1MQRA

The crystal structure of alpha-d-glucuronidase (e386q) from bacillus stearothermophilus t-6
Total Genus 275
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
275
sequence length
677
structure length
674
Chain Sequence
AGYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAVVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRRWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKADSEFRPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCFVCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMQVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIYR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ALPHA-D-GLUCURONIDASE
publication title Crystal Structures of Geobacillus stearothermophilus {alpha}-Glucuronidase Complexed with Its Substrate and Products: MECHANISTIC IMPLICATIONS.
pubmed doi rcsb
source organism Geobacillus stearothermophilus
total genus 275
structure length 674
sequence length 677
ec nomenclature ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date 2002-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03648 Glyco_hydro_67N Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A PF07477 Glyco_hydro_67C Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A PF07488 Glyco_hydro_67M Glycosyl hydrolase family 67 middle domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1mqrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1mqrA01
3.90.1330.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain Alpha-glucuronidase, C-terminal domain 1mqrA03
2VX7A 2OYLA 3VGFA 1MXDA 1V6XA 3IJ8A 3S2CA 1CECA 1CXLA 2FDMA 5A6AA 5LA0A 2GJRA 2O9OA 3SUWA 1QBBA 1GONA 4PMXA 4V2XA 3K8KA 3LPFA 5EB8A 4XB3A 2WCSA 3ZO9A 1VIWA 1E1EA 5A6KA 4U2ZA 1QW8A 3L4XA 2JF7A 1G5AA 4PTVA 5CSUA 4CCCA 3VD9A 5A8MA 1KFWA 3ARPA 3U7VA 5FL1A 1W9UA 2WXDM 1UR4A 4IUGA 1HJXA 2W67A 1W9XA 4F79A 5I5RA 3OGSA 3KEHA 3QOMA 4IPNB 2GDUA 1Q4NX 1JZ6A 1BSIA 1LLOA 1TA3A 1US3A 2YA1A 4ZFMA 4D6JA 4B9YA 2WBKA 5I77A 1IV8A 