1KTNA

Structural genomics, protein ec1535
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
MTDLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFKPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, lyase
molecule keywords 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase
publication title The 1.5A crystal structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldlase
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 100
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2002-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ktnA00
1ME8A 4O15A 4YCPA 1JQVA 4LVGA 1I2NA 6TIMA 3T55A 1RV8A 4UFJA 3W1AA 1TRDA 4HNUA 4UIOA 2ZZ7A 4JD4A 3W83A 4XBSA 4O17A 1DKWA 3QF0A 5EA9A 3JRKA 3O8AA 2F7FA 4AXKA 3LM7A 3LV6A 4CCDA 4AB4A 4ZQOA 4UTHA 2WSYA 3GKFA 3NPVA 1VS1A 3SR7A 1A53A 2NV1A 1PVNA 3W7JA 4O11A 3L2IA 4JICA 4ZQNA 1JR1A 3W3OA 3BG3A 1F74A 2BZNA 2YYUA 3HB9A 3W71A 7TIMA 5F2GA 5DY2A 1L9WA 4DEFA 3O6DA 2V5LA 3DFQA 3NR0A 2DZWA 1KM4A 4AF0A 3LHZA 2Y62A 3MO7A 5D03A 1BTMA 1GT8A 3HMJG 1HO1A 4QISA 4WJEA 1XBYA 2PCQA 3N3MA 1Q3NA 3C2FA 2VKZG 1TPDA 4NUWA 5KZDA 4LWWA 1UB3A 3TJXA 4RJEA 2YW3A 4PTNA 5HUPA 4AEOA 4UTTC 2J27A 3L68A 3TMQA 3SI9A 5K7JA 2Y63A 1N7KA 3TJLA 1X1ZA 2E6YA 3NL2A 4Y96A 2VXNA 3L67A 4O53A 5LHEA 4MY1A 3DKJA 3TSMA 1GVFA 4JTKA 2GQ8A 4FEZA 1EUAA 2QAPA 2QEZA 1L6WA 1ZAJA 1LOLA 5IBXA 1F73A 2Y7GA 2Y70A 4MYAA 4LV4A 1ML1A 1Z44A 4NXSA 4JTJA 3DI1A 2QJGA 3EWWA 1XDMA 2OMAA 1DORA 3HPSA 3MHUA 5HJLA 2CLKA 3IEBA 3M47A 1ZCOA 1GPWA 5CPLA 1P5BA 2AQWA 1WYIA 1DV7A 3W2UA 4AAJA 3CLMA 3HIJA 4R33A 2O7QA 1RZMA 1A5BA 2PRLA 4ZMGA 1SZEA 1RVGA 1FWTA 1OABA 2UV8G 3W2LA 2TYSA 4MZ1A 3LTYA 4HNVA 5FF7A 2X1UA 1LOQA 4A29A 2A6LA 1WV2A 1EP3A 3SFKA 3IGSA 1TJRA 4HIBA 1EA0A 1ZALA 4O8RA 4UR7A 4L4LA 1QPQA 3HG4A 3O6CA 2OT0A 3O63A 3BGGA 4O4WA 1GWJA 1JCLA 2A6NA 3W7GA 4O12A 2NUWA 3P8IA 4DPPA 5K4ZA 5DCEA 3NZ1A 5FESA 4CNNA 1KM2A 5AHNA 5E0KA 1GVRA 4UFKA 3ZWTA 4YMZA 2CLFA 1W5OA 3UZJA 2FIQA 1J4EA 1Z42A 4BI6A 3G3MA 3LCGA 3DAQA 