1KVCA

E. coli ribonuclease hi d134n mutant
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
155
structure length
155
Chain Sequence
MLKQVEIFTDGSCLGNPGPGGYGAILRYRGREKTFSAGYTRTTNNRMELMAAIVALEALKEHCEVILSTDSQYVRQGITQWIHNWKKRGWKTADKKPVKNVDLWQRLDAALGQHQIKWEWVKGHAGHPENERCNELARAAAMNPTLEDTGYQVEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Endoribonuclease
molecule keywords RIBONUCLEASE H
publication title Proposal for new catalytic roles for two invariant residues in Escherichia coli ribonuclease HI.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 53
structure length 155
sequence length 155
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 1996-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1kvcA00
3TI0A 4QAGA 1WN7A 4FK4A 4W5TA 1RTJA 1NJWA 2E6MA 1RBVA 1S9GA 1BL3A 3AO3A 3H08A 4DS5A 4CEFA 4J2AA 3MXMA 2O4GA 4KO0A 1RT7A 4CF8A 3AVNA 3WNEA 3EZ5A 3LZIA 1RTDA 4Z4EA 1RDAA 1VSIA 4JS5A 3OS1A 3QETA 2YKNA 1GOAA 4NYNA 4B9LA 4M3YA 4RW6A 4RW7A 4CFBA 4DTMA 1D8YA 3DI6A 5FDLA 3QEIA 3OYLA 1CZBA 5FRNA 3P83D 3RRHA 4MQ3A 2DY4A 4CHZA 1U45A 2PYLA 3L8BA 1TGOA 1L3TA 1VSHA 4IFVA 4E7IA 3OJUA 4BDYA 4DF4A 4NCBA 3DRSA 4CJKA 3VQ4A 3MECA 4O0JA 1X9SA 4CJRA 2HNDA 2P51A 2RF2A 2F8SA 4NCGA 4KRFA 4FW1A 1D5AA 2OPPA 1KFDA 2YV0X 3QIPA 1B92A 3ZSVA 3SZ2A 1ZBHA 1UAXA 3OVNA 4OLBA 4FZXC 4DQQA 3CG7A 3OY9A 3AVLA 4CEOA 1U47A 4E7HA 1VSLA 2B6AA 2ETJA 4CEEA 4EP5A 4AHRA 3V9XA 5CY4A 4CK3A 3NGZA 4IFYA 1C0UA 2RKIA 3V9WA 3M8PA 4DSJA 1NOZA 4AHTA 1IH7A 4CEBA 1NK4A 4CJVA 4OKKA 1L3VA 3P5JA 3F73A 4H8KA 3T1AA 4FYDA 2Z1IA 2OPRA 2IS3A 1Z26A 4CF1A 4E19A 2P5OA 4CEAA 1C6VA 3LANA 3KLFA 3K59A 1TAUA 3AVMA 5JS1A 3AA4A 1IKYA 3SYZA 5KGWA 4FXDA 3VA3A 2HHUA 2OYQA 4IBNA 1WSFA 1RT6A 3VQEA 1NK5A 1J54A 1X9WA 4KHNA 3AVKA 4FJLA 2EHGA 