1LOTB

Crystal structure of the complex of actin with vitamin d-binding protein
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
371
structure length
359
Chain Sequence
DETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein, structural protein
molecule keywords Vitamin D-binding protein
publication title Crystal structure of the complex between actin and human vitamin D-binding protein at 2.5 A resolution.
pubmed doi rcsb
total genus 112
structure length 359
sequence length 371
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1lotB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1lotB03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1lotB04
3CI5A 1GLDG 5B8HA 3LDPA 3LM2A 1GLAG 1X3NA 1TYQB 1X9JA 1LCUA 1HKGA 3FLCO 5AQMA 4BROA 2HMPA 3I8BA 3H46O 1P8ZA 2A41A 4BC3A 5AQYA 4FOEA 2CH5A 1G99A 5BN8A 3JXUA 3O4WA 4EAHD 2NZTA 1ZXOA 4FL9A 3A5OC 3R8EA 3GBTA 2D0PA 5BPNA 3U4LA 4A61A 4BVOA 2Q0RA 1RDWX 2AA4A 3VEVA 3M6GA 1NGBA 3I33A 2V7ZA 3TU5A 4B1YB 2IVNA 3BEXA 3CHWA 3MK6A 4FWOA 3EL2A 4CD1A 1ATRA 4IWVA 3JS6A 4BR7A 1NGCA 3ZEUA 1YXQA 3BP8A 1KAXA 1SQKA 4I6MB 3W3DA 4BC4A 3D2FA 4EFHA 3ENHA 3H3NO 3RSEB 4FWKA 4K42A 3HSCA 3CJ1A 3EKUA 1LOTB 2E2PA 2ASMA 4H5WA 3DXMB 3WXJA 4O8KA 5LJVA 4BR4A 5JICA 1JCEA 2P9PB 4BRMA 5AQGA 4IZ9A 4FWMA 5EOYA 1HUXA 4BG9A 1NWKA 1U6ZA 4PKGA 5FPNA 1MWMA 2YI1A 5AQOA 2IVOA 4BREA 5JLFA 2NLXA 2GELA 4JAXA 4XEIA 3CETA 4MO5A 2W40A 1NM1A 2Q1NA 4F9OA 4B1VA 1HKBA 3VPZA 3H6EA 3H45C 5KPRA 3IMXA 2QWMA 1TUUA 3MCPA 4JHDB 2QXLA 3IDHA 2V7YA 2ASPA 2YHYA 3LL3A 4ISFA 3HBTA 2Q36A 1K8KA 2NRHA 1MDUB 4BC5A 1QZ5A 1QQMA 3CJ9A 3FZFA 3P4IA 3ULEA 1NGGA 3LDLA 5TKYA 4MLEA 3A8YA 4BR0A 5EVZA 4AM7A 3H1QA 2FF6A 1BWFO 3FFKB 3C7NB 4FWNA 4WQ5A 2P9LB 4HTLA 4CZIA 4QS9A 4IJNA 4DB3A 2V52B 4BRKA 4B1ZA 5FPDA 5AQLA 2P9SB 5AQKA 1E4GT 5LJWA 3O1WA 4ISGA 2I7PA 5AQTA 1SZ2A 1YAGA 1XC3A 2BUPA 2HF3A 3CQYA 4CZEA 3VGKA 4BGAA 4EIAA 3O1BA 2KHOA 2OANA 2YHXA 1BA0A 4BRAA 1U2VA 1KXPA 3ZETA 2P9KB 2CGLA 2D1KA 4BRGA 5BRDA 1NGAA 5AZJA 5JLHA 4FPBA 5BREA 3MN7A 3QBXA 1NGIA 3O5BA 2QWNA 4JN4A 