1LRQA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep, a5p and cadmium
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 92
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lrqA00
4O0ZA 2HTMA 2E6AA 3VE9A 4WOZA 3LV6A 3TCEA 1TPH1 3S8HA 2C3ZA 1GVRA 3L0NA 3OHIA 1L6YA 1RD5A 2CLEA 3MBFA 2AGKA 2NZLA 1U5JA 2JK2A 3LHUA 4MFEA 2DZTA 2E6YA 1XBVA 1DHPA 4UTKA 4ZQRA 3TQKA 4LRTA 2ZBTA 2V0TA 3HGSA 2A7PA 3AO0A 2QCFA 4EF8A 2E6DA 4FNRA 4PH6A 1OYAA 3E12A 3B05A 3BV4A 2DZVA 3JR2A 1PIIA 2DZSA 3NO5A 1KM1A 3NQDA 4FX6M 4JGDA 2C13A 5DCBA 3D0CA 3ATYA 3F1QA 1JUEA 2Q3OA 2C15A 4I9AA 1A5CA 5LNVA 5EY5A 3OVPA 1EP3A 1VS1A 1EUNA 2FPTA 4DPQA 1FCBA 5MHBA 3A21A 3M41A 1YTKA 4K8EA 1GYLA 1YTDA 2TMDA 5K4ZA 4X2RA 1A5SA 2A85A 4H4IA 1KTNA 1GQNA 1F76A 2GOUA 1G4SA 4NT0A 1SR9A 5D2XA 1VYRA 2VELA 2C16A 3SJ3A 2A21A 5D03A 1DOSA 5U4NA 3OG3A 3TROA 1T8XA 4Z08A 1H60A 1HFBA 5K2ZA 1QNVA 3DFPA 4WX2A 3GYEA 3O16A 4NVTA 1H7XA 1PHQA 1QPOA 1AK5A 3M6YA 3A9IA 4RZ4A 2VXNA 3OVRA 5KSWA 2R91A 5HMSA 1LZOA 3PF3A 2A7NA 1I2OA 3EB2A 1H51A 5CZTA 3Q94A 2RDTA 3W23A 3SW6A 3TJLA 1DVJA 2WPBA 3PG8A 4DBEA 2BXVA 1DORA 3NQMA 4MLRA 1FWNA 3C52A 1O5KA 2ZTJA 1TSIA 4O1BA 2V8ZA 4IOTA 2H3BA 5HWJA 3O15A 3PG9A 3HPXA 3G0XA 5CZSA 3GX9A 4RR4A 3UNDA 3DI1A 1AG1O 3DAQA 1N7KA 3BW4A 3KVLA 2C0AA 1K02A 1ICSA 5C5YA 1N55A 1F6KA 3BO9A 3W1MA 4GUIA 4LC6A 4J9JA 3CWNA 3NQGA 3W7GA 2ZZ6A 2EAWA 1AW5A 3WJWA 3GK0A 3IVUA 4MJMA 1FWRA 3G1DA 5AYZA 3NR0A 2ABAA 5K3VA 1F74A 4OU1A 3G3DA 2CFFA 3CIWA 4KFPA 2QUVA 4WD0A 1KV8A 2V82A 4GUGA 4QISA 3RK8A 2VFIA 3BK0A 4FF7A 4HSNA 3PSVA 3HG5A 4O1DA 1S3HA 2ZZ5A 3WK3A 3W1RA 5CSRA 3LTYA 1YXYA 2VEIA 3UXDA 1VCFA 4JTLA 2V5BA 4O1AA 3A5FA 1RQEA 3RNDA 1ZHAA 5FESA 5CPMA 3TC7A 1P5BA 1LYXA 4JX6A 2HMCA 1W0MA 