1M7P | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	RKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHFERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate Isomerase
publication title	Structures of Plasmodium falciparum triosephosphate isomerase complexed to substrate analogues: observation of the catalytic loop in the open conformation in the ligand-bound state. pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	91
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2002-07-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1m7pA00

3RU6A 4JXCA 3ELFA 2TPSA 3KVLA 4A22A 4HKPA 2WSRA 4ORIA 3ZR4A 3M7WA 5DY2A 1GTEA 3W1TA 4FNRA 3S5ZA 4M7TA 3NO5A 3GDLA 2W6RA 3DAQA 4QNEA 3TAOA 5KITA 3PULA 3M5ZA 2UV8G 4LS2A 1NAL1 4ZVJA 4JTFA 1S3HA 4WD0A 4GUFA 1AL7A 5D30A 5D37A 5C55A 5CG7A 1SR9A 2JKAA 1TTIA 3LV5A 5K4ZA 1T0OA 3MYOA 1Q6QA 5LNVA 1I8JA 3L68A 1IXQA 3W7HA 5F2GA 3W3OA 1FDZA 2X30A 3TFXA 3SECA 3QMRA 4FXRA 2JKEA 1LM1A 2NXIA 1WYIA 1F05A 1ZALA 5I3GA 1HO1A 4LS0A 5D2WA 3K30A 1IXPA 4OV9A 4WUIA 1B4KA 1U83A 1G4SA 2TMDA 4O1AA 4AMAA 2GUUA 4K36A 2F84A 1LRTA 3O16A 1VHCA 5G2HA 4IQLA 1KA9F 3RLUA 2NV2A 1YADA 3F4WA 3PY2A 3W6YA 5C54A 2Y7DA 1Q6OA 3CM4A 4KWVA 1JCXA 1R46A 1DJNA 3QQ1A 3T4CA 1EX5A 3QSTA 1JRCA 5EBUA 4BWLA 5LHFA 3NQEA 3QW3A 2BX7A 4M7SA 5HUOA 3BGJA 5FI8A 4O19A 4Z1BA 1A5BA 4DO4A 3QMTA 6ALDA 2C6QA 1VJIA 1FCVA 4MY1A 3O6YX 3W1AA 3B4UA 3GLCA 3C2RA 4HN4A 1VS1A 2QJGA 1TJPA 4JGDA 4KKXA 4Z0JA 5G4WA 1OFPA 3W2LA 1LLZA 3IGXA 2Q8ZA 3L5LA 4LW7A 4Z1CA 2H3BA 4JTSA 4TU1A 4NNBA 3DKLA 1KLYA 1SSGA 2QDHA 2WPBA 3FKRA 5HR7A 2YXGA 2E5CA 3W87A 4RKAA 4OHQA 3HG3A 3TE9A 4BI7A 3TW7A 1U5JA 2Y63A 3PBWA 3G8RA 3G3DA 1QDSA 3CT7A 3TSMA 1IIGA 4YLWA 3M9YA 1FQ0A 4UR7A 4UFMA 3PWAA 2FPVA 3NYZA 4IPJA 4WJEA 4UC5A 5DELA 4O18A 4FO4A 3TJLA 1XDLA 5EY5A 1I2QA 2YPIA 3P61A 3C2FA 2TYSA 3QYQA 4GUHA 1ZENA 4QIUA 4ZL1A 3NQDA 3ZS4A 3KRSA 3NZ1A 2E5DA 3NQCA 4EF8A 1H7XA 3QC3A 2PE4A 2H90A 3IIZA 3UXDA 3PB2A 2DZXA 2BLEA 3C6CA 1WOBA 2ALDA 