1H5YA 4HHPA 4X22A 2ZZ3A 5AHEA 3T44A 2C1HA 2IQTA 3F1QA 2YSWA 5BW6A 4JDYA 4M6PA 1O94A 2FFCA 1RPXA 5F1VA 3W76A 4LVDA 2WPBA 1FDZA 1LBLA 1KBIA 1SUXA 3K30A 4CNPA 5KITA 4RXFA 3LOTA 1CW2A 3IVSA 4N02A 1VH7A 2DP3A 2ISWA 1FXPA 4BWLA 3L65A 1K7EA 1TV8A 2CZ5A 3IIXA 1VPXA 3C2EA 3LDVA 4LW7A 4JY8A 1M7PA 2ZRUA 3TAKA 1CX9A 2ZZ2A 4UCGA 1R30A 1LORA 2W6RA 2YFNA 2GQAA 3UWQA 2H6RA 1EWDA 2A2IA 4LNYA 5D38A 1WXJA 4NJIA 2PE4A 4ICNA 4UTMA 1H7WA 3LHVA 2J24A 2V5BA 2P10A 2VEPA 3R8RA 2QCLA 3GYEA 5DBUA 1SW7A 1EX5A 1YXDA 2PRMA 3TX9A 4Z1BA 4N6FA 2GPTA 2QJHA 3GDMA 1GZGA 2VEIA 3LCIA 1WX0A 1W5MA 4FNSA 2ATMA 3PSVA 4NJJA 1FY6A 4QITA 3RLVA 3N14A 4UUIA 2JKPA 2ZQ0A 3FYOA 4EF8A 3P7YA 2G5WA 1YPIA 2NV2A 1FWWA 3GIYA 4UNKA 3W1NA 1ZENA 4RK8A 4M7TA 4FIQA 4ZQRA 2FLIA 3G1DA 5HUOA 5KINA 4UTUA 3ABQA 4NNCA 5H91A 3H55A 3IIZA 3OEXA 3HF3A 4PCFA 3RFAA 3PM6A 1P0NA 3E96A 5LGXA 3W72A 3S5YA 1LTDA 4RZ4A 2CLOA 3S1VA 3DENA 1MSSA 5BRBA 3G1FA 1UJPA 3RU6A 3GK0A 1Y0EA 3TMLA 1Q45A 4XWUA 1OX4B 4EWND 4LU0A 1FCVA 1KM6A 3NPWA 2DJLA 4FNUA 1L2UA 2NXIA 2A1YA 6ALDA 2A21A 3NL3A 3WK1A 5DBTA 3NL6A 5HWMA 5I3KA 4Y6GA 3PUEA 2KZHA 3W1RA 3RF9A 4AMAA 1B4EA 2GVLA 4WOZA 4WX2A 3ZR4A 3BV4A 3DU0A 1O5KA 4ALDA 3UD6A 2J88A 3FIGA 2H3BA 1XKYA 2NX9A 1M7OA 1EP2A 2CLIA 1FXQA 3P74A 2DORA 2ZA2A 3QQ1A 2Y85A 3TQVA 3W22A 1LYXA 3PAJA 5F2LA 4N2YA 2QUUA 1JQXA 3O15A 2V2CA 1F05A 2I1OA 4PH6A 3HG3A 1JCYA 1OX6A 4A22A 2NWSA 5AC7A 3M5ZA 3QQ0A 2G96A 1EEPA 3LRKA 4M7SA 1N55A 4N6EA 2TPSA 3NNTA 5I3IA 4O50A 3UZ5A 4TR9A 1QPOA 5CPMA 1WBJA 3TU9A 5AC8A 3V75A 3LV5A 1XUZA 1FUYA 3SJ3A 2YCEA 1W8SA 3U2OA 2EHHA 1EPXA 4TMBA 4O13A 4NZFA 1PHQA 1SPQA 1K03A 5FF3A 1OFRA 2WNZA 3MI3A 3UQNA 3M1ZA 4K38A 3S42A 4ORIA 3CTLA 1SZFA 3S5ZA 1TPB1 4DO6A 3M0ZA 1OYCA 3EEGA 3ABOA 3LB0A 4WOQA 3KOFA 2XN1A 5F4SA 4X3ZA 4HSOA 2OT1A 2ZRXA 3G1XA 2QCDB 5LNWA 4IOTA 1ZAIA 2VFFA 2JK2A 3QEZA 3W2JA 3EWXA 1GJPA 1XDLA 3W74A 4DBEA 2XFWA 5TQLA 3NVTA 4NT0A 4DQWA 4N9DA 5CSRA 3A24A 3I7RA 4CLMA 1R2TA 3P82A 3R2GA 3EWYA 2GVGA 1ZAHA 2H8XA 1P1XA 5D02A 