1MS1A

Monoclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, in complex with 3-deoxy-2,3-dehydro-n-acetylneuraminic acid (dana)
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
632
structure length
622
Chain Sequence
LAPGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPACGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYHFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords trans-sialidase
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 185
structure length 622
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms1A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms1A01
1G7YA 2XB6C 3POSA 1BYHA 5JVVA 2ERFA 4ITCA 4LBQA 4XJUA 3WHTA 5KXDA 1G8WA 2YDTA 5LK5A 2A5ZA 1W6OB 3M3OA 5CAZA 3FUOA 4Y1XA 2PELA 3AP4A 4BM8A 5DZEA 1UKGA 2HU0A 4HIZA 2AENA 1OFSA 1UAIA 2DTYA 2BZDA 4H55A 3PJQA 4AVSA 4WVWA 3ZSMA 4LBMA 2D3SA 3FLTA 1YRZA 2XG3A 4NOTA 1FV3A 4UW3A 2HTUA 2W68A 4MJUA 2B7YA 1SBDA 2HTRA 4K20A 3TI4A 1A4GA 1D2SA 1A14N 3ZYPA 2HU4A 4Q8KA 3T1MA 1Z4VA 4HZXA 2ZA9A 1VCJA 1I3HA 2CL2A 3K3AA 2P34A 1WCSA 3D11A 4XXPA 4AGVA 3I8TA 2ZGMA 3VKNA 1KDKA 4YLZA 1AX1A 5DUVA 3RRDA 1ULCA 4PF5A 4J9TA 2AYHA 1N3QA 2DVDA 5HX0A 4CZSA 1FATA 5DG1A 2P3KA 2WT1A 4PCRA 3WCRA 2AGSA 4XJQA 3LSDA 2F0ZA 3B9CA 1ZA4A 1Q8OA 4GKXA 3GVLA 2WLQA 1AF9A 1X50A 4M3CA 2F13A 3KQRA 1CPMA 2VH9A 4YFZA 2ZGSA 4YW3A 1DGLA 1LHWA 3AZZA 2W5NA 3T1EA 3AZVA 2LTNA 3WNXA 3CL2A 4MX0A 4XMIA 1KJLA 2SBAA 2YA7A 2ZGPA 1YIFA 3OYWB 1F8CA 1RITA 4P9WA 5SV8A 1MWEA 4FPCA 4CPNA 4FP3A 3AK0A 2ENRA 1D0HA 1QOTA 3MW3A 1C4RA 1XOGA 4DPNA 1IS6A 4GKYA 1SLCA 1Z4WA 3H6JA 1ULEA 2WSVA 1AZDA 3N7KA 1LENA 3SALA 4H53A 3N36A 1N47A 3WDTA 1ENSA 1V6MA 1A78A 3OJBA 2ZGLA 1QNWA 1INVA 2D6PA 1GV9A 3TAYA 4JC1A 1DIWA 2EALA 2V73A 4LBKA 2F24A 1SFYA 3MW4A 4LBQB 1WLWA 4GXLA 4MZAA 2E51A 5IK7A 1V3CA 2ZHLA 1W6NA 4Z8BA 1LJ7A 1IVDA 3WCSA 1DQ1A 2SIMA 1NSCA 1JUIA 3AYEA 3OY8A 4KS1A 4FOWA 5DXDA 3AX4A 3UJQA 1V6LA 3IKWA 3GNEA 5H9RA 5GZCA 3M2MA 4AVTA 2WJSA 2HT5A 5T5LA 1LOFC 2ZGTA 1O4ZA 5JOZA 1DQ0A 4K1YA 4FPJA 1MS0A 1EURA 3V0AA 2EF6A 4XTPA 2W5OA 1SLAA 3VKFC 2V5YA 3BOPA 4X47A 2AEPA 1V2IA 1MVEA 1LEDA 3WV6A 5T5PA 4XOGA 1INWA 4BQ1A 1G9FA 1V0FA 2C4AA 