1LZO | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
publication title	Structure of the Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase-phosphoglycolate complex in two crystal forms: characterization of catalytic loop open and closed conformations in the ligand-bound state pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	89
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-06-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1lzoA00

1A5SA 5AHIA 2E6FA 4IX2A 3F03K 2OCZA 3P5ZA 4QJ1A 2Q8LA 4I9AA 5TIMA 4UC5A 3O15A 2A2IA 4BR1A 4DF1A 5ABTA 3MJYA 2QUVA 2V81A 4GJ1A 1TJPA 1A5BA 2V2HA 3UWQA 4NJIA 3B0PA 4ZMGA 2VC6A 4MVAA 5LGZA 1I2QA 1DQWA 1M7PA 3B8DA 4JD4A 2BTMA 4O1BA 1XDMA 3KOFA 5D03A 2Q3RA 3R2GA 2NZLA 1RR2A 4MJMA 3IIVA 5G4WA 3UNDA 1IXNA 4LUJA 3TROA 4OWGA 5SWUA 5LNWA 3G1HA 3L67A 4E2BA 5K4XA 1W56A 3V1PA 8TIMA 2QUTA 3IIPA 2E6YA 2X1SA 3LTYA 1LOSA 3QEZA 1LRTA 1PHWA 3VNDA 4WY0B 4M6VA 4ZZ9A 4NJGA 2PC4A 2Y89A 2HTMA 1OFRA 2TPSA 4PTNA 1ZY9A 1OFOA 4O11A 2CZEA 1VH7A 4UIOA 1C29A 3KXQA 3P61A 4UTJA 4UMAA 4UTIA 3RK8A 1UASA 2QCGA 4AF0A 3M41A 3UZJA 1GVQA 3BW3A 4DO6A 2ZZ2A 1F7BA 2YGYA 5BRBA 3BG3A 2DZUA 3W76A 3GX9A 3BG9A 4JXCA 1ZCOA 1M6JA 2AGKA 1K3UA 1CW2A 1I2RA 1FUYA 5J5DA 3R8RA 4LV4A 1PIIA 4FB7A 5EMUA 3PUEA 3CWNA 3FA5A 1EA0A 3EX4A 4Q32A 1NVMA 3SZ8A 2D73A 3IGSA 1TV8A 4D2JA 4BI5A 4IQLA 1O5KA 1OHLA 3NO5A 1B3OA 1G7VA 4LT9A 3GXTA 2VENA 1MSSA 3CQ0A 3QW4B 3C56A 4Z1BA 4MOZA 5AHMA 3L21A 2FPTA 5D2XA 4AMAA 5H2ZA 3C2EA 4NU7A 4FIRA 5DBTA 3FOKA 3W2JA 3CM4A 1OVDA 4LOCA 4S2CA 5D05A 2NV2A 2JGYA 3TIMA 2NXGA 1KA9F 2Y88A 2WNNA 3G22A 1QPNA 2QCNA 5F4XA 3NAVA 2A6LA 3DENA 2ABBA 1THFD 3G0SA 3FS2A 2YSWA 4Y96A 3SFKA 1R2TA 4LC8A 2VELA 2ZA2A 3W7JA 3CEPA 3NXFA 1OX4A 2WOQA 4KWVA 4M6QA 5HWJA 1XUUA 3HG4A 4OU1A 4MZ8A 1QPOA 2JKAA 1N7KA 4HPJA 5F2GA 1OFDA 2OX1A 1L6SA 3PWAA 3TE9A 3CIXA 1YTKA 4ORMA 3LXBA 2FFCA 3W7OA 4JIPA 4S2BA 6ALDA 1ZNNA 2UV8G 2TMDA 5CG7A 3S8HA 1I2OA 3GAYA 1K7XA 3QW3A 3LV5A 