1LTMA

Accelerated x-ray structure elucidation of a 36 kda muramidase/transglycosylase using warp
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
320
structure length
309
Chain Sequence
EPQHNVMQMGGDFANNPNAQQFIDKMVNKHGFDRQQLQEILSQAKRLDSVLRLMDNGPNGAWLRYRKKFITPDNVQNGVVFWNQYEDALNRAWQVYGVPPEIIVGIIGVETRWGRVMGKTRILDALATLSFNYPRRAEYFSGELETFLLMARDEQDDPLNLKGSFAGAMGYGQFMPSSYKQYAVDFSGDGHINLWDPVDAIGSVANYFKAHGWVKGDQVAVMANGQAPGLPNGFKTKYSISQLAAAGLTPQQPLGNHQQASLLRLDVGTGYQYWYGLPNFYTITRYNHSTHYAMAVWQLGQAVALARVQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Glycosyltransferase
molecule keywords 36 KDA SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE
publication title Accelerated X-ray structure elucidation of a 36 kDa muramidase/transglycosylase using wARP.
pubmed rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 309
sequence length 320
ec nomenclature ec 4.2.2.n1: Peptidoglycan lytic exotransglycosylase.
pdb deposition date 1997-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13406 SLT_2 Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.8.350 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Helicase, Ruva Protein; domain 3 Bacterial muramidase 1ltmA01
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1ltmA02
3FE0A 4HV1A 1IR9A 1YAPA 2BQHA 4KL7A 1QIOA 4YENA 4OWHA 2DQJY 4GCCA 4G9SA 4H94A 1LKSA 5E9RA 5IDDA 1XGUC 1QUTA 1GFHA 5I4XA 4B4EA 3HBHA 4LYCA 1GXV2 1LSGA 2ZILA 3QNGA 1GB2A 1FLUA 1JJ3A 2XJWA 1INUA 3WU8A 4WM1A 1GF4A 4ET8A 1UIDA 2MEEA 1HSXA 5AMYA 3WPLA 5HLLA 1VDQA 5L9JA 4GCDA 1T3PA 4E3UA 3ZEKA 4WM5A 1ZVYB 1UBZA 4HV2A 4WG7A 1A4VA 3WW6A 2H9KA 4IATA 1YANA 2NWDX 4YF2A 3CT1A 4WOAA 4B1AA 4NWHA 1B5XA 1FN5A 135LA 4WLXA 2DQEY 1FLQA 5KXTA 5DL9A 1CKGA 1EQ4A 3W6AA 4R0FA 5F16A 1I56A 1UICA 1TCYA 1XGPC 