1N1SA

Trypanosoma rangeli sialidase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
634
structure length
628
Chain Sequence
AASLAPGSSRVELFKRKNSTVPFEESNGTIRERVVHSFRIPTIVNVDGVMVAIADARYETSFDNSFIETAVKYSVDDGATWNTQIAIKNSRASSVSRVMDATVIVKGNKLYILVGSFNKTRNSWTQHRDGSDWEPLLVVGEVTKSAANGKTTATISWGKPVSLKPLFPAEFDGILTKEFVGGVGAAIVASNGNLVYPVQIADMGGRVFTKIMYSEDDGNTWKFAEGRSKFGCSEPAVLEWEGKLIINNRVDGNRRLVYESSDMGKTWVEALGTLSHVWTNSPTSNQQDCQSSFVAVTIEGKRVMLFTHPLNLKGRWMRDRLHLWMTDNQRIFDVGQISIGDENSGYSSVLYKDDKLYSLHEINTNDVYSLVFVRLIGELQLMKSVVRTWKEEDNHLASICTPVVPAGCGAAVPTAGLVGFLSHSANGSVWEDVYRCVDANVANAERVPNGLKFNGVGGGAVWPVARQGQTRRYQFANYRFTLVATVTIDELPKGTSPLLGAGLEGPGDAKLLGLSYDKNRQWRPLYGAAPASPTGSWELHKKYHVVLTMADRQGSVYVDGQPLAGSGNTVVRGATLPDISHFYIGGPRSKGAPTDSRVTVTNVVLYNRRLNSSEIRTLFLSQDMIGTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sialidase
publication title The high resolution structures of free and inhibitor-bound Trypanosoma rangeli sialidase and its comparison with T. cruzi trans-sialidase
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma rangeli
total genus 178
structure length 628
sequence length 634
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2002-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13859 BNR_3 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1n1sA02
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 1n1sA01
4M01A 1UN1A 3ALXA 4MWUA 2P34A 3V0BB 3M2MA 1W6PB 1N3QA 2JDZA 4D69A 1WD4A 5GZCA 1MS9A 1DGLA 3R4SA 5GLZA 3WV6A 4DRVA 2NM1A 1W8OA 1IKQA 1B9SA 1SLTA 2VW1A 4I00A 1S1AA 3FBYA 3UL2A 2HTWA 4AYUA 3WZ1A 1SLIA 2YA5A 2DYCA 1DQ5A 5DG1A 1G7YA 1SFYA 3MW3A 3POSA 3PVEA 1INGA 4UW5A 4XTMA 4YM2A 3KQRA 4Y1VA 5HUKA 2ZA9A 1V6MA 1AVBA 3ZXKA 5DG2A 1NMCA 5HUNA 5IK5A 1B09A 1IS3A 2E7QA 2ZGSA 1AF9A 3TI4A 4CPLA 4MX0A 1RITA 4X49A 5JOYA 1Z4XA 2VXRA 3ZSLA 4Q8KA 2VK7A 1IKPA 3JU4A 4LBJA 2R16A 2DVFA 