3A24A 1L6WA 4M19A 1NVMA 4O4VA 3EKZA 4Q32A 3TR2A 5BRBA 1QMLA 2VC6A 1H63A 2ZQ0A 3CIWA 1KBJA 5AHFA 3THQA 3W1LA 3FEMA 2YZRA 1R2TA 3PR2A 4IMGA 2A1YA 1PHWA 4JICA 4MLRA 3HG2A 4LWWA 3LHTA 4QM1A 1ZAJA 4NJHA 1L9WA 3MJYA 4XUGA 4ZZ9A 2RFGA 3W7KA 3M41A 3N34A 3W70A 4IX0A 1R2RA 5FF0A 3LI0A 3R8RA 2BXVA 3EX2A 3R13A 3TH6A 3V75A 4OT7A 5EKYA 2J9ZA 1EP2A 1TTQA 4JN6A 1VYPX 3LTSA 2EKCA 1FDJA 3W75A 3NQ6A 1M5WA 2RDWA 1ICSA 3EWWA 2ZTJA 3W7NA 1XBVA 1JCJA 1TYGA 2ZDRA 1FWNA 1PCKA 4PTNA 1JCLA 1GQNA 1WXJA 4HT3A 1GYNA 2Y70A 5D2YA 1Z44A 2ZA1A 2YCEA 2GOUA 1OG0A 1KTBA 3SY5A 3NQFA 4UMCA 2C15A 3P84A 3GDRA 4G1KA 4ZMGA 1HUVA 4S2CA 1P4CA 3W73A 4JDBA 1SPQA 2OJPA 2Q3RA 1ZFJA 3NQ7A 1JVNA 1KTNA 2HSAA 4YMZA 4HSNA 2ZCGA 4MY8A 1DL3A 3MW7A 2LLEA 3MI3A 2VOMA 4FNTA 3CEPA 3DFNA 3HGJA 1TV8A 2OX1A 3NL5A 3PG9A 5G4EA 3E0IA 2OMAA 1ZCOA 3OG3A 3DFQA 2VFDA 3R89A 4MYAA 3P5YA 4DEFA 1W1ZA 3DXIA 3ABQA 3P8IA 2VFHA 3QFEA 3LHWA 3TC6A 1W54A 5KINA 3W7OA 4O15A 1SO4A 2DZVA 1FCQA 5AYYA 5DCEA 1T8XA 1C9DA 1ZJIA 4I7WA 4OU1A 4M6PA 3GDMA 4JS3A 3R5EA 1MEIA 4IMDA 4O0KA 1OK6A 4N6EA 4Z08A 1KFKA 2VEKA 2ZBTA 3MWAA 3PG8A 4CNNA 1GEQA 2GVLA 5F4XA 3EX6A 3B0UX 4UFKA 3INPA 2CLOA 1SUXA 3TIMA 5CPMA 3IV3A 2CW6A 4FX8A 3C2EA 3O6DA 4LUIA 1LBLA 5G5IA 1PCWA 1DQWA 1KFLA 2FJKA 2ZRUA 1WA3A 4K38A 3UY8A 1OVDA 3I7RA 2A7PA 4CNPA 4MOZA 2QJIA 2A7RA 3UYCA 3TA6A 1PIIA 4MJMA 3STCA 4JTLA 1B57A 1G7VA 3DU0A 3G8EA 4UFIA 5D33A 3EEGA 2Y62A 3P67A 4O50A 1EB3A 2GJNA 3P8JA 4N9BA 5I3IA 4NZJA 2CLMA 4FIQA 1F7BA 4JR5A 1I4NA 4MYXA 3WK3A 2YYTA 4LS1A 3LHZA 3W2UA 1QCWA 3L5AA 1SW7A 3O05A 2CLFA 4AAJA 4O1DA 3LHUA 4JIPA 3JRKA 5G1YA 1RVGA 4DPPA 4DELA 4N9EA 4S1FA 3F4NA 1P5BA 3GDTA 4PODA 3W2JA 3W2MA 4K7YA 4RK8A 3C56A 1PS9A 3DKJA 2ZZ2A 4DPQA 1YLVA 3W1XA 3D0CA 1B9BA 2TSYA 2V5LA 4HPXA 1W31A 1TRDA 2QUVA 3L67A 4ONVA 2FPTA 4EWND 4PL1A 3STGA 4ORMA 4AWUA 3IIPA 4P61A 3MMTA 4RJEA 1DOSA 1D3GA 4CCEA 4OWGA 2NWRA 4BFAA 2ZFAA 5FF3A 4UXDA 3C0JA 4BK9A 4QAIA 2Y85A 3EXTA 1KM3A 2CLIA 2C0AA 1AW2A 3UXAA 1FWTA 4NT0A 1MO0A 3KFTA 3A21A 