1MA9B

Crystal structure of the complex of human vitamin d binding protein and rabbit muscle actin
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
367
structure length
356
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transport protein/contractile protein
molecule keywords Vitamin D-binding protein
publication title Actin-DBP: the perfect structural fit?
pubmed doi rcsb
total genus 114
structure length 356
sequence length 367
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-08-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.36.70 Mainly Beta Roll Actin; Chain A, domain 2 Actin; Chain A, domain 2 1ma9B02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 1ma9B03
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 1ma9B04
4M7YA 4XEIA 4B9QA 5AZIA 1TYQA 1T44A 1QQNA 4KBOA 2FSNA 4LC9B 3VEZA 1NGEA 1ATSA 4H0VB 1G99A 4RTFD 1RDWX 4CD3A 3VF6A 3ENOA 3HTVA 3BP8A 2IVPA 4DB3A 3LM9A 3MN6A 3QFPA 4A2BA 2QXLA 1BWFO 3A5MC 3EZWA 3R6MA 4FWSA 3MMVA 4GY2B 3FZLA 3VERA 4BGBA 4CBXA 3ZETB 3BF1A 1Q18A 3FE1A 3CJCA 5AQPA 4AM7A 2Q31A 1NLVA 5AQQA 1OKJA 4BRPA 4CI6A 4WYBA 5I9EB 4K42A 2D1KA 1XUPO 2ASOA 2E8AA 5F2RA 5BR9A 3LDQA 3SK3A 2IVOA 2P9UA 4JNEA 4BVOA 4WQ4C 4JD2B 3ATVA 3ZX0A 3A8YA 4CZGA 4BR7A 2QM1A 4QS7A 1JCFA 3BUZB 2HMPA 2QWQA 3IDHA 3D2FA 1HKCA 4MO4A 5FPDA 5AZIB 3DXKA 5AFUH 2HOEA 2P9KA 4YDUC 1NGBA 1U6ZA 3AY9A 1YAGA 4O5FA 2A42A 3I8BA 2V7ZA 5AQTA 2P9PB 3JS6A 2H3GX 4K25A 4FSVA 1JCEA 2GWKA 3CETA 3L4IA 1KAZA 4WQ4A 1S22A 3CJBA 4EHUA 4CD1A 3GBTA 1C0FA 2VWBA 4IZ9A 1Z05A 4PL8A 4QS8A 5LY3A 5KQDA 3GOIA 4H5NA 5EOYA 3TU5A 5F1XA 2QW9A 2YCHA 4ISEA 2ASPA 4B1YB 1BUPA 2VYPA 1ATRA 4B1WB 4MO5A 3ULEA 4H0YB 5ADXH 2HF4A 1H1VA 1WOQA 4L3QA 3WQTA 4BRQA 2V52B 3DWLA 1NGAA 1RGIA 1HX1A 3VOVA 1X9JA 2PAVA 1XC3A 2FF6A 3WQUA 1GLLO 2P9UB 3KVGA 3O1WA 3DXMB 2QWOA 4A62A 3RSEB 1QZ6A 5EXWA 4HWIA 3QICA 4CBWA 2AA4A 3VF2A 2E1YA 5EVZA 1DKGD 1KAXA 4JAXA 5AQYA 3SMSA 2GEMA 4BRNA 4CJ7A 5BN8A 5BREA 1K8KA 2P9KB 1GLAG 5AQKA 4F9OA 4H5WA 2BTFA 1GLBG 1BA0A 2VCPA 4FWKA 5JLHA 4BQZA 1NM1A 2GWJA 4C23A 4FPAA 3H3NO 2PBDA 