1MXSA

Crystal structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (kdpg) aldolase from pseudomonas putida.
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
LSMADKAARIDAICEKARILPVITIAREEDILPLADALAAGGIRTLEVTLRSQHGLKAIQVLREQRPELCVGAGTVLDRSMFAAVEAAGAQFVVTPGITEDILEAGVDSEIPLLPGISTPSEIMMGYALGYRRFKLFPAEISGGVAAIKAFGGPFGDIRFCPTGGVNPANVRNYMALPNVMCVGTTWMLDSSWIKNGDWARIEACSAEAIALLDAN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords KDPG Aldolase
publication title Structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate (KDPG) aldolase from Pseudomonas putida.
pubmed doi rcsb
total genus 75
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature ec 4.1.2.14: 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase.
pdb deposition date 2002-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01081 Aldolase KDPG and KHG aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1mxsA00
3EKZA 4UMAA 3TU9A 2DU2A 3W83A 4AXKA 4K7YA 2NWSA 4O17A 4O57A 1KM2A 1EIXA 4LY8A 3HBLA 3NGJA 3G0SA 3LCXA 4NJJA 2TYSA 3ELFA 1XBXA 4AHQA 5BRBA 4WUIA 4R34A 2DZVA 3GK0A 1FUYA 1W37A 5J5DA 3KHJA 2G97A 5G4EA 4HNTA 3LHVA 2BZNA 2CZ5A 2F7FA 1VCVA 3MP4A 1PIIA 4N4PA 4O53A 3TROA 5E1QA 1F7BA 1B4EA 1KBJA 3FYOA 3G0XA 5BMWA 3UWUA 4DBDA 1F6PA 1JQVA 3UY8A 3WJYA 4ONVA 4FNSA 1TQXA 1I4NA 1SUXA 3T44A 1BWLA 3HOJA 2NUWA 3NQMA 3PULA 3AJXA 4KWWA 2ZZ6A 1ZALA 3E12A 1D3HA 2OZ0A 2B7PA 2NUXA 4CNOA 1C9DA 3NQ7A 2J9ZA 3LCWA 3VCRA 3KVMA 1HG3A 2YDAA 3IVTA 4ML9A 3CQ0A 1TPH1 2VOMA 3S8HA 3TSMA 3B4UA 4I7UA 3WK2A 4ZQOA 4EF9A 5FEPA 3ABQA 2QCHA 3NM3A 2GPTA 1W1ZA 3A5VA 3A5FA 1EP2A 3ZWTA 2E77A 4MKNA 1YTEA 1YPIA 2WSQA 4ZVJA 5H91A 3E49A 4Z1BA 5TBOA 4JY9A 4E2DA 2R14A 3T7VA 3KVKA 1V7YA 5CKSA 4ZQPA 2WKJA 2A2IA 1I2OA 1TV7A 1W56A 2V2DA 3W7JA 2BSLA 4GUIA 3P84A 3G3DA 1PCKA 3L68A 4MLRA 1A53A 1P5BA 4JYEA 2Y89A 3IIPA 4JN6A 2V5LA 4NU7A 1B57A 3W7CA 3NL5A 4PCFA 1XBYA 4MY8A 3L0GA 3P81A 4ORIA 4UTJA 4DELA 2TPSA 3NZ1A 4JR5A 3S1VA 3HQ1A 3MHFA 3NYZA 3LBMA 1SZEA 4WQ6A 4GC4A 2ZYFA 3W1MA 3W7KA 1C8VA 4KKXA 4Z1AA 5AC8A 1R2RA 1IGSA 2GQ9A 3G1VA 