1GOIA 3UEQA 3ALFA 3BAWA 1WZKA 1C8XA 3NUKA 1E9LA 1HIZA 3U5UA 3ARXA 4CN1A 1M03A 2QPSA 3M6DA 4LX4A 3AHXA 3UETA 2G3MA 2PWFA 3AS3A 3WQ6A 3NCOA 1UWUA 4MB3A 3WELA 2WMJA 2FHFA 5IFTA 1E0WA 2C8NA 4MNLA 3VGEA 2XVKA 3PZ9A 2VZVA 1V03A 2J7CA 1XC6A 1OIFA 1OBAA 4CCDA 3N1AA 5I0DA 1ZJBA 1MWOA 5FL0A 4HU8A 2O9RA 3EDFA 1J0KA 2J7BA 1UKOA 1VEMA 1W1PA 3CZKA 5CLWA 4JFVA 1XSIA 2CYGA 1E43A 3WEOA 3UG5A 4W87A 1C8QA 3BMVA 3IAPA 1W2PA 5BWFA 2D3NA 1WE5A 4ACYA 2J75A 1DEDA 4OOUA 2E8ZA 4J3SA 4XX6A 5FD0A 2XFYA 1FH8A 5CQ1A 4H8VA 3OG2A 3L2LA 3VOCA 5E6ZA 1MFUA 4ZENA 3CUJA 3B9EA 1V3KA 1XCXA 3VU2A 4CD5A 5CPSA 1KXHA 2X1IA 1EHNA 1KCLA 3SCVA 2GJXB 1QNPA 5DT5A 1KGWA 3GH7A 3GBEA 2VZSA 3B9AA 2WWCA 1GOKA 4UNIA 4ZXOA 4DWSA 5JBDA 2YDQA 3DYOA 5IFPA 3TONA 3OGRA 1WZMA 4H41A 2EPMX 1B3WA 3GTNA 3CPUA 2DSUA 3NYDA 4HPGA 2UWFA 4JFSA 2XSBA 5IXEA 3SEPA 1J0JA 1E71M 1CGVA 2VVSA 4ZE5A 4CGTA 3GNPA 1BG9A 1E5JA 3W4RA 2WPGA 3II1A 2X2YA 4JFUA 1J0ZA 4GIAA 4UFKA 3WDQA 5I6SA 1BG4A 1E4LA 5A6MA 1SFSA 1HN1A 2FGLA 2WKLA 1KB3A 4CD8A 3BCFA 3N11A 1OGGA 3WH6A 3OLEA 3NJ3A 3W82A 1GQKA 2XVNA 1ISVA 3AZSA 4QCEA 4WKAA 1GHSA 1QHPA 3RJYA 2ZIDA 1E40A 2CHOA 1GJWA 2PWDA 4AD3A 3K46A 1UD8A 2IXUA 4MB5A 5DO8A 2V5CA 2W5FA 1JFXA 2CHNA 2DH2A 1D3CA 3VGHA 3E1F1 3GDBA 4UFIA 4D1IA 3IANA 1E6NA 5I79A 1FHDA 4FLRA 1H09A 4PEEA 1FP9A 1QNQA 1CLXA 2V3GA 2WMHA 1KXQA 4MDOA 3BLKA 4AEFA 4PTXA 4YHEA 5AY7A 3DYPA 1J18A 1CTNA 3WH5A 3WENA 1JZ3A 1DWIM 1M01A 1UR2A 1C7SA 1QPKA 3SCRA 4QDMA 3AIVA 5ECUA 1CXHA 1OWQA 4P8XA 3PTQA 2XIIA 4E4PA 2DT3A 2WYSA 3AS1A 1E6ZA 1EO5A 3FXYA 4MJ4A 1UZ4A 2J62A 5GQBA 3QHNA 1C92A 1R86A 2WNWA 2Y8VA 3O9NA 3WQ5A 1W9BM 2JE8A 4MADA 3AROA 5M17A 3THDA 4AWEA 4AZ5A 2WAGA 4Q22A 4C90A 1VFOA 2VJXA 1LL7A 1BTCA 4ZXLA 3CGTA 4JAWA 3BH4A 2CBIA 3WF0A 2DSWA 3A47A 4J3TA 4J7RA 2QF8A 2YL8A 1K9EA 1E72M 1TA3B 1TVPA 3MMWA 1NARA 4HZ6A 2JEQA 2JALA 1R8LA 5I23A 1VJSA 2XFFA 2ZWYA 2VURA 1Q6EA 2E9LA 4NSBA 2BVTA 2OWXA 3K4AA 1R7OA 1BLIA 4W8AA 4HMCA 5CXPA 2VNCA 4LYPA 2O92A 1DHKA 2DIEA 4F9DA 4W7WA 1VENA 3OZOA 1RP8A 2OWCA 2ZUWA 