4YW5A 3BODA 1LOEA 1V0FA 1F8EA 4GALA 1NCAN 1W8NA 1UPSA 3FLRA 2GNDA 4ATFA 4JF7A 1FYUA 3MW2A 1G9AA 1YXWA 3WLUA 4HZYA 1IOAA 4C1WA 2F0ZA 2YA6A 3WUCA 2ZHNA 2G4IA 5CBLA 5AVAA 4GKXA 1SLLA 4F83A 2ZB6A 5B2CA 2D3SA 4M4UA 5DZFA 4AVSA 4KBBA 5DUXA 2W5OA 1CESA 4HL0A 3KM5A 3ILFA 1UKGA 4FPLA 2C4AA 2AEPA 1E8TA 2E53A 1DFQA 3GVLA 5DZGA 4FP3A 2WKKA 5EYYA 3RS6A 4X4AA 4Y1ZA 4PBPA 4HZVA 1G9FA 4HANA 2H0BA 3O12A 7NN9A 1CN1A 3ZSJA 4R9AA 3BIWE 3A72A 2A6YA 2W5NA 4X6KA 4Y1XA 3H71A 2CMLA 4AVTA 2F26A 2CWMA 2YROA 2ZMKA 3ENRA 3FLTA 4FPOB 3AP4A 1HDKA 2WNEA 1CIWA 4YZ4A 5DUWA 2SLIA 1QOOA 1BJIA 3AZXA 5CNAA 4DGRA 1B9TA 3LSEA 3BTAA 4BPZA 2W38A 4FPEA 3B7EA 1LOCA 4YZ3A 1LESA 2VK6A 4PBOA 5FREA 2OW4A 3AZWA 4U36A 1VIWB 4M3CA 5T55A 4GEZA 5T5LA 4QN7A 3WDWA 2GMMA 4RL7A 1LOFA 1G9DA 4YW4A 2HYKA 4Y22B 5JOXA 1UX6A 1MR5A 1DIMA 4YGDA 1AZDA 3PJQA 1S0FA 4ISRA 2F27A 2A71A 4XXAA 4QN3A 2HTVA 2GDFA 1ONAA 4GJTA 1PZ8A 2DUOA 2D7FA 1KQRA 5DZEA 4X47A 4H53A 3T1EA 1GZCA 4JC1A 3ZXFA 2PHXA 1ZM1A 4GKYA 2ZACA 1KJRA 1E8UA 2A5ZA 1CPMA 4QN5A 1LGBA 2HU4A 2DWRA 3AYCA 1ENSA 1MS1A 2ZGQA 4Y1UA 3N7KA 1WW6A 1VAVA 5IK8A 5CB7A 1C1FA 3TI5A 4J9TA 1QKQA 5IK7A 1N3PA 2D3RA 5E8AA 4Y20A 1AX1A 4XJ9A 2UWCA 4YW1A 3MW4A 3PVNA 5H9RA 2EXKA 3AYEA 5F9TA 2VUAA 3HN1A 2JJ6A 4K1YA 3L2YA 2RKCA 2ZGLA 3NV2A 1NNAA 1N1YA 5H9PA 5IT6A 1ULGA 2AUYA 3R05A 3Q9OA 1Q56A 1KRIA 2DV9A 2RHPA 1Z4WA 1JHNA 3M3CA 4QNPA 4XMIA 2BZDA 3AXEA 4GZOA 4YGBA 4FVVA 4WZFA 1EPWA 3RMYA 4FPKA 4QN6A 1F31A 4KS5A 1EUUA 4GZPA 2CL2A 2ZGMA 1QDCA 3VKMA 2D6OX 1DQ6A 3N35A 1Y7BA 1EURA 1MWEA 4AWDA 2A7AA 2JKBA 2TEPA 1L7FA 1A4GA 5M1ZA 4CPZA 2AH2A 1ENRA 3AJZA 1IS4A 3V0BA 1W6PA 5T52A 1WBLA 4GZSA 1UAIA 1Z0HA 4P9XA 3A4UA 2YMZA 1EUTA 1GNZA 5GLTA 1LEDA 4YW3A 4C1XA 5HCAA 4HZWA 1Q8QA 2ZMNA 2CNAA 2A70A 3O9JA 6NN9A 3N7LA 3H6JA 2KM2A 3RG0A 2EALA 3D11A 1ULEA 4K20A 1JUIA 4H52A 3K3AA 2JECA 2JE7A 2F28A 5JOZA 1NLSA 4MYEA 2B7YA 1LCLA 3O0VA 