1M1KO

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 51
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1m1kO00
1K8AO 3CCVN 3CMAN 1YITN 3CMEN 1W2BM 3G71N 5JVGL 3G6EN 2ZJRL 4WCEL 1M90O 3PIPL 1Q81O 3PIOL 3CCUN 1VQMN 1VQ6N 1Q7YO 5DM6L 3CF5L 1YIJN 1K73O 4IOCL 3CCJN 1YJNN 5GAGP 1S72N 3J7ZO 3CCQN 5GAHP 3CCEN 4WF9L 1VQON 4WFAL 1Q82O 3I56N 4IO9L 3CCRN 1VQLN 1M1KO 1YHQN 1VQ5N 3CD6N 3DLLL 1KC8O 1VQ8N 1KQSM 1QVFM 3CC2N 1VQ4N 4U67L 3CCMN 1YJWN 4WFNL 4UY8O 3CC7N 1QVGM 1YJ9N 2ZJQL 3OW2M 5JVHL 1VQPN 3CPWM 5DM7L 1VQ7N 5MLCQ 4WFBL 5GADP 2ZJPL 2QA4N 1YI2N 2QEXN 5H1SQ 2OTLN 1JJ2M 3I55N 3G4SN 1OVYA 1VQ9N 3CXCM 5GAEP 1NJIO 1VQNN 1VQKN 3CCSN 1ILYA 2OTJN 1KD1O 1K9MO 5HL7L 1N8RO 1Q86O 3CCLN 4IOAL 3CC4N
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMAN 2Q0RA 1TVRA 4KHPK 4PKIA 4CK3A 2NRZA 3G6EN 1XMOK 3TSUA 3EKSA 3UE5A 5FRNA 4WE1A 1F21A 5KPRA 1WAJA 2YJFA 3VF2A 5BRFA 1VQMN 2JLEA 3KK1A 2VGNA 4BREA 3K9KA 2PYLA 5C0YA 3FZFA 2P9PA 2W40A 1LV5A 2CGLA 1GLFO 1TKDA 3VQ8A 4KAZA 1KAYA 3K5OA 3O9RA 1VSKA 3CI5A 5AQKA 2VWBA 5AR0A 3T19A 3AO5A 4Z4CA 2HMIA 3I56N 4O44A 3CJ1A 3K2PA 1REVA 4FPBA 3WXIA 3SBTA 1L3SA 4LF4K 3SUNA 1NGAA 4BACA 1UWBA 4E1MA 4FJLA 1VSEA 4DKWA 5J2MA 1ASUA 3QICA 1L5UA 4DB3A 2ITGA 2P9IB 4B1VA 5BREA 1Q18A 1XQSC 1JKHA 4CVNE 3VEOA 4O5FA 2GUIA 3ZT1A 3E01A 3GBTA 4B9SA 1QQOA 2IGIA 3O3FA 1Q9YA 4JD2A 4FJMA 3O9TA 2V52B 1WSHA 4CZLA 4DQPA 4PHTX 3CPWM 1XNQK 2NRWA 5M1NA 1VQ7N 5MLCQ 3AA3A 5F1XA 4DV1K 1S22A 4CERA 2HVHA 1TUUA 5KRTA 3MK6A 1B9DA 1WSFA 2KKZA 4KHSA 2DFFA 3AO1A 1C0TA 4B1WB 2OTJN 1NLVA 3AVAA 1NK0A 2E2QA 5LL6Z 1BA0A 4UQGA 4E7JA 5GIOA 4AILC 4B9NA 4R79A 3NH0A 1HYVA 3ID8A 1WSGA 2YHAA 2F7TA 4FWMA 1GLBG 1IO2A 4DR4K 1VSJA 3MN7A 3WXJA 2DTUA 4JI7K 1HQUA 1WNSA 3WNFA 3ITHA 3K59A 1Z25A 4ZHRA 4FW1A 4BC2A 3D45A 4O0IA 2W6LA 3PIOL 2I7PA 4KRFA 3FLCO 4KHQA 3EZWA 4DQSA 1H1VA 5FPEA 1RT3A 4TSXA 2P9PB 3LAMA 2F8TA 1S9EA 3K0SA 4JI1K 1G15A 4F2SA 3FFKB 1RBUA 1TV6A 4GVMA 4E19A 1TKTA 3CETA 3CYMA 4IG3A 3A2FA 1Q82O 1TGOA 3CQ8A 1Z26A 1HNVA 3O8MA 2UUAK 1JLBA 1ZBIA 3D0PA 