1KFLA 4YWIA 3PUDA 1TTJA 3M47A 2FPYA 1KFKA 3FKKA 3LCWA 3EX4A 1SZEA 4ONVA 4UIOA 4MZ8A 3ZWTA 5SWUA 3R12A 2V2HA 3PUOA 4TR9A 3C2EA 6TIMA 2B7NA 2R8WA 5LNWA 3CIXA 4IMEA 3BLIA 5BW6A 5K4XA 4AVFA 4FB7A 3DI0A 3F4WA 4NXKA 3E9AA 2BZNA 4K7YA 5D33A 3NL5A 4IMDA 4FO4A 5D37A 4OBTA 1LBMA 3U8GA 5LGXA 3W85A 4IXXA 1VHNA 1TPDA 4I7UA 3EWBX 4QQ3A 4K36A 5CSSA 3R89A 3LCXA 4H6KA 1Q6LA 2ABBA 4R7JA 1EWEA 5FF3A 3THQA 4DF1A 3P8JA 4HSOA 4A21A 2YFNA 4GRSA 1TCDA 1O5XA 2BSLA 3LRKA 4GXMA 3WJXA 1B57A 1WDWA 1GOXA 3R13A 3LCFA 3PVFA 4GFSA 3LRLA 1TPVA 4GBUA 4R33A 4UC5A 3W7OA 3TMQA 1W37A 1NVMA 2Y61A 8TIMA 3TSDA 3CEPA 4K37A 5KITA 1EB3A 4YCPA 1ZY9A 4O19A 5EPDA 4EF9A 2TRSA 1QOPA 2NLIA 1MSSA 1PHWA 2YYTA 3TFCA 3QQ0A 2TYSA 4KFNA 3HG3A 2RDWA 3DHDA 3NQFA 2O7QA 4I7VA 3PBVA 3W83A 1WYIA 1DKWA 1A5BA 2ZZ3A 3GXPA 1FBAA 2C14A 4TIMA 4Y9AA 1C8VA 1OF8A 3S6DA 1OYCA 2QJIA 4HN4A 1X8FA 1SFJA 3LCHA 4WJEA 1K7FA 1WV2A 2VOMA 3CT7A 1G69A 2Y89A 3HOJA 4K38A 4UTJA 3L0KA 5EKYA 1GVOA 2GVJA 3UWZA 1V7YA 4AWUA 2QF7A 3N14A 4PCFA 4ZQMA 3DFNA 5AOUA 2A2IA 2A6NA 2PRHA 3N73A 4M7TA 3G1HA 2ISWA 5G4WA 2QCGA 2GPTA 4YMZA 1D3HA 4RCXA 3W7CA 1SO4A 3E02A 3KFTA 3P7YA 3NVTA 2G96A 3OIXA 1EEPA 3W71A 3LTSA 4JTUA 3IGSA 1SSDA 3CM4A 4FNTA 4CQ8A 5DELA 3LX9A 2I14A 5J5DA 3GDKA 3IRDA 3HF3A 1F2JA 4LVBA 4IJBA 3W1PA 4ADSA 3FYOA 3L5LA 3HIJA 3NZRA 2VFDA 4L4MA 4I7WA 4GWEA 5EL1A 1LLWA 1X7FA 2V9DA 2Y7DA 4JDBA 3IGXA 3UZ5A 2C18A 4UFIA 3P82A 3GKFA 1A53A 3DENA 3EX3A 1FXQA 3O6CA 5E1QA 3MP3A 3NQVA 2NXHA 4GUFA 3TUUA 3MMTA 3DFSA 3A23A 4XWUA 1UUMA 2HS8A 2B0MA 1XL9A 1GVSA 3T44A 1LDCA 1GTHA 4NXSA 5TBOA 2QDGA 2Y70A 1OJXA 1K03A 3GXTA 2E77A 1R47A 3G0SA 4BF9A 4ZMGA 5D32A 1KFJA 1ZALA 2QCHA 7TIMA 2WJZA 1OABA 1W3TA 1KM5A 2QCDB 2ATSA 2CLOA 4HNTA 3G18A 3USBA 