1LRNA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with cadmium
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
259
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 90
structure length 259
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lrnA00
4QM1A 1TPB1 4UR7A 2PRLA 4POCA 3T78A 3W07A 3K30A 2YW4A 1VGAA 4LRSA 3R5EA 1SSGA 1TPWA 3CEPA 3LBMA 1RQEA 3HGJA 4H4IA 2X16A 1FWWA 2A21A 4FHAA 1AMKA 1TB3A 2DZVA 4NZFA 3O8AA 3GZ3A 1P0KA 1UB3A 2BSLA 2QCLA 3P80A 1SO5A 3SIZA 4AHOA 4UTKA 3ANYA 1JQVA 3A9IA 4WXZA 3TUUA 3R12A 3W7IA 4K36A 3SECA 3U2OA 4N02A 2Y63A 3R8RA 5K4XA 5D2TA 4JX5A 1B4KA 1XBXA 3EWUA 3MUXA 3NO5A 1SW0A 5EPDA 4OQVA 4MZ8A 4LNYA 1S5TA 1V7YA 4FX8A 3PUEA 1LRNA 3TDFA 2YGYA 3UNDA 3V1PA 1L6YA 3W22A 5TBOA 4WJEA 1KM6A 5E0KA 3VI2A 4UTWC 2BWGA 1X7FA 3MMTA 3TC6A 3Q37A 4RX0A 2QJGA 2CWNA 3NQVA 1D3GA 3DBPA 5F2MA 3W7NA 3HGRA 5KTLA 2CLEA 4HN4A 3FFSA 3QSTA 2QCDA 1VPXA 1AL7A 5EA9A 3SGZA 1AK5A 4XBKA 5AN7A 1SPQA 4PODA 3QF0A 3GDMA 1TTQA 3G1DA 3W2UA 4DBDA 1XM3A 3NQDA 2DZUA 3N9SA 4LS0A 1WA3A 4HNUA 3RMJA 3A5VA 2BTMA 4GUFA 1KA9F 4Q33A 7TIMA 2A6NA 3GXTA 4LY8A 3ABQA 4O15A 3C8FA 2YPIA 5D2YA 5AHNA 2F84A 3MHFA 1VS1A 3B06A 2GOUA 2H8ZA 3NGJA 1VHCA 4AXKA 3MI2A 1TV5A 3W1NA 1L6SA 2VELA 3W83A 5FEZA 3F1QA 1O94A 4O1DA 3W2NA 4YCPA 1VYRA 4MFEA 4A21A 4MPQA 4UFHA 5BW6A 3TROA 2H3BA 4A29A 2E1DA 4Z1BA 4O11A 1DORA 2RDUA 1OFPA 1QNVA 2W6RA 5HWJA 1PE1A 3B05A 3UYCA 2OT1A 1GG1A 3MYOA 2JBMA 1VLWA 1ICPA 3W1RA 4NT0A 3OBKA 4IX0A 3G1YA 5C55A 2HMCA 1TPFA 1HTIA 3PUDA 1W3IA 5HJLA 3TCEA 1C9DA 4LT9A 3MP3A 4O57A 1LDCA 1GTEA 1YTEA 3E02A 4NVTA 5H2ZA 3M0ZA 3R2GA 4IX2A 3M47A 3HPSA 2NUYA 2A4AA 4O14A 1JCJA 4O50A 4GXMA 3GAKA 5CZSA 1R30A 2VXNA 1F6PA 3C2VA 4AEOA 3DKLA 3PF3A 2W0UA 3NDOA 4P61A 2CFFA 2XN0A 4O1AA 3W1QA 3EB2A 1LTDA 4BFAA 2RDWA 4I7WA 4WD0A 1A5AA 3HO8A 2YR1A 5D02A 4UTIA 1SO4A 1NVMA 3T40A 2NXHA 3FJLA 1FCVA 1JUEA 3UWWA 4O1BA 1LORA 4E2DA 4JN6A 2UV8G 