5EX5A 2W41A 4MO4A 2A5XA 2E2OA 3QFPA 4BR5A 5FPEA 4PKHA 1RGIA 3KZBA 3GDQA 4WQ4A 4M7YA 1QQOA 2CGKA 3VERA 5BPMA 1KAYA 2QW9A 4LC9B 1JCFA 1T6CA 1YUWA 4YDUA 5FPMA 1KAZA 3H3OB 2I7NA 3SMPA 2Q0UA 4RWTA 1HKCA 4JD2A 3LDNA 3CJ7A 5AQIA 3FZKA 3GG4A 3ATUA 3O6WA 3ID8A 4PL7A 2QWPA 3DJCA 4C23A 3O8MA 5AFUH 3UKUA 2BTFA 3QBWA 4CZJA 1X3MA 3O08A 4WQ5C 5LY3A 1V4SA 4GY2B 2YCHA 3AAPA 4HWIA 3DAWA 5BRFA 4A62A 1YVNA 1NMDA 1DGKN 5AZIA 1BG3A 3MMVA 5KQ8A 3GE1A 4BRFA 3FZHA 3VF6A 4PL8A 3QMLA 5AQSA 3VOVA 3CJAA 3ZX3A 4BRDA 3HZ6A 3KVGA 3ZEUB 4M7XA 1XQSC 3WT0A 5BRHA 5KPTA 3HI0A 4FOIA 4H5RA 3D2FB 3DXKA 3VEOA 5EY4A 3IFRA 2VWBA 5AQZA 3EKSA 2ITMA 2IIRA 5AQVA 4CD3A 4NB4A 5BPLA 1MWKA 4H0VB 5AR0A 4M63C 2A6AA 2P9IA 4H0OA 4WQ4C 3FR0A 1BA1A 4BRCA 1ZC6A 4QS8A 2P9UA 4GNIA 3UE5A 3VEZA 3HTVA 5AQQA 3A0IX 2PAVA 4YDUC 3D2EA 3F9MA 3LM9A 3C0BA 3VEWA 4BRIA 2FF3B 1NBWA 3SMSA 2VCPA 4EHTA 2FSKA 1R59O 1ATNA 3LDQA 4RCHA 2CGJA 4BGBA 3QB0A 3CJBA 1NGHA 1K8KB 3CERA 3M1FA 4FWPA 1NGEA 2A42A 2E8AA 3ULEB 3QFUA 3M3ZA 4CZFA 3WEEA 2D0OA 1ZBSA 5KPZA 3WUHA 3L6QA 4H5VA 1J6ZA 2FSJA 3G25A 3VESA 1ESVA 1BUPA 2QWLA 1WOQA 2P9NA 3EO3A 4CZKA 4BRHA 5ADXH 2QWOA 4A2BA 4FSVA 3SJHA 2HOEA 4EHUA 4FWRA 2E20A 4H5NA 2E2NA 1GLBG 1NGDA 5EXWA 1QQNA 1TYQA 1NGJA 3EZWA 3ZX0A 5AFUA 2ASOA 3GL1A 4PKIA 2VYPA 4FO0A 3R9PA 3AAQA 3VEXA 2A3ZA 3OHRA 2E2QA 3A5LC 2YJEA 4B1WB 2FXUA 5F0XA 2GUPA 1U2VB 4O5FA 4E1JA 3ZETB 5AQHA 1GLCG 1IJJA 3VGMA 1BOTO 4JNEA 2A40A 5AZJB 3VEYA 3WQTA 4H03B 3MDQA 1V4TA 4XH1A 5AQXA 4H0XB 3HM8A 1Z05A 4CI6A 2J4RA 4I6MA 2Q97A 5AQUA 3QDKA 2GEMA 3RSEA 3VENA 3BF1A 3BF3A 4QS7A 4H0PA 2YJFA 1GLEG 3U9DA 4WYBA 4BRNA 3DXMA 2UYTA 3ATVA 1CZAN 1OKJA 4RTFD 3VF4A 1ATSA 1T6DA 3VF2A 3SLCA 2P9PA 2Q31A 4JD2B 1HLUA 1E4FT 4DQ8A 1GLFO 3R6MA 2PBDA 2D4WA 4XH5A 1JCGA 3LDOA 4FPAA 5AQJA 2QWQA 2V51B 5BR9A 2ZGYA 3UKUB 1GLLO 4CZLA 3AARA 2CH6A 3O80A 1QHAA 3FZLA 1HJOA 1NGFA 3MN5A 3CJCA 3MN9A 2GWJA 4H0YB 4NO7A 3ENOA 4IO8A 4Y0WA 2F9WA 4MLHA 5AZIB 5AQRA 3U9ZA 1H1VA 4JHDA 1Y64A 4BVPA 4CZHA 3A5MC 1EQYA 1MA9B 4BRLA 5F2RA 4BG8A 2E1ZA 2ZGZA 5JMVA 1IG8A 3DWLA 1QZ6A 3FGUA 