2CWIA 4HPIA 4TWSA 5D5CA 208LA 3TXJA 4I8SA 4AXTA 1LHHA 4GN5C 4OWAA 3A94A 1B7LA 1GE4A 5KXLA 2LHMA 3J6KA 4CGEA 3TMVA 5DN5A 1LMQA 1GBYA 2I6ZA 1HELA 5APEA 3WU7A 3N9AA 2DQAA 1LJ4A 1HERA 4UWVA 1LSMA 4QY9A 4RLMA 5LIOA 1IVMA 1YKXX 2Z39A 1SQ2L 1IO5A 5FHWA 5A3EA 1JSFA 1LHKA 1LSNA 5KXWA 3WUAA 1EQ5A 1BQLY 3G3AB 4DD2A 4QEQA 4PHIA 1NDGC 1IC7Y 4HPEA 2DQGY 4ANRA 1B5YA 1YAMA 4ZFPA 5KKJA 5KJ9A 3W6BA 2EIZC 3HBEX 1LYSA 2HEEA 3P66A 4DT3A 5LA8A 3AW7A 3WXUA 5LVHA 3F6ZA 4OWCA 4N1CC 5KXPA 1F10A 1XEJA 4LFPA 4NGLA 3SP3A 3HBDA 1UIAA 1JKDA 207LA 3A92A 1JSEA 2ZNXY 2XTHA 4HTNA 4NSGA 3WVYA 1IWTA 2Z2FA 4DD3A 1D0KA 1RJCB 4MR1A 1LZYA 1B5WA 1FBIX 1HSWA 1CKDA 1D6QA 3CT5A 5KXXA 2DQCY 4J7VA 5KY1A 5I4YA 1LZCA 2D4IA 1J1XY 5HMJA 1SLYA 5KXYA 1GB5A 4XYYA 1B2KA 1UCOA 1W08A 1WTMA 4H92A 4H9BA 1DI3A 3AZ5A 4LT2A 1IORA 133LA 1LMTA 2ZYPA 2C8PA 1I20A 1C10A 1WQMA 3B6LA 4HJZA 1IOTA 1F6RA 2HUBA 4HJVA 4LT1A 4OWEA 1UA6Y 1H87A 4WM3A 4BS7A 1HNLA 1KXYA 2XBRA 3W6FA 1B7QA 4B0DA 1IP4A 4IASA 4PJ2C 3TMWA 5C6LA 1OUAA 1Z55A 1LSAA 5B07A 1LJ3A 2BQBA 3AB6A 1IWUA 4H8ZA 3LYZA 1EL1A 1GF6A 1O23A 1CKCA 1XEIA 1C08C 4XADA 1UACY 1DI5A 2W1LA 1GE3A 4N0JA 2BQEA 3BKVA 4YOPA 2YBLA 5LAFA 1FKVA 2MECA 2Z18A 1JISA 1IP7A 1B5VA 4GCFA 4NGVA 4WM4A 5F14A 5JENB 4CFPA 1REMA 1BWHA 1OUDA 1WTNA 2X0AA 4H8XA 4MCKA 3CSQA 3AZ7A 4BAFA 1OQMA 1GFJA 2HU1A 4H1PA 5B59A 6LYZA 4ETEA 1HC0A 5KXKA 5KXRA 1LZTA 4NG8A 3M18B 2DBTA 1J1PY 1C45A 1RFPA 2EQLA 4C3WA 4NSHA 2A7DA 5II3A 1GB9A 2G4QA 4LZTA 8LYZA 1RE2A 5LVGA 4LYTA 4GN4A 4NHQA 1BWJA 1V7TA 3A90A 1XGTC 1HMKA 1NWGA 2ZIJA 2C8OA 1LSCA 1LZEA 1LMPA 2FYCA 4TUNA 2ZIKA 5APFA 1UUZC 1LYYA 3LYOA 3LN2A 4H90A 3TXIA 2YBNA 1IOQA 1GWDA 2FYDA 1HEPA 3TMXA 1GFRA 4HTQA 3WW5A 3WPJA 4N9RA 1E8LA 1GDXA 1XGRC 1LAAA 4J0LA 1CNSA 1BB7A 2F4AA 1LJEA 2F2NA 1BGIA 1JUGA 1LJIA 4N8ZA 4W96A 4I0CA 3ULRA 