The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
76
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structure length |
76
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Chain Sequence |
VNVQRPLDALGNSLNSPVIIKLKGDREFRGVLKSFDLHMNLVLNDAEELEDGEVTRRLGTVLIRGDNIVYISRGKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein, transcription
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| molecule keywords |
small nuclear ribonucleoprotein homolog (Sm-like)
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| publication title |
The oligomerization and ligand-binding properties of Sm-like archaeal proteins (SmAPs)
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
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| total genus |
13
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| structure length |
76
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| sequence length |
76
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-05-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4NOY A; 2VXE A; 4EMG A; 5LJ5 h; 4C92 B; 1LOJ A; 2EJG A; 5GAN 6; 1JRI A; 3V8L A; 2DTH A; 3JCM b; 4C92 C; 3BFM A; 4PJO A; 2E1H A; 5LJ3 e; 5GAM h; 2YLC A; 3JB9 F; 3FB9 A; 1U1T A; 1Y96 A; 3JB9 H; 4JRI A; 1D3B A; 1KQ2 A; 5GAN 4; 4M78 G; 4M75 G; 4DQ2 A; 4M7A G; 1LNX A; 4M7D G; 4F7U G; 3JB9 J; 4C8Q G; 4M77 E; 4XU3 A; 4EMK C; 2E64 A; 1B34 B; 3JCM e; 3HFN A; 2E10 A; 3RKW A; 4HT9 A; 4EMH A; 2DTO A; 5GMK e; 5GAN g; 4C92 A; 2HNI A; 5GAN d; 2QTX A; 2CGH A; 5GAN 5; 4M78 F; 4M77 F; 4Y91 A; 5GAO p; 1KQ1 A; 3QO3 A; 3RKY A; 3VU3 C; 3FIF A; 1WQW A; 5GMK i; 4XTY A; 1D3B B; 2DXU A; 5GAM g; 4EMK A; 2K57 A; 4XU2 A; 4XTX A; 5GAM d; 3L2Z A; 1I81 A; 4NL2 A; 2DVE A; 3BY7 A; 4HA8 A; 4X9D A; 4WF2 A; 5GAN h; 4J5Y A; 4XU0 A; 2Y90 A; 3RIR A; 1H64 1; 1N9R A; 3HSB A; 4PJO D; 2DZ9 A; 2JN0 A; 4HT8 A; 2I2L A; 3GIB A; 5GAO m; 2ZGW A; 4M78 C; 4M77 C; 1X01 A; 2RB6 A; 4V2S A; 4EMK B; 2FYK A; 4M78 E; 4M75 E; 4M7A E; 4M7D E; 4F7U E; 3V7S A; 4C8Q E; 5LJ3 g; 3EFS A; 4C92 D; 5LJ3 d; 1BIA A; 5CAI A; 5GAN f; 