1J2WA 3M41A 2WO5A 3P67A 3O16A 1H50A 1H7XA 1LROA 1H7OA 3UWWA 3VE7A 4CQ8A 2OMAA 3NZRA 4DPPA 3M44A 1P4CA 3QPZA 4JD4A 3UWQA 4WJEA 5AHMA 3HG4A 3NDOA 4K6AA 1G4TA 3S1WA 5K9CA 4WX2A 3OEXA 3W7RA 3G8RA 4HN4A 5AHLA 3C2RA 3IEBA 3HPXA 4JS3A 5LNSA 3TKFA 1OYAA 4MIMA 6TIMA 5J5RA 4AH7A 2ZZ1A 5AN7A 1OX5A 1VQTA 1VC4A 4JDBA 3HGOA 4MJZA 3O07A 3OVQA 4AHOA 3TMQA 3NG3A 1VPXA 2P1FA 1FDYA 1KM4A 1QPNA 3LCIA 4NJHA 4YL2A 1W5QA 2J9YA 3FIGA 3W75A 5CZ0A 1JCNA 1LDCA 3LXBA 4ZZ9A 2ABBA 5HR7A 3HG2A 2GQAA 3EX2A 2G5WA 2VFEA 4C1KA 1S3HA 3MYPA 3HG3A 1BEUA 1LOLA 4OV4A 3R8RA 1TPUA 4GBUA 1BTMA 4QJ1A 5HUPA 3BVJA 3PM6A 3S1UA 1JCMP 1Q3NA 3FLUA 2E5CA 3W3OA 3CLMA 1ZAIA 2G96A 4NT0A 1OK6A 5EYWA 3UD6A 3QMSA 3DFQA 3TC6A 3N3MA 3KRZA 1NEYA 1ZHAA 4RKAA 1FCVA 2NXHA 3SJ3A 3B0VC 5C55A 3GR7A 5FF2A 3TXZA 3UPBA 2RDTA 3P8IA 4JTFA 2W6RA 5L6UA 3W7IA 2ZFAA 4GJ1A 5DELA 5DBTA 3NQ8A 3PC0A 4HIBA 4RXFA 1F6KA 5CZSA 3N2XA 2V9DA 5I3JA 4RJEA 2B0MA 2ZZ3A 4GNJA 1GTEA 4N9CA 1TTJA 3CEUA 1OFBA 3R89A 3GDTA 3UWYA 2JGYA 2Y7GA 3G1HA 4JTGA 4QSHA 3W2UA 4IJBA 3I68A 4MFDA 1EX5A 5DCDA 2QCNA 1EWDA 1FXPA 4UTUA 4LC8A 3N19B 5DN1A 4ZMGA 1O4UA 3F4WA 1TPFA 1R30A 3RK8A 5D37A 1ZY9A 1RVGA 3DKJA 5EA9A 3TX9A 4AWTA 2YZRA 3CT7A 3TSBA 3STFA 1T96A 1VHNA 3TAKA 1LCOA 1ZAJA 1N8FA 3LTPA 1GT8A 5DLCA 3TJLA 3GDLA 3CU2A 5G2WA 1QPRA 2V0TA 2J27A 1PS9A 1SO5A 3VNDA 4ZL1A 1GVRA 3T40A 3NM1A 4Y96A 2H6RA 1TQJA 1OX6A 3RU6A 3C2VA 1OYCA 4A2SA 1FXQA 4A29A 1KBIA 4FX6M 4JTEA 5E93A 3NXFA 1AL8A 3PUDA 1OFPA 1VS1A 3QM3A 4KWVA 4DO6A 4RR4A 2A5HA 5F4SA 1XDLA 2QJHA 3G3MA 4RZ6A 4IXHA 2E6DA 4X2RA 4BF9A 2QCCA 1OX4B 2WSYA 2NWRA 3RFAA 3LHTA 3LB0A 3ZFHA 3W7EA 1R2TA 4FX7A 4IMDA 1FWWA 3THAA 2FIQA 5HWMA 1SO6A 3W7NA 1K7FA 1KFJA 1LORA 3MHUA 7TIMA 4I7WA 1XDMA 4LVFA 2EAWA 2I1OA 4KFOA 2GJLA 3W1NA 2ZCGA 1XKYA 1JULA 1KM3A 2O7SA 4A21A 2CZEA 4O1BA 3FKKA 1XUZA 2PRLA 3S42A 3WK1A 4XZ9A 2Q3OA 3W22A 1HTIA 4LVBA 4OHQA 2RDWA 1KTCA 5FEXA 3UY7A 3PB0A 3VE9A 4IX0A 4UTIA 2BX7A 4DO4A 3F1QA 1FY6A 4LUIA 4WY0F 4GUFA 4J9JA 4DF0A 1TPB1 3QMTA 1GG1A 4FHAA 4MFEA 5TIMA 4CCEA 3G1DA 4UXDA 4Y9AA 1H7RA 3MO7A 3YPIA 4JTHA 1A5SA 4UTTA 2Y61A 