1D4XA 3QBXA 4IO8A 3WXKA 2QWPA 4DHYA 4CZIA 3FFKB 1X3NA 3VEWA 3UKRA 5EY4A 1HUXA 2Q1NA 3CJ7A 3MN7A 4A61A 2YHXA 4ISFA 1RFQA 3EKUA 1NGHA 1MWKA 5F0XA 3L6QA 1QZ5A 2QWNA 4IJAA 1BA1A 5JMVA 3CIPA 1HKGA 3G25A 4BR4A 5AQMA 4FWQA 3GG4A 3U9DA 1GLCG 1ZBSA 2ASMA 3MK6A 1R59O 2P9NB 3ULEB 5AQIA 3VEOA 4RCHA 2YI1A 3ZEUB 1ZC6A 4I6MA 3U9ZA 3W3DA 2I7NA 5FPEA 3VENA 4FWRA 5KPTA 5AQJA 2IIRA 3CHWA 2AP1A 5AQXA 3CI5A 2HF3A 2D0PA 2E2OA 3ZX3A 4IJNA 5AQHA 5E84A 2DPNA 1SZ2A 4PKIA 4Z94A 3O08A 1NWKA 3I33A 2E20A 4FWLA 4BG9A 1HLUA 1YUWA 3D2EA 1NGIA 2P9IA 1BU6O 3UKUA 2P9LA 4CZHA 5BN9A 4CBUA 1E4FT 3CJAA 2WUSA 3SJHA 3A5NC 4FO0A 3UKRB 3QBWA 5B8HA 4BRIA 3M6GA 1SAZA 2E2PA 3W0LA 3CJ1A 1TYQB 4BVPA 1HJOA 5AQVA 5AQUA 2E2QA 3O80A 4AM6A 4PKHA 1U2VA 2CGJA 3WXJA 3DAWA 3ATUA 1T6DA 3AAQA 4FWNA 3H46O 2E2NA 1BO5O 2IVNA 2ZF5O 5TKYA 4DCHA 3O8MA 1J6ZA 3ZX2A 4M7XA 3CQXA 3BEXA 2A5XA 2D4WA 3FLCO 1DGKN 3LDNA 5AQGA 4B1VA 4BQLA 1NGCA 2E1ZA 5AR0A 3A5LC 4K41A 4FWMA 5BPLA 4XH1A 3HI0A 4YDUA 2BUPA 5BPMA 4BC2A 3WEEA 4BG8A 3R8EA 4B1UB 1SQKA 3O1BA 5AQOA 1CZAN 4BRKA 1DEJA 2NZTA 4BRFA 1NBWA 1HKBA 1ZXOA 3F9MA 3S41A 3SMPA 2ZWHA 2F9TA 3JXUA 1C0GA 1IG8A 4H0PA 3HZ6A 4WQ5C 3D2FB 1HPMA 4FOIA 2A6AA 2QWLA 3DXKB 2W40A 4BRHA 1U2VB 3U8XA 2V7YA 3L0QA 3WUHA 4JHDA 2A3ZA 1QQOA 2GTDA 3ZETA 3O6WA 4IXCA 4BRMA 4BC4A 2FSJA 4BROA 5LJVA 4BC5A 2YHYA 2YJFA 3QB0A 4CZEA 2Q36A 1NGFA 4BRLA 3FZHA 4FWOA 2CH5A 4IWVA 3EN9A 1MA9B 4H0TB 3U4LA 3IUCA 3VEVA 2YJEA 3P4IA 4Y0WA 4BRCA 4BC3A 3LM2A 5AQWA 3A0IX 1NGGA 3H1QA 2OANA 3H1VX 1BOTO 4JD2A 4PL7A 3FZFA 3LDLA 4CZJA 1X3MA 3AARA 1LCUA 4QS9A 4H0OA 2NRHA 5KQ8A 2J4RA 5ELZA 4A2AA 2QWRA 4NB4A 3MDQA 2FSKA 1ATNA 3CERA 3O4WA 3IMXA 3SLCA 4EFHA 2P9PA 4GNIA 3M1FA 4CZLA 2W41A 3H6EA 3TPQA 3FR0A 2Q97A 1MWMA 3WT0A 1K8KB 3WXLA 1ESVA 3ENHA 1P8ZA 2FLOA 3LDOA 5AQSA 5AQLA 3UE5A 3EKSA 4BR0A 2QWMA 3VF4A 1BDGA 1GLDG 4JHDB 1NGDA 4H5TA 3DJCA 4M63C 5E26A 3HM8A 2CGLA 3LDPA 2EWSA 2Q2RA 5AQRA 5EX5A 2ZGYA 1TUYA 3KZBA 3QMLA 3J8AA 2D0OA 3VPZA 3VESA 3BF3A 3IFRA 3GL1A 3QFUA 3VEXA 3CJ9A 3VGMA 4BR5A 5BRFA 2V51B 3C7NA 1V4TA 2CGKA 3R9PA 3VGLA 2NLXA 4CZKA 1BG3A 3DXMA 