1VR6A 4XBSA 3L5MA 3BG3A 3DKJA 3PBUA 2DZPA 4DEFA 1F6KA 1ONRA 4KWVA 4LC8A 3R89A 2V9DA 3BVJA 1SZGA 2A0NA 3QPZA 5F1UA 3THAA 3P7YA 3NM3A 5FF2A 3W7PA 1JUKA 2ISVA 1TQXA 4C1LA 3YPIA 1Q6LA 1ZHAA 3EKLA 1Z41A 3O07A 5U7SA 5LKYA 2E6DA 1H50A 3LV5A 2ISSA 3G8EA 3NQ2A 1ML1A 2Y61A 2FB2A 3SSJA 1W3NA 3EX2A 2ABBA 1CI1A 5G5IA 3QC3A 3H55A 3KRUA 1NSJA 3O06A 5CZTA 2VEPA 1DJQA 2VKZG 3W1TA 4QISA 3HGOA 3N14A 5D2WA 3RNDA 3L5AA 2YSWA 4J9JA 5G4EA 3TQKA 2FLIA 2ABAA 3NQCA 4CNPA 4UXDA 1OX4B 4PFMA 1TJRA 2NXGA 4JTJA 4MLRA 4FNUA 1EX5A 2DU2A 2P10A 3W7KA 4XUGA 4ZQCA 2WPBA 5ABTA 3DI1A 5F4XA 4NNCA 3W1MA 2PE4A 1OFBA 4JYFA 3GVGA 4HPJA 5BMXA 3G3MA 3ATZA 2WJZA 4AWSA 3EWBX 4HKPA 5HINA 3GDKA 2FIQA 4PEKA 3G0UA 3KVLA 1DHPA 4JGDA 2VFHA 1HFBA 1WYIA 4FNRA 4E0CA 5HMSA 1H61A 4W9TA 2A6LA 3P82A 4N4QA 3M16A 3FYPA 1O5KA 3W70A 3FA5A 3LHTA 2CLOA 3DH7A 3DFNA 5CSSA 3EX4A 4WX2A 1EUAA 3TW7A 2AGKA 3UY8A 4DO6A 1FXQA 3GR7A 2R14A 4OGZA 5D33A 3TFXA 2V5LA 3S5ZA 5K3VA 5LHEA 1H7WA 3NQAA 4K7VA 3GLCA 1G69A 2H6RA 1EUNA 4N9DA 5H91A 3M6YA 3W85A 3EX1A 3LHYA 2J9ZA 4IQLA 3TQVA 5FF3A 2Y7EA 4RKAA 2Q3OA 4JTKA 3NQGA 3LCHA 2Z6JA 4UUIA 3GXNA 2QAFA 1GQNA 3A22A 3CU2A 3KHJA 5DBUA 1Q3NA 1ZNNA 1O5XA 4M7TA 4PCFA 4ADUA 4N9EA 2Z6IA 3LXCA 1OYAA 3QMRA 3BK0A 1DJNA 1ZAHA 1H7OA 4NJJA 2QKFA 4ORMA 5EBUA 3M44A 3KVKA 1ADOA 2HS8A 1RQHA 1WAUA 1IXPA 5F2LA 4AB4A 3BG9A 4CNNA 2YFNA 3EKZA 4IPJA 1FQ0A 3L0NA 5KMYA 3MP5A 1MSSA 3EXTA 4AVFA 2V8ZA 4YXGA 4H6KA 2YFOA 5L6UA 2FPVA 4BR1A 3GDTA 5DCBA 3CIWA 1GVQA 1NF0A 4FNQA 3MP4A 1OFAA 3S5OA 3S9YA 4LC6A 4A22A 1GYLA 4TIMA 3PVFA 3QEZA 2Y85A 1B57A 3O6DA 4CCEA 3T55A 4LTSA 1OK6A 4K6AA 5IBXA 4HNTA 3FKKA 3IIPA 1L9WA 2QCCA 3W7QA 1ME7A 3LRKA 4N9CA 2IQTA 2I1OA 3BO9A 2X1TA 2ZZ5A 4ZQRA 1QPRA 1R47A 2JK2A 2FFCA 3LI1A 4EWND 1C29A 5K9CA 5C54A 5FI8A 4MZ1A 5AC7A 1L2UA 3W87A 1F76A 3VKJA 2ZA1A 3QW4B 5DN1A 4EF9A 3W2LA 4UMAA 4Y90A 4O8RA 4EOUA 1J4EA 2Y88A 4DF2A 4B5NA 1CW2A 1EIXA 3OEXA 1P0NA 3PB2A 