3V9WA 1RBTA 4J2AA 4FWLA 4BRQA 3WNHA 1EWQA 5AQHA 4YDUC 3RMDA 3R9PA 4PA1A 3OYNA 4YFUA 4B3OA 5C2FA 1X3MA 4XIUA 1VQ4N 1UA0A 5AQZA 4CJVA 4FJGA 3L0QA 3E1YA 2G8IA 4NLBA 4F3OA 3MXJA 4BE2A 4DTPA 2YNFA 1NGBA 2KTQA 1KVAA 4DFKA 3LANA 2O4IA 3S3MA 3MX2A 1HMVA 4CF8A 1YI2N 4H0PA 2QEXN 1VSFA 1YT3A 3W3DA 2E88A 4XH5A 2DFHA 2BH1A 3QNOA 4JKCA 5I9EB 5J2NA 3T1AA 2AJQA 4NCGA 1S9GA 4FZZA 3ZEUB 1JLCA 3N4PA 3U4LA 4B9MA 2ASPA 4RCHA 4BE0A 3OYDA 3LWMA 1ZBUA 1LW2A 2OANA 3V1RA 2KW4A 3C7NA 2FSKA 1K8AO 1KLMA 1E4FT 3PX6A 4RG8A 1SL0A 4CCHA 4JI2K 3NGIA 3KWIA 3RRHA 3PIPL 4OVLA 4DUYK 2CH5A 3PV8A 2KZZA 2QW9A 5B8HA 1TL3A 4JI8K 1HUXA 3CF5L 3EY1A 3C0BA 3I8DA 4LY7A 4FK0A 1BISA 3I8BA 2RF2A 3CCJN 4YOUA 2BTFA 1NJWA 3NVMA 2HBLA 4IDHA 3ZYYX 3LM2A 2OYQA 2P9SB 4FK4A 3V9XA 3AA2A 1NWKA 1RT7A 2O8DA 4BGBA 2DPNA 2OPQA 4CZGA 3KLEA 1VSIA 3FZHA 3SQ4A 1I39A 3ASMA 2YV0X 1L3VA 3OS2A 1BL3A 3VQAA 1VQ8N 2HSTA 1CZBA 4BRAA 1KQSM 1NG9A 1IBMK 3VGKA 3RR7A 2BUPA 2Q36A 3BF3A 2F96A 5AQGA 5TKYA 4DG1A 1BQNA 2AP1A 4C8KA 3LDSA 2OZMA 3ENOA 4F3TA 2IC3A 1FJGK 1Z6RA 4K43A 3MWPA 4ISEA 5I3UA 3O9UA 3R3LA 3L2UA 3E9OA 1ZBHA 4Z4EA 2EHGA 4M45A 4YNQA 4CD1A 4KTQA 3C6AA 3VEXA 1BI4B 4Y0WA 3LDLA 4W5OA 3VEZA 2HNDA 2QWOA 1NNEA 4FLVA 1VK0A 4XEIA 4BRHA 3THXB 4OJRA 3OYBA 3C7NB 4FWPA 5CHIA 2DFEA 4BQZA 1JL2A 1JLQA 3QB0A 1S6PA 3AVBA 5E41A 4DSJA 3MX5A 1KVCA 3C6HA 3WEEA 4M7XA 4AQYK 2CGJA 3OBWA 3LP2A 1M90O 3AY9A 1RBSA 2GWKA 1RTIA 3NAEA 3CCUN 3EE9A 4CFDA 1RGIA 3TAGA 4A5BA 3SCXA 3RMCA 4LF8K 4JKBA 4K8XA 3ULEA 1ZC6A 4M3ZA 4C8OA 3QNNA 3VEYA 3ZSRA 3NH2A 4E3SA 2HVIA 2XRIA 4O8UA 5CYMA 3O3HA 3VF6A 3J7ZO 3KD5E 2O8DB 3MMVA 3DLEA 1W97L 1U47A 1VQLN 4BQLA 4CF0A 4BC4A 1HJOA 3HRGA 3AVHA 2FBXA 3LP0A 2G8KA 1LOTB 3PX4A 2V7YA 1C1CA 4CJ7A 1K8KA 3U6FA 4K42A 3SJJA 4AH9A 5AZIA 3U3YA 3ZETA 3T1HK 1QS4A 3F5TA 3NF7A 4M3YA 3SBGA 3OYFA 2CH6A 4FZXC 4AF1A 1SKSA 2JWKA 4M63C 3CCMN 2QKKA 2WOMA 4GW6A 1YJWN 1TAUA 4FM1A 4CJEA 3HZ6A 4DCHA 1LWEA 1YJ9N 4CJUA 4NCAA 1A5VA 3TTCA 4H4MA 4FLUA 3L2RA 3C6UA 3K5NA 3OBYA 4OLBA 3AO3A 3HI0A 4EIAA 3LDPA 4DV2K 3O1WA 4JKFA 4ELTA 