1MS5A

Triclinic form of trypanosoma cruzi trans-sialidase, soaked with n-acetylneuraminyl-a-2,3-thio-galactoside (na-s-gal)
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
632
structure length
623
Chain Sequence
APGSSRVELFKRQSSKVPFEKDGKVTERVVHSFRLPALVNVDGVMVAIADARYETSFDNSLIDTVAKYSVDDGETWETQIAIKNSRASSVSRVVDPTVIVKGNKLYVLVGSYNSSRSYWTSHGDARDWDILLAVGEVTKSTAGGKITASIKWGSPVSLKEFFPAEMEGMHTNQFLGGAGVAIVASNGNLVYPVQVTNKKKQVFSKIFYSEDEGKTWKFGKGRSAFGCSEPVALEWEGKLIINTRVDYRRRLVYESSDMGNTWLEAVGTLSRVWGPSPKSNQPGSQSSFTAVTIEGMRVMLFTHPLNFKGRWLRDRLNLWLTDNQRIYNVGQVSIGDENSAYSSVLYKDDKLYCLHEINSNEVYSLVFARLVGELRIIKSVLQSWKNWDSHLSSICTPAGCGPAVTTVGLVGFLSHSATKTEWEDAYRCVNASTANAERVPNGLKFAGVGGGALWPVSQQGQNQRYFFANHAFTLVASVTIHEVPKGASPLLGASLDSSGGKKLLGLSYDKRHQWQPIYGSTPVTPTGSWEMGKRYHVVLTMANKIGSVYIDGEPLEGSGQTVVPDERTPDISHFYVGGYKRSGMPTDSRVTVNNVLLYNRQLNAEEIRTLFLSQDLIGTEAHM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords trans-sialidase
publication title The crystal structure and mode of action of trans-sialidase, a key enzyme in Trypanosoma cruzi pathogenesis
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma cruzi
total genus 177
structure length 623
sequence length 632
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1ms5A02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1ms5A01
5GZGA 2BERA 3FLRA 1W8OA 3I8TA 1INYA 5DZGA 5GLWA 3TI4A 3VKLA 1VAVA 3H6JA 1DQ6A 3CL2A 1Q8VA 3B3QE 2LALA 4XJRA 3PMEA 4Y24A 3WUCA 2SBAA 4TYSA 1NSBA 2F10A 4XOGA 1EUTA 3AYAA 1WLWA 5EYXA 1V6MA 2A5ZA 1Z4YA 1JUIA 2E53A 3WG1A 4AVSA 1W8NA 1GZWA 4AVTA 4QN4A 1V2IA 1KQRA 4JCKA 2AENA 1UMZA 5GZDA 2UWBA 2CY6A 1USRA 3POSA 3ILNA 1WW4A 2P37A 1DQ1A 2PHTA 1CN1A 1AX0A 4LBLA 1F8DA 1USXA 4HZZA 1NMAN 2A75A 1HKDA 4ISQA 2ZHLA 4GWNA 2HU0A 1ULGA 1O4YA 4R9CA 1CONA 5JYYA 5JDBA 4I00A 4RA0A 4K1JA 3RRDA 4KS4A 1C4RA 3V0BA 1DQ5A 1W1XA 2B7YA 4Y1UA 