4NQ1A 3BW3A 1U83A 1PE1A 1O5XA 1TMHA 4JTUA 3TSBA 2E5DA 1FCUA 1K3UA 1OK4A 1SU5A 1LLZA 2Y7DA 3INPA 3NPUA 3MW7A 4PODA 4QM1A 5EY5A 4IMEA 3NPXA 3W85A 4JTIA 1W1ZA 3ABSA 1VLWA 2WJZA 4JTLA 2B7PA 4FO4A 3W70A 2YW4A 4IX2A 2NZLA 2CWNA 3W73A 4YWIA 5KSWA 4RZ5A 2ABAA 2RDTA 3DHFA 4YL2A 1QWGA 5HINA 5D05A 1YTKA 4MY8A 2JGQA 5EMUA 3GXPA 2C13A 1KM1A 4Q32A 4DBDA 2TRSA 1R46A 1XCFA 5LGZA 3G0UA 3MYPA 4RX0A 3BPWA 4CCCA 2R94A 4LOCA 2EPHA 2WKJA 2HMCA 1GQNA 1D3GA 3G1AA 3A9IA 4LS0A 1YTDA 1ZY9A 1RR2A 3PWAA 2VFGA 3EXTA 2NUXA 2X1TA 3QC3A 4JDBA 3DFPA 1XL9A 1W5QA 2NX1A 1FWSA 3EB2A 3EKZA 1YDNA 5BMWA 1YPFA 1JUEA 3T4CA 3IRDA 4LC6A 4O14A 3L5MA 1T0OA 3OA3A 3LXAA 3HGRA 1KFBA 5DCDA 4ORMA 1GOXA 4BI5A 1OG0A 5EPDA 3DFNA 2NXGA 3P61A 3KRSA 1OFQA 4IXXA 3M5YA 4QAIA 1S5VA 1KFKA 2WNNA 1H1YA 2CLEA 3DKLA 4MJMA 2C16A 4O0KA 3W7MA 1SO4A 3PVFA 1I2PA 1T96A 3CEUA 4XTIA 4R53A 2B0MA 1G4PA 4H4IA 5EBUA 4POCA 1A5SA 3R12A 5U4NA 3LCHA 2YGYA 4O18A 2VOMA 3TW6A 2YX0A 1C9DA 1JCMP 3UWYA 5LNRA 4EF9A 2QKFA 3W7NA 3LI0A 1B3OA 2C6QA 1I8JA 4I7WA 4Y90A 1H1ZA 1LRQA 1TCDA 3CT7A 1F6PA 1PV8A 3QPZA 3QFEA 3SW6A 5DCBA 2YDAA 2QCMA 1R2SA 2QAFA 5AHMA 4M5PA 3HBLA 3MHGA 4UTLA 2HS8A 2YYTA 5L9FA 3LBMA 3HG2A 3S9YA 1NFBA 4JIQA 4O54A 1DBTA 3W9ZA 1F76A 3M6YA 2W79A 1XBVA 5K3VA 4XKYB 1PCWA 2DZPA 4S2BA 1MEHA 5C2XA 1RQBA 4KFPA 2RKXA 3PF3A 4HPXA 2VEKA 3PSWA 1W54A 3N2MA 5CZ0A 1J2WA 2ZZ5A 4JTGA 4X2RA 4OV9A 4ZVJA 1H63A 4WY0A 1UASA 4B5NA 1KLYA 3RNDA 5IM51 4FNPA 2J9ZA 3MUXA 1ICPA 3NA8A 4PL2A 2JKAA 3PULA 5AOUA 2NWRA 5CGQA 4GUGA 3H54A 5D09A 4IGHA 1OX5A 1KV5A 4JYDA 1B57A 3TCEA 1OHLA 4JGDA 1DL3A 1IF2A 1T8XA 2ZZ6A 3BGJA 5K2ZA 4UTIA 1W3NA 3WFAA 1I45A 3B4UA 4UMBA 3T40A 1LM1A 2EKCA 1XXXA 5CG7A 4UTWC 2QCNA 5C6MA 3IGUA 4N9BA 2ZBTA 5AYYA 1X1OA 3G22A 4TIMA 5CPNA 3TR2A 3TC7A 3BLFA 3GNNA 3DH7A 1JRBA 3NQMA 5LNUA 3H53A 3KX6A 4J9JA 5D2TA 2GQ9A 5H2ZA 1WDWA 2A4AA 4UC5A 2FJKA 2B7NA 1I2OA 2V2HA 4QNWA 5A8GA 3W87A 1LRTA 3EX3A 1QR7A 4FB7A 1A50A 1OYAA 4AF0B 1ALDA 1Q6RA 4BI7A 3IGXA 1PHWA 1TPC1 1TPUA 4OU1A 1QPRA 