4LF6K 5AQLA 4FL9A 1GLJO 1HNXK 3SQ2A 2PY5A 5F0XA 3TTFA 1IBLK 4B9LA 3FGUA 1TUYA 3L3VA 5AQTA 5KGWA 3TI0A 1N8RO 5HRPA 4CGDA 1OH5A 3AVGA 4QAGA 1RDCA 3CC4N 3FZKA 4A61A 1NJYA 4JKAA 1JLAA 5FPDA 4DTNA 4I9LA 4FJHA 4M3XA 3HPGA 3CG7A 1ESVA 3B6OA 3B8AX 4BE1A 3S3NA 2ZJRL 4FJIA 1E4GT 5C12A 1X9MA 4EZ9A 3CM5A 1D4XA 4KV8A 2VG5A 3DRSA 3VTHA 1NK8A 1WSIA 1Q81O 1JLFA 4BROA 3SUPA 2LSNA 4B8AB 2HHHK 2Q2RA 1KTQA 1BCMA 3TU5A 2Q3SA 3SUOA 3ULEB 3SQ0A 1SQKA 3E66A 3TPQA 2XY7A 5AQFA 4LFBK 4X65K 1XHZA 3Q7CA 1D8YA 2D0CA 1EQYA 2NRHA 1NOYA 1DT9A 1QZ6A 4V19S 3SK3A 4IO9L 3CQYA 1M1KO 3HTVA 1LWCA 3LP1A 4DR3K 4CEOA 3MDQA 5F2RA 3VGLA 1K8KB 1KC8O 5AQRA 3ZT2A 5AZIB 4YY3K 1SS6A 5AQIA 4H0OA 4FJ8A 3J7AP 3CFPA 4CJTA 1C6VA 3QIPA 1NGIA 3O3GA 4EHUA 4R5PA 1SZ2A 4Z4HA 3HK2A 4C1NK 3D2FA 3L2VA 5JVHL 2F9TA 4CEBA 2QWQA 4BC3A 2OPRA 2D1KA 3A0IX 2P9IA 1SKWA 4I2QA 2O8EA 4KTZA 2G8WA 1HR0K 4CHZA 5KTQA 4DSFA 3QEWA 3CCSN 4ID1A 3AO2A 4CJ5A 1KD1O 4YHHK 5M1KA 3SV3A 4NB4A 3P31A 5AQNA 1A5XA 3O6WA 4BDYA 3TWHA 3UKRA 3OYAA 4Z0UA 2P9UA 3V9ZA 1T7PA 4C1NI 5KQ8A 3VQ7A 4B1UB 5AQOA 5HROA 4DR2K 4IFEA 2XO7A 1VAZA 1TYQA 2W6KA 1NJXA 3G71N 2CGKA 1NKCA 2UU9K 4B3TK 4EZ6A 4YOXA 4M3RA 4BGAA 1YTUA 3L2QA 3C6TA 4CD3A 4CEQA 4OX9K 1JL1A 2GELA 1JXEA 2E1ZA 4FJNA 1OH8A 1S1XA 1K73O 1O1WA 3NH1A 1U49A 1U04A 3A5MC 1W7AA 1XC3A 4KB0A 4WF9L 3S41A 3NDKA 2ZWHA 4H5VA 3VGMA 1FKOA 4PY5A 4CZFA 4IJAA 1VQ5N 2XY5A 4H0VB 3AVFA 1T44A 4CHPA 3NFAA 5EVZA 4JAXA 5CZ1A 1BO5O 4F9OA 4E7KA 2YNHA 1J53A 3O4NA 2F4VK 3AVCA 3ZX0A 3ATUA 3L4IA 3K57A 2FLOA 2ASMA 3D2FB 5AJ3K 3NCIA 3NGYA 4KI4A 4GMJB 3O4QA 3SMPA 1S5JA 5ADXA 4LFAK 4W5RA 4DR5K 3OS1A 4YOVA 2QK9A 3ENBA 1IKVA 2O8EB 5CY4A 2E4LA 2KQ2A 1NJIO 3NBPA 1JCFA 3QERA 3AVKA 4DQ8A 3S3OA 3LM9A 1YXQA 3H3OB 1ILYA 2HHVA 3M8SA 4JI0K 3U9ZA 4JYAK 5AQPA 1OVQA 3P83D 3UKRB 2P9UB 3VPZA 2F8SA 1MDUB 1XHXA 1ZBFA 5KQDA 4N56A 1NK7A 3ZSZA 5C25A 1TYQB 1WBDA 4BWJA 2QTDA 1NK5A 2WBNA 5JVGL 1EX4A 4CZMA 1NMDA 1NGCA 3EN9A 1RBRA 1KRPA 3ZEUA 4DFPA 4PL7A 3WQUA 2P9NA 3HVRA 2A1SA 2JWLA 2KHOA 1VQ6N 4K41A 1QQNA 4JKDA 4ILJA 3KKRA 2A40A 