5IT6A 4YM1A 1E8TA 3RSJA 2YA4A 3BEQA 2I2SA 1LEMA 2VVZA 4P9XA 1JBCA 1FV2A 1IS4A 4QN3A 1GANA 2FHRA 2ZAAA 1CONA 1OQ1A 4FPOB 1WUVA 1SO7A 5KXEA 4M4NA 4Y1ZA 1UZYA 4MWRA 1WW5A 1NNAA 3TI6A 4MWYA 4XMAA 2A6WA 4MWLA 5GJ6A 1L7GA 1LOGA 4X49A 2ZHNA 3NN9A 1SBEA 1NSBA 4MWWA 2VW1A 1GKBA 3GALA 5T55A 3R05A 4DRRA 2A75A 1OKQA 5CB7A 3VKMA 1W6QA 2D6KA 3RMXA 3WDYA 3AXEA 5F5QA 1DYKA 4M3CB 3O9JA 4MWXA 2ZGOA 3GVJA 4XJWA 3HR9A 1INHA 1EUSA 4YG6A 4LBJA 1MS5A 3A4UA 1SCSA 3ALXA 4H52A 3M3QA 4Y20A 5KXCA 3LSEA 1W20A 1IVCA 5EWSA 4WVVA 2KM2A 5T50A 1B9VA 1AVBA 2DU0A 4GEZA 3DUIA 4Y22A 4SLIA 1MS1A 1DQ2A 2ZMLA 4GZQA 1UL9A 1WLCA 4GZOA 1F9KA 5CA6A 4TZDA 2ZGQA 5T5JA 4QNPA 2PHRA 4C1WA 4BPZA 4XIKA 1FYUA 3PVNA 1YI7A 6NN9A 4CPYA 3NSSA 3WUDA 1L7FA 2D6MA 1NXD1 5HUMA 4ZKTB 1JXNA 1HLCA 3FUQA 5JLVA 3BIWE 1WBFA 3MEPA 3WHUA 1SBFA 3R4SA 3ZXLA 4M4UA 3OYWA 1A4QA 1PZ8A 4AYUA 3V65A 2YDPA 1F5FA 1MZ6A 2NP0A 3B00A 2EXKA 3OY8B 1G9DA 4FPLA 3ZXFA 5EYYA 4K1JA 2NZ9A 4Y1YA 3INBA 3ZXJA 4FJ6A 2SLIA 3WDVA 4XYXA 2ZHKA 5H9SA 4YGBA 2R16A 1QKQA 2OW4A 4U36A 3K38A 3IM0A 1AJKA 3V0AB 3UK9A 1G9BA 2YA8A 2VUAA 5IK5A 1LHVA 1S0CA 1GZCA 5GM0A 5GLWA 4YZ3A 1G86A 1GLHA 3WG4A 1A8DA 3H0OA 1INXA 5DUXA 4WEFA 2P3IA 3IPVA 4YGEA 5JOXA 1GNZA 4FPFA 1W8OA 3V64A 1BXHA 1JN2P 4KBBA 3WG1A 3MPPG 2OVUA 2VK5A 4ISRA 1KDMA 1G9CA 2ZKNA 1F8BA 2EAKA 2GN3A 3ILNA 4NN9A 4M3CE 1Z78A 3T2TA 4M00A 3POWA 1IOAA 1JHNA 1CESA 5JOYA 4GDJA 2F12A 4CPMA 1N1VA 1Z50A 4B7MA 4JRAA 4MWVA 1YXWA 4CPLA 1IS5A 1CR7A 4LBNA 4R9DA 2DUQA 3N3HA 4Y24A 2SILA 5T52A 1W6QB 1W0PA 1S0IA 2C4LA 2PHUA 1AX0A 3AZWA 2W20A 4MC7A 1LOAA 2YXSA 1XQNA 4LBQD 4XDQA 1I1EA 3QCWA 4DFSA 1FNYA 5GLZA 3L2YA 4ATEA 4Y20B 2E7QA 4BMEA 4FZHA 3HMYA 3SNMA 2GALA 3SH3A 2ZGUA 2CWSA 1V6NA 1KITA 5IK8A 1EUTA 4NC5A 1JYCA 4M01A 2DV9A 2Q5TA 3USUA 4Y22B 1JW6A 2WSUA 3O0WA 1NN2A 1FNZA 3WDUA 2GMMA 1USRA 1F31A 4HZZA 3VV1A 3PMEA 4XJZA 2ZGKA 2VXRA 3D4KA 1GYKA 3ILRA 2DVAA 3GVKA 5JMCA 2DVGA 2HYKA 2WT0A 1H30A 3B01A 2CWMA 5DZGA 1V3EA 3U4XA 4XHXA 4GWNA 1UX6A 3O0XA 1ULFA 2A70A 4K21A 5DUWA 3CNAA 5JYYA 3WG3A 4FOVA 3AYCA 1Q56A 1HQWA 2ZGNA 1V6IA 1VAMA 4CRQA 1DQ6A 1IVGA 2EIGA 3POYA 7NN9A 1V0EA 4R9CA 5GZDA 2W52A 1RIRA 2D44A 2QWAA 2W08A 2DUOA 4AVVA 