4HKPA 4OGZA 2CLLA 2QR6A 4ZQMA 3T7VA 4JNMA 4FNRA 3DXIA 4K7YA 1THFD 2G97A 3TDFA 2CLHA 4XQ6A 4ONVA 4JS3A 1OVDA 1W3TA 4Z08A 3BARA 3I7SA 1GYNA 1KM0A 1OFPA 3F4NA 1YYAA 3LERA 4BK9A 3W7EA 3UWUA 4Z1DA 3TQ0A 2P0OA 3BVJA 1FQ0A 3G1SA 5I3HA 1DJNA 1OF8A 4TX9A 4D2JA 3M16A 4P2VA 4U4MA 1IXPA 3DFTA 3NYZA 1FBAA 5C5YA 3TFCA 5AB3A 3M7WA 4JTTA 4DO5A 3S0CA 1M6JA 3B0PA 1JVNA 2J9XA 3B06A 2FDSA 3QZEA 1EWEA 1TTIA 2X30A 3HPXA 3STGA 3W84A 2X1RA 3HGJA 4MFEA 1AW2A 3W7HA 1WA3A 4GUJA 4JYEA 3Q37A 3CIXA 4QQ3A 4LUJA 2PC4A 3W7DA 1VGAA 2RFGA 3NM3A 1FCBA 4NJKA 2CZEA 3UNDA 2ZRVA 4R7JA 5K9CA 4K39A 4XZ9A 2YFOA 2DZUA 5F2MA 3CHVA 2BSLA 3TW7A 5FF0A 3GR8A 3TSDA 4IWWA 2A7NA 3KVJA 4JN6A 4GE8A 3ATZA 5D2XA 2QCFA 3QPYA 5DY3A 3DFSA 3W1TA 1D3HA 2Q8LA 1OX4A 1F2JA 3FJLA 4JEQA 4MOZA 4AWTA 1TPVA 4LV9A 1W3IA 4E2BA 1BEUA 3VE7A 2DZXA 4MLRA 3N9RA 3W7QA 3KAOA 1JCJA 3R5EA 4O1BA 3C0JA 3B8DA 4UTTA 3VFLA 4O0ZA 2JGYA 4BF9A 1IGSA 1EUNA 1RQHA 3MHFA 3TK7A 3NEVA 4NJGA 3TXZA 1ZHAA 4LUIA 3AJXA 3GNDA 2WO5A 1F5ZA 3EWZA 1ME9A 3R13A 1QOQA 4MLJA 4N9EA 2Y61A 1K8YA 1JRCA 4JTFA 3O06A 3T78A 5EL1A 2ZA3A 3UWVA 3RMJA 3S1UA 4UTKA 1G4TA 4TO8A 1G7VA 3WJWA 1KM5A 4MKNA 3EWUA 1A5AA 4UMCA 1VCGA 3ANYA 4R34A 4LRTA 3GAYA 4IJBA 4JY9A 1VYRA 1SR9A 1W56A 2YZRA 3CWOX 3SIZA 5SWUA 3NQ7A 4EOUA 1WBHA 2RH9A 3WJYA 3KXQA 5GVJA 3ZWSA 3MI6A 2EF9A 4AWSA 2FB3A 5HULA 3E49A 3MYOA 3W1UA 4KFNA 2Y7EA 5J5RA 1LBMA 3FS2A 3UXAA 4AVFA 1TV7A 5D33A 3W07A 3W2MA 2C3ZA 3PG9A 2HTMA 5G5IA 5HQEA 1TPWA 3GDLA 4M6QA 2TSYA 3GX9A 1TQJA 4O57A 3FKRA 2FPTA 3FYPA 3OG3A 3MI2A 3M44A 3P80A 5G4EA 1FDYA 1FCQA 2H90A 1SO3A 3MP3A 4NJHA 5G2WA 3R89A 5F4XA 2E68A 4Z1CA 2J6XA 4NX0A 2YR1A 4OQVA 3NOEA 3LTPA 1GG0A 1SSDA 4FNQA 4N9CA 4S2CA 2RDUA 3WK3A 1ZJIA 2Z6IA 4X9SA 1Z48A 3LTSA 4FNTA 4NXKA 4LY8A 3BW2A 4Z0JA 4RR4A 3GDRA 3UPBA 5KTLA 3YPIA 1VRDA 5D2VA 3NM1A 2WSRA 3QRHA 1TIMA 4MFDA 5HR7A 2NUYA 1KFCA 5EYWA 1GEQA 2B4GA 1LDCA 1TYGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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