5GAO l; 2EJF A; 1TH7 A; 2RD1 A; 2E41 A; 4PJO G; 5GMK m; 4M78 A; 4M77 A; 3RUX A; 1YCY A; 1I4K 1; 2YLB A; 1B34 A; 4M75 F; 4MMK A; 5LJ5 f; 4F7U F; 5GAN j; 3BDU A; 4C8Q F; 3JCM X; 3JCM g; 1U1S A; 4OP0 A; 4M7D F; 3JCM d; 2VC8 A; 5GAM f; 5LJ5 j; 3HFO A; 5LJ3 h; 4PNO A; 3RES A; 3JCM V; 4RCB A; 3V7C A; 4RCC A; 4J6X A; 5GAM j; 2VXF A; 3M4G A; 4PJO F; 5GAO q; 3V7R A; 3SB2 A; 4C92 G; 1JBM A; 2E65 A; 5GAN e; 3QHS A; 4MML A; 3JCM h; 4M78 B; 4M77 B; 1HK9 A; 5LJ5 e; 1M5Q 1; 5GMK h; 4JRK A; 4M7D C; 4M75 C; 1BIB A; 5GAN 2; 4XTZ A; 2DTI A; 2RA2 A; 4J6Y A; 2DZC A; 4XTV A; 4C8Q C; 4XTW A; 5GAM e; 4NL3 A; 2EWN A; 3RKX A; 1I5L A; 5GAO r; 4A53 A; 3JCM P; 2YHT A; 4QVD A; 4M78 D; 4M77 D; 3V8K A; 4XQ3 A; 4M75 A; 3SWN C; 1N9S A; 4M7A A; 4M7D A; 4F7U A; 3L1A A; 4C8Q A; 4PJO E; 3INZ A; 3PGG A; 4M7A F; 4QVC A; 2EAY A; 5GAN 8; 3JCM J; 2FB7 A; 4M7A C; 4XU1 A; 1LJO A; 2DJZ A; 3AHU A; 1I8F A; 5GAO n; 3FJP A; 3BW1 A; 5GMK j; 5GMK l; 5GAN 3; 5I21 A; 3SWN A; 3EFR A; 4C92 E; 4M77 G; 3JB9 D; 2EJ9 A; 4M75 B; 2RM4 A; 4M7A B; 4M7D B; 1M8V A; 2DXT A; 4N0A C; 4C8Q B; 1MGQ A; 4F7U B; 5GAN 7; 1HXD A; 3V8J A; 3QUI A; 5DY9 A; 4JUV A; 4C92 F; 2DKG A; 1WPY A; 1WNL A; 3JCM c; 4JLI A; 5LJ5 g; 5LJ3 f; 4A54 A; 3JB9 I; 4PJO B; 3RER A; 5LJ5 d; 4J6W A; 4PJO C; 3JCM W; 1Y96 B; 4XTU A; 3SWN B; 4M7D D; 4M75 D; 3QSU A; 2DEQ A; 5LJ3 j; 4N0A A; 4M7A D; 4X9C A; 4C8Q D; 3JB9 G; 3JCM Q; 1WQ7 A; 3JCM f; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F2W A; 1YN8 A; 3QWX X; 1M90 U; 1ACM B; 2M02 A; 3V8L A; 2KDS A; 1JO8 A; 3JB9 H; 3FB9 A; 4YTL A; 3N5B B; 1K8A C; 2HZY A; 2YWW A; 3RDV A; 4C92 A; 1BBZ A; 4HVW A; 2QK0 A; 1AWO A; 3ER0 A; 4EMK A; 4IUP A; 2DVE A; 2PQW A; 4GLK A; 5FRO A; 2XK0 A; 3CC7 Q; 3M58 A; 2IVW A; 2EGE A; 1WHG A; 1WIE A; 1Q95 G; 4CRI A; 2QQS A; 4R56 A; 1EX4 A; 2DIL A; 3M0R A; 3OYC A; 2E70 A; 2VGN A; 3V7S A; 3OYB A; 3UAT A; 4C92 D; 1BIA A; 2K5L A; 4JS5 A; 2DO3 A; 4DBR A; 4PJO G; 1CSK A; 1IHV A; 4HCZ A; 1JXO A; 2PU9 B; 3OYH A; 2YUQ A; 5GAM f; 3UF4 A; 2K3B A; 3NTH A; 2LT1 A; 4BAC A; 1LPL A; 3E1S A; 3JCM V; 2DXC A; 4AFS C; 1FMW