4XJFA 2LZTA 1D0MA 4NY5A 2RSCA 3TMUA 1DQJC 1LJNA 3W6DA 1JTPL 4GLVA 2MEFA 1YL1X 3P4ZA 1UIEA 3RT5X 1IWVA 2HTXA 2H5ZA 1GB7A 2BQAA 2PC2A 1NDMC 1A2YC 134LA 1GB0A 1GFGA 1HMLA 1ZVHL 1UC0A 4H91A 1PZYA 1GF8A 4H9AA 2H9JA 2MEHA 5LAGA 3WU9A 4NGWA 4DWXA 2YDGA 3N9CA 9LYZA 154LA 1KXXA 4IJ4A 1GB6A 2LZ2A 1IOSA 4Z46A 2W1XA 3TXBA 1YAQA 1T6VL 4WO6A 4DD9A 1GDWA 3LHMA 1HHLA 1QUSA 1DKKA 1OUFA 5D5FA 2DQIY 3P64A 1GD6A 1LHLA 1LJGA 1IP2A 3EO5A 2Z38A 1I1ZA 3G3BB 3QY4A 4H93A 2MEIA 4B4JA 1F0WA 3B0KA 4LGKA 2BQIA 1NF5A 1VDTA 4BADA 1IP6A 1LSBA 4NHTA 1DXJA 1VEDA 4H9IA 4NEBA 3GXRA 2DKVA 4DDCA 1AT6A 1LMOA 3E3DA 1B7RA 3WYHA 1LSDA 1B5UA 4B49A 1HENA 1GE2A 3IWRA 4H8YA 4AGAA 5J7CA 1LJJA 2HEAA 4NHPA 3ZVQA 5ILCA 1TDYA 1WQRA 2LYOA 2BQFA 2F30A 1AM7A 2CGIA 1CJ7A 1IWXA 1NQIA 5IHGA 1YL0X 4Z98A 1B7MA 2Z12A 4ET9A 153LA 2BPUA 5LYTA 1YAOA 1REXA 5C6JA 3WULA 1DKJA 1LYZA 2BQDA 1JPOA 5F9UA 4WLTA 3AJNA 4C5FA 5IELA 1B5ZA 4PRQA 1B7SA 1KIPC 1LYOA 1ZMYL 1GF7A 1UIGA 2YBHA 1LJHA 1GFUA 4FJRA 1GBOA 3AYQA 1B9OA 2A7FA 4G4BA 4TX7A 6LYTA 5I5QA 5FCPA 2G4NA 1JITA 2ZWBA 1TAYA 4WL7A 5FSTA 1REZA 4DYGA 4NGIA 3OK0A 193LA 2Q0MX 1VFBC 5LA5A 2ZYCA 1IX0A 1HF4A 1REYA 1GFAA 2YVBA 4J1BA 5K7OA 3A3QA 1LZAA 3A93A 1MELL 1GEVA 4OOTA 1QDTA 1JKAA 1LZ6A 4R6CA 5LVIA 1NBYC 1IP3A 3AGIA 5LYZA 1CJ6A 2BQCA 5A3ZA 5HNCA 4H9EA 4WM2A 2FBBA 1LHIA 2EPEA 1AKIA 1H6MA 3D3DA 1LMNA 5E4PA 1QSAA 2BLYA 1MLCE 1LSEA 1GF5A 3AGHA 4WLYA 3LZTA 2Z2EA 4WG1A 1IR8A 1LZ9A 2I26L 1IR7A 3GXKA 3RNXA 1DPWA 1HEMA 2GV0A 3A6CY 2W1YA 2AUBA 3TXEA 4DDBA 2W1MA 1G7MC 5B1GA 3AZ6A 1GPQC 5EBHA 1GBWA 1JEFA 1WQPA 1WQNA 1JTTL 4M4OA 1GFTA 2Z19A 194LA 1FLWA 4NHSA 1BB4A 3TXGA 5KXOA 1OUBA 1FKQA 4TSBA 4ZIXA 5I4WA 1KIQC 3ATOA 4NGKA 1HFYA 2CDSA 1ALCA 3TXDA 1XGQC 4XENA 5HNLA 3W6CA 2BQOA 2N5ZA 2FBDA 3W6EA 3TXFA 4WLDA 1DZBX 1BB5A 3N9EA 1BB3A 1GFKA 