3JU4A 4TYSA 1QMJA 2OUHA 1JOJA 1C57A 1USXA 4Y26A 2JJ6A 1W0OA 5NN9A 4YM3A 5FRAA 3AP6A 2ZGRA 3SILA 1S0DA 4QN4A 3O5SA 2DWRA 5T5OA 4GZPA 4Q2FA 2A3YA 2HT7A 3IPVB 1DLLA 1V6KA 1MS9A 2W38A 5B2DA 4UF7A 2GDFA 1O4YA 2R1DA 4GZXA 4PBPA 2WKKA 5HCFA 1Z4ZA 3OGGA 4GWMA 2OUJA 5H9QA 4CPZA 5T54A 2C9AA 1H9PA 3TB0A 4BLIA 1W6PA 1LOCA 3ZYRA 1APNA 1L7HA 4LBLA 4YW1A 4YM2A 4C1XA 1N1SA 1C1FA 2X9MA 3TIAA 2W39A 4NO4A 3K36A 4YZ2A 4PBOA 1MVQA 1Y7BA 4HANA 2YV8A 4WEGA 1UZZA 2A6VA 4X6KA 3WVJA 3NV4A 1WBLA 4YW5A 2JD4A 1S0GA 3M3EA 1LULA 4DRVA 1W6MB 3VUOA 2DUPA 4GZSA 5GALA 1NNBA 1WCQA 3D5OA 4IQPA 1QOSA 5HCAA 3AJZA 1YO8A 3JUUA 1AXYA 2FMDA 3ZSKA 4XILA 2QWFA 3USUB 2C5DA 4HZWA 3O0VA 3APBA 5GLTA 2QWJA 1MS8A 2A6YA 1IKPA 3N7LA 4AGRA 4YFWA 2D3PA 4HZYA 2ZACA 3H72A 4FQZA 3O12A 2A3XA 2P3JA 1E8UA 3HN1A 1LCLA 4GALA 1WD3A 2WT2A 4KS2A 1A3KA 4I00A 2JDZA 4L8QA 5GZEA 1NLSA 2E6VA 2AREA 1G9AA 4BBWA 4X4AA 4HL0A 1E8VA 1V6JA 1DYPA 3SITA 1DZQA 4XZPA 1J1TA 1S0BA 3ILFA 3W09A 1YYNA 4B7QA 3B7EA 5DG2A 1BZWA 3A72A 4GA9A 3WOGA 3FLRA 2QWKA 1WD4A 2R0FA 2VSMA 4D8SA 1DQ5A 2YY1A 3ENRA 2GNBA 3NV3A 1CPNA 1JYIA 2F26A 3BODA 4FPKA 2QWGA 2ZB6A 4WA4A 3AJYA 4QN7A 5JOWA 2P2KA 5E88A 2JE7A 1IKQA 1GICA 4ATFA 1DIMA 4R9BA 4ISQA 1Q8PA 1S1AA 1Q8SA 1ENQA 1EUUA 1LECA 2A6XA 1UPSA 3ZSLA 2YMZA 4UW4A 1IVBA 4BMBA 1QF3A 3SISA 2GN7A 1AJOA 1DBNA 1RINA 4CPOA 4BOWA 4YZ1A 3C2UA 1UN1A 1URXA 2XZIA 4GB1A 4M3MA 1LGCA 3A0NA 1W6PB 2NMNA 1GSLA 1ONAA 2ZHMA 1NMCA 2DVBA 2QWHA 4QN6A 4JF7A 3RG0A 2GNDA 2A6ZA 4XE9A 4XXAA 3WUCA 2H0BA 2A3WA 5L73A 3ZSJA 4K1KA 2D7FA 2CNAA 1WW7A 1C1LA 5FREA 1DFQA 4B7JA 1SLTA 2HTQA 1AXKA 4XTMA 2GNMA 2CMLA 2A71A 2PHWA 3INAA 2DU1A 2QWIA 1QGLA 1SLBA 2F11A 4YG3A 2QWCA 3ZVXA 2VY0A 4FOYA 4BLJA 1N1TA 2JKBA 4K1ZA 1LESA 1AXZA 2F25A 1NCBN 2VSKA 4XJRA 4MYEA 2DYCA 4FVKA 3B69A 3O9KA 2R49A 1PZ7A 2BQPA 2HT8A 1F8EA 2D6NA 3TIBA 2BERA 4GZTA 1LHNA 2R0HA 4DGRA 3AP9A 3RS6A 1ENRA 3AXDA 1PZ9A 4M3CF 1FAYA 1LTEA 4FP2A 4YW2A 4YG0A 4Q1RA 2UWAA 3NWKA 1GZWA 3WDXA 4UW6A 4F83A 2E53A 3AZYA 2G4IA 3FLPA 1V3BA 1W6MA 2YZ4A 4MZEA 4FPHA 2HTWA 5E89A 4Q8LA 1W1XA 1R1ZA 2VW0A 3KM5A 2DVFA 2PHXA 1ULGA 2GMEA 4XBQA 4UW5A 1MR5A 5HUNA 2A7AA 4XIOA 1S0FA 1Q8VA 1LOEA 1INGA 1V00A 2HTYA 