4JY8A 5HINA 3UZ5A 2VFHA 1FDJA 4DQWA 1JCJA 3CB8A 4UFHA 3TDFA 1I45A 1LBMA 2ZA2A 4MPQA 2YYTA 3L2IA 1A5AA 2DZTA 3A21A 2IQTA 4Z08A 1OK4A 2BTMA 4DPQA 4GUJA 5GVJA 4ZQCA 3OVRA 1IF2A 1FWSA 2F84A 2Z0IA 3PBYA 1YYAA 3H54A 1JQXA 1WOAA 1OX4A 3O6DA 3WFAA 5AYZA 1WX0A 3FFSA 1Q6QA 1ONRA 2DORA 3R5EA 2D73A 4UMBA 2NLIA 5LZLA 4TIMA 1JUKA 1RQHA 3UQNA 3DXIA 1K8XA 1EPXA 1GQNA 3I7RA 2QF7A 4NVTA 2H90A 3W84A 3LCHA 1AG1O 4YLWA 4M7TA 1LLZA 4LT9A 1F5ZA 1L6SA 1V5XA 2Z2UA 3M47A 4JXCA 2X1SA 3LBCA 4LOCA 3MBFA 4NZFA 4FXRA 3GNDA 3QYQA 3FJLA 2ISSA 1SU5A 3GIYA 2QKFA 2VFGA 1L6WA 3IVSA 3OVPA 5C54A 5CG7A 4N4QA 3T4CA 5F1UA 4UFLA 3QC3A 4K7VA 1W54A 1XXXA 4K38A 4L4MA 4AAJA 1RQEA 4UTHA 5LNUA 5F4WA 4M5PA 1W5MA 4JTJA 3QZEA 1FWTA 5D2TA 3NL6A 3H55A 3W7HA 4BI6A 1DKWA 3NO5A 4AWUA 3SY5A 4IWWA 4O8RA 1W0MA 4E2BA 3W1QA 3NQEA 3JS3A 4MYAA 3U6WA 3CPRA 1XM3A 3HJZA 2YGYA 5DCEA 1Z42A 1EP3A 1GVOA 1OFRA 4PL2A 4UCGA 4E38A 1KLYA 4NX0A 3DFNA 1W8SA 4LS1A 1QR7A 2Y70A 3MW7A 3UYCA 1G7VA 1SSDA 4BR1A 1ME8A 3C3NA 4FNQA 2YXGA 5FF3A 3LDVA 3S0CA 3LX9A 1U83A 3ABOA 3QSRA 3KFTA 3PAJA 2FLIA 3SGZA 5KITA 3WK3A 4CCDA 4K36A 1JVNA 1PL9A 1WBHA 3GNNA 3EWBX 4HPXA 4XTIA 2V82A 4IUOA 1L2UA 1J5TA 3ABRA 5FF4A 4O15A 4BWLA 2CU0A 4EF8A 3RLVA 3NNTA 3BLIA 4O19A 5G1TA 3B8DA 1OFOA 1FQ0A 2XN1A 8TIMA 5CPOA 3P61A 1PCWA 3PY2A 3W7DA 4IPIA 4OV9A 1IXNA 2CFFA 2C16A 3E02A 2OT0A 1R2SA 4LUJA 4Y6GA 3EWYA 1T8XA 1JCLA 2V8ZA 4RLIA 2VEMA 1XC4A 3LHYA 1FCQA 3QW4B 3O05A 3N34A 1M5WA 1TPVA 4Y90A 1SW3A 1DJQA 3G1FA 3WJXA 3W70A 1KM1A 4TR9A 1OFQA 3W1XA 2QCMA 3PF3A 4QISA 3MHGA 3A22A 2E6AA 3IIZA 2FPVA 1CW2A 4TX9A 1A5BA 1SSGA 4XWUA 3PR2A 3C8FA 2J24A 1B3OA 3LHWA 4NJGA 3VI2A 1LOQA 1GYLA 5EBUA 1PV8A 2X1RA 3A9IA 3PBWA 1LRQA 3W7LA 1QWGA 3TXVA 3L67A 4FB7A 2QDGA 4JTKA 1YXCA 1F73A 1MEHA 1TIMA 3SIZA 5FESA 1H7WA 3CWNA 4LC6A 3QSTA 1FDZA 5CPNA 5LHFA 1TSIA 1I2QA 3ATZA 3W88A 1QOQA 4GFSA 5AHNA 4Z1DA 5K9XA 3L5LA 3LV6A 1LZOA 3B06A 2X30A 2X2GA 2YX0A 1TTIA 4O54A 1ALDA 4DF2A 2CLHA 1VYSX 3CIXA 4YCOA 3MWAA 2KZHA 4O16A 5CPMA 5IBXC 3TK7A 4AB4A 5DXXA 3TCEA 1EUNA 1NF0A 3GYEA 3TR2A 5F2GA 3NPVA 3G0UA 2NX9A 5LNWA 3CC1A 