1P2CC 1VAUA 3A95A 4ETDA 3LYMA 4ZEEA 3CQLA 5LVJA 1LJFA 4CJ2A 2LYMA 3QE8A 1IC5Y 4FDYA 2B5ZA 2DQHY 3A67Y 4DD1A 4NSJA 7LYZA 1G7LC 2YBIA 4HSFA 1ZV5L 1LOZA 1C7PA 1WQOA 3BKHA 1CKFA 1AT5A 3W3EA 2BQMA 2I25L 2MEAA 4LYBA 1JKBA 5I54A 5ILFA 1F6SA 3AZ4A 2BAAA 3A8ZA 5HMVA 1B7PA 1JKCA 1XEKA 1JJ0A 1XSFA 1BVXA 1D6PA 1HEWA 132LA 1GE1A 4ETBA 1LSPA 2ZQ3A 5I53A 2D91A 1B7OA 4NFVA 4NIJA 3EMSA 1BB6A 2BQNA 2CJLA 4ETAA 4XJBA 4PGJB 2D6BA 4GCBA 1LHMA 1GBZA 1VATA 4NWEA 1QQYA 4N1EI 1GEZA 2WARA 1LKRA 1YQVY 4G4CA 1UIHA 5DLAA 1LSZA 4WM6A 2YBJA 3WUNA 3WMKA 1RI8B 1LZRA 5KXNA 1IWYA 2IHLA 1IY3A 2ZQ4A 4NGYA 4PRUA 1LZBA 4WMGA 2G4PA 3WPKA 1HEOA 4NGOA 4NGZA 5F9XA 3TXHA 1GF3A 1QTEA 1HEQA 3K3TA 4LT3A 4XN6A 3FI7A 4P2EA 4RDSA 4HTKA 4YM8A 1LHJA 3WH1A 1CJ8A 4QGZA 4OOOA 1NBZC 4MSTA 1XFPL 3HFMY 4QDNA 4N5RA 1DPXA 1GFEA 1GB3A 3IJVA 1NMMA 1JJ1A 1IIZA 1GF0A 1LZDA 1JTOL 1LSFA 1GXXA 2D4KA 3IJUA 4RW1A 2EKSC 3CSRA 1YKYX 3CB7A 1GAZA 1IWZA 4H9CA 5L3IA 1UIBA 1BVKC 1OP9B 2D4JA 3MGWA 5DN4A 2BQJA 5B05A 3T6UA 2BQLA 1OUHA 3AGGG 3D9AC 2HEFA 1LZ5A 1QSWA 3LYTA 5B1FA 1HFXA 1J1OY 2F4GA 2MEDA 4DD7A 1G7IC 1GAYA 1LZGA 1GFVA 5APDA 4LYMA 4DDAA 3A6BY 5KXSA 4YEOA 4L41A 2IFFY 4KT3A 5B06A 4HJYA 4EMNA 5T3FA 1NHEA 1JIYA 4PPOA 4CFOA 3WUMA 5FDJA 3OJPA 1GB8A 4W94A 4X3BA 2YBMA 1OUEA 2HECA 4H9HA 1TBYA 3WVXA 4H9FA 1VDPA 5APCA 1RCMA 1LMCA 2VB1A 1JHLA 1LSYA 1FLYA 1LZ8A 4II8A 4O34A 3ATNA 3A96A 5LINA 1LPIA 1OUCA 4D9ZA 1B7NA 4Z41A 4J1AA 1C46A 4XJHA 4GN3A 1KIRC 1LZNA 4LFXA 4OW1A 4Z3MA 1PS5A 1DI4A 2XBSA 5KKIA 4DD0A 4HP0A 2Y8PA 4A7DA 1LZ4A 3EBAB 1YKZX 2BLXA 1YILA 5C6IA 4LT0A 2HEBA 1BWIA 1GBXA 1WQQA 1CJ9A 2ZNWY 4LYOA 4WL6A 4G4HA 1LCNA 1CKHA 4NHIA 4UWNA 1IP1A 4KPMA 4LYZA 1GE0A 4GLAA 1C43A 1LZSA 3A34A 4G49A 4NGJA 2HU3A 1OUJA 5FELA 3J4GA 3RZ4A 2MEBA 3TXKA 3WXTA 1OUIA 4RLNA 1GF9A 4XJDA 5LYMA 1QTKA 2BQKA 