2CERA 4ATWA 4J3VA 3W28A 1G94A 3N13A 3K4DA 3WIJA 1NP0A 1UR0A 3MV01 4B9ZA 1AVAA 2CBUA 2E9MA 1ZBWA 4AD0A 4LYQA 2BY1A 3BAIA 4RE2A 1TZ7A 2DQXA 5A8PA 1V0MA 1BGGA 1W1TA 1OD8A 1Q6CA 1JYNA 2J79A 1WNOA 1V0NA 4JIEA 2XM1A 5HPCA 2BXYA 1C91A 1JGIA 2WVTA 2QMKA 1CIUA 3A6OA 3EDKA 2W66A 5GPRA 2JIWA 3WH8A 1SMAA 2Q8XA 3F5KA 4M1RA 1L0PA 2DEPA 1CGYA 1FHLA 5M5DA 3VKKA 1BVNP 3CHFA 1CXEA 1QNOA 1CGTA 2FHCA 2EEXA 1B0IA 4CUCA 1KWGA 2VT0A 3VX1A 3ALGA 2DT2A 3GNOA 1LJYA 2E8YA 1XD1A 3RIKA 3CH9A 2ZX9A 1VB9A 4LYRA 4PCSA 1IZJA 1DWAM 5A8OA 4M82A 4KGLA 2VL4A 2GJPA 1GOQA 1JIBA 3MUIA 3AI0A 3U5YA 4UQDA 2GDVA 1PX3A 1OM0A 2CXGA 5GNYA 4P8UA 3F5JA 1V02E 4U3CA 4W8BA 4P7OA 6CGTA 3SCTA 1WB0A 5GNZA 4AC1X 3ZSSA 3SUUA 2ZWZA 1E56A 4MNKA 1PX8A 1V6VA 3MUZ1 2ZXAA 3AIRA 3LPPA 2J7DA 3FW6A 1UWSA 4EKJA 2WMKA 1EDQA 4WK9A 3W81A 1UWIA 4H7VA 4AZCA 4B15A 1CNVA 7TAAA 1GOMA 3A4XA 1H41A 3KL0A 2BHYA 3L4YA 1B1YA 1CLVA 4RE3A 3N15A 5D4YA 3AHZA 4V28A 1CXIA 2XIBA 1MQPA 1NWTA 4MDPA 3FHQA 1QI4A 2J7HA 4OBSA 3OBAA 3N9KA 1UWRA 4S3KA 2XWEA 4U5IA 1G1YA 2RGLA 1PBGA 3MMUA 2VCAA 1UG6A 1UH3A 2YL5A 2OSXA 1E4NA 4D72A 5CG0A 4D6HA 2EPNA 4FK9A 4Y7EA 3PTMA 3BSHA 5AC5A 2ZUMA 5A94A 1MW1A 1QHOA 1GJUA 1MFVA 3GH5A 3VDAA 1KXTA 5CLTA 5M03A 4W86A 1ESWA 4D6FA 1TCMA 2WLYA 3RM4A 5D8ZA 2ZICA 3OLGA 5BXPA 1LWHA 1UWTA 1HKKA 1ISZA 3O6AA 4NZCA 4R5EA 5BXRA 1OT2A 2YOCA 3ZJ7A 3WDHA 3I3BA 3KL5A 3UR7A 1KXVA 2WC7A 2J25A 4TTGA 1J10A 1TUXA 5A2CA 3L2MA 4AIUA 3BAXA 4WJXA 1JDDA 3QHOA 4W5UA 3AS2A 2G3JA 1WO2A 4IPLA 4AEEA 1BVZA 2D1ZA 3DC0A 1B3VA 3PTKA 4MAVA 2BHUA 4CN6A 4KWUA 4Z2KA 2F8QA 3CHEA 2AAAA 4JHOA 3NDZA 1NWRA 1V08A 2XPKA 4X9YA 4QLLA 4U3AA 2Y4SA 5BCAA 1CWYA 1HP5A 4M29A 5A2BA 1UKSA 1UD2A 4MB4A 3VMNA 3W37A 1YQ2A 3BXWA 2WVVA 4GZIA 1CYGA 1Q6FA 1HT6A 4BCEA 1ITXA 1J12A 4PMDA 1LF1A 4M81A 2XVLA 3T09A 5I3DA 3QR3A 5DEZA 4N0RA 2JEPA 2CKRA 3NSMA 2CCRA 4UFHA 1UR8A 2A3CA 2WZIA 1AMYA 1E15A 3PN8A 5D9PA 5D9NA 1X1NA 2AOSA 1HJVA 1C8YA 2A3EA 4Z2IA 3AMKA 3MUAA 2CBVA 4WF7A 2J4GA 2BY2A 2QV4A 3UESA 3VILA 3WUFA 1EXPA 4K68A 3AS0A 