1JW6A 4H55A 3AK0A 4AVVA 1GZWB 5KXEA 1D0HA 5T5PA 5FRAA 1WLCA 3FUQA 1IS5A 1LU1A 1A14N 1LHOA 1ULDA 3K37A 2BQPA 2ENRA 2V73A 3ILNA 3NWKA 1GYKA 1XQNA 4GZQA 2VU9A 1IVCA 4MJVA 2AYHA 2GNBA 3INBA 5EXOA 1SLBA 3WDTA 4ZXKA 1H9PA 3CNAA 4MC7A 2PHRA 1IVFA 4R9CA 1C4RA 4FPFA 1DILA 3ZYRA 2GALA 2JE9A 1V3DA 2YZ4A 3PVOA 4LBNA 4K1KA 4Q6KA 2NYYA 2OUHA 4M4VA 1V2IA 4XJUA 3MPPG 1VCUA 4XZPA 1N3OA 2D6KA 4M00A 3IPVB 1A8DA 4YG0A 4KS1A 2YA7A 3LSDA 1RIRA 2ZGPA 3WG1A 4Y26A 3POWA 3T1MA 3ZSKA 1QOTA 1VALA 2HT8A 1W6NB 3RSJA 1V3CA 2D6MA 3WUDA 1KITA 5E89A 1YI7A 1IVGA 2PHFA 4B7MA 3SANA 5JYYA 2WT1A 1S0JA 1INXA 1LHNA 1LENA 5JDBA 4GZTA 1LHVA 2C5DA 2WQZC 2UU8A 3SH4A 4CPOA 3FUOA 3ASIA 4WV8A 1N1TA 1LOGA 1I3HA 4MJUA 5GM0A 1GBGA 3T1LA 2W52A 2QWHA 1NN2A 1KDMA 4B7JA 1LEMA 3SILA 3ATGA 3TI3A 2ZGUA 3V64A 3GALA 1JYCA 1V6OA 2CWSA 2EF6A 3WDYA 2HTRA 1F9KA 4CPMA 3APBA 3H72A 2DUPA 3OJBA 2F13A 4P14A 1F8CA 3W09A 2LTNA 1H30A 3O0WA 2ZKNA 1LULA 3OYWB 1SBDA 5T50A 4DS0A 3V0AB 1FAYA 1HQLA 1SBFA 3WCRA 1LHUA 3OBTA 1OFSA 1V6IA 4Y22A 4NOTA 2F29A 5DXDA 3VUOA 4YG6A 2A75A 3USUB 1UMZA 1MVQA 2WT2A 1HQWA 4GWMA 4UW6A 1DYPA 1SCSA 5H9SA 3WNXA 1GLHA 2JD4A 4XXPA 2B8HA 4FPHA 3TI8A 4XBLA 1W6QB 4YM1A 4JCKA 1LGNA 1GANA 1MS4A 2NMOA 1MZ6A 2QWFA 4XJZA 4HZZA 2UWBA 2QWJA 1DIWA 3C2UA 1GNHA 2YDPA 3SALA 3ZVXA 5JLVA 3B3QE 1W1XA 2VWDA 1JYIA 1Z78A 2F10A 5GZDA 1NMAN 1NXD1 1G86A 3AZYA 1NNCA 1BZWA 1V3BA 1NCDN 1SO7A 4BLJA 3TIBA 1B9VA 4MZEA 2C4LA 4NC5A 2NZ9A 1IVDA 3VKOA 5HUMA 1G9CA 4XHXA 2HTYA 3I4IA 1DQ2A 2NP0A 3CKZA 3CYEA 5GLUA 4YW2A 1USXA 1N1SA 3ALWA 3IM0A 4AGVA 1KDKA 1LOAA 3A0KA 3HMYA 1LECA 2EAKA 2A6WA 5HUGA 1SBEA 1F8BA 5GZFA 3SH3A 2QWBA 4ATEA 2WSUA 2QWEA 4FOQA 1GICA 4WA5A 2EIGA 4FOVA 4MWJA 1AX2A 3N36A 1OQ1A 2P2KA 1PZ7A 1CJPA 4WA3A 1A4QA 4Q27A 4L8QA 3B9CA 3R4UA 3QCWA 3DGTA 2SBAA 2D43A 3BOPA 5HCBA 3ZSMA 1ENQA 2ZZJA 4CPNA 1FX5A 2D3PA 1F8DA 4M3MA 1W6MB 4LBQB 4LBLA 3AX4A 4XE9A 3HR9A 