1QR7A 2R91A 3W7JA 1D9EA 4OE7A 3ZS4A 2WNQA 1YYAA 1QMLA 4ZZ9A 1LZOA 1TPDA 4K8EA 3WK0A 3VCRA 3EX6A 3NQFA 1DV7A 2BX7A 1BWKA 3TA6A 2O7QA 4K38A 2DZSA 2CZ5A 3N2XA 1TMHA 3B04A 1SO6A 1LBLA 2J9XA 3TR2A 3W71A 4YMZA 3WJSA 3NL5A 5D30A 3SJ3A 4JTHA 2TRSA 5EL1A 4PTNA 2VENA 2DZWA 2CZEA 3QQ1A 3LLFA 3L9CA 3NZ1A 4S2CA 1WOBA 4UMCA 4TR9A 4TO8A 5AB3A 3WJWA 5AHEA 1KM1A 4I9AA 2JKEA 1TV7A 2ZTJA 2I9EA 4O12A 1UUOA 5FEXA 3DHFA 1YDVA 4S1FA 3G8RA 1TYGA 2OT0A 2A5HA 3IIXA 1QPOA 1I2NA 3QPYA 1HG3A 4UFLA 5G2IA 2QAPA 4MY9A 3GKFA 1DQXA 2YZRA 3C56A 4O4VA 4EVZA 3LHWA 3SGUA 2C1HA 4L4LA 4U28A 4RCXA 1MEHA 3HJZA 4IXHA 1OVDA 1YTDA 2ZTKA 3STFA 2ATMA 2CLLA 4XWUA 1TREA 5HQEA 3NQMA 2HSAA 4AF0B 3PG8A 1LLZA 3P60A 1OFEA 2G97A 3AJXA 3TU9A 1SSDA 5DXYA 4MZYA 4HIBA 4WOQA 2V2HA 4EF8A 3CIXA 5KZMA 3KXQA 2OCZA 4BI6A 5I3IA 4JTTA 4N4PA 3T4CA 3MO7A 1EPXA 5AYXA 1M5WA 2OMAA 5KITA 2C3ZA 2WNZA 1U83A 3O16A 1F7BA 3S5NA 3UZJA 3TNOA 2Y7FA 5I3JA 3DZ1A 3HQ1A 4GUIA 3TJXA 3W7DA 4HHPA 1KM2A 1SZNA 1OFDA 1TTJA 4NJIA 1O60A 4ZL1A 2A7NA 4JTSA 1SW7A 3TV8A 4FXSA 3W6YA 2G5WA 2G96A 3TSDA 1FDJA 4WY0F 3IEBA 4HSOA 4C1KA 3BGGA 3N9RA 3LHUA 3B03A 3I68A 1JQXA 4XKYB 3TJLA 5KSWA 1KM0A 2YDAA 4JTEA 4LUJA 1WXJA 1X1OA 2KZHA 3W7GA 1RZMA 3NA8A 2R94A 2Y7GA 3TMLA 4HT3A 2WSRA 1RD5A 3UWVA 1VQTA 2PC4A 4AH7A 3EXRA 3GKAA 4WQ6A 4O4WA 5D2XA 3M5XA 1G6CA 3L65A 2BLEA 1SW3A 2NX1A 1WX0A 3C52A 1SUXA 3W2JA 5LZLA 2CW6A 2GPTA 1B9BA 3AO0A 2PRMA 3LCGA 2VOMA 1XKYA 3P81A 4Q4KA 1I2QA 3PY2A 5DY2A 1YPIA 3A23A 3A24A 5KINA 3QRHA 3RLUA 2Y6ZA 3NPVA 1VZWA 2VC6A 5HULA 5F4WA 4QQ3A 3W2MA 3DI0A 4NJHA 4NXSA 5I3HA 2E5CA 1ALDA 3H53A 3U6WA 3HBLA 1PIIA 2NV2A 3I7RA 2C19A 3HB9A 5IBXC 1FWSA 3C6CA 3WJXA 4D2JA 4JY8A 4ADSA 4GC4A 2CZFA 1XBZA 1XBYA 3L66A 5FF4A 5D37A 4Z1DA 4UR8A 4FNTA 4Y96A 1F05A 3P8IA 4GFSA 4NJGA 2EAWA 2VEKA 5AFDA 4RLIA 1TRDA 3IRDA 1MO0A 1UUMA 1X6UA 4RZ5A 3IIOA 3USBA 5FF0A 3NZRA 4AHPA 3S5YA 4Y9AA 5HWNA 3H54A 3NOEA 1GG0A 3NR0A 1AW5A 