1GVSA 2CLHA 1OYCA 3GNDA 3C61A 1O5XA 4JIQA 1T96A 3BK0A 1TQJA 4GE8A 2PRLA 1HG3A 3G18A 1W5PA 3NQGA 4Y8FA 3DZ1A 4LRTA 1UUMA 3DI1A 2QUTA 3LM7A 3S1UA 4FX6M 3BGGA 3QJAA 4MKNA 3S1WA 4JYDA 2J9XA 3U8GA 2Z6IA 3QF0A 3W2KA 1KFBA 1K3UA 1TPFA 1K8YA 2E6YA 1WBHA 3MO7A 1LTDA 1R30A 1H50A 2GJLA 4DXVA 4O12A 3UWZA 1VZWA 3I7SA 2GVGA 1JUKA 2WSQA 3QQ0A 3GYEA 3W1RA 1FXQA 3G22A 2CZDA 3TQKA 3HOJA 4GUGA 4LV9A 2GQ9A 1PHQA 4NU7A 5CZJA 2DJLA 2C19A 1QPQA 1SO6A 4IUOA 4UTMA 3B0PA 1O5KA 1D3HA 3DFSA 3QPYA 3P7YA 1FY6A 2A7NA 4TMCA 3S1XA 2V81A 2Z6JA 3MYPA 4JTJA 5T26A 3EWXA 2BWGA 5BOOA 4MPQA 2Z1BA 1K8XA 2B7OA 3IGUA 5K9CA 4JNMA 5LGZA 1B4EA 1I45A 4YXGA 1VLWA 3T44A 4EF9A 2BSLA 1OX4A 1G67A 1VGAA 5D09A 3UPWA 4H6KA 2B0MA 4JEQA 2X1TA 3FLUA 2VKZG 4HIBA 1CW2A 5TBOA 1H1YA 1YXDA 3W7DA 3LXCA 4LTSA 4BF9A 1GVRA 2FPYA 1F74A 3MBFA 1F5ZA 2C3ZA 5HR6A 1GZGA 1EPXA 4RV8A 3B8DA 4UUIA 1TJRA 4O11A 2EPHA 3LOTA 3P5ZA 3S1VA 1G4TA 3UWWA 2ISWA 3ZWTA 4MY9A 2VFFA 2RDUA 4IOTA 1Y0EA 3HIJA 3PSWA 4I7VA 1TPDA 1G4PA 3GNNA 3HGRA 2RH9A 3NPXA 4BI5A 2QCDA 1KM5A 2CLLA 2Y7GA 5IBXA 1L6SA 1E51A 3KVKA 1AW1A 4WY0A 5SWUA 1RPXA 2E68A 3TMQA 3WK0A 3LCLA 2TRSA 2ZZ6A 2ATMA 5BNKA 1QOPA 4EVZA 1H1ZA 3B03A 1N8FA 4J9JA 4OQVA 5LNRA 1KM6A 3HBLA 3LDVA 4K37A 4DO5A 1W3TA 3PVFA 1NF7A 3WJWA 4GBUA 1W3IA 1VYRA 4X2RA 3PSVA 5AHMA 3P62A 1VQTA 2QAPA 4Y96A 1DV7A 1W8SA 1EEPA 3BG9A 3TQVA 3W23A 2VENA 1TB3A 2WNZA 4Q4KA 3IVSA 3KVMA 3WFAA 2JGYA 1I2RA 3TXVA 1JRBA 1YTEA 3EXRA 4JYFA 4AVFA 4EIVA 1W5NA 3B0VC 3S42A 2A6LA 3A5FA 3LV6A 3LCIA 3PB0A 1SU5A 4N02A 3WJYA 3NGJA 4O17A 3W1PA 2G97A 3STEA 3QRHA 3UPBA 4DBEA 3C4UA 1A53A 2YFOA 3FA5A 1LRQA 1XC4A 2A85A 3P80A 2Q3OA 4OV4A 1UUOA 3DBPA 1ZNNA 2XN0A 1W5MA 3PBYA 4UTIA 1AW5A 4IGHA 4UMBA 2C16A 5E0KA 4OGZA 3CQ0A 3LI1A 4XWUA 3DHFA 1JQXA 5CGQA 3LRMA 3R2GA 4RLIA 1FWRA 2JKPA 4GXMA 1MSSA 2E5BA 1WDWA 2JGQA 1YPIA 3W7MA 4N9CA 4LVGA 3IIXA 4AB4A 4UCGA 1W0MA 2DORA 1SZEA 3NA8A 3PBUA 4WY0F 5AC6A 5AB3A 2ZRYA 3CHVA 3DH7A 3DFTA 3W1QA 3GXTA 3LCWA 5CPOA 1JQVA 4ML9A 4S2BA 1P1XA 4O13A 