1NMBN 2XCYA 1D2SA 5DUUA 2W08A 1V0EA 4GDJA 4SLIA 4B7QA 2DUQA 2R0HA 4TYSA 4LBOA 2SIMA 1BYHA 4YFZA 3WDXA 2XG3A 1FNYA 2P3KA 3V65A 3ZXEA 1AJOA 1BJQA 4ASMB 3NSSA 4XHBA 3A71A 3SITA 4UW3A 4LBMA 5EYXA 1WBFA 2C9AA 2BERA 3N3HA 3UJQA 2HU0A 4BLIA 2CYFA 2DVGA 1GZWA 1N1VA 4P9YA 3D6EA 5JVVA 4MWRA 4YM0A 1DBNA 3GVJA 2BATA 4R9DA 2GMPA 1FV3A 4PQ9A 1V6KA 2ZGKA 1W0PA 3OY8B 1SACA 3FLPA 5SV8A 1INVA 1DLLA 3SISA 5L73A 4K1JA 4RA0A 3SH5A 1L7HA 4XJ8A 2HT7A 4ZKTB 4GZXA 3D5OA 1WW4A 2P37A 1USRA 4OZXA 1S0DA 2E51A 2QWAA 4WVWA 4ITCA 5T5JA 1R1ZA 2HTQA 2CTVA 4YM3A 2A3WA 1KJLA 2DURA 5IUQA 3VKFC 3B00A 1WLWA 3AFKA 4GDIA 3OPZA 2A6XA 3SNMA 1FV2A 1BKZA 4YGEA 3IPVA 5DUVA 2NN8A 2OVUA 1QU0A 1AJKA 4FQ4A 2DTWA 4MWVA 2A3YA 4XJAA 1S0BA 3TICA 1S0EA 1CVNA 1Z50A 1W21A 2D6PA 2VH9A 4XILA 2Q5TA 5HX0A 4MWYA 2BF6A 1G8WA 2ZHMA 2ZGNA 2QWCA 1YYNA 1LU2A 1CR7A 1ULFA 4FZHA 3AYAA 2VSMA 1VCJA 2DVAA 2VW0A 1AX0A 4YLZA 3WG2A 1UZYA 3ILRA 3M3QA 4BMBA 2GMEA 1XOEA 4BQ1A 1NCBN 5T5OA 1V0ZA 5GZEA 2E6VA 2HTUA 1SNTA 4MZAA 1GKBA 3AP9A 2PHTA 2R1BA 5KXDA 4XYXA 3RMXA 1GV9A 2P3IA 3OYWA 3OGGA 1AXZA 3W59A 2DVBA 1ULCA 3U4XA 3TAYA 1CONA 4GXLA 1W6OB 2QWIA 1A78A 5GLVA 2UWAA 1S0CA 2D44A 3USUA 1DQ4A 3AZZA 4YGCA 4K1ZA 1PZ9A 3NV1A 3ZPYA 4CRQA 3GNEA 4JRAA 1HLCA 1W6QA 1QNWA 2EXHA 4YZ2A 2AREA 1IVEA 3IN9A 1W0OA 1L7GA 2F25A 2WLQA 3JU9A 2VSKA 5IK4A 4XIKA 2UURA 3A0NA 4FQZA 3ZXLA 4B7NA 4K21A 3TI6A 2E7TA 5BYNA 3OBRA 2P3JA 2YA4A 3TIAA 1INFA 4GZWA 5JOWA 4FOWA 3UJOA 1V6JA 4HZXA 3GVKA 2ZMLA 3IMNA 2YXSA 3O0XA 1CPNA 5GLWA 4YFWA 4WEGA 3AXDA 1NNBA 4LBKA 4K3YA 1NSBA 1N47A 2GNTA 1MS5A 2EXIA 3T2TA 1G9BA 1AXYA 4NN9A 3VKLA 2ZGRA 4KS2A 2AEQA 1YIFA 2NMNA 3WG4A 1Q8OA 1V6NA 2ZGOA 3ZYPA 4PF5A 1SCRA 5CAZA 1DZQA 1DYKA 4R9BA 4CZSA 1MS8A 1DHKB 1LOBA 1VLNA 1V00A 3WDUA 5GJ6A 1FNZA 1Q8SA 3WHTA 4NO4A 1WUVA 4MWXA 1X50A 4XTPA 3WDVA 4MWWA 5GALA 4UF7A 4NCSA 2DU1A 4Q1RA 2FHRA 1URXA 4FPCA 1W6MA 4LBQA 2ARBA 4BMEA 