1BQMA 4AHSA 3PX6A 3KJVA 4CJSA 3KIOA 3KKRA 2YNGA 3MXJA 3DLRA 5HRRA 3ZT4A 2KFNA 4OVLA 1VSKA 2Z1HA 4CHOA 1SUQA 3C95A 1IKWA 3IG1A 4FJGA 4OKJA 4KHSA 5KRSA 3THVA 3HJFA 4FLZA 4FJIA 4ELTA 3C94A 4O5BA 4DU1A 3SPZA 4ZTFA 3OYKA 4W5NA 1VSJA 4DFPA 1KVCA 3AO5A 4EP4A 3OJSA 3NAEA 1U49A 2HNYA 3IRXA 2I5JA 5J2QA 1ITGA 4AILC 1S6QA 2DFFA 3HXMA 1KLNA 1C0TA 4DF8A 1YVUA 3VQBA 3AVJA 3T3FA 1J9AA 2KTQA 1QE1A 4OKEA 4B8AB 4CHYA 5I3UA 1K6YA 2GUIA 1L3UA 5CYMA 4KTWA 4CGJA 4KFBA 4CJFA 3RMCA 3RTVA 3I0SA 4I2QA 1ASVA 1A5WA 5JS2A 3NHGA 3B6OA 4CEZA 1NK9A 1EXQA 3DRRA 3NF9A 3V1QA 3LZJA 4HCCA 4M45A 3KLHA 4CHNA 4CF0A 4CIEA 1NJXA 1IKXA 1TL1A 3TAQA 1NKEA 1SKWA 1U4BA 4QOZB 2WOMA 5HROA 4JRQA 2VWKA 3L2VA 1X9MA 2GV9A 4JRPA 3DOKA 3RWUA 2F8TA 5EU7A 2OPSA 2YHBA 3ZSOA 3C6TA 2HMIA 4DQSA 3V81A 4L8RB 4HVJA 3SNNA 4M3TA 2HHTA 4CF9A 3OS0A 3CQ8A 3I8DA 1S5JA 4FW2A 1SKRA 1S1XA 3SUPA 4KHYA 1HMVA 3TR8A 5HRNA 4CGHA 3V9SA 1NKCA 4DSKA 3U3YA 3IAYA 1KLMA 1FXXA 4CGDA 3VQAA 4E1MA 1BCOA 1KFSA 1C1CA 2LSNA 3PX4A 1QQCA 3O4NA 3ZSXA 1BGXT 3NGIA 2AJQA 4CFDA 4KI4A 1LWCA 2XY8A 3LPUA 3AVGA 3U3GA 1REVA 3WNGA 4DTRA 1XWLA 1DLOA 4Y1CA 3NF7A 4KREA 2G8IA 4B08A 3HVRA 2QKKA 2Q3SA 3OYHA 4FM2A 4DQIA 3VQ7A 1UA0A 1LWFA 3KLIA 2HHWA 3SQ4A 5I42A 4LH5A 4B8CA 1ZBLA 4FJXA 3G0ZA 3S9HA 3SUQA 3OYFA 1TK0A 1RDCA 4DTNA 1XI1A 3ULDA 3NF8A 1VSDA 4I9LA 4E1NA 4CGGA 1NJYA 4CJ3A 4CHPA 3KLGA 1RBUA 4LSLA 4DU3A 2OZMA 3MEEA 2YHAA 4Z4CA 4PUOA 4JS4A 1NK7A 3LP0A 4GMJB 4CK1A 4F3OA 4C8OA 4DLEA 4N47A 4EZ6A 2IOCA 3L3VA 4DS4A 3P1GA 3U6FA 4BWJA 3LPTA 4DSLA 1TL3A 3NFAA 4CHQA 2XO7A 3CYMA 2YNFA 2IDOA 3QNOA 4GVMA 3AVHA 4DFJA 2ZE2A 1RDDA 4DLGA 1LAVA 1CLQA 1LAWA 4FM1A 1KCFA 1VSEA 3MAQA 1JL1A 4AH9A 1I3AA 2PY5A 4DFKA 4FZYA 1RCHA 2BANA 2WONA 3TAPA 1VK0A 3KD1E 1RILA 5SWMA 4YFUA 1SKSA 4BWMA 2XY5A 4HHTA 2HHSA 