4UTWC 2DZPA 3QJAA 1YDOA 3EX6A 1ICSA 1G69A 4K8HA 2QR6A 1QOPA 3M5XA 3NPXA 4UTKA 4JEQA 1Q6OA 3VFLA 1CI1A 2H3DA 1VZWA 2JKPA 1R46A 2CZDA 4MZ8A 5G5IA 3L5MA 3M9YA 4P2VA 5DCBA 1OG0A 2YSWA 5KZDA 1ZJIA 4JX4A 4NZJA 2B4GA 2JKAA 5HNRA 1MZHA 4O10A 2A6NA 2W0UA 2XN0A 1LTDA 1ICQA 4LS0A 5D02A 2NX1A 3G18A 5EMUA 3W87A 2FB2A 1HFBA 4ZQNA 1TB3A 1FBAA 1SW0A 1A50A 2JK2A 3EXTA 3PB2A 4PFMA 2WV8A 4L4LA 3DI1A 3I65A 1OF8A 4JTUA 3DZ1A 3M6YA 4N9EA 3C4UA 3DH7A 3JR2A 1K3UA 2ZRUA 1WYIA 1WOBA 3QPYA 3RLUA 4CQ9A 1EWEA 2J88A 3FEMA 3R12A 1OJXA 3JRKA 2VKZG 1TMHA 4RXGA 3LXAA 2EHHA 1O5XA 1W5PA 3W1LA 3BK0A 3HGSA 5DY3A 1L6YA 2VEIA 4XKYB 5F2MA 5IM51 2VEPA 1XFBA 4JIPA 3SZ8A 2J9XA 5CGQA 4IX2A 2WNZA 4RCXA 2CW6A 5FEWA 3OG3A 1DOSA 1G4PA 5CZTA 3RMJA 3P8JA 4BI7A 2X16A 3WJZA 2Z1BA 1ZFJA 5D30A 3ZS4A 1VHCA 3A23A 5AB3A 4LRSA 3IGSA 2C6QA 4X22A 5HWJA 1LBLA 3A24A 1KFCA 1XCFA 1SFJA 3B0UX 1WDWA 1X8FA 4KFPA 2TMDA 4FX8A 3PS7A 3STEA 5KTLA 3THQA 5KINA 1NAL1 4MOZA 2Q8ZA 3LLFA 1AW2A 2I9EA 3QFEA 3I7SA 4ADTA 3ATYA 2CLLA 1PHQA 4LS2A 4PEKA 3PBVA 4P61A 4TMBA 5HJLA 3UZJA 1W31A 3QEZA 3IGUA 1M7PA 2GJNA 2C1HA 4BFAA 1KFEA 4LU0A 2PURA 4H3DA 1EUAA 2BLEA 3ZWSA 3DKLA 3W7OA 4NQ1A 1Q6LA 3O6YX 3N9RA 2RFGA 2RHGA 3UXAA 4AVFA 1JJKA 1UASA 2G95A 3O8AA 5AHIA 2Y62A 2NZLA 3HPZA 3SGUA 2HS6A 3LCGA 2VXNA 2ZZ4A 4N6FA 2CLFA 1Q45A 3BG3A 2QUTA 1S5TA 2ZRXA 4MVAA 4XQ6A 4XKYA 1VLWA 4HHPA 4JYDA 4UTMA 1RD5A 4HT3A 2ZRVA 3HGJA 1NF7A 4JNMA 1LBFA 3USBA 1YXDA 4O1AA 2HMCA 2ZBTA 2DJXA 4PH6A 3HIJA 5MHBA 3PG9A 3G1XA 5EPDA 3HO8A 3GKAA 1KV8A 2EGZA 1M7OA 3GXTA 3NQAA 4UR7A 2E6YA 2Y85A 1OVDA 2YW4A 3AO0A 2YFNA 2VC6A 2DZWA 1HO4A 5H2ZA 1AMKA 3EX3A 1DJNA 3GXNA 4JGDA 2ZTKA 2AQWA 1N55A 4HNUA 3W2LA 2C15A 1TYGA 1IXQA 4WXZA 5F2LA 3N9SA 2Z6JA 2QEZA 3NQ6A 3I7QA 3GXPA 3W1PA 4AWSA 3BGGA 2C0AA 4OE7A 4WY0B 4QAIA 1DORA 2P0OA 1X1OA 1OFAA 1O95A 5A5WA 1G4EA 2CZFA 3TC7A 2E6FA 4HSNA 2CWNA 3DFTA 4JX5A 1G6CA 1WA3A 4YCPA 3CHVA 3MBDA 5AC6A 1ME7A 3F4NA 4D2JA 4Q32A 3PVFA 1RV8A 3HB9A 2V5BA 3DGRA 4NJKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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