2B6AA 3VQ6A 1YIJN 4CJ4A 3K9JA 3NHGA 3VENA 3SQ1A 2RKIA 4BR4A 3PY8A 3CJ7A 4JKEA 3TAEA 3CCQN 3MXIA 1BGXT 2Q0UA 5ELZA 4FLZA 3EEQA 4MQ3A 4CESA 2D0BA 3QO9A 4I6MB 1N32K 1WOQA 4DLEA 4HCCA 1JCGA 4QS9A 1RNHA 4CIFA 3IRXA 4CK1A 4BR0A 5KPTA 1ZBLA 3BZKA 3HSCA 3QEPA 4WQ5C 2IS3A 4CFAA 3VA3A 4JN4A 2UXDK 2P9SA 2X74A 4H8KA 4BRDA 4FK2A 3OHRA 1QSYA 4FO0A 2OZSA 4JK9A 3SPZA 3A5LC 3J80O 4G9ZA 4DWIA 4CZHA 5GADP 2PAVA 2P51A 4BR7A 4CHQA 2FSJA 4FJ9A 3GE1A 5FDLA 3AA5X 4HTLA 1LAVA 3LDQA 3G25A 5BPLA 5AQQA 2G8HA 4PUOA 5GAEP 1HLUA 1RT4A 3R1XA 3OYKA 2NRRA 1RDWX 1L3TA 3TARA 2QXFA 3VESA 1SUQA 4A62A 2A41A 4CZIA 1NK4A 1BDGA 4MLHA 4NO7A 4CW7B 2H3GX 4FOEA 4CEAA 1JLEA 1U2VA 3KK7A 1W2BM 2HHXA 1BI4A 3G10A 3VQCA 3NF8A 3CJCA 2FF3B 4GVEA 4ILGB 4MFBA 2P9NB 4C8NA 5BRHA 4IO8A 1NU0A 4XH4A 1NKBA 1BU6O 3L3UA 4FLXA 4QCLA 4A57A 2VG7A 3THXA 3IKMA 5DM6L 3SI6A 1GLLO 3E9PA 3ID6A 1TK8A 3NVKA 1RCHA 5C24A 4CJLA 3OY9A 4JI5K 1KFDA 1YJNN 4CHOA 4LH5A 1J54A 4KBOA 3BF1A 3KK3A 3HM8A 2NRTA 1VQON 1N6QA 1DEJA 2RN2A 1BOTO 2Q97A 1IKXA 5HRNA 4BRCA 1DGKN 4DHYA 4FWSA 3DYAA 4IFYA 4DV0K 4CIEA 4OGCA 4IJNA 3SMSA 3ISNC 1EXQA 1Q9XA 4KREA 2P5OA 1QTMA 4FVUA 1YVUA 2IVNA 3UB5A 1ZXOA 4JI4K 5HRRA 4NXMK 3HBTA 4ISFA 2QI2A 3SPYA 4HHTA 3PLAA 1HPMA 3C95A 4CBWA 5SZTA 4X62K 2A5XA 1UOCA 1YTAA 3CERA 4H5TA 1U4BA 4DS5A 3LZJA 4KPYA 3O08A 3BGRA 4O5BA 1NKEA 4K25A 4M3WA 3VQ9A 1JXBA 2IAJA 3KWGA 2W41A 1RFQA 4DQQA 4A59A 3CFOA 5T7BA 5H1SQ 2OTLN 3FZMA 3G4SN 1WSJA 1T8EA 4LD0A 4BRFA 3DXKB 4LF7K 4DSIA 5BN9A 4OKJA 3V81A 4CF2A 2J4RA 4N5SA 4BRMA 2P9LA 3LDOA 4AM6A 1CXUA 3CQXA 4AHSA 2OA8A 4AHRA 4IOAL 2O4GA 4JNEA 2HOEA 3SV4A 2V7ZA 2A42A 3CJ9A 3CCVN 1SV5A 4FJXA 1EWRA 3TANA 3O4WA 2GV9A 1U2VB 4HUFA 1YVNA 4W5TA 4H0YB 1NGGA 2Y1JA 3LPUA 2NRXA 3ZCMA 1QHTA 3GL1A 4YOYA 5AZJA 1KAXA 2I7NA 1NGHA 1S1UA 3RVCA 4I9QA 2D0AA 3VEWA 2HBKA 4IEIA 2Z1IA 3THYB 3THWA 4IOCL 3M3ZA 3KZBA 2YHWA 5GAGP 5FRMA 4ELUA 4CF1A 5FPNA 2ZGYA 2GEMA 5EXWA 4X66K 2ZQBA 4ICLA 3NMUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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