2YKMA 4CFAA 3DLKA 3V1OA 1HJRA 2FC0A 3ZT1A 3D0PA 2OZSA 4DU4A 3ZSWA 3O3GA 4QCLA 2A1RA 4J2DA 2EX3A 5KI6A 2BE2A 1RTIA 3M8SA 4LSNA 1HYZA 3AVIA 3NE6A 1EKEA 3LAKA 4KKOA 4FLXA 1C1AA 3DRPA 3FFIA 1RBTA 4CJEA 4W5OA 5HP1A 3OYGA 5T7BA 4M3WA 4Z4IA 1IKVA 3HPGA 3NH2A 1LWEA 3AO4A 3QERA 5J2MA 4IG3A 4JLHA 1O1WA 4KI6A 1XHXA 3C6UA 4FK2A 3F9KA 3CFPA 1IO2A 3SI6A 2YNIA 1BQNA 3KD5E 1BHLA 2G8UA 4RG8A 3LWMA 2FBYA 4ZTJA 1NKBA 4Z0UA 2IGIA 3K58A 2G8FA 1HYVA 5HLFA 3WNFA 4F2RA 4FJMA 1CXUA 3WNHA 1QHTA 2D0CA 4E0DA 4CFCA 2E6LA 5CZ1A 4CERA 1Y97A 4N76A 3KK2A 1SL1A 1ASWA 1SL2A 4HCBA 3TARA 3V9UA 1BCMA 1CZ9A 2BDPA 3QNNA 5K14A 3RMDA 3PO4A 4FJHA 3HK2A 4KTZA 3HYFA 5SZTA 1NOYA 4R5PA 3OYDA 2G8WA 4CIFA 4OGEA 3TWHA 4I7FA 3LAMA 1JLQA 3DYAA 4CJTA 2XHBA 2X6NA 3DLGA 1S1VA 4CEQA 4DTSA 5CZ2A 4PA1A 2DFEA 1QSSA 2JGUA 4O4GA 2FBVA 3LP1A 1WSGA 2OA8A 2ITGA 1TK8A 4B9SA 1WSJA 4J2EA 1JLEA 3ZSRA 4RW8A 5J2NA 2IAJA 4M3RA 4DMNA 2DFHA 3SQ0A 4KV8A 1NJZA 5HRPA 3JSMA 1S6PA 5CYQA 4BE1A 1RNHA 2HHVA 3S3MA 4I2PA 1QTMA 4KB1A 1T8EA 1D9DA 2G8VA 1ZBIA 3V6DA 1G15A 1J5OA 2XY7A 4HUEA 4Z4FA 3O4QA 3DOLA 3JYTA 4FLUA 4F8RA 2B5JA 3ZSZA 4N5SA 2Y1IA 3HT3A 4CF2A 4CJ5A 4XIUA 3KK1A 5D3GA 3K5OA 3MXIA 1HRHA 4I9QA 2A1SA 1D9FA 4W5QA 3M8RA 4CCHA 3QINA 4DSEA 3LP2A 3AO1A 3TANA 3QIOA 3HVTA 5FRMA 3AVBA 3HL8A 3ITHA 3VQQA 1ASUA 1S1WA 2NUBA 3VQCA 2HVHA 1TKZA 1VSMA 1EX4A 3ALYA 3OYCA 3AVCA 1RTHA 4BACA 3PY8A 4E7KA 1Q9XA 1ZBUA 3RR7A 1WAJA 1Z25A 3A2FA 3NF6A 4GW6A 1FKPA 3S3NA 4Z4HA 1Q8IA 3K5NA 1UA1A 3LP3A 4IDKA 3HM9A 1BIZA 1GOCA 4RW4A 1JKHA 1KSPA 2QXFA 3ZSYA 3OYAA 1J53A 1KTQA 2Y1JA 1RBSA 4FJJA 3LWLA 4FJKA 4HTUA 3UIQA 1JLBA 4ELUA 2O4IA 5J1EA 4CE9A 4N56A 4DTXA 4CIGA 4DG1A 4Z4GA 1JLGA 3L3UA 1U48A 3SJJA 4OPJA 4DFMA 1BISA 1SV5A 3SCXA 1NK6A 1HYSA 3BDPA 4FJ9A 1BIUA 4CJQA 5C42A 1YTAA 