3VIIA 2GK1B 3LPOA 1PIGA 2W61A 2GUYA 4PN2A 4PSRA 3BC9A 1E6XM 2W4XA 4CU6A 3K8MA 3VMPA 4P7LA 3VINA 2WMIA 4MAZA 2ZOXA 4D6EA 5AC4A 5HNNA 4B3KA 4M8UA 4TX6A 3FY1A 3VIOA 4JKKA 2YA0A 1EO7A 4L4PA 1H5VA 3AIUA 1JZ7A 5I78A 1AQ0A 3WQ8A 1NM9A 4UTFA 4NF7A 5HDRA 3W0KA 5A8NA 1PAMA 3BSGA 2YLLA 1XV8A 3ARZA 4CD4A 1HNYA 1W91A 3GBDA 3SCNA 4BQ2A 1B30A 3I3DA 1RH9A 4PTMA 1EHAA 1QBAA 2ZX6A 3VIMA 1E6QM 3CZGA 1VRXA 4IISA 3ARWA 3T2QA 3G6LA 1BAGA 4M56A 1X6LA 5ABGA 5C8BB 2YBUA 2EBNA 4WIWA 4UOZA 2D20A 1VEPA 1M04A 3L4WA 3WNNA 3W6LA 4BA0A 1UR9A 3WNKA 2F2HA 2XM2A 4PBGA 1PX4A 1RD6A 4TVCA 3ZSTA 2CITA 1DTUA 1SMDA 2V3EA 1JYWA 4JZ5A 4UR9A 1NP2A 1B31A 3WN6A 4B16A 1ZJAA 4W85A 4WSKA 1KBKA 4UOQA 4C7GA 1JF5A 1MQQA 4EE9A 5BRPA 2WC3A 1NH6A 1V3JA 3DECA 3BGAA 4CVUA 3WNLA 1GVYA 4QFUA 2VZUA 2V3DA 1JL8A 2QLYA 3T2PA 4OBRA 3VIHA 4HA4A 1BHGA 5A6SA 1AQMA 3SCSA 4HMEA 3AXXA 1JYXA 1V3MA 2C0HA 1V3HA 4LPCA 3KE0A 1TMQA 2YL9A 4GZJA 3VIPA 1MW0A 2DSZA 3WSUA 4TVUA 3VGBA 4Q7NA 2YDRA 2OWWA 1UKTA 3ZJKA 2WW5A 3W25A 3RMEA 1E6SM 1EIBA 1WDSA 2X0HA 4JL2A 3WY1A 1V6WA 3ARRA 3ZR5A 3VIKA 1FP8A 1NQ6A 3MO4A 1OGSA 3PZIA 1W2VA 4HPHA 2UY3A 1G01A 5AYBA 1OIMA 2W92A 2WSPA 1NOFA 3B8SA 3MV11 3CMJA 4GPNA 4ML4A 4HU0A 4W93A 4HTYA 4UQCA 1C7TA 1V3LA 4KGJA 4Z2LA 1JAKA 2UY4A 4UOJA 1B9ZA 1E3XA 1ZBKA 3RPMA 4C91A 1XYFA 1JI1A 3L4VA 2WC4A 2DSKA 3CTTA 4GO8A 1B3YA 4U33A 1S46A 2CEQA 3VM7A 3PZGA 1EQPA 1D7FA 3HU7A 1BGAA 4MB1A 4ACZA 3GNRA 3CZLA 4P8VA 1BYBA 2WK2A 5IDIA 3BAJA 2DGAA 4FLQA 1GHRA 4RL3A 5I24A 3A4WA 3CLWA 3TOPA 1HJWA 2F61A 3KL3A 1PZ3A 3UG4A 2D0FA 4ATLA 3M7SA 7A3HA 1JZ2A 5E6YA 4TXEA 2CESA 1FFQA 5JBFA 3NSXA 1GOWA 1MYRA 4AD2A 1EA9C 1H1NA 2X8RA 2WMFA 4CCEA 3AISA 1V6UA 2GVYA 4Z2GA 1QVBA 2NW0A 4AIOA 1K9TA 1V0KA 3QGVA 4DWSC 3WMCA 3CUHA 6A3HA 3I3EA 4GI9A 1GOOA 1VJZA 4W84A 4TTUA 1SYTA 2VRKA 1W3LA 4MJ2A 8A3HA 4GXPA 3WNMA 4ZE4A 3MMDA 1GQLA 4W7UA 3WDIA 2WHJA 3W38A 2EQDA 3WNOA 3UCQA 2PB1A 3MU7A 2VTFA 3MKKA 1XSKA 4UQAA 1TE1A 4QAWA 3EBVA 3PBGA 1LQ0A 4NRSA 1PIFA 3AXIA 3D3AA 3VVGA 3IAQA 4GI8A 1GVIA 1QHZA 1XYZA 