A; 4J9B A; 2FZK B; 4MML A; 4M78 B; 4M7D C; 3QJ6 A; 4E2F B; 4Z88 A; 2E5K A; 1QKW A; 2KBT A; 4OMM A; 2L3Q A; 1QMC A; 3FEO A; 4XQ3 A; 1GBR A; 3L1A A; 1UJ0 A; 1R0C B; 4C8Q A; 2PNI A; 2K7A A; 1PWT A; 5KCO A; 1Q86 U; 2JMA A; 5GMK l; 4B6M A; 4C92 E; 4IIO A; 2RHU A; 1M9S A; 1H3H A; 1MGQ A; 1G83 A; 4PK4 A; 3V8J A; 1YWP A; 1TXQ A; 1QCN A; 3CCQ Q; 4JUV A; 4GLM A; 3PE0 A; 4C8Q D; 3HTR A; 1JEG A; 2KQW A; 1G8X A; 4C0D B; 3SHW A; 1KFZ A; 3VJP A; 4EMG A; 1JQQ A; 1VYT A; 2P0K A; 2K4Y A; 4J9C A; 1WZO A; 2CP5 A; 2LCL A; 4PFZ A; 4ZGJ B; 1G3T A; 4OGE A; 2L0A A; 1QVG P; 2ZAE A; 4TVR A; 1M1K U; 1U8R A; 3EGX A; 2J06 A; 3HKS A; 5GAN d; 2X51 A; 3MPU B; 5GMK i; 4NL2 A; 3BY7 A; 4AG2 C; 3O5Z A; 5ECA A; 2Y90 A; 3OS2 A; 1R8O B; 4HT8 A; 4E7J A; 1QCO A; 3IQL A; 1IZ6 A; 3U23 A; 5FU6 C; 1W6X A; 2YDL A; 4C8Q E; 2L89 A; 5I22 A; 1T0H A; 3CC4 A; 3C95 A; 3MJX A; 5LJ3 d; 1YHQ A; 4Y28 E; 1N8R U; 2KK4 A; 4PJM A; 2X9H A; 2E41 A; 3CCE T; 3A8H B; 1VA7 A; 3FRN A; 3BDU A; 1BI0 A; 3JCM X; 3JCM g; 4FSX A; 1VQ4 Q; 1X2Q A; 4RG8 A; 2I0N A; 2HKN A; 4FT2 A; 1AD5 A; 4IUQ A; 4J7I A; 2E5Q A; 1G5V A; 2DVJ A; 2ZCF B; 5GMK h; 2ATC B; 4OGC A; 1ZA2 B; 1I5L A; 1ZLM A; 3DB4 A; 3M56 A; 3OS0 A; 2XU8 A; 1WXU A; 3NPF A; 3H0H A; 2FB7 A; 3I5R A; 1S72 Q; 2JW4 A; 5GAO n; 2L3S A; 1MUZ A; 2XHC A; 4AFZ C; 1JJ2 A; 2QGG A; 2G3R A; 3CPW A; 2A3L A; 2GQI A; 1VQK Q; 1QVF S; 1MMG A; 1Y0M A; 4E7L A; 1YI2 A; 1VQP Q; 1YIT Q; 1UEB A; 2DEQ A; 2OAU A; 1OV3 A; 2CYZ B; 2HEQ A; 3CC4 T; 1YHQ T; 2CP0 A; 4L5G A; 1K9A A; 4MZP A; 3BFM A; 4HCK A; 5LJ3 e; 4JRQ A; 4M7A G; 3JB9 J; 2QEX T; 2YXY A; 2SRC A; 4HT9 A; 1W2B S; 4FT4 A; 1M3A A; 1X6G A; 2R5M A; 1RI0 A; 1KQ1 A; 3CCU T; 4LD6 A; 1KQS S; 1WQW A; 2C06 A; 4CC2 A; 1ZQ1 A; 1VQL A; 1PRL C; 1T0J A; 1I81 A; 3NHN A; 2LNV A; 4X34 A; 4XU0 A; 3P8D A; 2I2L A; 2LDM A; 1RAD B; 3ZBD A; 3QG1 A; 1BCO A; 4DEY A; 2FYK A; 2CH4 A; 2BZ8 A; 2GTO A; 1GCQ C; 2AKL A; 1GL5 A; 2KVQ G; 5FU7 C; 4HVV A; 4QQG A; 1YBY A; 1K73 U; 2CP2 A; 4RTU A; 2L2P A; 3CCJ A; 5C6S A; 1YI2 T; 1JU5 C; 2RJD A; 2QTV A; 2XIC A; 2JXB A; 1R0B G; 4KH0 B; 3L2R A; 2KRM A; 