4TSXA 3L2UA 1JLCA 3LALA 3NH1A 2ZQBA 4PWDA 3VQ5A 1TK5A 3V9ZA 3RMBA 1TKTA 3DM2A 3NGYA 3G10A 4KTQA 4C8MA 2YNHA 4BDZA 1NK8A 1T05A 2KW4A 2VG5A 3SUOA 3L2RA 2HHQA 2FBTA 1RT1A 4G1QA 4F2SA 4B3OA 3NBPA 4LH4A 4PQUA 1FK9A 4UQGA 5E41A 2HVIA 4K8XA 4BE0A 4E7JA 1RT5A 3TAGA 1HQEA 3VQDA 3HPHA 2E4LA 3IS9A 3VA0A 1QSLA 3DLHA 3KLEA 4DSIA 2B4JA 4FLWA 1NK0A 3QLHA 4Q0BA 1HQUA 1A5XA 4IG0A 3VQ8A 4MFBA 2XY6A 3ZT0A 3HO1A 3HP6A 1WSEA 4F3TA 4W5RA 3BGRA 3LDSA 4FLTA 2IC3A 2VWJA 1L3SA 1W0HA 1GOBA 3CM5A 4CESA 1BI4B 4FJ5A 4EZ9A 3CFRA 4OPKA 1WSIA 3V1RA 1KVBA 1MU2A 1DTTA 3DMJA 4ID1A 4C8KA 4ZHRA 3TAMA 1JL2A 1C0MA 2P1JA 4CJ4A 3PX0A 3QEXA 3KKSA 1B9FA 1JLAA 1HPZA 2GBZA 4BDPA 2BGGA 3E01A 4CGIA 2HHXA 3NH0A 1YT3A 3HSTB 3OYIA 5KTQA 1WSHA 4DTPA 1B9DA 1KRPA 4N41A 2HW3A 3ZT3A 1KVAA 3OYMA 2QK9A 3TABA 4FK0A 3B6PA 2ZD1A 4FJ8A 3I0RA 2D5RA 4OJRA 1XC9A 4CECA 4M3ZA 1LV5A 2ATQA 1I39A 3SUNA 1TVRA 3QESA 3AA5X 1Q9YA 1TKXA 3AO2A 3PV8A 3ASMA 4IKFA 3MEGA 1WNSA 4KHQA 1X1PA 4NYFA 1ZBFA 1TAQA 5KGXA 3KK3A 2P5GA 4M3UA 3KTQA 4B9VA 3RRGA 3OS2A 3AVFA 4C8LA 3OYEA 3K5MA 4E3SA 5HRSA 4ID5A 4RW9A 1T7PA 3AA2A 1WLJA 1S1UA 4DTOA 3QEPA 3NCIA 3AV9A 2JLEA 2KQ2A 4KPYA 2X78A 1R0AA 4WE1A 3VQ9A 3QO9A 1QS4A 1RDBA 5HBMA 3VN5A 4CGFA 2X74A 5C25A 3OYNA 3CFOA 4ICLA 4DSFA 4DTJA 1VRTA 1TKDA 1LW2A 1UOCA 3K2PA 1LW0A 2D0BA 1JXBA 3VQPA 1S1TA 4FM0A 3V4IA 3ZSQA 1VSFA 4CJPA 2G8HA 1EETA 2Z1GA 3ZCMA 4O0IA 4BE2A 3SV4A 3TAEA 3DLBA 4KHUA 4K8ZA 4O44A 5DK5A 3O3HA 3K5LA 5KRTA 4E89A 1T03A 4KHWA 1N6QA 2RPIA 4C8NA 2F96A 4OLAA 4E7LA 3SQ1A 3RMAA 1HNVA 3L2QA 2VG6A 3OYBA 2X6SA 3MEDA 4LD0A 3QEWA 4J2BA 4H4MA 1DTQA 1YTUA 4CJWA 3OYJA 2FBXA 1RT3A 1F21A 4B9UA 3D45A 4FJ7A 4FJNA 4OGCA 4DWIA 1JLFA 2RN2A 4M41A 1BI4A 3SV3A 1JXEA 4LY7A 2KZMA 4CK2A 2PYJA 3VQ6A 4B9TA 1VRUA 1IG9A 1HNIA 4KB0A 4M3XA 