1T44A 1DEJA 1HX1A 2E88A 3S41A 1TUYA 4BRPA 3W0LA 3WQUA 4DCHA 4BR9A 3GOIA 3DXKB 5ADXA 4FWQA 3L0QA 3KHYA 4A2AA 3C7NA 5AQWA 2AP1A 4FWSA 4H0TB 2P9LA 1SAZA 3UKRA 4BQLA 4DHYA 3ZX2A 4BR2A 2QWRA 4CZMA 4ISEA 3FZMA 3WXIA 3WXKA 2P9SA 2HF4A 4K41A 2Q2RA 4CBXA 3QICA 4B9QA 2ZF5O 4CBUA 2P9IB 3B8AX 5CE3A 5F1XA 1Q18A 2GTDA 4Z94A 5AQPA 2EWSA 2P9UB 3SK3A 1DKGD 1BO5O 4B1UB 2E1YA 4CBWA 3VETA 1BU6O 4BRQA 5I9EB 2WUSA 5BN9A 3D2EB 3FE1A 5E84A 1D4XA 4K43A 5AQFA 1C0GA 4KBOA 3UB5A 2P9KA 4J8FA 3UKRB 4CJ7A 1BDGA 4FWLA 2GWKA 4K25A 1WUAA 2ZWHA 4IJAA 4BQZA 1GLJO 1S3XA 3EN9A 2FLOA 3H1VX 4H5TA 3D7EO 2F9TA 4L3QA 1XUPO 1RFQA 3VGLA 1S22A 2FSNA 3BUZB 3CIPA 1HPMA 4B1XB 1Z6RA 5ELZA 2H3GX 5AQNA 3WXLA 4CZGA 3WEEB 5E26A 4IXCA 3IUCA 3J8AA 2DPNA 4XH4A 2YHWA 4AM6A 3MN6A 3TPQA 4BC2A 1C0FA 3AY9A 3A5NC 1NLVA 2P9NB 3CQXA 2IVPA 3U8XA 3L4IA 2QM1A 5KQDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T03A 4CHPA 1A5VA 4I2QA 4AHUA 4N41A 4KTWA 3K5NA 3LDPA 4JI6K 1KVCA 1X9JA 5M1KA 2G8VA 2XRIA 2HMPA 1FK9A 2QK9A 4QCLA 2E6MA 4AHTA 3JXUA 3O4WA 4EAHD 3DRSA 4BEBA 2NZTA 1ZXOA 4DV7K 4FL9A 5GAGP 3GBTA 3K58A 5BPNA 3VN5A 4WFAL 3HPGA 3TU5A 3HVRA 4JS4A 1ASVA 3TTDA 3CXCM 4W5QA 1ATRA 1C0MA 1LW0A 4BR7A 2KTQA 4X65K 4EFHA 4Z4CA 3THXA 4FZYA 3V9ZA 4M3ZA 3CPEA 2FC0A 3CFPA 3EKUA 4B3MK 2ASMA 4H5WA 3WXJA 3OYBA 4DUZK 4Z4FA 2HBMA 3NF7A 4LD0A 4BRMA 2OZSA 1LV5A 4BG9A 1EP4A 5FPNA 5AQOA 4BREA 4B9SA 1WAJA 3KLHA 4JAXA 1QTMA 1NOZA 1NM1A 3HVTA 4E7IA 3AO1A 1HKBA 1WNSA 4IEEA 3OBWA 3H6EA 1TK8A 3SPZA 5KPRA 4FXDA 4RW8A 5T7BA 4AQYK 3CCQN 1RBRA 3SQ1A 2V7YA 4C8LA 4ISFA 3NHGA 3QO9A 2Q36A 1K8KA 2Z1JA 3TSPA 1VQ9N 4PA1A 4BC5A 1QZ5A 3CJ9A 4FCYA 3FZFA 4AF1A 3ULEA 1NGGA 4LSNA 3OS0A 1XMQK 4MLEA 2YX6A 1RTIA 3H1QA 1RCHA 3U3GA 1JXEA 3C7NB 3RTVA 3O3HA 5DK5A 3QINA 4IJNA 4QS9A 5DM6L 5HRPA 1J54A 4AHCA 3D0PA 1RTJA 5AQTA 1IKXA 3ID6A 1JLAA 1XC3A 1IBLK 3VGKA 4ILGB 1SS6A 5C24A 2VGMA 3NF9A 3SQ4A 4CJEA 3NGZA 1U2VA 1KXPA 3TSUA 3L2QA 5BRDA 1WLJA 3CCEN 1NGAA 1YF5L 4FPBA 1YTAA 1UOCA 1NGIA 3F5TA 3I0RA 2W41A 4MO4A 3SNNA 4FJKA 1SL1A 5HLFA 1EWRA 1L3SA 3M5RA 3AO4A 3KLFA 