2FXUA 1IJJA 2Q0RA 3ID8A 1NMDA 4H5RA 3RSEA 4E1JA 2FF3B 1KAYA 3FZMA 5AFUA 5AQZA 3H3OB 1MDUB 3EO3A 2E88A 3HSCA 3LL3A 5BPNA 4I6MB 2P9SA 3MN5A 1KXPA 4FWPA 5AZJA 2YHWA 4ISGA 2CH6A 2GUPA 3A5OC 5BRDA 3C0BA 1NGJA 2UYTA 3H45C 5LJWA 4J8FA 3VGKA 4PKGA 1GLEG 4BR2A 3D7EO 3O5BA 1WUAA 4FOEA 1LOTB 3WXIA 1XQSC 1E4GT 1TUUA 3MN9A 3VETA 1Y64A 3D2EB 2P9IB 4FPBA 5FPNA 4XH4A 3M3ZA 1Z6RA 2P9LB 3UKUB 3AAPA 3MCPA 4H0XB 4EIAA 4FL9A 5FPMA 3B8AX 4B1ZA 4H03B 1T6CA 1YXQA 3VEYA 5ADXA 2GELA 2F9WA 5JLFA 2P9NA 1QQMA 2ITMA 4CZFA 1S3XA 1QHAA 3GDQA 4O8KA 4BGAA 4NO7A 4BREA 3ZEUA 4CZMA 4H5VA 4EHTA 3C7NB 4EAHD 2A41A 5AQNA 1GLJO 3FGUA 1V4SA 4HTLA 3FZKA 3OHRA 4JN4A 4MLEA 4DQ8A 5CE3A 3GE1A 3HBTA 4MLHA 4BRDA 5BRHA 3UB5A 1JCGA 2P9SB 1EQYA 4RWTA 4BRGA 5KPZA 5AZJB 4BRAA 2KHOA 3QDKA 2Q0UA 2ZGZA 4WQ5A 3CQYA 4B1XB 3KHYA 4K43A 4BR9A 5KPRA 1GLFO 2A40A 3WEEB 2I7PA 1YVNA 5AQFA 5JICA 3EL2A 4XH5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A5AA 5J2MA 5AZIA 4BACA 3DLBA 4RG8A 4LFCK 3V1OA 4J2EA 4W5TA 5GINA 3CMAN 2DY4A 1S9GA 1YI2N 1RDWX 3HK2A 1ZBFA 4JI4K 3TAEA 3D45A 4DB3A 1VSHA 4A2BA 5I3UA 3A5MC 2UUCK 5HL7L 3RR8A 1O1WA 4EZ9A 4GY2B 5CZ1A 4YOVA 2IAJA 3RR7A 3BF1A 3FE1A 3NBPA 4FVUA 2Q31A 2FBYA 1MU2A 1NLVA 1OKJA 2VQEK 4WYBA 3AGRA 3SQ2A 1XC9A 4DQRA 1VSFA 3SPZA 3VQQA 2D1KA 1XUPO 2ASOA 2X6SA 4GKJK 3M8PA 2P9UA 3TTCA 1L3TA 3RRGA 4CZGA 4KH5A 5M1OA 1SKWA 1J54A 1JKHA 1JCFA 2HNDA 2QWQA 3D2FA 3VQCA 1Q82O 1ZBIA 5FPDA 4IEEA 4YOYA 3O9RA 4JKDA 1NGBA 2GBZA 4F2SA 4LF8K 3VTIA 1QS4A 5AQTA 3CCVN 4DV7K 4K25A 4J2AA 3J81O 1F21A 1QE1A 3VQ6A 2NRVA 2F4VK 3F9KA 3TTDA 4DFPA 4IZ9A 3DRSA 1BCOA 3GOIA 4H5NA 4JKAA 1XNRK 1UWBA 4LH4A 5K14A 1LV5A 2OZMA 3VN5A 4KB1A 2YCHA 1BUPA 3HSTB 3ALYA 4Z4HA 4BWJA 3ULEA 3HRGA 5ADXH 2HF4A 1RILA 3L3UA 4L3QA 1FKPA 2FF6A 3O4NA 4Z0UA 2E5LK 3KD5E 1VHXA 3KVGA 3V9XA 1NJYA 3RSEB 2PYJA 2HHWA 4DTOA 3MXMA 2RN2A 4CBWA 2AA4A 3VF2A 5EVZA 2OCEA 4DV5K 3SMSA 4JAXA 2GEMA 1NK8A 1K8KA 2P9KB 1GLAG 2BANA 4ELTA 2VCPA 2WOMA 1RBRA 4BQZA 4DS5A 2UXBK 3AO4A 1WSEA 4C23A 1Q8IA 5HRSA 3V9WA 3H3NO 4IO8A 3ZCMA 2QWPA 4DHYA 3FFKB 3AVIA 5EY4A 4A61A 2Q1NA 4WFNL 