3UWYA 3M5XA 5CSSA 3P8IA 3P67A 4OV9A 3I6RA 1EPXA 1TSIA 2NXHA 3NYZA 3W73A 5FEPA 5DY3A 3TMQA 3WK3A 2P10A 4QQ3A 3JRKA 1G7UA 1QPRA 2OT0A 3W23A 4CNNA 5D33A 4ZVJA 1K02A 2RDUA 2Y7DA 2ZTKA 3F4NA 3PULA 4MLJA 3ANYA 2ISWA 1Q6QA 1SUXA 2B7PA 2QUUA 4Q4KA 3W71A 1H7XA 3I68A 1XBVA 1TRDA 2TYSA 3QSRA 1WOBA 3W7QA 5HNRA 3B0VC 3NOEA 3U2OA 3W3OA 2X2GA 2NLIA 2YX0A 1PVNA 1O5XA 3MHUA 1J4EA 1DORA 4NNCA 3G1VA 1C8VA 1JRBA 2Y7EA 3MBFA 2A85A 3NL5A 3ZFHA 1BWLA 4LS2A 5EBUA 3HGOA 4S1FA 2Y70A 1TPC1 4Y9AA 2DZTA 4QNEA 1OFAA 3UXAA 5D02A 2JBMA 3IVSA 1JQXA 2Q8ZA 3W74A 1VRDA 1GYLA 1VYSX 3VFLA 1KM3A 3N2XA 3LHTA 4KFPA 4O8RA 1TQXA 1X8FA 3QRHA 2EHHA 1KLYA 3LDVA 2E6DA 4HNVA 1AW5A 4MZYA 1PV8A 3A9IA 3LRLA 2WKJA 4PH6A 3W7EA 1PCWA 4HN4A 2FPVA 2X1TA 1VJIA 4R53A 3UY8A 1SU5A 3NQ8A 3MBDA 5L6UA 4HT3A 5E0KA 2HS6A 3G0XA 3BO9A 1VLIA 3NM3A 3FEMA 4LVBA 1SZEA 3A5FA 2Z6IA 1LM1A 5CPLA 1XKYA 1WQ5A 3W7IA 3M9YA 5HQEA 1MEHA 3MMTA 3BLEA 1T96A 4GXMA 1NF0A 3GNNA 2H3BA 1XBZA 3HQ1A 2FQIA 3HMJG 4DELA 1KTBA 4KKXA 3MHGA 3RFAA 3PB0A 3TH6A 4MZ1A 1EX5A 4JTFA 2FDSA 3T55A 4WX2A 2EKCA 3DAQA 5KSWA 3S5ZA 4O17A 1HG3A 4JY8A 2P0OA 3NL3A 2CLHA 3PBUA 3ABOA 1SR9A 3W2NA 3TSBA 1W3IA 1WDWA 1NAL1 3DU0A 5MHBA 3DFPA 3EX2A 2PCQA 4ORIA 5J5RA 3C3NA 3W7GA 2O7QA 2NWRA 1H51A 2RKXA 1KV8A 4JS3A 1GT8A 3O6CA 4EWND 2GVJA 4DF2A 1GG1A 4LS0A 4ADTA 4JYFA 2NXIA 3CIWA 3TXVA 2GVGA 1VGAA 2PRHA 1JUBA 3WJSA 3TXZA 1H7RA 3U8GA 2Y6ZA 4HIBA 4X9SA 1XC4A 2VFHA 3DKLA 1KM0A 2VFDA 3NQFA 2NUYA 1LBLA 3KVJA 1WV2A 1GTEA 1LZOA 1W5MA 2EAWA 4O1AA 1DQXA 3NQ7A 1O95A 4TIMA 3YPIA 5FF0A 1G69A 4WOZA 2CLIA 5LGXA 3W7RA 4MJZA 1FWWA 4WUIA 5TQLA 3OA3A 2Z2UA 5EKYA 3ZR4A 4LTSA 1GTHA 4WQ6A 3P62A 1FWTA 1Y0EA 3DHDA 4JICA 3TK7A 3BW4A 1HO1A 1OYBA 2ZZ4A 4FNSA 2I14A 1TO3A 3S42A 5HULA 1OG0A 2X1UA 1R2SA 1WXJA 2CZDA 1V5XA 1S5TA 1OX4B 3NQ2A 4QM1A 4DO5A 3W2MA 4IWWA 3VE9A 3C2VA 4HSOA 1G6CA 4JTUA 4K38A 1ALDA 2HMCA 5FEWA 1JUEA 1K8YA 1UUMA 1IXPA 2VOMA 3VCRA 1RPXA 3KVLA 4PL2A 2FB3A 1OF8A 3R5EA 3N9SA 3LI0A 1LTDA 