3R6O A; 3A8O B; 4D6W A; 2CZ1 B; 2DD5 A; 2HBP A; 4LDX A; 2CSQ A; 3SWN C; 1N9S A; 1OEB A; 2E4H A; 2HQH A; 4LUD A; 4DBH A; 1X2K A; 1Y71 A; 3PVL A; 1RAH B; 5IXB A; 1ZSZ C; 1Z9Q A; 3HRT A; 4MZM A; 4M7A B; 1K0S A; 4N4G A; 1VOM A; 2ROL A; 3QZ9 B; 4CI0 C; 4R0K A; 3G7Z A; 4BI4 A; 4FIB A; 3JAM E; 3RER A; 1XOV A; 2DLP A; 2GGR A; 1M8V A; 4BY6 B; 1YJN A; 5EG2 A; 3P8H A; 2X3W D; 1AWX A; 1K73 C; 3OMG A; 4C92 C; 2IG0 A; 1NJI R; 4JRP A; 3G4S A; 1LNX A; 1QW1 A; 4FM4 B; 4LUE A; 4EMK C; 5FLX E; 4PJL A; 1SRM A; 1NPR A; 3OW2 S; 2MPX C; 2ABL A; 4M77 F; 4ESR A; 1D0Y A; 5D6Y A; 5KYY B; 1IRE B; 2ENM A; 4FYX B; 2X4W A; 4IKF A; 1KC8 U; 3OYI A; 1QP2 A; 5CKB A; 4JZ4 A; 2ZGW A; 4FYY B; 3H0I A; 1NLP C; 2LJ0 A; 2V8J A; 3LYI A; 2MK5 A; 4LDW A; 1M1F A; 1W2B P; 3H8Z A; 2L3P A; 3I56 T; 2G6F X; 4M78 A; 2YLB A; 1YJW T; 3M59 A; 5GAN j; 2CP6 A; 3G71 A; 1WXB A; 3RES A; 4ZN1 A; 1OU8 A; 1YJN T; 1HK9 A; 2RA2 A; 4C8Q C; 2EKH A; 5FW9 A; 2QYZ A; 2EWN A; 3X26 B; 3RKX A; 1D09 B; 3LX7 A; 3G4S T; 2AT1 B; 5I2S A; 4M78 D; 1PG5 B; 3HHT B; 1IB8 A; 1M2V B; 2DBM A; 1PCX A; 2KRS A; 1AOJ A; 4IUR A; 5CCA A; 1LJO A; 3SDZ A; 2OTL A; 3ZEH A; 4BE0 A; 4A4K A; 1VQ6 A; 3EFR A; 3MEA A; 2J6F A; 1GFC A; 2X35 A; 2L8D A; 1WJS A; 3QUI A; 1OU9 A; 4RTX A; 4JLI A; 5IH2 A; 1YI2 Q; 3OBW A; 4LDV A; 3QSU A; 4N0A A; 3X25 B; 2ZPB B; 1W4S A; 3X24 B; 4OB1 B; 1M30 A; 4PJO A; 3QYG B; 1UEC A; 1ABQ A; 3G71 T; 3JB9 F; 2DL7 A; 2RQT A; 1AVZ C; 2XMF A; 1BYM A; 2YUO A; 2KR3 A; 3ULR B; 1NLO C; 3CXC P; 3E9F A; 1GRI A; 2K3X A; 4C5G A; 3A8G B; 1VQL Q; 1X75 C; 4CC4 B; 2DK3 A; 3EFO B; 3OBY A; 2A37 A; 1KQS A; 4PJO D; 6AT1 B; 1D0X A; 4RMO A; 4RTZ A; 2OTL T; 1MHN A; 4WTO B; 2DIG A; 2P0P A; 2J05 A; 1VQ6 T; 2ZPE B; 1X27 A; 5CAI A; 5GAN f; 3TSW A; 1YNZ A; 4FSS A; 1YIJ A; 4XK8 E; 3I35 A; 1GBQ A; 4F7U F; 4X1V A; 2ZPF B; 1KD1 C; 3CCL A; 2DMO A; 2E6Z A; 4BI8 B; 3CCJ Q; 2ED1 A; 5IXF A; 3QWY A; 1SEM A; 1BU1 A; 2WSF E; 2KT8 A; 2O01 E; 3SB2 A; 1XQH A; 2DE0 X; 4QVZ A; 1VQ5 T; 4LNP A; 4Y92 A; 2MOX A; 2LVM A; 3I55 A; 2HAX A; 2EIF A; 3OSS C; 4E47 A; 4PJO E; 2RHX A; 2EYZ A; 4E7I A; 2HSE B; 