1SO7A 5FRAA 5DZEA 4R9BA 4GEZA 2EXJA 1AZDA 4UW3A 3UK9A 2D6NA 1NMCA 2F26A 1SBFA 4GDJA 1SBDA 2Z42A 3K37A 2GN3A 2ZGMA 2XZKA 4HZVA 3GVJA 4MJUA 1MS9A 2F11A 2VVZA 2AEQA 3WDYA 4Q1PA 5DG2A 4GZPA 4FQ4A 1G7YA 3CNAA 4HZWA 2W08A 4X49A 5KXDA 3IPVA 1QNWA 1QOOA 4YZ3A 2GALA 1NCAN 2CYFA 4GZSA 1CJPA 3ILFA 3ZXEA 3N3HA 5T5JA 3FUOA 2HU4A 1QDOA 2R0HA 4KS5A 3OBTA 1DGLA 2A71A 4XDQA 1S0FA 3V64A 3MEPA 1LHOA 3SANA 1WW7A 2D43A 2ZGTA 1IS3A 1INGA 2VW1A 1DILA 1JW6A 1S1AA 1QNYA 4WVVA 1KITA 2QWHA 1W6QB 1B09A 2P3IA 3PVOA 4FOWA 2UURA 1Z4XA 4PCRA 2GMEA 3TI6A 3DUIA 1G9FA 1V6NA 1Q8PA 2VWDA 1LU2A 1NN2A 1V3EA 3K36A 4LBOA 1G9CA 1YIFA 2D6OX 3AYDA 1LOGA 5IT6A 1JOJA 4WEGA 5JVVA 5H9RA 3WUDA 3B01A 4HL0A 5KXBA 5EWSA 4MJVA 4WA4A 4GXLA 2WLQA 3PJQA 3R4SA 4KS3A 5DXDA 2DTYA 3N7LA 2D6PA 1C1FA 1A4GA 2XZIA 2LTNA 4LBNA 1DQ0A 1Z4WA 4NC5A 2ERFA 4YZ4A 4XTMA 5JMCA 5GJ6A 2HTYA 1DFQA 1CR7A 4CZSA 3AP4A 4YZ2A 1WCSA 3VUOA 3JU9A 2ZABA 1E8TA 3AP5A 1G86A 3VKNA 5GLVA 2D3SA 4XMAA 2CTVA 3O0XA 3INAA 4MWRA 4PBPA 1NCCN 2A6XA 3D6EA 1GNHA 4Q27A 3TI3A 1BXHA 1KJLA 1GZ9A 1NXD1 2ZGSA 2E51A 2FHRA 4CPYA 1V6KA 4XBQA 4UW6A 4YM0A 2PHFA 2Q5TA 1N1VA 1XQNA 1RINA 3H72A 1ENRA 2AR6A 2YA6A 2A3WA 4M4UA 1LHVA 2F28A 2QWDA 3RG0A 2HT5A 4Q8KA 3KQRA 2DVGA 1VCUA 5B2DA 3WDUA 1Z4VA 1DZQA 2YA4A 1KRIA 4MWUA 4BBWA 2A6ZA 1ONAA 2AYHA 3O12A 1QOSA 5H9PA 2ZGKA 2PELA 3D12A 1AX2A 1AXZA 1HDKA 1QOTA 3ENRA 2HTUA 4D69A 4XXAA 3WDTA 4YZ5A 3RS6A 1WD4A 2JECA 2P3KA 2F0ZA 4MWLA 1GZCA 1UX6A 1FV3A 4M3MA 5GLZA 4FPJA 4R9DA 4K1KA 4MX0A 2JE7A 2BF6A 2ZA9A 4ITCA 1Z0HA 2WSVA 1VCJA 1EUUA 3B7EA 1LGCA 4C1XA 4B7JA 4FOVA 1GSLA 3VKOA 4XJ8A 3OYWA 1H9WA 2R0FA 4U2AA 1GANA 2ZB6A 1YXWA 1HLCA 4XTPA 2GMPA 2RKCA 1GNZA 3ZXFA 2C4AA 3GVKA 3AP7A 1QKQA 3RQ0A 3WCRA 3ZYRA 2D6KA 1RIRA 2VSMA 4YM2A 1W6NB 4MWJA 1INFA 1EUSA 1BYHA 3FUQA 3WDWA 4F83A 2OW4A 4XYXA 1SBEA 4FP2A 3BIWE 4BLJA 2ZGNA 4Q2FA 4KS1A 1MVQA 2C9AA 4M3CF 1LHWA 