; 3OJ1 A; 2Z8A A; 4ZIZ B; 1K0Y B; 2VHB A; 3CY5 B; 3DHR B; 5EUI A; 2MYE A; 4ROM B; 1U7R A; 4XS0 B; 4ESU A; 1GDJ A; 4G1V A; 1Y4G A; 1HBR B; 3O89 A; 4YJJ B; 1HBS B; 3WCT A; 4MQJ B; 4Q70 A; 2R50 A; 1LIA A; 3WHM A; 3UHN A; 2NX0 A; 3WCU C; 1CLS B; 2V1J A; 3H57 A; 1MBD A; 3EU1 B; 5EET A; 1XY0 A; 4N7P A; 5ILR A; 1J7W B; 5KER B; 1NQP A; 1MNJ A; 1MTK A; 1SHR B; 3DHT B; 3OK5 A; 6HBW A; 2HBD B; 1LFT A; 3GIO A; 1MYM A; 1SDK A; 4H0M A; 1CIO A; 1FSL A; 4GY3 B; 4DC8 A; 1YIE A; 2ZLT B; 2VJH A; 4H2L A; 1XG0 C; 2FRK X; 2D2M B; 1YHR A; 4JAC A; 3HEN A; 1Y09 A; 1XZ5 A; 1X9F C; 1DKE A; 1Y7G B; 1YHU A; 1CH3 A; 3ECX A; 3PMD A; 1JY7 B; 1GCW B; 1Y5F A; 2GL3 A; 1A01 A; 1JEB A; 1QGW C; 3ASE A; 1XDT T; 3G46 A; 1HSY A; 1HHS A; 5EE4 D; 3NL7 B; 1A6M A; 1PBX A; 4VHB A; 3B75 B; 1EYX B; 1BBB A; 1C7C A; 1O1I A; 1Y8H B; 2C7K A; 4PQ6 A; 1IWH A; 1Y5K A; 112M A; 1HDS A; 5MBA A; 1GBV B; 1NS9 B; 1RQA A; 1HGA A; 1VXD A; 3AT5 A; 3D7O B; 4HBI A; 1Y35 A; 5E6E B; 1YFF A; 2HCO A; 2BLI A; 3GOU A; 1NS6 A; 2JL9 A; 1YG5 B; 4U8U C; 1G0A B; 2HBG A; 2HBC B; 1BIJ B; 1MWB A; 2EB9 A; 1GCV A; 1HCO A; 4FWY A; 1COH B; 3ZJH A; 1URV A; 2Z6T A; 1V4W B; 1M6C A; 4HRR A; 1O1N B; 1YZI B; 1DWR A; 2MGI A; 4AE0 A; 1PMB A; 2MGB A; 1S61 A; 3M3A A; 5E83 A; 2VML B; 3LQD A; 1QXD A; 5EV5 A; 3UHY A; 2OIF A; 1RQ4 B; 4WJG A; 1N9X A; 1S6A A; 3QJE B; 1QI8 A; 1DTM A; 1YMC A; 4MQH A; 1XZ7 B; 5HY8 A; 1MOC A; 2OH8 A; 4ESA A; 1PHN B; 3HHB B; 2ZLV A; 2MGL A; 2MYB A; 1R1X A; 2MHB B; 1MBO A; 3NMM B; 2GKM A; 3WCW B; 2MGM A; 1IT2 A; 2MBW A; 3S1J A; 1S0H A; 1FN3 A; 1M6M A; 1JF3 A; 5CN4 A; 4F6D A; 3WCV C; 2ZT2 A; 5B13 G; 2AA1 A; 1Y8K B; 1A3N A; 3KUN A; 1YHU C; 3D1A A; 1UFJ A; 1CH7 A; 5HLQ A; 2QLS B; 108M A; 1X46 A; 3S48 C; 1MOB A; 2DHB A; 2IG3 A; 1DM1 A; 4TWV A; 5JDO D; 1XF6 C; 2O58 X; 3OZW A; 1A4F B; 5E29 B; 3SZK A; 1RVW A; 3UBC A; 2H35 B; 1O1P A; 2PGH B; 1MLH A; 5AQD A; 5CND A; 1Y31 A; 1A0U A; 1CPC A; 1XZ2 B; 3WCW D; 2H8D A; 1KN1 B; 1S5X B; 2M6Z A; 5CNG A; 1Y7C A; 2ZS0 A; 1UT0 A; 2G14 A; 2WCR A; 3WCP A; 4L1E B; 3KMF A; 4Z8K B; 3WTG A; 4O4Z A; 2GDM A; 5CN5 A; 1QPW A; 2SPL A; 3ZHW A; 1A0Z A; 5EYJ A; 2O5O X; 2W31 A; 3A0G B; 5B84 A; 1R1Y A; 1GBU B; 2V1G A; 2B7H A; 1HAB B; 3R0G A; 5KDQ B; 2ZS1 A; 1A6N A; 1V75 A; 