2KAF A; 3FJP A; 1D1B A; 5GAN 3; 4VUB A; 2EYY A; 1WPY A; 2QDY B; 3JB9 I; 2KMT A; 2XID A; 1UE9 A; 5LJ5 d; 3CCM T; 1I1J A; 2ESW A; 4GY5 A; 2LQK A; 3HP9 A; 4KRT A; 2F5T X; 3OYJ A; 1YJN Q; 1R77 A; 2F1L A; 2VXE A; 1NEG A; 3CCV Q; 2DEU A; 1JJ2 S; 3UWN A; 3EHQ A; 2JOY A; 3CPW S; 3RMQ A; 4M78 G; 1UGR B; 3M53 A; 2FPF A; 2E10 A; 2EQK A; 1G3Y A; 2QTX A; 4Q5W A; 3I55 T; 2D9T A; 4KGX B; 4J7F A; 1Z9Z A; 3CEY A; 1WDX A; 2RH2 A; 3GNG A; 5IAY A; 3VUZ A; 2R5A A; 4F14 A; 2GFA A; 5IHI A; 2QQA A; 2NLU A; 2CT4 A; 4AFU C; 2VVK A; 5GJW B; 3H0F A; 2LT4 A; 1YCY A; 1Q7Y R; 1IHW A; 1CKA A; 1H92 A; 2JVV A; 3LGF A; 2M16 A; 4OP0 A; 3G71 Q; 3HFO A; 4KBM B; 2VXF A; 4C5E A; 3VKI A; 1VQ9 T; 4LDU A; 1LVK A; 2XI9 A; 5LJ5 e; 3C4S A; 3EG1 A; 3PVQ A; 4RTV A; 3H6Z A; 2VKN A; 4XTV A; 4M4Z A; 3A98 A; 3URG A; 1WGS A; 1K8A R; 2B8A A; 1ZUY A; 1WI7 A; 4M7A A; 3CCS Q; 1WX6 A; 1WHM A; 4DBQ A; 2NUT B; 3OYG A; 4XU1 A; 3AHU A; 3OYE A; 1Q81 U; 3EG9 B; 2RNA A; 3GOX A; 1VQ6 Q; 2KXD A; 3CC2 T; 1HJD A; 4JPB W; 4M77 G; 3EHR A; 2O9V A; 1VQO A; 1M90 C; 5IHN A; 2Y4X A; 3DLL A; 2PVG B; 2CUB A; 4PLI A; 2QDL A; 2DM1 A; 1WNL A; 2FEI A; 4DBF A; 4J6W A; 2CZ0 B; 4M7A D; 4OMP A; 3A8L B; 4NOY A; 2DL3 A; 3E19 A; 4O6J A; 2EQM A; 1HSQ A; 1WHL A; 2DTH A; 4JJD A; 4C0F A; 2V26 A; 5KYY A; 1VQN T; 3I9Q A; 2LJ1 A; 2PZ1 A; 4J83 A; 3CCE A; 1Y7X A; 3CMA Q; 2VYT A; 3BDL A; 2EYX A; 5GAN 5; 1V1C A; 4FYV B; 4HCC A; 1UHF A; 3RKY A; 3CQT A; 3X28 B; 1D3B B; 1K4U S; 2CRE A; 3MP1 A; 1ZBX A; 1UGQ B; 1TG0 A; 3VS3 A; 3L2Z A; 2CKK A; 2BTT A; 1XJW B; 1GFD A; 2ZZD A; 2EBP A; 2QGF B; 3QXE B; 1GXI E; 4LDY A; 5GAO m; 4M78 C; 2RB6 A; 2JS0 A; 1Q81 C; 1NEB A; 2IIM A; 5AT1 B; 4M7A E; 2LC4 A; 2C0T A; 4D8D A; 2RN8 A; 4RG2 A; 1YIJ Q; 1VQO T; 4M75 F; 2RQV A; 4A4E A; 3CCL Q; 5KYX B; 1M27 C; 4DEX A; 2V8K A; 4BUG A; 4J6X A; 5CQY A; 2J6O A; 1M2V A; 2X4J A; 2YRV A; 4M77 B; 8ATC B; 1AHJ B; 4RTY A; 1BIB A; 1M8M A; 1WHK A; 1Q86 C; 3NTK A; 2K79 A; 2RO0 A; 3EAE A; 4OVA A; 3PNW C; 4MZT A; 4ELY C; 4OMQ A; 4C0D C; 2DJZ A; 2M0Y A; 2W0Z A; 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