4A5AA 4M7YA 1TKXA 2CGKA 2HB5A 5FROA 3PY8A 3OW2M 3SUNA 4LC9B 4O8UA 3THYB 1HNIA 4CEOA 1KFDA 4RWTA 1YHQN 3O9UA 3LDNA 4XJXA 4CEQA 3DJCA 1Y97A 3L2UA 4MQ3A 4CZJA 3VA3A 3LZIA 2NRVA 1XHXA 4FJGA 4Q5VA 4GY2B 5SZTA 2KLAA 3CC4N 3V9XA 4BWMA 3OYGA 1XMOK 2UU9K 2HHSA 4BRFA 4DSLA 4FW1A 1VRTA 4IDKA 3VF6A 4YOYA 1M90O 4NYNA 4U67L 5AQSA 1B9FA 3DRRA 2OPRA 1BIUA 3KLIA 1IBMK 1TK0A 4H5RA 4U7BA 3THXB 3OJUA 1C1AA 5EY4A 1KVBA 5AQZA 1HNXK 4RW7A 3EZ5A 2IIRA 5AQVA 1MU2A 4FVMA 2OCEA 3SCXA 1RBTA 2A6AA 3CFOA 4H0OA 4LH4A 4CEFA 4JI3K 3MAQA 3LWMA 1ZC6A 1YTUA 3AO2A 3ZCMA 3VEZA 2VGNA 3G4SN 2PAVA 3D2EA 3ZT4A 3F9MA 4DG1A 3T1YK 2G8UA 4KHYA 1DTQA 1VSLA 4BE1A 4GKJK 3SMSA 4BDPA 3SBTA 4JI0K 1CLQA 1XHZA 2O8CA 3CJBA 1A5XA 2KW4A 3AVNA 1K8KB 3CERA 3JYTA 1FW6A 5KTQA 2A42A 3K5OA 3ULEB 3RRHA 1DTTA 3AVBA 3HM9A 3RMCA 1QSLA 4H5VA 1J6ZA 1RT6A 3VESA 4CEBA 3D6RA 3ZSOA 4CZKA 4QAGA 3ITHA 2HHQA 2QWOA 3VQPA 1OH6A 2HOEA 4EHUA 4DV0K 2XY8A 4E1NA 3L2RA 4YOVA 4OGEA 4DV4K 2G8HA 5AFUA 2EX3A 2VYPA 3HJFA 4IDHA 4B1WB 3HPOA 2FXUA 4WFBL 3BGRA 4KO0A 1U2VB 4E1JA 4X62K 3AO5A 4OKJA 1QVFM 1IJJA 3TAGA 3U3YA 1BOTO 5C12A 3CQ8A 4BDZA 4H0XB 2BGGA 3HM8A 2Z1IA 4CI6A 2J4RA 4JKHA 1NU0A 4CECA 2GEMA 1O1WA 4JKBA 3VENA 2JLEA 1YVUA 4RG8A 4KPYA 2JWLA 4QS7A 4R79A 2WFBA 1E3MA 2G8WA 1OVYA 3AVCA 2UYTA 4XIUA 4FJHA 1N6QA 4M42A 1NJXA 4RTFD 3VF4A 1T6DA 4CJPA 4DUYK 1HMVA 1HLUA 1GLFO 3C94A 3WNHA 3U6FA 2V51B 1D5AA 2GV9A 4TSXA 4CESA 4E19A 3AARA 2CH6A 2Y1IA 2LSNA 1B92A 1RT1A 3FZLA 5DMRA 3CJCA 3MN9A 4HUGA 2GWJA 4H0YB 3LP3A 2F9WA 4MLHA 3MXJA 2G8IA 1Y64A 5KGWA 5M1OA 3A5MC 5I42A 4CVNE 3IAYA 4BRLA 1EX4A 1B9DA 4CCHA 3S3NA 3ZSYA 1TK5A 3SZ2A 3AVKA 5HL7L 1T44A 4AHVA 3W0LA 3WQUA 4BDYA 3PLAA 3V9WA 5ADXA 4CJLA 4FW2A 3K9JA 3VMFB 4NCBA 1SKWA 2KZZA 3K57A 1CZ9A 2P9LA 2XO7A 5GADP 2GBZA 4DHYA 5GAHP 3V1OA 3WXKA 2P9SA 3SUPA 4K41A 1TVRA 3I0SA 4NLBA 4LFCK 2UXDK 3B8AX 1WN7A 1Q18A 4ICLA 2HHWA 4FVUA 3ZSVA 2GTDA 3PUFA 3SK3A 4GV3A 4JK8A 4M3TA 4LY7A 4KAZA 5CHIA 1ZBUA 1BU6O 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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