4LVAA 2PURA 5TIMA 3B0UX 1GYNA 2HS6A 4AXKA 4NZFA 3W86A 1HTIA 3R5EA 4CQ9A 3CC1A 5G2IA 2FLIA 4LUIA 5CPNA 4LC8A 1VZWA 4U4MA 3M43A 4BI6A 2CLMA 1UJPA 1L9WA 1WBHA 4OE7A 4RKAA 4AEOA 5FI8A 4O14A 3EXTA 3HQ1A 1Q6QA 1TJPA 3P60A 1TTPA 3L2IA 2GVLA 4JYFA 1SW7A 1C29A 2Z6JA 1KW1A 2UV8G 1GVQA 4S1FA 3BG9A 1SFLA 3N19B 2VEMA 4MYAA 3G0UA 3BW2A 4AWTA 4DQWA 1M6JA 3VCRA 4OV4A 5CZ0A 5F4SA 4AHQA 1BEUA 4DXVA 4AB4A 4FHAA 4G1KA 3M7WA 2WSQA 1TTQA 3H54A 2O7SA 3S9YA 4YCOA 1XBZA 3G1VA 4HPXA 1TV7A 2CLIA 3S1WA 2VEKA 3PBWA 2Y62A 1JRBA 1VYPX 1JJKA 2NV1A 1GVFA 3LHTA 4JS3A 1BTMA 2P0OA 4E0CA 4M19A 2Q8LA 2NXIA 3W7MA 5AN7A 2E5CA 3MI2A 3TX9A 4LVFA 1SSGA 3W2JA 2V5LA 2YX0A 4YLWA 5I3GA 1UASA 4R34A 5AYYA 3G8RA 1H7NA 2CU0A 1SQ7A 3W7LA 2YGYA 4S2CA 3NDOA 3QF0A 4N9DA 5HWNA 3MI3A 5KTLA 3HMJG 3PB0A 1YDVA 1ZFJA 4Q33A 2OT0A 4Y6GA 3YPIA 4NNBA 1TMHA 3TW7A 1JVNA 3SIZA 1Q3NA 5L9FA 3I7SA 5AHNA 4JDYA 4IMGA 4MPQA 1IF2A 2G97A 5F2IA 1IGSA 3OBKA 2QCEA 1ZCOA 1F73A 2X16A 3NQCA 3W7JA 4LRSA 2F84A 4CQAA 1KA9F 1RV8A 2ZDRA 3S1VA 1QR7A 3C3NA 1ICPA 1T96A 3PAJA 4O4VA 4UR7A 1W56A 1M7PA 1WOAA 3NEVA 5FEPA 1JCMP 4O1CA 3W2LA 1J5TA 1XC4A 2ZRWA 3W6YA 1Q6OA 4MFDA 4O54A 2RFGA 3DBPA 2ZA3A 1H7WA 1QPNA 5KMYA 3LXBA 4K8HA 5DCEA 5EYWA 4UR8A 1HUVA 4GUJA 3EEGA 5U7SA 4D2JA 5BMXA 1H5YA 2WSRA 2ZRUA 4MZ1A 2KZHA 3FYPA 3W07A 3ABRA 2EKCA 4X22A 3T7VA 1K8YA 4AHOA 1XBYA 1PCKA 2JKAA 4OV9A 5AYXA 1QAPA 3W1UA 3L68A 4NNAA 3DHFA 5LHFA 3BG5A 4FXSA 1ALDA 4JN6A 2XN1A 4O17A 1JUBA 3TW6A 3QPYA 4LW7A 3FJ6A 2DZXA 4Z0SA 1Q45A 3MHFA 2EHHA 4WY0B 3TFXA 3H53A 1RVGA 1XKYA 5D09A 4A29A 1TTIA 2Y63A 1GTEA 1PE1A 1KTCA 1SZNA 4JD4A 1TO3A 3EKLA 5EBUA 3W75A 1YXDA 1ICQA 2QAPA 5FEXA 5I3KA 3BPWA 1FCQA 4CCCA 3W22A 4LV9A 1EPXA 3IEBA 3E96A 3MO7A 1OX4A 3S5OA 1VQTA 