5H9QA 4DRVA 1IS4A 1XOEA 3K38A 5GLUA 4PF5A 3A4UA 1U0AA 1GYKA 4RL7A 1UN1A 4WA5A 5FREA 4MC7A 1CVNA 3T1MA 4YGCA 1G9DA 1B9SA 2YXSA 5HUKA 3ATGA 4M4VA 4B7NA 1S0CA 2QWKA 1V0EA 2YA5A 1LODA 1SCSA 3O5SA 3C2UA 1W6NA 4FOQA 4PQ9A 3A0KA 1Y7BA 5DUWA 2E6VA 4ATEA 2YZ4A 3LSDA 3WG4A 3WZ1A 4GWMA 3MPPG 4NO4A 4YFWA 4GJTA 4FQZA 2F13A 3MW2A 1DLLA 4FVKA 5HCFA 4Y1VA 3T2TA 5HUNA 4ZXKA 4NCSA 4MYEA 3D5OA 3W58A 4YG3A 1A4QA 1I1EA 4FPLA 1IKPA 1ENSA 1LOBA 5HUGA 2F29A 5EXOA 2PHXA 2DVBA 2ZHMA 1XOGA 4Q1RA 2D6MA 4NN9A 1V3DA 6NN9A 1APNA 3WHUA 3AZWA 3AJZA 1N3OA 2HYKA 4FOYA 1BKZA 4LBJA 2ZGRA 4YM1A 2B8HA 2SILA 2HT8A 5CAZA 5GM0A 2ARXA 2AEPA 4X47A 3N36A 2GNBA 2A6WA 4YFZA 3JUUA 1NSDA 2DU0A 3KM5A 3CKZA 1WLDA 1SFYA 4UW5A 3ALWA 1C57A 2CMLA 3WNXA 2YDTA 2VSKA 1WLCA 4MWWA 2CNAA 5GZFA 5B2CA 4CRQA 1LENA 2W5NA 2HTRA 3WDXA 2OVUA 2EALA 4BM8A 1DQ4A 3TIAA 5T54A 4K1YA 3V0AB 1N3QA 1W6OB 1IKQA 2VK6A 1LGNA 1MS1A 1GICA 1ZA4A 2NP0A 4WV8A 2YMZA 1INWA 1LU1A 4Y1XA 3H71A 4ISRA 5EYYA 3K39A 3SLIA 2C4LA 1LOCA 4CPMA 4MWVA 2P3JA 1FYUA 2SIMA 4CTEA 2YA7A 1H30A 2WT1A 4MWQA 2P2KA 4ZKTB 3ZSLA 1UAIA 3M1HA 2EXHA 4FPYA 1URXA 4LBQD 4HZXA 1DIMA 1AVBA 4MWXA 1G9AA 2ZMKA 1S0EA 5DZFA 1DBNA 3NV4A 2ZB5A 2G4IA 2ZHNA 4XXPA 2NZ9A 3QCWA 1JYCA 4QN3A 3SILA 4XHBA 4H52A 1CQ9A 4XMIA 1NSCA 4WEFA 1W6OA 1IVFA 1IOAA 5IK8A 4Y26A 4Q26A 4ATFA 3NV2A 2A6YA 3PVNA 4BMEA 5DUUA 3AJYA 5E89A 1LOAA 5JOWA 2TEPA 1WD3A 1O4ZA 1GKBA 4FP3A 1PZ7A 2DUOA 1DYKA 4XJWA 4CPNA 2VH9A 1SLBA 4XIOA 1W20A 2D44A 5BYNA 1G9BA 4BOWA 2AUYA 4CPZA 1GBGA 4FZHA 5GZCA 1ULCA 2AREA 4YGDA 4DGRA 4HZYA 3T1LA 1LHNA 3O0VA 1W6QA 2GNMA 4BMBA 2E7QA 2CWMA 1N1SA 1A3KA 4J9TA 4FPEA 3OY8B 1OQ1A 4MWYA 4AVVA 3B00A 4P9YA 1NLSA 3NV1A 1KDKA 1A78A 4YW5A 1YO8A 2OUJA 5AVAA 1JHNA 3SH3A 4P14A 1SNTA 4UF7A 5GLTA 4WZFA 3BOPA 3WVJA 3BEQA 1HQWA 1V00A 1IS5A 1D0HA 1IVDA 4L8QA 1N3PA 3TICA 1Q56A 1SLCA 1Q8QA 1B9TA 2GMMA 3UL2A 2WT0A 4XBLA 