5DCEA 1TPUA 5HUOA 3NL6A 3N2MA 4MY8A 3NEVA 4MYXA 2ZCGA 3MYPA 4CCDA 2FPTA 3L0GA 1KFJA 1GOXA 4P2VA 2ZZ2A 3GAYA 2B7OA 3GNNA 1IGSA 3LV6A 5BNKA 1TPC1 3O05A 3NL3A 3NM1A 4O28A 4O19A 3GK0A 2ZRVA 3O1NA 1XI3A 5I3FA 2B7QA 3W75A 3HG2A 1LYXA 4IMGA 3DAQA 2A7PA 1JCLA 5G4WA 3TSBA 3W7HA 3MI3A 4UTUA 4JTFA 4FX7A 1G7UA 1T8XA 5DXXA 5SWUA 4NX5A 1TO3A 1YDOA 1X1ZA 3EWXA 3STEA 2VFEA 2Y62A 3C2RA 4QITA 1RVGA 3LGEA 3M41A 2B0MA 5TIMA 1W0MA 2Y70A 1Q45A 3KRZA 4EIVA 4UTMA 4FO4A 1TTIA 3JR2A 2E5BA 4GNJA 1C8VA 1S5WA 1OHLA 2NWRA 2WSQA 3I7QA 4K8HA 4TU1A 3W3OA 4ZQPA 3HF3A 5CPNA 4M7SA 2J9YA 1Z48A 1LP6A 4JTLA 4RR4A 2GJLA 3DFSA 2QCDB 5LNRA 1KFBA 1W5NA 1HO1A 2W79A 3NQEA 4NJKA 1V5XA 4KFPA 2C14A 1XFBA 2XFWA 4UTTA 5F2IA 3G1XA 1EEPA 1KM5A 1UCWA 2E5DA 1KTCA 2WQPA 4Y8FA 1YXYA 1XUUA 2V81A 1TV8A 1SR9A 3BW2A 1GPWA 5CKSA 3W7OA 1IXOA 2X1UA 5C5YA 1PL9A 2QUUA 2A7RA 5CZ0A 5AYYA 1G4SA 3O6CA 5FF7A 2NXIA 1TPEA 3C2OA 1A5CA 1JVNA 1I2OA 1G4TA 3LTSA 3QQ0A 3VE7A 4DXVA 5LGZA 4MIMA 3WJZA 2DORA 4UC5A 1RPXA 1FY6A 1JRCA 2FJKA 4UMBA 4RK8A 2ATSA 2DZTA 4MLJA 5D09A 6TIMA 4ZMGA 5F1VA 1GVRA 3RLVA 1OF8A 4R34A 3GNDA 2C15A 3W1LA 5LNSA 1W5OA 1HO4A 4GRSA 2H8XA 3G22A 1OYCA 4RZ6A 3LTYA 3DFTA 1ZCOA 3QMTA 3BLFA 1AG1O 3MBDA 3UXAA 3TXVA 4E2BA 2C13A 3NVTA 4WY0B 3T44A 2AAMA 4A2RA 3ABRA 4O17A 4DF0A 1W37A 5AOUA 4H3DA 3L5LA 4JXCA 3ELFA 5D05A 2EKCA 3M5ZA 3UWUA 3PG9A 1Z42A 1QDSA 1TRIA 2GQ8A 1SQ7A 1KFLA 1M7OA 3GDLA 3O15A 5K2ZA 2E77A 3HPXA 1EP3A 1OX6A 3QJAA 4GUHA 1NAL1 4N6FA 1AW1A 1THFD 3GIYA 3GYEA 1IF2A 4AHQA 4YCOA 5J5DA 3R13A 3UWQA 4NNBA 3PC0A 3C2FA 3LHVA 4ZVJA 4AAJA 3KVJA 4AMAA 4LS1A 1XBVA 5J5RA 4UTLA 4M6PA 1FDZA 3OA3A 3PBVA 3LRMA 2RH9A 3HMJG 2G95A 1H63A 5DBTA 3KOFA 5CG7A 3G1SA 3MW7A 3MWAA 4QAIA 1FDYA 1MEIA 3G1HA 3N34A 4FF7A 1VHNA 4NZJA 1PS9A 3I6RA 2A85A 5BRBA 1SFJA 1TJPA 2CLHA 2E6AA 3NXFA 3PWAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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