2AR6A 2YA5A 3ZPYA 4GJTA 1BJIA 2NM1A 5GLVA 2NYYA 4Q26A 2EXJA 2VK7A 4I30A 1B9SA 2PHFA 2LALA 4KS5A 1W21A 2WQZC 2GNTA 4W65A 3FBYA 4JCKA 5E8AA 4D69A 4K3YA 1Z0HA 3K37A 3FFZA 1NMAN 1QOOA 4WZFA 1SLIA 4ZXKA 5M1ZA 4XJ8A 3VKOA 4Q1PA 1IVEA 2VU9A 1NNCA 4P9YA 5GZFA 5CNAA 3IMNA 4KS3A 1DHKB 5F9TA 4XJ9A 1ZM1A 1LU2A 2AH2A 4YM0A 3TI5A 2DTWA 5EYXA 1VALA 2WNEA 1FX5A 2R1BA 2GMPA 4LBOA 3N7JA 3N7MA 5IK4A 1W8NA 1VLNA 2ES3A 4FOQA 1SACA 4RA0A 1TEIA 1VAVA 4GZWA 1B9TA 1LGBA 4YGCA 1CVNA 4P14A 2ZBJA 4XBLA 3NV1A 3M3CA 5B2CA 4XJAA 1SLLA 1KQRA 1CN1A 1MACA 4KS4A 1Q8QA 2D3RA 2UURA 3A0KA 3JU9A 3OPZA 1GBGA 2TEPA 3V0BA 3AP5A 1Z4XA 4GDIA 3T1LA 3UJOA 3D12A 3K39A 2BATA 3NV2A 1QU0A 1SNTA 1BKZA 2VK6A 3PVOA 2ARBA 4XHBA 3WG2A 4Y1VA 2YA6A 3M1HA 4FPYA 4CTEA 3R4UA 3WDWA 1MS4A 2P37A 4FPGA 4WA5A 2UWBA 3ZXEA 1CQ9A 4MWUA 2E7TA 2CTVA 3ATGA 2UWCA 2HTVA 5DZFA 3AZXA 2ZMNA 4M4VA 4PQ9A 1DILA 1MS3A 3BTAA 4QN5A 1CJPA 4FPEA 1IVFA 3MW2A 1NCCN 3AP7A 1BJQA 2ZABA 1GZWB 2AEQA 1WW6A 2ARXA 4YW4A 3AFKA 3TICA 3CYEA 3VKLA 1VCUA 3OBRA 5BYNA 1W6OA 3RQ0A 2XCYA 2ZZJA 4AGGA 1N1YA 1HKDA 4XBNA 5KXBA 2F28A 1AX2A 1U0AA 3WLUA 3WZ1A 5CBLA 2D6OX 2Z42A 1QDOA 2BF6A 1LHOA 1HQLA 2NMOA 3LCPA 1H9WA 3B3QE 1WW4A 4Q27A 3ALWA 4DQAA 1CIWA 3TI3A 1VIWB 2PHTA 4B7NA 1V6OA 3ZXKA 4HZVA 4YZ5A 3N35A 5HUKA 4YZ4A 1IS3A 3RMYA 3H73A 1HDKA 3SH5A 1UMZA 4FVVA 2F10A 4DS0A 1GNHA 2VWDA 4Q6KA 2AUYA 2B8HA 5HCBA 4FQ4A 2ZB5A 4OZXA 5AVAA 5IUQA 2VW2A 4WV8A 2D6LX 1S0EA 1QNYA 2JECA 1B09A 2JE9A 4R9AA 3AYDA 2DURA 2XZJA 3CKZA 3SANA 2D43A 3IN9A 1QDCA 1KRIA 1NCAN 3SH4A 4MJVA 3D6EA 1LU1A 3OBTA 3TI8A 2QWDA 1LOFA 3I4IA 3QLQA 2QWBA 5GZGA 1SCRA 3UL2A 1NMBN 3AYAA 1GZ9A 2CYFA 1INFA 1N3PA 3H71A 1LODA 4ASMB 5EXOA 2XZKA 4K1IA 4Y1UA 1EPWA 2UU8A 3V0BB 2ZMKA 3W58A 5JDBA 5HUGA 4U2AA 1V0ZA 4YGDA 1NSDA 3A71A 3Q9OA 1MZ5A 1DQ4A 1V3DA 4NCSA 2EXHA 2YROA 3DGTA 1W6NB 5GLUA 4MWJA 3W59A 1NCDN 1XOEA 1LOBA 1F8DA 2CY6A 2EXIA 3PVEA 4B7RA 1S0JA 4WA3A 1LHUA 4MWQA 2RHPA 3ASIA 1Z4YA 4K1HA 1N3OA 1ULDA 1WLDA 2QWEA 1INYA 5H9PA 2F27A 2F29A 2NN8A 2RKCA 4AWDA 5DUUA 1KJRA 3SLIA 1BQPA 4RL7A 1LGNA 3CL0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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