3CIU B; 1XXT B; 4M4B B; 4RMP A; 1V9Q A; 1ASH A; 5D5R A; 5IKS A; 2AUO A; 2NSS A; 2VJT A; 1CPW A; 1OFJ A; 1Y45 A; 3G53 A; 1NZ2 A; 1MLQ A; 4F0T B; 1MBI A; 2HHD B; 3RJ6 A; 1HDB B; 3ZTA A; 1LH3 A; 1XZ4 A; 2MB5 A; 2D5X A; 1WLA A; 1Q1F A; 1Y4Q A; 2G12 A; 5EYS A; 3PT8 B; 1LFY A; 1OJ6 A; 3U3E A; 1DDT A; 1VXA A; 1RQ3 B; 1YEV A; 1LFL A; 2GTL A; 2QSP B; 2NRM A; 4IRO B; 1F99 B; 1EMY A; 1NWN A; 1HHO B; 2QU0 A; 2ZFO B; 2O5T X; 1SI4 A; 1OUT A; 5SW7 B; 1MZ0 A; 1VXB A; 5EU2 A; 3VRE B; 4PO5 B; 3D1A B; 1KTP B; 3OVU C; 4SDH A; 3LB1 A; 2GRZ A; 2BWH A; 4FWX A; 3ODQ A; 1Y0T B; 1DXV B; 1LH7 A; 1Y4R B; 3M39 A; 1BAB B; 3HXN A; 4NXC A; 3NFE B; 1Y0W B; 1BUW A; 1COL A; 4BJU A; 3QJB A; 4O35 A; 4KN3 A; 1LFV A; 2BLH A; 1YEU B; 3HEP A; 3DBJ A; 2G0R A; 2HBF B; 4DC7 A; 1HI8 A; 1C7B B; 1CP5 A; 1MBC A; 1HBH B; 3BJ2 A; 1UX8 A; 1JP8 A; 5CMV A; 1J52 A; 1SDL A; 1CMY B; 1Y8I A; 2GRH A; 1NPG A; 1X3K A; 2ZFO D; 4N6S A; 1JBO A; 1GDL A; 1RTE A; 2ZS0 C; 2ZWJ A; 3OO4 B; 3UHS A; 1B8D A; 1Y4V A; 2VJR B; 4GXE A; 1A00 B; 2BNL A; 2UUN B; 4FWZ A; 1Y8W B; 2YRS A; 4F69 A; 3WR1 A; 3V2V A; 2EKU A; 1WMU A; 4N7N A; 2VJT B; 1S5Y B; 3ONZ A; 3S65 B; 5F2A A; 1J40 B; 1DO3 A; 4ZIZ A; 1K0Y A; 3CY5 A; 1WVP A; 1MLR A; 3DHR A; 1Y2Z B; 1KD2 B; 2W72 B; 3AQ6 A; 4ROM A; 4XS0 A; 1NEJ B; 1CQX A; 1HBR A; 2Z6S A; 4YJJ A; 1HBS A; 4MQJ A; 3UHW A; 1LJW B; 1G08 B; 4OOD A; 1TU9 A; 2D60 B; 1ECN A; 1O1M B; 2UUN D; 2ZSQ A; 2R1H B; 1Y7D A; 1CLS A; 3EU1 A; 2XYK A; 1J7W A; 3V58 B; 5KER A; 4LPI A; 3UHZ A; 3EDB A; 1SHR A; 1HGC B; 3GQP B; 1MLG A; 3MJP B; 5ILP A; 4KMV A; 1QSI B; 3DHT A; 1JZK A; 3FS4 B; 2HBD A; 3E55 A; 2V1F A; 3BJ3 B; 1Y4B B; 4GY3 A; 3A5B A; 2ZLT A; 2MGG A; 4F0U B; 2MYA A; 1Y0C B; 3BA2 A; 1THB B; 2D2M A; 1CH2 A; 2R4W A; 1Z8U B; 3OZV A; 1C40 B; 1YE2 B; 2MYC A; 4GZG A; 3ARK A; 4UZV A; 2AUP A; 5HLX A; 2ZSS A; 4OF9 A; 1Y7G A; 1VXF A; 3WFW A; 3LHB A; 1BZ6 A; 1MOD A; 3GDJ B; 1JY7 A; 1GCW A; 1ABS A; 5AQD M; 3MVC A; 4F6B A; 3ZJI A; 2UUL C; 5CN9 A; 4YU3 B; 3VRG B; 3NL7 A; 3LB2 A; 2LH7 A; 1J3Y B; 2XKG A; 2DKA A; 1NZ3 A; 4H07 A; 5AB8 A; 3B75 A; 1EYX A; 1Y8H A; 2X4A A; 4NS2 A; 4WJG 1; 3GQR B; 1Y46 B; 1HHT P; 4NXA A; 2O5S X; 1UFP A; 1MLJ A; 1YGF B; 5C6Y A; 6HBI A; 3HF4 B; 2D2N B; 1GBV A; 4AVD A; 4C0N A; 1NS9 