1G7JC 1N4FA 3AW6A 3VWOA 4B4IA 1GHLA 4UWUA 3B0OA 3B0IA 3LZ2A 2HEDA 3T36A 1LZ1A 1TEWA 4RW2A 4CHXA 4NSIA 5LVKA 1QDRA 4TSCA 4BAPA 5KXZA 1HFZA 2DQFC 4KXIA 4WO9A 4NG1A 3EXDA 5FEKA 4XJIA 1D0LA 1LJKA 3P65A 3P68A 1D9UA 1IWWA 1GBSA 1IP5A 3RU5A 5DM9A 3B72A 3RW8A 2BQGA 1BHZA 1G7HC 1YROA 1NKHA 4OWBA 3KAMA 1LMAA 4M6DA 2MEGA 4ML7A 1V7SA 5F81A 4ETCA 3A91A 1FDLY 1EQEA 3CT0A 1WVUA 4U3XB 3WL2A 1B0DA 4EOFA 1IEEA 4XJGA 1OUGA 5HQ1A 1VDSA 2DQDY 2Z37A 4TTDA 1JWRA 1YIKA 5LXWA 4GCEA 2YSSC 1IC4Y 4YEMA 1W6ZA 1UIFA 1IOCA 5L3HA 5M1YA 1IY4A 4DC4A 1LTMA 3CSZA 5KXMA 3ZVQB 1WVVA 2LYZA 3M3UA 1KXWA 1AZFA 3A3RX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HV1A 3VK8A 4YENA 1L38A 4OWHA 4GCCA 5E9RA 5IDDA 4RNAA 1XGUC 5I4XA 1GFHA 5DFLA 2ZILA 2APLA 1FLUA 148LE 3GLFE 234LA 1Z5BA 1N33M 3HJSA 1GF4A 3WU8A 5DNYA 1G59A 1VDQA 1XMQM 4GCDA 1L67A 3HT8A 3MK6A 2XEPA 2B3TA 1V33A 4F2LA 1OVJA 3CT1A 4WOAA 1NY5A 1L71A 4XGIA 1FN5A 4G6ZA 1FLQA 3FRHA 4R0FA 4DQ7A 1I56A 2GNOA 1L29A 3GUIA 3T38A 2CWIA 1PQJA 1LV7A 3QWLA 4I8SA 1LHHA 4DV2M 1B7LA 1GE4A 183LA 3DOAA 4QY9A 4RLMA 3A46A 3LVVA 2Z39A 5A3EA 1IO5A 5FHWA 1LHKA 1TH4A 3BBZA 1BQLY 3KOYE 1L79A 2F5QA 3K1JA 4ANRA 4RF1A 4G4NA 1YAMA 4AQNA 4P17A 3W6BA 3HBEX 3NBXX 2XFTA 5LA8A 3WXUA 1QT5A 3F6ZA 4DQJA 4AG6A 1OV7A 4NGLA 1T8FA 1UIAA 199LA 3SHGB 3U6DA 1J5EM 2MROB 4JI1M 4HTNA 2XTHA 1D3JA 4DUZM 4ARMA 1D0KA 1SSWA 1LZYA 4F1IA 1CU3A 1L17A 219LA 2R4JA 1J1XY 4GC5A 4XYYA 1UCOA 1WTMA 4H9BA 1L94A 1P3QQ 2LH0A 3PVSA 1L82A 2QBYB 1C10A 2EKKA 4LGMA 2HUBA 4R3DA 4HJVA 4OWEA 2RAZX 138LA 1HNLA 2DAGA 2QENA 1B7QA 3ZCBB 1OUAA 4M0DA 4KHPM 2QSFX 3SYLA 1XEIA 3AKZA 1ZMWA 4REZA 1UACY 1IQPA 4N0JA 1GE3A 3SYKA 1Z5AA 3EIHA 5ITXE 4GRVA 1JISA 1IP7A 4GCFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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