4P9XA 4GB1A 3W09A 1YRZA 3M3OA 2E7TA 4QN5A 4I30A 2JDZA 2NYYA 1LJ7A 4XJZA 3NN9A 3MW4A 1KJRA 3ZPYA 4BQ1A 4XBNA 4Y20B 5E88A 2VW0A 3FBYA 4CPLA 1C1LA 4UW4A 3CL0A 5IK4A 2NN8A 1W0PA 4YM3A 1BJIA 4QN7A 3ZVXA 4TZDA 2ZAAA 1LHUA 4PBOA 4XZPA 2A3YA 2ZBJA 3BODA 1J1TA 3TI8A 2ZKNA 2WQZC 2EIGA 4DS0A 3IKWA 2W68A 1LEDA 2ZGOA 3AFKA 3DGTA 1QMJA 3FFZA 3RMYA 3TAYA 3ILRA 3AP9A 1NCBN 1BQPA 4YGBA 5CNAA 1B9VA 1WBLA 1FNYA 1GV9A 3OJBA 1DQ2A 1FV2A 3Q9OA 1OKQA 2DVDA 2W38A 2ENRA 2F12A 1RITA 3WCSA 1W6MB 1VALA 5CA6A 2WKKA 1ULEA 2R16A 4NOTA 4Y20A 3ZXJA 2DTWA 3M3CA 2ES3A 1V3CA 3NSSA 3WV6A 4YW2A 3AYEA 3GALA 2DUPA 3AX4A 1HQLA 5KXEA 3POYA 5E8AA 4FVVA 4XJ9A 3B9CA 2DURA 2XB6C 1WUVA 3AXDA 3USUB 3VKFC 3AZZA 2A6VA 3PVEA 1V3BA 2NMOA 3N7KA 3HMYA 4FJ6A 2DV9A 2ZGLA 1MWEA 2ZGUA 1N1YA 3O9JA 1MS5A 2AH2A 2V5YA 1W6MA 2HTWA 5IK5A 3TI5A 3WDVA 4AWDA 2F24A 3IMNA 3HN1A 1F8EA 3T1EA 4GZOA 3UJQA 1INXA 1F31A 1FAYA 5IK7A 2VK5A 2CL2A 3RSJA 1UZZA 3QLQA 1L7FA 4B7RA 2YROA 4XHXA 1L7HA 2DVAA 2WSUA 4LBQB 4FPFA 3U4XA 1NNAA 5IUQA 3USUA 1AF9A 4LBMA 1JYIA 4JRAA 2WJSA 2VK7A 4WA3A 2PHUA 1LEMA 1BZWA 2WNEA 3ASIA 1GZWB 4M3CB 2JD4A 3N35A 3W59A 2RHPA 3OGGA 2F25A 1NMBN 1V0ZA 5JOXA 2W20A 2SLIA 4H53A 2D3PA 4P9WA 4U36A 2QWJA 5T55A 1L7GA 5F9TA 3AXEA 4AYUA 4Y1YA 1V6JA 3GVLA 4AGVA 4XJAA 2W5OA 4GKYA 4FPOB 1LESA 4YW1A 5LK5A 3AZXA 3K3AA 1IVCA 4YG0A 5HUMA 1KDMA 3V0BB 5T5PA 1MS3A 1UZYA 1UKGA 4LBQA 1V6LA 2W39A 3JU4A 1MS4A 2UU8A 2A3XA 2QWFA 4K1IA 2P34A 4K21A 4Z8BA 4CPOA 2I2SA 2D6LX 4BLIA 5DUVA 1UL9A 4M3CA 1MVEA 4M01A 4QNPA 5JLVA 2QWCA 1UPSA 5T5LA 1A14N 3SNMA 3WG3A 1GLHA 1N1TA 2XZJA 1AJKA 2OUHA 4YG6A 1MS8A 1NNBA 1V6OA 1LULA 4AGGA 4K20A 5HX0A 3IPVB 2A70A 1AXYA 2VXRA 1VIWB 3SH5A 2JKBA 3B69A 3SALA 1JBCA 1YI7A 1NCDN 1S0IA 4MZAA 5CB7A 3O9KA 1EURA 1PZ9A 5NN9A 1CPNA 1Z50A 1IVBA 3VKMA 4IQPA 1SLAA 1SACA 1WW6A 2ZHKA 1Z4ZA 3TB0A 4X4AA 4DQAA 1QGLA 2QWGA 4GZXA 3SH4A 2CWSA 4B7QA 