4IMEA 2XN0A 1MO0A 3MI6A 2JKEA 5I3KA 4LNYA 3P80A 3TFCA 4PA8A 4O4WA 1QPQA 4O4VA 3VKJA 3KRSA 2E5BA 5G2HA 4Z1AA 3KX6A 1W54A 3L5AA 3TDFA 5AYXA 3NQCA 1X7FA 1WA3A 4O1DA 3W1AA 4UTWC 4JR5A 2QR6A 3ABRA 2GOUA 5AHEA 1ML1A 3UPWA 3L65A 3PC0A 1FWSA 3ZWSA 1K8XA 1H50A 3R12A 3QQ0A 3LGEA 3UPBA 5F1UA 5FF4A 4O54A 3BLIA 5D30A 1E51A 1R47A 4RZ6A 2J24A 2ATMA 1ZENA 1A50A 4IXHA 3W2UA 4UTHA 5DCDA 4JTIA 5L9FA 2V82A 1SO6A 1WYIA 3P5YA 1DVJA 2VKZG 1W8SA 2GQ9A 2QCDA 2V30A 5K4ZA 2Y63A 5DCBA 2CLLA 1LBMA 2DORA 2DZWA 4ADUA 3IGXA 5H91A 3GDTA 1W37A 1SO3A 2ZZ1A 4Z0SA 3W72A 3A24A 5HR7A 3G18A 1H7NA 2G97A 4JDBA 2YXGA 1OF6A 2H8ZA 3EKLA 3G8EA 2NUWA 4IOTA 4R34A 4XBKA 3IIXA 4IMDA 1DOSA 1K03A 4JNMA 4O52A 4A22A 3NL2A 4KFOA 1FDZA 3W1TA 2W6RA 2JKPA 1QCWA 1TYGA 2EGZA 3L5LA 4ZQMA 1Q3NA 4H4IA 1V7YA 4N9EA 4I7UA 1O60A 3M7WA 4U28A 3MYOA 3PUOA 4K6AA 3SJ3A 4CCDA 3BK0A 3GDLA 4FX8A 5EYWA 3UWWA 2VEPA 3NDOA 1NSJA 3SY5A 3W83A 3NL6A 4NVTA 1GZGA 4MLRA 4P2VA 2F7FA 4LC6A 3L2IA 2QF7A 3S5NA 3USBA 1RQBA 1ZHAA 3NQMA 4N2YA 4HKPA 1YPIA 3NQVA 4WXZA 5DBUA 2ZCGA 4RK8A 4Y90A 3LM7A 4K36A 4RXGA 1LORA 5CZSA 1K7FA 3T40A 5D2VA 4DEFA 3EKZA 1KM2A 3PUDA 3NPUA 1LOQA 4PEKA 3HJZA 5LSMA 5K2ZA 1TTPA 4H6KA 4RKAA 4OV4A 1W5PA 3OVQA 4DPPA 5IBXA 4MPQA 1P4CA 5LNVA 4JDYA 3W7KA 3TAKA 4JN6A 1OX6A 3NQEA 2DZSA 3L0GA 1RV8A 1W1ZA 4N9BA 4BI6A 3DFTA 1XBXA 3GAKA 1KBIA 3NQDA 4ZQPA 3ATZA 3OHIA 4BWLC 4GUFA 2NX3A 3BV4A 5I3JA 2H6RA 3HOJA 1A5CA 3EX1A 4G1KA 3NQGA 2CW6A 3T4CA 2ALDA 3G1FA 3W2KA 3CTLA 2ZZ6A 3K30A 2RHGA 4BWLA 4XTDA 2V0TA 4GE8A 1KM1A 4M7TA 1KM4A 4C1KA 5F2MA 3UD6A 1XXXA 4X3ZA 3T78A 4I7VA 2C6QA 4OT7A 3TUUA 3GLCA 3LCXA 4XBSA 1ICSA 4JX4A 1WBHA 1ME8A 3G24A 4A2RA 4NZFA 3RF9A 5EY5A 2BSLA 1W3TA 2A7NA 3Q2DA 3LLDA 1W3NA 1YADA 3LI1A 3IEBA 3WJWA 4IUOA 5D04C 4HSNA 1OABA 1Z48A 3UWUA 1B57A 5FF2A 4LVGA 1BTMA 4QAIA 2NX1A 3DGRA 1Q6OA 1YLVA 2VXNA 1TQJA 1FBAA 1MZHA 4IX0A 3W22A 1VZWA 1SFJA 4O13A 1LDCA 2ZDRA 1VCVA 2ZYFA 4FIQA 1KW1A 2CWNA 5KZDA 2QJIA 1LLWA 3P84A 5CKSA 4EIVA 