4UFJA 3MHGA 2QUUA 1QO2A 1YYAA 1DVJA 4H4IA 4N2YA 4JTUA 2QCHA 1QR7A 3DI0A 4QISA 1KM4A 4JTHA 1GOXA 3FYPA 2YR1A 2NZLA 2NX9A 4E0CA 2RDTA 1N7KA 1UBSA 1F73A 1W56A 4CQAA 3H54A 3LBCA 3LXAA 3TQ0A 4AWTA 3BPWA 1ALDA 3Q2DA 1QPRA 3W2NA 1GT8A 2OT1A 3CWNA 2DJXA 2PRMA 1X8FA 4QNWA 2NX3A 2PC4A 4R53A 4M6QA 3O06A 3VFLA 2E6FA 1A5CA 2A2IA 4LV4A 2XN2A 1KV8A 5EYWA 5CZSA 4MZ8A 2NUYA 3IGSA 3G1YA 1J5TA 1TREA 2VEPA 1RD5A 1IIHA 3QEZA 3JR2A 5I3JA 3LB0A 4QQ3A 4LC8A 3VCRA 4HNTA 4IWWA 4TR9A 3GXPA 1LOSA 1GJPA 3TROA 2JK2A 1F76A 3GK0A 3LCGA 1BWKA 1WOAA 1XFBA 1L6YA 3LGEA 1C29A 4MZ1A 2NXHA 2DZWA 3E02A 1M6JA 3S9YA 2V2DA 4E2BA 1HFBA 4FNSA 1VC4A 3LLDA 3FJ6A 3W7CA 1SO3A 4MFDA 4UNLA 1KFJA 2NXGA 3NVTA 3GAYA 4CLMA 3CB8A 1F2JA 3NM1A 4A21A 5C2XA 2V82A 4O4WA 3UWUA 2OCZA 5K3VA 3U6WA 3ZFHA 5KMYA 2QR6A 2D73A 1WQ5A 1KFEA 1GVQA 5CSRA 3DFPA 2C14A 5D32A 3OIXA 1EP1A 4ZQOA 3TX9A 3W9ZA 1R47A 2VEIA 4DQWA 3OA3A 4PC8A 2J24A 1HO4A 2NUWA 4LY8A 1XDMA 3FFSA 1YXCA 1RQBA 4MUZA 4EOUA 1DHPA 4DF2A 1AG1O 5K9XA 1VCGA 3NNTA 2ZTKA 3F03K 5HMSA 1X6UA 1LCOA 4LT9A 4CNOA 1X7FA 3W76A 4JTGA 1Q45A 5I3FA 2ZZ4A 3RNDA 1JCYA 3CPRA 3GKFA 3HJZA 3EWBX 4RXGA 3B06A 1XUUA 2FQIA 1VCVA 2HMCA 3PUOA 2ZZ7A 3QPZA 1Z42A 2ABBA 2B7PA 4JY8A 4LVBA 4O1BA 4RX0A 5U4NA 4TO8A 4WX2A 1OX4B 3TSDA 4BI6A 1TPB1 3C2VA 2Z2UA 5DCDA 3HMJG 3SSJA 3W22A 1W5OA 1ONRA 2DP3A 4WOQA 3M5YA 5FEXA 4X9SA 3E96A 5I3HA 1XUZA 1FCUA 3KHJA 3KRUA 2Q8LA 2H8XA 5LNSA 3WK2A 3I65A 4MJZA 5K7JA 5G2IA 4JTTA 3B05A 3L0NA 3TUUA 2AGKA 2FB3A 3OHIA 4LC6A 1VPXA 2YSWA 1H7NA 4GWEA 3NXFA 3B04A 3LCHA 4ALDA 3LRLA 4A29A 4NX5A 3LTPA 2V30A 2R8WA 3G1FA 3KOFA 3NEVA 3QMSA 2X1SA 4D2JA 2XFWA 3EX4A 2WO5A 4MZYA 5F1VA 3TKFA 3CWOX 1I2NA 1YTDA 2ISSA 2QCDB 5KSWA 2A4AA 5TQLA 2Z0IA 3W71A 1O4UA 4IMFA 3TCEA 4NJGA 3W7RA 4UTTC 4WY0B 3PF3A 4R34A 2WNQA 3FIGA 1B3OA 3LLFA 5J5RA 3KAOA 8TIMA 1JUEA 1A5AA 5D02A 3IEBA 3EB2A 2R94A 1OX5A 3A9IA 3PAJA 1SZNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1M7PA

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