A; 5CN8 A; 1DO7 A; 3G4Y A; 1MLN A; 3NUH B; 5D1V A; 3D7O A; 1LUE A; 3R5I B; 5E6E A; 2G3H A; 4NI0 B; 1HBB B; 1YG5 A; 1G0A A; 2HBC A; 3HRW B; 3V57 B; 1BIJ A; 5JDO E; 5AZQ A; 1ITH A; 1COH A; 3IA3 B; 1GZX B; 4F6J A; 1YDZ B; 1AZI A; 3PMC A; 3H58 A; 103M A; 2BLJ M; 1V4W A; 2AUQ A; 2QFN A; 1O1N A; 1YZI A; 3UHX A; 1M9P B; 4HHB B; 3MKB B; 2UUM A; 3ZH0 A; 2GNW A; 1B86 B; 1Y7D B; 2XKH A; 2D2N D; 5CNB A; 3PI1 A; 2VML A; 1CH4 A; 1HA7 B; 3VAU A; 2RAO B; 1NWI A; 1RQ4 A; 3KVS B; 1YVT B; 3WCU B; 3EOK B; 3QJE A; 1OFK A; 1XZ7 A; 2V1K A; 3M3B A; 1I7Y B; 2I88 A; 3PEL B; 2ZSR A; 1PHN A; 3HHB A; 4YU4 B; 102M A; 2BMM A; 1YEQ B; 2MHB A; 1MWD A; 3NMM A; 2DN1 B; 2W6V B; 3MJU B; 4NZI A; 4FC3 B; 4ODC B; 2D2M C; 1MYF A; 3WCW A; 1MKO B; 3QZZ A; 2O5Q X; 5C6E B; 3QJC B; 2VLY A; 4A8W A; 1UVL A; 1RPS B; 1Y8K A; 1OR4 A; 2QLS A; 3WCU D; 3QM9 A; 1MWC A; 3EDA A; 3QM7 A; 3S66 A; 3E4N A; 4HRT B; 1A4F A; 5E29 A; 3G4V A; 1V4X B; 1IBE B; 111M A; 1J41 B; 1MLS A; 1SPE A; 2H35 A; 101M A; 4ILZ A; 3UH5 A; 1YCA A; 5F0B A; 3QZX A; 2PGH A; 2PEG B; 1UC3 A; 4BS9 A; 1XZ2 A; 2ZLX B; 4G51 B; 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1DWS A; 1A87 A; 2ZT4 A; 1F5P A; 3FH9 B; 3ZJO A; 3HEO A; 1QXE B; 1YEU A; 2HBE B; 4B4Y A; 3AG0 A; 2G11 A; 1VRF A; 2HBF A; 1C7B A; 1HBH A; 1F65 A; 2QMB B; 1A3O B; 1MDT A; 1CMY A; 2ZT0 A; 2R80 B; 3RQR A; 3BOM B; 1T1N B; 1NIH B; 3UHC A; 1CP0 A; 1XZV B; 2VM0 A; 1UVM A; 1J7S B; 3ORD A; 4F6I A; 2O5M X; 3OO4 A; 1TES A; 1LHS A; 2DKC A; 1MYG A; 2VJR A; 1UVX A; 1A00 A; 3UHV A; 3WCV D; 4A8K A; 2SPO A; 2UUN A; 3MBA A; 3D1K B; 1Y8W A; 1YOI A; 1BZ1 B; 1MLU A; 1FDH A; 4TYX A; 3VRF B; 3PI8 B; 2HBS B; 4BJA A; 4MQG B; 1DXD A; 1OUU B; 2C0K A; 1S5Y A; 3S65 A; 1J40 A; 3UHE A; 2OLP A; 2FRJ X; 1YE0 B; 1MLL A; 2V8A B; 3ARJ A; 3P5Q B; 4MBA A; 3ZOM A; 1Y2Z A; 1K1K B; 1KD2 A; 2W72 A; 2HHE B; 3ZJS A; 2ZT1 A; 1NEJ A; 2G10 A; 3PI4 A; 3K9Z A; 4AVE A; 1AJ9 B; 1LJW A; 1G08 A; 1V5H A; 3O18 B; 2D60 A; 2SPN A; 1O1M A; 2R1H A; 1V07 A; 2ZT3 A; 1VRE A; 1CG5 B; 5CN6 A; 3HYU B; 3V58 A; 2EF2 A; 1G0B B; 2D6C A; 4A8O A; 1HGC A; 3GQP A; 3MJP A; 1QSI A; 1O1K B; 3FS4 A; 1BZZ B; 3VNC A; 2RI4 B; 4MBN A; 3RGK A; 1MYZ A; 3BJ3 A; 1Y4B A; 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