3Q37A 2RDUA 5D04C 3BGGA 2WO5A 1W31A 3CPRA 3SGUA 3STGA 4QAIA 1JCJA 3C8FA 1NEYA 3CWOX 3HG2A 2WSYA 4XTIA 4PODA 3CB8A 3FFSA 3FOKA 4UMCA 5F2MA 1X1OA 1HG3A 5D2WA 1XDLA 3PBUA 2OJPA 5L6UA 5LGZA 3TMLA 1Z48A 2F7FA 2J88A 3EXRA 3RMJA 5FF2A 2ALDA 3KRZA 4HNNA 2FDSA 3O8AA 3TXZA 3T4CA 3UPWA 1LTDA 3KRSA 2NXGA 3B4UA 3PWAA 3QM3A 3W1XA 1R30A 3ABQA 1F05A 2Y7EA 2FJKA 3LCLA 1I8JA 2JGQA 3W1NA 3I7QA 3DKLA 1EA0A 3N9SA 1L6SA 1OFRA 2JKEA 3NG3A 1VPXA 2E68A 4N2YA 3GKAA 2A0NA 1EP1A 4E2DA 2HSAA 3SY5A 3QW4B 1SO6A 2V2DA 1H7RA 3LXAA 4JYEA 2YZRA 4Z1DA 2LLEA 3NPVA 3O1NA 1JQVA 3G1SA 4WY0A 3FLUA 1I4NA 2E1DA 1OFPA 1ADOA 5CGQA 2PRLA 1QPQA 5F2LA 4FX8A 4M6VA 3LHYA 1ZAJA 1JULA 2J9YA 1Z41A 3RFAA 3VI2A 3UPBA 4CNOA 3CU2A 2YCEA 1DBTA 5KZMA 2QJHA 3KVJA 3W2KA 1WQ5A 3MWAA 1V5XA 4B5NA 3L5MA 3L67A 3NL2A 3T40A 4PEKA 3HO8A 3OEXA 3I7RA 3S0CA 3LHZA 3PSWA 3IIVA 3R8RA 1OX5A 1PS9A 1W3IA 4M6PA 3LERA 3TQVA 1TREA 1RQBA 4K6AA 3NPXA 5D2VA 1RZMA 1KFCA 1S5WA 3KHJA 3W7IA 3Q2DA 2B7PA 3S5YA 3NL6A 5I3FA 4UTUA 3HPZA 3QJAA 1XXXA 2Q3RA 4DO4A 4U28A 5EA9A 5I3JA 4MVAA 4UTWA 4ADUA 3BLFA 4UCGA 2YDAA 3CQ0A 3HGOA 2OMAA 2J6XA 2QAFA 2ZRXA 3C2RA 4DF0A 1I2RA 3QW3A 3IVTA 4IXHA 2C6QA 3HPSA 3NQAA 4KWVA 3PR2A 5HQEA 1SU5A 1VR6A 3QQ1A 3NQ8A 5BRBA 3G3MA 5AC7A 2A6LA 1LOSA 5DLCA 4BK9A 2V2CA 4DF2A 5BNKA 3NNTA 4UTMA 1H7OA 1I2QA 5EMUA 2A4AA 3C56A 5G2WA 4UNKA 3LOTA 2XN0A 4UUIA 4ADTA 5LNUA 4HHPA 1G4PA 4JTTA 4ZQCA 3DU0A 3IVSA 1MO0A 1MZHA 4JTIA 3UWUA 1YPIA 5D2TA 1Q6RA 4MY8A 5DCDA 4FNPA 2W79A 4NX0A 1H61A 2PRMA 1QWGA 1OHLA 1KM3A 1DQWA 1SO5A 1GT8A 4RK8A 3H55A 4CNPA 1GPWA 3TK7A 4FIQA 3GXNA 4EIVA 3ATZA 1F5ZA 1KM4A 1TPFA 2VFGA 3LHWA 5D2YA 1O95A 1R2TA 2NWSA 5G2HA 4M5PA 3MHGA 2ZA1A 3E0IA 3M5XA 2E09A 4AHPA 2BTMA 5AB3A 1P4CA 4OWGA 5AHLA 