4FPGA 4Q26A 4WA4A 1BQPA 2D6NA 4DRRA 4WEFA 3INAA 3NV4A 4WVVA 1V6LA 2PELA 2PHUA 4CTEA 3CL2A 3AYDA 4GA9A 1QDOA 4YZ5A 4FOYA 2ZHKA 2F24A 4XBNA 4MWLA 1MZ5A 2ES3A 1YRZA 3M1HA 1QOSA 2WT0A 2SILA 4DFSA 3MEPA 2F11A 3M3EA 3JUUA 3WHUA 2QWDA 4FVKA 4Y1YA 2AGSA 3UK9A 5KXCA 1WCSA 4CPYA 1C57A 4YZ1A 3WG3A 1VAMA 2GN7A 2XZIA 1I1EA 2X9MA 1QGLA 1YO8A 1LTEA 2W20A 4M3CE 5EWSA 4KS3A 2ZABA 1IVBA 2R1DA 1IS6A 3O5SA 3OY8A 3IKWA 4B7RA 4XJQA 1Q8PA 1Q8VA 4XOGA 4D8SA 2VK5A 4K1IA 4DQAA 2GNMA 2WSVA 1E8VA 2LALA 3B01A 3M3OA 3O9KA 5JMCA 2ZBJA 2YY1A 3WVJA 1OKQA 2DTYA 2EXJA 4Y24A 2XZKA 1LOFC 4FPYA 4XDQA 3K38A 2DU0A 3POYA 4GWNA 5KXBA 1SLAA 1LJ7A 2XZJA 1J1TA 1C1LA 1QF3A 2V5YA 2DVDA 4XMAA 2R49A 3ZXJA 3QLQA 4XJWA 2W68A 1UL9A 1WW5A 2CY6A 4DPNA 1WW7A 4AGRA 4IQPA 2VW2A 4XBQA 2A3XA 3NN9A 1LHWA 1S0IA 2D6LX 3WCSA 4P9WA 2ZB5A 3W58A 4FJ6A 1QNYA 3H73A 1AXKA 2I2SA 2WJSA 1DQ1A 1WLDA 3VKNA 1JOJA 4U2AA 1H9WA 5F5QA 1TEIA 4M3CB 1JXNA 4Q2FA 1ZA4A 2VY0A 4MWQA 3K36A 2YDTA 4I30A 3AP6A 3TB0A 1JN2P 1GZ9A 1BXHA 4Q8LA 3D4KA 3AP7A 4M4NA 2HT5A 4FP2A 4XJRA 1INWA 1S0GA 2Z42A 2AENA 1XOGA 5GZGA 1F5FA 1V3EA 2YA8A 2ZGTA 4W65A 4LBQD 1DQ0A 1MS0A 1NSCA 4QN4A 2F12A 2R0FA 3FFZA 2ARXA 1Z4ZA 3H0OA 1Z4VA 3WOGA 2AR6A 1W6OA 4GB1A 1CQ9A 5NN9A 1MS3A 3LCPA 5H9QA 5CA6A 2QWKA 4XIOA 1INYA 4ISQA 1WD3A 1GSLA 1W6NA 4UW4A 3RQ0A 3B69A 1NCCN 1RINA 1FATA 4Y20B 1HKDA 1LGCA 1JBCA 3K39A 2A6VA 3RRDA 3I8TA 3AP5A 3CL0A 4BM8A 2ERFA 3AJYA 4KS4A 2ZHLA 2PHWA 4M3CF 4Q1PA 1SLCA 4PCRA 3N7MA 2OUJA 3VV1A 4Z8BA 1Z4YA 1UZZA 2ZAAA 5E88A 5HCFA 5LK5A 1MACA 3BEQA 1A3KA 1EUSA 1O4ZA 2QWGA 3DUIA 4BBWA 4FPJA 4K1HA 2VVZA 1MVEA 2A6ZA 3SLIA 3AZVA 3N7JA 2YV8A 3D12A 2W39A 5B2DA 4HIZA 1APNA 1INHA 1W20A 1LODA 4YG3A 5T54A 1O4YA 3PMEA 1WCQA 1QMJA 4AGGA 3NV3A 3V0AA 4BOWA 4TZDA 1U0AA 2FMDA 2GN3A 2XB6C 1NSDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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