4GDIA 3A71A 4HIZA 4Q6KA 3POWA 2DYCA 2YA8A 3LSEA 3LCPA 2XCYA 1W0OA 4FPHA 1N47A 5T50A 4K1ZA 5KXCA 4QN6A 4KS2A 4MZEA 4LBKA 2JE9A 1VLNA 4YZ1A 3V0AA 4X6KA 4XILA 1CIWA 2F27A 1AX1A 2W52A 3WHTA 3GNEA 1INHA 1IS6A 1MZ6A 2X9MA 1SLIA 4AGRA 2HT7A 1QU0A 4ASMB 5M1ZA 3H73A 3VV1A 2R1BA 3AK0A 4GA9A 4JF7A 3O0WA 2DWRA 3OBRA 2GDFA 4HANA 3R05A 1SLLA 1Z78A 1DIWA 1S0JA 5HCBA 4M00A 3V65A 4D8SA 2PHRA 2EXKA 4WVWA 1WBFA 2QWBA 5JOZA 4XIKA 2R49A 1E8VA 1F8BA 4GALA 2BQPA 3IM0A 2GNTA 1F9KA 3WOGA 1IVEA 3ZXKA 1R1ZA 2R1DA 4DFSA 1CPMA 4YW4A 3ZSJA 2UWCA 2GNDA 2YV8A 5DUXA 3ZYPA 1W6PB 3H0OA 2C5DA 4GZQA 3TIBA 1YYNA 5DG1A 1EPWA 1PZ8A 1ULFA 2BZDA 1Q8SA 5HCAA 4FPCA 1V0FA 2VU9A 2DU1A 3HR9A 2VUAA 1A8DA 4H55A 1LECA 4KBBA 1FX5A 2D3RA 3FLTA 1S0DA 3ZSMA 3ZSKA 4DRRA 3NV3A 3I4IA 4Q8LA 1CESA 3APBA 4XE9A 1Q8OA 1ENQA 1LTEA 4YW3A 5H9SA 2HTQA 2QWEA 4M3CE 1F8CA 1VAMA 3A0NA 1MR5A 4C1WA 1FNZA 1SLTA 1W6PA 2ZGQA 3OY8A 2YY1A 3WG2A 3BTAA 4XJQA 3OPZA 3AYCA 3N7JA 1MACA 3WLUA 4GKXA 4B7MA 3OYWB 3SISA 1G8WA 4R9AA 1LOFC 2GN7A 1SCRA 2YDPA 1INVA 1MS0A 3CYEA 2H0BA 3RMXA 3NWKA 3AP6A 4GZTA 4FPGA 2DVFA 5F5QA 2EXIA 2NM1A 1E8UA 4M4NA 1WCQA 2KM2A 1H9PA 3MW3A 4K3YA 7NN9A 4Y22B 4YGEA 3M3QA 1F5FA 4SLIA 2XG3A 1ULDA 2A7AA 3AZVA 2NMNA 1IVGA 1QF3A 1NNCA 5GZEA 4W65A 1W21A 1QDCA 2VW2A 5CBLA 4OZXA 3L2YA 4JC1A 1JN2P 3D4KA 1TEIA 5SV8A 3INBA 3R4UA 1AXKA 2V73A 4Y1ZA 2DUQA 1S0BA 3ZXLA 1JXNA 5GALA 2AGSA 2EF6A 5JOYA 1I3HA 1LCLA 2EAKA 1AJOA 1OFSA 4GZWA 1MZ5A 1LOEA 4YLZA 4Y22A 4FPKA 1V6IA 1WW5A 1S0GA 2BATA 3ALXA 3AZYA 5T5OA 2PHWA 1DHKB 2VY0A 2WT2A 3IN9A 2ZMLA 1DYPA 2ZZJA 1D2SA 3SITA 2D7FA 4DPNA 3M2MA 1FATA 2JJ6A 2ZACA 1BJQA 1LGBA 2QWIA 2ZGPA 3A72A 3N7MA 5L73A 2UWAA 3M3EA 1X50A 4BPZA 2ARBA 2HTVA 2FMDA 3UJOA 4XJUA 1ZM1A 1LOFA 5T52A 4K1HA 3FLPA 3D11A 2ZMNA 2QWAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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