2CLHA 1KV5A 1G4TA 3RU6A 3TC6A 3W1AA 4H3DA 2RKXA 1G7UA 1ZAHA 4O8RA 4MOZA 4UFJA 1R2RA 1W5MA 1TRIA 3FS2A 4HIBA 1ME8A 3C4UA 3EX6A 1KLZA 4QNWA 1TIMA 1TRDA 4NQ1A 1KM2A 3TAOA 2FIQA 2EF9A 3P61A 3B0PA 3N9RA 3GDRA 4IX0A 2GUUA 4LNYA 4NNCA 3WJZA 1YDNA 1CW2A 1G7VA 5H2ZA 3TDFA 5HNRA 4NZJA 1QO2A 1B4EA 3UD6A 2NWRA 4K39A 5F1UA 4O16A 4UNLA 4PL2A 1LRTA 1PCWA 2Y6ZA 1GWJA 3TJXA 1LOLA 1QCWA 3IIPA 1T99A 1XUUA 3BLEA 5F4WA 2WV8A 2JGYA 2VFFA 2VFHA 4L4LA 4FNUA 3LDVA 3MP4A 4IWWA 4MIMA 2ISVA 3PB2A 3GAYA 3NPUA 2ZQ0A 2Z0IA 2XFWA 2FTPA 4GNJA 3JS3A 3GDLA 1GEQA 1ML1A 3LRMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HTM A;  3VE9 A;  2PSN A;  4HB7 A;  3L0N A;  3OHI A;  2AGK A;  4PMQ A;  4ENL A;  2PD9 A;  2DZT A;  1XBV A;  3SCP A;  3TQK A;  5J8L A;  2VX5 A;  3SIM A;  3ZR6 A;  3GXI A;  4BHY A;  1HKW A;  4Q3M A;  1HJW A;  2ZXA A;  1OYA A;  4H9T A;  3B05 A;  3BV4 A;  2PLM A;  2D3N A;  2X0Y A;  3AS2 A;  1UBP C;  2C13 A;  3QYS A;  3D0C A;  1IGW A;  2YDR A;  2Q3O A;  1HKM A;  2C15 A;  5I24 A;  4NF7 A;  5EY5 A;  1YDY A;  4M3P A;  4CNT A;  4DPQ A;  1EUN A;  5KEZ A;  1WDR A;  3U2Z A;  3T8L A;  5MHB A;  3WUB A;  2A3H A;  1B30 A;  3M0K A;  2XVP A;  1GYL A;  2WMG A;  2TMD A;  5K4Z A;  2P88 A;  5A2B A;  4AY8 A;  4J28 A;  3RM8 A;  4QDM A;  1G4S A;  3BXW A;  4AFY A;  1Q7Z A;  1QI5 A;  1VYR A;  2A21 A;  5D03 A;  4KS0 A;  2G37 A;  3GTH A;  3W6L A;  2DIJ A;  1H60 A;  1HFB A;  2WK2 A;  3GYE A;  1H7X A;  1W1B 1;  3FA4 A;  3AIE A;  3M6Y A;  3A9I A;  3QC0 A;  3OVR A;  4M6U A;  3PF3 A;  2WAN A;  3WLT A;  1DXF A;  4N0R A;  4PCS A;  1LL7 A;  4NL1 A;  1HKJ A;  1LF1 A;  1HJX A;  2WPB A;  3FHQ A;  1R9Y A;  4QQU A;  4MLR A;  1FWN A; 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