4UTUA 4PODA 1S5WA 4CCCA 1OK4A 1SO4A 3N2MA 1GVSA 3E49A 1L2UA 2ZZ3A 1N8FA 1O94A 3GYEA 1YDNA 3TV8A 1P1XA 3GXNA 4FO4A 1KM6A 1XL9A 2OJPA 4JYDA 5BOOA 3CEUA 4N6FA 2GVLA 2Z0IA 4M6PA 1VCGA 1SW0A 1OYCA 2VFIA 3OEXA 1AW2A 7TIMA 4NJHA 2Y7GA 4IPIA 3UWVA 1QAPA 4XZ9A 4E38A 2QEZA 5CPOA 4DO4A 4MKNA 6TIMA 2ZFAA 1SSDA 3DHFA 1JQVA 2YCEA 1GYNA 3KVMA 2EPHA 2RFGA 4AVFA 3UZ5A 1L6WA 3D0CA 4AAJA 2DP3A 3G0UA 1OFQA 1JRCA 3TA6A 5A5WA 1L9WA 2ABAA 4FNPA 4PFMA 1YXCA 3LBCA 1EWDA 3DFOA 4K37A 1FXPA 2J9XA 4FX7A 1H5YA 2DZVA 1X1OA 3WJYA 1LRQA 2QCDB 3TW7A 1TPVA 3LTPA 1B4EA 1SQ7A 2GPTA 3B05A 2A1YA 1KFEA 1F74A 3GDKA 3R89A 1VHNA 3M5YA 4AXKA 3AJXA 3IV3A 3EWZA 1FDYA 2PE4A 3NM1A 1CX9A 3I65A 2WJZA 5BMXA 1NFBA 3A22A 1LP6A 4UFLA 3QF0A 1BKSA 4PC8A 5I3IA 4M5PA 2DZPA 1M5WA 2WPBA 3LHVA 3W7HA 3TW6A 1QDSA 2IQTA 4UFKA 5C6MA 1TPB1 3BVJA 4LVFA 3SI9A 4XWUA 4N9CA 2C16A 4N02A 3LTSA 1RQHA 1LYXA 1SFLA 1H63A 1ME7A 4NNAA 2ZBTA 2WQPA 2V2DA 1TPEA 3M44A 4JX6A 4RR4A 3LBMA 3B0UX 4FHAA 2VEKA 5EA9A 1ZFJA 2PRLA 3W1RA 1N55A 5CPNA 1JVNA 4FNQA 3W1QA 4A2SA 4ZQOA 5G1TA 3GKFA 3LCFA 1MEWA 2ISSA 2J6XA 1JCMP 3LHZA 2DU2A 1IXOA 3PY2A 1VYPX 2OZ0A 3I7QA 2JGQA 2GUUA 1TCDA 3ZS4A 5E93A 2RDTA 4E2DA 2CLEA 3M47A 2G5WA 1QOPA 1H60A 1F05A 3MO7A 1LCOA 2OT1A 3DBPA 3WK2A 3TR2A 3DXIA 4HHPA 3NGJA 3L0NA 3QM3A 4L4MA 2NV1A 4FNTA 1ICQA 4CNOA 2LLEA 1AMKA 5AHFA 4JTEA 3M43A 1VPXA 1LBFA 3O06A 3CU2A 3H55A 3EXSA 5IM51 3G1SA 3KVKA 2FTPA 3P82A 2H3DA 3SGUA 4UXDA 3W7CA 1ICPA 3MP5A 4O0ZA 5I3FA 3TU9A 4W9TA 1Z42A 3BGGA 3S5YA 1XM3A 4JEQA 2W79A 4AWSA 3TSDA 4M19A 2E5CA 3B06A 1CI1A 1I2PA 1HFBA 2CLMA 2C15A 4AF0B 2Y61A 2VFEA 1VLWA 4JTJA 1KV5A 4LRSA 4UFHA 2ZRVA 4UTTA 1G4TA 3M6YA 4LS1A 2A6NA 1X6UA 2QCEA 2A21A 5AC8A 5D2WA 3QJAA 5LNSA 1OX5A 3N9RA 2A4AA 3S9YA 1SZFA 5F2IA 2J9YA 1YTDA 2I9EA 5DELA 5F2LA 3NVTA 2G95A 3C2RA 1W5QA 3BW2A 3LHUA 3NQ6A 4AHOA 2Q3OA 1F76A 1Q6RA 3EX6A 4WY0F 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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