3AVAA 1FKOA 3SQ2A 2Z1JA 1EP4A 4Q5VA 3HP9A 4PY5A 4YNQA 3L2WA 1CXQA 3EYZA 1L5UA 4AHVA 2HB5A 3TAFA 3DLEA 1QSYA 2KZZA 1TV6A 2D0AA 1A5VA 2PZSA 1S9EA 4H4OA 3EY1A 4DTUA 1ZYQA 3O3FA 4B9MA 1XHZA 3M8QA 4M42A 1C1BA 1RT4A 3S3OA 4F4KA 4FZZA 1WAFA 4Y1DA 4B9NA 5FROA 3QEVA 4CJUA 4AHCA 4FCYA 2DTUA 1U04A 2HNZA 3T19A 3ZT2A 4HUFA 1RT2A 2KFZA 4CJLA 2R7YA 1SL0A 2G8KA 1N5YA 3PO5A 3RR8A 5DMRA 4KAZA 5C24A 3SPYA 2OPQA 4FLYA 2QKBA 3HPOA 4FVMA 2W42A 3ISNC 4CEDA 2XRIA 4O55A 4FLVA 4ELVA 1W9HA 2VG7A 4HUGA 4NCAA 1RBRA 5J2PA 4DQRA 3NDKA 3AA3A 3K57A 4AHUA 1UWBA 4DQPA 3CM6A 3PUFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TI0A 1NJWA 1S9GA 1WBDA 2FLOA 2QXLA 4CEFA 2HMPA 4DB3A 4JI7K 3MXMA 1WBBA 4J2AA 5AQUA 3JS6A 1RDAA 1VSIA 1GOAA 1DGKN 4M3YA 4CFBA 2RHKA 1D8YA 3QEIA 1SS6A 3HBTA 5FRNA 3P83D 1U45A 3L8BA 1XMOK 1L3TA 3OJUA 3D2EA 3H3NO 3MK6A 1KD1O 3T7ZA 4QS8A 4CJRA 2HNDA 2P51A 3HSCA 1X9SA 2RF2A 1QZ5A 3SZ2A 2GUPA 4BC4A 4IOXA 3OVNA 3K0SA 4DQQA 3OY9A 3AVLA 4JD2A 3MCPA 2B6AA 4YOTA 4CEEA 4E7HA 2IVNA 4CK3A 3NGZA 3UKRA 1NOZA 4AHTA 1IH7A 4CEBA 4DKWA 1L3VA 2O8DB 4CF1A 4E19A 3ULEB 4FO0A 1C6VA 5JLFA 5GINA 3VEYA 4BR7A 2HHUA 2OYQA 2HBLA 1WSFA 3CCEN 4KHNA 2EHGA 3KJVA 3O8MA 3EL2A 2E2OA 3DLRA 4YOWA 5JVHL 4OKJA 4IJAA 4AF1A 4DU1A 2P9SB 3OYKA 1VSJA 1RGIA 2QWLA 3AO5A 4EP4A 3NAEA 2HNYA 4AILC 5JICA 3O5BA 1KLNA 4BRDA 4DF8A 1YVUA 3VQBA 3AVJA 1J9AA 4B8AB 5I3UA 4B3SK 2EWSA 2GWKA 4JAXA 3EE8A 4KFBA 4CJFA 3J80O 3RTVA 4I2QA 5JS2A 3NHGA 3RMCA 4B3MK 1EXQA 3V1QA 3LZJA 4M45A 2GX9A 4CIEA 2YCHA 4L3QA 2YHBA 3KHYA 3V81A 4M3TA 3VGKA 1SKRA 1S1XA 4X66K 4M63C 3CPEA 2FSNA 4CFDA 5TKWA 1REVA 3WNGA 5M1OA 1NMDA 1JCGA 5CE3A 4JI0K 2Q3SA 4FM2A 3VQ7A 3MX5A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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