4Z4GA 3AVFA 4G9ZA 2VWKA 1W2BM 3EEQA 1MWKA 3L6QA 5KI6A 4KHSA 3RMCA 3K59A 4CIFA 4CFBA 1C0TA 4L8RB 5JMVA 3QLHA 2B6AA 1NNEA 2WC9A 4DLEA 1ZBSA 1M90O 4JKCA 4KHPK 3LP0A 2RKIA 3ZSVA 4FXDA 4YOTA 5FRNA 5M1KA 4RCHA 2YI1A 3ZEUB 1QQCA 1FW6A 4AHRA 3U9ZA 3W3DA 4CHYA 2DTUA 4FWRA 3DOKA 3ZYYX 4JI5K 4FYDA 5DM6L 5AQXA 2E2OA 2UUBK 1SZ2A 1BI4B 4PKIA 1IKWA 4JKEA 3CD6N 1JLAA 2E20A 3LAMA 3O3FA 4BG9A 3HO1A 3D2EA 1QVFM 2P9LA 5BN9A 4CJSA 3PIOL 4DF8A 1E4FT 3JYTA 4FW1A 2OZSA 1KVAA 2WUSA 3LDSA 3SJHA 3A5NC 4FO0A 5B8HA 3IAYA 4BRIA 1WAFA 1I39A 1KRPA 1LW0A 4FM1A 1HJOA 5AQVA 1VQNN 1JLFA 1D9FA 5C0YA 1LW2A 3DAWA 3RWUA 3TR8A 4FZZA 4DV3K 2E2NA 2ZF5O 3E9OA 3ID6A 1YJ9N 4DCHA 4N56A 4Y1DA 4DR5K 4CF8A 4KHUA 5GIPA 3CCRN 4FVMA 1P90A 2D4WA 3FLCO 5AQGA 1JL2A 4FLTA 4B3MK 2E1ZA 5AR0A 1JLEA 1EWQA 1VSMA 4YHHK 5C12A 3THYA 3MXIA 4CGDA 2C1GA 4BC2A 2E6LA 3D0PA 3E9PA 2HBLA 4C1NI 5HRNA 2QA4N 4O0JA 2E4LA 4DTUA 3K2PA 4NXMK 3KLIA 4RW6A 3RVCA 1YTUA 1ZXOA 3S41A 2F9TA 4H0PA 3HZ6A 4JK8A 1HPMA 3S3NA 3OS0A 5H1SQ 3DXKB 2W40A 3LAKA 3ZSWA 2RHKA 1U2VB 2V7YA 4YOWA 4KV8A 3VQDA 2OPPA 3DYAA 1C0UA 2FSJA 2R7YA 5LJVA 3DLHA 4KI4A 1U48A 3V1RA 2FC0A 1NK7A 2E6MA 1NK6A 3QEXA 4IWVA 2X78A 4H0TB 3MCAB 4LSNA 3R1XA 4BC3A 3LM2A 5AQWA 3H1QA 2OANA 3LDLA 1CXQA 3ZSOA 4AHVA 3CCSN 1Q7YO 3AO2A 1LCUA 2KFNA 1HNZK 4KKOA 3F73A 5ELZA 1CLQA 5C25A 1VSIA 2YHBA 4NB4A 3CCMN 1NU0A 2HHIA 1ATNA 2KZMA 4M42A 3ZT4A 1TK0A 3VQ5A 3QO9A 3NH2A 4EFHA 2XHBA 2P9PA 4DFMA 4Y1CA 4CZLA 5M1QA 3SQ0A 4EZ6A 4YOXA 1S1UA 4CE9A 5GADP 3UE5A 3TAPA 4AQYK 3Q7CA 2QWMA 1QTMA 4NCBA 1UAXA 3DJCA 2PY5A 3V4IA 3MEGA 5FDLA 4B3SK 2IGIA 5EX5A 3OYAA 2ZGYA 3U3GA 3VPZA 3VEXA 2XY5A 4E0DA 1NKEA 2O8BA 4AHUA 4IFVA 3R9PA 2VG5A 4N41A 4CZKA 3PX4A 4DTXA 3RMAA 1NMDA 1S1VA 3FZMA 3WNFA 3H3OB 4CGJA 2P9SA 1YF5L 1IBLK 3MN5A 2VWJA 5GIOA 1S9EA 5AZJA 3DI6A 3OYIA 2GUPA 5BRDA 3G4SN 2QKBA 4IOCL 3L2QA 1EO1A 3TAFA 3VGKA 1G15A 5SZTA 4CJ4A 1W7AA 2JWKA 1LOTB 4B8CA 2HVHA 3O9UA 4IOAL 5HRPA 1NG9A 2NUBA 3SZ2A 1BGXT 1YTAA 4EIAA 2P5OA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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