4XZWA 3APGA 5CGMA 1UA3A 4HZ8A 1R87A 4CD7A 3N17A 3SCWA 2VRQA 4JL1A 1JDCA 3F5LA 3AMDA 3ZT7A 3CUFA 3CZEA 5BXTA 3TTOA 4H8UA 2ZX8A 3PZMA 3VUPA 3NIYA 2WWDA 2CNCA 3LMYA 1O7AA 1XSJA 3WQVA 2E4TA 1E4MM 1VAHA 5DT7A 4YN5A 3WF1A 1ZBCA 2XTKA 3N18A 2X09A 1QI5A 5A3HA 3WDJA 2B31A 1ODZA 4D6GA 3A3HA 1VBUA 4D6CA 1MQRA 3RDKA 1UKQA 2WKGA 3WDRA 3N12A 3L4ZA 2OSWA 1QI2A 1B2YA 5CJ5A 1QNSA 4JFWA 1UWQA 4B3LA 4PRWA 2WCGA 3N04A 1FOBA 2D24A 3PZOA 1GUVA 1HJQA 2VRJA 2VX6A 3RILA 4A4AA 4DM2A 1RP9A 3FNDA 1E1FA 1UYQA 2WVUA 5GNXA 4DWSB 5DMYA 1G9HA 5JIPA 3ARYA 1CXFA 3AXHA 3K1DA 1C90A 2D3LA 2XGIA 1NOWA 1E0VA 1TVNA 5CPTA 2YIHA 3NSNA 1MW3A 5A6BA 2XSAA 4URIA 2DT1A 1VEOA 3QOKA 2YLAA 1ECEA 3TTQA 4D1JA 1XCWA 5JIWA 1HVXA 4J28A 5CZKA 4DUXA 3WEZA 4Z2JA 1GPFA 2V3FA 4FLSA 3BMWA 2BVYA 1HJUA 4AW7A 1GCYA 2G3IA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VX7 A;  2OYL A;  3VGF A;  1MXD A;  1V6X A;  3IJ8 A;  3S2C A;  1CEC A;  1CXL A;  2FDM A;  5A6A A;  5LA0 A;  2GJR A;  2O9O A;  3SUW A;  1QBB A;  1GON A;  4PMX A;  4V2X A;  3K8K A;  3LPF A;  5EB8 A;  4XB3 A;  2WCS A;  3ZO9 A;  1VIW A;  1E1E A;  5A6K A;  4U2Z A;  1QW8 A;  3L4X A;  2JF7 A;  1G5A A;  4PTV A;  5CSU A;  4CCC A;  3VD9 A;  5A8M A;  1KFW A;  3ARP A;  3U7V A;  5FL1 A;  1W9U A;  2WXD M;  1UR4 A;  4IUG A;  1HJX A;  2W67 A;  1W9X A;  4F79 A;  5I5R A;  3OGS A;  3KEH A;  3QOM A;  4IPN B;  2GDU A;  1Q4N X;  1JZ6 A;  1BSI A;  1LLO A;  1TA3 A;  1US3 A;  2YA1 A;  4ZFM A;  4D6J A;  4B9Y A;  2WBK A;  5I77 A;  1IV8 A;  1GOI A;  3UEQ A;  3ALF A;  3BAW A;  1WZK A;  1C8X A;  3NUK A;  1E9L A;  1HIZ A;  3U5U A;  3ARX A;  4CN1 A;  1M03 A;  2QPS A;  3M6D A;  4LX4 A;  3AHX A;  3UET A;  2G3M A;  2PWF A;  3AS3 A;  3WQ6 A;  3NCO A;  1UWU A;  4MB3 A;  3WEL A;  2WMJ A;  2FHF A;  5IFT A;  1E0W A;  2C8N A;  4MNL A;  3VGE A;  2XVK A;  3PZ9 A;  2VZV A;  1V03 A;  2J7C A;  1XC6 A;  1OIF A;  1OBA A;  4CCD A;  3N1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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